肺泡灌洗液宏基因二代测序技术对下呼吸道感染病原体检测的优势

目的探讨肺泡灌洗液宏基因二代测序技术(mNGS)对下呼吸道感染病原体检测的优势及指导治疗作用。方法回顾性分析2018年5月至2019年5月在浙江大学医学院附属邵逸夫医院就诊的下呼吸道感染患者56例,所有患者均行支气管镜肺泡灌洗夜mNGS检测与传统培养(包括痰培养及灌洗液培养)检查,比较灌洗液mNGS与传统培养检测的阳性率、检测病原体的分布、病原体检测的一致性;在传统培养阴性患者中,比较灌洗液mNGS阳性患者与灌洗液mNGS阴性患者的治疗效果;并利用多因素logistic回归法分析灌洗液mNGS对病原体检出率的影响因素。结果灌洗液m NGS检测的阳性率高于传统培养(69.6%对25.0%),差异有统计学意义(P0.05)。在传统培养无法检测到病原体的患者中,根据灌洗液mNGS阳性结果调整抗病原微生物药物后治疗效果明显好于经验性抗感染治疗(88.0%对40.0%),差异有统计学意义(P0.05)。多因素logistic回归法分析灌洗液mNGS对病原体检测的影响因素中,未发现有影响因素存在。结论采用灌洗液mNGS检测可以提高下呼吸道感染患者病原体的检出率,特别是对病毒、真菌及特殊病原体。在传统培养无法检测到病原体的患者中,灌洗液mNGS可以作为一种有效的检测方法,从而指导抗病原微生物药物的应用,提升治疗效果。未发现灌洗液mNGS对病原体检出率的影响因素。灌洗液mNGS在下呼吸道感染的诊断及治疗中有很高的临床应用价值。     

病原体检测对慢性阻塞性疾病并发肺炎的诊断价值

目的 分析慢性阻塞性肺疾病并发社区获得性肺炎(chronic obstructive pulmonary disease complicated with community acquired pneumonia, COPD-CAP)患者的临床特征及多种病原体检测对该疾病的诊断价值。方法 选择2019年1月至2021年1月我院收治的COPD-CAP患者95例为对象,按是否行宏基因测序(metagenome next-generation sequencing, mNGS)病原体检测分为对照组79例,观察组16例。对照组病原体检测采用传统培养,观察组在此基础上采用支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF) mNGS,分析COPD-CAP病原体分布、阳性率及炎症指标情况。结果 COPD-CAP患者病原体检测结果以革兰氏阴性菌为主,其中肺炎克雷伯杆菌22例(23.16%)、铜绿假单胞菌13例(13.68%)、鲍曼不动杆菌11例(11.58%)、嗜麦芽窄食单胞菌7例(7.37%)、大肠杆菌2例(2.11%)。传统培养(痰液、灌洗液、血液培养)病原体...     

肺泡灌洗液联合mNGS在免疫抑制合并肺部感染病原学的应用

目的 了解肺泡灌洗液联合宏基因组下一代测序技术(mNGS)在免疫抑制合并肺部感染中病原学诊断的应用价值。方法 回顾分析2020年1月-2022年5月确诊为肺部感染的免疫抑制患者71例及非免疫抑制患者167例的临床资料，同时收集患者痰培养/痰涂片、肺泡灌洗液联合mNGS病原学的检出结果，针对肺泡灌洗液联合mNGS在免疫抑制合并肺部感染患者中的诊断及治疗指导效能进行分析，并绘制ROC曲线。结果 免疫抑制组中肺泡灌洗液联合mNGS检出病原体阳性率高于常规痰培养，差异有统计学意义(P<0.05); CRP、PCT、住院费用、住院天数等指标免疫抑制组均高于非免疫抑制组，淋巴细胞绝对计数低于非免疫抑制组(P<0.001)。将免疫抑制组分为4个亚组，其中肾移植组住院天数及住院费用均高于外在激素类免疫抑制组(P<0.05);而淋巴细胞绝对计数及中位年龄均低于外在激素类免疫抑制组(P<0.05);免疫抑制组各亚组间肺泡灌洗液联合mNGS、痰培养与预后之间关系无统计学差异(P>0.05)。肺泡灌洗液联合mNGS阳性患者的预后优于阴性的患者，差异有统计学意义(P<0.00...     

宏基因组二代测序诊断惠普尔养障体重症肺炎一例报道并文献复习

惠普尔养障体（TW）重症肺炎是由TW感染引起的罕见病，传统检测方法不易获得其病原学证据，误诊率极高，故其早期诊断与治疗仍面临巨大挑战。宏基因二代测序（mNGS）可检测到传统检测手段无法检测到的罕见病原体，使得TW检出率不断提高。本文报道1例支气管肺泡灌洗液mNGS诊断为TW感染的重症肺炎患者，给予头孢曲松联合复方磺胺甲噁唑治疗，患者病情好转。     

肺泡灌洗液mNGS诊断鹦鹉热衣原体肺炎病例特点分析

目的探讨鹦鹉热衣原体肺炎临床特点、诊断、治疗。方法分析2019年12月至2021年2月河北医科大学第四医院呼吸内科收治的3例鹦鹉热衣原体肺炎患者的病例特点、诊疗过程, 总结其临床特点、诊断、治疗。结果 3例患者均急性起病, 主要表现为发热、咳嗽, 均有鸟类、家禽接触史。部分患者白细胞、降钙素原增高, 3例患者C反应蛋白均增高, 部分患者合并Ⅰ型呼吸衰竭, 3例患者胸部影像学均表现为片状模糊渗出影, 部分边缘不清, 内可见支气管充气征。3例患者均通过肺泡灌洗液宏基因组二代测序(mNGS)诊断, 检出鹦鹉热衣原体, 予以针对性治疗, 抗感染治疗后病情好转。结论 mNGS诊断鹦鹉热衣原体感染是可行的;经支气管镜行肺泡灌洗液检测病原微生物的方法, 因其没有口腔定植菌污染, 取得下呼吸道标本可信度较高, 针对经验性抗感染治疗效果不佳或非典型病原体感染患者可通过肺泡灌洗液mNGS明确感染源, 指导后续治疗, 今后在临床工作中的应用也会越来越广泛。     

病原体诊断技术在免疫抑制性重症肺炎诊断中的应用进展

随着各种原因引起的免疫抑制患者增多，肺是最常见感染的靶器官，发生机会性病原体感染的风险升高，病情快速进展至重症肺炎（SP）。免疫抑制性重症肺炎临床表现隐匿，病原体复杂，早期诊断困难，病死率高。免疫抑制性重症肺炎的检测技术主要包括传统微生物检测技术、免疫学技术及分子诊断技术，其中基于涂片镜检、分离培养的传统微生物检测方法，技术成熟，诊断价值高，是病原体检测及鉴定的重要方法，但分离培养的优势依赖病原体的活性，操作周期长、失败率高、阳性检出率低，明确致病菌为感染或定植困难。免疫学技术中的抗原检测对特殊病毒而言，耗时、灵敏度低，易出现假阳性；血清学抗体检测存在窗口期，具有时间滞后性，免疫抑制患者可在感染后出现假阴性。与传统微生物检测技术相比，聚合酶链式反应（PCR）技术灵敏度高、特异度强、不受抗生素影响，缩短了病原体诊断的窗口期，但在反映病原体药物敏感或耐药方面不能取代培养。宏基因组高通量测序技术（mNGS）可检测同一标本覆盖的细菌、病毒、真菌及罕见病原体，弥补了PCR不能检测未知病原体的局限性，对已启动抗感染治疗者也可提高病原体检出率，在免疫抑制患者中的阳性检出率明显优于传统方法。     

支气管肺泡灌洗液用量对重症肺炎患者病原学检测结果的影响

目的探讨不同支气管肺泡灌洗液用量对重症肺炎患者病原学检测结果的影响。方法将2016年10月至2017年10月期间我院RICU及ICU明确诊断为重症肺炎的164例患者,随机分为实验组和对照组,每组各82例。分别采用60 m L灌洗液和120 m L灌洗液进行支气管肺泡灌洗检查,分析不同灌洗液量对重症肺炎患者病原学检查的差异。结果两组患者共培养出病原菌136株,其中革兰氏阴性菌106株,占77.94%,其中鲍曼不动杆菌、铜绿假单孢菌为主要致病菌。革兰氏阳性菌22株,占16.18%,致病菌以金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌为主。真菌11株,占8.09%,主要为白色念珠菌。抗酸菌2株(抗酸染色),占1.47%。实验组检测阳性者56例,阳性率为68.29%;对照组检测阳性者42例,阳性率为51.22%,两组的检测阳性率比较有统计学差异(χ~2=4.970,P=0.026)。结论采用60m L灌洗液对重症肺炎患者进行支气管肺泡灌洗检查获取病原学检出率更高,其主要病原菌为革兰阴性菌,可为临床针对性治疗提供科学依据。     

肺炎病原体细菌学检查方法的研究进展

肺炎是临床上常见的呼吸系统感染性疾病,而细菌是肺炎的最常见病原体.明确引起肺炎的细菌病原体对正确指导抗菌药物治疗具有重要意义.肺炎病原体细菌学检查方法包括细菌培养、细菌抗原检测和聚合酶链反应检测细菌基因.细菌培养标本包括痰液、经无菌导管或纤维支气管镜采集的下呼吸道分泌物、支气管肺泡灌洗液、血液、胸水以及经皮穿刺到达肺炎部位注入生理盐水后回抽获取的液体.痰液、血液以及胸水细菌培养简单方便,临床应用广泛,但阳性率较低;经无菌导管或纤维支气管镜采集下呼吸道分泌物、支气管肺泡灌洗液培养阳性率得到提高但属于有创检查;经皮穿刺注入生理盐水后回抽获取的液体细菌培养阳性率和特异性高.血清或尿细菌抗原检测、痰液或尿液细菌基因检测的细菌种类有限,但敏感性和特异性高,有望在临床上得到更广泛应用.     

纤维支气管镜在儿童重症肺炎支原体肺炎中的运用

目的评估纤维支气管镜肺泡灌洗术对儿童重症肺炎支原体肺炎的治疗作用。方法对符合重症肺炎支原体肺炎诊断标准,同时符合大叶性肺炎诊断标准69例患儿,依据是否行支气管镜肺泡灌洗分为纤支镜组(35例)和对照组(34例),依据行肺泡灌洗前病程长短将纤支镜组分为10天内组(14例)和大于10天组(21例),比较各组实验室结果、临床特点、住院时间及炎症消散率。结果纤支镜组患儿热退时间、症状改善时间、肺部体征消失时间、住院时间及1月后肺部炎症消散率均优于对照组。10天内组患儿热退时间、症状改善时间、肺部体征消失时间及住院时间亦优于大于10天组。结论早期纤维支气管镜肺泡灌洗术可清除重症肺炎支原体肺炎气道痰栓,减轻炎症。     

mNGS在发热血液肿瘤患者血液病原体检测中的应用及细菌检出阳性预测模型构建

目的 观察宏基因组二代测序技术（mNGS）在发热血液肿瘤患者病原体检测中的应用效果，并构建mNGS细菌检出阳性预测模型。方法 发热血液肿瘤患者104例，同时行外周血mNGS检测及常规检测（血培养、真菌培养及涂片、G/GM试验、EBV及CMV病毒定量检测、痰抗酸染色、PPD试验、T-SPOT、IGRAs、十三项病原菌检测及十一项病原菌检测），比较mNGS与常规检测技术的病原体检出率。以mNGS细菌检出阳性为因变量，以性别、年龄、白细胞、中心粒细胞、淋巴细胞、hs-CRP、降钙素原、血清血蛋白、IL-6、D-二聚体、合并肺部感染、低蛋白血症、骨髓抑制、粒细胞缺乏症为自变量，Logistic回归分析发热血液肿瘤患者mNGS细菌检出阳性的独立影响因素。基于独立影响因素建立发热肿瘤患者mNGS细菌检出阳性的预测模型。ROC评估细菌检出阳性预测模型的预测效能。结果 发热血液肿瘤患者mNGS细菌及病毒检出率高于常规检测技术（P均<0.05）。hs-CRP升高、合并肺部感染、合并低蛋白血症是发热肿瘤患者mNGS细菌检出阳性的独立影响因素（OR值分别为1.010、5.048、3.563,P均<...     

儿童支原体肺炎肺泡灌洗液检测与临床关系探讨

目的 探讨儿童支原体肺炎（MPP）支气管肺泡灌洗液（BALF）中MP-DNA基因阳性患儿的临床特征.方法 对行纤维支气管镜检查和支气管肺泡灌洗的94例MPP患儿,采用荧光实时定量PCR（FQ-PCR）检测BALF中MP-DNA基因,根据检测结果分为实验组61例（肺泡灌洗液MP-DNA阳性）与对照组33例（肺泡灌洗液MP-DNA阴性）,对两组的临床特点进行比较.结果 实验组学龄儿显著多于对照组（P〈0.05）;高热、CRP升高、胸部X线和/或CT检查肺不张及胸腔积液明显高于对照组（P〈0.05）;支气管镜下表现及BALF细胞学分类两组差异无统计学意义（P〉0.05）.结论 以学龄儿、高热、CRP升高、肺不张、胸腔积液为临床特点的MPP,BALF中 MP-DNA基因阳性多见,可能与患儿体内MP不易清除和存在较强的免疫反应有关,临床需适当延长大环内酯类抗生素治疗疗程及注重免疫治疗.     

肺泡灌洗液宏基因组二代测序对疑似肺结核的诊断价值

目的 探讨肺泡灌洗液宏基因组二代测序(mNGS)对肺结核的诊断价值.方法 选择2020年5月22日至2021年2月20日长沙市中心医院收治的行痰液及肺泡灌洗液(BALF)结核分枝杆菌(MTB)抗酸染色涂片法、MTB培养法和BALF TB-DNA、Xpert MTB/RIF(简称Xpert)和mNGS检测的疑似肺结核患者...     

多项检查在重症肺炎中的临床意义

目的探讨检测重症肺炎患者血液和支气管肺泡灌洗液肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-10(IL-10)的临床意义。方法检测和比较32例重症肺炎患者和30例非感染呼吸疾病患者血液和支气管肺泡灌洗液中TNF-α、IL-6和IL-10的表达水平。结果重症肺炎组血清及支气管肺泡灌洗液TNF-α、IL-6表达水平明显高于对照组(P0.05),而IL-10表达水平明显低于对照组(P0.05);血清TNF-α、IL-6和IL-10表达水平与支气管肺泡灌洗液均有明显的相关性(P0.05)。结论检测血清TNF-α、IL-6和IL-10表达水平可间接反映肺部炎症反应的严重程度,评估疾病预后情况。     

外周血宏基因组二代测序在肺炎中的应用价值

目的 评估外周血宏基因组二代测序(mNGS)技术在肺炎患者中微生物检测方面的应用价值。方法 使用回顾性分析的方法，收集常州市第二人民医院收治的28例使用外周血mNGS技术进行病原学检测的肺炎患者，并与常规微生物学检测(CMT)方法进行比较。结果 在这28例患者中，重症肺炎有19例，非重症肺炎有9例。mNGS对微生物的检出率(78.6%,22/28)与CMT(64.3%,18/28)相比差异无统计学意义(P=0.338)。mNGS对病毒的检出率高于CMT(P=0.004),但是在检出细菌(P=0.625)和真菌(P=0.118)方面无明显优势。进一步在重症肺炎患者的亚组分析中得到了同样的结果。经过综合评估，7例患者通过mNGS确诊病原体，分别为耶氏肺孢子菌(PJ)2例，PJ合并巨细胞病毒(CMV)2例，鹦鹉热衣原体2例和腺病毒1例。结论 尽管血mNGS对病原微生物的检出率并不优于CMT,但是当病毒、PJ或鹦鹉热衣原体感染时，可以考虑使用血mNGS进行病原学诊断。     

1例宏基因二代测序提示钩端螺旋体感染患者的实验室诊断

目的 对一不明原因发热伴呼吸困难患者进行实验室诊断,探讨钩端螺旋体实验室确诊的检测方法。方法 利用宏基因二代测序技术(mNGS)对一不明原因发热伴呼吸困难患者的肺泡灌洗液进行病原体分析,利用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)、显微镜凝集试验(MAT)和传统培养方法对患者进行实验室确诊。结果 mNGS对不明原因发热伴呼吸困难患者的肺泡灌洗液进行病原体分析提示患者可能被问号钩端螺旋体感染,Real-time PCR和传统培养方法对患者的肺泡灌洗液、血液和尿液检测均为阴性,血清抗体检测(MAT法)致病性钩端螺旋体澳洲型滴度为1:800。结论 该患者确诊为致病性钩端螺旋体澳洲型感染,mNGS与实验室传统方法的有机结合有助于对不明原因发热伴呼吸困难患者实验室诊断,特别是对钩端螺旋体的实验室诊断具有重要意义。     

宏基因二代测序技术在肺部阴影发热病例诊断中的应用价值

目的 探讨支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)病原宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术在肺部阴影发热病例诊断中的价值。方法 回顾性分析我科收治的94例病例，均收集BALF同时行病原mNGS及传统检测(微生物培养+涂片镜检),比较两种方法诊断效能，并分析mNGS结果的影响因素。结果 以最终诊断为准，mNGS与传统检测比较：病原阳性率76.6%vs 19.1%、灵敏度83.5%vs 20.3%、阴性预测值40.9%vs 17.1%、诊断符合率79.8%vs 30.9%、混合感染检出率45.6%vs 7.6%,mNGS组明显优于传统组(P<0.05);且mNGS检出病原种类、数量及时间有明显优势。经二元Logistic分析基础疾病数量、发热可能是mNGS阳性结果的影响因素；检测公司及抗生素使用时间影响较小。结论 与传统检测相比，BALF的病原mNGS检测高效快速，有助于肺部阴影发热病例诊断和鉴别诊断。     

宏基因组下一代测序技术检测肺部感染病原体研究进展

肺部感染发病率、死亡率高,是最常见和最重要的感染性疾病之一。细菌、病毒、真菌、寄生虫等一种或多种病原体均可导致肺部感染,早期、精准识别引起肺部感染的病原体对于制定治疗方案、改善预后具有重要意义。目前,肺部感染的主要诊断方法包括微生物培养法、血清学方法、抗原/抗体检测以及基于PCR的核酸检测技术等,但这些方法均存在不足。宏基因组下一代测序技术(metagenomic next generation sequencing, mNGS)可用于脑脊液、血浆、呼吸道分泌物、尿液、粪便、组织等任何种类临床样本检测,现已被广泛用于检测感染性病原体,特别适用于识别罕见或新发病原体。本文主要就mNGS用于肺部病原体感染检测研究进展作一综述。     

支气管肺泡灌洗液送检mNGS对影像学不典型疑似肺结核的诊断及鉴别诊断的临床应用价值

目的探究支气管肺泡灌洗液(BALF)送检宏基因组二代测序(mNGS)对影像学不典型疑似肺结核的诊断及鉴别诊断的临床应用价值。方法本研究为横断面研究。采用单纯随机抽样方法, 收集2020年5月至12月在南京市第二医院行气管镜检查, 影像学不典型且痰结核菌涂片阴性的疑似肺结核患者合计86例的临床资料, 统计分析BALF并行送检mNGS、分枝杆菌培养+鉴定、GeneXpert MTB/RIF分析(Xpert)的结果。结果 86例疑似肺结核患者中, 因数据不完整去除22例, 最终纳入分析64例, 其中诊断活动性肺结核患者44例, 排除肺结核诊断患者20例。在诊断活动性肺结核方面, mNGS的敏感度与Xpert相当(36.36%比34.09%), 高于分枝杆菌培养检测(36.36%比18.18%);并行分枝杆菌培养+Xpert+mNGS的联合诊断可有效提高肺结核病原检测的敏感度(54.55%);同时mNGS还以非靶向方法检测到3例活动性肺结核合并其他病原体的混合感染。对于抗酸杆菌涂片阴性影像学不典型的20例疑似肺结核患者鉴别诊断方面, mNGS检测到13例结核分枝杆菌以外的病原体(13/20, ...     

宏基因组二代测序技术在2型糖尿病合并肺部感染患者中的临床应用

目的 比较宏基因组二代测序技术(metagenomic Next-Generation Sequencing, mNGS)与传统病原学诊断方法对2型糖尿病患者肺部感染病原学诊断的优劣，为临床诊治提供参考依据。方法 对阜阳市人民医院在2021年11月至2023年3月就诊的103例2型糖尿病合并肺部感染患者进行回顾性分析，均接受传统培养及mNGS检测，比较两种不同检测方法对病原体检测的阳性率、病原学分布及检测结果的一致性；比较两种不同检测方法的敏感度、诊断效能；比较不同分组患者mNGS阳性检出率。结果 mNGS检测对肺部感染病原检出阳性率、诊断敏感度显著高于传统检测方法(81.55%vs 42.72%,P<0.001);(92.68%vs 51.21%,P<0.001),但是两者一致性较差(Kappa=0.179<0.4)。在各个亚组mNGS检出阳性率的比较中，合并肺基础疾病组检出阳性率更高(93.02%vs 73.33%,P<0.05)。结论 mNGS检测可提高2型糖尿病合并肺部感染患者病原体的检出率，尤其是在真菌、病毒、特殊病原体方面。     

宏基因二代测序技术对感染性疾病患者的诊断价值及其临床应用

目的利用宏基因二代测序(mNGS)技术,检测其和传统培养法的区别,探讨病原微生物及检出序列数与感染患者病情程度和预后的相关性。方法选取2018年5月至2019年9月在上海市第十人民医院就诊的94例患者样本。分别进行传统培养和mNGS检测,对2种技术的诊断效果、假阳性率、假阴性率进行了分析。然后收集感染组75例患者的血液标本和临床信息,根据mNGS是否检出病原体将患者分为检出组(51例)和未检出组(24例)。测定外周血白细胞、C反应蛋白、降钙素原和中性粒细胞计数,用酶联免疫吸附试验法测定血清中细胞因子的浓度。分析患者病原体检出率与病情严重程度、住院时间等相关性分析。结果纳入的94例样本中,感染组75例(7979%),非感染组16例(1702%),未知组3例(319%)。样本类型中血液占比最多(34/94),其次为肺泡灌洗液(28/94)、组织、痰液、胸水、脓液等。下呼吸道感染所占比例最高(60/94),其次是血流感染、胸水、中枢系统感染、心血管系统感染等。mNGS的敏感度显著高于培养法(χ^2=-223.107,P<005)。mNGS的特异度与培养法差异无统计学意义(χ^2=3.840,P=005)。感染未检出组患者住院时间也明显高于检出组(t=4.724,P<005)。单因素分析发现检出组患者外周血白细胞计数、中性粒细胞计数、C反应蛋白、降钙素原显著高于未检出组(t值分别为-8.848、-4.724、-4.335、-4.335,P值均<005);检出组中肿瘤坏死因子α、白细胞介素2R、白细胞介素8水平均高于未检出组(t值分别为-5.585、-7.258、-4.678,P值均<005)。logistic多因素回归分析去除混杂因素后,显示性别、年龄、白细胞介素2R与病原体检出阳性有关。结论mNGS在结核、真菌、病毒和厌氧菌诊断方面优势更明显,其阳性率高于传统方法3倍以上。感染患者的病原体检出率较高,其检出病原体核酸序列是患者预后不良的高危因素,有显著的临床价值。