基于网络药理学探讨黄芪桂枝五物汤防治糖尿病周围神经病变作用机制

目的 基于网络药理学探讨黄芪桂枝五物汤防治糖尿病周围神经病变（DPN）的作用靶点及分子机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选黄芪桂枝五物汤组方药物的化学成分,运用SwissTargetPrediction数据库预测成分的潜在作用靶点;通过TTD、DisGeNET、GeneCards数据库获得DPN基因靶标。经韦恩分析得到交集靶点;利用STRING 11.0数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;运用Cytoscape 3.7.2构建黄芪桂枝五物汤防治DPN的药味-成分-靶点-通路-疾病网络,通过拓扑学分析筛选核心靶点及核心成分,利用DAVID数据库对交集靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析,预测黄芪桂枝五物汤防治DPN的作用机制。结果 获得黄芪桂枝五物汤74个有效成分,包括槲皮素、山柰酚、儿茶素等,得到黄芪桂枝五物汤防治DPN靶点108个,有效成分核心靶点主要有AKT1、MAPK8、AKT2等。KEGG通路富集结果表明,黄芪桂枝五物汤主要作用于缺氧诱导因子信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、糖尿病并发症中晚期糖基化终产物-AGE...     

基于网络药理学探究大泻心汤治疗肺癌的作用机制

目的 运用网络药理学方法探究大泻心汤治疗肺癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取大泻心汤中单味药的活性成分及其靶点。利用疗效药靶数据库(TTD)、DisGeNET数据库查找肺癌相关靶点,使用Cytoscape 3.7.2软件确定该复方治疗肺癌的关键靶标,绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)图,同时构建“中药-化合物-靶点-疾病”网络构建图。使用DAVID平台对共同靶点进行基因本体(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,并使用Omicshare Tools进行可视化。结果 大泻心汤共筛选获得164个活性成分,与肺癌疾病靶点交集出154个共同靶点,通过筛选共同靶点得到27个关键靶点,主要为信号转导和转录活化因子3(STAT3)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)及肿瘤抑制基因TP53等。GO功能分析显示与细胞氧化应激反应、核受体、转录因子调节等有关;KEGG信号通路富集分析得到173条信号通路,主要涉及乙型肝炎、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、小细胞...     

基于网络药理学探讨左归丸治疗早发性卵巢功能不全机制

目的基于网络药理学分析左归丸治疗早发性卵巢功能不全的有效活性成分,预测其作用靶点,并探讨其潜在作用机制。方法采用中药系统药理学技术平台筛选左归丸的活性成分及预测作用靶点,并在Uniprot数据库搜索靶点基因,在GeneCards数据库、CTD数据库、OMIM数据库筛选出早发性卵巢功能不全的靶点基因,通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络和"药物-活性成分-靶点"网络,通过DAVID数据库对核心靶点进行GO富集分析及KEGG通路富集分析并利用R语言和Cytoscape软件绘图。结果以OB值和DL值两个参数筛选得到83个有效化合物,包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素、豆甾醇等。与疾病相关的候选作用靶点共181个,关键靶点涉及细胞肿瘤抗原53(TP53)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、转录因子AP-1家族成员(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)。GO富集分析涉及对药物、毒物的应答,基因转录,抑制凋亡等。KEGG通路富集分析显示含靶点数较多的是癌症信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、叉头框蛋白O亚家族信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B通路和丝裂原活化蛋白激酶信号通路。结论研究通过网络药理学系统探讨了左归丸有效成分对应的靶点,以及治疗早发性卵巢功能不全的作用机制,可为今后基础或临床研究提供科学依据。     

独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎的网络药理学机制及实验验证

【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎（KOA）的作用机制，并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分，筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点，运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析；运用STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络，通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集；运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活...     

基于网络药理学及分子对接的黄芪散治疗2型糖尿病机制探讨

【目的】运用网络药理学及分子对接探讨黄芪散治疗2型糖尿病（T2DM）的作用机制。【方法】通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）查找黄芪散组方中黄芪、葛根、桑白皮的活性成分和作用靶点,通过GeneCards和OMIM数据库查询与T2DM相关的疾病靶点,通过UniProt数据库查询成分和疾病靶点对应的基因名,利用Cytoscape 3.6.1软件构建黄芪散活性成分-靶点网络、蛋白相互作用（PPI）网络,并通过Merge功能构建疾病-成分-靶点网络,筛选出黄芪散治疗T2DM的核心靶点,最后通过DAVID数据库对核心靶点蛋白进行基因本体论（GO）生物过程分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其作用机制,并绘制GO和KEGG气泡图进行数据可视化。【结果】研究得到包括槲皮素、山柰酚、刺芒柄花素等在内的38个活性成分和ESR1、JUN、PTGS2、AKT1和MAPK1等75个关键靶点。GO功能富集分析得到113个GO条目（P<0.05）,主要包括蛋白酪氨酸激酶活性、生长因子活性和核受体活性等生物过程,KEGG富集得到157条信号通路（P<0.05）,主要涉及晚期糖...     

基于网络药理学和分子对接研究人参治疗糖尿病肾病中的作用

目的 基于网络药理学和分子对接研究人参治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制。方法 用TCMSP数据库筛选人参的有效成分和其对应的靶点,并用Cytoscape-v3.8.2软件构建药物-成分-靶点网络。用OMMI数据库和GeneCards数据库筛选DN的疾病靶点,并与人参有效成分对应的靶点取交集靶点。将交集靶点分别输入STRING和DAVID数据库构建PPI网络、GO生物功能富集分析和KEGG通路富集分析。最后将筛选得到的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 筛选得到人参的有效成分22种,对应的靶点116个,其中作用于DN的靶点63个;药物-成分-靶点网络显示,人参的核心成分有山奈酚和β-谷甾醇;PPI网络发现人参治疗DN的核心靶点为PTGS2、IL-1β、TNF-α、AKT1、PPARG、CASP3、NOS3和NFKBIA;GO生物功能富集分析得到生物过程(BP)条目377个,细胞组分(CC)条目42个,分子功能(MF)条目62个;KEGG通路富集分析得到135条通路,主要包括脂质与动脉粥样硬化、弓形虫、癌症信号通路和AGE-RAGE信号通路等。分子对接发现山萘酚与PTGS2、IL-1β、...     

基于网络药理学探讨七福饮治疗阿尔茨海默病的机制

目的:基于网络药理学方法探讨七福饮治疗阿尔茨海默病(AD)的活性成分及其作用机制。方法:应用中药系统药理学(TCMSP)分析平台、ETCM数据库、SymMap数据库筛选七福饮的活性成分及作用靶点。利用Genecards数据库、OMIM数据库、Pubmed-Gene数据库筛选AD相关靶点,取交集得到七福饮治疗AD的靶点。将上述靶点导入STRING数据库,利用Cytoscape软件构建"活性成分-作用靶点"网络和蛋白相互作用(PPI)网络,筛选出关键成分和关键靶点,并进行GO生物功能注释和KEGG通路分析。应用Schrodinger软件进行分子对接验证。结果:对七福饮共筛选出106个活性成分、511个作用靶点,AD相关靶点369个。"活性成分-作用靶点"网络分析显示,山柰酚、β-谷甾醇、豆甾醇可能是七福饮治疗AD的关键活性成分。PPI网络分析显示,丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、脑源性神经营养因子(BDNF)、胰岛素(INS)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、肿瘤蛋白p53(TP53)可能是七福饮治疗AD的关键靶点。通路分析提示,七福饮治疗AD的机制可能与多巴胺能突触、cAMP信号通路、白介素-17信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路等有关。分子对接显示,AKT1与腺嘌呤、BDNF与Inermine、INS与川芎内酯E、MAPK3与异甘草黄酮醇、TP53与7-乙酰氧基-2-甲基异黄酮的结合能力较强。结论:七福饮通过多成分、多靶点、多通路减轻神经元损伤,发挥治疗AD的作用。     

基于网络药理学探讨三拗汤治疗咳嗽变异型哮喘的作用机制

  目的  根据网络药理学方法对三拗汤治疗咳嗽变异型哮喘的作用机制进行探讨。  方法  利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对三拗汤中有效成分进行筛选及靶点预测，检索GeneCards、OMIM数据库筛选CVA疾病靶点，借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选三拗汤治疗CVA核心靶点，使用Cytoscape 3.7.1建立化合物-疾病-靶点调控网络，基于DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。  结果  基于TCMSP得到三拗汤的114个有效成分和254个潜在靶点，筛选获得与CVA疾病发生、发展相关的靶点2 257个，借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选得到三拗汤治疗CVA的核心靶点28个，GO功能富集分析得到条目328个，其中生物过程条目264个、分子功能条目46个、细胞组成条目18个，主要包括细胞凋亡、脂多糖反应、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)活性、一氧化氮合酶活性等功能途径；KEGG通路富集分析得出条目115个，主要包括MAPK信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、Th17细胞分化等通路途径。  结论  基于网络药理学初步探讨并验证了三拗汤治疗CVA多成分、多靶点、多通路的整体调节作用特点，预测了三拗汤治疗CVA的潜在作用机制，以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。      

基于锦灯笼对白血病作用机制的网络药理学和分子对接技术的生物信息学分析

目的 基于网络药理学探讨锦灯笼（PCF）在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。 方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库（PDB）和小分子药物靶点预测在线平台（Swiss Target Prediction）网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具（STRING）数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作（PPI）网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库（DAVID）对交集基因进行基因本体（GO）生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用 AutoDock 和PyMol软件进行分子对接验证。 结果 对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子 （TNF）和T细胞受体 （TCR） 等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1 （AKT1）、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3 （Caspase-3） 等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因 JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均<－6.0 kcal·mol^－1,表明对接较好。 结论 PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。     

基于网络药理学和分子对接探讨桃红四物汤治疗慢性胆囊炎的机制

目的 ：基于网络药理学和分子对接探讨桃红四物汤治疗慢性胆囊炎的机制,为新药研发节约成本,使实验更具有针对性。方法 ：通过TCMSP数据库寻找药物有效成分,在wiss Target Prediction中预测其对应的靶点,再通过Gene Cards数据库预测慢性胆囊炎的靶点,建立药物和疾病的靶点数据库后绘制PPI网络图、药物成分-靶点图以及GO、KEGG富集分析。根据度值,筛选出核心成分的靶点,再做分子对接验证两者结合情况,最后通过脂多糖刺激人胆囊上皮细胞诱导炎症,使用ELISA试剂盒检测上清液炎症介质的浓度,在使用不同浓度THSWD处理后,采用Western blot法检测AKT和p-AKT的表达。结果 ：筛选了桃红四物汤49个活性成分共计3,262个潜在靶点,去重后获得了665个潜在靶点;疾病靶点共681个。GO富集分析结果显示靶蛋白主要参与平滑肌细胞增殖、MAPK级联反应、炎症反应、蛋白激酶B信号的调控等。KEGG富集分析发现靶点参与了140条通路,主要涉及AGERAGE信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路等。根据度值筛选的核心靶点为AKT1、TNF、TP53、V...     

基于网络药理学探讨芪榆三黄膏治疗肛肠术后创面愈合不良的作用机制

目的 基于网络药理学探讨芪榆三黄膏治疗肛肠术后创面愈合不良的作用机制。方法 采用中医药系统药理学数据库(TCMSP)对芪榆三黄膏的活性成分进行筛选,并利用Swiss Target Prediction数据库预测其活性成分的潜在靶点;使用 Genecards数据库、Disgenet数据库和OMIM数据库检索肛肠病术后创面愈合不良的相关靶点;通过STRING数据库构建药物与疾病交集靶点的蛋白互作网络(PPI),获得芪榆三黄膏治疗肛肠病术后创面愈合不良的关键靶标;运用DAVID 数据库对关键靶标进行基因本体论(GO)功能与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,并搭建疾病-通路-靶点-成分-药物网络。结果 筛选得到芪榆三黄膏的药效成分91个、药物靶点154个、肛肠术后创面愈合不良靶点679个,最终得到药物-疾病关键靶点26个,富集分析后获得175 个 GO 功能项目和 68 条 KEGG 信号通路。结论 芪榆三黄膏的活性成分可经PI3K-Akt、IL-17、MAPK、AGE-RAGE等通路,作用于TNF、IL-2、AKT1、EGFR、GSK3B等靶点,来发挥抑制炎症反应、促进血管再生、调控细胞增殖和凋亡等作用。     

黄芪治疗慢性肾炎中的网络药理学研究

目的基于网络药理学探讨黄芪治疗慢性肾炎的作用靶点和机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出黄芪的有效中药活性成分及中药靶标,之后从Gene Cards数据库筛出慢性肾炎的疾病靶标,然后利用Cytoscape 3.7.0软件绘制得到相应调控网络,在String数据库中构建出黄芪与慢性肾炎共同靶标的蛋白相互作用网络。最后利用R软件对二者的共同靶标进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果筛选后得到黄芪有效药物成分20个,对应的药物-疾病作用靶点共74个,包括VEGFA、蛋白激酶AKT1、CXCL8等。GO功能富集分析主要包括细胞因子受体结合、细胞因子活性、氧化还原酶活性等。涉及的KEGG通路主要包括HIF-1信号通路、NF-κB信号通路等。结论运用网络药理学研究方法可推测黄芪治疗慢性肾炎的主要活性成分、功能活动、作用机制和信号通路,为日后的进一步研究提供了理论支撑和思路。     

基于黄芩汤治疗结直肠癌作用机制的网络药理学和分子对接分析

目的：通过网络药理学和分子对接技术分析黄芩汤治疗结直肠癌（CRC）的潜在作用靶点,阐明其相关分子机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）构建黄芩汤活性成分和作用靶点数据集,通过GeneCards、人类在线孟德尔遗传（OMIM）、药物遗传学和药物基因组学知识库（PharmGKB）等数据库构建CRC疾病相关靶点数据集。利用R软件、Cytoscape软件和STRING数据库构建药物-疾病靶点交集、黄芩汤中药复方调控网络和蛋白-蛋白互作（PPI）网络。利用R软件和Metascape平台进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。采用AutoDock和PyMol软件进行分子对接验证,评估配受体结合情况。结果：筛选黄芩汤有效活性成分136个,黄芩汤治疗CRC的潜在靶点242个,核心靶点18个,基于信号通路分析获得CRC密切相关核心关键靶点5个,分别为蛋白激酶B1 (AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3 (MAPK3)、原癌基因FOS、肿瘤蛋白P53 (TP53)和原癌基因MYC。GO功能富集分析,主要参与多种细胞应激反应的生物过程。KE...     

基于网络药理学分析角药葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的作用机制

目的 采用网络药理学方法探讨角药葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的作用机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台筛选葛根、鹿衔草、羌活的主要有效活性成分及其作用靶点。采用CTD、GeneCards及OMIM数据库获取颈椎病的相关基因靶点,并将其与角药的有效活性成分作用靶点进行交集,获取共同靶点。针对共同靶点,构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络,以及蛋白质-蛋白质互相作用(PPI)网络,同时进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共获得葛根-鹿衔草-羌活的有效活性成分28个及其靶点86个,与12 097个颈椎病相关基因靶点取交集后得到共同靶点72个。根据PPI网络筛选出白细胞介素6(IL-6)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(Caspase3)、雌激素受体1(ESR1)等关键靶点蛋白。GO功能富集分析结果显示,共同靶点主要涉及核受体活性、转录因子活性/直接配体调节的序列特异性、类固醇激素受体活性等生物过程或功能;KEGG通路富集分析结果显示,葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的信号通路主要涉及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、磷脂酰肌醇...     

基于网络药理学及分子生物学验证探讨畲药黄荆条黄酮类成分抗类风湿关节炎的作用机制

目的 运用网络药理学及分子生物学验证探讨畲药黄荆条黄酮类成分治疗类风湿关节炎（RA）的作用机制。方法 在中国知网、万方、维普和TCMSP数据库筛选黄荆条的黄酮类成分,通过Swiss Target Prediction平台获取活性成分的靶点;通过Gene Cards和CTD数据库获取RA的治疗靶点;利用Cytoscape软件构建黄荆条抗RA的活性成分-作用靶点网络和蛋白质相互作用（PPI）网络;应用R软件对黄荆条抗RA的作用靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析;应用Autodock vina软件对关键活性成分和靶点进行分子对接验证。采用Western blot验证黄荆条醇提物（HJT-E）及关键成分木犀草素（LUT）对LPS刺激的RAW264.7细胞MMP9、COX-2和AKT1蛋白的调控作用。结果 共得到活性成分靶点309个,RA治疗靶点455个,黄荆条黄酮类成分抗RA的50个靶点;黄荆条治疗RA的关键黄酮类成分主要有LUT、槲皮素、芹菜素、金合欢素等,关键靶蛋白主要有CASP3、MMP9、PTGS2、AKT1等;GO富集分析及KEGG富集分析表明,黄荆条黄酮类成分可调控多种生物学过程及通路,包括AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等;细胞实验验证结果显示,HJT-E及LUT可通过抑制MMP9、COX-2和AKT1蛋白的表达发挥抗炎作用,证实了本研究中网络药理学分析结果的可靠性。结论 畲药黄荆条黄酮类成分通过多靶点和多途径调控成纤维样滑膜细胞增殖、促进其凋亡及缓解炎症反应以发挥抗RA的作用。     

基于网络药理学研究金银花干预心力衰竭的作用机制

目的：运用网络药理学方法研究金银花干预心力衰竭的主要活性成分及潜在靶点,探讨金银花干预心力衰竭的作用机制。方法：利用TCMSP数据库检索关于金银花中的化合物,口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18作为筛选金银花活性成分的标准。在Genecards数据库和OMIM数据库中输入关键词—“Heart Failure”,筛选心力衰竭相关靶点。将金银花作用的靶点与心力衰竭相关的靶点取交集,得到金银花干预心力衰竭的靶点。通过STRING数据库构建交集基因的蛋白互作网络（PPI）,应用Cytoscape3.8.2软件分析PPI网络中核心靶点,然后进行基因GO功能和KEGG 通路富集分析,构建“成分-靶点-通路”网络。使用Autodock Vina 1.2.0、Discovery Studio 2021、PyMol 2.2进行分子对接,验证网络药理学分析结果。结果：检索TCMSP 数据库得到金银花的23个化学活性成分,共有213个与心力衰竭相关的作用靶点。经GO功能和KEGG 通路富集分析显示,金银花主要参与癌症通路、内分泌抵抗等多种生物途径,主要涉及PI3K-Akt信号通路、cAMP 信号通路、TNF信号通路等。通过构建“成分-靶点-通路”网络,显示金银花干预心力衰竭的主要成分是secologanicdibutylacetal_qt和dinethylsecologanoside,排名较高的靶点有AKT1、PIK3R1、PIK3CA。分子对接结果显示上述两种成分与AKT1和PIK3R1结合活性较好。结论：金银花的主要活性成分secologanicdibutylacetal_qt和dinethylsecologanoside可能是通过参与调节AKT1、PIK3R1基因,干预PI3K-Akt 、cAMP、TNF等信号通路实现多靶点、多通路干预心力衰竭。     

基于网络药理学结合LC-MS与分子对接探讨黄芪-莪术药对治疗卵巢癌的有效成分及作用机制

目的 采用网络药理学方法、液质联用(LC-MS)及分子对接技术分析黄芪-莪术药对治疗卵巢癌(Ovarian cancer, OC)的有效成分、关键靶点及作用机制。方法 通过TCMSP、SWISS、Drugbank、DisGeNET和GeneCards等数据库及文献研究,合并LC-MS定量分析的黄芪-莪术药对代表性成分信息,获得药对潜在活性成分并筛选其抗OC的主要作用靶点,并借助Metascape数据库对其进行GO功能富集和KEGG通路分析;运用AutoDock Vina对黄芪-莪术核心活性成分与关键作用靶点进行分子对接验证其结合活性。结果 整合网络药理学及LC-MS技术筛选得到黄芪-莪术药对治疗OC核心活性成分主要为黄芪中黄酮类化合物及莪术中姜黄素类化合物;PPI分析发现其潜在关键靶点为TP53、AKT1、VEGFA、MYC、EGFR等;GO、KEGG富集分析结果涉及调节信号通路的蛋白激酶,并与MAPK、HIF-1等信号通路密切相关;分子对接结果显示,黄芪-莪术药对治疗OC的核心成分与关键靶点具有较强的结合活性。结论 采用网络药理学方法联合LC-MS及分子对接技术,可快速分析黄芪-莪术...     

基于网络药理学探讨柴胡治疗卒中后抑郁的作用机制

目的 基于网络药理学探讨柴胡治疗卒中后抑郁(PSD)的潜在靶点及作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索柴胡的有效成分及对应靶点,采用在线人类孟德尔遗传(OMIM)、疗效药靶(TTD)、Drugbank、Genecards数据库检索PSD的疾病靶点,二者靶点取交集后获得柴胡治疗PSD的潜在作用靶点;采用Cytoscape 3.7.1软件绘制中药-成分-疾病-靶点调控网络图;运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并分析其核心靶点;采用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。结果 柴胡治疗PSD的核心成分为异鼠李素、曲克芦丁、豆甾醇等,潜在靶点为蛋白激酶B(AKT1)、白细胞介素-6(IL-6)、内皮型一氧化氮合酶(NOS3)、肿瘤坏死因子(TNF)等,柴胡活性成分可以参与RNA聚合酶II启动子对转录的正调控、细胞间信号传递、对药物的反应、对凋亡过程的负调控、老化等生物过程,涉及的信号通路包括神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、癌症通路、磷脂酰肌醇-3激酶蛋白激酶B...     

“石见穿-猫爪草”药对治疗肺癌作用机制探讨

目的：运用网络药理学对“石见穿-猫爪草”药对治疗肺癌的分子生物学机制进行探讨。方法：石见穿、猫爪草中具有抗肺癌活性的有效成分通过检索TCMSP及查找文献经筛选后获得。药物靶点通过查找DrugBank获得,并经UniProt校正为标准基因名称,再利用SwissTargetPrediction预测药物靶点以补充。肺癌相关基因通过检索GeneCards、OMIM、DrugBank获得。将药物作用靶点和疾病相关靶点取交集后获得药对治疗肺癌的候选基因靶点。“中药-化合物-靶点-疾病”网络借助Cytoscape构建,构建PPI网络并筛选核心网络节点在STRING上进行。GO和KEGG分析通过Metascape实现,最后构建“通路-靶点”网络,进一步筛选关键基因。结果：共获石见穿有效成分16个、猫爪草有效成分18个,候选靶点共164个,GO功能2 443个和KEGG通路170条。结论：“石见穿-猫爪草”药对治疗肺癌的有效成分为槲皮素、熊果酸、β-谷甾醇和咖啡酸等;关键靶点为MAPK1、AKT1、PIK3R1、RAF1和EGFR;GO主要包括细胞因子、氧化应激、质膜传递、蛋白激酶的结合与活性、细胞凋亡...     

黄芪-川芎药对治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病的网络药理学研究

目的:探讨黄芪-川芎药对治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病(简称冠心病)的药理机制。方法:通过中药系统药理学分析平台检索黄芪、川芎的有效化学成分和相关靶点;采用Cytoscape软件绘制成分靶点可视化网络,并进行拓扑分析;以CTD在线分析平台挖掘冠心病的相关靶点,借助STRING数据库构建化合物靶点蛋白互作网络、冠心病靶点蛋白互作网络,应用Cytoscape软件进行网络合并获取核心网络,并对核心靶点基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果:共筛选出黄芪、川芎主要活性成分23个,对应靶点209个,其中15个核心靶点的相关信号通路数是4个。KEGG信号通路包括冠状动脉粥样硬化、核因子-κB信号通路、白细胞介素17信号通路、血管内皮生长因子信号通路。结论:黄芪-川芎药对可通过多靶标、多通路来治疗冠心病。