2018-2019年福建省禽类外环境H5亚型禽流感病毒分子特征和遗传进化分析

目的 分析2018-2019年福建省禽类外环境H5亚型禽流感病毒的分子特征和遗传进化特点，为禽流感防控提供参考依据。方法 对2018-2019年福建省禽类外环境H5亚型单阳性标本进行复核，筛选出Ct值小于30的标本，对HA和NA基因进行靶向扩增和二代测序，从NCBI和GISAID数据库下载参考序列，使用生物信息学软件分别对HA和NA基因进行分子突变位点和遗传进化分析。结果 共完成12株H5亚型HA和NA全基因测序。序列比对结果显示，HA基因最高一致性在98.59%～99.89%,NA基因最高一致性在98.19%～99.85%。遗传进化分析显示，HA基因归属于Clade 2.3.4.4h分支，NA基因归属于欧亚谱系H5N6和H6N6分支。12株毒株的裂解位点均为高致病性禽流感病毒分子特征，受体结合位点为禽源受体，但S123P、S133A、I151T、T156A突变可增强病毒与人源受体的亲和力。HA基因糖基化位点分析显示，常见154位糖基化位点缺失，在124位(-NHTS)新增潜在糖基化位点。结论 2018-2019年福建省禽类外环境中存在Clade 2.3.4.4h进化分支H5N6高致病...     

2016-2018年广州市H6亚型禽流感病毒外环境分离株HA基因遗传特征分析

目的 对广州禽类市场外环境H6亚型禽流感病毒进行分离和测序,分析HA基因遗传进化特点。方法 通过接种鸡胚分离H6亚型禽流感病毒,采用RT-PCR方法扩增HA基因全长序列并测序,通过DNA Star7.1和MEGA 4.0软件,分析HA基因遗传特征。结果 2016-2018年广州禽类市场外环境分离到6株H6亚型禽流感病毒,HA基因核苷酸同源性在81.0%~99.1%之间。基因序列特征分析显示,所有分离株裂解位点序列相对保守,只有1个碱性氨基酸插入,呈现低致病性禽流感病毒分子特点。受体结合位点均为226Q和228G,为禽类呼吸道上皮受体结合位点。2016年分离株发现183-NNT糖基化位点的缺失。进化分析显示,广州早期分离株属于广东常见的ST2853-like分支,但2018年监测发现了ST339-like新流行分支病毒。结论 广州地区H6亚型禽流感病毒尚为禽类低致病性病毒,本研究毒株HA基因变异较大, 2018年毒株出现多遗传分支进化趋势,因此需要继续监测H6亚型禽流感病毒的流行和变异。     

2014-2018年江苏省禽类外环境禽流感病毒监测结果分析

目的 对2014-2018年江苏省涉禽外环境标本禽流感病毒检测结果进行分析,了解禽流感病毒时空流行性特征,为江苏省禽流感防控工作提供依据.方法 选取2014-2018年江苏省13个市的5类场所,6类禽类市场外环境标本,采用荧光定量PCR方法对标本进行A型、H5亚型、H7亚型、H9亚型流感病毒检测,采用描述性流行病学方法...     

2014年长沙市禽类场所环境H9N2亚型禽流感病毒分子流行特征分析

目的 了解2014年长沙市禽类场所环境中H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)血凝素(Hemag-glutinin,HA)、神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)和非结构蛋白(ron-structural,NS)基因的分子进化特征,为人感染H9N2亚型AIV防控提供实验室科学证据支持.方法 对2014年长沙市禽类场所中采集的501份环境标本(禽类饮水263份,污水221份,其他标本17份)利用real-time PCR方法进行A型、H5、H7和H9亚型流感病毒核酸检测,然后对单独H9阳性标本利用HA和NA基因通用引物进行RT-PCR扩增和核苷酸测序,病毒HA、NA及NS基因测序结果在线BLAST分析,利用Bioedit和Mega5软件进行氨基酸比对和进化树构建.结果 从501份环境标本中检出A型AIV核酸阳性标本350份,H9亚型核酸阳性标本191份,占总标本数量的38.12％,H5亚型核酸阳性标本177份(35.33％),H7亚型核酸阳性11份(2.20％),H5和H9亚型混合核酸阳性标本68份(13.57％).部分单独H9亚型核酸阳性标本经RT-PCR和核苷酸测序鉴定出阳性H9N2亚型病毒核酸标本23份,分子进化分析表明2014年长沙市禽类场所环境中的绝大部分H9N2亚型AIVHA、NA、NS基因来源于A/Chicken/Shanghai/F/98 (F98)类似株病毒,属于新的S基因型,HA蛋白受体结合位点(Receptorbinding site,RBS)第235位(对应H3流感第226位)氨基酸为Leu (L),表现为特异性结合人流感病毒受体特征,病毒HA、NA及NS蛋白关键分子位点表现为低致病性的分子特征.结论 2014年长沙市禽类场所环境中H9亚型AIV核酸阳性率最高,H9N2亚型AIV的HA、NA和NS基因表现为低致病性的分子特征,但具有容易感染人类的特征,需要迸一步加强监测.     

2株欧亚与北美谱系重排H6N8亚型禽流感病毒的遗传进化及分子特征分析北大核心CSCD

目的解析监测中发现的欧亚与北美谱系重组H6N8亚型禽流感病毒的遗传进化及分子特征,为禽流感病毒跨洲际传播及基因重排研究提供支持。方法2019年秋季在图牧吉地区采集雁鸭类粪便样品,分离H6N8亚型禽流感病毒并进行全基因序列测定,分析其遗传进化及分子特征。结果共采集雁鸭类粪便及拭子样品5062份,分离到2株H6N8LPAIV(TMJ43、TMJ120)。遗传进化分析显示,分离株病毒NA与北美的阿拉斯加地区所分离的H3N8亚型AIV的NA节片聚集在同一进化分支,HA和其它6个内部基因节片均属于欧亚进化分支,且两株禽流感病毒分别有不同的重配发生。2株H6N8亚型禽流感病毒为欧亚谱系与北美谱系基因重排毒株,其中N8基因最近一次欧亚与北美基因节片重排发生在2016年。分子特征分析显示,HA蛋白的碱性裂解位点为PQIETR↓GLF,符合低致病性禽流感病毒的特征。在NP蛋白,发生了具有增强鸡禽流感毒力的A184K突变。在TMJ43,NS1蛋白发生了能增强哺乳动物毒力的A/P42S突变。结论在我国内蒙古地区分离的2株H6N8亚型禽流感病毒为欧亚谱系和北美谱系的重排毒株,两毒株均发生了增强家禽和哺乳动物感染能力的突变。表明北美毒株通过候鸟迁徙进入我国,与欧亚谱系毒株发生重配并在野鸟中频繁出现,可为禽流感病毒的跨洲际传播研究提供信息支持。     

河南省濮阳市一起人感染H5N6禽流感流行病学及病原学特征分析

目的 分析2022年3月河南省濮阳市首例人感染H5N6禽流感流行病学特征，探索感染来源，为防控人感染禽流感提供科学依据。方法 对人感染H5N6禽流感病例、密切接触者和涉禽外环境开展流行病学调查，采集病例和密切接触者的呼吸道标本、环境标本、禽类生物样本和禽类产品，运用实时荧光定量PCR方法检测禽流感病毒核酸。结果该病例肺泡灌洗液、咽拭子和鼻拭子样本均检出H5N6亚型禽流感病毒核酸，病例有宰杀禽类职业暴露史。1份屠宰厂的案板涂抹拭子检出H5N6亚型禽流感病毒核酸，9份鸭头类产品的口咽拭子检出H5亚型禽流感病毒核酸，确诊为人感染H5N6禽流感，为单个散发病例。结论 濮阳市首例人感染H5N6禽流感病例为单个散发病例，病原甲型H5N6亚型禽流感病毒可能来自宰杀的鸭子；应加强禽流感日常监测及健康科普。     

2017-2018年陕西省H7N9禽流感病毒流行特征及基因进化分析

目的 整理和分析2017-2018年陕西省H7N9禽流感病毒流行分布和基因特性,为防控决策提供实证依据。方法 采集陕西省外环境样本、H7N9病例及关联样本,用荧光定量PCR检测H7N9亚型流感病毒,H7N9 阳性标本的病毒分离和基因测序分析由国家流感中心完成。结果 2017年5月至2018年3月,陕西省142个监测点外环境外环境H7N9核酸阳性率仅4.91‰。同时,本省共报告7例H7N9病例和2起禽间疫情。病毒序列分析发现:部分H7N9病毒中HA蛋白裂解位点插入“KRTA”氨基酸基序,具有对禽类高致病性的分子特征。血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因进化树分析结果显示陕西省H7N9禽流感病毒与长三角来源的H7N9序列高度同源。结论 陕西H7N9病毒流行株具有遗传多样性,同时存在低致病性和高致病性两个变种。今后应继续做好禽流感病原学监测和遗传变异分析,为防控工作提供依据。     

云南省首例人感染H5N6禽流感病例调查与分析

目的 分析省内首例既全球第3例人感染H5N6禽流感病例的流行病学调查结果,总结人感染H5N6禽流感病例的流行病学特征,为今后人感染H5N6禽流感病例的排查及流行病学调查提供参考。方法 回顾性描述、分析云南省首例人感染H5N6病例流行病学调查过程、疫点及密切接触人员采样检测结果,总结人感染H5N6禽流感病例的流行病学特征。结果 我省首例人感染 H5N6 禽流感确诊病例为单个病例,未出现人传人,发病前有野禽接触史及菜市场活动史,住地菜市场部分禽类摊档标本H5N6禽流感病毒核酸检测阳性。结论 我省首例人感染 H5N6 禽流感病例为本地感染非人传人病例,传播途径可能为禽-环境-人或禽-人。     

2014年长沙市活禽市场污水中H5N1亚型禽流感病毒HA、NA及NS基因进化分析

目的 分析2014年长沙市活禽市场污水中H5N1亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)血凝素(Hemagglutinin,HA)、神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)及非结构蛋白(Non-structural,NS)基因进化特征.方法 从2014年长沙市活禽市场采集501份环境标本,利用Real-time PCR方法进行A型、H5、H7和H9亚型流感病毒核酸检测,并对单一H5阳性标本进行核苷酸测序,病毒HA、NA和NS基因测序结果进行在线BLAST分析,利用Mega5和Bioedit软件构建核苷酸进化树和氨基酸(Amino acids,aa)比对.结果 从501份环境标本中检出A型H5亚型病毒阳性标本177份(检出率35.33％),其中8份标本经核苷酸测序鉴定为H5N1亚型病毒,进化分析表明大部分H5N1病毒HA基因位于2.3.2分支内,聚集形成一个新亚分支,NA及NS基因位于2.3.2.lb亚分支.HA蛋白受体结合位点aa为QSG,表现为禽流感病毒受体特征;NA蛋白未出现H275Y及N295S aa替换,对神经氨酸酶抑制剂敏感;HA、NA及NS蛋白关键分子位点表现为高致病性的分子特征.结论 2014年长沙市活禽市场污水中H5N1亚型禽流感病毒HA、NA和NS基因表现为高致病性的分子特征,但不具有对人易感的受体特征,需要进一步监测.     

云南省首例H5N6人禽流感病例流行病学调查

目的调查分析云南省首例H5N6人禽流感病例感染来源和传播途径,为进一步防制人禽流感提供科学依据。方法对首例H5N6人禽流感患者、密切接触者和患者暴露的野禽栖息地、活禽市场开展流行病学调查,并采集相关人员的呼吸道标本和外环境标本进行检测分析。结果病例标本检测结果为禽流感病毒(H5N6)核酸阳性,确定该病例为人感染高致病性禽流感患者。病例有明确的禽类接触史,共同暴露人员和密切接触者未出现疑似症状。活禽市场存在禽流感病毒(H5N6、H9N2)的大量污染。结论此次未出现人传人现象。感染来源可能与农贸市场环境有关。今后要继续加强不明原因肺炎监测,加强活禽市场监管,防止禽间疫情向人间扩散和传播。     

广西犬源H9N2亚型流感病毒分离株的全基因组测序分析及其对小鼠的致病性实验

目的 对广西犬只尤其是宠物犬中携带H9N2亚型流感病毒进行全基因组序列特征分析以及小鼠的致病性研究,为流感病毒疫情的防控提供科学依据。方法 采用RT-PCR的方法扩增、测序全基因组,DNAStar和MEGA6.0软件分析氨基酸同源性和进化树,通过小鼠感染实验探究其致病性。结果 13株H9N2毒株8个基因节段来源于5个不同谱系的毒株,属于新基因型,氨基酸同源性与广西分离株A/equine/Guangxi/3/2011≥99.0%,6个内部基因与2013年自人流感病毒分离株H7N9亲缘关系密切。毒株HA的裂解位点均为RSSR↓GLF,表明低致病力。氨基酸位点HA226、 NA119、NP375和PB2的701位等有变化,其中HA226位为亮氨酸L,具有与人SAα2,6-Gal结合的特性。BALB/c小鼠感染健康犬只中分离的H9N2病毒未在体内复制,而源自感冒犬只的毒株Ca/GX/8和Ca/GX/10能够在体内复制,临床症状明显但不致死。病毒经小鼠体内传代后致病力增强,推测是PB2的611位和PA623位氨基酸改变导致。结论 从广西各地犬只中获得的13株H9N2亚型流感病毒株经分析发现虽源于禽源,但具备和人源受体特异性结合的能力,且内部基因遗传进化关系复杂,对哺乳动物及人类存在较大威胁,亟需加强防控。     

Genomic and Phylogenetic Characterization of Novel,Recombinant H5N2 Avian Influenza Virus Strains Isolated from Vaccinated Chickens with Clinical Symptoms in China

Infection of poultry with diverse lineages of H5N2 avian influenza viruses has been documented for over three decades in different parts of the world, with limited outbreaks caused by this highly pathogenic avian influenza virus. In the present study, three avian H5N2 influenza viruses, A/chicken/Shijiazhuang/1209/2013, A/chicken/Chiping/0321/2014, and A/chicken/Laiwu/0313/2014, were isolated from chickens with clinical symptoms of avian influenza. Complete genomic and phylogenetic analyses demonstrated that all three isolates are novel recombinant viruses with hemagglutinin (HA) and matrix (M) genes derived from H5N1, and remaining genes derived from H9N2-like viruses. The HA cleavage motif in all three strains (PQIEGRRRKR/GL) is characteristic of a highly pathogenic avian influenza virus strain. These results indicate the occurrence of H5N2 recombination and highlight the importance of continued surveillance of the H5N2 subtype virus and reformulation of vaccine strains.     

Genetic Characterization and Pathogenicity of H7N7 and H7N9 Avian Influenza Viruses Isolated from South Korea

H7 low pathogenic avian influenza viruses (LPAIVs) can mutate into highly pathogenic avian influenza viruses (HPAIVs). In addition to avian species, H7 avian influenza viruses (AIVs) also infect humans. In this study, two AIVs, H7N9 (20X-20) and H7N7 (34X-2), isolated from the feces of wild birds in South Korea in 2021, were genetically analyzed. The HA cleavage site of the two H7 Korean viruses was confirmed to be ELPKGR/GLF, indicating they are LPAIVs. There were no amino acid substitutions at the receptor-binding site of the HA gene of two H7 Korean viruses compared to that of A/Anhui/1/2013 (H7N9), which prefer human receptors. In the phylogenetic tree analysis, the HA gene of the two H7 Korean viruses shared the highest nucleotide similarity with the Korean H7 subtype AIVs. In addition, the HA gene of the two H7 Korean viruses showed high nucleotide similarity to that of the A/Jiangsu/1/2018(H7N4) virus, which is a human influenza virus originating from avian influenza virus. Most internal genes (PB2, PB1, PA, NP, NA, M, and NS) of the two H7 Korean viruses belonged to the Eurasian lineage, except for the M gene of 34X-2. This result suggests that active reassortment occurred among AIVs. In pathogenicity studies of mice, the two H7 Korean viruses replicated in the lungs of mice. In addition, the body weight of mice infected with 34X-2 decreased 7 days post-infection (dpi) and inflammation was observed in the peribronchiolar and perivascular regions of the lungs of mice. These results suggest that mammals can be infected with the two H7 Korean AIVs. Our data showed that even low pathogenic H7 AIVs may infect mammals, including humans, as confirmed by the A/Jiangsu/1/2018(H7N4) virus. Therefore, continuous monitoring and pathogenicity assessment of AIVs, even of LPAIVs, are required.     

2007--2008年上海市H9N2亚型禽流感病毒的遗传演化

目的对分离自上海活禽批发市场的11株H9N2亚型AIV（2007年5株、2008年6株）进行了PB2,PBl,HA,NP和NA的测序,以阐明2007年至2008年上海地区H9N2亚型禽流感病毒分离株的遗传变异及分子特征。方法采集鸡气管和泄殖腔样品,将H9亚型荧光RT—PCR试剂盒检测的阳性样品处理后,经鸡胚尿囊腔接种分离病毒,HI进一步确定HA亚型,通过RT-PCR方法分别扩增了这11个毒株的PB2,PBl,HA,NP和NA并进行了序列测定。结果对HA基因进行遗传发生关系分析,这11株分离株均属于Ck／Bei／1／94系。这11个毒株的5个片段的组成有两种方式。结论上海活禽批发市场的1l株H9N2亚型AIV毒株中已包含了H5的片段,所以在今后的工作中加强H9N2亚型禽流感流行病学监测是非常必要的。     

Genetic Characterization and Pathogenesis of Avian Influenza Virus H7N3 Isolated from Spot-Billed Ducks in South Korea,Early 2019

Low-pathogenicity avian influenza viruses (LPAIV) introduced by migratory birds circulate in wild birds and can be transmitted to poultry. These viruses can mutate to become highly pathogenic avian influenza viruses causing severe disease and death in poultry. In March 2019, an H7N3 avian influenza virus—A/Spot-billed duck/South Korea/WKU2019-1/2019 (H7N3)—was isolated from spot-billed ducks in South Korea. This study aimed to evaluate the phylogenetic and mutational analysis of this isolate. Molecular analysis revealed that the genes for HA (hemagglutinin) and NA (neuraminidase) of this strain belonged to the Central Asian lineage, whereas genes for other internal proteins such as polymerase basic protein 1 (PB1), PB2, nucleoprotein, polymerase acidic protein, matrix protein, and non-structural protein belonged to that of the Korean lineage. In addition, a monobasic amino acid (PQIEPR/GLF) at the HA cleavage site, and the non-deletion of the stalk region in the NA gene indicated that this isolate was a typical LPAIV. Nucleotide sequence similarity analysis of HA revealed that the highest homology (99.51%) of this isolate is to that of A/common teal/Shanghai/CM1216/2017 (H7N7), and amino acid sequence of NA (99.48%) was closely related to that of A/teal/Egypt/MB-D-487OP/2016 (H7N3). An in vitro propagation of the A/Spot-billed duck/South Korea/WKU2019-1/2019 (H7N3) virus showed highest (7.38 Log₁₀ TCID₅₀/mL) virus titer at 60 h post-infection, and in experimental mouse lungs, the virus was detected at six days’ post-infection. Our study characterizes genetic mutations, as well as pathogenesis in both in vitro and in vivo model of a new Korea H7N3 viruses in 2019, carrying multiple potential mutations to become highly pathogenic and develop an ability to infect humans; thus, emphasizing the need for routine surveillance of avian influenza viruses in wild birds.     

1株H6N6亚型禽流感病毒A/duck/Jiangsu/022/2009的全基因测序及遗传进化分析

目的对2009年分离自华东地区某活禽交易市场的1株国内未见报道的H6N6亚型禽流感病毒进行了全基因序列的测定,以探讨该病毒各基因片段的可能来源。方法通过常规的血清学试验确定病毒HA亚型,经RT-PCR方法扩增出各基因片段,连接到pGEM-Teasy载体上进行序列测定,利用BLAST进行序列的同源性分析,并结合GenBank中已收录的H6N6亚型流感病毒及其它相关序列进行遗传进化分析。结果 BLAST结果显示该H6N6病毒的HA基因与近年台湾分离株A/duck/Kingmen/E322/2004(H6N2)的核苷酸一致性最高(94.0%),推导的氨基酸剪切位点序列为P-Q-I-E-T-R-G,是典型低致病性禽流感病毒的特征序列;NA基因与华东地区分离株A/duck/EasternChina/160/2002(H4N6)的亲缘关系最近(核苷酸一致性91.0%);而PB1基因与荷兰2003年间分离的H7N7亚型流感病毒关系密切;PA基因则与1999-2000年间意大利分离的H7N1亚型流感病毒亲缘关系较近;NS1蛋白在第218位提前引入终止密码子致使C末端缺失13个氨基酸。结论国内首次分离到的H6N6亚型禽流感病毒的基因组构成较为复杂,但8个基因片段均属于欧亚系,与分离自北美地区的H6N6病毒的遗传距离较远,分别位于不同的进化分支。     

厦门地区低致病性禽流感病毒流行病学调查与分析

目的 了解厦门地区家禽低致病性禽流感病毒的流行情况。方法 本研究选取禽流感病毒检出率最高的冬春季节,从厦门市几家主要活禽交易市场采集家禽棉拭子及环境样品,用荧光定量PCR方法进行低致病性禽流感病毒的检测和分型鉴定。结果 从534份样品中,检测出低致病性禽流感病毒阳性216份,检出率为40.4%。本地低致病禽流感病毒的HA亚型至少6种,检出率由高到低依次为H9、H6、H11、H12、H1、H3;NA亚型至少5种,检出率由高到低依次为N2、N6、N3、N8、N9。结论 活禽交易市场家禽中存在不同亚型混合感染情况,尤其以水禽最明显,可同时检出多种亚型。提示今后厦门的疫病防控须加大对水禽的监测及交易市场的管理和消毒。     

福建省人感染H5N6禽流感病毒与外环境禽流感病毒相关性分析

目的 分析福建省外环境H5亚型禽流感病毒分布情况及与人感染H5N6禽流感的关系,为人感染禽流感的科学防治提供依据。方法 收集2013-2017年福建省外环境常规监测标本信息,进行统计分析。从数据库下载相关禽流感病毒基因序列,进行基因同源性比对和系统进化分析。结果 外环境监测结果统计分析显示:2013-2017年共采集样本4 903份,H5亚型阳性率为4.24%,且不同的网络实验室(χ²=101.033)、监测场所(χ²=45.526)、标本类型(χ²=31.751)和季节(χ²=48.174)阳性率均存在统计学差异(P<0.05)。福建省首例人感染H5N6禽流感(A/Fujian-Sanyuan/21099/2017)病毒全基因序列与6株福建省外环境H5N6病毒的同源性在85.1%~98.5%,与病家院中采集的1株加强监测外环境标本的HA和NA基因同源性分别为100.0%和99.9%。系统进化分析显示:福建省人感染H5N6病毒HA基因与加强监测的外环境H5N6病毒的进化距离最近,与其余6株距离较远,处在不同的进化分枝中,其基因源于H5N8病毒;而NA基因则与7株外环境H5N6病毒的进化距离较近,源于H5N6病毒。结论 福建省冬春季外环境中禽流感活动较为活跃,应加强活禽交易市场的卫生管理工作。福建省发现的首例人感染H5N6禽流感与外环境禽流感病毒的重配可能存在一定的相关性。