老年糖尿病患者白色念珠菌感染临床分离株的基因分型

目的探讨老年糖尿病患者白色念珠菌感染临床分离株的基因分型方法。方法老年糖尿病患者发生念珠菌感染的临床标本185例,采用API20CAUX酵母菌鉴定系统鉴定,提取DNA后采用PCR方法扩增白色念珠菌25S r DNA基因内含子区和特征性重复序列(RPS)对白色念珠菌进行基因分型。结果采用25S r DNA引物扩增后的产物分别为450 bp、840 bp及450和840 bp,分别代表基因型A、B、C;185例样本菌株中,51.9%为A型,29.2%为B型,18.9%为C型;采用根据ALT重复序列RPS设计引物扩增后的产物可将基因型A、B、C分为10个亚组,A型中24例为A2,50例为A3,12例为A2/3,8例为A3/4。54例B型中,15例为B2,7例为B3,25例为B2/3,7例为B3/4。35例C型中25例为C2,10例为C2/3。结论利用25S r DNA和ALT重复序列RPS设计引物扩增产物对老年糖尿病患者样本中白色念珠菌进行基因分型方法具有快速、简捷、可靠、重复性好等优点,可提高治疗效果,减少抗生素滥用和耐药性的产生。     

343株致病性念珠菌的基因鉴定及药物敏感性检测

目的了解本地区常见致病性念珠菌的基因类型及其药物敏感性。方法采用PCR及ATB FUNGUS3酵母菌样药敏试剂,检测临床分离的343株念珠菌的内部转录问题(ITS)和25 rDNAⅠ型内含子序列及其对常用抗真菌药物敏感性。结果 343株致病性念珠菌的ITS序列鉴定以白假丝酵母菌检出率最高(61.2%),其他依次分别为光滑假丝酵母菌(13.1%)和热带假丝酵母菌(8.4%);210株白假丝酵母菌25S rDNAⅠ型内含子基因鉴定为A型115株(54.8%)、B型58株(27.6%)和C型37株(17.6%),光滑假丝酵母菌与热带假丝酵母菌25S rDNA序列不存在Ⅰ型内含子;白假丝酵母菌的5-氟胞嘧啶(5-FC)和两性霉素B(AMB)敏感率大于90%,唑类药物敏感率在17.1%～23.9%且存在交叉耐药。结论本地区临床分离的致病性念珠菌以白假丝酵母菌及其基因A型最常见,检测ITS序列和25S rDNAⅠ型内含子序列有助于致病性念珠菌的快速鉴定;白假丝酵母菌对唑类药物的高耐药性以及交叉耐药性是造成真菌感染患者临床治疗困难的一个重要因素。     

呼吸道感染腺病毒基因分型研究

目的人腺病毒是引起急性呼吸道感染的常见病原体,采用PCR法对人腺病毒进行分型鉴别可为人腺病毒感染的防治提供可靠依据。方法采集急性呼吸道感染患者咽拭子标本,提取DNA,采用PCR法对其进行基因分型分析。结果以500bp作为DNA分子质量标准对待测标本PCR产物进行1.2%琼脂糖凝胶电泳,46份标本中21份鉴定为腺病毒通用型(扩增片段300bp),1、2、3、4、7、21型分别有3、8、1、15、2、2份(扩增片段分别为396、393、316、305、305和507bp)。结论本院急性呼吸道感染患者感染的腺病毒以通用基因型、基因4型和基因2型为主。及时检测流行腺病毒型别及其发展规律,可为呼吸道感染类疾病的临床治疗以及防控提供指导。     

71株白念珠菌临床分离株微卫星基因分型

目的 建立高效、快速、简便的白念珠菌临床分离株三重保守基因微卫星分型技术。方法 以煮沸法处理的71株白念珠菌野生株为模板，三色荧光分别标记保守基因CDC3、EF3和HIS3微卫星序列引物，PCR扩增，产物行聚丙烯酰胺凝胶电泳。由基因扫描分析软件获取片段的精确长度，Genotyper软件行基因分型。结果 71株白念珠菌野生株行CDC3、EF3和HIS3基因分型分别获得5、10、8种等位基因，7、8、9种基因型，三位点联合分析共获得14种菌株基因型。结论 白念珠菌多重保守基因微卫星分型能从基因水平快速、高效的对临床分离株进行分型，对白念珠菌的流行病学研究有重要价值。     

我国首株牛源贾第虫的分子鉴定

目的通过16S及内转录间区(ITS)rDNA基因序列的扩增、克隆以及序列分析,从分子水平对首次在我国分离的一株牛源贾第虫进行种类及基因型鉴定。方法根据GenBank中登录的贾第虫rRNA基因序列,设计引物,采用热启动-降落PCR方法从牛源贾第虫基因组DNA中扩增出目的片段,经TA克隆至pMD18-T载体后测定其核苷酸序列,然后进行序列分析。结果成功地扩增出该株牛源贾第虫的16S rRNA全基因及rDNA ITS序列,大小为1 715 bp,包括1 447 bp的16S rDNA全长序列和243 bp的ITS间区序列,以及25 bp的26S rDNA基因5'末端。序列分析表明此牛源贾第虫为E型蓝氏贾第虫。结论本研究从分子水平鉴定我国首株牛源贾第虫为蓝氏贾第虫(E型),并首次报道了该虫株的rDNA 16S及ITS序列,为牛源贾第虫的进一步研究奠定了基础。     

16S-23S rDNA内转录间隔区序列寡核苷酸探针鉴定分支杆菌菌种的研究

目的研究以16S-23S rDNA内转录间隔区(intemal transcribed spacer,ITS)序列为靶基因设计分支杆菌菌种寡核苷酸探针,应用PCR-反向杂交技术快速鉴定分支杆菌菌种.方法应用PCR-反向杂交技术检测26种36株分支杆菌标准株,24株分支杆菌临床分离株.结果分支杆菌标准株和临床分离株经PCR扩增,依菌种不同可见一条约340bp～450bp范围DNA片段.探针特异性试验表明,21种寡核苷酸探针除草分支杆菌探针MPH与微黄分支杆菌亦杂交外,其余探针均为特异的.5株结核分支杆菌临床分离株鉴定为结核分支杆菌复合群,19株非结核分支杆菌临床分离株鉴定至种水平.结论 16S-23S rDNA ITS PCR-反向杂交鉴定分支杆菌菌种简便、快速、准确,具有较高应用价值.     

长春地区孕妇感染弓形虫株的基因分型北大核心CSCD

目的鉴定长春地区孕妇感染弓形虫株的基因型。方法采用间接ELISA法检测长春地区840名孕妇血清中抗弓形虫IgG抗体,阳性者提取全血DNA,以弓形虫529bp高度重复序列为靶基因进行PCR扩增,用多基因位点聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析鉴定PCR阳性标本的基因型。结果 ELISA检测80份标本IgG阳性,其中33份标本同时PCR阳性。对PCR阳性标本进行PCR-RFLP分型鉴定,有8份标本为基因Ⅱ型。结论长春地区孕妇感染的弓形虫主要为基因Ⅱ型。     

PCR-RFLP在细粒棘球绦虫种株鉴定中的应用

目的根据细粒棘球绦虫线粒体DNA rrnL区段基因特征,建立一种新的细粒棘球绦虫种株（基因型）鉴定技术。方法应用PCR-RFLP方法,对新疆不同地区44个囊型包虫病（CE）病人分离株标本提取DNA,用特异性引物对mtDNA rrnL基因片段进行PCR扩增,将扩增产物用限制性内切酶SspI和Bg1Ⅱ消化,再用琼脂糖凝胶电泳分析片段大小,进行基因型鉴别。结果CE病人分离株PCR扩增产物均不能被限制性内切酶SspI酶切,为细粒棘球绦虫;其中43个病人分离株的PCR扩增产物不能被限制性内切酶Bg1Ⅱ酶切,为细粒棘球绦虫G1基因型;1个病人分离株的PCR扩增产物被Bg1Ⅱ切成158 bp和403 bp 2条DNA片段,为细粒棘球绦虫G6基因型。结论根据细粒棘球绦虫线粒体DNA rrnL区段基因特征建立的PCR-RFLP技术可用于细粒棘球绦虫的基因型鉴别。     

云南临沧HIV阳性者血液中弓形虫SAGSAG2基因位点分析

目的初步了解云南临沧HIV阳性者血液中弓形虫的基因型特征。方法运用巢式PCR法对弓形虫SAG2基因的两个片段分别进行基因提取、扩增,然后对PCR产物进行回收纯化、酶切及测序,并与弓形虫基因I型标准株进行对比鉴定。结果从170份HIV阳性者全血样本中分别扩增出35个弓形虫SAG2基因(241、221 bp),从其中扩增阳性的全血样本中各选择4份分别进行酶切,扩增出目的基因片段,进一步从酶切样本中选择2份与弓形虫基因标准株RH株进行对比,酶切SAG2基因(241 bp)显示血液样本基因型为Ⅰ型或Ⅱ型,酶切SAG2基因(221 bp)确定基因型均为Ⅰ型。结论初步确定云南临沧HIV阳性者弓形虫基因型以Ⅰ型为主。     

云南和海南两省不同地区恶性疟原虫裂殖子表面蛋白2基因型的研究

目的　分析云南和海南两省恶性疟原虫的基因型及其分布。方法采用套式PCR法特异扩增MSP2基因中间多态区 ,对恶性疟原虫群体进行基因分型。结果　检测云南省 31例和海南省 2 9例恶性疟原虫患者血清 ,其中分别有 14和 18种不同的MSP2等位基因型 ,其等位基因株存在高度的多态性 ,基因片段大小及分布频率具有地区差异。海南省不同等位基因型虫株混合感染及多重感染现象比云南省严重。结论　云南和海南两省恶性疟原虫分离株MSP2基因型组成具有明显差异     

云南临沧HIV阳性者血液中弓形虫SAG2 基因位点分析

目的 目的 初步了解云南临沧HIV阳性者血液中弓形虫的基因型特征。方法 方法 运用巢式PCR法对弓形虫SAG2基 因的两个片段分别进行基因提取、 扩增, 然后对PCR产物进行回收纯化、 酶切及测序, 并与弓形虫基因I型标准株进行对 比鉴定。结果 结果 从170份HIV阳性者全血样本中分别扩增出35个弓形虫SAG2基因 （241、 221 bp）, 从其中扩增阳性的全 血样本中各选择4份分别进行酶切, 扩增出目的基因片段, 进一步从酶切样本中选择2份与弓形虫基因标准株RH株进 行对比, 酶切SAG2基因 （241 bp） 显示血液样本基因型为Ⅰ型或Ⅱ型, 酶切SAG2基因 （221 bp） 确定基因型均为Ⅰ型。结 结 论 论 初步确定云南临沧HIV阳性者弓形虫基因型以Ⅰ型为主。     

云南临沧HIV阳性者血液中弓形虫SAG2 基因位点分析

目的 目的 初步了解云南临沧HIV阳性者血液中弓形虫的基因型特征。方法 方法 运用巢式PCR法对弓形虫SAG2基 因的两个片段分别进行基因提取、 扩增, 然后对PCR产物进行回收纯化、 酶切及测序, 并与弓形虫基因I型标准株进行对 比鉴定。结果 结果 从170份HIV阳性者全血样本中分别扩增出35个弓形虫SAG2基因 （241、 221 bp）, 从其中扩增阳性的全 血样本中各选择4份分别进行酶切, 扩增出目的基因片段, 进一步从酶切样本中选择2份与弓形虫基因标准株RH株进 行对比, 酶切SAG2基因 （241 bp） 显示血液样本基因型为Ⅰ型或Ⅱ型, 酶切SAG2基因 （221 bp） 确定基因型均为Ⅰ型。结 结 论 论 初步确定云南临沧HIV阳性者弓形虫基因型以Ⅰ型为主。     

鲁西南地区间日疟原虫Pvmsp-1基因分型及序列同源性研究

目的了解不同时期鲁西南地区间日疟原虫Pvmsp-1基因分型及序列同源性特征。方法收集不同时期采制的鲁西南地区间日疟患者厚、薄血膜标本,用巢式PCR方法扩增间日疟Pvmsp-1基因icb5~icb6片段,对产物进行PvuⅡ酶切鉴定和序列比对分析及系统进化分析。结果 25份间日疟样品巢式PCR产物大小均为470bp,经PvuⅡ酶切均获得350bp和120bp两条片段,为Sal-1型。进化树分析25个样品株处于同一个大分支,且与Sal-1型标准株株同属一个总分枝,而与Belem型标准株遗传距离较远。结论鲁西南地区不同时期流行株间日疟原虫Pvmsp-1基因均为Sal-1型,株间序列同源性较高。     

乙型肝炎病毒基因的型特异引物结合型特异核苷酸分析

目的 研究HBV感染者HBV基因型分布状况,并建立一套适合HBV病毒株分型的简便可靠的分析方法.方法 通过对GenBank中全部S区基因序列(1000余条)进行比对,筛选A～H 8个基因型的型特异核苷酸.采用型特异引物PCR法分型,对238例慢性乙型肝炎患者所感染病毒中未能分型的病毒株再进行S区基因巢式PCR扩增、测序筛选出其特异性核苷酸从而判定其基因型.结果 238株HBV均得到分型.其中B型HBV感染者159例(男120例、女39例);C型69例(男52例、女17例);B+C混合型6例(男4例、女2例),B+D混合型4例(男3例、女1例).B型、C型、B+C和B+D昆合型检出率分别为66.8%、28.9%、2.5%和1.6%.未检出A、E、F、G、H基因型.结论 HBV感染以B、C基因型为主,B基因型高于C基因型.少数患者为B+C或B+D混合型感染.B、C基因型分布与性别无关(χ2=0.794,P＞0.05).     

乙型肝炎病毒S基因限制性片段长度多态性分型方法的建立及应用

目的 建立乙型肝炎病毒(HBV)S基因片段聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(RFLP)的基因分型方法并用于基因型与临床疾病谱关系的研究。 方法 比较GenBank中124株各基因型HBV全序列的S基因核苷酸序列及13株单独S基因序列,设计利用限制性内切酶Mbo Ⅰ、BsTN Ⅰ、BsmA Ⅰ、HpaⅡ酶切S基因片段鉴定HBV基因型(A-F)的方法。对贵州地区176份乙型肝炎患者血清进行基因分型并分析基因型与疾病谱的关系。直接测序2份B型和3份C型毒株的PCR扩增产物,以验证本酶切分型方法的正确性。 结果 测序结果证明本方法能够准确鉴定基因型。在176份标本中,B型100份(56.8％),C型76份(43.2％),未发现其他基因型。B型中无症状携带者(ASC)比例(40.0％)高于C型(15.8％),x2=12.16,P<0.005;慢性中度比例(14.0％)低于C型(31.6％),x2=7.88,P<0,005。 结论 本S基因片段PCR-RFLP基因分型方法简便、准确。贵州地区存在HBV B和C基因型。     

自延吉市自来水分离的棘阿米巴18S rDNA基因型鉴定

目的对吉林延吉市自来水中分离的棘阿米巴分离株Acanthamoeba sp.CJY/W1 18S rDNA基因型鉴定。方法从本地区自来水分离的Acanthamoeba sp.CJY/W1虫株中提取基因组18S rDNA,应用棘阿米巴属特意性引物PCR扩增。将扩增产物测序后用Clustal X和Genedoc软件进行序列分析,与基因库中已有T1至T12型序列进行比较并构建进化树。结果分离的棘阿米巴分离株CJY/W1的18S rDNA全基因为2 252bp,18S rDNA基因分型最接近于T1型,但与T1型之间的基因差异为8%。结论分离的CJY/W1株是不属于T1-T12的新的18S rDNA基因型,接近于T13(Acanthamoeba sp.UWC9,AF132134)。     

弓形虫基因分型研究进展

弓形虫感染可引起严重的弓形虫病, 而不同宿主感染的弓形虫株基因型差异较大, 不同基因型弓形虫株的致病力及药物敏感性亦存在较大差异。目前, 对弓形虫基因型的分析多选用限制性片段长度多态性PCR（PCR?RFLP）、 高度重复序列PCR、 多重PCR和巢氏PCR等技术, 扩增位点多选择B1、 SAG2、 HSP70、 GRA6等遗传标记。传统的弓形虫基因型主要有3个, 随着研究的不断深入, 越来越多的基因型被发现。本文就弓形虫基因分型研究进展进行综述。     

应用多重PCR方法快速鉴定结核分枝杆菌复合群与非结核分枝杆菌的研究

目的 建立并评估快速鉴定结核分枝杆菌复合群（MTBC）与非结核分枝杆菌（NTM）的多重PCR方法。 方法 应用分别针对MTBC的oxyR-ahpC基因间隔区、MTBC和NTM的rpoB基因可变区的3对分枝杆菌特异性引物进行多重PCR扩增,扩增产物分别为473 bp、235 bp和136 bp。应用该多重PCR方法对6株MTBC标准株、50株NTM标准株、312株MTBC临床分离株和300株NTM临床分离株进行了初步菌种鉴定。 结果 经多重PCR 扩增后进行凝胶电泳,MTBC标准株473 bp和235 bp片段均可见,NTM标准株仅见136 bp片段。312株MTBC临床分离株中,310株扩增出473 bp和235 bp片段,敏感度为99.36%（310/312）,特异度为99.32%（294/296）;300株NTM临床分离株中,294株扩增出136 bp片段,敏感度为98.00%（294/300）,特异度为100.00%（310/310）。 结论 该多重PCR方法可检测并鉴别MTBC及NTM,具有高度的特异度和敏感度,有可能作为鉴别MTBC与NTM的有价值的检测手段。     

随机引物PCR法分型大肠艾希菌及其在判断医院感染中的应用

目的对大肠艾希菌(艾希菌)进行随机引物PCR(AP—PCR)法基因分型并应用于医院感染的判断。方法以优化的随机引物、反应体系和扩增条件对临床分离的161株艾希菌进行AP—PCR法基因分型并按指纹图上DNA条带数及片段大小绘制基因分型图谱，同时对艾希菌的医院内感染进行了观察与分析。结果161株艾希菌共得AP—PCR型120种；艾希菌的医院内感染确实存在。结论AP—PCR法可对艾希菌有效分型并可用于艾希菌医院内感染的判断。     

辽宁丹东间日疟原虫裂殖子表面蛋白1等位基因型分析

用套式PCR方法扩增辽宁丹东地区间日疟原虫裂殖子表面蛋白1(MSP-1)基因ICB5-ICB6片段,经PvuⅡ酶切和琼脂糖凝胶电泳,对产物进行序列分析。结果显示,11份镜检确诊的间日疟患者血液标本经套式PCR扩增均出现大小约为470 bp(Sal-1型)或400 bp(Belem型)的特异性片段。经PvuⅡ内切酶消化后,其中5份血样(470 bp),出现120和350 bp酶切片段,为Sal-1型;其余6份血样(400 bp)中,1份出现400 bp片段,为Belem型,1份出现120和280 bp两种酶切片段,为重组Ⅲ型,4份出现120和240 bp两种酶切片段,为朝鲜型。辽宁省丹东地区的间日疟原虫PvMSP-1基因存在3种不同的等位基因型,以Sal-1型和朝鲜型为主,但无不同等位基因型的混合感染。