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目的:本文借助计算机网络药理学和分子对接技术预测牡丹皮、丹参治疗银屑病的潜在分子作用机制。方法:首先将中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)平台筛选到的疾病和药对成分靶点取交集,获得交集靶点后进行基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,利用Cytoscape 3.8.2构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络和“成分-靶点-通路”图,最后使用Schr9dinger Maestro 11.8进行分子对接试验。结果:共得到牡丹皮、丹参治疗银屑病的活性成分58个和靶点95个,主要参与脂多糖应答、炎症反应、营养水平、氧化应激等方面的生物过程,调控白细胞介素-17(IL-17)、肿瘤坏死因子(TNF)、辅助性T17(Th17)细胞分化、缺氧诱导因子-1(HIF-1)等信号通路。分子对接结果证实主要活性成分和核心靶点亲和力高。结论:牡丹皮-丹参配伍可从多成分、多靶点、多通路治疗银屑病。 相似文献
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目的:采用网络药理学的分析方法研究赤芍-牡丹皮经典药对治疗中风的分子作用机制。方法:基于中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)、药物与疾病数据库(Drug Bank)、赤芍-牡丹皮的疾病与化学成分靶点网络则分别由治疗靶标数据库(TTD)建立,而它的药效成分与靶点网络主要运用Cytoscape 3.7.0软件构建而成,并同时进行了网络拓补分析; 至于核心靶点对基因本体(GO)的功能富集则主要运用DAVID数据库完成,同时也对百科全书KEGG(基因组)通路的功能富集进行了研究。结果:网络拓补分析结果表明,最核心的药效成分可能为槲皮素、山奈酚、鞣花酸、黄芩苷,最核心的GO功能有活性氧代谢过程、脂多糖、核受体活性、细胞因子受体结合、细胞膜微区、囊腔作用等; 最核心的作用通路有VERF通路、Toll样受体通路、肿瘤坏死因子(TNF)通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶b(P13K-Akt)通路等。结论:本文基于网络药理学方法对赤芍-牡丹皮药对干预中风的作用机制进行了分析发现,赤芍-牡丹皮药对可能是通过VERF通路、Toll样受体通路、TNF通路、IL-17信号通路、P13K-Akt等通路协同作用发挥治疗缓解中风功效,上述预测结果可为赤芍-牡丹皮药对在中风治疗的药理作用研究及临床应用提供一定的理论依据。 相似文献
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目的利用网络药理学方法探讨丹参-赤芍药对治疗急性心肌梗死的作用机制。方法利用TCMSP数据库筛选出丹参和赤芍所含有效化学成分,用Drug Bank数据库和Pharmmapper服务器对有效化学成分进行作用靶点预测;通过Gene Gards、CTD和OMIM数据库筛选出与急性心肌梗死相关靶点,将以上数据导入STRING数据库进行蛋白相互作网络分析,并利用Cytoscape软件构建蛋白互作网络,最后利用David在线分析工具对靶标基因进行GO分析和KEGG分析。结果共得出94个活性成分,对应145个靶点,与急性心肌梗死相关靶点19个,通过GO分析得出94个生物学过程,16个细胞组成,24个分子功能,通过KEGG分析得出富集通路18条。结论本研究从网络药理学层面初步揭示了丹参-赤芍药对治疗急性心肌梗死的作用机制,预测丹参-赤芍药对可能通过FOXO、PI3K-AKT、c AMP等通路对心肌损伤细胞起到相应保护作用,为下一步深入验证研究提供了良好的理论基础。 相似文献
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目的:运用网络药理学技术探讨牡丹皮有效成分治疗过敏性紫癜(Henoch-schonlein Purpura,HSP)的作用靶点及作用机制。方法:首先通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选牡丹皮活性成分及作用靶点,利用Gene Cards数据库和OMIM数据库筛选疾病HSP的靶点基因,并导入Venny 2.1.0取二者交集。然后运用Cytoscape 3.9.0软件构建牡丹皮-活性成分-靶点基因网络图;STRING数据库构建中药-疾病共同靶点基因编码蛋白质-蛋白质相互作用的网络关系。最后应用Metascape数据库将中药-疾病共同靶点进行基因本体论(GO)和京都基因及基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:通过筛选得到槲皮素(quercetin)、山奈酚(kaempferol)、丁子香萜(Mairin)、谷甾醇(sitosterol)、(+)-羟黄酮(catechin)、5-[亚甲基]巴比妥酸(5-[[5-(4-methoxyphenyl)-2-furyl]methylene]barbituric acid)共6个牡丹皮的关键化合物,潜在靶点159个;通过Gene C... 相似文献
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目的应用网络药理学研究方法预测银屑Ⅰ号药物成分的作用靶点,并与银屑病相关靶点进行映射,拓扑出银屑Ⅰ号成分—靶点—疾病网络并进行富集分析,探讨银屑Ⅰ号治疗银屑病可能的作用机制。方法应用中药系统药理学(TCMSP)数据库和分析平台及文献检索挖掘出银屑Ⅰ号药物所对应的成分,通过中药成分靶点(HIT)数据库及Swiss靶点预测数据库检索出成分对应的靶点。在疾病靶点数据库(TTD),Drugbank(DBD)数据库及DisGeNet数据库中获取银屑病对应的靶点。使用Cytoscape构建银屑Ⅰ号成分—靶点—疾病网络及核心网络,应用ClueGo对靶点进行GO-BP富集分析及KEGG通路分析。结果筛选出银屑Ⅰ号成分—靶点—疾病网络中共42个相关靶点及59个相应化合物,共得出12条主要信号通路,其中血管内皮生长因子(VEGF)信号通路及皮质类固醇反应信号通路在网络中具有串话作用。结论银屑Ⅰ号通过直接或间接作用靶点调控多条信号通路,改善银屑病炎性浸润、角质形成细胞异常分化及异常新生血管生成等病理因素,从而发挥银屑病的治疗作用。 相似文献
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目的 通过网络药理学方法研究中药"大黄-牡丹皮"药对治疗急性阑尾炎的作用机制.方法 通过TCM-SP数据库筛选出大黄、牡丹皮的活性成分及相关靶点,在GeneGards数据库检索急性阑尾炎的相关靶点,对两类靶点取交集,应用Cytoscape3.7.2软件构建大黄-牡丹皮治疗急性阑尾炎的成分-靶点-疾病网络,对网络中基因构... 相似文献
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目的:通过网络药理学方法探析板蓝根-山豆根-白茅根治疗银屑病的作用机制。方法:应用TCMSP平台检索板蓝根-山豆根-白茅根的化学成分,利用GeneCards等数据库检索银屑病的相关靶点基因,将药物靶点与疾病靶点取交集绘制韦恩图。运用Cytoscape 3.8.2软件构建药物-成分-靶点网络图,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,对交集靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:共获有效成分52种,如β-谷甾醇、槲皮素、山柰酚等;与银屑病相关靶点90个,其中白细胞介素-6、肿瘤坏死因子、肿瘤蛋白p53、白细胞介素-1β、活化蛋白-1等为核心基因;GO功能富集分析中共确定了614条GO条目,其中生物过程480条、细胞组分52条、分子功能82条;KEGG富集分析中共确定了102条通路,涉及多种癌症通路、肝炎、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-丝氨酸-苏氨酸-激酶(Akt)信号、肿瘤坏死因子信号、丝裂原活化蛋白激酶等信号通路。结论:板蓝根-山豆根-白茅根可通过多种活性成分、多个靶点、多条通路抑制炎症因子的表达及角质细胞增殖、分化而发挥治疗作用。 相似文献
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芍药及不同炮制品中芍药苷含量的比较研究 总被引:4,自引:0,他引:4
目的:比较赤芍(Radix Paeoniae Rubra)与白芍(Radix Paeoniae Alba)及不同加工炮制方法对赤芍、白芍饮片中芍药苷含量的影响。方法:采用HPLC法,色谱柱:SHIMADCIS ODSC18。流动相:乙腈-0.1%磷酸水溶液(15:85)。检测波长:230nm,流速:1.0ml/min。结果:芍药苷的含量:赤芍〉炒赤芍〉醋炙白芍〉酒炙白芍〉炒白芍〉白芍〉去皮白芍〉土炒白芍,白芍与赤芍芍药苷含量存在显著差异,白芍经酒炙、醋炙后含量显著高于生品,其中以醋炙品最高;炒黄品芍药苷略有升高,土炒品略有降低,去皮白芍低于不去皮白芍,但四者均无显著性差异。结论:赤芍与不去皮白芍中芍药苷含量存在显著差异,故以不去皮白芍作为赤芍代替品使用缺乏合理性。而白芍炮制方法中的醋炙和酒炙对芍药苷溶出有明显影响,清炒和土炒的影响并不显著。 相似文献
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[目的] 本研究初步探究了小儿定喘颗粒抗呼吸道合胞病毒的药理作用,并通过网络药理学及生物信息学技术探讨小儿定喘颗粒治疗呼吸道合胞病毒肺炎(RSV)的作用机制。[方法] 通过建立RSV感染的A549细胞模型以考察小儿定喘颗粒抗RSV的治疗效果;利用中药系统药理学数据库(TCMSP)获取小儿定喘颗粒的主要化学成分及作用靶点,利用Uniprot数据库对获取的作用靶点进行规范化处理;通过GeneCards及OMIM数据库获取RSV相关靶点;利用Venny 2.1.0绘图网站构建Venn图,得到小儿定喘颗粒与RSV的交集靶点;应用String平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;通过David数据库对交集靶点进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用微生信网站绘制结果气泡图,相关结果采用Cytoscape 3.9.0软件进行可视化及网络拓扑结构分析。使用分子对接及酶联免疫吸附实验对上述预测核心靶点进行验证。[结果] 体外细胞实验表明小儿定喘颗粒对RSV诱导的细胞病变具有抑制作用,经过数据整理及分析共筛选出小儿定喘颗粒的主要化学成分194个,潜在作用靶点282个,其中涉及RSV靶点135个。“中药-成分-疾病靶点”网络显示,槲皮素、山柰酚、异鼠李素等是小儿定喘颗粒治疗RSV的主要活性成分,肿瘤坏死因子(TNF)、白蛋白(ALB)、白细胞介素-6(IL-6)、RAC-α-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、白细胞介素-1β(IL-1β)等是小儿定喘颗粒治疗RSV的核心靶点。通过GO功能富集分析得到822条生物进程条目,138条分子功能条目,89条细胞成分条目,KEGG富集分析发现核心靶点主要作用于TNF、IL-17、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)等信号通路,分子对接、酶联免疫吸附实验进一步验证了上述结果。[结论] 初步揭示了小儿定喘颗粒可能通过多成分、多靶点和多通路发挥治疗RSV的作用,为拓宽其临床应用提供理论基础。 相似文献
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该文通过网络药理学的方法预测龟鹿二仙胶治疗创伤后应激障碍(PTSD)的多成分、多靶点、多途径的作用机制。基于TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库、化学专业数据库、DrugBank数据库获取龟鹿二仙胶的活性成分及对应靶点,从OMIM,TTD,DisGeNET数据库获取PTSD的已知治疗靶点,结合STRING数据库构建活性成分-疾病靶点蛋白互作网络,利用Cytoscape 3.6.0软件对该网络进行拓扑参数分析得到关键活性成分及其靶点。对关键靶点进行GO生物学过程分析和KEGG通路分析,通过Cytoscape 3.6.0软件构建龟鹿二仙胶"活性成分-靶点-通路"网络,采用SystemsDock在线分子对接工具进行对接验证。预测结果表明,龟鹿二仙胶共有67个活性成分和420个靶点,PTSD共有206个已知治疗靶点,Cytoscape 3.6.0拓扑参数分析后共有66个靶点,GO生物学过程分析得出58个条目,KEGG通路分析得出22条通路,分子对接结果显示,degree最大的靶点与其对应的活性成分、通路中疾病和药物的共同靶点与其对应的活性成分能有效结合。结果提示,龟鹿二仙胶可能通过调节突触可塑性、抗细胞凋亡、抗炎及促进恐惧记忆消退起到抗PTSD的作用,涉及的通路包括LTP信号通路、PI3K/Akt/mTOR信号通路、TNF信号通路、含血清素的神经突触通路以及多巴胺能神经突触通路等。该研究为进一步阐释龟鹿二仙胶治疗PTSD的药理机制提供了理论依据。 相似文献
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目的 采用网络药理学方法,对芍药甘草汤治疗类风湿关节炎的作用机制进行研究。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)对芍药甘草汤进行活性成分的收集和筛选,在Swiss Target Prediction和TCMSP数据库中查找活性成分对应的人类靶蛋白;在Drugbank和Therapeutic Target Database数据库中获取类风湿关节炎的疾病靶点;构建韦恩图,得到芍药甘草汤治疗类风湿关节炎的关键靶点,依据STRING数据库得到关键蛋白的蛋白互作网络;采用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体论(GO)和通路富集分析,使用Image GP平台制作富集结果气泡图;相关结果采用Cytoscape 3.7.2进行可视化研究及网络拓扑结构分析。结果 筛选得到芍药甘草汤中102种活性成分,对应310个潜在靶点,其中涉及类风湿关节炎靶点68个。药物-成分-关键靶点-信号通路网络图显示山柰酚、槲皮素、柚皮素、芒柄花黄素、异鼠李素等是芍药甘草汤治疗类风湿关节炎的关键成分,前列腺素内环氧化物合成酶2、一氧化氮合酶2、丝裂原活化蛋白激酶14、过氧化物酶体增殖物激活受体γ、白细胞介素-6、肿瘤坏死因子、白细胞介素-1β等是该方治疗类风湿关节炎的关键靶点。GO富集分析显示与生物过程相关的条目28个,与细胞组成相关的条目2个,与分子功能相关的条目13个。通路富集分析显示与40条通路相关,涉及肿瘤坏死因子信号通路、破骨细胞分化、T细胞受体信号通路、MAPK信号通路、类固醇激素生物合成、Toll样受体信号通路等。结论 从网络药理学角度阐明了芍药甘草汤多成分、多靶点、多途径的整体调节特点,初步揭示了芍药甘草汤治疗类风湿关节炎的物质基础和作用机制,为后续研究提供思路与依据。 相似文献
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目的探讨四逆散治疗抑郁症的作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索四逆散中柴胡、白芍、枳实、甘草的化学成分和作用靶点,通过OMIM、TTD、Drugbank、Digsee等多个数据库查询与抑郁症(depression)相关的基因。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape 3.2.1构建化合物-靶点(基因)网络、蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点,最后通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果化合物-靶点网络包含121个化合物和相应靶点259个,关键靶点涉及PTGS2、CALM1、ESR1、HSP90AA1、AR等。PPI核心网络包含15蛋白,关键蛋白涉及CASP3、CHRM2、CYP3A4等。GO功能富集分析得到GO条目375个(P0.05),其中生物过程(BP)条目307个,细胞组成(CC)条目37个,分子功能(MF)条目31个。KEGG通路富集筛选得到37条信号通路(P0.05),涉及神经活性配体-受体相互作用信号通路、多巴胺信号通路、IL-17信号通路等。结论四逆散中的有效活性成分主要通过作用于CASP3、CHRM2、DRD1等15个关键靶点调节多条信号通路从而发挥抗抑郁作用。 相似文献
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基于网络药理学的四妙勇安汤在血管新生中的作用机制研究 总被引:1,自引:0,他引:1
目的采用网络药理学方法探讨四妙勇安汤的功效物质基础和在"异病同治"模式下对血管新生方面的作用机制。方法依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索四妙勇安汤全方4味中药相关的所有化学成分、作用靶点,进而构建化合物-靶点网络图;通过OMIM数据库、TTD数据库以及PharmGkb数据库筛选血管新生相关的靶点,进而构建疾病靶点相互作用网络图;筛选药物靶点和疾病靶点相互作用图的核心靶点,利用ClueGO对核心靶点进行GO分析,利用DAVID和KEGG数据库对核心靶点进行相关通路富集。结果选择口服利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18作为化合物分子的筛选条件,筛选出四妙勇安汤中的120个活性成分和155个相应蛋白靶点;通过度、介度中心度、接近中心度等网络拓扑特征评价筛选出与四妙勇安汤在血管新生方面作用的核心靶点197个,GO分析共包含942条富集结果,其中生物过程685条,分子功能164条,细胞组成93条。利用KEGG数据库对相关通路富集,筛选出20条通路在血管新生方面具有作用。结论通过网络药理学验证了四妙勇安汤多成分、多靶点、整体调节的作用特点,预测了四妙勇安汤在血管新生中的主要作用机制,为其活性成分研究和实验研究提供理论依据。 相似文献
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基于网络药理学的黄连解毒汤治疗高血压潜在机制研究 总被引:2,自引:0,他引:2
目的利用网络药理学技术预测黄连解毒汤治疗高血压的作用机制。方法从中药系统药理学分析平台(TCMSP)中寻找与黄连解毒汤中4味中药相关的所有化学成分和作用靶点,构建化合物靶点相互作用网络图;通过OMIM数据库、TTD数据库以及PharmGkb数据库筛选高血压疾病相关的靶标;PPI数据库构建黄连解毒汤和高血压的交互靶标;筛选药物靶点和疾病靶点相互作用的核心靶点,采用Davidv6.8数据库对核心靶点进行GeneOntology(GO)分析,利用KEGG数据库对核心靶点进行相关通路富集。结果选择口服利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18作为化合物分子的筛选条件,并通过文献查找加以补充,共筛选出黄连解毒汤的61个潜在活性成分和154个潜在靶点;通过度、介度中心度、接近中心度等网络拓扑特征评价筛选出与黄连解毒汤在高血压方面作用核心靶点228个,GO分析共包含118条富集结果,其中生物过程59条,分子功能31条,细胞组成28条。利用KEGG数据库对入选靶标进行相关通路富集,筛选出45条通路在高血压疾病方面具有作用。结论黄连解毒汤具有多成分、多途径、多靶点协同作用的作用特点,预测了黄连解毒汤治疗高血压疾病的可能作用机制,为寻找其有效成分和作用机制及临床应用奠定基础。 相似文献
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目的建立活性成分-作用靶点、蛋白相互作用、靶点相应的生物功能和通路网络,探讨栀子豉汤的抗抑郁作用机制。方法通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库并结合文献挖掘和整理获取栀子豉汤的主要活性成分。依据反向药效团匹配(Pharm Mapper)方法预测栀子豉汤活性成分的作用靶点。采用Cytoscape软件构建栀子豉汤活性成分-作用靶点网络。通过String数据库结合Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络,并用Systems dock Web Site对其进行验证。通过ClueGO结合Clue Pedia插件对其靶点生物功能及涉及的通路进行分析。结果栀子豉汤中筛选得到16个活性成分,涉及43个靶点,网络分析结果表明靶点主要参与细胞、组织、器官、代谢、免疫和对应激的应答等过程,通过调节瘦素、雌激素、丝裂原活化蛋白激酶级联(MAPK cascade)、脑源性神经营养因子-酪氨酸激酶受体(BDNF-Trk B)、5-羟色胺受体(5-HT receptor)、白细胞介素(IL)等信号通路来发挥抗抑郁作用。结论体现了中药多成分-多靶点-多通路的特点,为进一步开展栀子豉汤的抗抑郁作用机制研究提供了新思路和新方法。 相似文献
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目的 采用网络药理学方法探讨失笑散的功效物质基础对子宫内膜异位症痛经方面的作用机制。方法 依托TCMSP数据库检索失笑散中五灵脂,BATMAN-TCM数据库检索失笑散中蒲黄相关的所有化学成分,整合作用靶点预测(STPD),进而构建化合物-靶点网络图;通过Gene Cards、DisGeNET数据库筛选子宫内膜异位症痛经相关的靶点,进而构建疾病靶点相互作用网络图;筛选药物靶点和疾病靶点相互作用图的核心靶点。采用DAVID数据库对失笑散作用靶点进行生物功能及代谢通路分析。结果 选择筛选出失笑散中的15个活性成分,共涉及225个作用靶点;通过网络拓扑特征评价筛选出与失笑散在子宫内膜异位症痛经方面作用的核心靶点41个,主要通过癌症通路、粘着斑、丝裂原活化蛋白激酶、细胞凋亡、NOD样受体、T细胞受体信号通路发挥对子宫内膜异位症痛经的治疗作用。结论 通过网络药理学验证了失笑散多成分、多靶点、整体调节的作用特点,预测了失笑散在子宫内膜异位症痛经中的主要作用机制,为其活性成分研究和实验研究提供理论依据。 相似文献
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目的 应用网络药理学方法探讨脑出血方对脑出血的作用机制.方法 借助中药系统药理学技术平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)和BATMAN-TCM数据库检索并收集水蛭、虻虫、大黄、蒲黄、三七、石菖蒲、瓜蒌和龟板的所有化学成分,并以口服生物利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18为标准,筛选出活性化学成... 相似文献