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1.
目的 对浙江新分离的汉坦病毒疫苗后备筛选毒株ZJ5株的M和S全片段进行基因序列测定与基因分型,了解该毒株分子基础,并分析与其他病毒株以及20年前浙江分离的汉坦病毒ZIO、Z37疫苗株的差异.方法 提取汉坦病毒Z15株感染细胞总RNA,进行逆转录PCR扩增,产物纯化后克隆于T载体并测定序列.结果 扩增出ZJ5病毒M和S全片段并测定了序列,经对核苷酸和氨基酸序列分析表明,与汉城型(SEO)病毒有最高的同源性,为SEOV,但与国内外已知的SEOV核苷酸差异高达11.7%~19.2%和6.7%~14.5%;用M和S片段核苷酸序列所构建的系统进化树显示,病毒株分在SEOV发生群,与SEOV的Gou3株亲缘关系最近,但独自构成一进化支.结论 ZJ5株为一不同于现已报道的SEO型毒株的新亚型.  相似文献   

2.
目的 了解近三年北京市朝阳区流行的麻疹野病毒分子流行特征,为本地区消除麻疹提供科学依据.方法 采集北京市朝阳区2010-2012年麻疹疑似病例的咽拭子和(或)尿液标本接种vero/SLAM细胞,对分离的麻疹病毒用逆转录及聚合酶链反应扩增麻疹病毒核蛋白(N)基因羧基末端676个核苷酸片段,对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以羧基末端450个核苷酸片段构建基因亲缘关系树,进行遗传距离及核苷酸、氨基酸同源性分析.结果 分离出18株麻疹病毒,均为H1基因型,H1a亚型.这18株野毒株之间核苷酸同源性为98.2%~100.0%(核苷酸差异为0~8bp),氨基酸变异范围为0~2.7%(氨基酸差异为0~4AA).与H1a亚型参考毒株Chin9322相比,核苷酸变异范围为0.7%~1.6%(核苷酸差异为3 ~7 bp).18株野毒株共有7种基因序列,其中2010年5种、2011年1种、2012年3种基因序列.V2基因序列出现在2010和2012年的病例中,V7序列出现在2010和2011年的病例中.其余5种序列只在单一年份的病例中检出.结论 北京近年来流行的本土麻疹病毒为H1a亚型,当年相同基因序列的一组病例提示有麻疹传播链的存在.北京市朝阳区存在基因序列完全相同的麻疹野毒株在2010、2012年循环出现.  相似文献   

3.
新疆出血热病毒分子流行病学研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
目的研究新疆出血热病毒(XHF)分子流行病学,揭示其与相关病毒之间关系,分析XHF的流行来源和分布特点。方法RTPCR检测20012002年XHF患者和蜱标本中XHF病毒S基因,阳性标本直接进行核苷酸序列测定。计算机软件进行S基因部分片段和S全基因序列同源性比较和S基因、M基因的种系发生树分析。结果不同年份人和蜱来源的病毒S基因部分片段核苷酸序列均显示较高同源性(97.3%~100%)。S基因进化树分析将病毒分成了欧洲、非洲和亚洲3组,其中亚洲毒株由中亚分离株和中国分离株组成,中国所有的XHF病毒S基因(同源性93.0%~99.5%)均集中在一个分枝下形成独立的一组,明显区别于世界上其他地区分离株(同源性81.40%~96.4%)。M基因进化树分析表明序列间差异不完全与病毒分离的地理区域相关。结论S基因分析显示XHF病毒蜱分离株与人分离株遗传背景接近,我国XHF病毒有共同的进化途径和基因结构特点,并具明显的地域性。  相似文献   

4.
目的 了解本实验室2004-2006年分离的7株B亚属腺病毒(adenovirus,Ad)的纤维基因特征,并与日本、韩国腺病毒分离株的纤维基因进行比较.方法 2004-2006年间,本实验室从上呼吸道感染儿童散发或暴发病例中分离到7株腺病毒毒株,首先对六邻体蛋白基因扩增和序列分析进行基因分型,随后用PCR扩增纤维蛋白基因,进行序列测定,构建亲缘性关系进化树,并对其基因特征进行分析.结果 7株腺病毒分离株均属于B亚属,其中有3株为Ad3型,所测定的纤维蛋白基因的核苷酸同源性为98.9%~100%,与2003年中国广州分离株DQ099432和2003年韩国分离株AY224416的同源性为100%;3株为Ad7型,纤维蛋白基因核苷酸同源性为97.6%~100%,与2006年日本分离株AB243119的同源性为97.4%,与2000年韩国分离株AY921620的同源性为100%;1株为Ad11型,与GenBank序列号为L08232的1993年瑞典分离株纤维蛋白基因同源性为100%.结论 2004-2006年,北京地区上呼吸道感染散发病例,Ad3和Ad7纤维基因核苷酸变异不大,同时证实本研究用纤维基因片段,与六邻体基因分型具有相同的结果.  相似文献   

5.
目的 了解北京市房山区2015年乙型Yamagata系流感病毒HA1基因变异情况.方法 选取2015年流感病原学监测中分离到的乙型Yamagata系毒株共13株,采用RT-PCR法扩增病毒HA基因片段后进行序列测定,与WHO推荐的疫苗株进行比对并构建进化树.采用MEGA6软件对测序结果进行分析.结果 2015年房山区乙型Yamagata系流感病毒HA1基因片段序列测定拼接后核苷酸长度为1059bp,编码氨基酸为353个,与2014-2015年的疫苗株B/Massachusetts/02/2012比较,13株毒株的氨基酸均在第123、131、165、180、187、196、211、217、244、313、327位点有变异;与2012-2013年的疫苗株B/Wisconsin/01/2010比较,13株毒株的氨基酸在第187、313、327均有变异.做进化树分析,房山区2015年分离到的乙型Yamagata系流感病毒与疫苗株B/Wisconsin/1/2010在同一个分支上,距离较近,与B/Massachusctts/2/2012不在一个分支上,距离较远.结论 2015年北京市房山区乙型Yamagata系流感病毒HA1基因在抗原决定簇区已发生变异,但疫苗株B/Wisconsin/01/2010有保护作用,应继续关注氨基酸的替换.  相似文献   

6.
目的 为了获得浙江省乙脑病毒基因组详尽的资料,研究基因Ⅰ型乙脑病毒的分子特征及变异程度,为乙脑病毒分子流行病学及其基因研究提供科学依据.方法 设计特异性引物、RT-PCR分段扩增XJ69和XJP613株全基因,PER产物纯化后克隆于T载体并进行序列测定.通过生物学软件进行核苷酸序列和氨基酸序列分析和病毒的系统进化分析.结果 新分离乙脑病毒XJ69和NJP613株全基因组全长均为10 964个核苷酸,含有一个开放阅读框架,编码3432个氨基酸.与GenBank中选择的32株乙脑病毒全基因序列比较发现,其核苷酸同源为83.5%~99.2%,氨基酸总体同源性为97.5%~99.7%.通过PrM/C区段、E区段及全基因序列进行系统进化分析均显示该毒株属于基因Ⅰ型乙脑病毒.结论 新分离的乙脑病毒XJ69和XJP613株属于基因Ⅰ型,与上海三带喙库蚊分离株SH17M-07关系最为接近.  相似文献   

7.
目的 揭示广东地区2009-2011年新型H1N1病毒血凝素基因(HA)进化特征及抗原表位变异特征.方法 采用时空抽样方法抽样,检测2009-2011年广东分离的24株新型H1N1病毒HA基因核苷酸序列,与GenBank中44株国外相应序列比较;比对HA基因核苷酸序列,分析基因分子变异,构建分子遗传动力学MCMC进化树;同时分析2009-2011年广东毒株HA基因的抗原表位变异情况.结果 68株HA基因进化树显示,广东毒株进化树主干至少分为6大分支;其中2011年毒株聚类为2个(Ⅴ和Ⅵ)主要分支,各具基因特征.变异频率较高的位点包括391、467、202和214位,正向选择位点包括8、145和391;广东毒株抗原表位区发生S145L/P、L208I、Q240R、S160G和G187R位点变异.2009年广东毒株HA基因分支Ⅰ毒株可能于2010年传播到亚洲、欧洲和澳洲地区.结论 广东新型H1N1病毒HA基因变异具有传播特征(Ⅰ)和地区特征(Ⅵ),位于抗原表位Ca、Sa和Sb的氨基酸发生变异,其中位点145等变异频率较高,承受着正向选择压力.  相似文献   

8.
山东省HCV分离株C区及NS5区核苷酸序列分析及其基因分型   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的 研究山东省丙型肝炎病毒(HCV)流行株的基因型别,方法 用反转录套式聚合酶链反应(PCR)方法分别扩增山东省HCV流行株C区(432bp)NS5区(319bp)的两个基因片段,将其克隆人T载体上并自动测序,进行同源性分析及基因型别鉴定。结果 4株HCVC区基因片段有3株为1b基因亚型,1株为2a基因亚型,10株NS5区的基因片段分析均为1b基因亚型,并且与GenBank中多个1b亚型代表株核苷酸序列同源性达90%以上,结论 山东省HCV流行株以1b亚型为主,兼有2a亚型,同一亚型中也有较大的变异,NS5区1b亚型中基因散率可达5%以上。  相似文献   

9.
目的 阐明吉林省流行麻疹野病毒的基因型别和基因特征,为制定麻疹防控策略措施提供科学依据.方法 用逆转录-聚合酶链反应.限制性片段长度多态性分析(RT-PCR-RFLP)方法对2001-2006年分离的38株麻疹病毒进行基因分型;选择麻疹病毒代表株RT-PCR扩增N基因C-末端450个核苷酸,对比野毒和疫苗株核苷酸和氨基酸同源性,并构建N基因亲缘关系树.结果 经RT-PCR-RFLP基因定型,38株麻疹病毒分离珠均为H1基因型;对其中的29株进一步进行N基因C-末端450个核苷酸的序列测定和分析证实均为H1基因型的H1a亚型.吉林分离株与我国麻疹疫苗S191株450个核苷酸同源性为88.0%~89.4%,所提示氨基酸的同源性为91.8%~92.7%;吉林省内分离株核苷酸平均变异小于1.4%.结论 H1a基因亚型为吉林省近年来流行的麻疹野病毒绝对优势基因亚型.不同年份存在相同麻疹病毒的持续循环传播,同一年份也存有H1a亚型内不同病毒的共循环;与其他省之间存在相同麻疹病毒引起的传播链.  相似文献   

10.
目的 研究广州地区新生儿感染人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代株UL136基因的序列特征与基因多态性.方法 从10例广州感染新生儿体内分离获得2株(D2、D3)临床HCMV分离株,经多重PCR鉴定后进行UL136基因全序列扩增.PCR产物纯化后进行基因克隆,构建HCMV UL136-pMD18-T重组质粒.经基因测序及应用生物信息学分析方法 ,分析其核酸序列稳定性、编码蛋白质的二级结构与特征.结果 成功分离2株HCMV临床分离株,测序结果 显示,D2、D3及与GenBank中公布的11株临床分离株(4J、51C、39J、33J、63J、22M、10J、32C、29C、27C、Toledo)中,UL136序列高度保守.同源性分析显示在UL136全基因序列1019个核苷酸中,存在30个位点变异,所有的变异均为碱基替换,无插入及缺失突变.编码蛋白的氨基酸序列也高度保守,240个氨基酸残基中,不同临床分离株氨基酸变异率为1.6%~3.7%.不同分离株的UL136蛋白中参与形成二级结构的氨基酸数目及等电点不同.进化树分析结果 显示D2和D3均属于1a群.结论 广州地区临床低传代分离株HCMV UL136基因核苷酸序列及其氨基酸序列极为保守,但仍存在一定多态性.其基因的稳定性提示HCMV UL136开放阅读框(ORF)可能是一个具有重要功能的基因.其编码后修饰位点提示UL136可能与膜受体介导的细胞信号转导通路有关.  相似文献   

11.
目的 对深圳地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)肠道病毒71型分离株(enterovirus 71,EV71)的VP4基因遗传进化进行分析.方法 2009年采集深圳市儿童医院就诊的HFMD患者的粪便标本491份,选取其中8份经细胞培养鉴定为阳性的EV71毒株用RT-PCR扩增VP4基因,利用MEGA4.0软件进行遗传进化分析.结果 2009年深圳地区8株EV71 VP4基因全长207 bp,编码69个氨基酸;8株EV71 VP4基因核苷酸同源性为94.2% ~98.1%,与深圳2001至2004年分离的17株EV71毒株核苷酸同源性在89.9% ~98.1%,与GenBank中其他EV71病毒株VP4的核苷酸同源性为79.2%~100%;其中与亚洲流行株阜阳株(EU703812)核苷酸的同源性最高(100%),其次是C4代表株及2004年深圳株(AY895144)为94.2% ~97.1%.除了印度株和其中1株EV71的VP4编码的氨基酸在第54位(ACA)不同之外,其余7株EV71 VP4编码的氨基酸序列之间以及与GenBank报道的其他序列同源性达100%.8株EV71 VP4基因核苷酸与C4代表株相比有17处不同,除1处以外其余全在简并密码位点上;轻重症病例毒株之间VP4基因序列未见明显改变.进化树显示8株EV71均属于C4基因亚型.结论 2009年深圳市流行的EV71属于C4基因亚型,流行的EV71 VP4基因非常保守,不属于变异区段,绝大部分核苷酸的变异属无义突变,VP4基因编码的氨基酸变异几乎为0.  相似文献   

12.
目的对江苏省2015—2022年柯萨奇病毒A10型(CVA10)分离株全基因组序列特征进行分析, 阐明其分子流行病学特征。方法选取2015—2022年间江苏省地区流行的45株CVA10分离株进行全基因组测序, 基于CVA10全基因组、VP1、P1、P2和P3区序列分别构建系统进化树, 运用DNAStar、MEGA7.0和Similarity plots3.5.1等生物信息学软件对获取的全基因组序列进行比对, 分析同源性、基因重组情况和主要氨基酸变异位点。结果 45株CVA10分离株全基因组核苷酸和氨基酸序列同源性分别为90.3%~99.1%和97.9%~99.8%;各区段比对发现, P1区核苷酸序列同源性最高, 为92.1%~100.0%;P3区段序列同源性差异较大为84.7%~100.0%, 但相比于核苷酸序列的多样性, 各区段氨基酸序列均较为保守。基于VP1序列的系统进化树将CVA10分为A~H共8个基因型, 其中江苏与其他国内大部分流行株均属于C基因型, 全基因组进化树和VP1进化树分析结果接近一致。基于基因组各区段序列的系统进化与Simplot重组分析结果显示, 江苏分离株GD...  相似文献   

13.
目的 对从登革出血热 (denguehemorrhagicfever,DHF)病人血清分离到的一株登革 2型病毒 (denguevirustype 2 ,DEN 2B株 )和DEN 2NGC株作E、NS1蛋白部分基因序列测定并进行系统发生树分析 ,了解其变异及分子进化特征。方法 利用RT PCR法扩增B株和NGC株E、NS1部分基因片段 ,PCR产物直接测序 ;利用DNAssist软件预测其氨基酸序列 ,以及PHYLIP软件的CLUSTAL方法绘制系统发生树。结果 B株与NGC株E蛋白基因区第 1~ 4 76nt( 4 76bp)碱基序列存在 8个位点的差异 ;编码氨基酸存在 4个位置的不同 ;NS1基因区第 5 89~ 10 0 2nt( 4 13bp)碱基序列存在 7个位点的差异 ,编码氨基酸有 2个位置的改变 ;B株与NGC株和DEN 2 4 4株E区部分片段核苷酸同源性分别为99 .1%和 98.7% ;与NS1区部分片段核苷酸同源性分别为 98.3%和 98.1%。B株E基因、NS1基因序列已登录GenBank ,注册号分别为AY179733和AY2 384 71。结论 B株E、NS1基因序列和氨基酸序列与NGC株存在差异 ;B株与我国海南 1989年流行的DEN 2 4 4株和NGC株系统进化关系较近。  相似文献   

14.
目的 分析引起新疆乌鲁木齐市2008年成人麻疹暴发流行的麻疹野病毒的基因特征.方法 用Vero/Slam细胞从成人麻疹暴发患者的标本中分离出麻疹野病毒,应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)对麻疹野病毒分离株扩增核蛋白N基因羧基末端676个核苷酸片段,再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析.以N基因羧基末端450个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸变异分析.结果 共分离到11株麻疹野病毒,这些病毒N基因450个核苷酸之间的差异为0~0.2%,均为H1基因型中的H1a基因亚型.11株麻疹野病毒与H1基因型代表株(Chin9372)的核苷酸和氨基酸差异分别为:2.2%~2.4%之间和4.0%~4.6%之间.结论 引起新疆乌鲁木齐市2008年成人麻疹暴发流行的麻疹野病毒为H1a基因亚型.  相似文献   

15.
克隆并测定福建省五条蚋Simulium(Simulium)quinquestriatum和黄毛纺蚋Simulium(Nevermannia)aureohirtumnr DNA—ITS序列,分别与GenBank中发表的Simulium亚属和Nevermannia亚属序列进行系统进化树分析,探讨其在蚋类分子分类中的作用。结果表明,各蚋种克隆株ITS2序列均与相应物种聚类,符合形态学鉴定结果,可作为蚋种鉴定和近缘种类鉴别的遗传标记之一;ITS1序列在五条蚋中同源性较低(88.3%),不适合做分类遗传标记;黄毛纺蚋泉州、漳浦两地理株间存在变异。  相似文献   

16.
目的 分析GⅡ-4型诺如病毒广州株GZ20133135全基因组序列,了解其分子结构特点及基因组类型.方法 根据Sydney2012参考株全序列设计引物,用RT-PCR分段扩增诺如病毒全基因组,经分子克隆、测序后进行系统进化分析.结果 GⅡ-4型NoVs广州株GZ20133135病毒基因组全长7566 bp,病毒基因组分三个开放阅读框(ORFs),ORF1、ORF2及ORF3长度分别为5100 bp、1623 bp和807 bp,ORF1与ORF2之间有19个核苷酸重叠.广州株GZ20133135基因组核苷酸序列与参考株GⅡ-4型Sydney2012变异株同源性最高,全长同源性为99.07%.根据系统进化分析,广州株GZ20133135株属于GⅡ-4 Sydney2012变异株.通过对衣壳区氨基酸比对,Sydney2012变异株位点变化情况为:aa294V或A或P→T,aa296S或T→S,aa297H或Q→R,aa298D或N或T→N,aa368T或N或S或A→E,aa372 N或S→D,aa393 N或D或S,aa394 T或G或S→T,aa395T或A→T,aa407 N或D→S,aa412T或D→N,aa413G或I→T.结论 诺如病毒广州株GZ20133135与参考株Sydney2012NSW0514同源性最高,属于GⅡ-4Sydney2012变异株.全长序列可应用于流行病学诊断、疫苗开发、预测新变异株的出现及诺如病毒流行株进化研究.  相似文献   

17.
人巨细胞病毒UL136基因在临床低传代分离株中多态性分析   总被引:3,自引:1,他引:3  
目的 研究人巨细胞病毒(human cytomegalovirus,HCMV)UL136基因在临床低传代分离株中的多态性,探讨其多态性与HCMV先天性感染不同致病性之间的关系。方法 对48株经荧光定量PCR方法检测HCMV DNA为阳性的临床低传代分离株进行HCMV ULl36全序列PCR扩增,对于扩增阳性的12株PCR产物进行ULl36基因全序列测定及结果分析。结果 48株临床低传代分离株ULl36 PCR扩增,12株阳性,阳性率25%,以HCMV Toledo株作为参考株,进行序列比较分析表明,12株临床分离株ULl36开放阅读框架(open reading frame,ORF)长度均与Toledo株相同,为723bp,编码241个氨基酸的蛋白。DNA序列变异均为碱基替换,不同临床分离株ULl36基因与Toledo株进行同源性比较,结果在核苷酸水平为97.7%~99.3%,氨基酸水平为96.6%~99.1%。ULl36编码蛋白的氨基酸变异率为0.83%~3.3%。二级结构预测分为两种构象。大多数HCMV ULl36蛋白翻译后修饰位点在所有分离株中均高度保守,仅几个位点在一些分离株中存在缺失或新增。Toledo株及12株临床分离株核苷酸及氨基酸序列系统进化树分析表明:45J最接近Toledo株。结论 12株临床低传代分离株HCMV ULl36基因DNA及其编码产物的氨基酸序列比较保守,但仍存在一定多态性。未发现不同临床分离株ULl36基因多态性与HCMV先天性感染的表现关系。  相似文献   

18.
云南省乙型脑炎病毒基因分型研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
目的 对近30年来云南省分离的19株乙脑病毒进行PrM基因核苷酸序列测定,以确定病毒基因分型.方法乙脑病毒接种3日龄乳鼠,取发病濒死的乳鼠脑组织经研磨制成上清液,提取核酸,通过RT-PCR扩增PrM-C基因片段,用病毒PrM-C(456~695)区核苷酸序列与国内外不同年代分离的72株各基因型乙脑病毒相应序列作比较,用Woan-Ru Chen建立的方法进行基因型分析.结果 云南省分离的乙脑病毒均可引起3日龄乳鼠在78 h之内死亡;核酸序列分析结果显示,19株乙脑病毒中,17株属基因Ⅲ型,2株属基因Ⅰ型,其中M28分离自1977年;两株Ⅰ型病毒与17株Ⅲ型病毒问核苷酸序列的差异大于15%.分离自不同地区、不同时间、不同宿主的Ⅲ型乙脑病毒核苷酸间仅存在3.8%~5.2%的差异.结论云南省广泛存在基因Ⅲ型和Ⅰ型乙型脑炎病毒流行,Ⅲ型为主要流行型.  相似文献   

19.
目的 分析GⅡ-4型诺如病毒深圳分离株SZ2010422全基因组序列,了解其分子结构特点及进化特性.方法 根据New Orleans参考株全序列设计引物,用RT-PCR分段扩增诺如病毒全基因组,经分子克隆、测序后进行系统进化分析及衣壳区氨基酸位点分析.结果 GⅡ-4型诺如病毒深圳SZ2010422株病毒基因组全长7559 bp,病毒基因组分三个开放阅读框(ORFs),ORF1、ORF2及ORF3长度分别为5100 bp、1623 bp和807 bp,ORF1与ORF2之间有19个核苷酸重叠.深圳株SZ2010422基因组核苷酸序列与参考株GⅡ-4型New Orleans变异株同源性最高,全长同源性为99.3%,ORFI、ORF2、ORF3同源性分别为99.5%、99.2%和98.6%.根据系统进化分析,深圳SZ2010422株属于GⅡ-4 New Orleans变异株.通过对衣壳区氨基酸比对,New Orleans变异株位点变化情况为:aa310N或K→S,aa341D→N,aa359T→S,aa396H→P,aa460H→Y.结论 诺如病毒深圳株SZ2010422属于GⅡ-4型New Orleans变异株.  相似文献   

20.
目的探讨副粘病毒Tianjin株的种系进化地位。方法将副粘病毒Tianiin株HN核苷酸、氨基酸序列与GenBank发布的副粘病毒相应序列进行比较,构建种系进化树,阐明副粘病毒Ti枷in株在副粘病毒科中的分类地位。结果基于HN核苷酸序列的种系进化分析表明,副粘病毒Tianjin株属于副粘病毒科、副粘病毒亚科、呼吸道病毒属,与仙台病毒亲缘关系最近。Tianjin株与仙台病毒BBl株HN核苷酸、氨基酸序列同源性分别为94.8%、95.1%,与其他仙台病毒,在84.8%~88.7%和89.6%~91.7%之间。Tianiin株与BBI株HN核苷酸序列的差异明显大于同一进化分支内的仙台病毒之间的差异。Eanjin株HN蛋白存在18个独特的氨基酸残基变异。结论结合种系进化分析结果、病毒的宿主来源和致病特点,提示副粘病毒Tianjin株不属于仙台病毒现有的3个进化分支而自成独立的一支。  相似文献   

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