人类白细胞抗原新等位基因B*54:09的序列分析

目的 鉴定1名中国人白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因.方法 应用基于Luminex平台的聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)方法对先证者进行HLA基因分型、PCR产物测序和基因克隆DNA测序,通过软件分析该基因序列并与同源性最高的HLA等位基因比较序列差异.结果 PCR-SSOP基因分型显示先证者HLA-B位点反应格局异常,疑为HLA新等位基因.基因克隆后测序结果显示,其中1个等位基因为B*59:01,另一个等位基因序列与所有已知HLA等位基因不同,与同源性最高的HLA-B* 54:06基因序列相比,在第3外显子有6个核苷酸不同(nt486G→C、nt527A→T、nt538T→C、nt539G→T、nt559 C→A和nt560 T→C),导致了3个氨基酸改变,152位氨基酸由Glu→Val,156位氨基酸Trp→Leu和163位氨基酸Leu→Thr.结论 该等位基因为HLA新等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B* 54:09.     

DNA序列分析鉴定HLA新等位基因B*4446

目的鉴定中国人群的HLA新等位基因。方法使用PCR-序列特异性引物及PCR-序列特异性寡核苷酸探针技术进行HLA分型。发现1个与HLA-B*44相关的未知基因,使用DNA序列分析技术鉴定并分析该基因与同源性最高的B*4409基因序列的差异。结果新基因第3外显子区域序列与所有已知的HLA-B等位基因序列均不相同,与同源性最高的HLA-B*4409基因序列相比有3个碱基发生替代。第538位碱基由G→C,第539位碱基A→T以及第540位碱基C→G,使编码产物180位氨基酸由天冬氨酸变成亮氨酸。结论发现一个新的HLA-B等位基因,于2005年9月由WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4446。     

HLA新等位基因B*5618的序列分析

目的识别确认中国汉族人群中的HLA新等位基因。方法采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)方法、聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-sequence specific primer,PCR-SSP)方法以及基因测序分型(sequence-based typing,SBT)技术,发现1个与HLA-B*5610等位基因相近的未知等位基因。以基因特异性引物单独扩增B*56基因并对第2、3、4外显子进行双向测序,序列经BLAST验证并分析该基因与B*5610基因的核苷酸序列差异。结果该基因为新的等位基因,其序列已被GenBank接受(编号为EF016753)。新等位基因与最接近的B*5610相比,在第3外显子上有4个核苷酸的不同,即第379位C→G(密码子127CTG→GTG,氨基酸127Leu→Val);第412位A→G(密码子138AAC→GAC,氨基酸138Asn→Asp);第419位T→C、第420位A→C(密码子140TTA→TCC,氨基酸140Leu→Ser)。结论该等位基因为新的HLA-B等位基因,2006年9月已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*5618。     

HLA-B新等位基因B*9536和B*4612的测序分析和确认

目的 研究人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因HLA_B*9536和B*4612的分子机制.方法 采用Invitrogen抽提试剂盒抽提标本DNA,利用单链特异性引物PCR方法扩增样本HLA-B基因第2～4外显子,对PCR产物直接进行HLA-B基因第2、3、4外显子双向测序分析.结果 先证者标本存在2个HLA-B等位基因,经HLA Blast验证均为新的等位基因,新的等位基因序列已递交GenBank(EU081878和EU081879),经世界卫生组织HLA命名委员会正式命名为HLA-B*9536和HLA-B*4612.HLA-B*9536第2～4外显子序列与最接近的B*1505相比,在第3外显子存在一个碱基的不同,即第544位G→A改变,导致第158位氨基酸Ala→Thr;HLA-B*4612第2～4外显子序列与最接近的B*4601相比,在第3外显子存在一个碱基的不同,即第363位G→C,导致第97位氨基酸Arg→Ser.结论 在同一标本中发现两个新的HLA-B等位基因,并被世界卫生组织HLA命名委员会正式命名.     

用等位基因组特异性引物扩增技术确认HLA-B新等位基因B*15:129

目的 对人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因HLA-B*15:129的第2～4外显子序列进行分析.方法 采用商用抽提试剂盒抽提标本DNA,应用等位基因组特异性引物PCR方法扩增先证者标本HLA-B基因第2～4外显子,PCR产物经酶切纯化后直接进行HLA-B基因第2～4外显子双向测序分析.结果 先证者标本存在2个HLA-B等位基因,1个等位基因为B*07:02,另1个经Blast验证为新的等位基因,新的等位基因序列已递交GenBank(EF473219),经世界卫生组织HLA命名委员会正式命名为HLA-B*15:129.HLA-B*15:129第2～4外显子序列与最接近的B*15:01:01:01相比,第3外显子存在3个碱基的不同,即第362位G→A、363位G→T、369位C→T改变,导致第97位氨基酸Arg→Asn.结论 发现1例新的HLA-B等位基因,被世界卫生组织HLA基因命名委员会正式命名为HLA-B*15:129.

Abstract：

Objective To analyze the sequence of the exons 2-4 of human leukocyte antigen (HLA) novel allele HLA-B*15:129.Methods DNA of the proband was extracted from whole blood by commercial DNA extraction kit. The amplification for HLA-B exons 2-4 was performed separately by polymerase chain reaction (PCR) with allele group specific primers. The PCR products were digested with enzymes and then directly sequenced for exons 2-4 of HLA-B locus in both directions.Results Sequencing results showed the HLA-B alleles of the proband included B*07:02 and a novel allele. The sequence of the novel allele has been submitted to GenBank (accession no. EF473219) and the allele has been officially named B*15:129 by the WHO Nomenclature Committee. Comparing with the HLA-B*15:01:01:01, the sequence of exons 2-4 of HLA-B*15:129 showed three nucleotide difference in exon 3 at positions 362 and 363 from GG to AT and positions 369 from C to T, which resulted in an amino acid change from Arg to Asn at codon 97.Conclusion A novel HLA-B allele was identified and has been officially named B15:129 by the WHO Nomenclature Committee.     

人类白细胞抗原新等位基因B*55:35的鉴定及家系调查

目的 鉴定人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因B位点的1个新等位基因并调查其遗传情况.方法 应用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reactionsequence specific oligonucleotide probe,PCR-SSOP) HLA分型技术发现1个疑似的新HLA等位基因,通过DNA测序鉴定其序列,并与同源性最高的HLA基因进行核苷酸序列比对,对携带者家系进行调查.结果应用PCR-SSOP进行HLA基因分型时,该样本HLA-B位点反应格局异常.DNA序列分析证实其为1个新HLA-B等位基因.与同源性最高的等位基因B*55:02比较,在第2外显子区域中有7个碱基发生改变,导致6个密码子发生了变化,造成2个氨基酸改变,即第69位的氨基酸由谷氨酸(Glu)变为甲硫氨酸(Met)、第70位的氨基酸由谷氨酸(Glu)变为丙氨酸(Ala).结论 发现并鉴定了HLA-B位点的1个新等位基因,GenBank注册号为FJ898284,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B* 55:35.     

新等位基因HLA-B*9526的确认和序列分析

目的 鉴定中国人群中人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因HLA-B*9526,并进行核苷酸序列分析.方法 使用序列特异性寡核苷酸PCR技术进行HLA基因分型,发现1个反应格局异常的等位基因,应用分子克隆和DNA双向测序技术测定新等位基因的核苷酸序列,并与已知等位基因进行序列比对分析.结果 检出反应格局异常的DNA样本,经过克隆测序得到两个等位基因,分型结果一个为B*5403,另一个的核苷酸序列与已知的HLA等位基因均不同,该基因序列与同源性最高的HLA-B*1507基因序列相比在第3外显子区域中425位碱基发生A→G突变,导致142位编码氨基酸由酪氨酸变成半胱氨酸.结论 一个新的HLA-B等位基因被确认,并被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*9526.     

一例HLA-A新等位基因A*3308的测序分析

目的研究HLA新的等位基因HLA-A＊3308的分子机制。方法样本DNA抽提采用PEL-FREEZ抽提试剂盒，应用PCR方法扩增先证者HLA-A基因的第1～8外显子，PCR产物直接经TOPO转染克隆到质粒载体中获得等位基因的单链，对所得克隆进行第2、3、4外显子双向测序分析。结果先证者样本克隆测序得到两个等位基因，其中1个等位基因为A＊0201，另一个经BIAST验证其为新的等位基因，新的等位基因序列已递交GenBank（DQ089631，DQ089632，DQ089633）。与最接近的A＊3303等位基因序列相比，新的等位基因在第2外显子上有5个核苷酸不同，即第240位A→T，第256位C→G，第259位A→G，第261位C→G和第270位T→A；这导致3个氨基酸改变：第62位Arg→Gly、第63位Asn→Glu和第66位Asn→Lys。结论该等位基因为新的HLA-A等位基因，被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A＊3308．     

HLA-B新的等位基因B*5136的确认和分析

目的研究HLA-B新的等位基因B＊5136的分子机理。方法先证者为浙江省脐带血造血干细胞捐献者。盐析法抽提样本DNA，常规PCR反应扩增先证者HLA-B基因第2～4外显子的编码序列，PCR产物经TOPO试剂盒克隆转染到质粒载体中，分离其两个等位基因，对所得的克隆用第2、3、4外显子引物进行双向测序分析。结果先证者HLA-B基因经TOPO克隆后得到两个等位基因，一个为HLA-B＊4601，另一个经BLAST HLA验证为新的等位基因，其序列已递交GenBank（AY601729，AY610730，AY601731）。新的等位基因与最接近的B＊5108等位基因比较，在第3外显子上有4个核苷酸的差异：第527位T→A，导致第177位氨基酸Val→Glu；第583位C→T，导致第195位氨基酸His→Tyr；在第559位C→A和第560位T→C，导致第187位氨基酸Leu→Thr。结论该脐血捐献者的HLA-B为新的等位基因，被世界卫生组织HLA命名委员会正式命名为HLA→B＊5136。     

新等位基因HLA-B*54∶26的序列鉴定

目的 鉴定一个中国汉族人群中发现的人类白细胞抗原(human leukocyte antigens,HLA)B位点新等位基因.方法 应用双链直接测序分型技术进行中华骨髓库供者常规HLA分型,发现一例HLA-B位点无全相配结果,采用等位基因分离DNA测序分型方法进行新等位基因序列鉴定.结果 确定一个等位基因为B*15∶05∶01,另一个为HLA-B*54组的一个新基因序列,与同源性最高的HLA-B* 54∶01∶01相比,559、560位碱基AC→GA,密码子163 ACG→GAG,编码氨基酸T→E.结论 鉴定为一个HLA-B新等位基因,2012年2月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*54∶26,GenBank注册号为JN209963.     

一例白血病患者及家系HLA-B基因全长序列及18个点突变分析

文题释义：人类白细胞抗原B(human leucocyte antigen,HLA-B)：HLA-B属于HLA经典一类分子,位于人类6号染色体短臂,具有高度的基因多态性,其表达的产物分布在几乎所有有核细胞表面,参与抗原提呈和特异性免疫应答反应。 下一代测序技术：一种以“边合成边测序”为核心思想的高通量测序技术,能够在短时间内同时对上百亿碱基进行测序。在人类基因组、转录组、肿瘤等研究领域具有巨大的应用价值。 背景：人类白细胞抗原HLA经过长期进化形成丰富的多态性,近几年由于受检人数增加及HLA分型技术快速发展,HLA新基因不断被发现。 目的：采用下一代测序技术对1例白血病患者及家系HLA-B基因的全长序列及18个点突变进行分析。 方法：应用序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-SSOP)及聚合酶链反应-直接测序法(PCR-SBT)发现患者的HLA-B结果异常。为了鉴定该基因,采用下一代测序技术对该基因全长进行测序,同时采集患者父亲、母亲及2位同胞姐妹的血样进行HLA基因的遗传学分析。 结果与结论：应用序列特异性寡核苷酸探针杂交及聚合酶链反应-直接测序法均提示该样本HLA-B无完全匹配的基因型。应用下一代测序技术分析发现,与同源性最高的等位基因B*15:09:01相比,该基因在外显子、内含子和3′UTR共存在18个碱基突变。5个外显子碱基突变位于第3,4外显子,分别为：第486位G→C、第583位T→C、第636位T→C、第652位A→G和第756位C→T,导致5个相应密码子发生改变,其中2个碱基替换为错义突变,第171位酪氨酸(Tyr)→组氨酸(His)、第194位异亮氨酸(Ile)→缬氨酸(Val)。家系调查显示患者HLA-B新基因来源于父亲。新基因序列已递交给Genbank数据库(MG595995)。应用下一代测序技术鉴定了1个HLA-B新等位基因,该基因于2017年12月被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*15:435。 ORCID: 0000-0002-2210-9889(钟艳平) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：干细胞;骨髓干细胞;造血干细胞;脂肪干细胞;肿瘤干细胞;胚胎干细胞;脐带脐血干细胞;干细胞诱导;干细胞分化;组织工程     

HLA新等位基因B*5827核苷酸序列的分析

目的 确认人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因B*5827并分析其核苷酸序列.方法 用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针对1份HLA分型反应异常的血样进行基因分型,并用基因克隆测序技术正反向测定DNA序列.结果 测序结果显示HLA-B位点有1个与已知HLA等位基因序列均不同的新等位基因,该等位基因与HLA-B*5820序列同源性最高.但在第3外显子存在8个碱基的差异,分别为nt 290(G＞C)、nt 346(T＞A)、nt 390(A＞C)、nt 404(G＞C)、nt 413(C＞G)、nt 471(A＞G)、nt 486(A＞G)和nt 487(C＞A).碱基的不同导致了氨基酸不同nt 97(ser＞arg)、nt115(phe＞tyr)、nt 130(ser＞arg)、nt 157(thr＞ala)和nt 162(thr＞glu),其中nt 404和nt 413是同义突变.结论 该等位基因为HLA新等位基因,基因序列已提交至GenBank数据库,提交号为GU071234,于2010年1月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*5827.

Abstract：

Objective To investigate the molecular basis for a novel human leukocyte antigen(HLA)allele B * 5827. Methods DNA from the proband was analyzed by polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide (PCR-SSO) typing. The amplified product was sequenced bidirectionally. Results Abnormal HLA-B locus was observed and its nucleotide sequence was different from the known HLA-B allele sequences, with highest homology to HLA-B * 5820 allele. It differs from HLA-B * 5820 by 8 nucleotide substitutions in exon 3, i. e. , nt 290 (G＞C), nt 346 (T＞A), nt 390 (A＞C), nt 404 (G＞C),nt 413 (C＞G), nt 471 (A＞G), nt 486 (A＞G) and nt 487 (C＞A), resulting in an amino acid change from ser＞arg at nt 97, phe＞tyr at nt 115, ser＞arg at nt 130, thr＞ala at nt 157 and thr＞glu at nt 162.Nucleotide differences of nt 404(G＞C) and nt 413(C＞G) did not change amino acid. Conclusion The sequences of the novel allele have been submitted to GenBank (access No. GU071234). A novel HLA class Ⅰ allele B * 5827 has been officially assigned by the WHO HLA Nomenclature Committee in Jan 2010.     

A novel HLA-B allele, B*4096 was identified by sequence-based typing in a Chinese individual

A novel HLA-B allele, B*4096, has been identified in a Chinese individual by sequence-based typing, which has seven nucleotide changes from the closest matching allele B*40060101 resulting in five amino acid changes: 101Ser→Asn; 104Ser→Thr; 105Leu→Ala; 106Arg→ Leu and 107Gly→Arg.     

A novel HLA-B allele,B*5214, detected in a Taiwanese volunteer bone marrow donor using a sequence-based typing method

HLA-B*5214, a novel rare allele of HLA-B*52 variant, was found in a Taiwanese volunteer bone marrow donor by sequence-based typing method. The sequence of B*5214 is identical to that of B*520101 in exon 2 but differs from B*520101 in exon 3 at nucleotide positions 419 A→T and 435 A→G. Alteration of these two nucleotides resulted an amino acid substitution at amino acid residue 116 Y→F ( T A C→T T C) and a silent exchange at residue 121 K→K (AA A →AA G ).     

Identification of two novel HLA-B*40 alleles, B*40:137 and B*40:158, in Taiwanese individuals

Using sequence-based typing method we discovered two new HLA-B*40 variants, B*40:137 and B*40:158, in Taiwanese individuals. The sequence of B*40:137 has three nucleotide (nt) changes from B*40:21 at nt 353 (C→T), nt 355 (C→A) and nt 369 (C→T) resulting two coding changes at residue 94 (T→I) and residue 95 (L→I), whereas the sequence of B*40:158 differs from B*40:01:01 with five nt substitutes at nt 463 (C→A), nt 477 (C→G), nt 499 (T→A), nt 512 (T→G) and nt 527 (T→A) causing five amino acid exchanges at codons 140 (Y→S), 155 (R→S), 168 (S→T), 171 (L→W) and 179 (V→E). Our hypotheses on the generation of the two novel alleles are presented.     

Discovery of the novel HLA-DRB1*03:77 allele in a Taiwanese unrelated hematopoietic stem cell donor by a sequence-based typing method and identification of the probable HLA haplotype in association with DRB1*03:77

Here, we report a novel human leucocyte antigen (HLA)-DRB1 allele, DRB1*03:77, discovered in a Taiwanese unrelated volunteer hematopoietic stem cell donor by a sequence-based typing (SBT) method. The DNA sequence of DRB1*03:77 is identical to the DNA sequence of DRB1*03:01:01 in exon 2 except one nucleotide at position 223 (G→C). The nucleotide substitution caused an amino acid replacement at residue 46 (E→Q). The formation of DRB1*03:77 was thought as the result of a nucleotide point mutation. The probable HLA-A, HLA-B and HLA-DRB1 haplotype in association with DRB1*03:77 may be deduced as A*33-B*58-DRB1*03:77. The donor was a Minna Taiwanese whose ancestors came from mainland China.     

Identification of a novel HLA-B*44 variant (B*4441) in three unrelated Caucasian individuals

Here, we report the identification of a new human leukocyte antigen (HLA)-B*44 allele found almost simultaneous in three DNA samples which were part of routine bone marrow donor typing by order of the German registry 'Aktion Knochenmarkspende Bayern'. The samples appeared noticeable in different polymerase chain reactions using sequence-specific primers (PCR-SSP) or sequence-specific oligonucleotides (PCR-SSO). Sequence-based typing revealed a novel allele officially designated as B*4441*. This sequence differs from HLA-B*44020101/4427 by two nucleotide positions at the beginning of exon 3: by position 353 (T to C) and by position 355 (A to C). These differences in sequence result in deviant amino acids at codon 94 (Ile94Thr) and codon 95 (Ile95Leu).     

Identification of a new HLA-B*40 allele, HLA-B*4081, in a Chinese individual

A novel human leukocyte antigen (HLA)-B*40 allele, officially named B*4081, was identified during routine high-resolution sequence-based typing in a Chinese potential hematopoietic stem cell transplantation donor. The HLA-B*4081 allele shows one nucleotide difference from B*400101 in exon 2 at nucleotide position 124 where G→C (codon 18 GGG→CGG) resulting in a coding change, 18Gly is changed to Arg, this is a unique nucleotide change among the HLA class I alleles, suggesting a point mutation mechanism.