大理地区流行3a丙型肝炎病毒E基因序列分析

目的了解云南省大理地区主要流行基因型3a丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus, HCV)E基因分子特征和遗传进化特点。方法 2014年1-5月,在大理州人民医院采集临床诊断为丙型肝炎患者血清,提取病毒RNA,采用3a HCV E基因特异引物进行RT-PCR扩增并测序,采用Clustal X2.1、DNASTAR、Mega 7.1、NetNGlyc 1.0和SYFPEITHI 1.0等生物信息学软件进行序列分析。结果共收集到丙型肝炎患者血清48份,其中4份(标本号为3、4、9、12)3a HCV E基因扩增阳性,测序后分别获得4株病毒1327 nt序列。遗传进化分析显示4株HCV病毒与国内、外流行3a型HCV位于同一进化分支内,核苷酸和氨基酸同源性分别为83.2%～91.5%和82.4%～92.3%,与基因3型其它基因亚型HCV同源性分别为69.6%～73.1%和73.6%～77.7%,与其它基因型HCV病毒同源性均低于66%和70.3%。4、9、12号病毒E基因均存在10个潜在糖基化位点,3号病毒缺少1个224位潜在糖基化位点,其余9个糖基化位点位置与另3株病毒均相同;与其它病毒相比,4株病毒仅有5个T细胞抗原表位预测分值发生变化,其余抗原表位预测分值变化不大。结论大理地区主要流行基因型是HCV3a,其致病性、免疫特性等生物学特征未发生明显改变。     

慢性丙型肝炎患者病毒基因型与IL-28B基因型分布

目的：了解慢性丙型肝炎患者白细胞介素-28B（IL-28B）基因型多态性分布的特点及其临床意义。方法在27例慢性丙型肝炎患者,分离外周血细胞DNA,采用IPLEX Gold法检测宿主IL-28B基因多态性;分析患者IL-28B基因型与血清丙型肝炎病毒（HCV）基因型、HCV RNA载量和肝功能指标的相关性。结果在27例慢性丙型肝炎患者中,感染HCV基因1型1例（3.7%）,1b基因型7例（25.9%）,其它基因型19例（19/27,70.4%）;在IL-28B基因型中,rs12979860 CC基因型、rs12980275 AA基因型及rs8099917 TT基因型共24例（88.9%）,而IL28B rs12979860 CT基因型、rs12980275 GA基因型和rs8099917 GT基因型共3例（11.1%）;在HCV基因1型或1b型感染者中,IL28B rs12979860 CC基因型、rs12980275 AA基因型和rs8099917 TT基因型占62.5%（5/8）,而HCV其他基因型感染者IL28B rs12979860 CC基因型、rs12980275 AA基因型和rs8099917 TT基因型占100%（19/19）;HCV基因1型或1b型感染者与HCV其他基因型感染者比,其IL28B rs12979860位点、rs12980275位点和rs8099917位点基因型分布有显著性差异（P＆lt;0.01）;IL-28B基因多态性分布与患者血清HCV RNA载量或肝功能指标的变化无显著性相关。结论本组慢性丙型肝炎患者HCV基因型大多为非1型;大多数感染者IL-28B基因为rs12979860 CC、rs12980275 AA和rs8099917 TT基因型。     

HIV/HCV混合感染者与HCV感染者感染HCV基因型分析*

目的 使用二代测序技术检测广州地区人类免疫缺陷病毒（HIV）/丙型肝炎病毒（HCV）混合感染者和HCV感染者HCV基因型,了解本地区HCV基因型的流行特点。方法 在233例HCV感染者中,包括95例HIV/HCV混合感染者和138例HCV感染者,使用Illumina Miseq平台PE300模式对HCV Core和NS5B片段进行测序,采用生物信息学分析确定HCV基因型,对测序结果提示混合基因型感染的样本,使用NS5A基因型特异引物进行验证。结果 HIV/HCV混合感染者静脉吸毒感染构成比显著高于HCV感染者（77.7%对19.6% P<0.001）,HCV感染者输血感染的构成比显著高于HIV/HCV混合感染者（48.6%对3.2% P<0.001）;HIV/HCV混合感染者HCV Core基因片段平均数据量为（15456±6689） reads,HCV感染者为（14323±5321） reads,两组无显著差异（P>0.05）;HIV/HCV混合感染者HCV NS5B基因片段平均数据量为（16432±3467） reads,HCV感染者为（17611±5632） reads,也无显著差异（P>0.05）;本组228例（97.9%）HCV感染者为单一HCV基因型感染,HIV/HCV混合感染者HCV 6a型和3b型感染率显著高于HCV感染者（分别为47.4%对26.8%,P=0.001和13.7%对3.6%,P=0.005）,HCV 1b型感染率显著低于HCV感染者（20.0%对59.4%,P<0.001）;在233例入组的HCV感染者中,发现5例（2.1%）为混合基因型感染,其中4例为HIV/HCV混合感染者,1例为HCV感染者。结论 广州地区HIV/HCV混合感染者与HCV感染者感染HCV基因型构成比存在差异,其临床意义还需要探讨。     

特殊人群的丙型肝炎特点及处理

1 儿童丙型肝炎1.1 流行病学我国健康体检儿童HCV感染率约为0.7%, 曾多次接受输血的患儿HCV感染率可达到22.9%.近年来根据国内存在的HCV基因型研究报道,发现常见的基因型为1-3型.目前认为感染我国人群的HCV主要是1b/Ⅱ型和2a/Ⅲ型,1a/Ⅰ型和2b/Ⅳ型少见.香港越南尚有基因6型发现. 台湾8例手术后发生的慢性丙型肝炎病儿中的4例呈现持续性的病毒复制,但没有肝炎的临床表现.另3 例有病毒血症和慢性肝炎.5例病儿的HCV基因型为2     

四川地区丙型肝炎病毒基因型分布特点

目的研究四川地区丙型肝炎病毒(HCV)的基因型分布特点。方法收集成都市公共卫生临床医疗中心2016年1月至2017年12月收治的376例慢性丙型肝炎患者的HCV基因分型、HCV-RNA及肝功能结果,并对其进行回顾性分析。结果 376例患者共检测出5种基因型,包括1b型264例(70.21%)、2a型17例(4.52%)、3型72例(19.15%)、3b型55例(14.63%)和6a型23例(6.12%)。不同HCV基因亚型在性别、年龄、HCV-RNA及肝功能指标等方面比较,差异有统计学意义(P0.05)。3a型、3b和6a型以男性患者为主;2a型患者年龄最大,HCV RNA载量亦高于其他亚型;而6a型患者年龄最小,ALT、AST及TBil水平均低于其他亚型。结论四川地区HCV感染以基因1b型和3b型为主,不同基因亚型HCV感染者的病毒载量和肝功能具有一定差异。     

广西地区HIV合并HCV感染人群HCV基因型分布特征

目的了解广西地区艾滋病病毒(HIV)和丙型肝炎病毒(HCV)感染人群HCV基因型的分布特征。方法收集广西地区51例HCV RNA阳性HIV感染者的血清,通过对反转录巢式聚合酶链反应(RT nested-PCR)扩增HCV NS5B区段,所得终产物直接测序进行HCV基因分型。结果在51例样本中,HCV基因型以3b和6a型为主,各占23.53%(12/51),其次为1a型,占19.61%(10/51);3a型、1b型、6d型分别占13.73%(7/51)、9.80%(5/51)、1.96%(1/51),2a型、6e型各占3.92%(2/51)。分析表明,HIV合并HCV感染者的HCV基因在性别、年龄、感染途径分布差异没有统计学意义(P0.05)。结论广西地区HIV合并HCV感染者流行的HCV基因亚型至少有1a、1b、2a、3a、3b、6a、6d、6e共8种,3b和6a可能为流行的主要基因亚型,1a型次之。初步说明广西地区HIV合并HCV感染人群流行的HCV基因亚型呈多样性,同时它们与性别、年龄及感染途径无明显相关性。     

慢性丙型肝炎患者病毒基因分型与肝生化、脂代谢血清学指标的相关性研究

目的：探讨慢性丙型肝炎患者病毒基因型分布特点,以及不同 HCV 基因型患者肝生化和脂代谢指标的差异。方法应用荧光定量 PCR 和基因分型芯片对慢性丙型肝炎患者血清样本进行 HCV RNA 检测和基因分型,同时检测患者 GGT、ALT、AST、LDL-C、Apo-AⅠ、Apo-B、TG 和 TC。采用 SPSS19．0统计分析软件比较不同 HCV 基因型患者病毒载量、肝生化和脂代谢血清学指标的差异。结果我院慢性丙型肝炎患者中1b 型占77．1％,3b 型10．8％,2a 型7．4％,1b／2a 型3．5％,3a 型1．3％;1b 型和3b 型患者病毒载量高于2a 型和1b／2a 型（P ＜0．05）;3b 型患者 Apo-B和 TC 低于1b 型和2a 型患者（P ＜0．05）;肝生化和其余几项脂代谢指标在不同 HCV 基因型患者间无统计学差异。结论慢性丙型肝炎患者感染 HCV 1b 基因型较为常见,其次是3b 型和2a 型;不同 HCV 基因型患者肝生化无显著差异,但病毒载量和脂代谢指标差异有显著性。     

HIV/HCV混合感染者与HCV感染者感染HCV基因型分析

目的使用二代测序技术检测广州地区人类免疫缺陷病毒(HIV)/丙型肝炎病毒(HCV)混合感染者和HCV感染者HCV基因型,了解本地区HCV基因型的流行特点。方法在233例HCV感染者中,包括95例HIV/HCV混合感染者和138例HCV感染者,使用Illumina Miseq平台PE300模式对HCV Core和NS5B片段进行测序,采用生物信息学分析确定HCV基因型,对测序结果提示混合基因型感染的样本,使用NS5A基因型特异引物进行验证。结果 HIV/HCV混合感染者静脉吸毒感染构成比显著高于HCV感染者(77.7%对19.6%P0.001),HCV感染者输血感染的构成比显著高于HIV/HCV混合感染者(48.6%对3.2%P0.001);HIV/HCV混合感染者HCV Core基因片段平均数据量为(15456±6689) reads,HCV感染者为(14323±5321) reads,两组无显著差异(P0.05);HIV/HCV混合感染者HCV NS5B基因片段平均数据量为(16432±3467) reads,HCV感染者为(17611±5632) reads,也无显著差异(P0.05);本组228例(97.9%)HCV感染者为单一HCV基因型感染,HIV/HCV混合感染者HCV 6a型和3b型感染率显著高于HCV感染者(分别为47.4%对26.8%,P=0.001和13.7%对3.6%,P=0.005),HCV 1b型感染率显著低于HCV感染者(20.0%对59.4%,P0.001);在233例入组的HCV感染者中,发现5例(2.1%)为混合基因型感染,其中4例为HIV/HCV混合感染者,1例为HCV感染者。结论广州地区HIV/HCV混合感染者与HCV感染者感染HCV基因型构成比存在差异,其临床意义还需要探讨。     

丙型肝炎病毒分型研究进展

1989年美国学者choo等应用分子克隆技术首先获得了丙型肝炎病毒(HCV)cDNA基因克隆。此后各国学者先后从临床丙型肝炎病人和实验感染HCV动物血清中成功获得了HCV DNA基因克隆,并完成了HCV基因的一级结构测定。对已知HCV毒株核酸全序列及某些HCV毒株的部分序列分析表明,HCV基因组的变化较大,且存在不同的基因型。 一、基因型分型研究 一般认为,病毒株间核酸序列的同源性大于80％,并且具有一些型特异性的核苷酸序列,则属于相同基因型;反之,如核酸序列同源性小于80％,则分属于不同基因型。     

山东地区慢性HCV感染者病毒的基因型分布

目的明确山东地区慢性丙型肝炎及丙肝肝硬化患者感染丙型肝炎病毒(HCV)的基因型分布,探讨HCV基因型与肝脏疾病严重程度及感染途径之间的关系。方法根据HCV 5′非编码区(NCR)设计基因芯片,对山东地区慢性HCV感染者(慢性丙型肝炎128例,丙肝肝硬化42例)应用基因芯片法检测HCV基因型,并对其中22份标本进行测序,比较慢性丙型肝炎、肝硬化病人HCV基因型分布以及不同途径感染的病HCV人基因型分布的差别。结果 168例患者标本可以分型,HCV基因型分别为:1b型106例,2a型48例,1a及3b型均为2例,1b+2a混合型9例,1a+1b混合型1例;对22例患者标本测序,1b型12例,2a型9例,3b型1例,与基因芯片法检测结果完全一致;肝硬化和慢性肝炎病人的HCV基因型分布差异无统计学意义(χ2=1.82,P>0.05),有输血史者和无输血史者HCV基因型分布差异无统计学意义(χ2=7.63,P>0.05)。结论山东地区HCV主要流行株是基因1b型,其次为2a型,同时有少量的1a、3b型以及混合感染,HCV基因型与疾病的进展及感染途径无关。     

丙型肝炎病毒基因型与丙型肝炎患者自身抗体的相关性

目的探讨湖州地区丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)感染患者HCV基因型与自身抗体变化的关系,同时分析HCV含量与抗核抗体(anti-nuclear antibody,ANA)检出率的关系。方法收集湖州市中心医院2008年1月至2010年1月传染科门诊和住院HCV RNA阳性患者血清,采用DNA测序法检测HCV基因型,间接免疫荧光法检测ANA和抗平滑肌抗体,斑点免疫印迹法检测抗线粒体抗体M2、Sm、SSA、RO52、SSB及抗着丝点抗体,散射比浊法检测类风湿因子。血清样本按照HCV RNA病毒载量分为高、中、低载量3组。结果共纳入94例HCV患者,其中1a型5例(5.3%),1b型77例(81.9%),2a型9例(9.6%),3a型1例(1.1%),6a型2例(2.1%)。94例HCV患者自身抗体阳性检出率39.4%,其中1b型检出率46.8%,2a型检出率11.1%,1b型与2a型检出率比较差异有统计学意义(P0.05),其他基因型未检出自身抗体阳性。1b型77例患者可检出ANA、类风湿因子、抗平滑肌抗体、M2、SSA、RO52、SSB、抗着丝点抗体8种自身抗体,2a型9例患者检出ANA、类风湿因子和M23种自身抗体。HCV患者ANA以低滴度颗粒型为主,ANA 1∶100滴度占59.5%(2237),颗粒型占ANA的35.1%(1337),其次是着丝点型。3个载量组分别与对照组比较,差异均有统计学意义(χ2分别为6.4、19.9、53.1,均P0.05)。高载量组和低、中载量组比较,差异均有统计学意义(χ2分别为19.5、9.8,均P0.05)。结论湖州地区HCV基因型以1b型为主,HCV不同基因型与自身抗体之间存在密切的关系,其载量高低与自身抗体检出率成正比。     

慢性丙型肝炎患者病毒基因分型与血清HCV RNA水平的关系探讨

目的研究HCV基因型的分布,以探讨不同基因型感染者血清HCV RNA载量的差异。方法采用PCR法检测218例慢性丙型肝炎患者血清HCV RNA;采用ELISA法检测抗-HCV抗体;使用全自动生化分析仪测定丙氨酸氨基转移酶;采用化学发光免疫分析法测定血清肝纤维化指标;采用基因芯片法进行HCV基因分型。结果在218例HCV RNA阳性血清中共检出9种基因型,分别是lb、2a、3a、3b、6型单基因型共208例和lb+2a、lb+3b、lb+6型、2a+3a共10例四种混合基因型,其中以lb型168例(77.1%)、2a型19例(8.7%)为主;在208例HCV单基因型感染患者中发现不同基因型感染者血清HCV RNA载量无统计学差异(F=0.932,P>0.05);在168例1b基因型和40例非lb基因型感染者,性别差异无统计学意义(x2=0.857,P>0.05),两型感染者之间肝纤维化指标差别比较也无统计学意义。结论我国HCV基因型以lb型为主,基因型与HCV RNA载量及ALT水平之间无相关性。     

慢性丙型肝炎患者年龄和感染方式对抗病毒治疗应答的影响

目的探讨患者年龄和感染方式与慢性丙型肝炎患者抗病毒疗效的关系。方法应用聚乙二醇干扰素联合利巴韦林治疗113例慢性丙型肝炎患者。采用实时荧光PCR法检测血清HCV RNA定量;采用CE1区测序遗传树比对分析法检测HCV基因型。结果在20例有静脉吸毒史的患者,获得持续病毒学应答率（95.0%）明显高于54例医源性感染患者（75.9%,P〈0.05）和39例既无静脉吸毒史又无明显医源性感染患者（69.2%,P〈0.05）;在年龄≤40岁的患者,获得持续病毒学应答率（82.9%）明显高于年龄〉40岁的患者（65.1%,P〈0.05）;有静脉吸毒史的患者主要感染HCV3型（45%）和6型（50%）,而医源性感染组和其他组感染HCV1b型的比例分别为51.9%和43.6%;在无静脉吸毒史的患者中,年龄≤40岁组患者感染非HCV1型（2型、3型和6型）的比例达64.7%,而年龄〉40岁组患者感染HCV1型的比例达64.3%。结论慢性丙型肝炎患者年龄及感染方式可作为判断感染病毒基因型的参考指标,对抗病毒治疗的疗程确定和疗效预测有一定的意义。     

甘肃地区汉族HCV基因分型相关分析

目的调查甘肃地区汉族丙型肝炎病毒（HCV）基因分型分布情况及与其可能的传播途径、其他相关临床指标之间的关系。方法收集甘肃地区汉族220例患者完整数据,包括性别、年龄、可能的感染途径、病毒水平及生化检查。计量资料采用t检验以及秩和检验分析,计数资料采用卡方检验,采用多因素Logistic回归分析研究HCV基因型与临床的相关性。结果220例患者共检出1b型84例（38％）,2a型136例（62％）。对220例不同HCV基因型感染者的年龄、性别、感染途径、HCVRNA、ALT、AST、TBil、IBil、DBil、ALP、GGT等11项观察指标进行单因素分析结果表明,感染途径、HCVRNA及A¨与HCV基因型问存在相关性（Ⅳ0=23．947,P〈0．001;Z=一3．349,P=0．001;t=-2．325,P=0．021）,而年龄、性别、AST、TBil、IBil、DBil、ALP、GGT等指标均与HCV基因型无关（P〉0．05）。再经多因素Logistic回归分析显示,该3项均与HCV基因型有关（矿=3．993,P=0．046;矿=9．308,P=0．002;x^2=11．652,P=0．001）。Logistic回归分析结果显示HCVRNA高水平复制（≥10^6）患者中感染2a型较1b型患者多;ALT异常（〉49U／L）患者中感染2a型者较之感染1b型患者多;通过输血途径、口腔感染途径感染1b型的概率,较之其他途径高。结论甘肃地区汉族人群中HCV感染主要为基因1b型及2a型,且2a型较1b型更为常见。2a型患者更容易出现HCVRNA的高水平复制,且可能更容易出现肝脏损伤。输血途径感染是甘肃地区主要感染HCV的方式,其次为口腔感染,而通过以上2种感染方式感染HCV的患者1b型较2a型多。     

郴州地区HCV基因型与病毒载量的相关性分析

目的了解本地区丙型肝炎的流行特征和基因型分布,并分析HCV基因1型与非基因1型病毒载量的关系。方法选择来自郴州地区的60例HCV RNA阳性的初治丙型肝炎患者,进行HCV RNA病毒载量及HCV基因分型检测,依据基因检测结果分为基因1型和非基因1型两组,并对两组进行病毒载量的比较。计量资料满足正态分布采用t检验,不满足正态采用秩和检验。结果本地区HCV基因型有1b、3b、6a、3a、2a、2a＋3a、5a型。其中,1b型25例,占41．6％,其次为3b、6a型各11例（18．3％）,3a型6例（10％）,2a型4例（6．6％）,2a＋3a型2例（3．3％）,5a型1例（1．7％）;HCV基因1型患者中,HCV RNA载量≤100IU／ml者1例、10^4～10^5IU／ml者4例、10^5～10^6IU／ml者10例、10^6～10^7IU／ml者10例;非基因1型患者中,HCV RNA载量≤10^4IU／ml者1例、10^4～10^5IU／ml者6例、10^5～10^6IU／ml者18例、10^6～10^7IU／ml者8例、HCVRNA载量≥100IU／ml者2例。两组病毒载量进行比较,差异无统计学意义（Z=-0．302,P=0．763．）。结论郴州地区HCV基因型以1b型为主,其次为3b和6a型,同时还存在3a型、2a型、5a型,以及2a／3a混合型。HCV基因1型与非基因1型病毒载量高低无区别。     

Different distributions of hepatitis C virus genotypes among HIV-infected patients with acute and chronic hepatitis C according to interleukin-28B genotype

Objectives

The C allele of the single nucleotide polymorphism rs12979860, located near the interleukin‐28B (IL‐28B) gene, has a strong impact on hepatitis C virus (HCV) treatment response, as well as on spontaneous viral clearance. In patients with chronic hepatitis C (CHC), genotype CC carriers harbour HCV genotype 3 more commonly than those with non‐CC genotypes. The aim of this study was to compare the HCV genotype distributions, according to IL‐28B genotype, in HIV‐infected patients with CHC and those with acute hepatitis C (AHC).

Methods

The rs12979860 genotype was determined by polymerase chain reaction (PCR) in two subpopulations of HIV‐infected patients. The first consisted of 80 German patients with AHC. The second consisted of 476 patients with CHC, belonging to one German and two Spanish cohorts.

Results

In the AHC group, 31 (81.6%) rs12979860 CC carriers were infected with HCV genotype 1 or 4 vs. 32 (76.2%) among non‐CC carriers (P=0.948). In patients with CHC, among those with the CC genotype, 119 (54.6%) were infected with HCV genotype 1 or 4 and 99 (45.4%) with genotype 2 or 3, whereas in the subset with non‐CC genotypes, 200 (77.5%) harboured HCV genotype 1 or 4 and 58 (22.5%) genotype 2 or 3 (P<0.001).

Conclusions

Among HIV‐infected patients with CHC, those bearing the IL‐28B genotype CC were more commonly infected with genotype 3 than subjects with non‐CC genotypes, whereas in HIV‐infected subjects with AHC this finding was not obtained. These results strongly suggest that the protective effect of the CC genotype against evolution to CHC is mainly exerted in patients infected with HCV genotype 1 or 4.     

云南省德宏州人民医院缅甸籍华裔慢性丙型肝炎流行病学特点分析

目的：分析云南省德宏州慢性丙型肝炎（chronic hepatitis C, CHC）患者的临床资料,了解云南省缅甸籍华裔中CHC的流行病学特征和临床特点。方法回顾性分析172例于2009年1月-2012年12月就诊于我院感染科的缅甸籍华裔和中国籍CHC患者的流行病学特点。结果①172例中男88例,女84例,年龄14～73（44.47±11.34）岁,绝大多数为缅甸籍华裔（107/172,62.21%）,其中以女性（63例）和＞40岁（80例）居多,年龄大于中国籍患者（P均〈0.05）,职业以商人（68例）为主,感染途径以注射、输血和手术等医源性感染为主。②缅甸籍华裔患者大多无临床症状,主要通过体检发现;绝大多数患者病程＜10年;合并HIV感染率明显低于中国籍患者（7.48% vs.35.38%,P〈0.001）。③缅甸籍华裔和中国籍患者基线HCV RNA水平、肝硬化发病率及病程等之间差异无统计学意义（P均〉0.05）。④26例行HCV基因型检测的患者中17例为缅甸籍华裔,检测结果为3b型5例,6型4例,1b型2例,2a型1例,3a型1例,不能分出型4例。结论①缅甸籍华裔CHC患者以女性、40岁以上、商人为主,感染途径主要为医源性感染,基线HCV RNA水平、肝硬化发病率及病程与中国籍患者之间差异无统计学意义。②缅甸籍华裔患者HCV基因型呈多样化,以基因3b、6型及不能分型为主,合并HIV感染率明显低于中国籍患者。