大肠埃希菌获得性耐药基因检测及指标聚类分析

目的 调查大肠埃希菌45种获得性耐药基因和7种可移动遗传元件遗传标记基因的存在状况,以及获得性耐药基因和可移动遗传元件遗传标记基因的相关性.方法 收集南京医科大学第一附属医院2006年3月-2008年10月患者尿液标本中分离的大肠埃希萄共60株,采用聚合酶链反应(PCR)法分析45种β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类获得性耐药基因和7种整合子、转座子、插入序列、接合性质粒遗传标记基因,并用指标聚类分析(SPSS法),分析β-内酰胺类、氨基糖苷类和喹诺酮类获得性耐药基因与整合子、转座子、插入序列、接合性质粒遗传标记基因的相关性.结果 60株大肠埃希菌共检测到10种获得性耐药基因(包括3种β-酰胺类获得性耐药基因、6种氨基糖苷类获得性耐药基因、1种喹诺酮类获得性耐药基因);且7种可移动遗传元件遗传标记基因均有检出,包括1种整合子基因遗传标记基因、4种转座子和插入序列基因遗传标记基因、两种接合性质粒遗传标记基因,其余35种基因均未检测到;SPSS法将上述阳性检出基因分成A和B两大簇群.结论 大肠埃希菌对抗菌药物的耐药表型与获得性耐药基因相关,且可移动遗传元件的水平转移使细菌的耐药性在同种细菌菌株之间甚至不同种细菌菌株之间得以快速传播;获得性耐药基因与可移动遗传元件遗传标记基因的指标聚类分析显示,在A簇群中,aadA5与intⅠ 1、CTX-M-55与ISEcp1、TEM-1与IS26较为相关,并有可能位于携带traA、trbC性毛基因的接合性质粒上,在B簇群中,aac(6')-Ⅰb与Tn21较为相关.     

水中携带非接合性质粒CTX-M型产ESBL大肠埃希菌耐药基因捕获与转移研究

目的初步探索长江水系重庆段地表水中携带非接合性质粒CTX-M型产超广谱β-内酰胺酶(Extended-Spectrumβ-Lactamases,ESBL)大肠埃希菌(Escherichia coli,E.Coli)捕获氨基糖苷类修饰酶(aminoglycoside modifying enzyme,AME)编码基因及水平转移β-内酰胺酶编码基因(bla)规律,为预防与控制产ESBL大肠埃希菌危害提供理论依据。方法采用滤膜法分离、梅里埃微生物分析系统鉴定菌株;将从长江水系重庆段地表水分离出的大肠埃希菌中筛选出2株供体菌与受体菌进行接合,形成转移接合子,再次将该转移接合子与E.Coli NK5449进行接合,观察AME编码基因和bla CTX基因转移情况;用纸片扩散法测定相关菌株耐药谱;用PCR方法检测分析供、受体菌与转移接合子bla基因型、AME编码基因及整合子携带情况,并用随机扩增多态性分析技术判断相关菌株与质粒同源性。结果携带非接合性质粒的产ESBL大肠埃希菌可作为受体菌与携带AME编码基因的非产ESBL供体菌接合,接合频率分别为1.6×10-6和7.2×10-6。借助外来可移动基因元件,其本身又可转变为供体菌,将bla CTX基因向其他受体菌水平转移,接合频率分别为3.7×10-6和7.4×10-6。结论与携带接合性质粒的产ESBL大肠埃希菌相比,携有非接合性质粒的产ESBL大肠埃希菌缺失bla CTX基因转移能力是暂时的,当有外来接合质粒、整合子或其他可移动基因元件协同作用时,该类菌株可实现耐药基因的捕获与转移,在扩大自身耐药谱同时,也可将自身blaCTX基因以较高的频率传递给其他菌株,这将促进水环境中耐药基因的扩散,增加对人类健康的威胁。     

下呼吸道分离肺炎克雷伯菌CRISPR-Cas系统分布及其与细菌毒力的相关性

目的 了解下呼吸道分离肺炎克雷伯菌规则间隔的短回文重复序列及相关蛋白(CRISPR-Cas)系统分布及其与细菌毒力的相关性。方法 收集2019年8月-2021年12月淄博市第一医院下呼吸道标本分离的200株非重复肺炎克雷伯菌进行毒力基因、CRISPR-Cas系统基因检测，分析下呼吸道分离肺炎克雷伯菌中CRISPR-Cas系统的亚型分布、CRISPR-Cas系统亚型与细菌毒力基因的相关性。结果 200株下呼吸道分离的肺炎克雷伯菌中除毒力基因prmpA2外，毒力基因iucA、iroB、prmpA、peg-344的阳性率均在50%以上；200株菌中携带CRISPR-Cas系统I-E*型菌株50株，占比25.00%,携带CRISPR-Cas系统I-E型菌株21株，占比10.50%;质谱图谱聚类分析发现，CRISPR-Cas系统I-E*型肺炎克雷伯菌具有同源性，CRISPR-Cas系统I-E型菌株中未发现聚类现象；毒力基因在携带CRISPR-Cas系统I-E*型菌株中的阳性率高于CRISPR-Cas系统基因阴性菌株(P<0.05),毒力基因在CRISPR-Cas系统I-E型阳性菌株及CRI...     

产ESBLs大肠埃希菌获得性耐药元件指标聚类分析

目的探讨分析产ESBLs大肠埃希菌其水平获得性耐药基因和可移动遗传元件(MGEs)的携带状况,并分析各种水平获得性耐药基因与各种MGEs的相关性,为临床提供参考依据。方法收集医院2013年分离到的20株产ESBLs大肠埃希菌,检测了25种β-内酰胺类药物耐药相关的酶基因、12种氨基糖苷类药物耐药相关的酶基因、1种消毒剂与磺胺耐药重叠基因以及9种可移动遗传元件(MGEs)遗传标记,并用指标聚类分析法探讨水平获得性耐药基因和MGEs遗传标记的相关性。结果 20株产ESBLs大肠埃希菌共检出6种β-内酰胺酶基因、4种氨基糖苷类修饰酶基因、1种消毒剂与磺胺耐药重叠基因以及7种可移动遗传元件遗传标记;指标聚类分析(UPGMA法)提示β-内酰胺酶基因blaTEM、blaCTX-M-9 cluster,氨基糖苷类修饰酶基因aac(3)-Ⅱ、aac(6′)-Ⅰb、aadA5,消毒剂与磺胺耐药重叠基因qacE△1-sul1与可移动遗传元件intⅠ1、ISEcp1、IS26、IS903、traA、trbC可能存在关联,其中消毒剂与磺胺耐药重叠基因qacE△1-sul1与Ⅰ类整合子的整合酶基因intⅠ1存在高度关联。结论产ESBLs大肠埃希菌携带获得性耐药基因可导致对相关抗菌药物耐药,且可移动遗传元件的水平转移使细菌耐药性在同种细菌之间甚至不同种细菌菌株之间得以快速传播;指标聚类分析提示β-内酰胺酶基因blaTEM、blaCTX-M-9 cluster,氨基糖苷类修饰酶基因aac(3)-Ⅱ、aac(6′)-Ⅰb、aadA5,消毒剂与磺胺耐药重叠基因qacE△1-sul1为可移动遗传元件介导。     

耐药铜绿假单胞菌获得性耐药基因与可移动遗传元件检测的指标聚类分析

目的 调查多耐药铜绿假单胞菌(MDRPA)中获得性耐药基因和可移动遗传元件遗传标记存在状况及两者的相关性.方法 收集柳州市三级医院2011年1-12月标本中分离的MDRPA共20株,采用聚合酶链反应(PCR)法分析33种β-内酰胺酶基因、15种氨基糖苷类修饰酶基因、6种16S rRNA甲基化酶基因和15种可移动遗传元件标记基因,并对检测结果作了指标聚类分析.结果 20株MDRPA中共检出4种β-酰胺类获得性耐药基因、4种氨基糖苷类获得性耐药基因,5种可移动遗传元件遗传标记;指标聚类分析显示,获得性耐药基因与多种可移动遗传元件相关联;aac(3)-Ⅱ、aac(6')-Ⅱ与Tn 21/merA、ISpa7、intⅠ 1、trbC高度关联,IMP、aph3'-Ⅱb、DHA、aac(6')-Ⅰ b与之也有不同程度的关联.结论 20株MDRPA携带获得性耐药基因可导致对相关抗菌药物耐药,且可移动遗传元件的水平转移使细菌的耐药性在同种细菌菌株之间甚至不同种细菌菌株之间得以快速传播.     

基于管家基因与水平转移基因的菌株亲缘性分析

目的了解30株多药耐药鲍氏不动杆菌(MDRAB)的菌株亲缘性。方法对该组MDRAB完成了2种与耐药相关的管家基因和49种水平转移获得与β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类耐药相关基因,以及13种接合性质粒、转座子、插入序列、整合子等可移动遗传元件遗传标记检测,并对检测结果作了样本聚类分析。结果 30株MDRAB多态性明显,多数菌株已发生演化;只有A群与B群为克隆传播,水平转移基因检测阳性的模式可分15种。结论与耐药相关的管家基因和水平转移获得的耐药基因均为显性遗传,与我们研究耐药菌所观察的表型相对应,为追溯耐药菌传播途径提供了方便。     

可移动性遗传元件介导的产ESBLs大肠埃希菌耐药机制的研究进展

近年来,由于抗生素的广泛使用,临床分离的产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)大肠埃希菌越发常见,对其耐药机制的研究也已成为国内外研究热点。病原菌的耐药机制是由于病原菌自身抗菌药物作用靶位的基因突变和病原菌俘获携带耐药基因的可移动性遗传元件(horizontal mobile elements,HMEs)(质粒、转座子、插入序列、整合子)所致。目前,由可移动遗传元件介导的细菌间基因的水平转移屡见不鲜。作者主要对HMEs与产ESBLs大肠埃希菌耐药性的关系进行综述。     

用于耐药基因体内转移研究的双荧光标记供体菌的构建

目的构建红色荧光基因标记基因组、绿色荧光基因标记RK2质粒的双荧光标记供体菌,以实现对耐药质粒在动物体内接合转移的可视化观察。方法利用RED重组技术,以Td-Tomato基因作为表达红色荧光蛋白(RFP)的基因,将Td-Tomato基因插入asl基因中间,并敲入到大肠杆菌K12基因组中制备成K12Td-tomato细菌。同时构建带有EGFP基因标记的RK2质粒EGFP-RK2,并电转K12Td-tomato细菌感受态细胞,实现双荧光标记供体菌的构建。结果构建的K12Tdtomato:RK2 (EGFP)供体菌能够稳定的同时发出绿色和红色荧光,并且荧光的表达是自发的,不需要底物的诱导。结论利用基因组技术可以构建双荧光标记的供体菌,为对耐药基因在生物体内的转移扩散研究提供了可行性。     

肺炎克雷伯菌质粒编码的AmpC酶和超广谱β-内酰胺酶的表型和基因型分析

目的研究肺炎克雷伯菌质粒编码的AmpC酶和超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）的表型和基因型。方法利用3-氨基苯酚硼酸及ESBLs确认试验检测AmpC酶与ESBLs表型,接合转移试验了解质粒在细菌间的传递;通过质粒的提取、纯化,PCR反应及序列分析,研究肺炎克雷伯菌质粒携带的ampC基因和ESBLs基因类型。结果从肺炎克雷伯菌中获得1条约15 kb大小的质粒,此质粒可通过接合转移方式将耐药性传递至大肠埃希菌,以从肺炎克雷伯菌及接合转移后的接合子细菌中,提取的质粒为模板,均可扩增出DHA型ampC基因及SHV型ESBLs基因,序列分析进一步证实ampC及ESBLs基因型分别为DHA-1型及SHV-12型。结论从肺炎克雷伯菌可转移的质粒中,检测到DHA-1型ampC基因及SHV-12型ESBLs基因。     

整合子-基因盒系统研究进展

1989年Stokes等[1]正式提出了整合子(integron)-基因盒(gene cassette)系统的概念,整合子是含有位点特异重组系统和基因盒的遗传结构,是天然的克隆和表达系统,具有整合、切除和表达基因盒的功能[2-4]。整合子在介导和传播细菌耐药性,以及对细菌基因组进化方面发挥着重要作用[2]。1整合子的分类整合子根据整合酶基因的不同分类,迄今已发现10类整合子,其中5类整合子含有抗生素耐药基因盒[5],各类整合子似乎能捕获相同的基因盒。Ⅰ类整合子在转座子(如Tn21)、质粒以及细菌染色体上被发现,其结构类似于缺陷型转座子或转座子残基,Ⅰ类整合子在临…     

多药耐药肺炎克雷伯菌尿液分离株检出gyrA基因新亚型

目的了解1株多药耐药肺炎克雷伯菌的遗传学背景。方法采用聚合酶链反应(PCR)的方法分析1株多药耐药肺炎克雷伯菌可能存在的65种耐药相关基因:包括β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类耐药相关基因及可移动的遗传元件(整合子、转座子、接合性质粒)遗传标记、抗菌制剂外排泵基因。结果该株多药耐药肺炎克雷伯菌耐β-内酰胺类药物基因检出blaTEM,耐氨基糖苷类药物基因检出aph(3′)-Ⅰ,耐喹诺酮类药物基因检出gyrA,Ⅰ类整合子遗传标记检出intⅠ1,转座子遗传标记检出tnp513,接合性质粒遗传标记检出trbC;抗菌制剂外排泵基因检出qacE△1-sul1,gyrA基因是新亚型(GenBank登录号:JN232083),83位密码子突变方式为TCG→TTC,导致氨基酸从丝氨酸(S)→苯丙氨酸(F);87位密码子突变方式为GAC→GCC,导致氨基酸从天冬氨酸(D)→丙氨酸(A)。结论携带多药耐药基因和抗菌制剂外排泵基因是这株肺炎克雷伯菌呈多药耐药的主要原因,携带多种可移动遗传元件使细菌的耐药性在同种细菌菌株之间,甚至不同种细菌菌株之间得以快速传播。     

纳米氧化铝促进多重耐药质粒RP4接合转移机制的初步研究

目的 探讨纳米氧化铝(Al<,2>O<,3>)对细菌抗氧化系统和接合基因转录活性的影响,阐明纳米Al<,2>O<,3>促进多重耐药质粒RP4接合转移的机制.方法 接合供体菌为E.coli HB101(RP4),受体菌为沙门菌50312(Salmonella aberdeenKauffmann 50312 str<'R>...     

弗氏枸橼酸杆菌中发现介导 blaKPC-2传播的新型质粒及比较基因组学分析

目的探讨来自弗氏枸橼酸杆菌的产碳青霉烯酶的新型不相容群组质粒pNY2385-KPC的耐药机制及基因结构特征。方法从宁波市医疗中心李惠利医院急诊病房的发热患者尿液样本中获得1株多药耐药菌。采用16S rRNA基因扩增和平均核苷酸一致性(ANI)进行菌种鉴定;采用全自动细菌鉴定及药敏分析系统检测细菌MIC值;通过"三代"测序方法获得基因组序列, 然后通过BLASTP/BLASTN、RefSeq、ConservedDomains、ResFinder、Isfinder等对基因功能进行详细注释及比较基因组学分析。结果弗氏枸橼酸杆菌NY2385携带的质粒pNY2385-KPC为一种新型不相容群组质粒, 包含blaKPC-2, 具有接合转移(Ⅳ型分泌系统)基因, 可发生接合转移。NCBI中共检索到同型质粒15个, 来源于弗氏枸橼酸杆菌、黏质沙雷菌、大肠埃希菌、阴沟肠杆菌、肺炎克雷伯菌和植生拉乌尔菌等细菌, 为泛宿主质粒。通过对来自弗氏枸橼酸杆菌中6个该新型质粒进行序列比较分析, 发现该新型质粒结构具有一定的保守性, 具有携带blaKPC-2的Tn6296变体结构, 而且质粒pCF1807-3同时具有...     

泛耐药鲍氏不动杆菌获得性耐药基因与可移动遗传元件检测结果的指标聚类分析

目的 了解泛耐药鲍氏不动杆菌(PDRAB)获得性耐药基因、可移动遗传元件的存在,分析二者的相关性.方法 收集医院ICU 2009年1月-2010年3月痰液标本检出的菌株,采用聚合酶链反应(PCR)扩增法,对20株PDRAB检测54种耐药基因与12种可移动遗传元件遗传标记,检测结果采用指标聚类分析(UPGMA法)获得性耐药基因及可移动遗传元件遗传标记的相关性.结果 20株PDRAB检出4种β-内酰胺类获得性耐药基因,A类检出TEM-1、PER,检出率分别为95.0％、25.0％,C类检出ADC-30,检出率为100.0％,D类检出OXA-23,检出率为100.0％.结论 该组菌株获得性耐药相关基因可导致相关抗菌药物耐药,可移动遗传元件的水平转移使细菌的耐药性在同种菌株及不同菌株间快速传播,UPGMA分析获得性耐药基因与可移动遗传元件高度相关.     

耐药鲍氏不动杆菌水平获得性耐药基因与可移动遗传元件测得结果的指标聚类分析

目的 调查耐药鲍氏不动杆菌水平获得性耐药相关基因与可移动遗传元件的关系.方法 收集2009年1-12月医院住院患者痰标本中分离的耐药鲍氏不动杆菌共20株,采用聚合酶链反应(PCR)方法分析54种水平转移获得的β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类获得性耐药基因和12种接合性质粒、转座子、插入序列、整合子等可移动遗传元件遗传标记检测以及插入序列与β-内酰胺酶基因(ISaba1与ADC、ISaba1与OXA-23)连锁检测,再对检测结果作指标聚类分析(UPGMA法).结果 20株耐药鲍氏不动杆菌共检出4种获得性β-内酰胺类耐药基因(TEM、PER、ADC、OXA-23),5种获得性氨基糖苷类耐药基因(aac(3)-Ⅰ、aac(6′)-Ⅰ b、ant(3″)-Ⅰ、aph(3′)-Ⅰ、armA),2种抗菌制剂外排泵基因(adeB、qacE△1),7种可移动遗传元件的遗传标记(intⅠ 1、tnpU、tnp513、IS26、IS903、ISaba1、ISaba9);指标聚类分析提示,获得性耐药基因armA、ADC、ant(3″)-Ⅰ、qacE△1、adeB、TEM、aac(3)-Ⅰ与可移动遗传元件tnpU、IS26、intⅠ 1、tnp513、ISaba1高度相关,阳性率均＞90.0％;插入序列与β-内酰胺酶基因(I Saba1与ADC、I Saba1与OXA-23)连锁检测均呈阳性.结论 该组耐药鲍氏不动杆菌获得性耐药基因与可移动遗传元件有一定的关联度,菌株携带的获得性耐药基因可能由可移动遗传元件介导.     

多药耐药铜绿假单胞菌可移动遗传元件研究

目的调查多药耐药铜绿假单胞菌中接合性质粒遗传标记、插入序列遗传标记、转座子遗传标记、整合子遗传标记等可移动遗传元件的存在情况。方法收集复旦大学附属上海市第五人民医院2009年5-11月分离自住院患者送检痰液标本的铜绿假单胞菌共20株,采用聚合酶链反应(PCR)及序列分析的方法分析接合性质粒遗传标记(traA、traF、trbC)、插入序列遗传标记(ISCR1、ISCR3/14、IS1133、ISpa7、ISEcp1)、转座子遗传标记(tnpU、tnpA/Tn21、tnsA)、整合子遗传标记(intⅠ1、intⅠ2、intⅠ3)共14种可移动遗传元件。结果 20株铜绿假单胞菌共检出trbC、ISCR1、ISpa7、tnpA/Tn21、intⅠ1等5种基因,其阳性株数分别为10株(50.0%),12株(60.0%),12株(60.0%),12株(60.0%),11株(55.0%),其余9种基因未检出;阳性检出基因可分为3种构成模式,其中(trbC+ISCR1+ISpa7+tnpA/Tn21+intⅠ1)模式检出率最高,为9株(45.0%)。结论质粒、插入序列、转座子、整合子4类可移动遗传元件在本组铜绿假单胞菌中均有检出,这些可移动遗传元件介导各种耐药基因使受体菌表现为多药耐药;同时检测14种可移动遗传元件是国内首次报道,检出tnpA/Tn21、Ispa7为国内首次报道。     

泛耐药鲍氏不动杆菌获得性耐药基因的指标聚类分析

目的调查一组泛耐药鲍氏不动杆菌获得性耐药相关基因与可移动遗传元件的关系,以了解它们之间是否存在关联。方法收集2010年7-12月某医院住院患者痰标本中分离的泛耐药鲍氏不动杆菌共20株,用gyrA和parC基因的分子鉴定法鉴定菌种,再用聚合酶链反应(PCR)方法分析50种水平转移获得的β-内酰胺类、氨基糖苷类获得性耐药基因和13种接合性质粒、转座子、插入序列、整合子等可移动遗传元件遗传标记检测等。结果 20株泛耐药鲍氏不动杆菌共检出5种获得性β-内酰胺类耐药基因、5种获得性氨基糖苷类耐药基因、2种抗菌制剂外排泵基因、5种可移动遗传元件的遗传标记,连锁检测ISaba1-ADC、ISaba1-OXA-23均呈阳性,而ISaba1-OXA-66均呈阴性;获得性耐药基因TEM-1、ADC、OXA-23、OXA-66、ant(3")-Ⅰ、aph(3')-Ⅰ,adeB、qacE△1与可移动遗传元件intⅠ1、tnpU、tnp513、IS26、ISaba1高度相关。结论泛耐药鲍氏不动杆菌获得性耐药基因与可移动遗传元件一定的关联度,菌株携带的获得性耐药基因可能由可移动遗传元件介导。     

质粒介导的耐药基因水平传播研究进展

<正>质粒是细菌染色体外能够自我复制的DNA分子,携带耐药基因的质粒能对包括β-内酰胺类、大环内酯类、氨基糖苷类、喹诺酮类、磺胺类、四环素类、氯霉素类等抗生素产生耐药性~([1])。其介导的耐药基因可随移动遗传元件(插入序列、转座子)在细菌间发生水平传播~([2]),是社区和住院病人获得性感染的主要致病机制。目前,从临床菌株分离的质粒大部分来自埃希菌属、沙门菌属和肺炎克雷伯菌属等肠杆菌科细菌。而不动杆菌属分离的质粒大部分来自鲍曼不动杆菌     

多药耐药铜绿假单胞菌的菌株亲缘性分析

目的 分析20株多药耐药铜绿假单胞菌(MDRPA)的药敏率及菌株亲缘性关系,为医院感染实时监测提供参考依据.方法 收集柳州市三级医院2011年1-12月标本中分离的MDRPA共20株,采用聚合酶链反应(PCR)的方法分析33种β-内酰胺酶基因、15种氨基糖苷类修饰酶基因、6种16S rRNA甲基化酶基因、15种可移动遗传元件标记基因、oprD2膜孔蛋白基因,并对检测结果作样本聚类分析.结果 20株多药耐药铜绿假单胞菌对庆大霉素、妥布霉素、阿米卡星、环丙沙星、左氧氟沙星的耐药率均为60.00％,敏感率均为40.00％;样本聚类分析示存在7个克隆传播.结论 MDRPA携带获得性耐药基因可导致对相关抗菌药物耐药,且可移动遗传元件的水平转移,使细菌的耐药性在同种细菌之间甚至不同种细菌之间得以快速传播.     

克雷伯氏菌β—内酰胺酶的测定及其与耐药质粒的关系

通过对克雷伯氏菌β－内酰胺酶的测定，细菌转化及质粒接合转移等实验，发现大多数菌株的β－内酰胺酶是由质粒所编码的，少部分菌株的产生可能与细菌染色体ＤＮＡ编码有关。耐药质粒可通过接合转移方式转移至其他细菌，这在多重耐药克雷伯氏菌暴发流行中具有重要意义。