HIV检测基因芯片的研制和应用评价

目的研制用于HIV检测的基因芯片,并评价其在临床诊断和出人境检疫中的应用价值。方法针对HIV-1gags基因相对保守区域,设计检测探针,并设计内标和对照探针,制备HIV检测微阵列基因芯片;设计引物,以1：20引物比例不对称扩增HIV基因靶标,Cy3荧光标记扩增产物,作为杂交模板。Cy3荧光标记PCR扩增产物与微阵列探针杂交反应,结果经荧光扫描,并用分型软件分析判断阳性探针和样本HIV阴阳性。采用信号放大、梯度临界值技术,增加了检测的灵敏度和特异性。采用70例临床样本实样检测与DNA测序作对照,评价试剂盒的性能和应用价值。结果70例样本,采用本试剂盒与DNAN序并行检测,两者符合率为98．57％。结论本HIV检测基因芯片试剂盒具有高通量、操作简便、低成本、准确度好等优点,应用研究表明,在临床HIV诊断检测和出入境检测方面具有很高的应用价值。     

寡核苷酸DNA芯片用于ABO血型基因分型的研究

目的 对寡核苷酸芯片用于ABO血型基因分型的技术进行研究。方法 常规的酚／氯仿法提取标准血样基因组DNA，在ABO座位的外显子6和7区域各设计一对引物，经PCR扩增基因组相应区段并用Cy5-dCTP进行标记。设计寡核苷酸分型探针，将探针固定在APS－PDC法制作的DNA芯片上，用标记的PCR产物与之杂交，扫描仪对杂交结果进行扫描，Imagene软件对杂交图象进行分析。结果 本实验共检测了100份已知血型血样的ABO基因型，结果证明本实验研制的ABO基因分型芯片快速、准确、灵敏。结论 寡核苷酸DNA芯片用于ABO的基因分型与其他方法相比更具有灵敏、直观、高通量和集成化的优势。     

寡核苷酸芯片用于HLA-A基因分型的研究

目的 应用寡核苷酸芯片分型方法，对HLA-A基因进行分型研究。方法 采用不对称PCR方法，扩增HLA-A基因的第2，3外显子，荧光标记扩增产物，作为杂交模板。设计分型检测寡核苷酸探针，制备HLA-A基因分型检测芯片。采取差异选择法，筛选强杂交信号和高特异性的分型探针。探索了探针长度、探针位置等对杂交信号的影响。杂交结果经荧光扫描，并用分型软件分析判断阳性探针和HLA-A基因型。结果 30例临床样本芯片分型结果与PCR-SSP及DNA测序分型结果相符。结论 采用寡核苷酸芯片技术对HL-A基因分型是种好的方法，具有测速快、成本低、高通量的优点。     

膜微阵列技术的建立及检测细菌条件的优化

目的　探讨膜微阵列技术检测细菌的可行性。方法　在细菌的 1 6SrRNA基因内设计了通用引物和特异性探针 ,将探针点在膜上制备微阵列 ,再与地高辛标记的DNA杂交 ,比较了随机引物标记法和PCR掺入标记法的灵敏度 ,探讨了硝酸纤维素膜和尼龙膜作基片的可行性 ,并比较了不同的固定条件和杂交条件下的杂交结果 ,以标准菌株DNA为样本 ,建立起微阵列技术。结果　随机引物标记法和PCR掺入标记法的灵敏度均为 0 .1pg ;尼龙膜较之硝酸纤维素膜可更好的结合寡核苷酸 ,经紫外线交联 3min ,与杂交液 3(5×SSC ,5g/LSDS ,1 %封闭剂 )在 5 5℃杂交结果最好。标准菌株除结核杆菌、变形杆菌外 ,均能与其对应的特异探针杂交。结论　利用膜微阵列技术检测细菌有快速、敏感、特异、无放射性污染的特点     

HLA分型基因微阵列的构建及与PCR-SSO、PCR-SSP、SBT的比对

目的建立HLA分型基因微阵列新技术，并与PCR-SSO（PCR-顺序特异性寡核苷酸）、PCR-SSP（PCR-序列特异性引物）及SBT（DNA测序）进行方法学比对。方法基于反向SSO原理设计引物和探针→探针点样→标本处理和标记→杂交检测分析，其依据的原理和主要步骤为：（1）PCR扩增；（2）DNA杂交；（3）酶联染色；（4）结果判断。以此构建HLA-B27分型基因微阵列系统，并检测88例标本，将此结果与PCR-SSO、PCR-SSP及金标准的SBT三种方法进行比对。结果成功构建了HLA-B27分型基因微阵列系统。其与PCR-SSO、PCR-SSP及SBT方法相比总体一致率为98．86％；B27阳性标本结果的一致率为97．72％（86／88）；B27阴性标本结果的一致率为100％（4／4）。结论与目前常用的PCR-SSO，PCR-SSP及SBT等方法相比，HLA分型基因微阵列具有高效、快速、稳定、经济等特点，可同时进行HLA-B27基因检定与等位基因分型，不失为临床及造血干细胞库大规模HLA分型（中低分辨）的一种新方法。     

HLA分型基因微阵列的构建

目的建立HLA分型基因微阵列,并与聚合酶联反应-序列特异性引物(PCR-SSP)和聚合酶联反应-序列特异性寡核苷酸(PCR-SSO),及DNA测序(SBT)进行方法学比对。方法基于反向SSO原理设计引物和探针,其依据的原理和主要步骤为:1)PCR扩增;2)DNA杂交;3)酶联染色;4)结果判断。以此构建HLA-B27分型基因微阵列系统,并检测88例标本,将分型结果与PCR-SSO、PCR-SSP及SBT三种方法验证结果进行比对。结果成功构建了HLA-B27分型基因微阵列。与PCR-SSO、PCR-SSP及SBT方法相比总体一致率为98.86%;HLA-B27阳性标本结果的一致率为97.72%(86/88);HLA-B27阴性标本结果的一致率为100%(4/4)。结论与目前常用的PCR-SSO,PCR-SSP及SBT等方法相比,HLA-B27分型基因微阵列具有高效、快速、稳定等特点,为临床检测HLA-B27提供一种新方法。     

利用TaqMan技术定量检测基因表达的引物探针设计

目的建立优化的实时荧光定量PCR的引物探针设计参数。方法设计引物和探针时的原则包括：①上、下游引物的融解温度（Tm值）应尽量相同或相差越小越好,以利于PCR退火温度的优化;②扩增区域应当跨越不同的外显子（在基因组DNA上至少一个以上的内含子）,以利于区分基因组DNA扩增产物和cDNA扩增产物;③引物和探针的位置最好位于外显子和内含子交界处,以避免引物和探针与基因组DNA的结合;④扩增区域最好靠近基因的3’端,以减少不完全逆转录的影响。本次研究设计了实时荧光定量RT—PCR检测人甲胎蛋白mRNA的引物和探针,并提取临床肝癌组织标本中的RNA,检测其中甲胎蛋白的表达。绪果本次研究设计的实时荧光定量RT—PCR检测甲胎蛋白mRNA的引物和探针具有良好的特异性,可用于临床标本的检测。结论本次研究确定的原则对提高利用TaqMan技术定量检测目的基因结果的可靠性具有很好的指导意义。     

应用寡核苷酸芯片进行HLA-DQA1位点基因分型

为了构建HLA-DQA1位点寡核苷酸分型芯片并籍此建立一种应用于HIA系统基因分型的集成化技术平台，在多态性集中的HLA-DQA1第二外显子区域，自行设计一套寡核苷酸分型探针；采用本实验室自建的方法，制成寡核苷酸芯片。提取的基因组DNA以组间特异性引物，单侧引物荧光标记，行不对称扩增。杂交后扫描检测分析杂交信号，确定HLA等位基因型；分型结果以标准DNA和PCR产物测序检测。结果表明：100例样本芯片分型全部成功，其中50例标准DNA与其模板相符，另50例临床样本中随机选取的10例与其测序结果相符，其中2例分型结果不完全；重复杂交实验中，位点重现率95％。结论：研制的HLA-DQA1等位基因分型芯片，其准确性和重现性理想，且操作简便、快捷，有广泛的应用前景。     

人白细胞抗原B位点基因芯片分型技术研究

目的 探讨基因芯片技术在进行北方汉族人群人白细胞抗原B位点（HLA-B）分辨度分型的价值.方法 根据中国北方汉族人群HLA-B常见基因位点及临床分型分辨度特征,设计特异性寡核苷酸中分辨度分型探针,制成HLA-B基因分型芯片.采用荧光标记引物和不对称聚合酶链反应（PCR）扩增HLA-B 2、3外显子,产物与芯片探针杂交后经荧光扫描,并用特定软件分析判断阳性探针,以确定样品基因型.结果 用中分辨度探针从30份北方汉族人标本中可分出HLA-B 7～83范围的42个B抗原等位基因,与顺序特异引物聚合酶链反应（PCR-SSP）分型方法对比,多检出3个HLA-B14、73和82新等位基因.结论 HLA-B基因芯片具有较高的精确度和特异性,可一张芯片多人份检测,适合用于临床HLA-B抗原分型.     

PCR法标记探针在核酸杂交中的应用

目的　建立一种简便、高效的核酸探针标记方法。方法　以扩增小鼠生精细胞凋亡相关基因时使用的引物 ,基因重组扩增后阳性克隆质粒DNA为模板 ,采用PCR法标记同位素 [α 3 2 P]dCTP。结果　制成的探针比放射活性大于 1× 10 9cpm/ml,电泳仅见一条条带 ;northernblot杂交显示阳性条带清晰 ,背景噪音低。结论　PCR法标记探针简便、特异、高效