R 语言meta包在Meta分析中的应用

目的介绍一般Meta分析方法在R语言meta包上的实现。方法以实例说明了R语言中meta包的使用方法,并将其与STATA和RevMan作比较。结果通过R语言的meta包分析,从中可得到Meta分析固定效应模型与随机效应模型下的合并效应值、森林图和漏斗图,还可做影响性分析等。结论R语言Meta分析的能力十分强大、使用简便,它与STATA的功能基本一致,其有些模块的操作要比STATA简单,而且它是一个完全免费的软件。     

应用R语言MetaOmics分析流程实现基因芯片数据的Meta分析

随着基因芯片技术的发展和检测成本的下降,近年来成千上万的基因表达谱研究被公开发表,因此基于基因表达芯片数据的Meta分析对于进一步验证具有重要意义。美国匹兹堡大学研究人员开发的基于R语言的MetaOmics分析流程目前包含的MetaQC、MetaDE和MetaPath程序包,可分别用于基因芯片数据Meta分析质量控制、差异基因筛选以及后续功能分析。本文以9例前列腺癌基因表达谱研究为例,介绍通过MetaOmics基因芯片数据实现Meta分析的具体步骤,为其临床应用提供参考。     

基于中位数为效应量的Meta分析及R实现

中位数是在连续变量为非正态分布时采用的统计描述方法,本文旨在探讨以中位数为效应量进行Meta分析的可行性。本文以中位数为效应量进行Meta合并的统计基础和常见实现方法,并用R软件实现。通过R软件中的metamedian程序包实现了以中位数为效应量的Meta分析,并进行异质性分析。本文可为Meta分析中的对基于中位数的效应量的处理提供另外一种可行的方案。     

在R软件中实现单个率的Meta分析

目的介绍在R软件中实现单个率的Meta分析方法。方法在R软件中加载Meta分析程序包,录入Meta分析数据,用实例数据进行Meta分析。结果单个率资料的Meta分析要求率的分布服从正态分布,R软件提供了四种率的转换方法。对实例数据进行正态性转换后进行Meta分析,其合并率及95%可信区间与原文一致。结论 R软件可以实现对单个率研究结果的Meta分析,功能强大,实用性强。     

网络Meta分析在R软件中的实现

目的介绍网络Meta分析方法及其在R软件的实现。方法以实例说明,采用R软件lme（）函数,通过对来自5个预防人类免疫缺陷病毒感染者发生复合鸟分支杆菌感染事件随机对照研究的3种药物和安慰剂进行直接和间接比较,进行网络Meta分析。结果直接和间接比较结果表明,所有药物较之于安慰剂均可以减少人类免疫缺陷病毒感染者出现复合鸟分支杆菌事件发生,克拉霉素和阿奇霉素较之于利福平均可以减少人类免疫缺陷病毒感染者出现复合鸟分支杆菌事件发生;而对无直接比较证据的克拉霉素与阿奇霉素,间接比较结果显示两者差异无统计学意义。结论合并多个干预措施效果和没有所有干预措施直接比较证据时,采用网络Meta分析方法合并直接和间接比较结果是一种正规的方法。     

R软件metamisc程序包在Meta分析中的应用

R是当前国际最受欢迎的软件之一,在Meta分析方面应用广泛且功能强大。metamisc程序包是Thomas Debray等基于经典统计学方法研发的用于实现诊断准确性资料Meta分析的程序包,该程序包具备实现汇总敏感度和特异度、亚组分析、回归分析等功能。本文结合实例对R软件metamisc程序包实现诊断准确性数据Meta分析的方法进行详细介绍。     

基于R软件单组率Meta分析研究9种中医体质的人群分布

目的 对中国人群中医体质类型分布情况进行系统评价,为9种中医体质类型全国常模的建立提供循证医学证据。方法 在中国知网、万方数据知识服务平台、维普网、PubMed数据库、Cochrane数据库中检索9种中医体质类型流行病学调查的文献,采用R软件单组率Meta分析对9种中医体质类型的构成比进行合并,根据构成比的潜在影响因素的Meta回归分析结果进行亚组分析。结果 共纳入19篇文献,总样本量为175 331。Meta分析结果显示,平和质、气虚质、阳虚质、阴虚质、痰湿质、湿热质、血瘀质、气郁质、特禀质的构成比分别为0.29（95% CI：0.23～0.36）、0.15（95% CI：0.13～0.18）、0.15（95% CI：0.13～0.18）、0.07（95% CI：0.05～0.10）、0.09（95% CI：0.07～0.12）、0.08（95% CI：0.06～0.10）、0.04（95% CI：0.03～0.05）、0.06（95% CI：0.05～0.08）、0.03（95% CI：0.02～0.04）,“男女性别比”是阴虚质构成比的影响因素,“是否兼夹”是阴虚质、痰湿质、湿热质、血瘀质构成比的影响因素,“地区”是平和质、血瘀质、气郁质、特禀质构成比的影响因素。结论 中国人群平和质比例不足1/3,气虚质、阳虚质是最常见的偏颇体质,地域是人群体质的主要影响因素,中医体质类型调查报告有待规范。     

累积Meta分析在Stata中的实现

累积Meta分析是指在研究领域中按时间次序及时地进行新的Meta分析的过程。应用Stata的metacum命令可以轻松地实现累积Meta分析,以网络数据为例,详细介绍Stata进行累积Meta分析的具体操作过程。     

附加轮廓线漏斗图的绘制在R软件中的实现

目的介绍附加轮廓线漏斗图在R软件中的实现及应用。方法对实例中的数据采用R软件“meta”扩展包的funnel（ ）和trimfill（ ）函数绘制附加轮廓线漏斗图,并判断缺失研究分布的区域。结果通过观察附加轮廓线漏斗图,可以发现存在不对称,缺失数据分布在无统计学显著性区域,表明存在发表偏倚。结论附加轮廓线漏斗图可以用来帮助判断漏斗图不对称是发表偏倚还是其他原因导致。     

R语言在医学院校生物信息学实验教学中的应用与探索

分析生物信息学及其研究工具R语言的特点,以山西医科大学为例阐述生物信息学实验教学现状以及以学生为中心的实验教学方案设计,实践表明该方案对提高学生成绩具有一定作用。     

基于R语言平台的糖尿病证候分布演化规律研究

糖尿病证候分布演变规律的研究对中医治疗糖尿病的临床决策具有重要的意义。本文提出基于R语言平台,以大量临床证候数据作为研究对象,采用聚类分析数据挖掘算法,构建糖尿病证候分布模型;以年龄作为时间变量,构建糖尿病时间序列证候分布演化模型;采用时间序列相似性分析方法,将数据可视化展示,结合中医临床知识分析数据挖掘结果。本研究为糖尿病证候分布演变研究提供一种新的思路与方法,对探究糖尿病证候分布演变的本质产生积极作用,并指导临床实践。     

有序数据的Meta分析方法及SAS实现

目的介绍有序数据的Meta分析方法及其在SAS软件的实现。方法以实例说明,采用两步法：第一步,基于累积比数模型,采用SAS中的GENMOD过程计算产生每个研究的效应量及其标准误;第二步,采用固定效应模型和随机效应模型以SAS中的MIXED过程进行经典Meta分析。结果固定效应和随机效应模型Meta分析结果显示,汇总比值比及95％可信区间均为2．8539（2．1064,3．8648）。结论对于有序数据,可以应用SAS中的GENMOD过程和MIXED过程进行Meta分析。     

无对照二分类资料的Meta分析方法及Stata实现

目的介绍无对照二分类资料Meta分析方法及在Stata软件中的操作步骤。方法首先介绍3种数据类型无对照二分类资料Meta分析的原理及方法,再用Stata软件对3个实例数据进行Meta分析。结果无对照二分类资料Meta分析的关键是选择服从正态分布或可转化为正态分布的指标。3个实例数据经正态转换后进行Meta分析,结果与原文一致。结论Stata软件可实现无对照二分类资料（含患病率、发病密度和比值）的Meta分析,操作简单,实用性强。