放射性脑损伤与缺血缺氧性脑损伤细胞差异分子靶标筛选

目的 探讨放射性脑损伤（RBI）与缺血缺氧性脑损伤（HIBI）细胞差异分子靶标。方法 从GEO数据库中找到相应的数据集后使用GEO2R筛选差异表达基因。并对放射和对照、缺氧缺血及对照之间的通路富集情况做KEGG和GO分析。而后使用PPI分析找出几个关键基因及其蛋白靶标。而后以人星型胶质细胞作为研究对象构建RBI及HIBI模型。在损伤刺激后16 h收集各实验组总细胞和上清中漂浮的坏死细胞,通过RT-PCR和蛋白印迹法分析照射前后以及缺血缺氧处理前后关键基因及其蛋白表达水平之间的差异。结果 照射与对照星型胶质细胞共筛选出差异基因237个,其中上调基因95个,下调基因142个。KEGG富集分析结果显示,照射后星型胶质细胞与对照细胞有20条显著差异性富集信号通路（P <0.05）。GO功能分析照射后星型胶质细胞与对照细胞差异显著富集条目62个,其中20个（30.8%）与生物过程（BP）相关,22个（35.4%）与细胞组分（CC）相关,20个（30.8%）与分子功能（MF）相关。缺血缺氧处理与对照星型胶质细胞共筛选出差异基因67个,其中上调基因38个,下调基因29个。KEGG通路富集分析结...     

心力衰竭相关新基因的筛选和分析

目的 分析心力衰竭潜在的相关基因以及相关机制。方法 从基因表达综合数据库中下载数据集GSE18703,使用R软件中“limma”包分析差异表达基因（DEGs）。对DEGs进行基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,以探索心力衰竭相关的生物学功能和信号通路。使用Cytoscape软件构建蛋白质相互作用（PPI）网络,识别心力衰竭发病机制相关的关键基因,用荧光定量聚合酶链反应（qPCR）法对血管紧张素Ⅱ（AngⅡ）诱导的大鼠H9C2心肌细胞模型进行转录水平的验证。通过h TFtarget数据库分析关键基因的转录因子网络,以探究心力衰竭的发生机制。结果 共筛选出292个DEGs,其中上调基因140个,下调基因152个。GO分析显示,DEGs主要富集于细胞外区、细胞外空间、血液微粒等细胞成分以及嗅觉转导、血管平滑肌收缩、代谢途径等通路。KEGG通路分析发现,DEGs主要富集于环磷酸鸟苷（cGMP）-蛋白激酶G(PKG)信号通路、肥厚型心肌病和扩张型心肌病等信号通路。通过PPI网络,筛选出6个关键基因,分别是Gprc6a、C3、Anxa1、Oxt、Gpr4和Avpr...     

儿童克罗恩病差异表达基因的生物信息学分析

目的：应用生物信息学方法探讨儿童克罗恩病的差异表达基因,为阐明儿童克罗恩病的发病机制及干预靶点提供新思路。方法：从公共基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载儿童克罗恩病相关的基因芯片数据集GSE9686,使用在线分析工具GEO2R筛选出儿童克罗恩病结肠组织与正常结肠组织的差异表达基因。使用数据库DAVID对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路分析,使用数据库STRING进行蛋白互作网络(PPI)分析,使用Cytoscape筛选出儿童克罗恩病的关键基因。结果：筛选出85个儿童克罗恩病差异表达基因,包括63个上调基因和22个下调基因。GO分析揭示差异表达基因主要富集于趋化因子活性、CXCR趋化因子受体结合、细胞外空间、细胞外区域、趋化因子介导的信号通路及炎症反应等过程,KEGG分析揭示差异表达基因主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、TNF信号通路等。Cytoscape筛选出了15个关键基因,所有关键基因在儿童克罗恩病结肠组织中表达均上调。结论：采用生物信息学对儿童克罗恩病结肠组织与正常结肠组织的差异表达基因进行综合分析,可为儿童克罗恩病的早期诊断及靶向治疗提供新的理论依据。     

多囊卵巢综合征基因转录调控关联的生物信息分析

目的分析多囊卵巢综合征(PCOS)基因转录调控关联的生物信息。方法从整合基因表达汇编平台中共下载PCOS患者33例及健康对照30例的皮下脂肪组织样本转录组测序数据,比较两组基因表达数据,保留P<0.0005的1636个显著差异基因,进行GO数据库的功能富集分析和KEGG数据库的生物信号通路富集分析。结果 1636个显著差异基因富集在GO功能条目下,如在生物学过程集合中的嗜同性细胞黏附、肌丝滑动、肌肉收缩等,在细胞组分集合中的细胞质、肌原纤维节、核质等,在分子功能集合中的蛋白质结合、多聚腺嘌呤RNA结合及钙离子结合等(P<0.001)。1636个显著差异基因富集KEGG生物信号通路,如TNF信号通路、催产素信号通路、Ras信号通路、环磷酸腺苷信号通路、胰岛素信号通路及雌激素信号通路等(P<0.05)。结论PCOS表达基因的遗传学变化可能通过影响卵巢发育生物学过程及卵巢发育相关的信号通路的活性,从而促进PCOS的发生。     

二咖啡酰基奎宁酸对脑缺血大鼠转录组学的研究

目的研究二咖啡酰基奎宁酸(MQA)对脑缺血大鼠RNA表达的影响作用。方法将24只雄性大鼠随机分为正常组、模型组与MQA组。各组大鼠术前连续灌胃6 d,再采用线栓法制备大鼠左侧脑缺血模型,术后24h将造模成功的大鼠进行解剖,取脑。将脑组织切块后进行RNA测序,检测模型组、正常组与MQA组的基因表达情况,再将数据进行基因表达丰度分析、GO富集分析及KEGG通路富集分析。结果模型组与MQA组之间存在762个差异基因,其中包括显著差异基因124个,极显著差异基因51个。通过GO富集分析发现,生物学过程相关基因整体呈现上调趋势,细胞组分相关的基因既有显著上调趋势也有显著下调趋势,分子功能相关的基因整体上呈现上调趋势,但也存在显著下调基因的项目;通过KEGG通路分析发现甲状腺激素信号通路相关基因呈显著下调,核糖体通路相关基因呈现部分上调及部分下调趋势。结论 MQA抗脑缺血可能跟改善纤溶系统、提高细胞骨架的稳定性、下调甲状腺激素信号通路有很大的关系。     

hsa-miR-4444调控的SLC12A3作为肾透明细胞癌潜在治疗靶点的生物信息学分析

目的 应用生物信息学技术探索肾透明细胞癌（KIRC）的发病机制,为KIRC的诊断和治疗提供生物信息学依据。方法 在GEO数据库中在线分析GSE16449中KIRC组织和正常肾组织的差异表达基因（DEGs）,通过GO分析、KEGG通路富集分析以及蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络筛选关键基因（Hub基因）,并在GEPIA数据库对Hub基因进行验证,运用Target Scan数据库预测调控靶基因的microRNAs,并用UALCAN分析microRNAs在KIRC组织中的表达及其与KIRC患者生存预后的关系。结果 共筛选出120个DEGs。GO分析表明,DEGs主要参与血管生成、骨形态发生蛋白（BMP）信号通路的调节。KEGG通路富集分析表明,DEGs显著富集于氧化磷酸化、嘧啶代谢。PPI网络筛选出10个Hub基因。GEPIA数据库验证显示SLC12A3在KIRC组织中低表达,与KIRC患者的不良预后有关。hsa-miR-4444与SLC12A3mRNA的3’未翻译区（3’UTR）结合。与正常组织相比,hsa-miR-4444在KIRC组织中表达明显上调,与KIRC患者预后具有一定相关性...     

基于GEO结直肠癌芯片数据的生物信息学分析

目的 利用生物信息学分析方法,挖掘结直肠癌(CRC)的关键基因并探索其发病机制.方法 在公共基因芯片数据库(GEO)中下载结直肠癌表达谱芯片数据,在GCBI实验室中筛选出结直肠癌显著差异的基因,分别对显著差异基因作GO富集分析、KEGG通路分析、蛋白质相互作用(PPI)网络分析.进一步利用cytoscape将PPI结果建立互作模块.结果 通过差异分析得出在正常结直肠组织、结直肠腺瘤、结直肠癌中表达量逐步明显下调的基因有492个,逐步明显上调的有248个,共有740个显著差异基因.GO富集分析主要体现在各种代谢过程、细胞增殖、信号调节、RNA聚合酶Ⅱ转录因子活性等.KEGG信号通路主要富集在癌症转录失调、细胞周期及p53信号通路等.并利用互作模型筛选出CDK1、MCM2、CDC6、CCNA1、CCNB2、CDKN1B、ORC1、E2F1、CHEK1、PCNA等45个与结直肠癌发生发展关系密切的关键基因.关键基因主要富集在细胞周期、病毒致癌机理、癌症相关、p53及PI3K-Akt等信号通路.结论 通过生物信息学对基因芯片数据的分析,能获取结直肠癌的关键基因及其相关通路,为后续研究提供依据.     

异相睡眠剥夺对大鼠学习记忆能力及海马基因表达谱的影响

目的观察96 h异相睡眠剥夺(PSD)对大鼠学习记忆能力及海马基因表达谱的影响。方法利用改良多平台水环境法制备PSD动物模型,六角迷宫行为学范式评价大鼠学习记忆能力;在此基础上利用基因芯片技术研究PSD对大鼠海马全集因表达谱的影响,对差异基因(上调或者下调倍数变化值≥2.0,且P值≤0.05)进行GO和KEGG富集分析;并对部分差异表达基因进行RT-PCR验证。结果与大平台对照组(TC)比较,PSD大鼠认知率明显降低(P<0.05);两组大鼠海马差异表达基因共100个:其中25个基因上调,75个基因下调;GO分析结果表明,上调基因主要与细胞生长及分化的负性调节、学习记忆、炎症反应、氧化应激、突触传递等生物学过程有关;下调基因主要与免疫应答、神经系统发育、突触传递、代谢过程、信号转导、递质分泌、细胞凋亡、转录过程等过程有关;利用KEGG数据库对差异基因进行信号通路分析,发现差异基因主要参与c GMP-PKG、代谢、NF-κB、癌症等多条信号通路过程。结论 PSD可引起大鼠记忆能力的下降,并伴随海马多种基因表达异常;PSD导致的学习记忆能力下降可能与多种基因表达及信号通路的变化有关。     

基于GEO数据库分析源于滤泡性淋巴瘤的转化性弥漫大B细胞淋巴瘤的基因表达特点

目的 筛选出来自于滤泡性淋巴瘤的转化性弥漫大B细胞淋巴瘤（transforming follicular lymphoma,tFL）与滤泡性淋巴瘤（follicular lymphoma,FL）和弥漫大B细胞淋巴瘤（diffuse large B cell lymphoma,DLBCL）的差异表达基因并进行生物信息学分析，从而探究它们间的差异以及tFL发展的生物学过程，为后续实验寻找潜在靶点。方法 利用GEO数据库筛选出t FL、FL、DLBCL的基因集，分析差异基因，进行GEO富集可视化分析、基因本体（Gene ontology,GO）富集分析、京都基因和基因组数据库（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路分析。结果 tFL与FL的基因集共找到11 388个差异表达基因，GO富集分析发现差异基因的功能主要集中在轴突生成、树突发育等；KEGG通路分析发现关键途径为轴突导向、Hippo信号通路等。而tFL与DLBCL共有17216个差异表达基因，GO富集分析差异基因的功能主要集中在调节细胞发育、组蛋白的修饰等；KEGG通路分析发现关键途径为轴...     

基于机器学习鉴定克罗恩病潜在生物标志物

目的 探讨克罗恩病（CD）潜在生物标志物,并分析其与病情活动的相关性。方法 通过基因表达综合数据库（GEO）下载CD患者的表达数据,筛选差异基因进行GO功能富集分析及KEGG信号通路分析,通过3种机器学习方法在差异基因中进一步筛选并取交集得到核心基因。验证核心基因在健康对照组与CD组中差异表达情况,分析其与病情活动的相关性。结果 研究共筛选到差异基因75个,GO富集分析显示其主要包括有机酸跨膜转运蛋白活性、中性粒细胞迁移、急性炎症反应。KEGG信号通路分析显示其富集于白介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)信号通路、核因子κB(NF-κB)信号通路等通路。通过机器学习进一步筛选出WNT5A和NAMPT两个与CD发病相关基因,并与克罗恩病内镜严重程度指数（CDEIS）呈正相关（P<0.01）。结论 WNT5A和NAMPT与CD病情活动度相关,可能为CD潜在的诊断及治疗靶点。     

基于生物信息学及分子对接技术探究清热利湿与活血化瘀类中药配伍干预骨关节炎的分子机制

目的 应用生物信息学及分子对接技术探究清热利湿与活血化瘀类中药配伍干预骨关节炎的分子机制。方法 通过NCBI GEO数据库获取骨关节炎相关芯片,采用R语言进行差异基因表达分析。应用GeneCards数据库对骨关节炎靶基因进行检索与筛选,对骨关节炎疾病靶基因进行预测。应用TCMSP数据库对黄柏、苍术、桃仁、红花的主要有效成分及作用靶基因进行筛选和挖掘,构建药物与疾病映射靶基因的PPI网络,通过David数据库对关键靶基因进行GO生物过程及KEGG通路富集分析。最终将中药主要有效成分与关联度较高的关键靶基因进行分子对接。结果 中药有效成分-靶基因网络图包含86个有效成分,相对应靶点40个;筛选得到差异表达基因136个,其中上调基因61个,下调基因75个;通过疾病数据库检索并与差异基因合并去重后得到与骨关节炎相关的疾病靶基因628个;获得映射靶基因40个,关键靶基因10个。关键靶点IL6、TNF、PTGS2、MAPK14、MPO富集作用于TNF信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路、GnRH信号通路、Estrogen信号通路、T细胞受体信号通路等多个经典信号通路,主要涉及一氧...     

基于网络药理学与GEO差异基因芯片数据分析小白菊内酯治疗宫颈癌的分子机制

目的 利用网络药理学结合GEO基因芯片分析的方法以及细胞实验研究小白菊内酯治疗宫颈癌的分子机制。方法首先利用GEO数据库获取宫颈癌芯片数据,再通过R软件获得其差异基因,同时绘制火山图。利用Swiss Target Prediction、SuperPred和HERB数据库收集小白菊内酯的作用靶点。通过GEO差异基因、Malacards、PharmGkb、CTD、DrugBank和DisGeNET数据库收集宫颈癌的疾病靶基因,利用Cytoscape 3.7.2软件制作药物–活性成分–靶点–疾病网络图,通过String数据库和Cytoscape3.7.2软件对交集基因进行蛋白相互作用（PPI）网络富集分析。利用R语言的clusterfiler程序包对小白菊内酯治疗宫颈癌的潜在作用靶标进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。最后,通过人宫颈癌He La细胞模型验证小白菊内酯的作用机制。结果 获取88个小白菊内酯靶基因,8 167个宫颈癌的疾病靶点,26个差异基因,3个在宫颈癌中表达上调,23个在宫颈癌中表达下调。PPI网络以及拓扑分析结果显示,Tol...     

阿尔茨海默病相关差异表达基因及其生物信息学分析

目的:为阿尔茨海默病(AD)发病机制的阐释、早期预防与诊断以及治疗靶点的筛选提供参考。方法:从美国国立生物技术信息中心公共数据平台基因表达数据库中下载基因芯片数据集GSE28146,使用GEO2R在线分析工具筛选出AD相关差异表达基因(DEGs);使用DAVID 6.8生物信息学资源数据库进行基因本体(GO)分析和KEGG通路富集分析;使用STRING数据库和Cytoscape 3.2.1软件进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析。结果与结论:筛选出AD相关DEGs共1 478个,其中上调913个、下调565个。GO分析结果显示,DEGs主要分布于细胞质、膜、细胞外隙中,主要通过转录的正/负调节、核因子κB活性的正调节、Rho蛋白信号转导的调节、蛋白质磷酸化的调节等生物学过程以及蛋白质结合、DNA结合、转录因子活性(序列特异性DNA结合)等分子功能来诱导AD的发生。KEGG通路富集分析结果显示,DEGs显著富集于癌症途径、肺结核、破骨细胞分化、Janus激酶/信号传导及转录激活因子信号通路、叉头转录因子信号通路、EB病毒感染等信号通路上。DEGs编码蛋白的PPI网络含节点蛋白共1 205个、边3 931条;其中的关键核心基因为SOCS3、NEDD4、CBLB,可能是AD发生发展的潜在靶点。     

系统性红斑狼疮B细胞差异表达基因生物信息学分析

目的 研究系统性红斑狼疮(SLE)患者B细胞差异表达基因及其功能。方法 从NCBI-GEO数据库下载SLE患者B细胞转录组数据集—GSE4588、GSE10325及GSE30153。利用GEO₂R筛选SLE患者与健康者B细胞之间的差异表达基因(DEGs),取交集筛选三个数据集共有DEGs。利用DAVID对共有DEGs进行基因本体(GO)和KEGG通路富集分析。利用STRING对DEGs编码蛋白进行蛋白互作网络(PPI)分析。结果共筛选出9个DEGs,其中USP18、RRM2、OAS3、MAN1A1、IFITM1、IFI44L、IFI44及CD38在SLE患者B细胞中表达显著上调,CD1C表达显著下调。GO分析显示：上述DEGs参与病毒的响应、病毒防御、病毒基因组复制负调控、Ⅰ型干扰素信号通路生物学过程。KEGG通路分析显示：DEGs与造血细胞谱系相关。PPI分析结果显示：USP18、OAS3、IFITM1、IFI44L及IFI44彼此间存在蛋白互作,CD38与CDC1之间存在互作,而MAN1A1及RRM2与其他DEGs之间均无互作。结论 SLE患者B细胞DEGs主...     

铜绿假单胞菌生物被膜基因表达生物信息学研究

目的 通过生物信息学探究铜绿假单胞菌生物被膜形成的差异表达基因及可能作用机制。方法 通过GEO数据库筛选获得铜绿假单胞菌生物被膜数据芯片GSE120760, GEO2R工具筛选出铜绿假单胞菌浮游状态和生物被膜状态的差异表达基因;差异表达基因通过String数据库和Cytoscape3.7.1软件中构建靶点PPI网络图,并在DAVID和KOBAS数据库中对差异表达基因进行GO生物富集和KEGG通路分析。用铜绿假单胞菌体外生物被膜模型测定5种氨基酸(D/L型)的抗生物被膜作用效果。结果由芯片GSE120760筛选得到556个差异表达基因,其中上调基因143个,下调基因413个;从差异表达基因中筛选到62个关键基因,这些基因主要与30S和50S核糖体蛋白相关;GO功能富集得到40个条目;KEGG富集到44条通路,主要涉及代谢途径、次生代谢产物的生物合成、氨基酸生物合成通路、多种氨基酸代谢、群体感应、氨酰tRNA生物合成通路等;体外验证试验中,D-氨基酸对铜绿假单胞菌生物被膜有抑制作用,而L-氨基酸对其形成无影响。结论 通过生物信息学挖掘出铜绿假单胞菌生物被膜形成的关键基因与靶点,并与代谢途径...     

乳腺癌脑转移差异基因的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法筛选乳腺癌脑转移瘤差异表达的核心基因。方法 从GEO数据库下载GSE125989数据集，运用GEO在线分析工具GEO2R分析数据集的差异基因。利用在线工具DAVID对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析，将获得的差异表达基因数据输入STRING数据库并通过Rstudio进行可视化。利用Rstudio的CytoHubba插件筛选核心基因。利用Kaplan-Meier Plotter在线工具验证核心基因与总生存期的关系。结果 经GEO2R工具筛选出22 277个基因，进一步筛选集中获得差异表达基因74个，GO功能注释发现，差异表达基因主要在细胞外基质组织等方面显著富集；KEGG通路主要在蛋白质消化吸收等通路富集。通过CytoHubba插件以度筛选出PPI网络中排名前10位的差异表达基因为核心基因。生存分析显示DCN、ELN与患者总生存期具有显著的相关性。结论 本研究共筛选出2个与乳腺癌脑转移预后相关的核心基因，分别为DCN、ELN。     

基于网络药理学探究西洛他唑抑制血管内膜增生治疗动静脉内瘘成熟障碍及狭窄的作用机制

目的 基于网络药理学探究西洛他唑抑制血管内膜增生（IH）治疗动静脉内瘘成熟障碍及狭窄的作用机制。方法 通过ChemicalBook平台、Swiss Target Prediction服务器获取西洛他唑的基本信息和作用靶点;使用Genecards和CTD数据库筛选IH相关靶点。相关平台及数据库的数据更新至2023年1月。构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络。对共同靶点进行基因本体（GO）富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。结果 共获得西洛他唑作用靶点100个,IH相关靶点1 794个,交集靶点57个。PPI网络核心靶点14个。GO富集分析共得到887个富集结果,其中生物过程主要涉及蛋白质磷酸化、肽基丝氨酸磷酸化、肽基苏氨酸磷酸化等;细胞组分主要涉及细胞质的核周围区域、顶端质膜、膜微域等;分子功能主要涉及蛋白激酶活性、激酶活性、激酶结合等;KEGG信号通路富集分析共得到144条信号通路,主要涉及癌症中的通路、PI3K-Akt信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂抵抗。结论 该研究初步验证西洛他唑可能通过多靶点与多通路抑制血管内膜增生治疗动静脉内瘘成熟障碍及狭窄,为西...     

脊髓损伤中差异表达基因的生物信息学分析及其在神经炎症细胞内的变化水平研究

目的 使用生物信息学方法筛选参与脊髓损伤发展过程中的差异表达基因(DEGs),并于体外实验探索脂多糖(LPS)激活的BV2细胞DEGs的变化情况，以期为脊髓损伤的治疗提供新靶点。方法 从GEO数据库下载基因芯片数据，并将数据集中的样本分为脊髓损伤Day2组和Day5组，应用R软件处理来自不同数据集样本间的批次效应，对基因芯片的表达数据进行标准化处理，应用R软件分析标准化后的基因表达矩阵，以得到差异基因。将差异基因导入DAVID数据库进行基因本体论(GO)分析，并通过KEGG数据库进行通路分析。应用STRING蛋白数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络，并通过Cytoscape软件分析得到10个Hub基因。实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)分析LPS激活后BV2小胶质细胞Hub基因中分值高的前2个基因。结果 与Day2组比较，Day5组有340个DEGs,对其生物信息分析发现，DEGs富集于细胞炎症反应和物质代谢中。通过STRING软件进行模块分析得出10个中心节点，10个基因经KEGG再次分析后发现CXCL10、CCR3、CCR10和CCL2基因显著富集于趋化因子信号通路和...     

基于GEO芯片数据的肝癌特征基因生物信息学及预后关联性分析

目的 通过生物信息学方法利用GEO芯片数据分析肝癌组织中的特征基因及预后的相关性。方法 在GEO数据库中获取肝癌芯片数据,并利用GEO2R工具分析肝癌组织与正常肝组织之间的差异表达基因;利用GO数据库和KEGG数据库对差异表达基因进行富集和功能注释;基于STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质互相作用网络（protein-protein interaction,PPI）,分析其关键基因;用在线工具Kaplan Meier-Plotter对这些关键基因进行生存分析;用The Human Protein Atlas数据库对这些关键基因在肝癌组织中的蛋白质表达进行免疫组化分析。结果 共鉴定出338个差异表达基因,其中97个为上调基因,241个为下调基因。其中上调的差异表达基因显著富集在细胞核有丝分裂、细胞分裂、有丝分裂成对染色单体分离、成对染色单体凝聚等生物过程;下调的差异表达基因显著富集在环氧化酶P450途径、氧化还原过程、外源性药物分解代谢过程等生物过程。根据PPI网络,对关键模块的24个关键基因进行鉴定,发现这些关键基因的高表达与肝癌患者的生存率低有相关性,并截取关键差异表达基因免疫染色代表性图像。结论 本研究发现的关键差异基因有助于更全面地了解肝癌发生的分子机制,可作为肝癌预后的生物标志物以及潜在的肝癌治疗分子靶点。     

基于生物信息学方法筛选骨关节炎进展相关关键基因

目的 利用生物信息学方法筛选骨关节炎进展相关的差异表达基因(DEGs)。方法 在基因表达组学数据库(GEO)下载GSE206848数据集，运用GEO₂R在线工具进行分析，并筛选DEGs;利用R语言绘制火山图和热图。然后对DEGs进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析；将获得的DEGs数据导入STRING数据库构建蛋白互作网络(PPI),并通过CytoHubba插件以5种算法取交集筛选关键基因(Hub gene)。结果 经GEO₂R筛选，从GSE206848数据集中获得DEGs 1 592个(545个上调基因、1 047个下调基因)。GO功能富集分析发现，DEGs的生物学过程主要富集在DNA代谢过程的调节、超分子纤维组织的调控、细胞器组织的负调控；细胞定位主要富集细胞边缘、肌动蛋白细胞骨架、核散斑；分子功能主要富集微管蛋白结合、蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性、蛋白丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性。KEGG通路富集分析结果主要涉及PI3K-Akt信号通路、肌动蛋白细胞骨架调控等。应用CytoHubba插件筛选得到3个关键基因(PIK3CA、EGFR...