Research and applications: Automatic lymphoma classification with sentence subgraph mining from pathology reports

Objective

Pathology reports are rich in narrative statements that encode a complex web of relations among medical concepts. These relations are routinely used by doctors to reason on diagnoses, but often require hand-crafted rules or supervised learning to extract into prespecified forms for computational disease modeling. We aim to automatically capture relations from narrative text without supervision.

Methods

We design a novel framework that translates sentences into graph representations, automatically mines sentence subgraphs, reduces redundancy in mined subgraphs, and automatically generates subgraph features for subsequent classification tasks. To ensure meaningful interpretations over the sentence graphs, we use the Unified Medical Language System Metathesaurus to map token subsequences to concepts, and in turn sentence graph nodes. We test our system with multiple lymphoma classification tasks that together mimic the differential diagnosis by a pathologist. To this end, we prevent our classifiers from looking at explicit mentions or synonyms of lymphomas in the text.

Results and Conclusions

We compare our system with three baseline classifiers using standard n-grams, full MetaMap concepts, and filtered MetaMap concepts. Our system achieves high F-measures on multiple binary classifications of lymphoma (Burkitt lymphoma, 0.8; diffuse large B-cell lymphoma, 0.909; follicular lymphoma, 0.84; Hodgkin lymphoma, 0.912). Significance tests show that our system outperforms all three baselines. Moreover, feature analysis identifies subgraph features that contribute to improved performance; these features agree with the state-of-the-art knowledge about lymphoma classification. We also highlight how these unsupervised relation features may provide meaningful insights into lymphoma classification.     

Clinical pathology of nodal micrometasteses in non-small cell lung cancer

ObjectiveTo explore whether the conventional pathologic stages of some non-small cell lung cancer (NSCLC) patients were underestimated.Methods195 lymph node samples were taken from 25 NSCLC patients during the operations. Firstly, each resulting tissue block was processed for routine paraffin embedding. Then the 6～10 serial sections were chosen, each 5 μm thick, from every paraffin block of the lymph node. Finally, the first and the second last sections of each lymph node were stained by hematoxylin eosin (HE), and the other serial sections were used for the immunohistochemical (IHC) staining examination with the monoclonal antibody against cyokeratin 19.ResultsWith HE staining, 30 of the 195 regional lymph nodes revealed dominant nodal metastases, and none showed micrometastases. IHC staining was performed on 135 lymph nodes that were identified as free of metastases by HE staining, 31 showed micrometastases; none showed gross nodal metastases. There was a significant difference between HE staining staging and IHC staining staging (P<0.05).ConclusionConventional HE staining can accurately detect gross nodal metastases in the lymph nodes of NSCLC patients, but is unfit for detecting lymph nodal micrometastases. IHC staining analysis can significantly facilitate the detection of occult micrometastatic tumor cells in lymph nodes, and its assessment of nodal micrometastases can provide a refinement of TNM stage for NSCLC patients. Our results provide a rationale for extensive lymph nodes sampling.     

逆行肺切除在肺癌手术中的应用(附265例报告)

[目的]提高中心型肺癌手术切除率的方法。[方法]改变肺切除术中常规首先处理肺血管再切断支气管的方法,在肺动、静脉处理前或中间切断支气管,由于离断了坚硬无延展性的支气管,而仅留有血管及结缔组织,使肺门松动延展便于手术处理。[结果]可以大幅度提高肺癌手术切除率,1年生存率：85．6％、3年生存率：54．5％、5年生存率：36.0％。[结论]逆行肺切除技术是提高肺癌手术切除率及减少术后并发症的可行方法。     

肺癌的胸膜改变与病理类型关系

[目的]探讨肺癌的胸膜改变与病理类型的关系。[方法]回顾性分析大连医科大学第二临床学院2 0 0 3年5月～2 0 0 4年8月,6 1例肺癌并胸膜改变手术的病人CT表现。[结果]肺鳞癌19例,胸膜增厚14例,占鳞癌的73.7% ;腺癌30例,胸膜增厚及胸膜凹陷分别是18例和14例,占6 0 %和4 7%。[结论]中早期肺鳞癌的胸膜改变以胸膜增厚为主,腺癌胸膜改变以胸膜增厚和胸膜凹陷为主。影像诊断为临床提供了重要的参考价值。     

衡阳地区166例肺癌的临床病理分析

目的分析2001年-2005年衡阳地区肺癌的发病情况及病理组织类型的特点及其变化。方法对2001年￣2005年共166例肺癌标本进行HE染色,部分做免疫组织化学染色检查。结果2001年￣2005年5年间,衡阳地区肺癌发病及病理学类型的特点及变化为:①肺癌发病数迅速增加;②发病男性显著大于女性,且性别比变化不明显;③肺癌的发病高峰年龄为50岁￣60岁,基本保持不变;④40岁以下肺癌发病处于低水平;⑤各型肺癌均有增长,鳞癌发病数增长放慢,腺癌发病数有所增加,主要表现在男性方面。结论2001年￣2005年5年间衡阳地区肺癌发病处于高增长态势,男性患者显著多于女性,发病高峰年龄为50岁￣60岁,青年人(≤40岁)发病率低,大于80岁的患者无,这可能与我院住院患者相当一部分来自农村,及农村的传统观念和经济条件、周边环境有关。     

海南地区晚期非小细胞肺癌中医证候分布规律研究

目的 探索海南地区晚期非小细胞肺癌中医证候分型,为晚期非小细胞肺癌的中医临床治疗的辨证分型提供参考.方法 选取2010年1月至2014年12月在海南省中医院门诊或肿瘤科病房治疗的240例晚期非小细胞肺癌患者,均海南地区常住人口,统计所有患者单一证候要素出现的频率及频数,并应用聚类分析及主成分分析的方法对数据进行归类分析处理,归纳出晚期非小细胞肺癌的证候类型.结果 气虚、痰湿、阴虚出现频率分别为60.0%、42.5%、31.7%.两证组合和三证组合分别占到40.8%和37.5%,晚期非小细胞肺癌可被归为三大类证候组合,分别为脾虚痰湿、气阴两虚、痰热内蕴伴血瘀.咳嗽痰多、食后腹胀、苔黄腻舌胖边有齿痕、泄泻便溏是诊断晚期非小细胞肺癌脾虚痰湿证的主要症状体征,贡献度分别为19.258%、16.445%、10.200%、8.534%;咳喘无力舌红苔少、口干咽燥、脉细数是诊断气阴两虚的主要症状体征,贡献度分别为24.980%、16.257%、12.645%;咳嗽喘促、面色晦暗舌紫暗或有瘀斑瘀点、发热口渴、脉沉迟脉细数是诊断痰热内蕴伴血瘀的主要症状体征,贡献度分别为22.560%、19.271%、9.440%、7.980%.结论 气虚、痰湿、阴虚是晚期非小细胞肺癌最常见的证候,两证组合和三证组合最常见,脾虚痰湿、气阴两虚、痰热内蕴伴血瘀是海南地区晚期非小细胞肺癌的常见证候分型.     

纤维支气管镜不同病理活检取材方法对肺癌的诊断价值分析

目的:探讨纤维支气管镜(简称纤支镜)的不同病理活检取材方法对确诊肺癌的诊断价值。方法:回顾性分析83例肺癌患者纤维支气管镜检查结果,比较分析钳检/TBLB、刷检、针吸活检(TBNA)和冲洗等方法诊断肺癌的阳性率。结果:钳检、刷检、冲洗、TBNA阳性率分别是86.3%、56.1%、41.0%、9.1%,联合以上三种取材方法阳性率为92.5%。结论:联合应用纤维支气管镜多种取材方法可提高肺癌的检出率。     

中晚期肺癌两种不同化疗法治疗效果评价

目的 对比分析中晚期肺癌经不同化疗方法治疗的疗效。方法 收集78例确诊的中晚期肺癌患者，所有患者分成按肿瘤细胞分型经静脉全身化疗（A组）和经导管支气管动脉内灌注化疗药物（B组）。用统计学方法分析两组治疗效果。结果治疗后A、B两组的有效率分别为26．1％和46．9％，经X^2分析两组之间有效率差异有显著性，B组有效率较A组高，但其远处转移发生率亦较高。结论经导管支气管动脉灌注化疗疗法和全身静脉化疗相比能更有效地控制原发病灶。但对远处转移控制能力较差，两种方法相结合的综合治疗有望进一步提高治疗效果。     

经支气管针吸活检对肺癌术前TNM分期与术后分期的对比分析

目的探讨经支气管针吸活检(TBNA)在肺癌分期中的临床应用价值。方法对2002年1月至2004年8月间术前胸部CT疑有淋巴结转移的46例肺癌病人行TBNA检查94组纵隔淋巴结并与术后病理检查结果进行对比。结果术前TBNA后cTNM分期与术后pTNM分期对比正确率达86.9%(40/46),全组病人TBNA后均未发生严重并发症。结论经TBNA进行肺癌分期方法简便、安全,经济实用,分期正确率高,具有较高的临床实用价值。     

肺癌囊性变的CT表现与病理学对照研究(附26例分析)

目的分析26例绝大部分囊性变肺癌及由其形成的薄壁空洞性肺癌的CT表现及其病理基础.方法对14例主要表现为薄壁空洞和12例表现为完全或绝大部分囊变的肺癌病例的不典型CT表现进行分析,并与其病理表现进行对照分析.结果该26例具有不典型CT表现的肺癌均有其一定的病理基础.其中14例CT表现为薄壁空洞和12例CT表现为完全或绝大部分囊变的肺癌中,病理光镜下17例可见有大片坏死区;4例薄壁空洞性和3例完全囊变的肺癌病理光镜下可见大量癌细胞合并多处小片坏死区,3例可见大量的间质纤维化并纤维增生与纤维组织的玻璃样变性.结论肺癌瘤体内坏死液化是肺癌形成空洞或囊性改变等不典型CT表现的主要成因.肺癌瘤体内大量间质纤维化并玻璃样变性是肺癌CT表现为囊性改变的另一成因.肺癌的不典型CT表现给鉴别诊断造成一定困难,尤其是薄壁空洞性肺癌.对于内壁不甚规则之薄壁空洞性病变,应警惕肺癌.     

肺癌囊性变的CT表现与病理学对照研究(附26例分析)

目的分析26例绝大部分囊性变肺癌及由其形成的薄壁空洞性肺癌的CT表现及其病理基础。方法对14例主要表现为薄壁空洞和12例表现为完全或绝大部分囊变的肺癌病例的不典型CT表现进行分析,并与其病理表现进行对照分析。结果该26例具有不典型CT表现的肺癌均有其一定的病理基础。其中14例CT表现为薄壁空洞和12例CT表现为完全或绝大部分囊变的肺癌中,病理光镜下17例可见有大片坏死区;4例薄壁空洞性和3例完全囊变的肺癌病理光镜下可见大量癌细胞合并多处小片坏死区,3例可见大量的间质纤维化并纤维增生与纤维组织的玻璃样变性。结论肺癌瘤体内坏死液化是肺癌形成空洞或囊性改变等不典型CT表现的主要成因。肺癌瘤体内大量间质纤维化并玻璃样变性是肺癌CT表现为囊性改变的另一成因。肺癌的不典型CT表现给鉴别诊断造成一定困难,尤其是薄壁空洞性肺癌。对于内壁不甚规则之薄壁空洞性病变,应警惕肺癌。     

宝石能谱CT在肺癌诊断及分型中的应用价值

肺癌是临床上最常见的恶性肿瘤之一.尽管随着影像学飞速发展,但于肺癌的诊断仍然具有一定的局限性.宝石能谱CT成像(GSI)作为新的成像方式,将CT从形态学研究带入功能性研究领域.能谱CT具有多参数成像功能,能够特征性地显示病灶和鉴别特异性病变组织或肿瘤占位,对肿瘤的定位、定性和分级诊断具有极大的临床应用价值.现就能谱CT在肺癌诊断及分型中的应用价值研究作一综述.     

代价敏感分类策略在肺癌细胞识别诊断中的应用

目的代价敏感分类策略可以最小化误分类代价并有效提高识别率。针对计算机辅助肺穿刺样本的病理图像分析,提出一种新的代价敏感图像层的肺癌诊断系统(cost-sensitive image-level lung cancer diagnosis system,CILCDS)。方法基于潜在狄利克雷分配模型(latent dirichlet allocation,LDA)、代价敏感支持向量机(cost-sensitive support vector machine,CSSVM)以及多类支持向量机(multi-class support vector machines,mcSVM)等最新计算机技术,对肺穿刺病理细胞学涂片进行识别诊断。实验数据集是271例肺穿刺样本图像,其中240例肺癌样本有术后组织病理诊断结果对照。结果通过与基于轴平行矩形(axis-parallel rectangles,APR)、K近邻(citation K-nearest neighbors,Citation-kNN)、集成多样性密度(ensemble ofdiversity density,EM-DD)、多分类多示例自适应增强法(multi-class multi-instance adaptive boosting,MCMI-AdaBoost)等方法进行对比,CILCDS在癌与正常细胞的判断以及癌细胞的分类识别诊断过程中能够取得更低的错误分类代价以及较好的组织病理结果符合率。结论 CILCDS对肺癌细胞涂片诊断率高,并能减少既往肺癌细胞病理诊断过程中假阳性结果。     

Sudden death from primary lung abscess in middle-aged diabetic men--two case reports

We describe the course of illness in two middle-aged diabetic men who died suddenly from primary lung abscesses. They were in apparent good health and presented with fever, cough and small lung abscess [less than 5 cm] on chest radiographs. While receiving standard antimicrobial therapy in hospital, they experienced sudden respiratory arrest from aspiration of purulent material presumably following the drainage of lung abscess contents. This is a very unusual complication and the similar clinical features between these two cases prompted this report.     

斯普林注射液在中晚期肺癌综合治疗中的作用

目的  观察斯普林注射液配合放、化疗治疗中晚期肺癌的疗效。方法  将147例中晚期肺癌患者随机分为斯普林注射液配合放、化疗组（治疗组,75例）,单纯放、化疗组（对照组,72例）,两组放、化疗方法相同,治疗组在放、化疗开始即给予斯普林10mL,加入0.9％氯化钠注射液250mL中静滴,连用14d,21d为1周期,共4～6周期,对多个临床指标进行比较观察。结果  治疗组近期疗效为60.0％,对照组为48.6％,两组无统计学差异(P＞0.05)。治疗组1、2年生存率分别为58.9%、41.1%,对照组分别为42.3%、25.4%,两组有统计学差异（P＜0.05）。治疗组患者的生活质量、治疗后T细胞亚群及NK细胞活性明显高于对照组,血液学各项指标下降程度、消化道不良反应及放射性食管炎均明显轻于对照组,两组有统计学差异(P＜0.05)。结论  斯普林注射液用于配合放、化疗治疗中晚期肺癌有一定疗效。     

病理学分阶段教学的方法选择与实践

目的　在五年制临床医学专业病理学教学实践中,根据不同教学阶段学生学习状态的特点选择相应的教学方法,分析其教学效果与传统教学之间的区别。方法　根据自然分班分为实验组和对照组,其中实验组112人,对照组118人。实验组授课中,考虑到教学内容分为总论和各论,学生需经历“知识记忆”“病理-临床联系”“知识应用”阶段的特点;分别选用了对分课堂、混合式教学、翻转课堂等方式。通过考试成绩和问卷调查两种方式评判两组教学效果的差异。应用SPSS 19.0进行t检验和卡方检验。结果　实验组学生病理学考试平均成绩为（78.560±7.172）,高于对照组学生的（72.530±8.539）,差异有统计学意义（t=5.809,P=0.000）。问卷结果显示,实验组学生对分阶段选择教学方法的各项效果评价,均优于对照组学生对自身所受教学方法的评价,且差异有统计学意义（P<0.01）。结论　分阶段选择教学方法有助于引导学生真正掌握课程特点,采取恰当的学习方法,并循序渐进培养自主学习能力。     

早期周围型肺癌X线、CT表现及其病理基础

目的:探讨早期周围型肺癌在X线、CT上的影像表现和病理形成基础.方法:搜集病史完整、有X线和CT资料,经穿刺活检、手术、病理证实的17例早期周围型肺癌(首次检查时,直径≤20mm)进行回顾分析,结合文献总结其影像学特征.结果:早期周围型肺癌以小结节状(14例)形式出现多见,形态上表现为圆形或类圆形,密度均匀略低.少数病灶呈空洞型(2例)或斑片样(1例)改变,密度浅淡,状如肺炎.分叶、毛刺、胸膜凹陷征等征象随病变进展而典型,而毛刺、胸膜凹陷征常见于腺癌,鳞癌的分叶、空洞征较多见,空泡征以肺泡癌多见.结论:早期周围型肺癌影像特征少,容易误诊和漏诊,需平片与CT结合,影像诊断与临床结合,加强随访,当病灶出现分叶、毛刺、胸膜凹陷等征象时,应高度怀疑早期肺癌.     

肺癌脑转移的手术治疗

目的探讨开颅手术对肺癌脑转移治疗价值。方法回顾2年来17例经病理证实的肺癌脑转移手术后的预后。结果存活超过1年10例,超过2年3例。结论开颅治疗占位效应明显的转移瘤具有重要的价值,可及时挽救部分患者的生命,提高患者生存质量,是脑转移瘤综合治疗的重要一环。