70株浙江省结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping基因分型研究

目的了解结核分枝杆菌临床分离株相关基因型的分布情况，并分析北京家族菌株与耐药的相关性。方法收集浙江省结核分枝杆菌临床分离株，常规罗氏培养基培养，应用Spoligotyping进行基因分型研究，聚类分析采用BioNumerics软件，统计学分析采用卡方检验。结果70株浙江省结核分枝杆菌临床分离株可分为2个基因群，即北京家族（Beijing family）和非北京家族（Non-Beijing family），分别占70％（49／70）和30％（21／70），18种基因型，其中12株为独特类型，剩余58株分为6簇。北京家族菌株中，89．8％（44／49）为典型北京家族（typical Beijing family），非北京家族菌株表现为高度的基因多态性，可分为13个基因型，9株为独特的基因型。北京家族菌株中表现为全敏感者71．4％（35／49），表现为耐药者为28．6％（14／49）；而非北京家族菌株中表现为全敏感者为66．7％，表现为耐药者为33．3％，经卡方检验，两者问的差异无统计学意义（X^2=0．158，P〉0．05）。结论北京家族菌株为浙江的流行优势菌株。北京基因犁与耐药无明显相关性。     

宁波市90株结核分枝杆菌临床分离株MLVA基因分型研究

目的研究宁波市结核分枝杆菌的可变数目串联重复序列(VNTR)的分型及分布特征。方法随机选取宁波市结核分枝杆菌临床分离株,常规培养,提取菌体基因组DNA,通过聚合酶链反应(PCR)对15个VNTR位点进行检测,采用BioNumerics软件进行基因分型的聚类分析。结果 90株结核分枝杆菌临床分离株的VNTR位点检测结果显示出明显的基因多态性,基因分型经聚类分析,分为4个基因群(Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群、Ⅳ群),84个基因型。Ⅰ群占11.1%,含有10个基因型,Ⅱ群占17.8%,含15个基因型,Ⅲ群占65.6%,含54个基因型,Ⅳ群占5.6%,含5个基因型。结论宁波市结核分枝杆菌VNTRs基因存在明显多态性得到初步证实,至少存在4个VNTR型,主要流行型为Ⅲ型。     

甘肃省228株结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping分型研究

目的利用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)方法对甘肃省结核分枝杆菌流行株进行分型研究,了解目前甘肃省结核分枝杆菌流行株基因型的基本情况,为甘肃省结核病防控提供分子流行病学依据。方法采用Spoligo-typing对甘肃省228株临床分离结核分枝杆菌进行基因分型,结果使用Bionumerics-5.01软件统计、分析,并与SpolDB4数据库进行比对,得出菌株分型结果。结果228株结核分枝杆菌被分为北京家族(Beijingfamily)和非北京家族(Non-Beijingfamily)2大基因群,其中北京家族基因群占88.6%(202/228)。非北京家族基因群为11.4%(26/228),228株结核分枝杆菌构成23个基因簇,其中独立基因型12个。结论北京家族基因群菌株在甘肃省结核分枝杆菌流行株中占据绝对优势地位,对该基因群菌株引发的结核病应给予密切关注并应加强对北京家族基因型菌株生物学特性研究。     

中国西北部两省区结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping分型初步分析

目的初步了解新疆和甘肃结核分枝杆菌的基因型、主要流行型及其分布特点,比较两省区之间基因型分布。方法采用随机抽样的方法挑选新疆地区结核分枝杆菌临床分离株179株,甘肃地区结核分枝杆菌临床分离株176株,采用间隔寡核苷酸分型(Spoligotyping)技术对所收集的临床分离株进行分型研究,分析我国西北部相邻的两省区结核分枝杆菌的基因型分布、主要流行型及其地区特征。结果新疆地区菌株分为47个基因型,其中28个基因型为新的型别,新疆菌株中北京家族占68.72%(123/179),其次为T家族(6.70%,12/179),H家族(3.91%,7/179)和CAS家族(2.23%,4/179);甘肃地区菌株分为29种基因型,其中10个基因型为新的型别,甘肃菌株中北京家族占86.93%(153/176),其次为T家族(4.55%,8/176),H家族(1.14%,2/176),MANU2(1.14%,2/176)和CAS(0.57%,1/176)。结论北京基因型菌株在新疆和甘肃地区均为主要流行株,但甘肃地区北京基因型菌株比例明显高于新疆地区。     

仙居县80株结核分枝杆菌临床分离株VNTR基因分型研究

目的了解仙居县结核分枝杆菌临床分离株不同基因型的分布情况,探讨该县结核病分子流行病学特征。方法收集2011年4月-2012年3月仙居县分离的80株结核分枝杆菌,采用15位点VNTR方法进行基因分型,用Bio Numerics 5.0软件对结果进行聚类分析。结果 15个VNTR位点中,MIRU26和Mtub21(HGI=0.827)多态性较高,ETRC(HGI=0.165)和ETRB(HGI=0.292)多态性较差;15位点VNTR分型方法的HGI指数为0.998。经Bio Numberics5.0软件聚类分析,可将检测到的78个基因型分为8个基因群(Ⅰ群~Ⅷ群),各群所含基因型分别为Ⅰ群7个,占8.97%;Ⅱ群8个,占10.26%;Ⅲ群43个,占55.13%;Ⅳ群5个,占6.41%;Ⅴ群2个,占2.56%;Ⅵ群7个,占8.97%;Ⅶ群4个,占5.13%;Ⅷ群2个,占2.56%。结论仙居县流行的结核分枝杆菌VNTR基因存在明显多态性,至少有8个VNTR基因群,主要流行群为Ⅲ群。     

应用Spoligotyping技术对吉林省结核分枝杆菌基因分型的研究

目的 使用间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）对吉林省333株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型。方法收集吉林省内结核分枝杆菌临床分离株，应用Spoligotyping方法进行基因分型研究。基因聚类分析采用BioNumerics软件。结果共在吉林省内收集到333株结核分枝杆菌临床分离株，可分为2个基因群，即北京家族（Beijingfamily）或称北京基因型（Bering genotype），非北京家族（non—Beringfamily），分别占89．5％（298／333）和10．5％（35／333），29种基因型。其中22株为独特类型，余311株分为7簇。北京家族菌株中，95．0％（283／298）为典型北京家族，非北京家族菌株表现为高度的基因多态性，可分为19个基因型，16株为独特的基因型。结论吉林省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性。     

海宁市2008年结核分枝杆菌临床分离株MLVA基因分型研究

目的：初步探讨海宁市结核分枝杆菌的数目可变串联重复序列（VNTR）的分型及分布特征,了解海宁市目前结核分枝杆菌的主要流行株,给结核病防治工作提供分子流行病学依据。方法：采用VNTR分型方法,提取DNA,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分枝杆菌15个VNTR位点进行检测,并通过BioNumerics 5.0软件进行DNA指纹图谱多态性分析。结果：95株结核分枝杆菌的15个VNTR位点结果显示明显的多态性,经基因聚类分析,共分为10个基因群,共90个基因型。其中群占2.1%,群占1.1%,群占1.1%,群占5.3%,群占1.1%,群占1.1%,群占69.5%,群占1.1%,群占14.7%,群占3.2%。结论：初步证实海宁市2008年的95株结核分枝杆菌VNTRS存在明显的多态性,至少存在10个VNTR群,主要流行群为群。     

15个VNTR位点用于87株丽水市结核分枝杆菌分离株的基因分型研究

目的:选取2008年-2010年间丽水市结核分枝杆菌临床分离株,通过多位点可变数目串联重复序列分型,了解丽水市结核分枝杆菌流行菌株基因分型情况。方法:对临床分离株进行常规培养,收集菌体,提取基因组DNA,采用聚合酶链反应(PCR)分别对15个VNTR位点进行检测分析,基因聚类分析采用BioN-umerics软件。结果:经聚类分析,87株结核分枝杆菌分为4个基因群(I群、Ⅱ群、Ⅲ群、Ⅳ群)69个基因型。其中Ⅳ群占74.7%,含49个基因型,I群占9.2%,含8个基因型,Ⅱ群占8%,含7个基因型,Ⅲ群占5.75%。含5个基因型。结论:丽水市的结核分枝杆菌存在基因多态性,其主要流行型为Ⅳ型。     

结核分枝杆菌临床分离株MLVA法分型分析

目的 利用多位点数目可变串联重复序列技术,初步探索甘肃省结核分枝杆菌的基因型及其分布,为防治结核病提供科学依据.方法 选择15个VNTR位点,设计引物,采用PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳检测,并利用BioNumerics 4.5软件进行DNA指纹图谱多态性分析.结果 多位点数目可变串联重复序列(MLVA)检测显示,215株结核分枝杆菌呈现7个基因群127种基因型,分别为a、b、c、d、e、f和g基因群,其中e群74.88%(161/215)为主要流行型(spoligotyping鉴定为北京家族基因型);有抗结核治疗史患者菌株成簇率高于无抗结核治疗史患者,差异有统计学意义(χ²=3.91,P=0.046).结论 兰州地区结核分枝杆菌基因DNA指纹图谱呈现多态性,存在主要流行株,MLVA有助于为当地政府部门制定具体的结核病防治政策和公共卫生应急方案提供科学依据.     

71株浙江省结核分枝杆菌临床分离株MLVA基因分型研究

目的初步探讨浙江省结核分枝杆菌的数目可变串联重复序列（VNTR）的分型及分布特征。方法随机选取浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株，常规培养，收集菌体，提取基因组DNA，采用聚合酶链反应（PCR）分别对VNTR位点进行检测分析，基因分型聚类分析采用BioNumerics软件。结果对71株结核分枝杆菌临床分离株的15个VNTR位点进行检测。结果显示明显的基因多态性。经基因聚类分析，可分4个基因群（I群、Ⅱ群、Ⅲ群、Ⅳ群），58个基因型。分别为I群占8．5％，含5个基因型，Ⅱ群占18．3％，含13个基因型，Ⅲ群占70．4％，含38个基因型，Ⅳ群占2．8％，含2个基因型。结论初步证实浙江省结核分枝杆菌VNTRs基因存在明显的多态性，至少存在4个VNTR型，主要流行型为Ⅲ型。     

厦门市临床分离的466株结核分枝杆菌基因分型研究

目的 了解厦门市结核分枝杆菌基因类型分布及主要流行基因群情况,并建立分型数据库。方法 采用实时荧光PCR法对厦门市2013 - 2015年分离到的466株结核分枝杆菌临床分离株进行菌株确认,然后采用间隔区寡核苷酸分型方法（spoligotyping）对其进行基因分型。分型结果与SpolDB4数据库进行比对,并使用Bionumeric6.6.4软件进行基因聚类分析。结果 466株菌均为结核分枝杆菌,基因分型分成96种基因型别,62种数据库中有相应的SIT编号,34种为新的型别。97.64%(455/466)的菌构成了15个基因簇。466株菌属于7个基因家族及未定义家族,排在前三的分别为:Beijing（北京）家族60.09%（280/466）、T家族21.03%(98/466)、H家族5.58%(26/466)。结论 厦门市结核分枝杆菌基因型别呈现多样性,北京家族为主要的流行基因群。     

宜昌地区结核分枝杆菌北京基因型菌株的鉴定及VNTR分型

 目的 研究宜昌地区结核分枝杆菌北京基因型菌株的多态性和流行特征,揭示该地区结核病的分子流行病学特征,为结核病防治提供科学依据。方法 选择2018年1月-2019年12月具有完整病例信息的结核分枝杆菌298株,进行人型结核分枝杆菌的鉴定,用扩增RD105缺失片段的多重PCR (DTM-PCR)鉴定北京基因型菌株;应用优化的9位点数目可变串联重复序列技术(VNTR)分析北京基因型菌株的多态性。结果 298株结核分枝杆菌中,260株为人型结核分枝杆菌,DTM-PCR鉴定发现北京基因型菌株140株(53.85%),非北京基因型菌株120株(46.15%)。北京基因型菌株耐药率(32.14%)高于非北京基因型菌株耐药率(10.83%),差异有统计学意义(P<0.05)。VNTR-9位点对北京基因型菌株的分辨率为0.998 5,成簇率为12.15%。结论 北京基因型菌株在宜昌地区呈较高流行趋势,且北京基因型菌株耐药率更高。VNTR-9位点基因分型方法用于该地区结核分枝杆菌北京基因型菌株的鉴别,能准确反映宜昌地区结核分枝杆菌的分子流行病学特征。     

中国部分地区结核分枝杆菌北京基因型菌株分布初步分析

目的初步了解结核分枝杆菌北京基因型菌株在中国不同地区的分布情况。方法采用间隔区寡核苷酸分型(spacer oligonucleotide typing,Spoligotyping)方法对1 603株分离自7个省、市、自治区的结核分枝杆菌进行分型分析,确定北京基因型菌株在不同地区所占的比例。结果根据Spoligotyping分型结果及北京基因型菌株的定义,1 603株结核分枝杆菌中1 158株为北京基因型菌株,占72.24%。北京地区北京基因型菌株所占的比例最高为92.59%,其后依次为西藏(90.38%),吉林(89.88%),陕西(80.00%),新疆(65.36%),广西(55.29%),福建(54.50%)。结论北京基因型菌株为主要的流行菌株,但是不同地区北京基因型菌株所占的比例并不相同,北方地区北京基因型菌株的比例高于南方地区。     

结核分枝杆菌可变数目串联重复基因分型

目的运用可变数目串联重复（VNTR）分型方法研究农村结核病研究现场的结核分杆菌分离株的分子特征,分析与VNTR优势基因型相关的因素.方法经PCR扩增各分离株的5种确切串联重复位点（ETR-A～ETR-E）.根据扩增产物大小,确定各串联重复单元的拷贝数,得出每个菌株的VNTR基因型.结果研究现场的101株菌株共分为37个不同的VNTR类型,22名病人分离株为单一基因型,79名病人的菌株分属于15个簇,VNTR42435类型占研究菌株总数的38.6%,但该基因型与卡介苗（BCG）接种耐4种一线药的相关性差异均无统计意学义.结论VNTR分型方法简单快速、分型结果数字化,可以把研究菌株分为不同的群.尚不能认为VNTR 42435的优势来自某些抗痨药和BCG接种.     

四川省结核分枝杆菌VNTR分型研究

目的评价不同串联重复序列(VNTR)位点在四川省结核分枝杆菌中的基因多态性,以及不同VNTR位点组合在四川省结核分枝杆菌基因分型中的应用。方法采用多位点数目可变串联重复序列分析技术(ML-VA)对102株四川省结核分枝杆菌菌株的15个VNTR位点进行分析,基因多态性分析采用Hunter-Gaston指数,聚类分析采用BioNumerics软件。结果 15个VNTR位点的基因多态性存在较大的差异,位点Mtub21(HGI 0.772)和MIRU26(HGI 0.764)的多态性较高,ETR-C(HGI 0.168)和MIRU23(HGI 0.077)的多态性较差。ETR-B和ETR-C两个位点在对四川省北京基因型结核分枝杆菌进行分型时则不具有多态性。对不同的VNTR位点组合进行比较,随着VNTR位点的增加,VNTR分型方法的分辨能力也有所提高。10个VNTR位点组合的分辨指数与15位点组合的分辨指数相差不大。同一VNTR位点在不同地区北京基因型菌株中的分辨力也存在较大的差异。结论不同VNTR位点在四川省结核分枝杆菌中具有不同的分辨力,并且同一VNTR位点在不同地区的北京家族菌株中的分辨力也不同。10个VNTR位点组合的基因分型方案可用于四川省结核分枝杆菌基因分型的一线方法。本研究的数据结果对挑选适合中国结核分枝杆菌基因分型的VNTR位点组合法具有重要的作用。     

绵阳地区结核分支杆菌北京基因型菌株的鉴定和感染因素分析

目的鉴定MTB北京基因型,了解北京基因型菌株在绵阳地区的分布特征,为本地结核病的防治和分子流行病学研究提供科学依据。方法随机选取绵阳涪城和江油两个区县的结核分支杆菌临床分离菌株,收集患者流行病学资料。菌株常规培养,收集菌体,提取基因组DNA,采用RD105缺失基因检测法鉴定北京基因型菌株。药物敏感性试验采用比例法。率的比较采用χ2检验。结果共对79株结核分支杆菌了进行北京基因型鉴定,北京基因型菌株33株,占41.77%;非北京基因型菌株46株,占58.23%。北京基因型菌株耐药率(36.36%)明显高于非北京基因型菌株耐药率(10.87%),差异有统计学意义(χ2=7.395,P=0.007)。患者性别、年龄组、所在地区和治疗史与感染北京基因型菌株无关。结论北京基因型菌株在绵阳地区呈一般流行趋势。北京基因型菌株感染与耐药相关,与患者性别、年龄、所在地区和治疗史无关。     

间隔区寡核苷酸分型和多位点可变数量串联重复序列分析在结核分枝杆菌基因分型中的应用

目的评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)方法在结核分枝杆菌基因分型研究中的应用。方法收集224株结核分枝杆菌临床分离株,分别采用Spoligotyping及MLVA方法进行基因分型,比较两种方法的分型效果,评价两种方法在结核分枝杆菌基因分型中的应用。结果使用Spoligotyping方法,224株结核分枝杆菌呈现出55种基因型,39株具有独特的基因型,其余185株菌呈现出16种基因型;使用MLVA方法时,224株结核分枝杆菌呈现出160种基因型,132株具有独特的基因型,余下的92株菌呈现出28种基因型;当两种方法联合使用时,224株结核分枝杆菌呈现出179种基因型,159株结核分枝杆菌具有独特的基因型,余下的65株菌表现为20种基因型。湖南省和安徽省的菌株中北京家族菌株所占的比例差异有统计学意义(P<0.001),安徽省北京家族菌株所占的比例明显高于湖南省。结论MLVA在结核分枝杆菌株水平的鉴定方面,其分辨能力高于Spoligotyping,但是Spoligotyping在鉴定北京家族菌株和M.bovis方面有一定的优势。将Spoligotyping方法作为一线分型技术,MLVA作为二线分型技术联合应用时,将提高结核病的流行病学调查和病原学监测效果。不同地区的菌株有不同的特点。