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1.
脉冲场电泳分析布鲁菌标准菌株 总被引:2,自引:0,他引:2
目的 探索一种布鲁菌分型的快速、准确、可靠的分子生物学方法。方法 建立脉冲场凝胶电泳(PF—GE)的分子生物学分型方法,比较染色体限制性内切酶图谱,确定菌株的亲缘关系。结果 在分析的19株布鲁菌标准菌株中,6种布鲁菌的PFGE图谱各不相同,但猪种菌和犬种菌的PFGE图谱只有1条带不同。羊种菌和猪种菌内各生物型均可在各自种内被区别,但牛种菌各生物型被区分为3类。从系统发生的观点来看,羊、牛、猪种菌是从共同祖先进化来的,犬种菌可认为是猪种菌的主要株或是刚从该种布鲁菌进化而来的株。沙林鼠种菌与牛种菌关系密切,而绵羊附睾种菌与猪种5型菌遗传距离也较近。结论 PFGE方法可用于布鲁菌的基因分型的研究,是对传统分型方法一种较好的补充。 相似文献
2.
目的探索一种布鲁菌分型的快速、准确、可靠的分子生物学方法。方法建立脉冲场凝胶电泳(PF-GE)的分子生物学分型方法,比较染色体限制性内切酶图谱,确定菌株的亲缘关系。结果在分析的19株布鲁菌标准菌株中,6种布鲁菌的PFGE图谱各不相同,但猪种菌和犬种菌的PFGE图谱只有1条带不同。羊种菌和猪种菌内各生物型均可在各自种内被区别,但牛种菌各生物型被区分为3类。从系统发生的观点来看,羊、牛、猪种菌是从共同祖先进化来的,犬种菌可认为是猪种菌的主要株或是刚从该种布鲁菌进化而来的株。沙林鼠种菌与牛种菌关系密切,而绵羊附睾种菌与猪种5型菌遗传距离也较近。结论PFGE方法可用于布鲁菌的基因分型的研究,是对传统分型方法一种较好的补充。 相似文献
3.
目的了解ICU铜绿假单胞菌(Pa)感染的分子流行病学特征。方法对ICU临床分离的14株Pa菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型及耐药性检测。结果14株Pa分6个PFGE型别,分别命名为A、B、C、D、E和F型,其中A型为优势流行菌株共8株(57.1%),B型2株(14.3%),其余型别各有1株(分别占7.1%)。Pa对头孢他啶等15种抗菌药物产生不同程度的耐药性,其中8株A型Pa为泛耐药菌株。结论PFGE分型A型Pa菌株具有同源性,是本次ICU发生Pa医院感染的流行株,PFGE分型技术可以准确和快速地用于Pa引起医院感染溯源分型。 相似文献
4.
目的 对我国8个省(直辖市)分离的副溶血弧菌使用脉冲场凝胶电泳(PFGE)开展分子分型工作进行回顾性分析;建立副溶血弧菌PFGE分型数据库,分析其特征。方法 对2005-2014年期间分离自8个省(直辖市)的617株副溶血弧菌使用SfiⅠ酶切后进行PFGE实验,使用BioNumerics 5.01软件分析菌株的PFGE图谱并建立副溶血弧菌分子分型数据库。结果 本研究所建立的副溶血弧菌分子分型数据库共包含617条副溶血弧菌的分子分型信息。这些副溶血弧菌的PFGE图谱可以分为360个PFGE型别,按照PulseNet China的规则对这些PFGE型别进行编码。不同PFGE型别的相似系数介于35.8%~99.6%。237株外环境和食品分离菌株有221个PFGE型别,345株患者分离株有127个PFGE型别。相同血清型的副溶血弧菌具有相同或者非常相似的PFGE型别,而不同血清型之间的副溶血弧菌的PFGE型别差异则较大。大流行血清型(如O3:K6和O4:K8)具有多个优势PFGE型别,对于某些血清型,地理位置相近省份分离菌株的PFGE图谱相似性更高。结论 分离自患者菌株的PFGE图谱克隆化程度高,而分离自食品和外环境的菌株,PFGE图谱多态性较大。PFGE在发现病例成簇中能够发挥作用;对于患者相关PFGE图谱成簇的菌株应加强流行病学调查和溯源工作。 相似文献
5.
目的 了解上海市浦东新区副溶血弧菌病原学与分子流行病学特征。 方法 运用玻片凝集法对505株副溶血弧菌菌株进行血清学分型,运用K-B纸片法对菌株进行12种抗生素药敏试验,同时对菌株基因组DNA经限制性内切酶NotⅠ酶切后进行脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分子分型,利用BioNumerics Version 6.64 分析软件对图谱进行聚类分析,初步建立PFGE分子分型数据库。 结果 505株菌株中有117株血清型未能分型,O3:K6为患者分离株中的优势血清型,其中69.14%(56/81)的食物中毒分离株和61.87%(185/299)的散发病例分离株血清型为O3:K6型;监测食品分离株血清型分布呈现多样性,无优势菌株。99.41%(502/505)菌株对氨苄西林耐药。505株菌株共获得221个不同的PFGE带型,有26株PFGE未能分型。监测食品分离株的PFGE呈现遗传多样性,无优势带型,并且与散发及食物中毒患者分离株的PFGE带型不同。食物中毒与散发病例分离株的优势带型相同。耐2种或以上抗生素的菌株与其他菌株的PFGE型不相同,相同PFGE带型内的菌株血清型相同,不同时间、不同腹泻监测点之间存在完全相同PFGE条带。 结论 浦东新区未出现多重耐药菌株,存在多起疑似聚集性病例事件,但与监测食品分离株的遗传谱系关系较远。 相似文献
6.
目的 比较脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方法用于我国肠炎沙门菌分子分型的能力,建立我国肠炎沙门菌MLVA分型标准操作方法及数据库。方法 根据国际PulseNet公布的肠炎沙门菌PFGE和MLVA分型方案,对来自我国6个省(直辖市)的289株肠炎沙门菌进行分子分型分析,并结合流行病学资料,评价这两种分型方法对我国肠炎沙门菌分离株的分型能力。结果 289株肠炎沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE后获得55种带型,其分辨能力(D值)为0.8433。PFGE优势带型为JEGX01.CN0003及JEGX01.CN0001,带型频率分别为35.6%、25.6%,但二者仅表现两个条带的差异,其余型别均低于5%。采用MLVA分析,获得63种型别,分为2个群,D值为0.8608,说明MLVA分辨能力高于单酶切PFGE,但分型能力仍然有限。MLVA主要型别ST1包含了97株菌株,占37.5%,分布于各省及各年份。若联合PFGE及MLVA分型,则产生104种型别,D值为0.9058。对流行病学调查显示为肠炎沙门菌暴发病例菌株进行PFGE双酶切及MLVA分型,结果均显示这些菌株具有明显的聚集性,但不能与同期散发菌株完全区分开。结论 MLVA与PFGE分型方法的分辨能力在肠炎沙门菌中较低,在确认肠炎沙门菌引起的暴发事件时,需紧密结合流行病学调查资料,采用双酶切PFGE或MLVA进行分型分析。 相似文献
7.
脉冲场凝胶电泳与质粒图谱分析应用于浙江省甲副伤寒菌株的分子流行病学调查 总被引:2,自引:0,他引:2
目的应用分子生物学方法对浙江省甲副伤寒流行菌株的特征和分子分型进行研究。方法对浙江省26株暴发及散发甲副伤寒菌株作药敏试验、应用快速小量质粒提取方法并作图谱分析,同时应用脉冲场凝胶电泳分型技术(PFGE)分析比较暴发及散发菌株的基因图谱。结果26株菌株对SM、CAR耐药率高于52.00%,对COS、AMP高于84.00%,对SD高达100.00%。所有菌株含有-2.3Kb和-23.1Kb大小质粒。经XbaI酶切,作PFGE分析发现各个菌株的染色体酶切图谱显示19~21条带,26株菌株共出现四种带型,所有菌株分析的条带数仅相差1~2条。结论浙江省甲副伤寒菌株普遍带有质粒且绝大数菌株具多重耐药性,这可能与浙江省甲副伤寒持续性高发有关。PFGE分析所有菌株均为同一克隆系,有一定相关性,说明浙江省流行的甲副伤寒菌株相对保守。 相似文献
8.
目的研究该院普胸外科患者携带耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)与多重耐药鲍曼不动杆菌(MDRAB)的分子流行病学特征,研究其传播途径及发生机理,为降低其发生率提供理论基础。方法收集该院普胸外科32例同时携带MRSA与MDRAB患者的菌株,进行抗生素药物敏感实验,根据抗菌谱进行表型分型,并采用全基因组稀有位点限制性内切酶酶切脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析MRSA与MDRAB的基因分型。聚类分析菌株之间的同源性。结果表型分析结果显示32株MRSA和MDRAB可分为4型,其中,MRSA中21株属于Ⅰ型,9株属于Ⅱ型,1株Ⅲ型,一株Ⅳ型。而MDRAB的分型分析结果显示:23株属于Ⅰ型,6株属于Ⅱ型,2株属于Ⅲ型,1株属于Ⅳ型,32株菌株共有24株的表型相同,PFGE基因分型法显示可将两种菌型分为6型,其中,32株MRSA中,18株属于A型的不同亚型,而14株属于A1型。32株MDRAB中,23株属于A型,A1型17株。32株菌株的PFGE分型结果显示有25株的分型结果相同。结论该院普胸外科携带MRSA与MDRAB患者的表型分型及PGGE分型结果类似,并且A1亚型的分布较多。提示有医院感染的可能。 相似文献
9.
2005年我国多中心苯唑西林耐药的金黄色葡萄球菌分子流行病学研究 总被引:6,自引:0,他引:6
目的多中心研究我国2005年苯唑西林耐药的金黄色葡萄球菌(MRSA)分子流行病学特征。方法收集2005年1—12月14个城市17家教学医院连续分离的非重复MRSA595株,通过多重PCR对MRSA进行葡萄球菌染色体mec(SCCmec)分型,脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行同源性分析。根据药敏结果、PFGE、SCCmec型别和分布地区选出53株进行多位点序列分型(MLST)。采用PCR检测毒素基因。结果595株MRSA中,SCCmecm型243株、占61.5%,不能分型菌株96株、占24.3%,Ⅱ型56株、占14.2%;沈阳SCCmecⅡ型占60.7%(17/28),远高于其他地区(0~42.9%)。PFGE共有24种分型,42种亚型,其中A型占50.1%,为12个城市13家医院所共有,R型占23.5%,存在于8个城市9家医院。MIST共有6种分型,其中序列分型(sT)239占75.5%,ST5占17.0%。595株MRSA中,pvl基因检出率为2.5%。结论我国MRSA主要获得Ⅱ型、Ⅲ型SCCmec基因,SCCmec的分布有地区差异。一些地区发生MRSA的暴发,并且地区间发生流行克隆的传播。有些流行克隆可能来源于某些世界流行克隆株的传播。 相似文献
10.
目的对杀白细胞毒素(PVL)阴性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)进行基因多态性研究,了解我院MRSA流行分布,为医院感染控制提供实验支持。方法 2006年2月至2007年8月我院临床分离的71株金黄色葡萄球菌;采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术,葡萄球菌盒式染色体mec(SCCmec)分型完成其中16株MRSA的基因多态性分析。结果 PFGE分型:共有7组(A、B、C、D、G、I、J),其中A型1株、B型1株、C型8株,且均为C2亚型;D型、G型、1型、J型分别为3株、1株、1株、1株;SCCmec分型:以SCCmecⅡ、SCCmecⅢ为主,各占50.0%(8/16)。结论通过对我院MRSA进行基因多态性分型研究,了解了我院流行的MRSA基因特征,为该菌的感染控制提供分子流行病学依据。 相似文献
11.
D Shen D J Biedenbach P L Winokur M A Pfaller R N Jones 《Diagnostic microbiology and infectious disease》1999,34(3):159-164
Twenty-three multi-resistant strains of Escherichia coli were isolated at a single hospital in Beijing, China between January 1997 and May 1998. All isolates produced extended spectrum beta-lactamases (ESBLs) as detected by the double disk synergy test and the Etest ESBL strip (AB BIODISK, Solna Sweden). Additional antimicrobial susceptibility testing showed that most isolates were resistant to gentamicin, tobramycin, tetracycline, trimethoprim/sulfamethoxazole, ciprofloxacin, and cefepime. All isolates remained susceptible to imipenem with MICs of < or = 0.5 microgram/ml. The isolates each produced several beta-lactamases (range 1-4 enzymes/strain) with pI values ranging from 5.2-8.4. Molecular epidemiologic typing revealed four ribotypes and eight pulsed field gel electrophoresis (PFGE) patterns with subgroups among the 23 isolates. Clusters of isolates with the same DNA type were observed as follows (ribotype/PFGE): Wards A (242-5/2, and 242-5/3a), B (242-5/4), and C (880-1/1a). Moreover, similar molecular types were observed in patients from two or more different wards. Further use of isoelectric focusing results and co-resistance patterns produced evidence of potential nosocomial dissemination of strains in only two instances (two identical strains on one ward and two identical strains on different wards). There were also strong similarities in beta-lactamase pIs and co-resistances among many of the strains throughout this medical center. These data document the wide genetic diversity among E. coli producing ESBLs, and a potential for nosocomial spread of these highly resistant organisms requiring increasingly more sophisticated molecular-based techniques and local interventions. 相似文献
12.
目的:了解温州医学院附属第一医院重症监护病房(ICU)金黄色葡萄球菌的耐药性及分子流行病学特点,为该菌医院感染的治疗和预防提供理论基础。方法:采用纸片扩散法及脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术,对ICU病房在2004年1月~12月临床分离的30株金黄色葡萄球菌作耐药性和遗传学分析。结果:30株金黄色葡萄球菌对万古霉素和呋南妥因全部敏感,对青霉素全部耐药。对氨苄西林/舒巴坦、阿莫西林/棒酸、克林霉素、红霉素、环丙沙星、头孢唑啉、庆大霉素,甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌(MRSA)全部耐药,甲氧西林敏感葡萄球菌(MSSA)的耐药率分别为50.0%、64.3%、57.2%、71.7%、50.0%、50.0%、28.6%;对左旋氧氟沙星、四环素、利福平、复方新诺明和氟氧头孢,MRSA的耐药率分别为93.8%、81.3%、50.0%、6.3%和31.3%,MSSA的耐药率分别为57.2%、28.6%、7.2%、42.9%和21.4%。其PFGE图谱分为13个组(A~M型)。以A型(10株)、B型(6株)和C型(3株)为主。结论:ICU病房分离的金黄色葡萄球菌耐药性比较严重。PFGE遗传学分析显示,ICU病房存在着同源菌的流行趋势,并与医院感染有关。ICU病房应采取多种措施以减少金黄色葡萄球菌的医院感染及进行有效的治疗,防止其流行。 相似文献
13.
目的 了解2015年北京市昌平区致泻性大肠埃希菌耐药状况并对其进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型研究。方法 药敏实验按照美国临床实验室标准化协会(CLSI)推荐的K-B纸片法进行24种抗生素的敏感性分析;PFGE实验参照PulseNet PFGE实验方法。结果 药敏结果显示,致泻性大肠埃希菌对头孢比肟、亚胺培南完全敏感;对阿米卡星、妥布霉素、米诺环素耐药率极高,分别为94.6%、97.3%和97.3%。耐药谱分析显示,致泻性大肠埃希菌同时耐受抗生素种类为2~7种。PFGE分析发现,33株致泻性大肠埃希菌具有31种PFGE带型,菌株之间的相似系数为68.0%~100.0%,其中2株ETEC和2株EPEC有一致的PFGE带型。结论 昌平区引起腹泻的致泻性大肠埃希菌耐受抗生素的种类多、多重耐药严重且PFGE带型呈高度多态性。 相似文献
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Vali L Hamouda A Hoyle DV Pearce MC Whitaker LH Jenkins C Knight HI Smith AW Amyes SG 《The Journal of antimicrobial chemotherapy》2007,59(3):403-410
OBJECTIVES: The aim of this study was to identify the profile of antibiotic resistance among E. coli O26, O103 and O145 in two cohorts of Scottish beef cattle on two farms and to determine whether there is an association between resistant phenotypes and the genotypic PFGE patterns to suggest clonality among resistant strains. METHODS: MICs of 11 antibiotics for 297 E. coli O26, 152 E. coli O103 and 13 E. coli O145 were determined. Isolates were screened for the presence integrons 1 and 2 and the virulence factors stx1, stx2, eaeA and ehxA by PCR with specific primers. PFGE subtyping was performed after digestion with XbaI endonuclease. RESULTS: Among E. coli O26, O103 and O145 there were four, four and one isolates, respectively, that harboured a class 1 integron. A class 2 integron was detected in only one O145 isolate. Diversity in PFGE patterns was higher among E. coli O103 and O145 strains compared with the O26 serotype; and PFGE demonstrated 13, 27 and 6 different patterns among O26, O103 and O145 isolates, respectively. Selective PFGE types that harboured virulence factors were widespread among the cattle population throughout the sampling period. There were multiply resistant isolates that were of similar PFGE patterns. CONCLUSIONS: The dissemination and persistence of certain PFGE genotypes among the cattle population was evident in this study. Certain resistance phenotypes, especially among E. coli O26 isolates, were associated with distinct PFGE clones. 相似文献
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Molecular epidemiology of extended-spectrum beta-lactamase-producing Klebsiella pneumoniae in a neonatal intensive care unit 总被引:3,自引:0,他引:3
Bagattini M Crivaro V Di Popolo A Gentile F Scarcella A Triassi M Villari P Zarrilli R 《The Journal of antimicrobial chemotherapy》2006,57(5):979-982
OBJECTIVES: To investigate the molecular epidemiology of extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing Klebsiella pneumoniae in the neonatal intensive care unit of a university hospital in Italy. METHODS: Antibiotic susceptibility was evaluated by disc diffusion and Etest. ESBLs were identified by isoelectric focusing, PCR and DNA sequencing analysis. Genotyping was performed by PFGE analysis. Conjugation was performed by broth mating. RESULTS: Molecular typing of K. pneumoniae isolates identified three distinct PFGE patterns. Isolates of PFGE profile A were isolated during an epidemic in 1996, while isolates of PFGE profiles B and C were sequentially isolated from September 2002 to December 2004, when 233 colonizations and 19 infections by K. pneumoniae occurred. All K. pneumoniae strains of different PFGE types were identified as ESBL producers. DNA sequencing of amplified beta-lactamase genes identified a novel bla(TEM) ESBL (bla(TEM-136)) along with bla(SHV-1) in chromosomal and plasmid DNA from K. pneumoniae of PFGE type A, respectively, and bla(TEM-1) and bla(SHV-12) in plasmid DNA from K. pneumoniae of PFGE types B and C. Conjugation experiments demonstrated that resistance to third-generation cephalosporins, along with an approximately 80 kb plasmid containing bla(SHV-12) and bla(TEM-1), was transferred from K. pneumoniae epidemic strains of PFGE types B and C to a susceptible Escherichia coli host at a frequency of 4 x 10(-6) and 1 x 10(-6) cfu/recipient cell, respectively. CONCLUSIONS: The selection of ESBL-producing clones and the transfer of the bla(SHV-12) ESBL gene between different clones were responsible for the spread of K. pneumoniae in the neonatal intensive care unit. 相似文献
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目的 研究普外科病区出现的4株碳青霉烯类药物耐药大肠埃希菌的分子流行病学特征及耐药机制.方法 用K-B纸片法和琼脂稀释法进行药物敏感试验,三维酶抑制试验和EDTA-Na2协同试验分析酶的性质,通过脉冲场琼脂糖凝胶电泳(PFGE)分析耐药株的分子流行病学特征,特异性PCR及序列分析、接合试验、碱裂解法提取质粒和质粒转化试验研究碳青霉烯耐药的分子机制.结果 4株大肠埃希菌对包括碳青霉烯在内的多种抗菌药物广泛耐药,PFGE显示4株分离株属于不同的克隆型,对碳青霉烯类药物的耐药主要由相对分子质量约56 000的质粒携带的KPC-2基因介导,转化试验显示对氨基糖苷类和喹诺酮类药物的耐药性并未携带在同一质粒上.结论 我院出现碳青霉烯耐药的大肠埃希菌,对碳青霉烯类药物的耐药主要由质粒介导的KPC-2基因引起. 相似文献
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目的 研究普外科病区出现的4株碳青霉烯类药物耐药大肠埃希菌的分子流行病学特征及耐药机制.方法 用K-B纸片法和琼脂稀释法进行药物敏感试验,三维酶抑制试验和EDTA-Na_2协同试验分析酶的性质,通过脉冲场琼脂糖凝胶电泳(PFGE)分析耐药株的分子流行病学特征,特异性PCR及序列分析、接合试验、碱裂解法提取质粒和质粒转化试验研究碳青霉烯耐药的分子机制.结果 4株大肠埃希菌对包括碳青霉烯在内的多种抗菌药物广泛耐药,PFGE显示4株分离株属于不同的克隆型,对碳青霉烯类药物的耐药主要由相对分子质量约56 000的质粒携带的KPC-2基因介导,转化试验显示对氨基糖苷类和喹诺酮类药物的耐药性并未携带在同一质粒上.结论 我院出现碳青霉烯耐药的大肠埃希菌,对碳青霉烯类药物的耐药主要由质粒介导的KPC-2基因引起. 相似文献
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CTX-M-2 and a new CTX-M-39 enzyme are the major extended-spectrum beta-lactamases in multiple Escherichia coli clones isolated in Tel Aviv, Israel 总被引:1,自引:0,他引:1
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Chmelnitsky I Carmeli Y Leavitt A Schwaber MJ Navon-Venezia S 《Antimicrobial agents and chemotherapy》2005,49(11):4745-4750
The rate of occurrence of the extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing phenotype among Escherichia coli isolates in Tel Aviv is 12% (22). The aim of this study was to understand the molecular epidemiology of E. coli ESBL producers and to identify the ESBL genes carried by them. We studied 20 single-patient ESBL-producing E. coli clinical isolates. They comprised 11 distinct nonrelated pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) genotypes: six isolates belonged to the same PFGE clone, four other clones included two isolates each, and six unrelated clones included only one isolate. All isolates produced various beta-lactamases with pIs ranging from 5.2 to 8.2, varying within similar PFGE clones. The most prevalent ESBL gene was bla(CTX-M); 16 isolates carried bla(CTX-M-2) and three carried a new ESBL gene designated bla(CTX-M-39). Three strains carried bla(SHV) (two bla(SHV-12) and one bla(SHV-5)), and two strains carried inhibitor-resistant ESBL genes, bla(TEM-33) and bla(TEM-30); 18 strains carried bla(TEM-1) and eight strains carried bla(OXA-2). Plasmid mapping and Southern blot analysis with a CTX-M-2 probe demonstrated that bla(CTX-M-2) is plasmid borne. The wide dissemination of ESBLs among E. coli isolates in our institution is partly related to clonal spread, but more notably to various plasmid-associated ESBL genes, occurring in multiple clones, wherein the CTX-M gene family appears almost uniformly. We report here a new CTX-M gene, designated bla(CTX-M-39), which revealed 99% homology with bla(CTX-M-26), with a substitution of arginine for glutamine at position 225. 相似文献