祛邪胶囊治疗晚期结直肠癌疗效及安全性的随机对照临床试验

目的:对前期祛邪胶囊临床随机对照试验(RCT)的数据进行更新,验证祛邪胶囊治疗晚期结直肠癌患者生存期的疗效和安全性.方法:选取2014年4月1日至2015年7月31日中国中医科学院西苑医院肿瘤科门诊和住院的有明确病理诊断的晚期结直肠癌患者60例作为研究对象,采用区组随机、双盲、安慰剂对照的方法将受试者分为观察组和对照组...     

基于网络药理学及分子对接探究六君子汤治疗结直肠癌的作用机制

目的：采用网络药理学分析方法探究六君子汤治疗结直肠癌的药理机制。方法：应用中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）检索六君子汤中的中药活性成分及作用靶点;通过Gene Cards、OMIM、TTD、Drug Bank四个数据库获取结直肠癌疾病靶点;借助STRING数据库及Cytoscape软件分析六君子治疗结直肠癌的关键靶点;运用Metascape平台进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析;利用AutoDock Vina软件进行分子对接,初步验证药物结合力。结果：筛选出六君子汤主要活性成分132个,主要包括槲皮素、山柰酚、柚皮素等;活性成分对应的作用靶点277个;结直肠癌疾病相关靶点1 508个;二者共同靶点138个,核心靶点有前列腺素氧化环化酶2(Prostaglandin-Endoperoxide Synthase 2,PTGS2)等。GO和KEGG结果分析表明六君子汤治疗结直肠癌可能涉及的信号通路有磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B、白细胞介素-17、T细胞受体等;分子对接结果显示,7-甲氧基2-甲基异黄酮、苜蓿毒素等主要活性成分与PTGS2、过氧化物酶体增...     

基于网络药理学分析四君子汤治疗结直肠癌的作用机制

目的:探讨四君子汤治疗结直肠癌的作用机制。方法:以网络拓扑参数筛选方法构建四君子汤治疗结、直肠癌的化合物-靶标核心网络;使用网络稳定性测试的方法寻找四君子汤治疗结直肠癌的核心化合物。结果:得到包含化合物7个及靶标33个的四君子汤治疗结直肠癌化合物-靶标核心网络;使用鲁棒性进行网络稳定性检测,得到四君子汤核心化合物4种,包括高丽槐素、罗通定、山萘酚和常春藤皂苷元;富集分析发现4种化合物与四君子汤强关联PI3K-Akt信号通路、cGMP-PKG信号通路及PPAR信号通路。结论:四君子汤治疗结、直肠癌的潜在作用机制可能是通过调控PI3K-Akt、cGMP-PKG和PPAR信号通路及药物结合、质膜区响应和肠神经元,进而影响脂代谢、细胞生存、细胞周期与细胞凋亡。     

基于网络药理学方法的左金丸治疗结直肠癌的作用机制分析

目的：运用网络药理学方法探究左金丸治疗结直肠癌的潜在效应机制。方法：依托中药系统药理学分析平台收集左金丸中黄连和吴茱萸的化学成分和靶点信息,通过疾病基因库收集结直肠癌疾病基因,并通过维恩分析、蛋白互作分析以及Cytoscape的可视化功能,构建化合物-靶点网络、蛋白互作(PPI)网络和成分-靶点-通路网络,分析左金丸治疗结直肠癌的效应机制。结果:从左金丸化合物-靶点网络得到234种成分和482个核心靶点(其中活性成分36个,核心靶点72个),结直肠癌基因737个,PPI网络包含50个蛋白,其主要蛋白涉及PIK3CA、AKT1、TP53、HIF-1α、BAX和MYC等。基因GO本体条目283条,涉及核质、细胞凋亡、基因表达调控等方面, KEGG通路58条,主要涉及有癌症的途径、癌症中的蛋白多糖、结肠癌、膀胱癌、乙型肝炎,以及HIF-1信号通路、PI3K信号通路和FOXO信号通路等,其结果有待进一步的实验验证。结论：结合文献报道和预测分析,左金丸可能的作用机制与以下相关：①调节机体免疫耐受能力,增强宿主免疫抵抗,抑制炎症对肠粘膜的持续性刺激,进而阻止了细胞的异常增生;②通过上调抑癌基因,下调癌症相关因子,促进肿瘤细胞发生凋亡;③降低肿瘤细胞的耐受缺氧环境,促进细胞细胞发生凋亡及上皮间质的转移。     

基于网络药理学探析祛瘀解毒方治疗结直肠癌的机制

目的 利用网络药理学探析祛瘀解毒方治疗结直肠癌的机制.方法 从中药系统药理学分析平台收集组方药物的活性成分及靶点,与Genecards网站收集的CRC相关靶点取交集后,筛选出祛瘀解毒方治疗CRC的潜在靶点,利用Cytoscape软件绘制中药-活性成分-靶点网络图并分析出该网络的核心成分,利用STRING数据库和Cyto...     

基于网络药理学和分子对接探讨清热散结胶囊治疗慢性前列腺炎的潜在机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术探讨清热散结胶囊治疗慢性前列腺炎的潜在机制。方法：查阅文献及数据库筛选清热散结胶囊的活性成分,利用Swiss Target Prediction获取有效成分的相应蛋白靶标,并利用Uni Prot数据库确定基因靶点标准化名称,通过Cyto Scape 3.7.2软件构建“中药-有效成分-靶点”作用网络。借助Gene Cards、Drug Bank和Pharm GKB数据库筛选慢性前列腺炎的疾病靶点,与药物有效成分靶点取交集后得到清热散结胶囊与慢性前列腺炎的共同靶点,利用STRING数据库构建清热散结胶囊治疗慢性前列腺炎的蛋白质-蛋白质相互作用并利用Cytoscape过滤查找蛋白质-蛋白质相互作用网络核心。通过Metascape数据库对共同靶点进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,利用Py MOL及Vina软件进行分子对接验证,最后根据预测结果绘制清热散结胶囊治疗慢性前列腺炎的作用机制图。结果：筛选得到清热散结胶囊有效成分12个,去重对应靶点237个,慢性前列腺炎疾病靶点4 770个,共同靶点基因154个,蛋...     

基于网络药理学探讨苦参治疗结直肠癌活性成分、作用靶点及潜在作用机制

目的 使用网络药理学方法分析抗肿瘤中药苦参活性成分及其治疗结直肠癌的潜在靶点与作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选中药苦参活性成分,并使用PubChem数据库验证所收集活性成分化合物结构,运用SwissTargetPrediction数据库反向分子对接预测苦参活性成分可能作用靶点。采用GeneCards、DisGeNET、TTD、MalaCards数据库预测结直肠癌疾病靶点,通过Cytoscape 3.8软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”关系网络图,利用STRING数据库分析苦参-结直肠癌共同靶蛋白PPI蛋白间相互作用网络,采用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体论(GO)富集分析以及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共筛选获得中药苦参活性成分45个,通过调控结直肠癌相关作用靶点54个,参与体内信号传导、蛋白质磷酸化、凋亡等生物学过程,并通过调控癌症相关信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症蛋白聚糖信号通路等途径发挥治疗作用。结论 中药苦参能够通过多途径、多靶点协同发挥抗结直肠癌作用。     

复方苁蓉益智胶囊治疗阿尔茨海默病作用机制的网络药理学研究

目的利用网络药理学技术研究复方苁蓉益智胶囊(CCYC)治疗阿尔茨海默病(AD)的潜在作用机制。方法利用TCMSP、BATMAN-TCM数据库、TCMID数据库、化学专业数据库查找复方苁蓉益智胶囊中5味中药的化学成分并进行活性成分筛选;利用SwissTargetPrediction数据库获取活性成分的作用靶点,搜索GeneCards数据库、OMIM数据库、TTD数据库结合文献查找获取阿尔茨海默病的疾病靶点。取活性成分靶点和阿尔茨海默病疾病靶点的交集,得到复方苁蓉益智胶囊治疗阿尔茨海默病的潜在靶点。利用String数据库构建蛋白质-蛋白质互作网络。采用Metascape平台进行靶点GO富集分析和KEGG富集分析,通过Cytoscape3.7.1软件构建"单味药-关键成分-靶点-通路"网络并进行分析。结果肉苁蓉含有最多的关键成分,荷叶有最多的潜在靶点。APP、MAPK1、MAPK3、ESR2、ESR1、EGFR、DRD2、ACHE可能是复方苁蓉益智胶囊治疗阿尔茨海默病的重要靶点,涉及的主要通路和过程主要包括神经递质受体活性、神经递质水平调控、多巴胺能突触、胆碱能突触等。结论肉苁蓉和荷叶在复方苁蓉益智胶囊复方中占主要地位,复方苁蓉益智胶囊治疗阿尔茨海默病的机制可能是减少Aβ的产生及tau蛋白形成、调节雌激素受体及表皮生长因子受体、调控多巴胺能及胆碱能系统。     

基于网络药理学探讨复方蛇龙胶囊治疗膜性肾病的作用机制

目的：利用网络药理学探究复方蛇龙胶囊治疗膜性肾病的作用机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取复方蛇龙胶囊中三味组成药材白花蛇舌草、穿山龙、鬼箭羽的靶基因,通过基因组注释数据库平台（GeneCards）和OMIM数据库收集膜性肾病的靶基因。将复方蛇龙胶囊和膜性肾病的靶基因在Venny 2.1中取交集,通过STRING和Cytoscape进行蛋白质-蛋白质相互作用网络构建及关键共有靶点筛选,并通过Metascape数据库对共同靶点进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：本研究共获得符合标准有效活性成分5个,复方蛇龙胶囊-膜性肾病交集靶点84个,通过Cytoscape拓扑分析得到核心靶点18个,主要富集于生物过程、细胞组成、分子功能及164条信号通路上,主要表现在癌症通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）信号通路、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、缺氧诱导因子-1α(Hypoxia Inducible Factor-1 Subunit Alpha, HIF-1α)信号通路、核...     

基于网络药理学探究王琦院士治疗精液不液化核心组方的作用机制及实验验证

目的：利用网络药理学和分子对接技术探究核心组方治疗精液不液化的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和Uniprot数据库对王琦院士的核心组方药物进行成分和靶点的处理收集,再借助Gene Cards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)对疾病靶点进行收集,与药物靶点取“药物-疾病”交集,获得核心靶点,使用String数据库绘制核心靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。运用R语言平台进行基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,构建核心组方“成分-靶点-疾病”通路图。对关键成分与核心靶点进行分子对接,最后通过造模和药物对大鼠进行干预后,利用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测各组大鼠前列腺中细胞因子水平,实时荧光定量-聚合酶链反应(RT-PCR)法检测IL-17mRNA的表达量,对核心作用靶点及信号通路进行动物实验验证。结果：核心组方中有活性成分29个,对应靶点194个,与疾病靶点交集靶点24个,关键成分有槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等,核心靶点涉及肿瘤坏死因子(TNF)、纤溶酶原激活物抑制因子(SERPINE1)、白细胞介素...     

基于网络药理学的生脉饮（党参方）治疗动脉粥样硬化性心血管疾病的潜在分子机制

目的:运用网络药理学方法,研究生脉饮(党参方)治疗动脉粥样硬化性心血管病(ASCVD)的活性成分、作用靶点和分子通路,揭示生脉饮(党参方)治疗ASCVD的分子机制,并为组方配伍的合理性阐释提供依据。方法:借助中西医结合数据库(SymMap),中药系统药理学技术平台(TCMSP)以及BATMAN-TCM平台获取生脉饮(党参方)主要化学成分,SymMap和中医药百科网站(ETCM)检索化合物靶点,借助疾病相关的基因与突变位点数据库(DisGeNET)和基因组注释(GeneCards)数据库检索疾病靶点;化合物靶点与疾病靶点作交集得到生脉饮(党参方)作用于ASCVD的预测靶点。利用蛋白质相互作用(STRING)数据库构建靶蛋白相互作用(PPI)网络图,借助Cytoscape软件获取生脉饮(党参方)作用于ASCVD的关键化合物和关键靶点,最后用The Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery(DAVID)网站将富集到的关键靶点进行基因本体(GO)生物学过程分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果:生脉饮(党参方)作用于ASCVD的关键化合物有33个,关键靶点有25个。GO分析结果显示,生脉饮(党参方)治疗ASCVD关键靶点的生物功能主要涉及凋亡过程的调控、炎症反应、一氧化氮合成的调节、胰岛素分泌的调节等生物学过程;KEGG通路主要富集到磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、凋亡信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、雌激素信号通路等20条信号通路。结论:本研究通过网络药理学从分子水平探讨生脉饮(党参方)治疗ASCVD的活性成分与潜在靶点,初步验证了生脉饮(党参方)的作用机制,并为进一步深入探究其作用机制奠定了理论基础。     

基于网络药理学探讨伸膝汤治疗膝关节骨性关节炎的作用机制

目的:利用网络药理学方法从整体观念探讨中药复方伸膝汤治疗膝关节骨性关节炎(Knee Osteoarthritis,KOA)的作用机制.方法:通过BATMAN-TCM数据库,对伸膝汤所含活性成分进行筛选并预测作用靶点,利用GeneCards、OMIM和CTD数据库检索KOA相关基因,利用韦恩图筛选伸膝汤中活性成分治疗KO...     

基于网络药理学探讨国医大师张磊运脾汤治疗高脂血症的分子机制＊

目的 基于网络药理学探讨运脾汤治疗高脂血症的分子作用机制。方法 通过TCMSP、Pharm Mapper、GeneCards、DisGeNET等多个数据库检索，预测并收集运脾汤的有效化学成分和对应的靶蛋白以及高脂血症的相关疾病基因，筛选关键靶点，对关键靶点及相关有效化学成分做分子对接验证，利用DAVID数据库的富集分析功能，得到运脾汤的有效化学成分干预高脂血症的过程中涉及的相关功能和通路，并构建“中药材-有效化学成分-靶点-通路”综合网络。结果 运脾汤干预高脂血症的核心成分为木犀草素、槲皮素、山奈酚、柚皮素等；核心靶点PPARG、NOS3、EGFR、APOB和ESR1，分子对接验证，大部分靶点与化合物有结合活性较好；DAVID富集分析，运脾汤可能通过细胞内外刺激、脂多糖反应和调节凋亡等生物过程和HIF-1信号通路、AGE-RAGE信号通路、胰岛素信号通路、TNF信号通路等途径干预高脂血症。结论 本研究初步预测了运脾汤干预高脂血症的多成分、多靶点、多通路的作用机制，为进一步实验研究提供理论依据。     

基于网络药理学及分子对接探讨交泰丸治疗心 律失常的作用机制

目的:运用网络药理学及分子对接分析交泰丸治疗心律失常的作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)与BATMAN数据库检索黄连、肉桂的活性成分和靶基因,利用GeneCards数据库检索得到与心律失常相关的靶基因,采用Cytoscape软件绘制交泰丸的"活性成分-作用靶点"网络图,采用STRING数据...     

基于网络药理学对黄连抗结直肠癌作用机制的分析＊

目的基于网络药理学分析方法探讨黄连抗结直肠癌的物质基础和作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、中医药整合药理学研究平台(Integrative Pharmacology-based Research Platform of Traditional Chinese Medicine,TCMIP)及文献检索收集黄连的主要活性成分,并利用PubChem得到其活性成分的结构信息。采用SwissTargetPrediction数据库检索活性成分作用靶点,在GeneC ards和Open Targets数据库检索结直肠癌疾病相关靶点,并与活性成分靶点取交集作为黄连治疗结直肠癌的潜在作用靶点,导入Cytoscape构建黄连活性成分-结直肠癌疾病靶点网络图。利用STRING构建靶蛋白互作网络。根据拓扑分析筛选黄连治疗结直肠癌的关键药效成分与核心靶点。应用DAVID(Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)数据库对核心治疗靶点进行GO生物学功能及KEGG通路富集分析。结果黄连62个活性成分通过调控91个结直肠癌相关的疾病靶点,产生了134对化合物-靶点关系,其中黄酮醇类(如槲皮素)和生物碱类(如小檗碱)均发挥了中药作用,参与了体内细胞对化学压力的反应、氧化应激、磷酸化、蛋白激酶B信号传导等生物过程,干预PI3K-AKT、蛋白聚糖、Ras、Rap1、ErbB、HIF-1、FoxO、VEGF、花生四烯酸代谢等信号通路发挥抗结直肠癌的作用。结论黄连中的黄酮醇类和生物碱类等多成分,可通过多靶点、多通路协同发挥抗结直肠癌的作用,CA1、CA12、CA2、CA9、AKT1、EGFR、PTGS2和SRC等可能是其核心治疗靶点,PI3K-AKT、Ras、Rap1和VEGF等可能是其主要作用通路。     

基于网络药理学探讨抗感方抗病毒作用机制

目的 基于网络药理学方法 研究抗感方治疗冠状病毒、呼吸道合胞病毒(RSV)的作用机制.方法 借助TCMSP数据库筛选出抗感方活性成分及作用靶点,通过Gene Cards数据库筛选出冠状病毒 、RSV的疾病靶点.利用Cytoscape软件 、STRING数据库分别构建"药物-成分-靶点-疾病"的相互作用和潜在靶点PPI网...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨藏药七味草玉梅散治疗乳腺癌的作用机制＊

目的 基于网络药理学和分子对接方法探讨藏药七味草玉梅散治疗乳腺癌的作用机制。方法 藏药七味草玉梅散成药的药性依据藏医“味-性-化味”药性理论计算获得。从TCMSP数据库和文献查阅两种途径获得藏药七味草玉梅散的活性成分及对应靶点。从Genecards、Drugbank、OMIM、TTD和PharmGKB数据库获得乳腺癌疾病靶点，合并五个数据库的所有靶点并去除重复靶点得到最终疾病靶点。通过R语言Venn程序包取七味草玉梅散药物靶点和乳腺癌疾病靶点的交集，最终获得七味草玉梅散治疗乳腺癌的可能靶点，并构建这些靶点的互作网络，通过两次打分筛选得到核心网络。通过R语言的Bioconductor程序包进行GO和KEGG通路富集分析。应用分子对接技术对核心靶点和关键成分进行分子对接。结果 七味草玉梅散药味以苦味为主，化味以苦化味为主，药性以凉、糙、钝、轻为主，药效以凉、糙、钝、轻、动为主，主要对治热、柔、锐、重等疾病特性，对乳腺癌有疗效。筛选得到该组方活性成分共18个，对应靶点227个。共检索到乳腺癌疾病靶点11109个，两者取交集后得到211个靶点。靶点PPI网络分析得到17个核心靶点。对靶点的GO富集分析结果显示这些靶点富集在生物过程中显著的条目有对药物响应、对金属离子响应和对氧化胁迫的响应，细胞组分中显著的条目有膜筏、微域和区域，而分子功能中显著的条目有脱氧核糖核酸结合转录因子结合和泛素样蛋白连接酶结合，富集的KEGG通路主要涉及脂质与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号途径、AGE-RAGE途径等多种与乳腺癌密切相关的通路。七味草玉梅散药物-成分-靶点网络图揭示了七味草玉梅散中的药效物质和作用靶点，以及两者之间的连接关系。体外细胞实验也证实，七味草玉梅散能以浓度依赖下调PRSS1蛋白的表达，抑制乳腺癌MCF7细胞的增殖和迁移生长。结论 本研究初步明确了七味草玉梅散通过多成分-多靶点-多通路治疗乳腺癌的作用机制，为深入研究七味草玉梅散的药效物质基础和作用机制奠定基础。     

基于网络药理学探讨四妙丸治疗骨关节炎的作用机制

目的：采用网络平台药理学的研究方法,对四妙丸（SMW）用于治疗骨关节炎（OA）的药理作用以及机制问题进行了研究和探讨。方法：主要通过在TCMSP网络平台对四妙丸进行活性药物成分的筛选、在DrugBank数据库的基础上进行了靶标的预测,应用Cytoscape 3.7.1软件构建了化合物-靶点数据分析网络;在TTD及DisGenet进行数据库的检索,获取了疾病的靶点;通过构建韦恩图,取得了疾病与活性药物作用靶点的交集,得到了四妙丸治疗OA的作用靶点;并对四妙丸进行了GO功能注释功能通路注释和KEGG通路富集分析;构建了四妙丸中药-成分-靶点-信号通路网络。结果：分析研究显示共挖掘到了四妙丸中64种共同作用成分及163个潜在共同作用靶点,OA疾病989个成分及相关共同作用靶点,得到四妙丸-疾病共同靶点18个,共同信号作用的靶点主要富集于34个生物过程和26条信号通路上。结论：四妙丸中药可能主要是通过调节PTGS2、TNF、AR等共同靶点,调控IL-17信号通路、TNF信号通路、松弛素、破骨细胞分化、松弛素等方式来抑制机体炎性反应,进一步调节机体免疫功能来治疗骨关节炎。