肠道病毒71型60mer寡核苷酸探针的设计

目的 设计肠道病毒71型(EV71)诊断芯片的寡核苷酸探针.方法 使用NCBI获取全基因组序列,利用BLAST系统对基因序列进行比对,获取特异性序列;利用Array designer 4.2对其进行寡核苷酸探针设计.结果 设计出12条60 mer寡核苷酸探针,为芯片的制备做准备.结论 将BLAST系统和Array designer 4.2软件相结合,能快速有效地设计出诊断芯片的探针.     

HSV-2的生物信息学分析及其探针设计的探讨

目的 利用生物信息学分析单纯疱疹病毒2型(HSV-2)基因序列的特点,设计HSV-2诊断芯片的Oligo探针. 方法 利用Matlab7.0和ANTHEPROTV5对HSV-2序列进行分析,并通过BLAST软件对HSV-2的DNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;用生物学软件Oligo6.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的Oligo探针. 结果 利用Madab7.0和ANTHEPROT V5分析HSV-2二级结构的分布以及其理化性质,同时生物学软件Olig06.0获得13条60-merOligo探针.结论通过生物信息学设计HSV-2诊断芯片的探针,可为后期打印成DNA芯片,用于HSV-2的检测打下基础.     

登革病毒cDNA的生物信息学分析及其Oligo探针设计

目的设计登革病毒诊断芯片的Oligo探针。方法利用BLAST软件对4型登革病毒的cDNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;然后用生物学软件Oligo6.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的Oligo探针。结果获得48条70-mer Oligo探针,用于打印成DNA芯片,进行登革病毒的检测。结论利用BLAST系统和生物学软件Oligo6.0设计登革病毒诊断芯片的探针,是一种简便可行、有效的方法。     

登革病毒cDNA的生物信息学分析及其O1igo探针设计

目的 设计登革病毒诊断芯片的Oligo探针。方法 利用BLAST软件对4型登革病毒的cDNA序列进行序列比对，得到有意义的特异序列；然后用生物学软件Oligo6．0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的Oligo探针。结果 获得48条70-mer Oligo探针，用于打印成DNA芯片，进行登革病毒的检测。结论 利用BLAST系统和生物学软件Olig06．0设计登革病毒诊断芯片的探针，是一种简便可行、有效的方法。     

丙型肝炎病毒在乙型肝炎病毒感染中的作用

<正> 丙型肝炎病毒(HCV)与乙型肝炎病毒(HBV)和丁型肝炎病毒(HDV)具有相似的传播途径。30％的HCV感染病例有肠道外暴露史或属于高危人群,像接触血液或血液制品,静脉内药物滥用,以及血液透析。有一部分HCV感染被解释如隐匿型感染像反复使用接种针头,甚至咬伤和抓伤都可能传播HCV。然而仍有一部分HCV感染无法解释其传播途径。尽管感染HCV不如感染HBV或HDV那么容易,但感染HBV或HDV时也有感染HCV的危险。而且有可能同时或共同感染,即在已慢性感染一种病毒的患者体内可以附加另一种病毒的感染。以往研究肝炎病毒标志物时,已有慢性HBsAg携带者又附加甲型肝炎病毒(HAV)的急性感染的报道,还发现     

用PCR制备检测丁型肝炎病毒基因芯片的探针

目的：制备诊断丁型肝炎病毒(HDV)cDNA基因芯片探针。方法：针对HDV病毒基因保守区域设计聚合酶链反应(PCR)引物，纯化PCR扩增产物克隆，并测序鉴定。结果：序列分析表明，所扩增的片段均属于HDV特异基因。结论：利用PCR扩增产物制备基因芯片探针是一种快速、简便、实用的方法。     

基因工程肝炎疫苗研究新进展

病毒性肝炎是世界性的严重传染病。肝炎病毒至少有五种,甲型肝炎病毒(HAV),乙型肝炎病毒(HBV),丙型肝炎病毒(HCV),丁型肝炎病毒(HDV),戊型肝炎病毒(HEV)。HBV是一DNA病毒属嗜肝DNA病毒科。HDV是依赖于HBV的缺陷型病毒,其基因组是一单链RNA环状分子,包膜是HBV的包膜抗原。HAV、HCV、HEV均为RNA病毒,     

浅析病毒性肝炎血清标志物检查

病毒性肝炎的病原体为肝炎病毒,目前已明确的肝炎病毒有,5种,即甲型肝炎病毒(HAV)、乙型肝炎病毒(HBV)、丙型肝炎病毒(HCV)、丁型肝炎病毒(HDV)、戊型肝炎病毒(HEV).除HBV为双链DNA病毒外,其余均为单链RNA病毒.我国是病毒性肝炎的高发区,尤以HAV、HBV、HCV的感染更为突出.因此,准确、快速地检测肝炎病毒的标志物,对于病毒性肝炎的防治具有重要的意义.临床上根据各种肝炎病毒有特异性的血清标志物,能准确地进行病毒性肝炎的分型.     

用于HIV诊断的Oligo基因芯片研制

目的研制快速筛查诊断HIV病毒的Oligo芯片.方法以HIV-1B亚型U26942全基因组序列为靶序列,利用 DNA Club、Oligo 6.0、BLAST、Alignment等生物信息学软件,设计高度特异、长度均一、具近似熔解温度(Tm)的Oligo探针,并制备成Oligo芯片.B(U26942)、C(U46016)、F(AF075703)、G(AF061640)四种亚型质粒分别经RD-梯度PCR与随机特异性引物PCR,经荧光标记后与芯片杂交,扫描芯片后进行统计学分析.结果与结论获得22条60 mer探针,Oligo芯片特异性、敏感性及稳定性好,为进一步应用提供了条件.     

病毒性肝炎血清标志物检查

病毒性肝炎的病原体为肝炎病毒,目前已明确的肝炎病毒有,5种,即甲型肝炎病毒(HAV)、乙型肝炎病毒(HBV)、丙型肝炎病毒(HCV)、丁型肝炎病毒(HDV)、戊型肝炎病毒(HEV).除HBV为双链DNA病毒外,其余均为单链RNA病毒.我国是病毒性肝炎的高发区,尤以HAV、HBV、HCV的感染更为突出.因此,准确、快速地检测肝炎病毒的标志物,对于病毒性肝炎的防治具有重要的意义.临床上根据各种肝炎病毒有特异性的血清标志物,能准确地进行病毒性肝炎的分型.     

乙肝病毒基因分型检测芯片的构建及初步应用

目的:构建乙肝病毒(HBV)常见基因型的分型芯片,并应用分型芯片调查HBV基因型分布。方法:应用生物信息学软件针对乙肝病毒4种常见基因型的特征区域和保守区域分别设计分型探针和通用探针,在优化条件下通过重复杂交及分型测序检验芯片的重复性与可靠性后应用于临床,对150例不同类型的乙肝患者进行HBV基因分型。结果:分型探针和通用探针检测重现率分别为94.7%及100%,反馈的测序结果与芯片分型结果完全一致;经芯片分型发现辽宁省HBV基因型分别为C型占68.7%,B型占22.7%,B、C混合型占8.7%,未发现A、D型。结论:基因芯片技术为乙肝病毒基因分型提供了快速准确的检测方法,辽宁地区HBV基因型分布以B、C两型为主,C型占主要优势。     

用于HIV诊断的Oligo基因芯片研制

目的 研制快速筛查诊断HIV病毒的Oligo芯片。方法以HIV-1B亚型U26942全基因组序列为靶序列,利用DNA Club、Oligo 6.0、BLAST、Alignment等生物信息学软件,设计高度特异、长度均一、具近似熔解温度(T_m)的Oligo 探针,并制备成Oligo芯片。B(U26942)、C(U46016)、F(AF075703)、G(AF061640)四种亚型质粒分别经RD-梯度PCR与随机特异性引物PCR,经荧光标记后与芯片杂交,扫描芯片后进行统计学分析。结果 与结论 获得22条60mer 探针,Oligo芯片特异性、敏感性及稳定性好,为进一步应用提供了条件。     

黄热病病毒检测基因芯片的研究制备

目的制备黄热病病毒寡核苷酸检测芯片。方法根据黄热病病毒基因组序列,并应用生物信息学软件设计出22条寡核苷酸探针用于制备基因芯片。克隆于质粒上的黄热病病毒全长基因经限制性显示技术完成扩增并标记,杂交清洗后对芯片进行扫描和数据分析。结果大部分黄热病病毒寡核苷酸探针检测出阳性信号,阴性对照和空白对照检出阴性信号。结论基因芯片技术为黄热病病毒检测提供了一种早期、快速、可靠的方法。     

B19微小病毒70-mer寡核苷酸探针的设计

目的　设计B19微小病毒诊断基因芯片的寡核苷酸探针。方法　以微小病毒B19为例 ,利用BLAST软件对其序列进行比对并获得特异序列 ;利用软件Oligo 6设计特异性高、Tm值接近、长度均一的寡核苷酸探针。 结果　获得 12条 70 mer寡核苷酸探针 ,用于芯片打印及病毒检测。结论　利用BLAST系统和生物学软件Oligo 6可简便而有效地设计诊断芯片探针     

痘苗病毒寡核苷酸检测芯片的设计及研制

目的对痘苗病毒进行寡核苷酸检测芯片的初步研究,为建立寡核苷酸芯片检测该类病毒提供初步研究依据。方法根据痘苗病毒特异基因设计寡核苷酸探针,人工合成探针后制备寡核苷酸芯片。在病毒感染的不同阶段提取病毒样品DNA及阴性样品DNA,采用限制性显示技术标记,标记样品与芯片杂交后,用Agilent芯片扫描仪检测杂交结果。结果芯片与病毒样品杂交有较强的杂交信号,而与阴性样品杂交除阳性探针外均无信号。结论病毒样品与阴性样品杂交信号区别明显,在病毒感染的各个时段也都有明显的杂交信号,反映了寡核苷酸芯片具有较高的特异性和灵敏度。