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1.
紧密连接蛋白claudin-10基因5′调控区序列的生物信息学分析 总被引:1,自引:0,他引:1
目的:研究紧密连接蛋白对claudin-10基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法:利用BLAST比对分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural NetworkPromoter Prediction、PROMOTERSCAN和PROMOTER2.0分析claudin-10基因5′调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpGIsland Searcher分析claudin-10基因5′调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析claudin-10基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果:claudin-10基因5′调控区序列中存在1个CAAT-box和3个GC-box,没有TATA-box;claudin-10基因可能存在4个启动子位点;CpG岛为444bp区间(1700bp-2143bp)或834bp区间(1367bp-2200bp);评分在85分以上时,该区域具有159个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上时,该区域具有48个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上时,该区域具有9个潜在的转录因子结合位点。结论:通过生物信息学的方法对于claudin-10基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义,但最终的结论还需要实验来证实。 相似文献
2.
目的 研究紧密连接蛋白claudin-8基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析.方法 利用BLAST比对获得claudin-8基因5′调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box 和CAAT-box ;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0 分析claudin-8基因5′调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS 和CpG Island Searcher 分析claudin-8基因5′调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH 分析claudin-8基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点.结果 claudin-8 基因5′调控区序列中存在2个CAAT-box,无TATA -box和GC-box;claudin-8基因可能存在6个启动子位点;CpG岛为148 bp(379 bp-526 bp)、64 bp(1662 bp-1725 bp)、319 bp(296 bp-614 bp).结果 显示评分在85分以上(Score Threshold:85.0)时,该区域具有498个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上(Score Threshold:90.0)时,该区域具有221个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上(Score Threshold:95.0)时,该区域具有98个潜在的转录因子结合位点;评分在100分(Score Threshold:99.0)时,该区域具有37个潜在的转录因子结合位点.结论 通过生物信息学的方法 对于claudin-8基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义. 相似文献
3.
目的研究紧密连接蛋白claudin-14基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法利用局部序列比对基本检索工具(BLAST)比对获得claudin-14基因5'调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0分析claudin-14基因5'调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpG Island Searcher分析claudin-14基因5'调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析claudin-14基因5'调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果 Claudin-14基因5'调控区序列中存在1个CAAT-box、1个TATA-box和1个GC-box;claudin-14基因可能存在5个启动子位点;CpG岛位于62 bp区间(229~290 bp)、99 bp区间(417~515 bp)、76 bp区间(523~598 bp)、89 bp区间(836~924 bp)、69 bp区间(1 216~1 284 bp)和194 bp区间(1 235~1 428 bp)。评分在85分以上时,该区域有432个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上时,该区域有156个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上时,该区域有66个潜在的转录因子结合位点;评分在100分时,该区域有24个潜在的转录因子结合位点。结论 Claudin-14基因可能存在不同的转录起始位点;claudin-14基因的转录受DNA甲基化和多种转录因子的调控。 相似文献
4.
目的:研究突触分化诱导基因SynDIG1转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法:利用BLAST比对获得SynDIG1基因5′调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0分析SynDIG1基因5′调控区序列中启动子;利用在线分析软件CpG Island Searcher分析SynDIG1基因5′调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析SynDIG1基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果:SynDIG1基因5′调控区序列中存在1个CAAT-box,没有GC-box和TATA-box;SynDIG1基因可能存在5个启动子位点;CpG岛为516bp区间(1 686~2 201bp);结果显示评分在85分以上(Score Threshold:85.0)时,该区域具有406个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上(Score Threshold:90.0)时,该区域具有168个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上(Score Threshold:95.0)时,该区域具有72个潜在的转录因子结合位点;评分在99分以上(ScoreThreshold:99.0)时,该区域具有28个潜在的转录因子结合位点。结论:通过生物信息学的方法对于SynDIG1基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义。 相似文献
5.
目的:研究紧密连接蛋白Claudin-15基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法:利用BLAST比对获得Claudin-15基因5′调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0分析Claudin-15基因5′调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpG Island Searcher分析Claudin-15基因5′调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析Claudin-15基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果:Claudin-15基因5′调控区序列中存在1个CAAT-box和1个GC-box,没有TATA-box;Caudin-15基因可能存在4个启动子位点;CpG岛为70bp区间(51~120bp)、77bp区间(312~388bp)、72bp区间(2 029~2 100bp)、204bp区间(1 745~1 948bp);结果显示评分在85分以上(Score Threshold:85.0)时,该区域具有470个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上(Score Threshold:90.0)时,该区域具有162个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上(Score Threshold:95.0)时,该区域具有59个潜在的转录因子结合位点;评分在100分(ScoreThreshold:99.0)时,该区域具有14个潜在的转录因子结合位点。结论:通过生物信息学的方法对于Claudin-15基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义。 相似文献
6.
目的:对人类PPARγ基因5′-非翻译区进行生物信息学的分析。方法:通过搜索网络数据库,得到PPARγ基因翻译起始点上游约2 kb的序列。运用PROMOTER SCAN分析该序列可能的启动子区域,利用在线分析软件EMBOSS、MethPrimer和CpG Island Searcher分析该序列潜在的CpC岛,运用TFSEARCH软件分析该序列潜在的转录因子结合位点。结果:人类PPARγ基因5′-非翻译区转录起始位点上游反向链2 425到2 175区具有启动子活性,在启动子上具有TATA盒。PPARγ基因5′-非翻译区转录起始位点上游2 kb序列存在包括MyoD、HSF和Nkx-2等19个转录因子的潜在结合位点,不存在CpG岛。结论:该实验为后续的PPARγ基因的转录调控研究奠定基础。 相似文献
7.
目的克隆小鼠Reelin基因启动子区并分析其潜在DNA甲基化位点和转录因子结合位点。方法根据NCBI上小鼠Reelin 5’非翻译区序列设计引物,利用高保真PCR方法克隆昆明小鼠Reelin启动子区序列,并进行TA克隆,测序鉴定。利用亚硫酸氢钠处理基因组DNA,通过PCR技术和测序技术对Reelin启动子-636 bp至-135bp序列甲基化情况分析。应用Methyl Primer Express software V1.0和TFSEARCH软件分析该区域甲基化位点和转录因子结合位点。结果成功克隆了小鼠Reelin基因启动子区0至-450片段。甲基化测序分析小鼠Reelin启动子区-636 bp至-135 bp序列没有CpG二核苷酸被甲基化。小鼠Reelin翻译起始点0至-450片段利用CpG岛序列分析软件分析显示,该区域C+G含量高达78.71%,CpG含量为14.44%。该区域有120多个潜在转录因子结合位点。结论在小鼠Reelin基因启动子区0~-450发现有一个CpG岛和多个转录因子结合位点,该区域可能在小鼠Reelin基因表达调控起重要作用。 相似文献
8.
目的 分析人血红素加氧酶-1(hHO-1)基因启动子区序列特点,转录因子结合位点种类及CpG岛位置.方法 利用美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库获取hHO-1基因序列和启动子序列,SoftBer-ry分析hHO-1基因核心启动子位置,PROMO和Gene Regulation分析转录因子结合位点种类,MethPrimer 2.0和CpGFinder预测CpG岛位置.结果 hHO-1基因位于22q12.3,全长13112 bp.转录起始点上游约1995 bp范围内为启动子区域,hHO-1启动子区含79种转录因子结合位点和1个CpG岛.结论 hHO-1基因启动子能预测出多种转录因子结合位点,可为更深入地研究hHO-1基因的调控机制及其在抗逆方面的潜在作用提供理论基础. 相似文献
9.
目的:对大鼠GLUT3基因第一外显子5′侧翼转录调控区的碱基序列进行生物信息学分析,为后续的GLUT3基因的转录调控研究奠定基础。方法:通过搜索网络数据库,得到GLUT3基因现有的转录本序列以及翻译起始点上游6kb的序列。运用CpG island searcher,methprimer等软件对上述序列进行分析,预测出该段序列潜在的CpG岛,运用FirstEF、NNPP等软件分析可能的启动子区域以及运用Matlspector、TFSEARCH和TFBIND等软件分析潜在的转录因子结合位点。结果:GLUT3基因的启动子可能位于翻译起始点上游-795~-226bp(以翻译起始点ATG为+1),第一外显子位于-285~+15bp,在这段序列上存在包括SP1、CREBP、P300、AML1、NF1等约110多种转录因子的潜在结合位点。结论:对大鼠GLUT3基因第一外显子5′侧翼转录调控区序列进行了初步的生物信息学分析,为后续试验提供了研究基础。 相似文献
10.
目的 PP1分子是一种与学习记忆相关的分子,目前对其表达调控尚未有系统的研究。为了研究小鼠PP1基因启动子区甲基化潜在的位点和转录因子结合位点而克隆小鼠PP1启动子区。方法本实验利用NCBI上小鼠PP15’非翻译区序列设计引物,使用高保真Taq酶,利用PCR方法扩增昆明小鼠PP1启动子0至-320序列,并进行TA克隆,测序鉴定。利用亚硫酸氢钠处理基因组DNA,通过PCR技术和测序技术对PP1启动子0至-320序列甲基化情况分析。然后再应用Methyl Primer Express software V1.0和TFSEARCH软件分析该区域甲基化位点和转录因子结合位点。利用CpG岛序列分析软件分析。结果成功克隆得到PP1基因启动区0到-320 bp片段。甲基化测序分析该片段只有一个CpG位点被甲基化。软件分析表明小鼠PP1翻译起始点到-320 bp区域C+G含量高达70.25%,CpG含量为11.75%,含有70个潜在的转录因子结合位点。结论在小鼠PP1基因启动子区0~-320发现有一个CpG岛和多个转录因子结合位点,该区域可能在小鼠PP1基因表达调控起重要作用。 相似文献
11.
12.
目的生物信息学分析与鉴定人类膀胱癌特异性表达的UCA1 基因转录调控作用原理。方法运用CpG岛预测软件
EMBOSS CpGplot、CpG Island Searcher、Methprimer、CpG finder对UCA1基因启动子CpG岛进行分析。利用转录因子预测软
件MatrixCatch和TFSEARCH对UCA1基因核心启动子区可能结合的转录因子进行分析。染色质免疫沉淀技术对所预测到的
转录因子进行分子生物学实验验证。结果CpG岛预测发现UCA1基因全长启动子区中不存在CpG岛,因此UCA1基因属于组
织特异性基因与前期研究报道结果一致。生物信息学预测及筛选发现UCA1基因核心启动子存在4个与肿瘤关系密切的转录
因子。根据预测结果选取2个转录因子利用染色质免疫沉淀实验鉴定,确定1个转录因子可与UCA1基因核心启动子区结合。
结论UCA1 基因启动子区无CpG岛存在,该基因核心启动子区可能与多种转录因子结合,并确定转录因子c-Myb 可以与
UCA1基因核心启动子区结合。
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EMBOSS CpGplot、CpG Island Searcher、Methprimer、CpG finder对UCA1基因启动子CpG岛进行分析。利用转录因子预测软
件MatrixCatch和TFSEARCH对UCA1基因核心启动子区可能结合的转录因子进行分析。染色质免疫沉淀技术对所预测到的
转录因子进行分子生物学实验验证。结果CpG岛预测发现UCA1基因全长启动子区中不存在CpG岛,因此UCA1基因属于组
织特异性基因与前期研究报道结果一致。生物信息学预测及筛选发现UCA1基因核心启动子存在4个与肿瘤关系密切的转录
因子。根据预测结果选取2个转录因子利用染色质免疫沉淀实验鉴定,确定1个转录因子可与UCA1基因核心启动子区结合。
结论UCA1 基因启动子区无CpG岛存在,该基因核心启动子区可能与多种转录因子结合,并确定转录因子c-Myb 可以与
UCA1基因核心启动子区结合。
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13.
目的 确定转录因子Snail可与PRL-3基因启动子区结合.方法 应用生物信息学方法获得PRL-3基因启动子区域,并对其潜在的Snail结合位点进行预测,进一步应用Snail抗体染色质免疫共沉淀技术结合PCR技术检测PRL-3基因启动子序列,以确定转录因子Snail可与PRL-3基因启动子结合.结果 应用TRED在线分析系统确定PRL-3基因的启动子区域位于PRL-0基因上游-700 bp至299 bp之间,在该启动子区域存在多个转录因子如Snail、n-MYC、ARNT、E74A、NF-kappaB、NRF-2及AML-1等的结合位点;在启动子区域的-500 bp至-451 bp之间存在Snail结合的核心寡核苷酸序列CACCTG,在其他多个区域存在多个类似这一核心序列的DNA序列;应用染色质免疫沉淀技术结合PCR扩增的方法对人大肠癌细胞株SW480细胞进行分析,发现Snail可与人大肠癌细胞株SW480 PRL-3基因的启动子区域的DNA片断结合.结论 转录因子Snail可与人大肠癌细胞SW480 PRL-3基因启动子结合,参与PRL-3基因的调控. 相似文献