出生缺陷相关基因SLC5D1研究进展

随着全外显子测序及全基因组测序等技术的不断进步,更多的出生缺陷相关基因被发现。SLC35D1基因就是新近发现的骨骼等组织发育异常相关基因,它的诸多结构及功能尚在进一步探索之中。本文就目前对SLC35D1基因结构及功能的研究进展进行阐述。     

一例 KAT6A基因新发变异导致的智力障碍患儿的分析

目的分析1例智力障碍、语言发育滞后患儿的遗传学病因, 并为其家系提供遗传咨询及产前诊断。方法收集患儿的临床资料, 采集患儿及其家系成员的外周血样, 提取DNA, 进行全外显子组测序, 对候选变异进行Sanger测序验证, 并对高危胎儿进行产前诊断。结果患儿主要表现为智力障碍、语言发育滞后、睑下垂、斜视、畏光、多动和脾气暴躁等。全外显子组测序结果显示患儿存在KAT6A基因c.5314dupA(p.Ser1772fs*20)致病性杂合变异, 其父母均为野生型, 诊断患儿为Arboleda-Tham综合征。另外患儿还存在AIFM1基因c.56T>G(p.Leu19Trp)半合子变异, 其母亲为杂合变异, 表型正常的外祖父为半合子变异, 可排除其致病性。高危胎儿未携带KAT6A基因c.5314dupA变异。结论 KAT6A基因c.5314dupA(Ser1772fs*20)杂合变异可能是患儿的致病原因, 基因检测为该家系的遗传咨询及产前诊断提供了依据。     

一个孤独症谱系障碍核心家系 KIF1A基因错义变异及其蛋白表达和结构分析

目的:报告1个携带 KIF1A基因错义变异的孤独症谱系障碍核心家系,并分析 KIF1A基因的致病变异及其表达蛋白结构。 方法:提取患儿及其双亲外周血DNA,利用全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)技术进行测序,并应用Sanger测序法进行验证。对可疑变...     

一个非综合征型唇腭裂家系的致病基因鉴定

目的对一个非综合征型唇腭裂家系进行分子遗传学研究,探寻其致病原因。方法对该家系成员进行详细的体格检查和既往史调查,排除综合征型唇腭裂。对该家系1例患儿的基因组DNA进行全外显子组测序及生物信息学分析。筛查到候选致病基因突变位点后,采用Sanger测序对该家系成员及100名健康对照个体进行共分离分析和人群验证分析。结果全外显子组测序及疾病共分离分析显示,该家系患者IRF6基因第4外显子存在c.253A>G(p.Cys85Arg)变异,且该突变未在健康对照个体中检出,文献尚未见报道。结论IRF6基因第4外显子c.253A>G错义变异是导致该家系发病的原因。     

SMC1A基因新变异导致新生儿德朗热综合征一例CSCD

目的分析一例临床表现疑似德朗热综合征的男性患儿的遗传学病因。方法采集患儿的外周血样进行染色体核型分析,基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)检测及全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)检测。同时采集其父母外周血样,对患儿核型、基因组拷贝数、全外显子异常的疑似致病性变异行家系验证。结果患儿临床表现为发育落后、小头畸形、上睑下垂、小颌畸形、低耳位,临床诊断为疑似德朗热综合征(Cornelia de Lange syndrome,CdLS)。其染色体核型分析及CNV-seq检测结果未见异常,全外显子组测序检测显示存在5个杂合变异和1个X染色体半合子变异。根据遗传模式和家系验证结果,SMC1A基因c.3500T>C(p.Ile1167Thr)半合子变异为患儿临床表现的遗传学病因。该变异在dbSNP数据库及gnomAD数据库中未见收录,PolyPhen2,PROVEAN,SIFT软件预测为有害变异,PhastCons保守性预测为保守。ACMG变异分类标准证据支持为PM2、PP2和PP3。结论新发现的SMC1A基因c.3500T>C(p.I1167T)错义变异为患儿临床表现的遗传学病因,该患儿为CdLS综合征Ⅱ型(温和型)。本研究的结果丰富了CdLS综合征Ⅱ型的变异谱,为临床咨询提供了数据支持。     

一个葡萄糖转运体1缺乏综合征家系的临床表型及SLC2A1基因变异分析CSCD

目的分析一个葡萄糖转运体1缺乏综合征(glucose transporter type 1 deficiency syndrome,GLUT1-DS)家系的临床表型,并对其SLC2A1基因进行变异检测和遗传特征分析。方法收集1例因运动语言发育落后就诊患儿及其家庭成员的临床资料,并采集外周血样,提取DNA,进行医学全外显子高通量测序分析,并对其父母和姐姐进行Sanger测序验证,确定变异位点,分析其与表型的对应关系。结果患儿及母亲、姐姐有共同的临床表现,包括智力运动发育落后、运动耐受差、易疲劳、阵发性肌张力障碍;不同的是患儿及母亲存在小头畸形、癫痫发作,而姐姐无此表现。家系中患病者均存在SLC2A1 c.191T>C(p.L64P)变异位点,1号染色体43396801位置发生了杂合错义变异,既往未见报道。结论患儿及其母亲、姐姐所具有的SLC2A1 c.191T>C(p.L64P)杂合错义变异,是造成语言运动发育落后、癫痫发作及阵发性肌张力障碍、智力低下等的原因。共同的SLC2A1基因变异位点,临床表型却不尽相同,反映了GLUT1-DS的遗传和表型多样性。新的基因变异位点的检出丰富了GLUT1-DS基因的变异谱。     

两个Coffin-Siris综合征家系的 ARID1B基因变异分析

目的:通过对两个Coffin-Siris综合征家系先证者的临床表征及基因变异分析,揭示其可能的遗传发病机制,为家系的遗传咨询提供依据。方法:应用全外显子组测序技术对两例先证者进行致病原因筛查,结合临床表型确定可能致病的候选基因,用Sanger测序法对先证者及其家系成员进行变异验证。结果:WES检测结果显示家系1先证者 ...     

SCN8A基因变异致癫痫5例患儿的临床特征及遗传学分析

目的探讨5例SCN8A基因变异所致癫痫患儿的临床及遗传学特点。方法收集2015年8月至2022年8月在临沂市人民医院拟诊为遗传性癫痫患儿的临床资料, 对其进行家系全外显子组测序, 对候选变异进行Sanger测序家系验证。结果共筛选出5例(4男1女)携带SCN8A变异的患儿。患儿1具有良性家族性婴儿癫痫, 携带遗传自父亲(具有相似表型)的c.4840A>G变异, 为已报道致病性变异。患儿2～4为中间型癫痫。患儿2携带c.3967G>A新发变异, 根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南评级为致病性变异(PS1+PS2+PM1+PM2_Supporting+PP3), 患儿3携带c.415A>T变异, 患儿4携带c.4697C>T新发变异, 均评级为可能致病性变异(PS2+PM1+PM2_Supporting+PP3)。患儿5具有早期婴儿癫痫性脑病, 之后转变为类Lennox-Gastaut综合征, 携带c.5615G>A新发变异, 为已报道致病性变异。5例患儿的首次发病年龄为2 ～ 14个月, 均存在局灶性...     

HNRNPK基因新发变异导致新生儿Au-Kline综合征1例的临床特征与遗传学分析

目的探讨1例Au-Kline综合征(AKS)新生儿的临床表型与基因特征。方法回顾性分析2021年1月收治入安徽医科大学附属省儿童医院的1例AKS患儿的临床资料及基因变异信息, 并以Au-Kline syndromeAu-Kline综合症HNRNPKAKS为关键词进行检索, 分别检索2000年1月1日至2020年12月31日的万方数据、中国知网、PubMed数据库的相关文献, 总结分析该病临床特点及遗传学特征。结果本例患儿为男性, 临床表现为喂养困难、肌张力低下、上颚缺如至悬雍垂处及特殊面容, 家系全外显子组测序检测结果提示该例患儿HNRNPK基因发生移码变异c.478dupA(p.Ile160AsnfsTer7)。Sanger测序显示该例患儿的父母未见异常, 可能为新发变异。查阅数据库未见该变异有收录, 根据美国医学遗传学与基因组学学会变异评级指南评级为致病性(PVS1+PS2+PM2_Supporting)。通过文献检索, 纳入研究AKS患儿14例, 均为HNRNPK基因新发变异, 临床表现均有生长发育迟缓、运动发育迟缓及不同程度智力障碍等, 具有...     

CHAMP1基因变异所致常染色体显性智力障碍40型患儿1例的分析

目的探讨1例CHAMP1基因变异所致常染色体显性智力障碍40型(MRD40)患儿的临床表型和遗传学特征。方法选取2019年10月至2020年9月于郑州大学第一附属医院就诊的1例MRD40型患儿为研究对象。采集患儿的临床资料, 用低深度高通量全基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)和全外显子组测序(WES)对其进行遗传学分析, 并回顾文献报道的CHAMP1基因变异所致MRD40病例的临床表型和遗传学特征。结果患儿, 女, 11月龄, 表现为全面发育迟缓合并特殊面容。CNV-seq检测未见异常, WES结果提示其携带CHAMP1基因c.1908C>G(p.Y636*)新发杂合变异。连同12篇文献报道的33例患儿, 除发育迟缓、智力障碍外, 大多存在肌张力减退(94.1%)、说话和/或行走时间延迟(85.2%, 82.4%)及眼部异常(79.4%)。共检出CHAMP1基因变异26个, 大多为功能缺失变异, 位于第3外显子且为新发。结论 CHAMP1基因c.1908C>G(p.Y636*)杂合变异可能是本例患儿的致病原因。对于全面发育迟缓/智力障碍、肌张力减退伴特殊面容的患儿, 应...     

RRM2B基因复合杂合变异导致的线粒体耗竭综合征家系的临床特征和遗传学分析

目的:探讨1个线粒体DNA耗竭综合征8A型家系的临床特点和致病基因。方法:对患儿进行全外显子测序筛查潜在的基因变异,Sanger测序进行家系验证,并用PolyPhen-2与PROVEAN软件预测氨基酸变异对蛋白功能的影响。结果:患儿,女,2个月4天,临床表现为喂养困难、呼吸急促、肌张力低下等,实验室辅助检查提示患儿发育...     

1例COL2A1基因新发变异致胎儿短肢畸形的遗传学分析

目的 对1例超声提示短肢畸形的引产胎儿进行基因测序分析,明确其遗传学病因。方法 提取引产胎儿肌肉组织基因组DNA,进行全基因组拷贝数变异检测和全外显子组测序分析,对检测到的可疑位点用Sanger测序进行验证,根据基于ACMG/AMP和ClinGen框架的遗传变异解读规则判断致病性。结果 引产胎儿的COL2A1基因存在c.3604＿3606del杂合变异,父母均为野生型,该变异为新发变异,判定为“可疑致病”。结论 COL2A1基因的c.3604＿3606del杂合变异为与胎儿短肢畸形相关的全新突变,该变异丰富了COL2A1基因变异谱。     

一个Usher综合征Ⅰ型家系的临床表型分析及基因诊断

目的筛查一个Usher综合征Ⅰ型家系的致病变异位点,分析其基因型-表型对应关系。方法详细采集先证者的临床表型及家族史,应用高通量测序技术对先证者进行全外显子组检测。应用Sanger测序对疑似致病变异以及家系其他成员的携带情况进行验证。结果先证者10岁时出现夜盲、白内障等症状,之后发生视网膜变性,并随年龄增加出现耳聋症状。高通量测序及Sanger测序提示其携带MYO7A基因c.2694+2T>G及c.6028G>A复合杂合变异。其姐携带相同的变异位点,且表型与先证者相似。先证者女儿携带MYO7A基因c.6028G>A杂合变异,表型无异常。结论明确了一个Usher综合征Ⅰ型家系的遗传学病因,并丰富了该病的表型与基因型数据库,为遗传咨询提供了依据。     

IRF6基因变异所致van der Woude综合征一个家系的遗传学分析

目的探讨1个van der Woude综合征(VWS)家系的遗传学特征, 并为其提供生育指导。方法选取2020年5月因"2次唇腭裂儿妊娠史"在南京鼓楼医院就诊的1例先证者及其家系成员为研究对象。应用家系全外显子组测序(trio-WES)对先证者及其父母进行致病变异筛选, 针对候选致病变异进行Sanger测序家系验证(4代共8人)和生物信息学分析。对该家系中的胎儿进行染色体微阵列分析(CMA)以排除拷贝数变异。结果 Trio-WES发现先证者及其父亲携带IRF6: c.742G>T(p.G248C)杂合变异, 其母亲该位点为野生型。该变异为错义变异, 位于重要的蛋白质功能结构区, 在正常参考人群基因数据库中未见报道, 多种软件预测该变异影响蛋白质结构/功能的可能性较大, 与该家系中患者特异性表型高度相关, 且Sanger测序结果显示家系中8名成员(包括3名患者)的基因型与表型共分离。依据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南, 评估为可能致病性变异(PM1+PM2_Supporting+PP1+PP3+PP4)。据此结果对先证者进行植入前遗传学诊断, ...     

ACAD8基因新突变导致异丁酰辅酶A脱氢酶缺乏症的遗传学分析

目的 对一个新生儿代谢筛查异常患儿进行遗传学病因分析和遗传咨询。方法 采集患儿及父母外周血,经DNA提取后进行先证者单人全外显子组测序,根据ACMG指南筛选出致病性位点并通过Sanger测序验证父母来源。结果 全外结果发现患儿携带ACAD8基因c.302C>T(p.S101L)和c.712del(p.W238Gfs*9),均为杂合变异,父母分别为杂合变异携带者。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南进行变异致病性评级,这两个变异均为疑似致病性变异,其致病性均为首次报道。基因ACAD8突变会导致常染色体隐性遗传疾病异丁酰辅酶A脱氢酶缺乏症（IBDD）。该患儿无特异性临床表现,随访至20月龄生长发育正常,亦未见异常。结论 我们在IBDD患者中发现了ACAD8基因两个新突变c.302C>T(p.S101L)和c.712del(p.W238Gfs*9),丰富了人类ACAD8基因的致病性突变谱,从而有助于了解IBDD患者的遗传背景。同时为了进一步描述该遗传代谢病的临床表型,长期随访和监测是十分必要的。     

一例 UBR1基因新变异所致Johanson-Blizzard综合征患儿的分析

目的对一例表现为发育迟缓、营养不良及特殊面容的患儿进行临床检查和遗传学分析。方法收集患儿的临床资料, 对患儿及其父母进行家系全外显子组测序, 对候选变异用Sanger测序进行验证。结果患儿具有特殊面容, 包括鼻翼发育不全、头皮缺损和牙齿畸形, 并有胰腺外分泌不足导致的反复腹泻。基因测序显示患儿携带UBR1基因c.3167C>G(p.S1056X)和c.1911+14C>G复合杂合变异, 分别遗传自其父亲和母亲。生物信息学分析显示c.3167C>G为无义变异, 既往未见报道;c.1911+14C>G为已知剪接变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会相关指南, 两个变异分别判断为致病和疑似致病变异。结论患儿被确诊为UBR1基因复合杂合变异导致的Johanson-Blizzard综合征。新发现的变异扩展了UBR1基因的变异谱, 并为该家系的遗传咨询及再生育指导提供了依据。     

SLC12A3基因新变异致Gitelman综合征一例报道CSCD

目的对1例低钾血症的患儿进行临床和基因分析,以明确诊断和遗传学病因。方法收集1例15岁低钾血症患儿的临床资料和血样,行内分泌系统遗传病相关基因检测,确定SLC12A3基因的疑似致病变异后,对其他家系成员进行相应位点的验证。结果患儿实验室检查提示血钾低,血镁低,24小时尿钾高,肾素、血管紧张素高,患儿基因检测结果:SLC12A3基因位点c.179C>T(p.Thr60Met)和c.1379G>C(p.Gly460Ala)杂合变异,母亲及妹妹为c.179C>T(p.Thr60Met)变异基因的携带者,父亲及弟弟则为c.1379G>C(p.Gly460Ala)变异基因的携带者。结论低钾血症时应注意Gitelman综合征,基因检测有助于明确诊断。该患儿诊断为Gitelman综合征患者,c.1379G>C(p.Gly460Ala)为SLC12A3基因上新的致病等位基因。     

一个结节性硬化症家系的临床特征及基因突变分析

目的分析一个中国人结节性硬化症家系的临床特征,并探讨其发病的分子机制。方法收集先证者及其家系成员的临床资料,采用全外显子组测序技术对先证者外周血DNA的TSC1和TSC2基因变异进行鉴定。经生物信息学分析后,对发现的潜在致病变异采用Sanger测序法对父母进行验证。结果先证者及其母亲均携带TSC2基因新的c.4183C>T(p.Q1395X)杂合变异,生物信息学分析提示该变异为潜在的致病变异。先证者母亲同样诊断为结节性硬化症,但症状轻于患者。另外4名未患病的家系成员未发现上述突变。结论TSC2基因新的c.4183C>T(p.Q1395X)杂合变异可能是该家系的致病原因。上述发现扩大了TSC2基因的突变谱。先证者症状重于其母亲考虑与表型异质性有关。     

一个17型Joubert综合征家系的表型分析及基因变异位点鉴定

目的:对1例因小脑蚓部发育不良的引产胎儿进行临床表型分析及基因检测,为该家系的遗传咨询提供依据。方法:详细询问妊娠情况及家族史。采集引产胎儿组织及其父母的静脉血样,提取基因组DNA,进行全外显子组测序,筛查与胎儿临床表型相关的变异并进行Sanger测序验证。结果:孕期超声提示胎儿小脑蚓部发育不良。该孕妇第一胎亦因小脑蚓...     

一例ASXL1基因变异致Bohring-Opitz综合征患儿的分析

目的 分析1例Bohring-Opitz综合征（BOS）患儿的临床特征及ASXL1基因突变情况,明确其遗传学病因。方法 收集患儿的临床资料,采集患儿及父母的外周血,提取基因组DNA行家系全外显子组测序（WES）,对候选可疑致病性变异进行生物信息学分析及Sanger测序验证。针对检出的致病变异,对该家系行羊水产前诊断。结果 先证者,女,8岁,临床主要表现为全面性发育迟缓、重度智力障碍、小头畸形、额头鲜红斑痣、毛发浓密、肘和膝关节挛缩、宫内发育迟缓（IUGR）。家系WES提示先证者ASXL1基因c.4243C>T杂合突变（NM＿015338.5）,导致提前引入终止密码子（p.R1415*）。Sanger测序确证先证者存在c.4243C>T杂合变异,其父母均为c.4243C野生型。根据美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）指南并结合临床表现,推测ASXL1基因c.4243C>T变异为致病性变异（PVS1＿Moderate+PS2＿Moderate+PM2＿Supporting）,可导致BOS。随后进一步为先证者的再孕母亲进行羊水产前诊断,结果提示胎儿不携带该致病变异,随访...