青少年肾阳虚体质差异表达基因的筛选研究

目的利用基因芯片技术筛选、分析青少年肾阳虚体质者外周血白细胞的差异表达基因,从基因水平探究青少年肾阳虚体质的内在机理。方法通过针对性调查,对154例16~24岁青少年进行问卷调查,筛选典型的青少年肾阳虚体质者。利用体外转录方法,将青少年肾阳虚体质组与同年龄段正常体质组外周血白细胞mRNA,合成为标记有不同荧光的cDNA探针,运用杂交互补原理筛选差异表达基因。结果共筛选出127条符合筛选标准的差异表达基因,其中63条呈上调表达,64条呈下调表达。结论与青少年肾阳虚体质相关的基因表达涉及到免疫相关、细胞周期蛋白、原癌基因和抑癌基因、代谢、离子通道和运输蛋白、细胞骨架和运动、DNA结合、转录和转录因子、细胞受体、细胞信号和传递蛋白、蛋白翻译合成等。其中CCNH基因与PSMB7基因的表达差异最大,提示这两条基因可能与青少年肾阳虚体质密切相关。     

肺气虚证患者T淋巴细胞相关基因的表达研究

目的：通过基因芯片技术研究肺气虚证患者T淋巴细胞基因表达的差异。方法：采集肺气虚证和肺阴虚证患者、正常人的外周血作为实验血样和对照血样。采用Fieoll技术分离外周血淋巴细胞、流式细胞仪分选并纯化T淋巴细胞，一步法提取总RNA，逆转录合成双链cDNA，体外转录合成生物素标记的cRNA，片断化后，采用人类全基因表达谱芯片进行芯片杂交，扫描后筛选出差异表达基因。结果：肺气虚证患者／正常人外周血T淋巴细胞相关差异表达基因45条，其中上调41条，下调4条；肺气虚证／肺阴虚证患者外周血T淋巴细胞相关差异表达基因43条，其中上调27条，下调16条；肺气虚证组／肺阴虚证组、正常人组均高表达的差异基因15条。结论：基因芯片技术能有效地研究中医证的基因表达谱，筛查出肺气虚证患者T淋巴细胞相关差异表达基因。     

用基因芯片技术研究青少年肾阳虚体质差异表达基因

利用基因芯片技术筛选、分析青少年肾阳虚体质者外周血白细胞的差异表达基因，从基因水平初步探究青少年肾阳虚体质的机理。利用体外转录方法，将青少年肾阳虚体质组与同年龄段的正常体质组外周血白细胞mRNA合成为标记有不同荧光的cDNA探针，运用杂交互补原理筛选差异表达基因。结果：共筛选出127条符合标准的差异表达基因，其中63条呈上调表达，64条呈下调表达。提示：与青少年肾阳虚体质相关的基因表达涉及到免疫相：关、发育相关、细胞生长、细胞受体、细胞信号和传递蛋白、蛋白翻译合成等。     

慢性阻塞性肺疾病肺气虚证和肺阴虚证患者T淋巴细胞相关基因表达对比研究

目的利用基因芯片研究慢性阻塞性肺疾病(COPD)肺气虚证和肺阴虚证患者T淋巴细胞基因表达的差异。方法采集肺气虚证、肺阴虚证患者和健康人的外周血作为实验血样和对照血样。用Ficoll技术分离外周血淋巴细胞,用分选式流式细胞仪分选并纯化T淋巴细胞,并采用一步法提取总RNA,逆转录合成双链cDNA后,体外转录合成生物素标记的cRNA,片断化后,采用人类全基因表达谱芯片进行芯片杂交,扫描后筛选出差异表达基因。结果肺气虚证患者/健康人外周血T淋巴细胞相关差异表达基因45条,其中上调41条,下调4条;肺阴虚证患者外周血T淋巴细胞相关差异表达基因32条,其中上调19条,下调13条;肺气虚证组/健康人组和肺阴虚证组/健康人组均高表达的差异基因5条。结论基因芯片技术能有效地研究基因的表达谱,筛查出COPD肺气虚证、肺阴虚证患者T淋巴细胞相关差异基因。     

青少年肾阳虚体质差异表达基因的筛选研究探析

目的:利用基因芯片技术筛选、分析青少年肾阳虚体质者外周血白细胞的差异表达基因,从基因水平初步探究青少年肾阳虚体质的形成机理.方法:利用体外转录方法,将青少年肾阳虚体质组与同年龄段的正常体质组外周血白细胞mRNA合成为标记有不同荧光的cDNA探针,运用杂交互补原理筛选差异表达基因.结果:共筛选出127条符合标准的差异表达基因,其中63条呈上调表达,64条呈下调表达.结论:与青少年肾阳虚体质相关的基因表达涉及到免疫相关、发育相关、细胞生长、细胞受体、细胞信号和传递蛋白、蛋白翻译合成等.其中,CCNH基因与PSMB7基因的表达差异最大,提示这两条基因可能与青少年肾阳虚体质密切相关.     

青少年肾阳虚体质差异表达基因研究

目的:利用基因芯片技术筛选、分析青少年肾阳虚体质者外周血白细胞的差异表达基因,从基因水平初步探究青少年肾阳虚体质的机理。方法:利用体外转录方法,将青少年肾阳虚体质组与同年龄段的正常体质组外周血白细胞mRNA合成为标记有不同荧光的cDNA探针,运用杂交互补原理筛选差异表达基因。结果:共筛选出127条符合标准的差异表达基因,63条呈上调表达,64条呈下调表达。提示:与青少年肾阳虚体质相关的基因表达涉及到免疫相关、发育相关、细胞生长、细胞受体、细胞信号和传递蛋白、蛋白翻译合成等。其中,PSMB7基因及CXCR4基因的表达差异均较明显,提示这两条基因可能与青少年肾阳虚体质密切相关。     

黄芩苷对局灶性脑缺血大鼠脑组织基因表达谱的影响

目的 :研究黄芩苷对局灶性脑缺血大鼠脑组织基因表达谱的影响 ,探索黄芩苷治疗脑缺血的药理作用机制。方法 :分别从假手术组、局灶性脑缺血组、黄芩苷治疗组SD大鼠的脑组织中抽提总RNA ,Cy3 ,Cy5荧光标记 ,反转录分别合成cDNA探针后 ,与含有 4096条大鼠基因的BioStar基因表达谱芯片杂交 ,AxonGenepix 40 0 0B扫描仪扫描 ,GenePixPro 3 .0软件分析表达信号。结果 :大鼠局灶性脑缺血组差异表达的基因有 211条 ,其中 12条基因上调 ,199条基因下调。黄芩苷治疗后差异表达的基因有 177条 ,其中有 89条基因上调 ,而 88条基因下调。进一步分析发现 ,1个在模型组下调的基因经黄芩苷治疗后上调 ,3个在模型组上调的基因经黄芩苷治疗后下调 ,3个在模型组上调的基因经黄芩苷治疗后表达进一步增强。结论 :在基因组水平上黄芩苷可能通过多基因 ,多途径调节大鼠脑缺血基因表达谱而发挥药理作用。     

竹节参处理下嗜热四膜虫基因表达变化分析

竹节参是中国传统中药材,其活性成分对细胞损伤、衰老,细胞凋亡都有一定的药理活性。为了明确其药用机制和参与的代谢通路,该实验利用高通量转录组测序技术,对竹节参作用后嗜热四膜虫的基因表达情况进行了分析。基于转录组分析,对照组中共鉴定到3 544个差异表达基因,其中1 945个基因表达上调,1 599个基因表达下调,实验组共鉴定到3 312个差异表达基因,其中1 493个基因表达上调,1 819个基因表达下调。GO富集结果发现,对照组中细胞内一系列基本生命过程下调,如DNA复制、蛋白质合成,而细胞内信号转导过程和脂肪酸氧化过程加强;实验组中,下调基因主要富集在氧化还原、辅因子代谢和维生素代谢过程;上调基因参与了信号转导和蛋白修饰过程。利用KEGG数据库分析竹节参作用下的基因参与的通路发现,细胞自噬过程受抑制,而细胞周期过程加强。运用RT-qPCR技术检测了相关代谢通路中6个上调基因和4个下调基因的表达差异,并与转录组数据进行了相关性分析,二者结果一致。该研究为进一步探讨竹节参作用下细胞生长调控的药理机制提供了重要的方向和依据。     

大黄素对人高转移卵巢癌细胞中癌相关基因表达的影响

目的探讨大黄素对人高转移卵巢癌抗肿瘤的可能作用机制。方法应用肿瘤基因芯片检测大黄素(40μmol/L)对人高转移卵巢癌HO-8910PM细胞中癌相关基因表达的影响,并且实时定量PCR和Western blotting进行验证。结果共筛选出表达差异基因69个,其中33个基因表达水平上调,36个基因表达水平下调,涉及细胞凋亡、细胞周期、细胞生长与分化、细胞运动、信号转导、基因转录和细胞代谢等7大类相关基因。结论基因芯片结果提示大黄素抗肿瘤作用可能与转化生长因子-β(TGF-β)信号转导通路密切相关。     

用基因芯片筛选针刺衰老大鼠涌泉穴的318个差异基因初报

目的：应用基因芯片研究针刺涌泉穴对D－半乳糖所致衰老大鼠基因表达的影响。方法：将成年健康大鼠机分为模型组与针刺组，两组每日皮下注射10％D－半乳糖0.5ml造模，造模的同时针刺组予以针刺涌泉穴，7周后处死，并摘取肝脏提取mRNA，作逆转录为cDNA以备检测，随机选用2305条大鼠cDNA制备成表达谱芯片，用Cy3和Cy5两种荧光物质分别标记两组大鼠肝组织的cDNA，制备成探针与表达谱芯片进行杂交，通过计算机扫描后进行数据分析，初步筛选出了差异表达基因318条，其中表达上调的有137条，表达下调的有181条，并对其中差异最为显著的55条作了初步分析。结果：针刺涌泉穴对衰老大的基因表达的影响涉及免疫、生长发育，基础代谢和细胞骨架运动等多个方面，这从基因水平明显了针刺治疗是一整体调节作用。结论：应用基因芯片技术能够同时半定量的研究数千条基因的表达状态，可以从微观基因水平研究针刺的整体机理，并判定其分子疗效，进而提高中医的科研水平。     

扶正增效方对放射致DNA损伤与修复的影响

用“ＤＮＡ解旋荧光法”观察了扶正增效方对放射所致肿瘤细胞ＤＮＡ损伤与修复的影响，结果表明，扶正增效方可增加放射线对肿瘤细胞ＤＮＡ的损伤，并抑制其修复     

乙醇肝损伤小鼠肝脏的基因表达谱研究

 目的研究乙醇肝损伤小鼠肝组织的基因表达谱,筛选乙醇肝损伤相关基因,并探讨其肝损伤机制。方法①将实验小鼠分为正常对照组与乙醇肝损伤组,分别提取2组小鼠肝脏mRNA,经反转录后分别用Cy3,Cy5荧光标记,获得2组动物来源的cDNA探针;②cDNA探针与联合基因公司BiostarM-141S小鼠基因表达谱芯片杂交,结果由扫描仪扫描并用统计软件进行分析。结果与正常对照组相比,乙醇肝损伤组有117条基因发生差异性表达(0.83%),其中46条基因表达上调,另外71条基因表达下调。结论利用表达谱芯片结合实验动物模型能大规模、高通量地研究乙醇肝损伤相关基因,对进一步阐明乙醇对肝脏的损伤机制具有重要的意义。     

糖尿病肛瘘lncRNA芯片分析及CNC图搭建＊

目的 研究糖尿病肛瘘创面特异表达LncRNA与mRNA基因功能之间调控网络。方法 用基因芯片技术对糖尿病肛瘘创面和普通肛瘘创面组织中差异性表达的LncRNA及mRNA进行基因表达谱检测，筛选的标准为2倍差异及P < 0.05,再进行差异表达分析，然后对差异表达的mRNAs进行KEGG通路分析及Pathway Map展示，挑选出显著mRNA指标，将这些显著mRNA指标进行q-PCR验证，得到有意义的阳性指标，再将阳性指标与差异LncRNA交集得出LncRNA-mRNA共表达网络，并基于LncRNA-mRNA共表达网络挑选出不同LncRNA进行功能验证。结果 将芯片标准化后分析差异表达的长链非编码RNA和mRNA，发现上调差异有502个，下调差异有1204个；mRNA分析发现上调差异621个，下调差异505个，KEGG通路分析发现上调和下调的通路均有10条；通过分别对上调、下调最明显的通路进行Pathway Map展示，挑选出显著mRNA指标8个：BMP2、IFNB1、IL6、IL18、PIK3CB、SMAD7、SMAD9、β-actin，分别将其进行q-PCR验证，得到有意义的阳性指标个5个：BMP2、IL6、IL18、PIK3CB、SMAD7，将5个阳性指标和差异LncRNA交集得出LncRNA-mRNA共表达网络，并基于LncRNA-mRNA共表达网络挑选出不同LncRNA进行功能验证。结论 挑选出的20个LncRNA（NR_125383、T323486、ENST00000582334、TCONS_00018312、ENST00000418393、TCONS_00017190、TCONS_00019532、ENST00000601559、ENST00000566575、NR_109882、NR_026913、T301537、NR_109774、ENST00000415536、ENST00000610000、ENST00000412485、ENST00000573220、T175957、ENST00000580756、TCONS_00014747）所调控的mRNA居于LncRNA-mRNA共表达网络，其在各个领域当中均有不同程度的报道，为后续的功能和机制研究提供了方向和重点，为加速慢性难愈合和创面愈合的研究提供了新的思路，为开发促愈药物提供基础研究借鉴。     

千里光致小鼠肝损伤的基因表达谱分析

 目的在基因表达层次上探讨中药千里光对小鼠肝脏的毒性机制。方法实验小鼠分别灌胃千里光提取物15和30d后,以cDNA微阵列技术研究千里光对小鼠肝脏基因表达谱的影响,根据差异表达基因的生物学功能,探讨千里光对小鼠肝脏的毒性机制。结果千里光给药15d组小鼠相对正常对照组差异表达基因有39条,其中上调基因8条,下调基因31条,功能已知基因23条,功能未知基因16条。给药30d组小鼠差异表达基因有655条,其中上调基因337条,下调基因318条,已知功能基因213条,未知功能基因442条。两给药组共同的差异表达基因有21条,其中上调基因2条,下调基因19条。结论千里光可导致小鼠肝脏基因表达谱显著变化,且差异表达基因与其肝损伤间有高度关联性,这对阐明千里光属植物的肝损伤机制具有十分重要的作用。     

双龙方有效成分诱导干细胞分化过程中差异表达基因的筛选和聚类分析

目的：利用基因芯片筛选双龙方主要成分（人参皂苷Rbl，丹参酚酸B）诱导大鼠骨髓间充质干细胞（MSCs）分化过程中的差异表达基因，并对差异表达基因进行聚类分析，研究双龙方主要有效成分对大鼠MSCs增殖及分化的影响。方法：用含5705条大鼠基因的博奥大鼠全基因组Oligo芯片，以不同给药情况、不同时间点的细胞总RNA制备的探针杂交芯片，用LuxScan10KA双通道激光扫描仪（CapitalBio公司）进行扫描，筛选MSCs变化过程中的差异表达基因并进行生物信息分析，hierarchical聚类提取差异表达的特征基因。结果：在MSCs的分化过程中，筛选出128条（2．24％）差异表达基因，经分析发现它们与能量代谢，信号传导等多类基因密切相关，对样本进行聚类发现MSCs在20-30天之间发生了显著的改变。结论：基因芯片是研究中药作用机理的有效平台，双龙方主要成分可诱导MSCs向心肌样细胞分化。     

针灸对克罗恩病患者结肠黏膜基因表达谱的影响

目的 从基因表达谱的角度,探讨针灸治疗克罗恩病(CD)的效应机制.方法 受试者签署知情同意书进行结肠镜检查,收集CD患者和健康者结肠劲膜.采用基因芯片技术检测健康志愿者及CD患者针灸治疗前后结肠劲膜的基因表达谱,筛选出针灸治疗CD的差异表达基因,结合生物信息学方法,对差异表达的基因进行GO和Pathway分析.结果 针...     

六味地黄丸干预绝经后骨质疏松症患者基因表达谱分析

目的探讨中药六味地黄丸干预绝经后骨质疏松患者的分子机制并分析预测其靶标和药物作用通路。方法检索并下载GEO中与采用六味地黄丸干预绝经后骨质疏松症的微阵列基因表达数据集。通过获取的基因表达数据集,分析六味地黄丸干预前后绝经后骨质疏松症患者血液中差异表达基因变化,并将这部分差异表达基因与在绝经后骨质疏松症患者和正常绝经女性血液中差异表达的基因取交集,获得两对比组中共同差异表达的基因。通过基因本体论数据库(GO)对获得的共同差异表达基因分别从生物过程(BP)、分子功能(MF)和细胞组分(CC)三方面进行功能富集分析;利用京都基因和基因组百科全书数据库(KEGG)进行通路富集分析。利用生物通用交互数据集库(BioGRID)分析获得与共同差异表达基因产物互作的蛋白质,并构建蛋白质-蛋白质互作关系(PPI)网络,采用Cytoscape软件实现蛋白质-蛋白质互作关系网络的可视化。应用中医药数据库(BATMAN-TCM)对六味地黄丸主要中药成分的靶标基因进行预测。结果六味地黄丸干预后,得到1 350个差异表达基因,其中上调表达基因322个,下调表达基因1 027个。58个共同差异表达基因与六味地黄丸干预绝经后骨质疏松的分子机制相关,六味地黄丸干预后43个基因下调,15个基因上调。六味地黄丸主要中药成分的10个共同差异表达基因靶标为ESR1, FGFR2, MED1, PGR, PRKCB, PTGS1, PTGS2, TRIM24, VDR, WNT4。与六味地黄丸干预组差异表达基因对比分析,ATF2, FBXW7以及RDX基因在干预后呈现显著差异表达。结论 ATF2, FBXW7和RDX基因为参与六味地黄丸干预绝经后骨质疏松分子调控机制的关键基因。六味地黄丸主要中药成分的10个共同靶标基因中,ESR1, FGFR2, MED1, WNT4为六味地黄丸干预治疗绝经后骨质疏松等相关内分泌疾病的潜在调控基因。     

回医烙灸疗法对脊髓损伤大鼠基因表达的调节机制

目的:观察回医烙灸疗法对脊髓损伤大鼠基因表达的调节机制,探讨调节的基因与神经组织保护、修复、生长和再生的关系。方法:采用Allen's法制备大鼠脊髓损伤模型,分为假手术组(A组),损伤组(B组),烙灸组(C组),应用表达谱基因芯片对脊髓损伤大鼠的基因表达分析,筛出先上调后下调及先下调后上调的基因,并用RT-PCR对其中8条基因表达水平验证。结果:电泳结果显示提取到高纯度的RNA,质量完好,无蛋白质及DNA残留。损伤组对比假手术组出现功能已有阐述差异基因1 146个,其中上调712个,下调434个。烙灸组对比B组出现功能已有阐述差异基因5 542个,其中上调3 006个,下调2 536个。模型组对比假手术组及烙灸组对比烙灸组基因差异表达取并集,然后从中挑选出样本中先上调后下调及先下调后上调的基因,共24个基因,其中先上调后下调的13个,先下调后上调的11个。抽取部分差异表达基因Olr1528、Trim72、Serpinb3a、GAP-43、Slc5a7、LOC288521、Vegp2、Cyp2d1进行RT-PCR验证,验证结果与芯片结果相符合。结论:回医烙灸疗法对脊髓损伤大鼠基因表达具有一定的调节作用,调节的基因与神经组织保护、修复、生长和再生密切相关。