赣州市2014年新型甲型H1N1流感病毒NA基因特征及耐药性分析

目的：分析江西省赣州市2014年新型甲型H1N1流感病毒NA基因的特点,掌握其耐药情况,为临床治疗和疾病控制提供参考依据。方法随机选择17株新型甲型H1N1流感病毒,经核酸提取和one-step RT-PCR扩增NA基因片段,双向序列测定,采用DNAStar5.0和Mage4.0序列分析软件分析NA基因特征以及耐药性位点。结果17株毒株的NA基因片段与代表株A/California/07/2009(H1N1)的序列核苷酸序列进行比对,核苷酸序列同源性高达98.4%以上,氨基酸的同源性也高达97.0%以上。17株毒株的NA活性中心位点氨基酸及周围的辅助位点氨基酸均未发生氨基酸替换。结论17株毒株的NA基因片段保持高度的同源性并均对流感病毒神经氨酸酶抑制剂药物敏感,但仍应加强对流感病毒的耐药性监测,为制定新型甲型H1N1流感的防制措施提供技术支持。     

长春市2018-2020监测年度甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶（NA）基因特征分析

目的 分析长春市2018-2020年度甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶（NA）基因特征,了解其变异情况及遗传进化特征。方法 选取2018-2020年度甲型H1N1流感病毒分离株72株,PCR扩增NA基因并进行序列测定;利用生物信息学软件对分离株的NA基因进行进化和变异分析。结果 长春市72株分离株与疫苗株A/California/07/2009的NA蛋白相比均有V13I、I34V、L40I、N44S、V81A、N200S、V241I、N248D、N270K、Y351F、N369K、N386K、K432E、N449D共同的氨基酸位点变异,且有1株发生了NA蛋白H275Y耐药位点的突变,提示此毒株为奥司他韦耐药株。72株病毒株NA基因之间核苷酸同源性为97.6%-100%,氨基酸同源性为97.2%-100%。在进化树分析上,呈集中分布态势,都属于6B.1分支。结论 长春市2018-2020年度甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因持续发生变异,但大部分甲型H1N1流感病毒仍对神经氨酸酶抑制剂敏感。未来仍应加强耐药性监测,为预防甲型H1N1流感大流行提供参考。     

2013年宜春市甲型H1N1流感病毒分离鉴定及HA基因分子进化分析

目的 对2013年江西省宜春市甲型H1N1流感病毒HA基因序列及其编码的氨基酸序列进行分子进化分析,为防控甲型H1N1流感大流行和常规监测提供科学根据。方法 随机选择11株2013年宜春市疾病预防控制中心流感监测实验室分离到的甲型H1N1流感病毒毒株,提取病毒RNA,One-step RT-PCR扩增HA基因并双向测序。以世界卫生组织疫苗推荐株A/California/07/2009(H1N1)(GenBank:CY121680)和几株国内外近几年分离的流感甲型H1N1毒株的HA基因为参考序列,采用DNAStar 7.0和Mega 5.0软件对HA基因及其编码的氨基酸序列进行比对,绘制分子进化树,进行HA变异分析。结果 2013年宜春市11株所测甲型H1N1流感病毒与疫苗推荐株亲缘性较近,进一步参考几株国内外近几年分离到的流感甲型H1N1毒株,HA没有发生较大变异;其HA基因序列二硫键、糖基化位点未发生变异;尽管有7株毒株同时在抗原决定簇区A区和受体结合位点130环或其附近发生单个位点氨基酸替换变异,但未形成流行病学变异新种。结论 目前的甲型H1N1流感疫苗仍对人群有保护作用,而抗原决定簇和受体结合位点的变异提示仍需要密切关注甲型H1N1流感的再次流行。     

浙江省近年甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因序列分析

目的 分析浙江省2009 2013年初甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因(NA)序列进化特征。 方法 提取浙江省2009 2013年初29株甲型H1N1流感病毒基因组RNA,反转录－聚合酶链反应(RT-PCR)扩增NA基因,测序并拼接出ORF。以浙江省不同年份与地域15份代表性毒株NA序列和GenBank数据库中选取的22株2009 2012年国内外甲型H1N1流感病毒NA基因序列,采用MEGA 5.1软件对其进行序列比对并构建种系发生树。 结果 扩增并测序获得29株甲型H1N1流感病毒的NA基因ORF的全长序列,与国内外甲型H1N1流感病毒NA序列比对后显示序列的同源性较高,浙江省毒株与北美早期甲型H1N1流感病毒典型代表株A/California/04/2009(H1N1)的同源性为98.20％~99.50%,其中采集于2012年末和2013年初的4份病毒NA与A/California/04/2009(H1N1)的同源性为98.63%~99.14%。在1株采集于2010年1月的甲型H1N1流感病毒NA的基因序列中发现可导致奥司他韦耐药的H275Y突变基因型。 结论 虽然浙江省后期的甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因累积了更多的变异,但所有毒株之间基因同源性仍然较高,所有毒株的神经氨酸酶基因同源性达到98.20％及以上,序列分析结果证实1份毒株携带奥司他韦耐药基因型突变。     

2010年广州市甲型H1N1流感病毒分离株NA基因变异分析

目的比较2010年从广州市分离到的甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因与2009年中国大陆甲型H1N1流感病毒NA基因的变异情况,为甲型H1N1流感的监测和防控提供参考资料。方法收集2010年广州市有发热和呼吸道症状患者的咽拭子标本,用甲型H1N1流感病毒特异性引物进行聚合酶链反应(PCR)检测,扩增分离到的甲型H1N1流感病毒NA基因片段,测序后与2009年的H1N1毒株进行比对和进化分析,并用生物信息学方法对耐药位点和糖基化位点进行分析。结果共收集1 194份咽拭子标本,检测到甲型流感病毒阳性327份,其中H1N1流感病毒6株,与2009年分离的甲型H1N1流感病毒相比,有16个位点发生了有义突变,3个位点和NA活性相关,其中222位氨基酸的变异位于NA活性位点上。结论成功扩增了2010年广州市6株甲型H1N1流感病毒株NA基因并测序,未发现H275Y耐药位点的变异。3毒株在NA活性位点222位、228位和425位等氨基酸位点处发生了变异,需继续加强监测。     

杭州市2013~2014年流感暴发流行期甲型流感病毒H3N2亚型基因特性分析

目的分析杭州2013~2014年冬春季流感暴发期间流行的甲型流感病毒H3N2亚型的分子特性。方法选取H3N2阳性标本提取病毒RNA,PCR扩增全基因组并测序,构建血凝素(HA)及神经氨酸酶(NA)分子进化树,对H3N2亚型的病毒进化进行分析。结果 6个代表株中H3N2未发生片段间的重配。以WHO推荐流感疫苗株A/TEXAS/50/2012为参考,HA1蛋白主要抗原决定区发生N145S氨基酸替换,并有其他多个位点的突变。病毒基质蛋白(M2)的金刚烷胺耐药位点全为S31N,神经氨酸酶抑制剂耐药位点未发生突变。结论 H3N2亚型甲型流感病毒HA1蛋白的氨基酸变异与2013~2014年杭州地区暴发流行有关。另外,病毒已出现对金刚烷胺的耐药突变,而对神经氨酸酶未发生耐药突变。     

孕产期妇女甲型H1N1流感防治进展

与季节性流感和历次流感大流行相似,甲型H1N1流感大流行过程中,孕妇感染甲型H1N1流感的风险增高,孕妇甲型H1N1流感的患病率、病死率增高,易继发严重并发症.因此,基于疗效-风险评估,无接种禁忌证的孕妇,妊娠各期均应接种甲型H1N1流感疫苗.出现流感样症状或与甲型H1N1流感患者密切接触的孕妇,都应接受神经氨酸酶抑制剂(更推荐奥司他韦)治疗或预防,无需等待实验室检查结果证实甲型H1N1流感感染.感染甲型H1N1流感的哺乳产妇,神经氨酸酶抑制剂对接受授乳的婴儿是安全的.甲型H1N1流感流行期间,孕妇应采取非药物预防措施,降低感染甲型H1N1流感的风险.     

2009－2018年湖南省甲型H1N1亚型流感病毒监测结果及其全基因组进化分析

目的分析2009 — 2018年湖南省流感哨点医院甲型H1N1亚型流感监测结果,对分离病毒全基因组进化情况和分子特征进行分析。方法在全省14个市州的23家哨点医院开展流感监测工作,每周每家哨点医院门诊采集5 ~ 20份流感样病例的咽拭子标本进行核酸检测和/或病毒分离。 对分离的毒株全基因测序,使用BEAST软件贝叶斯方法构建基因进化树,序列与疫苗株进行比较。结果2009 — 2018年湖南省流感监测哨点医院共采集流感样病例标本190 289份,其中甲型H1N1流感阳性8 014份,阳性率为4.21%。 时间分布共有7个较明显的流行高峰,峰值以2009年最高。 1 ~ 5岁（占25.13%）和5 ~ 15岁（占32.83%）年龄组所占比重较多,人群男女性别比为1.23∶1。 对分离的60株甲型H1N1亚型流感病毒进行同源性分析,与疫苗株相比全基因组序列的同源性在97.2% ~ 99.9%之间。 贝叶斯基因进化树呈现阶梯状生长。 推断最早的公共祖先出现在2 009.177年,平均进化速率为2.695×10?3个替换?位点?1?年?1。 贝叶斯天际线模型分析甲型H1N1流感的种群动态2009 — 2018年间基本维持稳定。 表面蛋白选择压力分析dN/dS值为0.201与0.219。 表面蛋白血凝素分子的主要变异位点为L8M、S91R、S160G、S181T、A214T、I312V。 2株病毒神经氨酸酶分子出现H275Y耐药位点的突变。结论2009 — 2018年湖南省每年甲型H1N1流感阳性率和甲型H1N1流感所占流感比例各不相同,流行高峰出现在冬季,病例以儿童和少年为主,病毒基因持续变异,种群动态稳定。     

2009年甲型流感（H1N1）大流行病毒对达菲的耐药情况

2009年3月,甲型流感（H1N1）大流行初期,全球实验室监测表明了对神经氨酸酶抑制剂的敏感性。本文摘要报告了2009年甲型（H1N1）流感大流行最新的达菲耐药性情况、重点行动和建议,以便将耐药病毒的出现和传播减到最小。     

甲型H1N1流感死亡病例三株病毒分离株血凝素基因测序分析

目的 对长沙市3株甲型H1N1流感死亡病例病毒分离株HA基因的来源和变异情况进行研究.方法 对长沙市的3例甲型H1N1流感死亡病例的鼻/咽拭子标本进行RT-PCR检测和流感病毒分离,利用WHO推荐的测序引物和CEQTM8000 Genetic Analysis System对3株甲型H1N1流感死亡病例病毒株[A/湖南开福/SWL4142/2009(H1N1),A/湖南长沙/SWL4346/2009(H1 N1),A/湖南芙蓉/SWL4224/2009(H1N1)]HA基因进行测序,测序方法为末端标记循环法(Dye Terminator Cycle sequencing),测序结果提交至GenBank,并用ClustalX和Mega4.1软件对测序结果进行氨基酸比对分析和构建进化树.结果 A/湖南开福/SWL4142/2009(H1N1),A/湖南长沙/SWL4346/2009(H1N1)和A/湖南芙蓉/SWL4224/2009(H1N1)3株病毒株HA基因序列分别与甲型H1 N1流感病毒A/NewYork/3502/2009(H1N1),A/Shanghai/71T/2009(H1N1)和A/Chita/01/2009(H1N1)分离株高度同源,同源性为99%,与国内甲型H1N1流感病毒株A/Sichuan/1/2009(H1N1)核苷酸同源性在99.5%以上;进化树分析显示包括3株病毒株在内的甲型H1N1流感病毒与A/Swine/Indiana/P12439/00亲缘关系近,但与人季节性A流感病毒(H1N1)、禽流感亲缘关系较远.与A/Swine/Indiana/P12439/00 HA基因比较发现:3株病毒株HA基因分别有28、30、27个氨基酸发生变异,但3株病毒株在21个重要抗原位点中只有一个R53K氨基酸替换;对全球364条甲型H1N1流感病毒HA基因序列进行多重比对发现有119个非保守氨基酸位点,其中5个位于重要抗原位点.结论 3株病毒株和其他甲型H1N1流感病毒HA基因可能由北美猪流感病毒变异而来;3株病毒株HA基因与国内外甲型H1N1流感病毒高度同源,同全球绝大多数甲型H1N1流感病毒一样处于稳定状态.     

High genetic stability in MDCK-SIAT1 passaged human influenza viruses

MDCK-induced amino acid (AA) mutation, such as D151G/N in the neuraminidase (NA) of influenza A/H3N2 viruses, is of concern. MDCK-SIAT1 cells, modified derivatives with an increased expression of α2,6-linked sialic acid receptors are increasingly used due to their superiority in a viral recovery. However, MDCK-SIAT1 induced AA mutations have not been fully examined. In this study, we compared NA and hemagglutinin (HA) genes of recent circulating influenza viruses isolated after an MDCK-SIAT1 passage with those directly obtained from the original samples. A total of 22 samples collected during the 2016-17 seasons included 9 A/H3N2, 5 H1N1pdm, and 8 B viruses. None of the deduced AA mutations in the NA or HA segments were detected after an MDCK-SIAT1 passage, except for one AA mutation in the NA of an influenza B virus sample. NA D151G/N changes were not seen in any of the MDCK-SIAT1 passaged A/H3N2 viruses, even in the small variants analysis conducted using deep sequencing. AA mutations induced by an MDCK-SIAT1 passage are currently rare, although careful observation is needed in the future.     

2017-2019年度上海市松江区A(H1N1)pdm09流感病毒HA和NA基因特征分析

目的 分析上海市松江区2017-2019监测年度A(H1N1)pdm09流感病毒HA和NA基因特征.方法 对松江区分离的毒株随机挑选46株A(H1N1)pdm09流感病毒毒株进行HA和NA基因序列进化分析和氨基酸位点变异分析,采用神经氨酸酶抑制实验开展奥司他韦和扎那米韦敏感性监测.结果 A(H1N1)pdm09流感病毒...     

2020年安徽省1株候鸟源H5N8禽流感病毒遗传进化特征分析

目的 分析安徽省肥东县候鸟监测站检测的H5N8亚型禽流感病毒(AIVs)的遗传进化特征.方法 从收集的死亡天鹅样本中提取病毒RNA,使用实时荧光定量RT-PCR区分流感亚型,并采用一代测序方法对阳性样本的HA和NA基因扩增后测序,应用生物信息学软件构建系统发育进化树并分析其分子特征.结果 2020年12月1日收到来自安...     

Comparison of the Roche RealTime ready Influenza A/H1N1 Detection Set with CDC A/H1N1pdm09 RT-PCR on samples from three hospitals in Ho Chi Minh City, Vietnam

Real-time polymerase chain reaction (PCR) can be considered the gold standard for detection of influenza viruses due to its high sensitivity and specificity. Roche has developed the RealTime ready Influenza A/H1N1 Detection Set, consisting of a generic influenza virus A PCR targeting the M2 gene (M2 PCR) and a specific PCR targeting the hemagglutinin (HA) of A/H1N1-pdm09 (HA PCR, 2009 H1N1), with the intention to make a reliable, rapid, and simple test to detect and quantify 2009 H1N1 in clinical samples. We evaluated this kit against the US Centers for Disease Control and Prevention (USCDC)/World Health Organization real-time PCR for influenza virus using 419 nose and throat swabs from 210 patients collected in 3 large hospitals in Ho Chi Minh City, Vietnam. In the per-patient analysis, when compared to CDC PCR, the sensitivity and specificity of the M2 PCR were 85.8% and 97.6%, respectively; the sensitivity and specificity of HA PCR were 88.2% and 100%, respectively. In the per-sample analysis, the sensitivity and specificity in nose swabs were higher than those in throat swabs for both M2 and HA PCRs. The viral loads as determined with the M2 and HA PCRs correlated well with the Ct values of the CDC PCR. Compared with the CDC PCR, the kit has a reasonable sensitivity and very good specificity for the detection and quantification of influenza A virus and A/H1N1-pdm09. However, given the current status of 2009 H1N1, a kit that can detect all circulating seasonal influenza viruses would be preferable.     

广东地区新甲型H1N1流感病毒对奥司他韦的耐药性分析

目的 调查广东省2009年新甲型H1N1流感病毒对奥司他韦的耐药情况,为临床用药提供指导,监测流感流行株的变异趋势.方法 2009年4-12月,对广东省流感监测哨点医院收集患者鼻咽拭子,用MDCK细胞或者鸡胚,分离得到流感毒株221株.利用神经氨酸酶化学荧光抑制实验检测毒株对奥司他韦的IC50,筛选出对神经氨酸酶抑制剂...