内江市东兴区乙型肝炎病毒基因型、基本核心启动子和前C区变异分析

目的 了解内江市东兴区乙型肝炎病毒（hepatitis B virus,HBV）慢性感染者中的HBV基因型和基本核心启动子（basal core promoter,BCP）、前C(Precore,PC)区变异。方法 从慢性HBV感染者血清标本中提取病毒DNA,进行核苷酸测序,构建进化树确定基因型,分析BCP和前C区位点变异。结果 S基因序列进化树分析显示,64份标本为B基因型,7份为C基因型,1份为I基因型;获取的53份BCP和PC序列标本中,25份标本发生A1762T/G1764A或G1896A变异;7份C基因型标本中6份发生A1762T/G1764A变异;B基因型标本以G1896A变异为主,并与A1762T/G1764A联合变异,HBeAg阳性组和阴性组之间G1896A和A1762T/G1764A变异率有差异（P均<0.05）。其他包括HBeAg前体启动子变异、1846位点核苷酸缺失等。结论 内江市东兴区慢性HBV感染者以B基因型感染为主,1例为I基因型。B基因型HBV以G1896A变异最常见,并与A1762T/G1764A联合变异,C基因型HBV更容易发生A1762T/G1...     

一株庚型肝炎病毒NS 3区和NS 5区部分基因序列的分析

用RT－PCR的方法从非甲、乙、丙、丁、戊型肝炎病人血清中检测到一株庚型肝炎病毒（GBV－C/HGV）。其中扩增NS3区基因采用56个循环周期的减温PCR方法；扩增NS5区基因采用35个循环周期的正常PCR方法。并对其PCR产物进行了克隆测序。在NS3区，样品与GBV－C和HGV的核苷酸序列同源性分别为84．2％和89．9％；而在NS5区样品与HBV－V和HGV的核苷酸同源性分别为94．9％和98．1％，因此，NS3区的基因变异似乎大于NS5区的变异，而且这种变异可能与HCV的基因变异趋势类似。     

乙型肝炎肝硬化患者与乙型肝炎病毒携带者乙型肝炎病毒X基因序列比较研究

目的研究乙型肝炎肝硬化患者与乙型肝炎病毒（HBV）携带者HBV X基因序列的差异。方法对20例标本的PCR产物进行直接测序;并对3例乙型肝炎肝硬化患者和3例无症状HBV携带者HBV DNA的扩增片段进行克隆测序,并分析比较。结果肝硬化患者中X基因核心启动子双突变T1762/A1764、G1719T、T1727G/A、G1730C、T1753C等变异高于HBV携带者;前者X启动子区变异率明显高于后者;乙型肝炎肝硬化同一患者X区不同克隆之间的碱基序列同源性为91.3%-99.7%,而HBV携带者为96.0%-100.0%。结论乙型肝炎肝硬化患者,HBV DNA X区的CP启动子区以及X启动子区变异程度明显高于HBV携带者,同时乙型肝炎肝硬化患者体内存在变异程度更大的HBV准种群。     

乙型肝炎病毒e抗原前C区基因变异的血清型和基因型分布特点研究

目的分析比较不同血清型和基因型的乙型肝炎病毒(HBV)e抗原前C区基因序列,了解其特点及差异。方法在12条不同血清型和30条不同基因型的HBV全序列中,比较e抗原前C区编码基因。同时用Blast程序查找并分析与e抗原前C区变异基因相似的核苷酸序列,试图比较不同序列与慢性病毒性肝炎病情的关系。结果e抗原前C区编码基因相对保守,仅在Adw血清型出现1个6核苷酸的插入突变,在B基因型出现1个核苷酸的突变;核苷酸Nt1896位变异(T-A)可出现在血清型Adr和Adw型,和A、B、C、D、G基因型;而Nt1858位(T-C)变异见于Adw血清型,和A、F、H基因型。结论前-C区基因变异主要有插入突变和点突变两种类型,两者在不同血清型和基因型的HBV基因组中有出现频率不同,而不同变异的临床意义可能有所差别。     

HIV-1/HBV共感染患者HBV病毒基因组前S区、BCP区和前C区的变异

目的探讨乙型肝炎病毒(HBV)合并人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)感染者和HBV单独感染者HBV基因组三个重点区域的变异。方法收集湖南省HIV-1/HBV合并感染患者(试验组)和HBV单独感染患者(对照组)血清各40份,进行HBV全基因组扩增及测序,并对突变位点进行分析。结果有59份血清HBV成功分型和测序,其中试验组21份,对照组38份,试验组与对照组HBV载量值和不同基因型比较,差异均有统计学意义(均P0. 05)。试验组4例患者血清标本HBV在前S区22个氨基酸发生变异,12例在前C区和BCP区45个核苷酸发生突变,试验组和对照组前S区氨基酸总体缺失突变率分别为0. 60%、0. 64%,差异无统计学意义(χ~2=0. 042,P 0. 05)。试验组与对照组前C区和BCP区各个主要突变位点变异发生率比较,差异无统计学意义(均P 0.05),试验组和对照组前C区和BCP区总体变异发生率分别为1. 36%、1. 73%,差异无统计学意义(χ~2=1. 920,P 0. 05)。结论共感染患者的HBV变异水平与单感染患者基本一致,短时间内HIV-1暂未对HBV的进化突变造成显著影响。     

HBsAg与抗-HBs同时阳性者体内S基因序列分析

目的 报告乙型肝炎病毒（HBV）表面抗原（HBsAg）／表面抗体（抗－HBs )同时阳性患血清中S区编码碱基序列及基氨基酸序列的为异特点。方法 以adr亚型的HBV基因序列为依据，设计特异性多聚酶链反应（PCR）引物，自2例HBsAg/抗－HBs均阳性的患体内扩增的HBV全S基因片段，克隆入pGEMTasy质粒，DNA测序确定病毒的变异特点。结果 测序结果发现双阳患与HBsAg阳性患血清中的HBV全S基因比较，核苷酸序列有4个核苷酸位点（0．3％）的替换突变，表面抗原氨基酸序列无特异性替换突变，但HBV多聚酶的间隔区氨基酸序列有3个位点的特异性替换突变。结论 HBV长期携带体内有HBV准种共存：HBsAg与抗－HBs同时阳性的原因不能归因于病毒的变异，应归结于患免疫系统的个体化反应。     

2010年与2011年流感病毒广州分离株全基因组序列分析

目的 研究2010与2011年广州地区流感病毒全基因组序列的特性与变异特点,为预防控制流感暴发提供参考.方法 参照GenBank流感病毒全基因组序列设计分段扩增引物,进行RT-PCR一次扩出全基因组序列后,再分段扩增病毒各基因片段,PCR产物直接进行序列测定,用ClustalW/X、DNASTAR、MEGA5.0等软件分析基因组序列.结果 克隆了4株广州株流感病毒全基因组序列,将4株广州株流感病毒与墨西哥株和中国四川株全基因组核苷酸序列进行ClustalW比较,发现除PB2片段为98％外,其他各片段均为99％,将基因组序列与北美地区和欧亚地区的猪流感进行CLUSTALW比较,广州株GZ49号基因组的第1、2、3、4、5和第8片段与北美和亚洲地区HIN2型猪流感具有94％～95％相似性,广州株GZ49号基因组的第6和7片段与欧亚大陆的H1N1型猪流感病毒同源性分别为90％～93％和94％～95％;对4株病毒PB2、PB1、PA片段进行了点突变分析,其中4株病毒在PB2基因均出现的位点突变为D195N,R293K,V344M,I354L,V731I.结论 4株广州株新甲流病毒(H1N1)与墨西哥株和中国四川株全基因组具有很高同源性,这4株流感病毒很可能是起源于同一株病毒;PB2基因变异相对较大,这些氨基酸点突变均是新出现的突变.     

乙型肝炎病毒前C区及基本核心启动子区变异与基因型的临床相关性研究

目的探讨乙型肝炎病毒前C区G1896A突变、基本核心启动子区A1762T、G1764A双突变与基因型、拉米夫定疗效的相关性。方法采用基因测序法对接受拉米夫定治疗的81例慢性重型乙型肝炎患者的血清标本进行前C区、基本核心启动子区(BCP区)、基因型及逆转录酶区(P区)检测,并对前C区、BCP区的变异与基因型、逆转录酶区的变异进行相关性分析。结果 81例慢性重型乙型肝炎患者送检标本中,68份标本可检出前C区G1896A变异或BCP区A1762T/G1764A变异;单纯G1896A突变31例,单纯A1762T/G1764A突变24例,前C区联合BCP区变异13例;81例慢性重型乙型肝炎患者经拉米夫定治疗后,有45例发生变异,其中180M和204V变异株35例,204I变异株10例;前C区变异在野生型组、变异型组中的检出率分别为38.9%、66.7%,两者差异有统计学意义(P<0.05);BCP区变异在野生型组、变异型组中的检出率分别为33.3%、55.6%,两者差异有统计学意义(P<0.05);在81例慢性重型乙型肝炎患者血清标本中,B基因型18例,C基因型63例;前C区变异在B、C基因型中的检出率分别为72.2%、33.3%,两者差异有统计学意义(P<0.05);BCP区变异在B、C基因型中的检出率分别为16.7%、54.0%,两者差异有统计学意义(P<0.05);G1896A突变在B基因型感染者中检出率明显高于C基因型感染者;A1762T/G1764A双突变在B基因型感染者中检出率明显低于C基因型感染者。结论发生G1896A突变和A1762T/G1764A突变的患者,在接受拉米夫定治疗后更易发生逆转录酶区的变异;G1896A突变易出现在B基因型感染者中,A1762T/G1764A突变易出现在C基因型感染者中。     

合肥地区慢性无症状乙肝病毒携带者HBV s基因变异研究

目的了解合肥地区慢性无症状乙肝病毒携带者(As C)体内HBV s基因的变异情况。方法自慢性肝炎患者血清中提取HBV基因组DNA,扩增其s基因片段并进行序列分析,用MEGA 3.1和Clustalx 1.8软件为所测基因进行分型,并通过比对s基因序列,分析s基因变异情况。结果 27例样品中,B型13例(48.1%),C型14例(51.9%),未发现混合型和其他基因型。有12例(44.4%)标本s基因发生突变,其中B型6例,C型6例;单位点突变有8例,多位点突变有4例,其中B型有2例在氨基酸133位点发生突变(Met→Leu)。结论 27例慢性无症状乙肝病毒携带者HBV的基因型为B型和C型,As C患者体内HBV病毒s基因存在突变现象,并且突变位点随机,突变形式有单点突变和多位点突变。     

新疆猪戊型肝炎病毒株CHN-XJ-SW33全基因组序列分析

目的测定从新疆南部地区分离的猪戊型肝炎病毒(HEV)株全基因组序列,并在此基础上分析猪HEV与人源HEV的关系。方法设计HEV基因4型通用PCR引物,用逆转录巢式聚合酶链反应法(RT-nPCR)分段扩增猪HEV株CHN-XJ-SW33的全基因组序列;用cDNA末端快速扩增法(RACE)扩增其末端序列;对扩增的目的片段进行克隆测序,并对拼接后的基因组进行序列比对和进化分析。结果除3′poly(A)尾外,CHN-XJ-SW33基因组全长为7 238 nt,由3个开放读码框(ORF1-3)组成,分别编码1 706、674和114个氨基酸。CHN-XJ-SW33全基因组序列与HEV基因1-3型病毒株同源性仅为72.1%~74.9%,而与HEV基因4型病毒株同源性高达82.8%~95.5%,其中与日本人源中国输入型HEV株JKO-ChiSai98C同源性最高,为95.5%。基因进化分析显示,CHN-XJ-SW33属于HEV4a基因亚型。结论猪HEV与人HEV在全基因组核苷酸序列上高度同源,提示基因4型HEV可能由猪传染给人。     

四川遂宁地区居民乙肝病毒基因型别分析

目的了解遂宁地区人群乙型肝炎病毒(HBV)基因型及血清亚型流行特征。方法在遂宁6个县级行政区域内共采集血清样本1 468人份筛出HBsAg检测阳性的血清样本,用巢氏PCR法扩增提取HBV DNA S区,根据PCR产物基因测序结果对样本HBV进行基因分型。结果测出基因序列118例HBsAg阳性标本中,B基因型40例(33.89%),C基因型73例(61.86%),D基因型5例(4.23%),未发现BCD以外的其他基因型。42份(35.59%)血清亚型分型为adr型,76份(64.41%)为adw型。结论遂宁地区乙肝病毒基因型别以B、C为主要基因型,其中C型基因占优势,存在少量D基因型。血清亚型的分布以adr\adw亚型为主,其中adw亚型占优势。     

乙型肝炎病毒基因型和前C及基本核心启动子突变与乙型肝炎疫苗阻断母婴传播的关系

目的探讨乙型肝炎（乙肝）病毒（HBV）基因型和前C及基本核心启动子（BCP）突变与乙肝疫苗阻断母婴传播的关系。方法采集江苏省16对乙肝疫苗阻断失败的母婴血清样本32份,以及88对阻断成功的母婴血清样本176份。以型特异性引物PCR法检测16对乙肝疫苗阻断失败的母婴和88例阻断成功的母亲血清样本中HBV基因型,用PCR产物直接测序法检测HBV前C/ BCP突变,采用Clustal W 1．8软件进行序列分析。结果在16例阻断失败的母亲中,15例（93．8%）为HBeAg阳性,且均为C型（15/15,100%）;88例阻断成功的母亲中,51例（58．0%）为HBeAg阳性,其中C基因型占45．1%（23／51）。在HBeAg阳性母亲中,阻断失败组的C基因型检出率明显高于阻断成功组（X~2=14．3,P=0．003）。但在C基因型HBeAg阳性母亲中,阻断成功组与失败组的T1762/ A1764突变率差异无统计学意义（分别为13．3%和33．3%,P=0．4）,且均无A1896突变。结论感染HBV基因C型的母亲可能更易导致乙肝疫苗阻断失败,而前C/BCP基因突变与阻断母婴传播无关。     

广西壮族自治区肝癌高发区HBV基因型、BCP/前C区突变与肝癌相关性的研究

目的 研究广西壮族自治区(广西)扶绥县肝癌高发区HBV基因型、基本核心启动子(BCP)/前C区突变与肝癌的关系。方法 采用病例对照方法收集53例肝癌患者和70例HBV健康携带者的血清,提取HBV DNA,用巢式PCR扩增 HBV S区、BCP/前C区,扩增产物纯化后测序,分析基因型、基因突变与肝癌发生的关系。结果 BCP区A1762T/G1764A及前C区T1858C在病例组中的突变率高于对照组,分别为94.3% vs. 75.7%(P=0.006)和50.9% vs. 31.4%(P=0.029);A1775G在对照组中的突变率高于病例组28.6% vs.13.2%(P=0.041)。多因素logistic回归分析显示,HBV A1762T/G1764A和T1858C突变是肝癌发生的危险因素,OR值分别为5.459(95%CI:1.397~21.332,P=0.015)和3.881(95%CI:1.462~10.305,P=0.006);A1775G突变是肝癌发生的保护因素,OR=0.192(95%CI:0.059~0.622,P=0.006)。结论 HBV C基因型是广西肝癌高发区的主要流行株,HBV BCP区A1762T/G1764A、A1775G、前C区T1858C 突变与HBV相关肝癌的发生有密切关系。     

Genotyping and molecular characterization of hepatitis B virus in liver disease patients in Kenya

Hepatitis B virus (HBV) genotypes are important in both the clinical manifestation of disease and treatment response. Although Kenya belongs to the African Region (AFR-E) characterized by high mortality and hyperendemicity of HBV, there is a paucity of HBV genotyping data. The aim of this study was to molecularly characterize the basic core promoter/precore (BCP/PC) and complete surface (S) regions of HBV isolated from 61 HBsAg-positive liver disease patients attending Kenyatta National Hospital in Nairobi. HBsAg, HBeAg and viral loads were determined. HBV DNA was amplified and sequenced from 58/61 patients. In addition to the complete genome of two isolates, the BCP/PC and the complete S regions of 43 and 38 isolates, respectively were sequenced. Following phylogenetic analysis of the S region, 38 isolates clustered with subgenotype A1, whereas two isolates clustered with genotype D, one with subgenotype D1 and another as an outlier of the clade containing subgenotype D6 and the D/E recombinant. When the complete genome of the latter isolate was sequenced it clustered with D6. The majority of isolates belonged to serological subtype adw2 and only four to ayw2. Three distinct groups of subgenotype A1, distinguished by different amino acid motifs, circulate in Kenya: two in the African cluster and a monophyletic clade in the “Asian” cluster. HBeAg-negativity was a result of G1896A in genotype D isolates, whereas in subgenotype A1, the HBeAg-negativity was a result of mutations in the Kozak region (1809–1812) or precore start codon (1814–1816). Mutations at positions 1762 and 1764 occurred more frequently in HCC patients (p < 0.05). In conclusion, subgenotypes A1, D1 and D6 circulate in liver disease patients in Kenya, with A1 predominating.     

HBsAg无症状携带者乙型肝炎病毒核心基因启动子突变的研究

目的了解HBsAg无症状携带者乙型肝炎病毒(HBV)核心基因启动子双突变(nt1762 A→T,nt1764 G→A)发生情况及其与基因型、病毒量和HBeAg的关系。方法 HBsAg无症状携带者从隆安研究队列中选择,用套式聚合酶链反应(nested PCR)对研究对象血清HBV核心基因启动子、S基因扩增、序列分析及基因分型,用HBV引物和双标记的TaqMan探针扩增和定量病毒DNA。结果观察开始时核心基因启动子为野毒株的109例观察对象,3年后双突变平均年发生率为2.8%;观察开始时已发生nt1762或nt1764点突变的59例对象,3年后另一个位点也发生突变的平均年发生率为6.8%,两率差异有统计学意义(χ2=5.109 0,P<0.05)。nt1762 A→T突变组HBeAg阳性率(45.5%,10/22)与nt1764 G→A突变组HBeAg阳性率(10.8%,4/37)差异有统计学意义(χ2=9.149,P<0.05)。20例基因型B未发生双突变,重组基因型年双突变率为4.8%(2/14),基因型C年突变率为3.1%(7/75),各基因型间突变率差异无统计学意义(P>0.05)。5例双突变发生后HBeAg仍然阳性者病毒量有下降趋势,而另5例突变发生后HBeAg阴性者其病毒量有升有降。结论 HBV核心基因启动子双突变年发生率较高,这两个位点中的任何一个发生突变是双突变的过渡形式,双突变与基因型无关,nt1764 G→A突变与HBeAg阴性有关。     

山东省乙型肝炎病毒基因型分布及临床研究

[目的]探讨山东地区HBV基因型的分布情况,研究不同HBV基因型感染者的临床特点及病毒学特点。[方法]设计针对HBV S基因片段扩增的引物,采用PCR-RFLP的基因分型方法,对128例HBV感染者进行了HBV基因分型并检测了HBV前C及基本核心启动子（BCP）变异。[结果]128份血清中,基因C型104例,占81.25%;基因B型22例,占17.19%,未检测到其它基因型。有2份血清未能明确分型。[结论]山东地区HBV基因型以C型为主,其次为B型。HBV基因C型与基因B型比较有显著不同的临床特点。在慢性HBV携带者中基因C型的比例明显低于慢性肝炎、重型肝炎及肝细胞癌患者;HBV基因B型患者的平均年龄明显小于基因C型。HBV基因C型与基因B型比较有显著不同的病毒学特点。HBV DNA基因C型感染者的HBeAg阳性率、病毒载量及BCP变异率均明显高于基因B型。提示有可能基因B型更容易出现HBeAg的血清转换,高HBV复制水平的基因C型更容易导致反复的肝脏炎症活动。不同HBV基因型的病毒学特点部分决定了其临床特点。     

132例乙型肝炎病毒感染者基本核心启动子变异分析

目的研究乙型肝炎病毒（HBV）感染者基本核心启动子（BCP）变异情况。方法收集HBV感染者血清标本132份(HBV DNA均阳性),用半巢式聚合酶链反应扩增HBV C基因部分片段,产物纯化后直接测序,检测BCP T1762/A1764变异。用S基因错配聚合酶链反应（PCR RFLP）法确定HBV基因型。结果51例乙型肝炎e抗原(HBeAg)阳性患者BCP T1762/A1764双变异检出率为27.45%,81例HBeAg阴性患者BCP T1762/A1764双变异检出率为62.96%,两组比较,差异有高度显著性（χ2=15.79,P＝0.00）。 BCP T1762/A1764双变异的HBV感染者B基因型检出率为33.85%,明显低于C基因型的检出率66.15%（χ2=24.25,P＝0.00）。结论HBV感染者普遍存在BCP T1762/A1764双变异,以C基因型感染者多见。     

Epidemiological distribution of hepatitis B virus genotypes in 1–29-year-olds in the mainland of China

BackgroundTo analyze the epidemiological distribution of Hepatitis B virus (HBV) genotype in the mainland of China following the implementation of effective preventive measures.MethodsFive hundred and seventeen HBsAg-positive subjects aged 1–29 years surveyed in the 2014 national HBV sero-survey in the mainland of China were enrolled in the study. The full-length HBV genome was obtained by PCR amplification and sequencing. The HBV genotype was determined by phylogenetic analysis. Combined with questionnaire information, HBV genotype distribution was analyzed.ResultsOf the 517 HBsAg-positive subjects, 369 (71.4%) were included in the analysis. HBV genotypes found were B (45.0%), C (36.6%), D (6.0%), C/D (9.8%), B/C (2.2%), and I (0.5%). Geographic differences in HBV genotype were significant for seven regions. Three serotypes were found: adw (47.2%), adr (35.5%), and ayw (17.3%). B2 (43.9%) and C2 (25.2%) were the two major subgenotypes. The predominant genotypes differed between the Han group and the other ethnic groups. No statistical differences in genotype distribution were found by gender, age group, or hepatitis B (HepB) vaccination history.ConclusionThe prevalence of HBV genotype B was higher than that of genotype C with subgenotypes B2 and C2 endemic in 1–29-year-olds in the mainland of China, after HBV prevalence has reduced significantly due to the implementation of preventive measures. HepB vaccination or other factors did not interfere with HBV genotype distribution. The surveillance of HBV genotype was essential for responding to the potential changes and impact on the preventive policies in the future.