整合生物信息学法与加权基因共表达网络分析联合分析脑胶质瘤特征基因

目的 利用脑胶质瘤（glioblastoma,GBM）芯片数据,采用整合生物信息学法和加权基因共表达网络分析（weighted gene correlation network analysis,WGCNA）法,寻找肿瘤发病特征基因、关键通路以及转录调控机制。方法 利用GEO数据库中高通量基因芯片数据,通过整合生物信息学法筛选出差异基因;利用WGCNA分析GBM关键基因hub基因;采用维恩分析法,整合这些差异基因与hub基因,筛选出GBM特征基因。采用基因本体论（Gene Ontology,GO）基因功能注释,京都基因和基因组数据库（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集,分析GBM特征基因所富集的功能和通路。利用Kaplan-Meier分析特征基因与GBM生成率的关系。利用基因云生物信息平台（GCBI）,分析调控这些特征基因的转录因子。结果 经分析,发现273个特征基因。这些特征基因主要可影响离子通道、蛋白激酶、γ-氨基丁酸受体功能。CHD5,SYP,PHYHIP表达水平与GBM生存率显著相关;转录因子Sp1、Sp3、REST可能是调控这些特征基因的关键因子。结论 本研究从多种角度定义了GBM的特征基因及调控机制,为其精准治疗提供了依据。     

MDR1基因与脑胶质瘤

多药耐药 (ＭＤＲ)是脑胶质瘤化疗失败的主要原因[1] ,而ＭＤＲ1基因是介导多药耐药的重要内在原因之一。它包括原发性和获得性多药耐药。前者指肿瘤细胞固有对化疗药物不敏感 ;后者是指接触抗癌药物后所产生的对该药物和该类药物结构和机理完全不同的另些药物的耐药。本文就近年来ＭＤＲ1基因在脑胶质瘤方面的研究作一综述。1　ＭＤＲ1基因及其表达产物1.1　ＭＤＲ1基因　人类基因中ＭＤＲ含有两个基因ＭＤＲ1和ＭＤＲ2 ,后者也被称为ＭＤＲ3,其中ＭＤＲ1基因被认为与一些肿瘤耐药有关。ＭＤＲ1基因位于 7号染色体上 (7ｑ2 1.1) ,已克隆出…     

脑胶质瘤的基因治疗

本文介绍脑胶质瘤基因治疗的一些基本慨况，并对其存在的问题和发展前景提出看法。一、自杀基因目前用得最多的是单纯疱疹病毒胸腺呼院激酶（HSV－tk）基因，它能把抗病毒药GCV磷酸化成一种细胞毒药物，干扰靶细胞的DNA合成。Ezzedine等[1]把HSV－tk基因导人逆转录病毒载体，让其在NIH3T3（包装细胞）中复制，以产生具有感染性的病毒粒子。随后把转染过的包装细胞与胶质瘤细胞一起混合培养，以转染瘤细胞。结果被转染的瘤细胞中带有HSV－tk基因，当给GCV时，其生长受到明显抑制。Ram等还在小鼠、大鼠和报的实验中证实，其主要器官…     

脑胶质瘤生长调控基因的研究进展

脑胶质瘤是神经外科最常见的肿瘤之一 ,其较高的复发率使得患者常常需要多次手术 ,成为临床治疗的难题。随着分子生物学及免疫学研究的不断发展 ,基因治疗成为一个突破方向和研究热点。有关基因如何突变、抗癌基因如何杀伤肿瘤细胞及肿瘤细胞抗损伤机制 ,目前国内外学者进行了深入而广泛的研究 ,本文就此作一简要综述。1　染色体的突变关于胶质瘤活检组织及细胞系中染色体的异常已有许多文献报道 ,常见的有 7、14、2 0号染色体的增加 ,8、9、10、13、2 2号染色体的丢失和 9ｐ、10ｑ、13ｑ、17ｑ、17ｐ的片段丢失和双微体形成[1,2 ] 。肿瘤发…     

脑胶质瘤中pRB及其相关基因的异常表达

目的　研究视网膜母细胞瘤蛋白 (pRB)及其相关基因在脑胶质瘤中的异常表达情况。方法　用免疫组化的方法对 2 3例脑胶质瘤 (包括 14例星形细胞瘤和 9例胶质母细胞瘤 )以及 6例正常脑组织中 pRB以及cyclinD1、p16基因的表达进行检测。 结果　 2 3例肿瘤中有 8例 pRB缺失(34 8% ) ,17例cyclinD1过度表达 (73 9% ) ,13例 p16缺失 (5 6 5 % ) ,三种因子的异常均与肿瘤分型有关 (P <0 0 1)。由它们组成的调控路径作为整体在肿瘤组织中异常率为 82 6 % (19/ 2 3) ,与正常脑组织 (1/ 6 ,16 7% )相比有显著性差异 (P =0 0 0 6 ) ,而星形细胞瘤 (10 / 14,71 4% )和胶质母细胞瘤(9/ 9,10 0 % )之间并无统计学差别 (P =0 12 4) ,说明此路径异常与肿瘤发生有关而与分型无关。pRB在此调控路径中处于中心位置 ,与肿瘤的恶化有关。 结论　pRB及其相关基因的异常与脑胶质瘤发生关系密切 ,可以作为探讨肿瘤病因 ,诊断和治疗的重要靶位。     

乳腺癌脑转移差异基因的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法筛选乳腺癌脑转移瘤差异表达的核心基因。方法 从GEO数据库下载GSE125989数据集,运用GEO在线分析工具GEO2R分析数据集的差异基因。利用在线工具DAVID对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,将获得的差异表达基因数据输入STRING数据库并通过Rstudio进行可视化。利用Rstudio的CytoHubba插件筛选核心基因。利用Kaplan-Meier Plotter在线工具验证核心基因与总生存期的关系。结果 经GEO2R工具筛选出22 277个基因,进一步筛选集中获得差异表达基因74个,GO功能注释发现,差异表达基因主要在细胞外基质组织等方面显著富集;KEGG通路主要在蛋白质消化吸收等通路富集。通过CytoHubba插件以度筛选出PPI网络中排名前10位的差异表达基因为核心基因。生存分析显示DCN、ELN与患者总生存期具有显著的相关性。结论 本研究共筛选出2个与乳腺癌脑转移预后相关的核心基因,分别为DCN、ELN。     

脑胶质瘤组织中P16／MTS1基因缺失研究

目的 探讨人脑胶质瘤组织中多重肿瘤抑制基因（Ｐ１６／ＭＴＳ１）异常。方法 用ＰＣＲ方法扩增Ｐ１６基因序列。结果 ５０例脑胶质瘤患者组织中Ｐ１６基因纯合性缺失１６例,缺失率为３２％,以胶质瘤Ⅲ～Ⅳ级缺失率较高（５７．８％）。结论 Ｐ１６／ＭＴＳ１基因纯合性缺失可能与脑胶质瘤的发生发展有关。     

MGMT基因在脑胶质瘤治疗中的意义

胶质瘤是颅内肿瘤中发病率最高的肿瘤,目前临床上多采取以手术治疗为主辅以化学治疗和放射治疗。氯乙基亚硝脲类烷化剂（CNUs）,以其高脂溶性和易于透过血脑屏障的特性,长期以来被看为治疗脑胶质的最有效的化疗药物。但抗药性的产生使其临床有效率不足30％,而成为脑胶质瘤化疗失败的主要原因。06-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶（MGMT）修复亚硝类药物所造成的DNA损伤,是肿瘤细胞对亚硝类耐药的主要分子机制。     

脑胶质瘤2例误诊分析

例1,患者,男,40岁,头痛3个月,左眼失明1个月于2000年8月25日入院.患者于3月前无明显诱因出现头痛,低头时明显,以后枕部痛明显,卧床后可缓解,在当地予以对症治疗,症状减轻,1个月前突然出现左眼失明,就诊于当地及省级眼科医院,诊断为缺血性视乳头病变,给予对症、活血化瘀等治疗,未见明显好转.发病以来,无恶心、呕吐、头晕等,饮食及大小便正常,无意识障碍,头痛一直无明显缓解.     

基于TCGA数据库挖掘恶性脑胶质瘤乏氧与免疫微环境相关预后价值基因

目的 挖掘恶性脑胶质瘤中与乏氧诱导因子-1α（hypoxia inducible factor-1α,HIF-1α）表达存在相关性的免疫通路或基因,并进一步分析其对脑胶质瘤预后的影响。方法 从肿瘤基因组图谱（the cancer genome atlas,TCGA）数据库提取脑胶质瘤HIF-1α基因表达谱数据,采用R语言分析HIF-1α基因与其他基因之间的相关性,通过GO和KEGG数据库对差异表达基因进行功能注释,包括细胞组分、生物学过程、分子功能及相关信号通路。并采集了74例人脑胶质瘤组织进一步验证分析。结果 TCGA数据库中共收集到169例脑胶质瘤患者的数据,其中与HIF-1α基因有相关性的基因有455个。对455个满足条件的相关性基因进行GO和Pathway富集分析,共得到66个KEGG Pathway;最终发现基因TNFRSF1α的P值具有统计差异。进一步对比分析TCGA数据库169例脑胶质瘤患者与529例非肿瘤患者数据中TNFRSF1α表达的情况。结果 提示TNFRSF1α与HIF-1α在脑胶质瘤组织中显著高于癌旁组织。且人脑胶质瘤组织TNFRSF1α表达水平与胶质瘤的病理分级正相关。结论 KEGG通路发现TNFRSF1α基因与乏氧有关,提示TNFRSF1α基因可能与乏氧共同影响脑胶质瘤患者的预后。     

基因转移FasL诱导人脑胶质瘤细胞凋亡的体外实验研究

目的：探讨体外基因转移Fas配体（Fas-Ligand,FasL)对恶性人脑胶质瘤细胞凋亡的影响，方法：用携带人FasL cDNA的缺陷型重组腺病毒载体（Ad-FL)，在体外转导5株人脑胶质瘤细胞，并使其表达，通过流式细胞仪，RT－PCR，TUNEL法及荧光显微镜分别进行Fas/FasL表达检测和相关凋亡检测，分析，结果：RT－PCR和流式细胞仪检测5株胶质瘤细胞表达均表达Fas，不表达FasL,而Ad-FL转导的5株胶质瘤细胞均能表达FasL,Fas表达水平与抗Fas抗体诱导胶质瘤细胞凋亡敏感性无相关性，Ad-FL能显著诱导5株胶质细胞瘤在体外凋亡或抑制其生长，结论：重组腺病毒FasL在体外诱导人脑胶质瘤凋亡效果显著。     

胶质瘤促血管生成素2基因表达的临床意义（附52例分析）

目的　探讨胶质瘤促血管生成素2 (Ang2) 基因在脑胶质瘤的表达及其临床意义。方法　采用逆转录聚合酶链反应(RT PCR) 和链酶亲和素过氧化物酶复合物SABC法检测52例人脑胶质瘤和8例正常脑组织中Ang2基因表达。结果　50 例脑胶质瘤和8 例正常脑组织均可表达Ang2 mRNA片段。高恶度胶质瘤Ang2 mRNA及蛋白表达显著高于低恶度胶质瘤(P<0 01); 低恶度胶质瘤Ang2 mRNA及蛋白表达显著高于正常脑组织(P<0 05)。免疫组化染色显示, Ang2蛋白主要分布在高恶度胶质瘤组织的瘤细胞和内皮细胞, 低恶度胶质瘤呈低水平表达, 正常脑组织不表达。结论　Ang2的表达与胶质瘤的分级密切相关, 可能对胶质瘤的恶性演进起促进作用。     

铁死亡在神经胶质瘤治疗中的作用

铁死亡是一种铁依赖性脂质过氧化物损伤诱导的调节性细胞死亡形式,其在分子生物学、形态学和遗传学等方面都不同于凋亡、自噬和坏死等细胞死亡形式。铁死亡在神经胶质瘤的治疗中发挥重要作用,诱导胶质瘤细胞铁死亡将成为治疗肿瘤的新策略。本文对铁死亡的相关基因xCT、Nox4、NCOA4、BECN1在神经胶质瘤治疗中的作用及中药在神经胶质瘤中对铁死亡的治疗作用进行阐述,以期为神经胶质瘤的临床治疗提供新方向和新思路。     

B淋巴细胞瘤 -2结合抗凋亡基因 1在人脑胶质瘤中的表达及临床意义

目的探讨 B淋巴细胞瘤 -2(B-cell lymphoma-2,Bcl-2)结合抗凋亡基因 1(Bcl-2-associated athanogene 1,BAG-1)在人脑胶质瘤中的表达及临床意义。方法应用免疫组织化 SP二步法,检测 2009年 9月至 2021年 9月年安徽医科大学第二附属医院的 212例人脑胶质瘤标本以及 10例正常脑组织标本中的 BAG-1的表达,分析其与临床病理及预后的关系。结果检测到 BAG-1总体的阳性表达率为 61.3％, BAG-1在低级别胶质瘤( Ⅰ~Ⅱ级)和高级别胶质瘤( Ⅲ~Ⅳ级)阳性表达率分别为 48.4%和     

雷公藤红素抑制可移植性人脑胶质瘤生长相关分子

目的 研究雷公藤红素在裸鼠胶质瘤动物模型治疗人脑胶质瘤的可行性.探讨雷公藤红素抑制SHG-44胶质瘤裸鼠移植瘤生长的作用机制.方法 建立BALB/c裸小鼠SHG-44胶质瘤移植瘤模型,将荷瘤裸鼠随机分为5组,采用腹腔内注射给药方法.雷公藤红素按4mg/kg、2mg/kg、1mg/kg三种浓度分组给药;阳性对照顺铂组按2mg/kg给药.定期观察肿瘤生长情况测量肿瘤体积,绘制肿瘤生长曲线并计算抑瘤率.全部SHG-44裸鼠移植瘤石蜡标本用SP法免疫组化染色,检测移植瘤组织中的微血管计数(MVD)、以及bFGF、周期蛋白D1和PCNA的蛋白表达.结果 与溶媒对照组相比,雷公藤红素4mg/kg组、2mg/kg组均能抑制肿瘤生长(P＜0.05),其体积抑瘤率分别为35%和26.9%.雷公藤红素高剂量组能下调移植瘤组织中bFGF的蛋白表达(P＜0.05);MVD也随之降低(P＜0.05),呈剂量依赖关系.PCNA、周期蛋白D1在雷公藤红素高、中剂量组及阳性对照组移植瘤中的蛋白表达明显低于溶媒对照组(P＜0.05),呈剂量依赖关系.结论 雷公藤红素能明显抑制SHG-44裸鼠移植瘤生长,并存在剂量依赖性.其机制可能是下调bFGF的蛋白表达,抑制肿瘤血管生成,下调周期蛋白D1、PCNA的蛋白表达,对肿瘤细胞周期进行调控.     

Effect of c-fos gene silence on PM2.5-induced miRNA alteration in human bronchial epithelial cells

Human bronchial epithelial (HBE) cells and c-fos-silenced HBE cells were first exposed to fine particulate matter (PM_2.5) and the resulting miRNA sequenced. Thereafter, a weighted gene co-expression network analysis was performed using Cytoscape software to visualize the interactions between identified hub miRNAs and their target genes. Nine differentially expressed miRNAs in hub miRNAs were identified in the different treatment groups, of which miR-25−3p, miR-215−5p, and miR-145−5p were selected for further study. Following qPCR validation, both miR-25−3p and miR-215−5p were found to be significantly up-regulated whilst, miR-145−5p was significantly down-regulated (p < 0.05) in the PM_2.5 group. Furthermore, miR-25−3p and miR-145−5p were also significantly down-regulated in the untreated group of c-fos silenced HBE cells. However, miR-215−5p was significantly down-regulated in both the untreated and PM_2.5-treated groups of c-fos silenced HBE cells. Subsequent analysis of their target genes also illustrated differential gene expression when comparing the treatment groups of the two cell types. The present data indicated that the c-fos gene has an important effect on the miRNA expression profiles and the related signaling pathways in PM_2.5-treated HBE cells. Therefore, each of miR-25−3p, miR-145−5p, and miR-215−5p may potentially provide future research information for additional exploration of a PM_2.5-induced carcinogenesis mechanism.     

脑胶质瘤的显微手术治疗分析

目的探讨显微手术治疗脑胶质瘤的临床治疗效果。方法 2008～2012年,本院收治的脑胶质瘤患者64例,行显微手术治疗,术后病理检查判断手术切除程度,并随访评价临床疗效。结果 64例脑胶质瘤患者显效39例、有效22例、无效3例,总有效率95.3%。术后随访3个月～2年复发7例,复发率10.9%。结论显微手术治疗脑胶质瘤对脑组织的损伤较小,能较好地保留重要的神经血管功能,有效降低了复发率和死亡率,生活质量明显提高,值得临床推广。     

无强化胶质瘤30例的MRI诊断分析

目的：分析无强化胶质瘤的MR特点，提高其诊断准确率。方法：对已手术确诊的30例原发脑胶质瘤MR诸征象及增强变化进行回顾性分析，探讨其征象与肿瘤病理的关系。结果：无强化胶质瘤有一定的特征性，发病部位以双侧额叶居多，以长T1长，T2信号为主，中等大小占多数，轻度水肿效应较多等。结论：MR检查可提高对无强化胶质瘤的认识，并有较高的诊断及鉴别诊断价值。     

胚胎发育相关基因stk40的蛋白表达和生物信息学分析

目的 检测胚胎发育相关基因 stk40 的表达,并对其进行生物信息学分析.方法 取小鼠早期各发育阶段的胚胎样本,用Western blot方法检测stk40的蛋白表达.用生物信息学软件或数据库分析预测stk40基因及其编码蛋白的基因结构、染色体定位、蛋白质理化性质、二级结构、疏水性/亲水性及结构域.结果 证实stk40蛋白在小鼠8细胞发育阻滞胚胎中的表达显著低于发育正常的早期胚胎.生物信息学分析显示,stk40基因mRNA全长3877 bp,开放阅读框长1350 bp,编码449个氨基酸,相对分子质量50563.9;定位于染色体4D2.2区域,含13个外显子和12个内含子.蛋白结构域分析提示,stk40基因编码蛋白存在-STYKc结构域,可能与细胞有机体的发生有关.结论 stk40基因编码蛋白的成功检测及生物信息学分析为进一步研究该基因奠定了基础.     

Apollon和Caspase-9在人脑胶质瘤中的表达

目的探讨apollon和Caspase-9在人脑胶质瘤组织中的表达及临床意义。方法按Kernohan方法将84例胶质瘤分为Ⅰ级15例,Ⅱ级32例,Ⅲ级23例,Ⅳ级14例;另外75例正常脑组织作为对照组。采用免疫组化SP法检测apollon和Caspase-9的表达。结果胶质瘤组apollon阳性表达率明显高于对照组(77.38%vs.9.33%),而Caspase-9的阳性表达率明显低于对照组(40.47%vs.90.67%)(P<0.05)。随着胶质瘤恶性程度的增高,apollon蛋白的表达逐渐增强,而Caspase-9蛋白的表达逐渐降低;apollon与Caspase-9蛋白表达呈负相关(r=-0.263,P<0.05)。结论 Apollon蛋白的过度表达和Caspase-9蛋白低表达与脑胶质瘤恶性程度相关,并可能作为评价胶质瘤恶性程度生物学指标。