基于自噬相关基因的肝细胞癌患者预后预测模型的构建EI北大核心CSCD

自噬是一种程序性细胞降解过程,与包括恶性肿瘤在内的多种生理和病理过程有关。自噬的异常诱导在肝细胞癌的发展中起着关键作用,因此我们基于自噬相关基因进行了肝细胞癌患者预后预测模型的构建。从癌症基因组图谱数据库中检索到204个差异表达的自噬相关基因以及377例已登记的肝细胞癌患者的基本信息和临床特征。采用Cox风险回归分析确定与生存相关的自噬相关基因,并在此基础上构建预后相关预测模型。在肝细胞癌患者中总共鉴定出64个差异表达的自噬相关基因。经单因素和多因素Cox回归分析后确定5个与肝细胞癌患者预后相关的危险因子,包括TMEM74、BIRC5、SQSTM1、CAPN10和HSPB8。将年龄、性别、肿瘤分级和分期以及风险评分作为变量纳入多因素Cox回归分析,结果显示风险评分是肝细胞癌患者的独立预后危险因素(HR=1.475,95%CI=1.280~1.699,P<0.001)。此外,预后风险模型的曲线下面积为0.739,表明该模型在预测肝细胞癌预后方面具有较高准确性。结果表明我们将肝细胞癌患者的分子特征和临床参数相结合所建立的新的预后风险模型,可以有效地预测肝癌患者预后。     

细胞分裂周期相关蛋白7通过增强细胞增殖和干性促进人乳腺癌进程

目的 探讨细胞分裂周期相关蛋白7（CDCA7）在人类乳腺癌中的相关功能及潜在的作用机制。方法 通过癌症和肿瘤基因图谱（TCGA）数据库分析检索出不同乳腺癌亚型差异表达基因,找到在基底型乳腺癌中高表达基因,在这些基因中找到CDCA7,通过临床患者的相关标本做免疫组织化学分析,确定其研究意义,进而建立CDCA7稳转细胞系,通过集落形成实验、成球实验及流式细胞术分析研究其在乳腺癌中的功能,最后通过Real-time PCR及Western blotting实验分析其在乳腺癌中的分子机制。 结果 数据库和免疫组织化学结果均显示,CDCA7在基底型乳腺癌细胞中表达高于其他亚型,高表达的CDCA7预示乳腺癌患者不良预后。在luminal细胞系中稳定地过表达CDCA7后,细胞表现出更强的增殖能力,进入分裂期的细胞明显增多,而凋亡细胞显著减少。同时流式细胞术分析表明,过表达CDCA7的细胞表现出了干细胞标记(CD133, 乙醛脱氢酶)上调。Real-time PCR 和Western blotting结果提示,CDCA7能够上调β-连环蛋白（β-catenin）表达,以此影响Wnt信号通路,并影响细胞增殖和干性。结论 CDCA7作为一个促瘤基因,能够通过依赖β-catenin以及Wnt信号通路的方式来诱导luminal乳腺癌细胞向basal-like亚型转化的能力。     

细胞自噬在乳腺癌中研究进展

细胞自噬(Autophagy)的功能异常可引起许多疾病,恶性肿瘤是最早被发现与自噬有关的疾病之一。自噬在乳腺癌形成早期起到抑制作用,延迟细胞凋亡,而自噬缺陷会激活乳腺肿瘤中的DNA损伤反应,促进基因扩增,并协同凋亡缺陷加速乳腺肿瘤生长。本文将从自噬与乳腺癌的关系、在乳腺癌中beclin1基因的缺失或下调机制、利用自噬治疗不同病理分型乳腺癌的策略等方面进行综述。     

KRAS活化促进基底型乳腺癌表现出间充质特性

<正>基底型(basal type)乳腺癌是侵袭性最强、预后最差的乳腺癌亚型之一,表现出较高的与间充质特性相关的转移能力。然而,基底型乳腺癌细胞维持间充质表型所涉及的分子机制尚不清楚。Kim等的研究发现,与管腔型(luminal type)乳腺癌相比,基底型乳腺癌细胞中KRAS优先被激活。通过缺失和获得(loss and gain)KRAS的实验证实,KRAS在通过SLUG的表达维持     

多囊卵巢综合征颗粒细胞和卵母细胞自噬相关基因的识别及功能分析

目的 自噬可能是多囊卵巢综合征(PCOS)发生的一个易被忽视但很重要的因素。PCOS中最常见的自噬发生在颗粒细胞和卵细胞中。因此,为了识别多囊卵巢综合征潜在的自噬相关基因,以多囊卵巢综合征患者的颗粒细胞和卵细胞为研究对象,进行生物信息学分析。方法 筛选GEO数据库数据集GSE155489和GSE34526,通过R软件获得差异表达的自噬相关基因。然后对差异表达的自噬相关基因进行基因(GO)富集分析、(KEGG)信号通路富集分析、蛋白-蛋白互作(PPI)网络。结果 在17例PCOS患者和13例健康对照组中,共鉴定出35个差异表达的自噬相关基因。GO和KEGG富集分析表明,有多个与自噬及其相关的富集术语。PPI结果表明,这些自噬相关基因之间存在相互作用。结论 我们鉴定了35个PCOS潜在的自噬相关基因,前6位的Hub基因分别为CASP8、BID、CASP1、CCL2、EDEM1、ITPR1,它们可能通过调节自噬在PCOS的发生发展中发挥重要作用。本研究从自噬的角度为PCOS提供了新的认识。     

酪氨酸磺基转移酶1在luminal B型晚期乳腺癌侵袭和转移中作用

目的研究酪氨酸磺基转移酶1(TPST1)在luminal B型晚期乳腺癌侵袭和转移中的作用。方法收集luminal B型晚期乳腺癌女性患者组织标本169例(含癌组织和对应癌旁正常组织),平均年龄55.2岁。通过实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测luminal B型晚期乳腺癌组织及其对应癌旁正常组织中TPST1的表达量,分析表达量与乳腺癌患者临床特征之间的关系。通过过表达TPST1的表达后检测乳腺癌细胞系增殖、转移和侵袭能力的改变。结果 TPST1在luminal B型晚期乳腺癌组织中表达量高于对应癌旁正常组织(t=2.376,P=0.018 6);其高表达与患者年龄(χ~2=3.903,P=0.048)、吸烟(χ~2=8.601,P=0.003)、饮酒(χ~2=4.099,P=0.043)、临床分期(χ~2=8.512,P=0.004)、淋巴结转移(χ~2=16.205,P 0.001)、远端转移(χ~2=6.139,P=0.013)、HER-2(χ~2=4.797,P=0.029)相关;能够缩短患者生存期(χ~2=6.737,P 0.001);过表达TPST1基因后能够促进TPST1蛋白质表达(F=92.84,P 0.001);过表达TPST1后能够促进乳腺癌细胞系增殖(P均0.05)、迁移(F=14.11,P=0.001)和侵袭(F=36.95,P 0.001)。结论 TPST1在luminal B型晚期乳腺癌中高表达,且能够缩短患者生存期,促进乳腺癌细胞增殖、转移和侵袭。     

自噬基因多态性与机体对结核病的敏感性

结核分枝杆菌是胞内病原体,主要感染巨噬细胞.最近的研究显示,自噬参与了胞内杀死结核分枝杆菌的过程.胞内结核分枝杆菌的存活与自噬的抑制有关,而自噬和自噬相关基因缺失鼠更容易受结核分枝杆菌感染.据报道,在一些地区,自噬基因IRGM的高多态性与保护人们抵抗结核分枝杆菌的感染有关.此外,R2RX7也与结核病相关.     

预测乳腺癌预后的免疫相关基因对特征的开发和验证

目的：鉴定与乳腺癌显著相关的免疫基因,构建免疫相关基因对标志（IRGPs）预测乳腺癌患者的预后。方法：从TCGA和GEO数据库中下载乳腺癌患者的基因表达谱及相应的临床信息,筛选与预后相关的免疫基因构建IRGPs,根据风险值将这两个队列中的患者分为低风险和高风险亚组。使用Kaplan-Meier生存分析、单因素和多因素Cox分析研究免疫基因对特征和其他独立预后特征。结果：由47个免疫基因对构建的IRGPs可以显著预测TCGA和GEO队列中患者的总生存期（OS）。结论：本研究构建的IRGPs有助于预测乳腺癌患者的预后,为乳腺癌的临床预后评估提供了有效的风险分层工具。     

乳腺癌个体中差异表达lncRNA的研究

目的 识别乳腺癌个体中差异表达长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA).方法 应用LncRIndiv方法识别乳腺癌个体中差异表达lncRNA,并使用超几何检验进行亚型分析和Log-rank检验进行预后分析.结果 lncRNA差异判断的平均准确率高于96％.分别识别出1 81个、32个、15个和72个basal-like、HER2-enriched、luminal A、luminal B 亚型特异的lncRNAs(False discovery rate＜0.05,超几何检验).LncRNA ZNF582-ASl差异下调的乳腺癌患者生存差(TCGA,P=0.038;GSE42568,P=0.026,Log-rank检验),是潜在的预后标志.结论 LncRIndiv方法识别个体中差异表达lncRNA准确性高.乳腺癌个体差异表达lncRNA可用来识别亚型特异的lncRNA和预后标志.     

基因芯片检测自噬与凋亡的基因表达谱改变

目的:利用基因芯片研究自噬与凋亡关系,阐明两者间的分子调控机制.方法:采用4096条人类基因的cDNA芯片检测3-MA自噬抑制剂在诱导凋亡的人肝细胞株L02基因表达谱的改变,以探讨在自噬被抑制的情况下,凋亡的发生及其相关基因的变化.结果:L02细胞株cisplain凋亡诱导16小时的实验模型中,实验组在诱导凋亡前加入3-MA自噬抑制剂,诱导前后对照组与实验组相比,差异表达基因共151条.其中上调基因74条;下调基因77条.APG5基因无变化.结论:用基因表达芯片对3-MA自噬抑制剂在凋亡诱导的L02细胞株基因表达谱的改变进行高通量分析,能够有效地观察出凋亡基因及相关基因的表达.自噬被抑制的状态下,凋亡相关基因同样表达,说明3-MA自噬抑制剂并不能阻止凋亡的发生.     

乳腺癌DCE-MRI影像特征与分子分型的关联性研究

探讨DCE-MRI影像特征与乳腺癌分子分型之间的关联性。回顾性分析60例术前、化疗前行免疫组化病理检查及DCE-MRI检查的乳腺癌恶性患者。根据免疫组化结果,将患者分为4种分子分型。利用计算机,半自动提取DCE-MRI中包括统计特征、形态特征、纹理特征以及动态增强特征的65维影像特征。利用单变量逻辑回归和多变量逻辑回归方法,评估影像特征和分子分型之间的关联性,并建立多元回归模型,最后研究显著影像特征的分布情况。其中,MRI病灶统计特征与luminal A显著相关,病灶和背景的动态增强特征与luminal B、HER2、basal like显著相关(单变量逻辑回归矫正后P<0.05)。多变量逻辑回归结果显示,luminal A型、HER2型、basal like型都存在与其显著相关的影像特征,回归方程的P值分别为0.004 73、0.002 77、0.011 7。实验结果说明,DCE-MRI特征可作为潜在的乳腺癌分子分型的影像学标记。     

乳腺癌中自噬相关基因LC3与凋亡相关基因XIAP的表达及意义

目的观察自噬相关基因LC3和凋亡相关基因XIAP在乳腺癌组织中的表达,探讨其表达与乳腺癌临床病理特征的关系。方法采用组织芯片平台,应用免疫组化法检测121例乳腺癌组织中LC3、XIAP的表达,并结合临床病理因素进行分析。结果乳腺癌组织中,LC3和XIAP的高表达率分别为84.2%(102/121)和90.9%(110/121)。LC3的高表达与HER-2过表达呈显著正相关(P0.05),XIAP的高表达与Ki-67和HER-2过表达呈显著正相关(P均0.05),但均与患者年龄、肿瘤大小、组织学分级、TNM分期、淋巴结转移、ER和PR表达无关(P均0.05)。经Spearman秩相关检验,LC3和XIAP在乳腺癌中的表达呈显著正相关(P0.05)。结论在乳腺癌中,高自噬活性与低凋亡现象并存,HER-2可能参与其中。     

人乳腺癌组织中GATA3的表达及其临床意义

 目的：探讨乳腺癌组织中转录因子GATA3的表达及其临床意义。方法: 应用免疫组化法检测124例乳腺癌组织中GATA3的表达水平,分析其与临床病理指标的关系,探讨其在预测乳腺癌预后中的意义。结果: GATA3的低表达与雌激素受体（ER）/孕激素受体（PR）阴性、肿瘤高组织学分级、脉管癌栓、p53基因突变等表示预后较差的指标相关（P<005）,但与肿瘤大小、人表皮生长因子受体 2（HER-2）表达水平、年龄和淋巴结转移情况无关（P>005）;在全部乳腺癌组织中GATA3阳性表达率为564%,GATA3在luminal型乳腺癌中的表达率为684%,高于非luminal型乳腺癌（326%）,且差异有统计学意义（P<005）;全部乳腺癌组织中术后复发风险中危组GATA3阳性率高于复发风险高危组（P<005）。结论: 在乳腺癌组织中GATA3的表达水平与组织的分化水平及肿瘤的生物学特性相关,对指导临床治疗及评估患者的预后研究具有一定的意义。     

基于转录组测序鉴定自噬在小鼠精子发生过程中的动态变化

目的基于NCBI数据库中的小鼠精子发生3个时期(精原细胞、粗线期精母细胞、圆形精子)的转录组测序(RNA-Seq)数据,系统地揭示自噬通路及自噬相关基因在精子发生过程中的动态变化规律。方法从GEO数据库中下载精子发生3个时期的RNA-Seq数据(GSE100964),对相邻阶段的差异表达基因分别进行代谢通路富集分析。从Autophagy Database里面取出783个自噬相关基因,对其中在精子发生3个时期的平均表达值大于1的636个自噬相关基因的表达量进行热图展示。结果发现精原细胞和粗线期精母细胞之间的差异表达基因可以显著富集到自噬通路和自噬相关的通路,而粗线期精母细胞和圆形精子之间的差异表达基因不能富集到自噬相关通路。此外,还发现636个自噬相关基因在精子发生过程中有3种主要表达模式。结论自噬在精子发生减数分裂起始前后的RNA水平发生了显著的变化,且自噬相关基因在精子发生过程中呈阶段特异表达。     

利用GOBO软件分析PDCD5在乳腺癌中的表达和预后

目的 PDCD5(programmed cell death 5)作为凋亡促进因素在多种肿瘤中表达下降,本研究力求阐明PDCD5在乳腺癌亚型中的表达和预后的作用。方法利用Gene Expression-Based Outcome for Breast Cancer Online algorithm(GOBO)软件分析PDCD5对乳腺癌亚型预后的影响。结果在各种乳腺癌亚型中,PDCD5基因在基底细胞样乳腺癌组织中高表达,ER阴性的乳腺癌组织中PDCD5表达比阳性组织表达高。PDCD5低表达能够增加ER+LN-患者,未经tamoxifen治疗患者和LN-患者的总存活时间。然而PDCD5高表达能够促进ER+luminal B患者和未经tamoxifen治疗ER+患者的总存活时间。结论 PDCD5可能参与基底细胞样乳腺癌发病机制。     

细胞自噬机制开启疾病治疗新途径

自噬是指细胞内细胞器和蛋白质等在溶酶体被降解及其降解产物被重新利用的过程。日本科学家大隅良典(Yoshinori Ohsumi)发现了15个自噬相关基因并阐述了自噬机制,获得2016年诺贝尔生理学与医学奖。他的开创性研究成果为探讨细胞自噬的生理和病理作用奠定了重要基础,并为通过调节细胞自噬治疗疾病开辟了新途径。自噬是一种普遍性细胞反应,正常情况下细胞自噬水平很低,受生理或病理性刺激后自噬水平显著升高。自噬相关基因缺失或自噬功能障碍时可导致某些疾病的发生。近来,人们试图通过激活或抑制细胞自噬预防和治疗自噬障碍相关性疾病。     

外周血单核细胞自噬相关基因在急性冠脉综合征患者中的表达及临床价值

目的:探讨外周血单核细胞(PBMC)自噬相关基因Beclin-1 mRNA和LC3-II mRNA水平变化在急性冠脉综合征(ACS)患者中的表达及临床价值。方法:以2019-01—2020-10入院的250例ACS患者为观察组,同期50例体检健康人群为对照组。观察组根据ACS诊治指南再分为急性ST段抬高型心肌梗死组(STEMI组)92例、非ST段抬高型心肌梗死组(NSTEMI组)85例和不稳定型心绞痛组(UA组)73例。根据ACS患者预后,分为存活组(225例)和死亡组(25例)。比较各组患者PBMC自噬相关基因Beclin-1 mRNA和LC3-II mRNA、相关炎性细胞因子,白细胞介素-17(IL-17)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平差异,分析Beclin-1 mRNA和LC3-II mRNA对ACS患者预后的评估价值。结果:与对照组比较,观察组PBMC中自噬相关基因Beclin-1 mRNA和LC3-II mRNA及炎性指标IL-17和TNF-α均显著升高(P0.05)。不同分型ACS患者中,STEMI组上述指标最高,NSTEMI组次之,UA组最低。与存活组比较,死亡组患者上述指标显著升高(P0.05)。观察组患者外周血自噬相关基因Beclin-1 mRNA和LC3-II mRNA分别与IL-17、TNF-α呈显著正相关。Beclin-1 mRNA和LC3-II mRNA预测ACS患者发生死亡的AUC分别为0.788(95%置信区间,0.702-0.874)和0.774(95%置信区间,0.674-0.873),敏感性分别为75.51%和72.73%,特异性分别为76.79%和78.57%。结论:ACS患者PBMC中自噬相关基因Beclin-1 mRNA和LC3-II mRNA表达明显升高,该指标对患者预后的评估具有一定的临床价值。     

自噬相关长链非编码RNA在肝细胞癌中的功能分析及预后模型构建

目的：筛选在肝细胞癌（HCC）中具有预后价值的核心自噬相关长链非编码RNA(lncRNA)。方法：选择癌症基因组图谱数据库（TCGA）和人类自噬数据库（HADb）进行生物信息学分析。以多因素Cox回归,最小绝对收缩和选择算子（Lasso）回归构建风险评分模型。模型的特异度和敏感度由受试者工作特征曲线（ROC）评估。相关生物学功能由Metascape数据库和基因集富集分析（GSEA）鉴定。结果：共鉴定了10个关键lncRNAs并据此构建风险评分模型。生存分析显示高风险组患者总生存期显著低于低风险组（P<0.001）。该模型在预测HCC患者一年、三年、五年生存率方面表现良好,曲线下面积分别是0.810、0.751、0.736。多因素Cox回归表明,该模型是HCC的独立预后因素（HR=3.666,P<0.001）。结论：本研究鉴定了10个自噬相关lncRNAs,并以之构建了1个用于HCC的预后风险模型,有望成为潜在的治疗靶点和新的预测指标。     

乳腺癌bcl-2甲基化的检测及与表达、预后的关系

目的：建立bcl-2基因甲基化特异的PCR（MSP）检测方法，并探讨乳腺癌bcl-2甲基化与蛋白表达、预后因素（肿瘤大小，淋巴结转移，增殖细胞核抗原PCNA，雌、孕激素受体ER、PR情况）的关系。 方法： 设计bcl-2基因MSP引物，采用MSP方法检测54例乳腺癌bcl-2基因5’端启动子CpG岛甲基化状态。采用免疫组化S-P法检测54例乳腺癌bcl-2、PCNA、ER、PR的表达。 结果： 乳腺癌bcl-2甲基化率为29.6%。Bcl-2甲基化与其蛋白表达之间呈显著负相关（P＜0.01）。Bcl-2甲基化率高与不良的预后因素（PCNA标记指数LI高、ER-和PR-）显著相关（P＜0.01）。 结论： 该研究建立bcl-2基因MSP检测方法，MSP扩增和测序结果证实，bcl-2基因MSP引物设计是合理的。bcl-2甲基化有可能成为乳腺癌预后不良的分子检测指标。     

luminal A型乳腺癌组织中长链非编码RNA ENST00000460164的表达及对细胞周期的影响

目的明确lncRNA-ENST00000460164在人luminal A型乳腺癌组织中的表达及作用。方法用RT-q PCR检测ENST00000460164在17例配对的luminal A型乳腺癌及癌旁组织中的表达。将pll3.7-ENST00000460164-shRNA及pll3.7空载体转染MCF-7细胞,用流式细胞计量技术和Western blot检测转染后MCF-7细胞周期及其关键蛋白cyclin D1和P16INK4A的表达。结果长链非编码RNA ENST00000460164在luminal A型乳腺癌组织中呈高表达趋势;在MCF-7细胞中敲低ENST0000460164后,G1期明显延长,S期明显缩短(P0.05);G1期关键调控蛋白cyclin D1表达水平明显降低,P16INK4A表达明显上调(P0.05)。结论 ENST00000460164在luminal A型乳腺癌组织中呈高表达状态;ENST00000460164可能通过调控cyclin D1或者P16INK4A的表达改变细胞周期。