2006-2010年埃可病毒11型四川分离株的基因特征分析

目的 了解埃可病毒11型(Echovirus 11,E11)四川分离株的基因特征。 方法 对2006-2010年四川省急性弛缓性麻痹(Acute Flaccid Paralysis,AFP)病例中分离到的9株E11进行全VP1区逆转录-聚合酶链(RT-PCR)反应扩增和核苷酸序列测定,构建遗传进化树进行基因特征分析。 结果 9株E11四川分离株之间核苷酸同源性为85.9%～96.0%,氨基酸同源性为96.0%～98.6%;与Gregory原型株之间的核苷酸同源性为77.6%～79.7%,氨基酸同源性为91.4%～93.1%。9株E11均为A基因型,其中8株为A6基因亚型,1株为A5基因亚型。 结论 2006-2010年E11四川分离株为A5和A6基因亚型,其中以A6基因亚型为主。     

2018-2021年云南省手足口病病例柯萨奇病毒A4型流行株基因特征

目的 分析云南省手足口病(Hand, foot and mouth disease, HFMD)病例柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)分离株基因特征。方法 在云南省7个市州采集2018-2021年HFMD病例粪便标本,进行肠道病毒RNA提取、VP1区基因扩增、序列测定和基因型别鉴定;构建CVA4分离株与基因库中参考株系统进化树,分析核苷酸和氨基酸相似性。结果 从28 565例HFMD病例粪便标本中获得13株CVA4,其中2018年1株、2019年1株、2020年6株、2021年5株;C2基因亚型11株、C4基因亚型2株。C4和C2基因亚型之间核苷酸、氨基酸平均相似性分别为85.77%、93.27%;与原型株HighPoint相比,C2基因亚型核苷酸、氨基酸平均相似性分别为84.51%、93.27%,C4基因亚型分别为84.44%、93.78%。结论 2018-2021年云南省HFMD病例CVA4的优势流行株为C2基因亚型;需继续加强CVA4分子流行病学监测。     

一株埃可病毒25型河南分离株全基因特征分析

埃可病毒25型(Echo25)是一种常见的肠道病毒,2008年河南省从病毒性脑炎患者脑脊液中分离出4株Echo25.鉴于目前除原型株JV-4外,尚未有Echo25全基因序列的测定,为了解其基因特征,本研究对其中1株进行全基因组序列测定.     

2006-2020年四川省急性弛缓性麻痹病例埃可病毒的基因特征分析

目的 了解四川省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例感染的不同型别埃可病毒的时间及地区分布,以及优势型别的基因特征.方法 使用细胞培养法对2006-2020年四川省5 089份AFP病例粪便标本进行病毒分离,并对分离的埃可病毒毒株进行VP1基因核苷酸序列测定及分析.结果 分离到7...     

云南省2009年埃可病毒6型分离株KM57-09全基因序列分析

目的 对云南埃可病毒6型(Echo6)分离株KM57-09全基因序列进行分析和研究,了解其遗传特性.方法 设计针对Echo6引物,提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列.利用Mega 5.05、RDP 3和SimPlot 3.5.1等生物学软件分析全基因序列.结果 获得KM57-09全基因组核苷酸序列长度为7419 bp,编码含2191个氨基酸残基的多聚蛋白;与其他Echo6参考株核苷酸和氨基酸同源性分别为79.3％ ～ 80.2％和93.3％～ 94.4％,与原型株D' Amor核苷酸和氨基酸同源性分别为79.3％和93 6％.在基因组各个区段上,Echo6KM57-09分离株的2C和3A区,与HN-2-E25核苷酸同源性最高,分别为86.3％和85.0％,而其5'UTR、VP4、3D和3'UTR区则与CoxB5-Henan-2010核苷酸同源性最高,分别为91.7％、81.2％、89.7％和96.9％.在VP1区上,与中国其他省份分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为80.0％～96.0％和95.8％～ 99.0％,而与其他国家分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为77.6％ ～ 96.0％和95.2％ ～ 99.0％.进化分析发现Echo6可分为5个分支,中国分离株分属C和E分支,其中KM57 09属于E分支,且5个分支之间核苷酸的差异为15.6％ ～23.3％.3D基因序列种系进化分析以及RDP3和SimPlot 3.5.1软件分析发现KM57-09序列在非结构区可能存在重组.结论 Echo6可分为5个基因型,KM57- 09分离株属于E基因型;中国大陆曾存在不同 Echo6株传播链的流行.     

2014年盐城市盐都区肠道埃可病毒18型病毒性脑炎疫情调查

目的了解2014年春夏季盐城市盐都区病毒性脑炎流行病学及病原学特点,探讨防制对策。方法回顾性调查分析225例病毒性脑炎患儿的流行病学资料和临床资料。结果盐城市盐都区2014年春夏季共报告225例病毒性脑炎病例,疫情始于4月,6月为高峰,终于7月;病例多为15岁儿童,4~9岁患者占发病总数的74.22%;报告暴发疫情1起,4所幼儿园发生聚集性疫情,其余病例呈高度散发状态。采集13份患者脑脊液、肛、咽拭子标本,埃可病毒18型肠道病毒阳性9份。结论 2014年春夏季盐城市盐都区病毒性脑炎的流行主要由肠道病毒埃可18型引起。应加强对医疗机构临床严重不良病例/事件监测预警和防控工作。     

2011年郴州市手足口病病原学及EV71型分离株基因特性研究

目的了解2011年郴州市手足口病病原学特征及EV71型分离株基因特性,为郴州地区手足口病防治工作提供依据。方法收集郴州市手足口病临床诊断病例的咽拭子或肛拭子、粪便标本,采用实时荧光PCR法检测EV71、CA16和其他肠道病毒核酸。随机挑选55份EV71阳性的标本进行RD细胞分离,10株分离株用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增EV71的VP1片段,并作基因测序和序列分子系统发生树分析。结果 2011年郴州市共报告手足口病例5 128例,发病有两个高峰,分别是5-7月和11-12月。病原学检测提示,2011年检测手足口病标本574例,发病年龄以1～3岁儿童为主,男性是女性的2.04倍,检出阳性标本461份,其中EV71占30.15%,CA16占31.89%,EV71和CA16同时阳性占0.65%,其他肠道病毒占37.31%;三种型别病毒分布在病例发病时间、发病年龄和地域上有所不同(P<0.001);重症病例25例,18例检出EV71病毒核酸,死亡病例6例均为EV71病毒感染;采用实时荧光PCR法随机检测68份其他肠道病毒,其中23份CA6、8份CA10,CA6和CA10占其他EV的45.59%。10株EV71分离株基因测序均为C4a亚型,重症和普通病例EV71的VP1基因序列差异较小。结论手足口病的发病存在明显季节、地区、性别、年龄差异,EV71是2011年郴州市引起手足口病重症和死亡病例的主要毒株类型,要开展对EV71型病毒的深入研究,同时也要关注非EV71和非CA16病毒的流行趋势,以防范其快速传播。     

2010年致白城市手足口病流行的肠道病毒71型基因特征

目的分析2010年致白城市手足口病流行的肠道病毒71型基因特征。方法对2010年白城市6株EV71分离株VP1编码区基因全长逆转录-聚合酶链反应扩增后进行序列测定,使用Bioedit软件和MEGA 4.0软件进行同源性、基因亲缘关系分析。结果白城市2010年的6株EV71分离株均属于C4a基因亚型,6株白城分离株间的核苷酸同源性为98.6%～100.0%,并形成2个传播链,传播链1的白城4株病毒与吉林省2010年流行株代表株JL-HFM-10-5病毒亲缘关系最近,核苷酸同源性99.7%～100.0%,传播链2的2株白城流行株与2008年的阜阳流行株和2009年的2株吉林省流行株亲缘关系最近,核苷酸同源性99.3%～99.4%。结论 2010年白城市至少有两个EV71传播链致手足口病流行,传播链1的病毒在吉林省内和白城部分县区循环传播导致手足口病的流行;传播链2的病毒已经在国内传播较长时间,提示EV71病毒跨地域迅速而广泛传播特点。     

深圳市龙岗区1起埃可病毒18型引起的胃肠炎暴发分析

目的分析深圳市龙岗区埃可病毒18型引起的胃肠炎暴发疫情,为埃可病毒感染的防治工作提供科学依据。方法采用横断面研究方法了解病例发生情况及可疑传播途径,收集病例样本进行实验室检测。结果本次疫情从2019年4月19日开始至4月26日结束,持续8天,共发生病例26例,罹患率为21.14%。病例首发在小四班,且以小四班为主,占73.08%。病例的主要症状为发热(100.0%)、呕吐(84.6%)、腹痛(50.0%),大多数患者病情较轻。18份疑似患者肛拭子标本中,检出15份肠道病毒通用阳性,扩增测序得到11份埃可病毒VP1区,其中有8份为埃可病毒18型,发现其核苷酸同源性为96.6%～100.0%,基因序列未见插入或缺失,而引起本次暴发的埃可病毒18型与2015年中国山东省埃可病毒E18型分离株E18-SD15-ZZ128/SD/CHN/2015(GenBank:MG720254)同源性最高(95.80%～96.06%),亲缘关系最近。结论本次胃肠炎暴发疫情是由埃可病毒18型引起的,今后应加强对幼儿园埃可病毒感染的病原学监测和防控工作。     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.