上海地区汉族人群IL-17B基因单核苷酸多态性的研究

目的:研究上海地区汉族人群IL-17B基因单核苷酸多态性及其分布特征,并与国外数据库进行比较。方法:随机选取190例上海地区汉族个体,对IL-17B基因启动子、外显子及临近的内含子区的PCR产物直接测序,检测基因内SNPs。所得结果与美国国立生物技术信息中心(NCBI)的SNP数据库(dbSNP)进行比较。结果:在所有研究对象中共发现6个SNPs,主要位于非编码区;6个均为替换型SNPs,其中1个为三态替换型SNP。有5个SNP在dbSNP数据库中已报导,但有11个数据库已报导的SNPs,在本次研究中未能证实。结论:中国汉族人群IL-17B基因多态性的分布与dbSNP数据库中的资料存在差异,为在汉族人群中研究IL-17B基因相关疾病提供可靠数据。     

中国人群MEGSIN基因单核苷酸多态性的检测

 【目的】研究中国人群MEGSIN基因多态性及其分布特征，并与国外数据库进行比较。【方法】随机选取208例广东地区汉族个体，提取基因组DNA。对包含外显子、外显子-内含子交界区及5’UTR区、3’UTR区的PCR产物进行直接测序。综合正反向结果识别和鉴定基因内SNPs。所得结果在美国国立生物技术信息中心（NCBI）的SNP数据库（dbSNP）中进行查询和比较。【结果】在所有研究对象中共发现24个SNPs，主要位于非编码区；22个为替换型SNP，1个为插入型SNT，另一个为缺失型SNP；其中有6个SNPs在数据库中未报道，有4个数据库已报道的SNPs，在本次研究未能证实在中国人群中存在多态性。【结论】中国汉族人群MEGSIN基因的多态性分布与美国数据库中基于高加索人群的资料存在差异。本研究不仅有利于了解MEGSIN基因结构，且为在中国人群中研究MEGSIN基因相关疾病并最终找到致病位点提供可靠数据。     

中国人群MEGSIN基因单核苷酸多态性的检测

【目的】研究中国人群MEGSIN基因多态性及其分布特征，并与国外数据库进行比较。【方法】随机选取208例广东地区汉族个体，提取基因组DNA。对包含外显子、外显子-内含子交界区及5’UTR区、3’UTR区的PCR产物进行直接测序。综合正反向结果识别和鉴定基因内SNPs。所得结果在美国国立生物技术信息中心（NCBI）的SNP数据库（dbSNP）中进行查询和比较。【结果】在所有研究对象中共发现24个SNPs，主要位于非编码区；22个为替换型SNP，1个为插入型SNT，另一个为缺失型SNP；其中有6个SNPs在数据库中未报道，有4个数据库已报道的SNPs，在本次研究未能证实在中国人群中存在多态性。【结论】中国汉族人群MEGSIN基因的多态性分布与美国数据库中基于高加索人群的资料存在差异。本研究不仅有利于了解MEGSIN基因结构，且为在中国人群中研究MEGSIN基因相关疾病并最终找到致病位点提供可靠数据。     

肾素基因单核苷酸多态与心肌梗死的关系

目的检测中国人群中肾素基因的单核苷酸多态 (SNPs)及其分布,探讨其与中国华东地区汉族人群心肌梗死的关系.方法 PCR-直接测序技术检测24份取自中国不同民族人群的DNA样本,筛查肾素基因启动子区、编码区和外显子-内含子连接区,明确SNPs及其分布;应用PCR-直接测序和SnaPshot法对所发现的SNPs进行基因分型.选择380份无血缘关系的中国华东地区汉族人群(195例心肌梗死和185例健康对照)DNA样本,进行肾素基因候选SNPs的病例-对照关联分析和单倍型分析.结果所检测的5 247 bp 肾素基因序列中共发现8个SNPs,其基因型和等位基因频率分布,在对照组和心肌梗死组间无统计学差异(P>0.05);单倍型分析显示启动子区域单倍型频率分布,在两组人群间无显著性差异(P>0.05).结论肾素基因可能不是中国华东地区汉族人群心肌梗死发病的易感基因.     

肾素基因单核苷酸多态与心肌梗死的关系

目的 检测中国人群中肾素基因的单核苷酸多态（SNPs）及其分布，探讨其与中国华东地区汉族人群心肌梗死的关系。方法PCR一直接测序技术检测24份取自中国不同民族人群的DNA样本，筛查肾素基因启动子区、编码区和外显子-内含子连接区，明确SNPs及其分布；应用PCR-直接测序和SnaPshot法对所发现的SNPs进行基因分型。选择380份无血缘关系的中国华东地区汉族人群（195例心肌梗死和185例健康对照）DNA样本，进行肾素基因候选SNPs的病例一对照关联分析和单倍型分析。结果所检测的5247bp肾素基因序列中共发现8个SNPs，其基因型和等位基因频率分布，在对照组和心肌梗死组间无统计学差异（P〉0．05）；单倍型分析显示启动子区域单倍型频率分布，在两组人群间无显著性差异（P〉0．05）。结论肾素基因可能不是中国华东地区汉族人群心肌梗死发病的易感基因。     

遗传性多发性骨软骨瘤致病基因EXT1和EXT2的多态性研究

【目的】研究EXT1与EXT2基因在我国南方正常人及致病性突变已明确的遗传性多发性骨软骨瘤病人中的多态性。【方法】 选取50例中国南方健康汉族个体及13例致病突变已明确的遗传性多发性骨软骨瘤病人,提取基因组DNA,对包含5’UTR区、编码区、外显子-内含子交界区及3’UTR区的PCR产物进行直接测序。 鉴定基因内的遗传变异,并将结果和国际数据库中的数据进行对比。【结果】 在所有研究对象中共发现15个不同的EXT1基因的单核苷酸多态性(SNPs)：3个在编码区,为同义突变,11个在内含子区,1个在3’UTR区;其中有3个SNPs为数据库未报道的新发现多态位点。22个EXT2基因的SNPs：3个在编码区,也为同义突变,16个在内含子区,3个在3’UTR区;其中有7个SNPs为本研究新发现多态位点。【结论】 中国南方汉族人与遗传性多发性骨软骨瘤病人EXT1和EXT2基因的多态性与dbSNP数据库登记资料不完全一致,某些SNPs可能存在种族差异。本研究不仅有利于了解EXT1和EXT2基因结构,也为其多态性与致病性突变的鉴定提供了依据。     

河南汉族人群肿瘤坏死因子基因单核苷酸多态性检测

目的:研究河南汉族人群肿瘤坏死因子-a(TNF-d)基因启动子区的-238、-308、-850、-857、-863及TNF-β基因的+252共6个单核苷酸多态性(SNPs)位点的遗传多态性,探讨其在法医学中的应用价值.方法:采用酚-氯仿方法提取河南汉族人群无关个体血样本(217份)基因组DNA,应用PCR-限制性片段长...     

新疆维吾尔族健康人中Tim-3基因结构分析

目的 检测新疆维吾尔族人中Tim-3基因启动子区和非翻译区单核苷酸多态性(SNP),寻找Tim-3基因的遗传标记.方法 采用分段扩增直接测序法,检测32名正常新疆维吾尔族人Tim-3基因5'启动子3kb和3'端1kb的长度-筛查SNPs,将测序结果与NCBI数据库中其他人种进行比较,确立新疆维吾尔族人中Tim-3基因突...     

中国部分汉族人群GH1基因启动子区单核苷酸多态性与正常人群身高的关系

目的 研究中国部分汉族人群GH1基因启动子近侧区域内的单核苷酸多态性(SNP)与人体身高调控的关系.方法 采用直接测序法进行SNP检测,Logistic回归分析筛查可能与身高相关的基因多态性位点.分别构建所发现的GH1基因启动子区的-308T和-57G突变位点的pGL4荧光素酶报告基因载体,转染入GC细胞后进行双荧光素酶检测分析.结果 中国部分汉族人群GH1基因启动子近侧区域中存在12个SNP,有6个位点多态性的发生频率与白种人存在明显差异(P<0.01). 荧光素酶检测结果示野生型荧光表达量高于-57和-308位点突变型,差异有统计学意义(P<0.01).结论 GH1基因启动子邻近区域在中国部分汉族人群中表现出高度多态性,并存在一定的人种差异,其中有两处SNP可能影响到人群的身材高矮.     

中国部分汉族人群GH1基因启动子区单核苷酸多态性与正常人群身高的关系

目的 研究中国部分汉族人群GH1基因启动子近侧区域内的单核苷酸多态性(SNP)与人体身高调控的关系.方法 采用直接测序法进行SNP检测,Logistic回归分析筛查可能与身高相关的基因多态性位点.分别构建所发现的GH1基因启动子区的-308T和-57G突变位点的pGL4荧光素酶报告基因载体,转染入GC细胞后进行双荧光素酶检测分析.结果 中国部分汉族人群GH1基因启动子近侧区域中存在12个SNP,有6个位点多态性的发生频率与白种人存在明显差异(P<0.01). 荧光素酶检测结果示野生型荧光表达量高于-57和-308位点突变型,差异有统计学意义(P<0.01).结论 GH1基因启动子邻近区域在中国部分汉族人群中表现出高度多态性,并存在一定的人种差异,其中有两处SNP可能影响到人群的身材高矮.     

SIT1基因的单核苷酸多态的研究

目的:通过对信号开始调节穿膜编剧者1基因(SIT1)的单核苷酸多态(SNP)检测,研究SIT1基因与甲状腺功能亢进症Graves病的相关性。方法:使用PCR-测序方法,对SIT1基因的启动子、外显子以及临近的内含子分别在正常人群、甲状腺功能亢进症人群进行测序。结果:SIT1基因有2个高频SNP,对这两个SNP进行基因分型时发现疾病人群和正常人群在不同基因型间差异无统计学意义。但这两个SNP与国际公共数据库公布的SNP完全不同。结论:SIT1基因与甲亢Graves病不相关。SIT1基因的SNP在中国汉族人与外国人存在差别。     

华东地区汉族脂肪分化相关蛋白基因SNP的研究

目的 研究华东地区汉族2型糖尿病病人脂肪分化相关蛋白(ADRP)基因的单核苷酸多态(SNP)。方法 使用PCR测序方法，对ADRP基因的启动子、外显子以及临近的内含子进行测序，确定该基因在华东地区汉族2型糖尿病病人中所存在的SNP。结果 所测ADRP基因片段总长度为5003个碱基，有21个SNP，高频、低频分别是5、16个。结论 ADRP基因在华东地区汉族2型糖尿病病人中存在SNP；对某些SNP进行基因分型可以进一步确定ADRP基因中与2型糖尿病相关的SNP存在情况。     

CYP8B1基因单核苷酸多态性与胆囊结石病的相关性分析

目的 了解固醇12α羟化酶(Sterol 12α-hydroxylase,CYP8B1)基因单核苷酸多态性(SNP)与中国汉族人群胆囊结石病的关系.方法 采用直接测序法检测CYP8B1基因启动子和编码区序列,确定SNP的位置及类型.对频率>10%的SNP,在胆囊结石病患者和对照者中进行关联研究.结果 在5119 bp测序长度中,共发现11个SNP,1个位于编码区,启动子区5个,3′-非翻译区5个,其中3个为新发现的SNP,而数据库中有12个SNP在本次研究没有检测到.SNP rs3732860的等位基因频率在病例-对照组之间分布差异有统计学意义,病例组A等位基因频率明显低于对照组(P=0.022),携带A等位基因者发生胆石病的危险低于携带G等位基因者(OR=1.465,95%CI 1.055~2.034,P=0.023).结论 CYP8B1基因SNP rs3732860和中国汉族人群胆囊结石形成有关,A等位基因可能对胆囊结石病发病有保护作用.

Abstract：

Objective To identify the single nucleotide polymorphisms of human CYP8B1gene and explore the association of some of these SNPs with gallstone disease in Chinese population.Methods The exon and part of promoter were sequenced by a fluorescent labeling automatic method to identify and characterize the SNPs in Chinese population. For SNPs with an allelic frequency of over 10%, a case-control study was performed in patients and controls.Results Eleven SNPs were found within a 5119 bp region. Among them, 1 was in coding region, 5 in promoter and 5 in 3′-UTR. There were 3 novel SNPs and 12 SNPs in SNP database were not found. The allelic frequency of rs3732860 polymorphism showed a significant difference (P=0.022) in the association study. The subjects with A allele had a significantly lower frequency of gallstone disease than those with G allele (OR=1.465, 95%CI 1.055-2.034, P=0.023).Conclusion SNP rs3732860 of CYP8B1 gene is associated with gallstone disease in Chinese population. And A allele may play a protective role in the pathogenesis of gallstone.     

RRAGA基因的单核苷多态的研究

目的:通过对ras相关GTP结合蛋白A(Ras-relatedGTPbindingA,RRAGA)基因的单核苷酸多态(Singlenucleotidepolymorphism,SNP)进行检测,研究RRAGA基因与肺癌的相关性。方法:对RRAGA基因的启动子、外显子区域,使用PCR扩增和DNA测序方法,分别在24例肺癌患者的肺癌组织及24例正常人的外周血进行测序,比较它们之间可能存在的差异,确定该基因是否与肺癌相关。结果:RRAGA基因有4个SNP,其中3个SNP出现在RRAGA基因的启动子区,1个SNP出现在RRAGA基因的3'非翻译区,这4个SNP在正常人与肺癌患者无差异;但这4个SNP与国际公共数据库公布的SNP完全不同。结论:RRAGA基因与肺癌无相关性,中国人RRAGA基因的SNP与外国人的有很大差别。     

广东人AGTR2突变热区的SNPs位点分析

[目的]研究广东汉族人群中血管紧张素Ⅱ2型受体基因(AGTR2)是否存在特有的SNPs位点.[方法]收集121例祖籍广东的汉族人.取外周静脉血以酚/氯仿法分离白细胞提取基因组DNA,根据AGTR2基因已知的SNPs的位点分布特点设计两对引物,PCR扩增目的片段.对PCR产物进行SSCP分析,银染显色.根据染色结果,随机抽取部分带型不同的PCR产物直接测序,对测序结果通过B1ASTn软件和ClustalW软件在线分析.[结果]发现5个SNPs位点:G300663A,A300672T,A300818T,G301404T和A301410G,除A301410G与GenBank dbSNP数据库中的位点(rs5194)相同外,其余4个位点为新发现的SNPs位点.[结论]AGTR2是一个高突变的基因,广东人AGTR2的SNPs位点多,与其他人群显著不同.     

SHB基因与甲状腺功能亢进症Graves病的相关性研究

目的通过对Src同族结构域编剧者蛋白B基因（SHB）的单核苷酸多态（SNP）检测,研究SHB基因与甲状腺功能亢进症（甲亢）Graves病的相关性。方法使用PCR测序方法,对正常人群、甲亢Graves患者SHB基因的启动子、外显子以及临近的内含子进行检测,确定该基因是否与汉族人甲亢Graves病患者相关。结果所测SHB基因片段总长度5679个碱基,发现7个SNP,其中高频、低频SNP分别是6个、1个,其中第6个外显子区有一个SNP在甲亢Graves患者群与正常人群的差异有高度统计学意义（P〈0.01）。结论SHB基因单核苷酸多态可能与甲亢Graves病的发病有关。     

CXCR3单核苷酸多态性与肾移植急性排异关系的研究

目的:研究CXCR3基因rs 2280964单核苷酸多态性(gene single nucleotide polymorphisms,SNPs)与肾移植急性排异(acute rejection,AR)发生的关系.方法:2005 - 08～ 2009 - 12行首次同种异体尸体肾移植(re-nal transplantation,RTx)手术、术后6mo内临床及病理均证实的AR或移植肾状态(RTx status,Ts)的受者共223例.总结两组受者术后6mo内AR的发生等流行病及临床资料,用Taqman荧光探针法对CXCR3基因SNPs( In-tron 1,c.12+ 234G＞A;dbSNP:rs2280964)进行基因分型.结果:RTx受者CXCR3基因rs 2280964的SNPs基因分型与术后6mo内AR的发生无明显相关性(男:P=0.36;女:P =0.98).结论:CXCR3基因rs 2280964的SNPs与肾移植受者术后半年内AR的发生无明显相关性.     

中国汉族人群BSG基因SNPs发掘与连锁不平衡分析

目的：探讨健康中国汉族人群中basigin（BSG）基因的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）发生情况。方法：随机收集48例健康、无亲缘关系的中国汉族人外周血液并提取基因组DNA,设计引物对所有个体BSG基因的启动子区、外显子区和外显子内含子交界区的序列进行PCR扩增和正反向测序,通过判读测序峰图,明确SNPs的发生情况及其频率;通过Hardy-Weinberg平衡分析、单倍型推测和连锁不平衡分析,确定BSG基因位点的单倍型标~SNPs（haplotype tag SNPs,htSNPs）;中性理论检验查明该基因位点SNPs频率分布是否符合选择中性。结果：共发现19个SNPs,其中包括2个新发现的SNPs;所有SNPs位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。该基因位点共推测出4种常见单倍型域,确定9个SNPs为htSNPs。中性理论检验结果提示健康中国汉族人群BSG基因的SNPs分布符合中性进化假说。结论：首次对中国健康汉族人群BSG基因的SNPs进行了发掘,确定了其9个单倍型标签SNPs,为在汉族人群中研究该基因的遗传多态性与疾病易感性或药物反应性个体差异奠定了基础。