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1.
目的 基于网络药理学探讨加味止哮平喘汤治疗支气管哮喘的作用机制。方法 获取药物活性成分及关键靶点,然后运用相应数据库预测支气管哮喘的相关靶点,两者取交集后,运用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白相互作用网络及药物-靶点网络,进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 筛选出核心药物的活性成分404个,交集靶点202个。GO功能分析得到180条分子功能,KEGG通路富集分析得到179条通路。结论 通过网络药理学分析,预测了加味止哮平喘汤治疗支气管哮喘的作用机制,为临床研究提供了参考。  相似文献   

2.
目的 基于网络药理学探讨紫苏子—杏仁药对治疗咳嗽变异性哮喘(CVA)的潜在分子作用靶点及机制。方法 采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库对紫苏子—杏仁药对的有效活性成分进行筛选,并采用SwissTargetPrediction网站进行靶点预测。采用GeneCards数据库检索CVA相关靶点,借助Venny 2.1.0获取交集靶点,对交集靶点分别运用Cytoscape 3.9.1软件和STRING数据库构建主要活性成分—潜在治疗靶基因网络图和PPI蛋白互作网络,并筛选出关键有效活性成分和核心靶蛋白,通过DAVID数据库对交集靶点进行GO功能及KEGG通路的富集分析。结果 筛选出紫苏子—杏仁药对有效成分19个,与CVA相关靶点224个,核心靶点为AKT1、IL-6、TP53、SRC、MAPK3、EGFR、JUN、PTGS2、HSP90AA1、ESR1。GO功能富集分析显示分子功能165个、细胞组分79个、生物过程630个。KEGG通路富集分析显示得到信号通路155条,主要涉及cAMP信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症通路、化学致癌—受体激活通路、神经活性配体—受体相...  相似文献   

3.
基于网络药理学和动物实验研究桔梗抗肺纤维化的作用机制。通过TCMSP、Swiss Target Prediction等数据库预测桔梗的成分和作用靶点,并与通过GeneCards、OMIM、Disgenet、Drugbank数据库筛选出的肺纤维化的疾病靶点交集整合,获得桔梗治疗肺纤维化的潜在靶点。运用Cytoscape软件构建"药物-成分-靶点-疾病"的网络图和潜在靶点的相互作用关系,并联合String平台绘制PPI网络,同时进行拓扑学分析,基于R软件使用Bioconductor生物信息软件包对交集靶点进行GO和KEGG富集分析预测作用机制。采用动物实验对网络药理学分析结果进行验证,构建肺纤维化小鼠模型,进行病理染色、ELISA检测、肺功能检测、qRT-PCR及Western blot。桔梗8个潜在活性成分对应289个靶点,肺纤维化1 129个疾病靶点,得到药物-疾病共同靶点65个, GO富集分析共得到条目1 575个,KEGG富集分析得到146个条目,涉及磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B (PI3K-AKT)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素-17 (IL-17)信号通路...  相似文献   

4.
目的 基于网络药理学和分子对接技术探究苍耳子散(CRZS)治疗异质性鼻炎的作用机制以及“多成分-多靶点-多通路”的整体药理作用特征。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索CRZS的活性成分及靶点;从GeneCards、DisGeNET、Phenopedia、TTD和PharmGKB数据库获取相关鼻炎的基因。通过STRING数据库与Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用STRING数据库对核心基因进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过Cytoscape软件构建“中药成分-靶点-信号通路”网络并筛选核心靶点;采用AutoDock软件对筛选得到的关键通路靶点进行分子对接。结果 CRZS有131个核心基因,鼻炎相关靶点756个,交集靶点41个。GO生物富集条目2005条,KEGG通路富集条目151条,HIF-1、Lipid and atherosclerosis、Fluid shear stress and atherosclerosis等通路最具连接可能。分子对接显示,CEZS靶点的有效成分与3...  相似文献   

5.
目的通过网络药理学探讨知母皂苷A-Ⅲ抗鼻咽癌(NPC)的作用靶点及分子机制。方法利用Swiss Target Prediction数据库获取知母皂苷A-Ⅲ作用靶点,通过GeneCards数据库检索NPC相关疾病靶点,将其与知母皂苷A-Ⅲ作用靶点映射,使用Cytoscape 3.6.1软件构建知母皂苷A-Ⅲ-鼻咽癌疾病靶点网络图,并运用DAVID数据库进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果获得知母皂苷A-Ⅲ抗鼻咽癌的潜在靶点31个,化合物-关键靶点-通路网络图显示关键靶点主要包括PRKCA、IGF1R、VEGFA和KDR等。GO功能富集分析获得分子功能条目13个、生物过程条目55个和细胞组成条目10个,KEGG通路富集得到20条相关通路,涉及蛋白多糖通路、癌症信号通路和PI3K-Akt信号通路等信号通路。结论基于网络药理学多靶点、多通路的整体作用特点,预测了知母皂苷A-Ⅲ抗鼻咽癌的作用靶点和潜在作用机制,以期为下一步实验研究提供科学依据。  相似文献   

6.
目的:运用网络药理学与分子对接技术探讨黄芪治疗鼻炎的分子作用机制。方法:通过TCMSP、Swiss Target Prediction、Similarity ensemble approach、Pharm Mapper数据库挖掘黄芪的活性成分及作用靶点,通过Gene Cards数据库筛选鼻炎相关靶点,将两者靶点取交集,得到黄芪治疗鼻炎的预测靶点;运用Cytoscape软件构建可视化“活性成分-靶点”网络;应用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶点蛋白互作网络(PPI);使用R软件对靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;运用Cytoscape软件构建可视化“通路-靶点”网络;通过vina软件将筛选的主要活性成分与核心靶点进行结果验证。结果:筛选得到黄芪相关活性成分16个,涉及靶点147个,其中主要活性成分包括槲皮素、山奈酚、芒柄花黄素、异鼠李素等,关键靶点包括TP53、AKT1、TNF、IL-6、VEGFA等;GO功能富集分析共得到2385条生物过程(BP),75条细胞组分(CC),140条分子功能(MF);KEGG通路富集分析共得到166条信号通路,涉及动脉粥样硬...  相似文献   

7.
目的:通过数据挖掘,运用网络药理学方法探讨如意金黄散抗炎作用的分子机制。方法:利用GeneCards数据库获取炎症相关靶点,运用BATMAN-TCM数据库获取如意金黄散中药物的活性成分及其相对应的靶点;将疾病靶点和药物靶点取交集后,构建药物-成分-靶点调控网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;运用R软件进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后使用AutoDock Vina软件进行分子对接,验证结果的可靠性。结果:经过筛选共得到217个药物活性成分,159个炎症-如意金黄散交集基因,通过GO功能和KEGG通路富集分析得到2 051个GO条目和149条信号通路。如意金黄散可能是通过香芹酮、黄体酮和姜黄酮等多种酮类活性成分参与动脉粥样硬化信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、雌激素信号通路和肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等多个途径作用于胰岛素、蛋白激酶B1、白蛋白、丝裂原激活的蛋白激酶1和TNF等多个关键靶点,从而发挥抗炎作用。分子对接结果显示,研究结果具有一定的可靠性。结论:本研究初步揭示了如意金黄散发挥抗炎作用的分子机制,为后...  相似文献   

8.
张卫东  赵权  蒋婷 《今日药学》2022,(3):183-189
目的 基于网络药理学方法预测麻黄-苦杏仁药对干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用靶点及信号通路,进而探讨潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)及Swiss Target Prediction服务器筛选麻黄-苦杏仁药对相关活性成分及靶点;通过The Human Gene Database (GeneCards)数据库查找与COVID-19相关的靶点,并将两者靶点通过基因标准化后进行映射;运用Cytoscape3.7.1软件构建“化合物-靶点”网络图,使用蛋白质相互作用网络数据库(String11.0)数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,利用功能注释生物信息学分析平台(David)数据库对有效作用靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。结果 共筛选到40个活性成分,成分相关靶点529个,COVID-19靶点259个,药物-疾病的共同靶点44个。GO功能富集分析得到GO条目238个,其中生物过程(BP)条目169个,细胞组成(CC)条目31个,分子功能(MF)条目38个,主要涉及转录因子调控、蛋白质结合、激酶活性、炎症反应调控等。KEGG通路富集筛选得到109条...  相似文献   

9.
目的 基于网络药理学探讨熟地黄-山茱萸治疗2型糖尿病(T2DM)的机制。方法 首先对熟地黄及山茱萸的有效活性成分进行筛选,其次运用DisGeNET、OMIM以及GeneCards数据库,对熟地黄以及山茱萸的有效成分靶点和T2DM的作用靶点进行预测。将所获得的数据输入在线维恩平台获得疾病与成分的交集靶点,然后将交集靶点导入Cytoscape软件进行可视化分析,获得疾病-成分-靶点网络图,最后进行GO通路的富集分析和KEGG功能注释分析。结果 筛选出熟地黄以及山茱萸有效活性成分共54种。收集T2DM的作用靶点共450个,相互交集的靶点共24个。GO富集分析发现主要富集在细胞成分等方面,生物学过程主要富集在对基因的调节、调控。KEGG通道路径富集分析发现其涉及多条通路,如营养信号通路、胰岛素抵抗、神经活性配体-受体相互作用等。结论 初步发现了熟地黄-山茱萸治疗T2DM的分子机制。  相似文献   

10.
目的 基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗乳腺癌的机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)查询三七的有效成分及作用靶点,通过Dis GeNET平台查询乳腺癌靶点。对药物作用靶点和疾病靶点的交集进行蛋白质相互作用网络(PPI)分析、基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 筛选出三七有效成分8种包括槲皮素、人参皂苷rh2和β-谷甾醇等,与其相对应的靶点有182个。乳腺癌相关靶点539个,药物与疾病交集靶点54个。PPI分析得出肿瘤蛋白P53(TP53)、蛋白激酶B1(AKT1)和雌激素受体1(ESR1)等可能是三七治疗乳腺癌的核心靶点。三七核心成分均能与上述核心靶点有较好的结合活性。GO富集分析和KEGG富集分析显示,三七通过518个GO条目、128条通路发挥乳腺癌的治疗作用。结论三七通过多种有效成分、多靶点、多通路发挥乳腺癌的治疗作用。  相似文献   

11.
目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芪治疗卵巢癌的可能机制。方法 利用靶点预测平台TCMSP数据库和PubChem数据库并结合文献,筛选黄芪活性成分及靶点;利用OMIM数据库和GeneCards数据库获取卵巢癌相关靶点;利用Cytoscape 3.7.1软件和String数据库绘制“黄芪活性成分-交集靶点”网络图和蛋白互作图。利用Metascape数据库对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。利用Autodock Vina 1.2.2进行关键成分和核心靶点的分子对接。结果 获取到黄芪潜在活性成分19种,作用于109个潜在靶点,涉及5829个GO条目和238条信号通路。分子对接结果显示,关键成分与核心靶点结合较好。结论 本研究初步揭示了黄芪治疗卵巢癌的关键成分、核心靶点和主要生物学过程和信号通路,为进一步实验研究提供一定参考。  相似文献   

12.
利用网络药理学和系统生物学方法探究黄芩汤治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)分子机制。从中药系统药理学分析平台TCMSP挖掘黄芩汤中4味中药相关的化学成分和作用靶点;通过OMIM数据库、TTD数据库以及GeneCard数据库筛选UC的预测靶点。利用Cytoseapev3.7.1软件构建化合物-靶点网络;基于STRING数据库,构建黄芩汤治疗UC靶点互作网络,根据拓扑学参数筛选黄芩汤治疗UC的核心靶点。利用Bioconductor中的R包clusterprofile version 3.12.0对疾病与药物交集靶点进行GO (gene ontology)生物学过程富集分析和KEGG (KEGG pathway analysis)通路注释分析。结果发现,黄芩汤化合物-UC靶点网络包含128个化合物和相应靶点141个,核心靶点涉及AKTI、IL6、PTGS2、IL10、IL1β等。GO功能富集分析得到151个GO条目, KEGG富集筛选得到33条和UC有关通路,主要涉及PI3K-AKT信号通路、NF-κB信号通路、TNF信号通路、Toll样受...  相似文献   

13.
目的运用网络药理学方法探讨祛痹痛风饮治疗痛风的活性成分、作用靶点及其潜在的治疗作用机制。方法基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取祛痹痛风饮的活性成分和作用靶点,结合Uniprot数据库对靶点进行标准化处理。采用Cytoscape 3.7.2软件绘制出祛痹痛风饮的活性成分–痛风靶点网络。通过GeneCards、OMIM、TTD、DRUGBANK数据库获得痛风的疾病靶点。将药物的作用靶点与疾病靶点进行交集,获得共同靶点。将交集靶点应用STRING数据库构建蛋白–蛋白相互作用网络图(PPI),通过DAVID数据库对共同靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并将结果进行可视化处理。结果共预测到祛痹痛风饮中191个活性成分,87个与痛风共同的靶点。GO功能富集分析显示与炎症反应、细胞对脂多糖的应答、基因表达的正调控等相关。KEGG通路富集分析结果显示主要涉及Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路、NF-κB信号通路等方面。结论祛痹痛风饮可能通过促进尿酸排泄、抑制炎症因子的释放减轻、炎症反应发挥治疗痛风的作用,为深入研究祛痹痛风饮治疗痛风的作用机制提供了理论参考。  相似文献   

14.
目的 借助网络药理学方法探讨麻黄细辛附子汤(MXFT)治疗病态窦房结综合征(SSS)的分子机制。方法 基于中药系统药理分析平台(TCMSP)检索筛选MXFT的药物活性成分,Uniport数据库查找各成分潜在靶点。OMIM、GeneCards和DisGeNET数据库查找并去重得到SSS靶点;运用String结合Cytoscape 3.9.1对交集靶点进行蛋白质相互作用分析,Metascape数据库对其进行基因本体(GO)分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过Degree值筛选前3位的药物活性成分与前2位的基因进行分子对接。结果 从MXFT中筛选有效活性成分39种,共242个靶点。从SSS中筛选靶点1376个,交集靶点242个,蛋白激酶(AKT1)、肿瘤抑制因子(TP53)等可能是治疗SSS的关键靶点。GO分析共获得453个条目,其中生物过程220个条目、细胞组分113个条目、分子功能120个条目。KEGG分析共获得222个条目,主要涉及癌症通路、脂质和动脉粥样硬化、PI3K-AKT信号通路等。结论 通过网络药理学初步发现MXFT主要通过AKT1、TP53等靶点,山柰酚(...  相似文献   

15.
利用网络药理学及分子对接方法探究李氏溃结方治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)分子机制。从中药系统药理学分析平台TCMSP挖掘李氏溃结方中13味中药相关的化学成分和作用靶点;通过OMIM数据库、DisGeNet数据库及GeneCards数据库筛选UC的预测靶点。利用Cytoseape 3.7.2软件构建药物-成分-疾病-靶点网络;基于String数据库,构建李氏溃结方治疗UC靶点互作网络,根据拓扑学参数筛选李氏溃结方治疗UC的核心靶点。利用R包clusterprofile对交集基因进行转换,对疾病与药物交集靶点进行GO生物学过程富集分析和KEGG通路注释分析。结果发现,李氏溃结方化合物-UC-靶点网络包含149个化合物和相应靶点108个,核心靶点涉及信号转导与转录激活因子3、白介素6、肿瘤坏死因子、C-X-C趋化因子配体8、白介素2等。GO功能富集分析得到2 371个GO条目; KEGG富集筛选得到155条通路,主要涉及炎症性肠病信号通路、PI3K-AKT信号通路、NF-κB信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路等。结果显示:关键药效分子与核心靶点...  相似文献   

16.
目的 采用网络药理学方法及分子对接研究柴胡注射液(CI)退热作用的潜在机制。方法 使用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索、文献补充获取柴胡的活性成分、潜在靶点。借助GeneCards、DurgBank以及人类在线孟德尔遗传数据库(OMMI)数据库检索发热相关靶点。运用STRING数据库将交集靶点行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析;在Cytoscape中建立“柴胡注射液-活性成分-靶点基因-发热”的网络;利用David数据库行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析;最后使用AutoDock Vina模拟分子对接。结果 柴胡共有活性成分17个,作用靶点210个,发热靶点1208个,交集靶点102个。GO条目747个,涉及对外来刺激的反应、炎症反应、细胞对肿瘤坏死因子的反应、对脂多糖反应等生物学过程。KEGG通路156条,涉及AGE-RAGE、TNF、IL-17等信号通路。分子对接中成分与靶点可较好结合。结论 CI通过多成分、作用于多靶点和途径对发热产生治疗作用。  相似文献   

17.
目的 基于文献挖掘及网络药理学探究苣荬菜中化学成分治疗脓毒血症的潜在作用机制。方法 以文献中化学成分为研究对象,借助Swiss Target Prediction数据库预测成分的潜在作用靶点;使用GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选脓毒血症相关靶点;通过Venny 2.1.0获得苣荬菜成分与脓毒血症的共同靶点;采用Cytoscape软件构建“药物成分-疾病靶点”网络;运用STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络;运用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析。结果 获得苣荬菜中化学成分71个,药物作用靶点579个,疾病相关靶点3 437个,交集靶点272个。GO功能富集条目1 366个,包括分子功能(MF)245个,生物过程(BP)1 002个,细胞组成(CC)119个;KEGG信号通路166个。结论 苣荬菜的主要活性成分包括亚油酸、亚麻酸、油酸等,它们可能通过作用于TNF、AKT1、IL-6、IL-1β、TP53等靶点,调节类固醇、鞘脂等各种激素以及表皮因子、趋化因子的表达,产生抗炎作用进而发挥治疗脓毒血症的功效。  相似文献   

18.
目的 通过网络药理学分析,探讨榜嘎抗流感病毒及抗炎的活性成分与作用机制。方法 从中国知网及Pubmed数据库收集整理榜嘎中1985年1月1日至2021年5月31日分离鉴定的化合物,通过SIB数据库根据ADME参数筛选出具有生物活性的成分。利用SwissTarget Prediction平台预测活性成分的作用靶点。在OMIM及GeneCards数据库中查找流感病毒及炎症的靶点,运用Venny2.1.0工具获取榜嘎与流感病毒及榜嘎与炎症靶点的交集靶点,在STRING数据库中分析蛋白互作关系,并运用Cytoscape3.6.0软件构建成分-疾病-关键靶点网络图以及核心靶点网络图。利用DAVID6.8数据库进行GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果 筛选得到活性成分73个,核心化合物17个,作用靶点841个,榜嘎与流感病毒交集靶点94个,与炎症交集靶点142个。GO功能分析得到榜嘎抗流感病毒生物过程181个,分子功能42个,细胞组成25个;KEGG富集分析获得榜嘎抗流感病毒信号通路84条,主要涉及TNF、丙型肝炎和癌症信号通路。GO功能分析得到榜嘎抗炎生物过程232个、分子功能52个、细胞组...  相似文献   

19.
目的 利用网络药理学探讨金芪降糖片治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、人类基因(GeneCards)和在线人类孟德尔遗传(OMIM)等数据库筛选金芪降糖片的活性成分作用靶点和T2DM靶点,将其结果处理分析得到交集靶点;利用Cystoscape 3.7.2软件建立蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,选出治疗T2DM的核心靶点;再通过DAVID 6.8处理交集靶点,对其进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 金芪降糖片中的三味中药筛选出活性成分54个,相关靶点697个,金芪降糖片与T2DM交集靶点86个,包括蛋白激酶B1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)等。GO生物富集条目1722条,主要涉及肽基酪氨酸磷酸化、肽激素反应、上皮细胞增殖、丝氨酸磷酸化等生物过程;KEGG富集分析得到信号通路147条,关键通路为胰岛素抵抗、脂质和动脉粥样硬化等。结论 本研究通过网络药理学初步揭示金芪降糖片多靶点、多成分治疗T2DM的作用机制,可能与细胞的增殖与凋亡、基因表达调控、氧化应激、炎症反应...  相似文献   

20.
目的采用网络药理学方法研究人参–黄芪药对治疗2型糖尿病的作用机制。方法利用中药系统药理学技术平台(TCMSP)获取人参–黄芪药对的主要成分和对应靶点,通过UniProt和DrugBank数据库查询靶点对应的基因,运用Cytoscape3.6.1构建活性成分–靶点相互作用网络。然后通过TTD、DigSee、CTD多个数据库查询2型糖尿病的相关靶点,与人参-黄芪药对作用靶点取交集后获得人参–黄芪药对–T2DM疾病交集靶点。运用STRING在线数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络,最后通过DAVID进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果筛选得到41个活性化合物,对应靶点219个,关键靶点涉及PTGS2、PTGS1、ADRB2、NCOA2、SCN5A等。PPI网络包含36个蛋白,包括BCL2、CASP3、CASP8、TGFB1、NOS2、PPARG等。GO功能分析获得269个条目(P0.05),KEGG通路富集得到71条信号通路(P0.05),包括胰岛素抵抗通路、PI3K/Akt信号通路、脂肪细胞因子信号通路等。结论人参–黄芪药对治疗2型糖尿病是多成分、多靶点、多通路协同作用,主要参与炎症反应、细胞凋亡、氧化应激等发挥作用。  相似文献   

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