基于纳米孔测序技术的呼吸道病原体快速确认

目的验证纳米孔测序技术在呼吸道病原体应急检测中的可行性。方法对某上呼吸道感染患者的咽拭子标本进行总核酸抽提并定量,接着进行cDNA的逆转录合成和测序文库构建,在便携式三代测序仪MinION上进行测序,然后对测序数据进行病原分类学分析,最后使用实时荧光定量PCR验证测序结果。结果 MinION在15 h内共计产生188 063条有效序列。测序数据分析表明,在咽拭子样本中同时检测到人呼吸道腺病毒7型和甲型流感病毒H3N2亚型,分别有19和4条序列匹配到参考基因组。测序开始9 h内,MinION已分别产出78.95%的7型腺病毒序列和100%的H3N2序列。从取样到初步获得鉴定结果,流转时间为18.6 h。实时荧光定量PCR与测序结果一致。结论 MinION用于呼吸道病原体的快速检测具有可行性,且具备同时检测多种病原体并对病原分型的能力,在暴发疫情和呼吸道病毒应急检测方面具有应用价值。     

纳米孔测序技术在微生物基因组学研究中的应用

自然界里的微生物种类繁多,以往对微生物的研究大多集中在单一培养和定性分析方面,微生物基因组学从对微生物完整的全基因核苷酸测序入手,研究微生物基因组组成,并进一步分析组内各基因的精确结构、相互关系及表达调控,从而实现对微生物生物学功能的全面把握.传统测序方法读长短,后续数据分析和基因组拼接存在较大困难,第三代测序技术又称...     

噬菌体展示技术在病原体血清学检测中的应用研究进展

噬菌体展示技术广泛应用于临床治疗、诊断和科研等诸多领域并在病原体血清学检测新方法的研究方面显示出明显优势。利用该技术研究者可以在短期内筛选获得具有检测及诊断价值的抗原表位、特异性的结合肽以及重组抗体分子,彻底改变了抗体制备的传统途径,使得大量制备多样化的重组抗体分子成为可能。掌握噬菌体展示技术在病原体血清学检测中的特点,为该技术在筛选目标靶分子的血清学检测中寻求新的突破。     

二代测序技术在肺腺癌相关基因突变状态检测中的应用

目的 探讨二代测序技术在肺腺癌相关基因突变状态检测中的应用效果,以期为临床诊断、预后和治疗提供参考价。方法 回顾性分析2019年12月—2021年3月本院收治的45例肺腺癌患者临床资料,45例患者均通过二代测序技术检测肺腺癌9种常见相关驱动基因(EGFR、MET、KRAS、HER2、BRAF、PIK3CA、ALK、ROS1、RET),分析基因检测结果。结果 45例患者中肺腺癌相关基因变异38例,其中组织检测变异占比82.05%(32/39),外周血检测变异占比44.44%(4/9),胸水检测变异占比50.00%(2/4);肺腺癌常见基因改变54个,平均1.20个; 39例初治患者共发现基因改变45个,平均1.15个; 6例治疗后(含放化疗及靶向治疗)患者共发现基因改变9个,平均1.50个; EGFR基因变异阳性率最高(48.15%),其次为MET(16.67%)和KRAS(11.11%)。结论 二代测序技术可作为分析肺腺癌基因突变的检测手段,EGFR突变频率较高,对肺腺癌的临床诊疗具有一定的指导意义。     

核酸扩增技术在病原体检测中的应用

传统的病原体检测方法在检测敏感性、特异性、应用范围等方面存在许多不足.PCR技术已被用于感染早期的病原体检测,但在应用过程中也面临不少问题.近年来出现的新的核酸扩增技术可弥补普通PCR技术的缺点.此文就其中依赖核酸序列的扩增技术、PCR-胶体金免疫层析技术和多重荧光实时PcR技术进行综述.     

基于纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒的测序鉴定及其基因特征分析

目的 利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法 对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养,联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件,分析病毒基因特点。结果 系统发育进化树显示,该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支,宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近,与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂,具有明显的遗传多样性。分子特征显示,该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征,倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上,该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论 本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒,分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低,但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。     

三代测序技术在临床微生物检验中的应用进展

感染性疾病是一类常见的临床疾病。临床微生物室鉴定病原体物种与耐药性结果对治疗感染性疾病有重要指导作用,但传统培养耗时长、阳性率低,远不能满足临床需求,三代测序（TGS）技术采用不依赖于培养的鉴定方法,直接对DNA或RNA进行测序,耗时短、读长较长、体积袖珍,在临床微生物鉴定、耐药性判断和传染性疾病监控中发挥重要作用,是未来微生物室内与床旁检测病原体的重要发展方向。     

LAMP技术及其在人类传染病病原体检测的研究进展

自1985年PCR方法发明以来,在传染病检测领域得到了广泛应用,但是人们一直未间断探索更为特异、敏感、快速、简便的方法来发展常规的PCR方法。日本学者Notomi等[1]于2000年发明了一种全新的核酸扩增方法———环介导等温扩增技术(LAMP,loop-mediated isothermal amplification),     

二代测序在检测感染性心内膜炎患者心脏瓣膜组织病原体中的应用

目的评估二代测序(NGS)技术在检测感染性心内膜炎(IE)患者瓣膜中潜在病原菌的应用价值,为IE的诊断和术后治疗提供帮助。方法根据改良Duke标准,对IE患者和排除IE患者的瓣膜组织进行传统培养,同时应用NGS技术直接检测瓣膜组织上的病原菌,并将其检测结果与血培养、病理涂片染色结果进行比对。结果 NGS的灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值分别为95.0%、85.7%、95.0%和85.7%,血培养分别为30.0%、100.0%、100.0%、30.0%,瓣膜培养为10.0%、100.0%、100.0%、28.0%。结论与传统培养方法相比,NGS检测IE瓣膜赘生物的灵敏度更高,时间短。NGS对IE的诊断,尤其是培养结果为阴性疑似IE的诊断和治疗有较大的应用价值。     

宏基因组二代测序在儿童感染性疾病中应用的研究进展

儿童因各系统发育不成熟、免疫力低下等因素,面临着更为严重的感染风险,因此确定感染类型,快速明确病原微生物,早期精准诊治尤为重要.随着高通量技术的发展,宏基因组二代测序技术直接对样本中的DNA或RNA进行高通量测序,能够快速、客观的一次性检测出样本中的多种病原微生物,为急危重症和疑难感染性疾病提供了诊断依据.该文对宏基因组二代测序在儿童感染性疾病中病原体检测应用的最新研究进展进行综述.     

医院感染常见病原体快速检测方法的研究进展

病原微生物的分离培养仍是目前发现医院获得性感染最直接的证据,但相对较长的报告周期不能满足医院对获得性感染早期发现、早期干预的需求。随着分子生物学技术的兴起和发展,大量基于基因水平和蛋白水平的微生物快速诊断技术被迅速应用于临床微生物实验室。分子杂交技术、基因芯片技术等不仅可以大大减少结果报告时间,而且可以对菌株进行种属水平间差异的检测;基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术的应用更是填补了蛋白组学在微生物领域中应用的空白;宏基因组二代测序技术也日渐成熟,目前已被成熟地应用于无菌体液等病原体的检测中。基于多位点序列分析技术的病原体同源性分析也被广泛应用于多项研究。本文仅对医院获得性感染微生物的快速诊断技术做一简要综述,以期为开发医院获得性感染病原体的快速检测技术提供借鉴和参考。     

第二代测序技术在检测母血浆胎儿游离DNA中的应用研究

母血浆中胎儿游离DNA的发现为遗传疾病的诊断、妊娠相关疾病及无创性产前诊断提出新的研究思路,随着不断对母血浆胎儿游离DNA的检测技术的更新、改进,第二代测序技术的出现使对胎儿游离DNA的理论研究转变为广泛应用,大大促进了人们对母婴一些疾病的认知和预测,避免缺陷儿的出生.本文就母血浆胎儿游离DNA的生物学特性、与临床疾病关系、检测技术的进展以及第二代测序技术在检测母血浆胎儿游离DNA中的应用进展情况进行综述.     

SMRT测序技术在6例平衡易位断裂点检测中的应用

目的探索三代单分子实时(single molecule real time, SMRT)测序技术在胚胎植入前遗传学检测(preimplantation genetic testing, PGT)领域阻止染色体平衡易位向子代传递的应用价值。方法 2021年1月至2021年6月期间在空军军医大学唐都医院妇产科生殖医学中心利用三代SMRT测序技术, 对6对夫妇中染色体平衡易位携带者的外周血全基因组进行测序, 鉴定平衡易位断裂点并构建断裂点附近的单体型, 然后通过PGT对胚胎染色体非整倍性及结构进行检测, 获得完全正常的胚胎进行移植。结果通过全基因组三代SMRT测序检测到了平衡易位断裂点并且精确到单碱基水平;6对参与实验的夫妇通过对移植前的囊胚检测, 均明确断裂点位置, 最终5对夫妇获得完全正常的胚胎。结论三代SMRT测序技术可在全基因组范围内将携带者的平衡易位断裂点精确至单碱基水平, 可应用于PGT领域阻断染色体平衡易位向子代的传递。     

纳米孔测序技术在病原体现场快速确认中的应用与挑战

国外暴发的埃博拉出血热、寨卡病毒病和拉萨热疫情表明,我们亟需一种快速、有效的病原体现场检测技术来应对新发和烈性传染病。现有的二代测序平台能实现病原体快速鉴别,但对运行环境要求比较苛刻,样本制备过程相对复杂,测序运行时间较长,数据分析也依赖高性能计算设备,限制了其在非实验室环境下的现场检测应用。而作为三代测序技术代表之一的Oxford Nanopore Technologies(ONT)纳米孔测序平台具有实时、长读长、测序通量高、流转时间短、文库制备流程简易等优势,而ONT测序平台MinION更是以便携、低成本的特性而独具病原体现场快速确认的能力。本文主要对纳米孔测序技术在病原体现场快速确认中的应用与挑战进行综述。     

社区获得性肺炎病原体检测方法研究进展

社区获得性肺炎（CAP）是常见的呼吸道感染性疾病,目前对CAP病原体的检测仍是难点。早期确诊CAP病原体,明确病因,进而早期进行有效治疗,对预后至关重要。采取灵敏有效的检测方法是病原学诊断的关键。本文对CAP病原体检测方法的研究进展进行综述     

基于宏基因组二代测序的聚集性发热事件病原体鉴定

目的 探讨宏基因组二代测序(m NGS)在聚集性发热事件病原体鉴定中的作用。方法 分析2020年4月25日本地区某学校某班级15例不明原因聚集性发热病例的临床特征及诊治。所有患者均给予常规病原学检测方法(细菌培养、抗原抗体检测、核酸检测等),并选择2例症状较重患者,行支气管肺泡灌洗液(BALF)宏基因组二代测序(m NGS)分析及细菌培养鉴定。结果 15例患者均有发热,打喷嚏5例,外周血白细胞升高10例,胸部CT提示肺部斑片状高密度影改变2例。所有患者Ig M抗体、Ig G抗体、流感病毒核酸、呼吸道病原体抗体谱(肺炎支原体、衣原体、呼吸道合胞病毒、腺病毒、流感病毒和副流感病毒Ig M抗体)、曲霉菌半乳甘露聚糖抗原检测(GM试验)、隐球菌乳胶凝集试验、全血细菌分离培养和鉴定结果均为阴性。BALF m NGS分析显示缓症链球菌基因组5个位点检测深度达100以上,3个位点达200以上,肺炎链球菌4个位点检测深度达100以上,但所有位点均未超过200。根据m NGS结果应用抗生素后,所有患者症状消失。BALF培养和鉴定亦为缓症链球菌。结论 此次不明原因聚集性发热事件的病原体为缓症链球菌,m N...     

环境内分泌干扰物检测方法研究进展

环境内分泌干扰物对动物和人类的潜在效应日益受到关注，已成为继煤烟、汽车尾气之后迫切需要治理的第三代环境污染物。当前十分需要快速准确检测环境内分泌干扰物的技术方法。本文对环境内分泌干扰物相关检测技术进行了综述。     

多重聚合酶链式反应在脓毒血症病原体检测中的应用

目的探讨多重聚合酶链式反应(PCR)在脓毒血症病原体检测中的灵敏度、特异性及检测时间,为多重PCR在脓毒血症病原体检测中的应用提供理论依据。方法采用多重PCR和血培养检测医院40例脓毒血症患者血液中的病原体,并比较两种检测方法的灵敏度、特异性、检测速度、检测菌种的差异,并以同期40名健康体检者血标本作为对照;采用SPSS 15.0软件进行数据处理,检测阳性结果以率的形式表示,并进行χ2检验。结果对照组中两种方法的阳性率差异无统计学意义,脓毒血症组多重PCR检测的阳性率为55.0%,血培养为82.5%,两者比较差异有统计学意义(P<0.05),且血培养检测出18例脓血症患者中共有11例PCR检测为阳性,占61.1%;多重PCR特异性为80.7%,灵敏度为95.7%;脓毒血症组多重PCR的平均检测时间为(6±0.56)h,血培养法为(30.78±1.45)h,差异有统计学意义(P<0.05);从22份阳性血培养中共分离出4种病原菌,分别为金黄色葡萄球菌10株、铜绿假单胞菌7株、鲍氏不动杆菌3株、表皮葡萄球菌2株,多重PCR均能检测上述病原菌的DNA。结论在脓毒血症病原学的检测中,多重PCR较血培养具有更高的敏感性和特异性,检测时间也较血培养明显缩短,有利于脓毒血症病原体的快速检测,指导临床用药。     

纳米孔DNA检测技术的突破性进展

由于纳米技术与生命大分子以及亚细胞结构在空间尺度上的吻合，前者的发展为蛋白质、DNA以及细胞器等的研究提供了更多的可能性。90年代中期哈佛大学Branton实验室和康乃尔的Craighead实验室先后在《自然》和《科学》杂志上撰文，发表了单链DNA在电场作用下通过纳米孔通道研究发现，提出了纳米通道DNA测序的设想。在随后的10年里，众多实验室进行了大量的相关研究，