基于网络药理学探讨黄芪治疗慢传输型便秘的作用机制

目的：借助网络药理学和分子对接技术探讨黄芪治疗慢传输型便秘的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选黄芪的活性化合物并预测其作用靶点,借助Cytoscape 3.7.2软件构建黄芪活性成分-靶点网络图;以“slow transit contipation”为关键词在OMIM及GeneCards数据库检索慢传输型便秘相关靶点,并与黄芪化合物作用靶点取交集,将共同靶点导入String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,将PPI导入Cytoscape 3.7.2进行拓扑分析;利用R语言进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析预测其作用机制;通过Swiss Dock在线分子对接工具对关键靶点进行分子对接。结果：黄芪筛选得到20个活性成分,对应作用靶点189个,与慢传输型便秘的共同靶点143个,交集String数据库和Cytoscape 3.7.2拓扑分析度值靠前的靶标为血管内皮生长因子A(VEGFA)、丝氨酸苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、胱天蛋白酶3(CASP3)、白细胞介素-6(IL-6)。GO功能富集分析得到生...     

基于网络药理学及生物信息学研究益气化痰方治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制

目的基于网络药理学及生物信息学探究益气化痰方（黄芪、甘草、党参等）治疗慢性阻塞性肺疾病 （COPD）的可能作用机制。方法通过TCMSP 数据库、GEO 数据库及OMIM 数据库获取益气化痰方治疗COPD 的活性成分与潜在靶点;使用Cytoscape 3.7.2 软件,构建“中药-活性成分-潜在靶点-疾病”网络并对潜在靶 点进行PPI 网络拓扑分析;使用Cytoscape 3.7.2 软件对潜在靶点进行GO 功能富集分析;借助R 软件对潜在靶 点作KEGG 通路富集分析;最后,采用AutoDock Vina 1.5.6 软件将活性成分与潜在靶点进行分子对接。结 果筛选得到154 个益气化痰方活性成分及益气化痰方治疗COPD 的潜在靶点19 个。“中药-活性成分-潜在 靶点-疾病”网络及蛋白互作网络拓扑分析得出主要的潜在靶点有乙酰胆碱酯酶（ACHE）、α1A-肾上腺素受体 （ADRA1A）、对氧磷酶1（PON1）、白细胞介素6（IL-6）、白细胞介素10（IL-10）、表皮生长因子受体（EGFR） 等;GO 功能富集分析涉及过氧化氢代谢过程,活性氧生物合成过程等生物功能;KEGG 通路富集分析结果包 括低氧诱导因子1（HIF-1）信号通路、叉头盒O（FoxO）信号通路、Janus 激酶-转录激活因子（JAK-STAT）信号通 路等条目;分子对接结果显示,益气化痰方主要活性成分与潜在靶点均具有较好的结合活性,可形成较为稳定 的结合构象。结论益气化痰方在治疗COPD 方面具有多成分、多靶点、多通路的特点,可能通过调节炎症反 应、氧化应激和气道黏液分泌等机制发挥治疗作用。     

基于网络药理学探讨威灵仙-天花粉药对抗癌的作用机制

目的:基于网络药理学探讨"威灵仙-天花粉"抗癌症的潜在靶点和作用机制。方法:应用中药系统药理学分析平台(TCMSP)根据口服生物利用度(OB)和类药性(DL)对威灵仙和天花粉的活性成分和相应靶蛋白进行筛选;应用GeneCards,OMIM数据库筛选癌症疾病的靶点,应用R语言软件筛选威灵仙、天花粉与癌症疾病共同靶点;应用Cytoscape3.7.2软件构建"药物-活性成分-疾病-靶点"网络图;应用STRING数据库绘制共同靶点蛋白互作网络(PPI);应用R语言软件对有效作用靶点进行基因本体(GO)功能,京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:从威灵仙-天花粉药对中共获得9个有效活性成分,共检索出31个靶点基因,从癌症疾病中检索出的相关靶基因为814个,两者相关靶基因进行匹配,得到共同靶基因9个,这些靶点主要涉及内肽酶、半胱氨酸型内肽酶活性参与凋亡过程以及癌症坏死因子受体超家族结合等生物学过程,并通过调节细胞凋亡,麻疹,乙型肝炎,卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染,p53,白细胞介素(IL)-17,肿瘤坏死因子(TNF)等多条通路从而发挥治疗癌症的作用。结论:初步研究了威灵仙-天花粉治疗癌症的作用机制,威灵仙-天花粉药对具有多个活性成分,能通过多个靶点、多个通路来发挥治疗癌症的作用。     

黄芪活性成分抗衰老作用机制的网络药理学研究

目的:运用网络药理学方法探讨黄芪抗衰老的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获得黄芪化学成分,以生物利用度(OB)、类药性(DL)为条件筛选主要活性成分;利用TCMSP和PharmMapper数据库预测黄芪活性成分靶点;在OMIM数据库和GeneCards数据库中输入关键词"aging",搜索与衰老相关的疾病靶点;借助Cytoscape 3.2.1软件构建"药物-疾病-靶点"的可视化网络;通过STRING网站构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并筛选核心靶点;通过CB-Dock网站对成分与靶点进行分子对接验证;应用DAVID数据库对靶点进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果:筛选得到黄芪24个活性成分,对应385个作用靶点;筛选出衰老相关靶点23 997个,取交集得到黄芪与衰老相关靶点377个,其中核心靶点为蛋白激酶B1(Akt1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、Jun、白细胞介素-6(IL-6)、MAPK8、表皮生长因子受体(EGFR)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、表皮生长因子(EGF)、骨髓细胞瘤病毒癌基因同源物(MYC)和白细胞介素-8(CXCL8);分子对接结果显示,黄芪活性成分与靶蛋白Akt1和MAPK1的结合能力较好;GO功能显著富集在氧化应激反应、活性氧代谢等生物过程;KEGG富集信号通路161条。结论:黄芪中黄酮和皂苷类化合物可能是其抗衰老的物质基础;黄芪可通过Akt1等靶点调节糖基化终末产物及其受体(AGE-RAGE)、缺氧诱导因子-1(HIF-1)等信号通路发挥其抗衰老作用,为其深入研究提供参考。     

基于网络药理学探讨黄芪治疗股骨头缺血性坏死的作用机制

目的 通过网络药理学的方式检索黄芪治疗股骨头缺血性坏死的主要活性成分、作用靶点及通路，探索黄芪的潜在作用原理。方法 通过TCMSP数据库平台筛选出黄芪的活性成分，并检索出其作用靶点，利用Uniprot、NCBI等数据库将其进行校正、规范。借用GeneCards及OMIM等数据库，以“股骨头缺血性坏死”英文全称：Ischemic necrosis of the femoral head为关键词获得股骨头缺血性坏死的疾病靶点，并将其进行规范整理。运用R语言系统将获得的黄芪高活性成分蛋白基因与INFH靶点基因进行韦恩分析，获取黄芪治疗INFH的交集靶点。借用Cytoscape3.7.2软件将黄芪与INFH的交集靶基因与黄芪高活性成分建立黄芪-活性成分-疾病-疾病靶点基因网络图，并利用插件计算相关网络特征值。将黄芪-疾病交集靶点基因导入到String数据库进行蛋白互作分析，构建蛋白(PPI)互作关系网络图，并通过KEGG通路富集分析及借用DAVID数据库将其进行GO功能富集分析预测其作用机制。结果 筛选出黄芪20个活性成分，得到不重复的对应靶基因197个，治疗股骨头缺血性坏死的靶点69个。GO...     

基于网络药理学探讨黄芪治疗反复呼吸道感染的作用机制

目的:利用网络药理学方法筛选黄芪的有效成分、潜在靶点及作用通路,建立一个"药物-有效成分-疾病-靶基因"的网络,探讨黄芪治疗反复呼吸道感染的作用机制。方法:基于中药系统药理学技术平台(TCMSP)、蛋白数据库(Uniprot)、GeneCards数据库和OMIM数据库筛选出黄芪的有效化学活性成分及作用靶点,以及与疾病共同作用靶基因,采用Cytoscape(3.7.2)软件构建出黄芪治疗反复呼吸道感染的网络图(黄芪-有效化学成分-反复呼吸道感染-靶基因);将药物与疾病共同靶基因上传到STRING数据库,构建蛋白质相互作用网络图(PPI),并运用R语言对PPI筛选出核心基因。利用R语言及Bioconductor平台对关键的靶点基因进行基因本体(GO)富集分析和基因相互作用(KEGG)通路分析。结果:通过筛选,预测出黄芪治疗反复呼吸道感染的有效活性成分共有16个,作用于疾病的有效基因有88个,主要通过调控IL-6、MAPK8、EGFR、VEGFA、ESR1、CASP3等核心靶基因及调控TNF信号通路、PI3K-AKT信号通路、AGE-RAGE等信号通路来发挥对反复呼吸道感染的治疗作用。结论:黄芪治疗反复呼吸道感染具有多成分、多靶点、多途径的特点,在今后的研究中可以选取具有代表性靶基因IL6、EGFR、VEGFA,以及PI3K-AKT信号通路进行探索。     

基于网络药理学分析人参-黄芪治疗肺癌潜在靶点和机制

目的:基于网络药理学分析人参-黄芪治疗肺癌潜在靶点和机制。方法:通过传统中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选人参、黄芪活性成分和靶基因。使用人类基因数据库(Gene Cards)获得肺癌相关基因。使用Cytoscape构建"药物-成分-靶点-疾病"网络。使用STRING下载蛋白与蛋白相互作用(PPI)数据,利用插件Centi Scape筛选PPI核心基因。使用R软件进行关键靶基因基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:共筛选17个人参,16个黄芪活性成分,50个人参,95个黄芪治疗肺癌的靶基因,构建"药物-成分-靶点-疾病"网络。筛选出38个PPI核心基因。GO功能富集显示人参-黄芪生物学过程和功能集中在核受体功能、转录相关功能、泛素化、细胞凋亡等。KEGG通路富集显示,人参-黄芪治疗肺癌主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt),细胞凋亡、肿瘤坏死因子(TNF)等信号通路。结论:通过构建"药物-成分-靶点-疾病"网络,从多成分、多靶点、多通路阐释人参-黄芪作为对药治疗肺癌的作用机制,为后续深入研究提供一定参考。     

基于网络药理学的黄芪建中汤治疗慢性萎缩性胃炎作用机制研究

目的筛选黄芪建中汤中治疗慢性萎缩性胃炎的主要活性成分,预测活性成分的作用靶点,建立单味药-活性成分-作用靶点网络,进一步探讨黄芪建中汤治疗慢性萎缩性胃炎的潜在作用机制。方法采用中药系统药理学技术平台(TCMSP)中的药动学参数[口服利用度(OB)和药物相似性(DL)]筛选黄芪建中汤的潜在活性成分,整合靶点预测网站服务器(STPD)与人类基因数据库(Genecard)、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)预测和筛选其治疗慢性萎缩性胃炎的作用靶点,借助Cytoscape构建"单味药-活性成分-作用靶点"网络。通过Systems Dock Web Site对4个主要活性成分与作用靶点进行分子对接验证。采用String数据库与Cytoscape软件绘制蛋白质相互作用网络,并利用Dis Ge NET数据库对作用靶点类型进行归属。采用DAVID数据库对黄芪建中汤作用靶点进行生物功能及代谢通路分析。结果通过OB和DL参数筛选得到118个潜在活性成分,共涉及16个作用靶点,与疾病靶点有关的活性成分为52个,主要通过调控癌症通路、病灶黏连、精氨酸和脯氨酸代谢、血管内皮生长因子(VEGF)信号转导与神经营养因子信号通路等发挥对慢性萎缩性胃炎的治疗作用。结论黄芪建中汤对慢性萎缩性胃炎的治疗作用体现了中药多成分-多靶点-多途径的特点,为阐释其治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制与物质基础提供了科学依据。     

基于网络药理学探讨苓桂术甘汤治疗慢性心力衰竭的作用机制

目的：基于网络药理学方法筛选苓桂术甘汤的活性成分及核心靶标,进一步探讨其防治慢性心力衰竭（Chronic Heart Failure,CHF）潜在分子机制。方法：在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索苓桂术甘汤的活性成分,并预测活性成分作用靶点,采用GeneCards数据库筛选CHF的疾病靶点,运用R语言软件筛选药物与疾病的共同靶点,应用Cytoscape3.7.2软件构建药物活性成分-疾病靶点相互作用网络,应用STRING 11.0构建共同靶点蛋白质相互作用网络,并用Cytoscape3.7.2对蛋白质-蛋白质相互作用网络进行拓扑分析,R语言软件对共同靶点进行基因本体论富集分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,同时应用Cytoscape 3.7.2软件构建KEGG通路与富集蛋白的相互作用关系网络。结果：获得苓桂术甘汤有效生物活性成分95个,与CHF相关的靶点有72个,这些靶点主要涉及对营养水平的反应、对脂多糖的反应、循环系统中的血管过程、对活性氧的反应等生物学过程,并主要富集在糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）、流...     

基于网络药理学探讨黄芪治疗类风湿关节炎合并肺间质纤维化的作用机制

目的基于网络药理学探讨黄芪治疗类风湿关节炎合并肺间质纤维化的潜在作用机制。方法通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)筛选出黄芪中的潜在活性成分,整合TCMSP数据库、靶点预测网站(Swiss Target Prediction)、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、GCBI文献数据库和人类基因数据库(Genecards),预测和筛选其治疗类风湿关节炎合并肺间质纤维化的作用靶点,运用韦恩图(Venny 2.1.0)对药物靶点和疾病靶点进行匹配。通过Systems Dock Web Site对主要活性成分和作用靶点进行分子对接验证。运用String数据库和Cytoscape软件构建绘制蛋白质相互作用网络,并用DisGeNET数据库对作用靶点进行类型归属。采用DAVID数据库对黄芪核心作用靶点进行生物功能和代谢通路分析,借助Cytoscape软件构建"药物-活性成分-核心靶点-通路-疾病"网络。结果筛选得到黄芪25个潜在活性成分,涉及9个作用靶点,与疾病靶点有关的活性成分有3个,主要通过调控TNF、NF-κB、MAPK、Toll样受体、TGF-β信号通路发挥治疗作用。结论黄芪对类风湿关节炎合并肺间质纤维化的治疗作用体现了中药多成分-多靶点-多途径的特点,为阐释其治疗类风湿关节炎合并肺间质纤维化的作用机制提供了科学依据。     

黄芪-莪术药对基于网络药理学的抗大肠癌分子机制

目的:运用计算机网络药理学技术预测黄芪-莪术药对治疗大肠癌的作用靶点和信号通路,进一步分析其抗大肠癌物质基础和作用机制。方法:通过Therapetutic Target Database(TTD),Drugbank数据库收集大肠癌疾病作用靶点;从中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得黄芪、莪术所含中药成分;运用Chem Mapper,Pharm Mapper数据库预测所选中药成分作用的疾病靶点;采用Cytoscape软件建立"化合物-疾病靶点"网络模型;利用Clue GO插件对靶点进行基因功能(GO)分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:黄芪-莪术药对活性化合物-大肠癌疾病靶点网络包含56个化合物和54个靶点,关键靶点涉及AMP激活蛋白激酶α1(PRKAA1),前列腺素内过氧化物合酶1(PTGS1),环氧化酶2(PTGS2),胸苷酸合成酶(TYMS),肝羧酯酶1(CES1),血管内皮生长因子B(VEGFB),血管内皮生长因子A(VEGFA),谷胱甘肽S-转移酶P(GSTP1),丝氨酸羟甲基转移酶(gly A)等;靶点的基因功能偏向于肽基酪氨酸的磷酸化,调节细胞外调节蛋白激酶(ERK) 1和ERK2信号串联,内皮细胞凋亡过程的负调节等;重要的KEGG通路涉及癌症通路,Ras信号通路,Rap1信号通路,磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路等。结论:黄芪-莪术药对通过抑制肿瘤细胞增殖分化、促进肿瘤细胞凋亡、抗肿瘤新生血管生成以及增强机体免疫的多表型干预的网络模式产生抗大肠癌活性,其作用信号通路与Ras信号通路,Rap1信号通路,PI3K/Akt信号通路最为相关。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要化学成分、可能的作用靶点以及相关信号通路，探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芪-紫苏子的化学成分；运用PubChem数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选其潜在靶点；借助GeneCards数据库检索COPD相关靶点，与黄芪-紫苏子化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点；使用Cytoscape3.2.1软件构建“中药-化学成分-靶点-疾病”网络；将上述共同靶点导入String数据库获取数据后在Cytoscape3.2.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction，PPI），然后进行核心靶点筛选；利用Metascape数据库进行GO和KEGG通路富集分析；使用RCSB PDB数据库、Pymol和Autodock Vina软件进行分子对接；采用A549细胞进行体外活性实验评价槲皮素和异鼠李素的抗炎作用，验证网络药理学及分子对接结果的科学准确性。结果 黄芪-紫苏子的“中药-化学成分-靶点-疾病”网络包含34个化学成分和74个治疗COPD的潜在靶点，其核心化学成分主要为黄酮类化合物；另PPI网络中核心靶点主要涉及ALB、TP53、AKT1等；GO功能富集得到GOBP条目1841条，GOCC条目109条，GOMF条目105条；KEGG通路富集筛选得到130条信号通路，其中靶点在AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT 信号通路和HIF-1信号通路等富集较为集中。分子对接结果显示，黄芪和紫苏子的核心化合物中的黄芪异黄烷苷、木犀草素、槲皮素以及异鼠李素等黄酮类成分对ALB具有较高亲和力。体外活性验证中槲皮素和异鼠李素具有显著的抗炎活性。结论 黄芪-紫苏子配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果，为其分子机制研究奠定一定的基础。     

基于网络药理学探讨丹参通络方治疗冠心病血瘀证的机制＊

目的 基于网络药理学探讨丹参通络方治疗冠心病（Coronary heart disease，CHD）血瘀证的可能作用机制。方法 通过TCMSP数据库ChEMBL数据库筛选出丹参通络方3味药丹参、三七、银杏叶潜在活性成分及靶点，通过GeneCard数据库获得冠心病的作用靶点，结合课题组前期通过高通量测序方法获得的冠心病血瘀证的差异表达基因，最终得到药物与疾病的交集靶点，并运用Cytoscape 3.7.2软件绘制活性成分-靶点-疾病网络图，采用STRING数据库构建PPI网络，使用R软件和Bioconductor包对交集靶点进行基因GO功能和KEGG富集分析。结果 筛选得到丹参通络方治疗冠心病血瘀证的潜在活性成分8个，核心靶点7个，其作用的生物路径与IL-17信号通路等关系密切。结论 丹参通络方治疗冠心病血瘀证的作用具有多成分、多靶点、多通路的作用机制特点，网络药理学结果可为实验验证其机制提供方向。     

基于网络药理学探讨黄芪—藿香—金银花配伍预防新型冠状病毒肺炎的机制研究

目的 通过网络药理学研究探讨黄芪—藿香—金银花配伍预防新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制.方法 应用中药系统药理学数据库及分析平台对黄芪、藿香、金银花的中药活性化合物进行检索、筛选.使用GeneCards数据库筛选新型冠状病毒肺炎疾病有关靶点,使用Cytoscape软件构建化合物—作用靶点网络关系图,应用STRING数据库...     

基于网络药理学探讨甘松-延胡索组方治疗房颤的作用机制

目的:通过网络药理学预测甘松-延胡索组方治疗房颤的作用靶点及信号通路,进一步探讨潜在作用机制。方法:采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选甘松-延胡索组方的活性成分并预测其作用靶点,构建活性成分-预测靶点网络。通过人类孟德尔遗传综合数据库(OMIM),治疗靶点数据库(TTD),基因组注释数据库(Genecards)检索房颤的潜在靶点,采用蛋白质相互作用网络数据库(STRING 11. 0)获取房颤靶点蛋白相互作用的网络,通过Cytoscape 3. 7. 1软件对数据进行可视化分析,构建房颤靶点的蛋白互作网络。将甘松-延胡索组方的预测靶点映射至房颤靶点集合上,其交集靶点即为甘松-延胡索组方治疗房颤的潜在靶点。然后运用功能注释生物信息学分析平台(DAVID)数据库对甘松-延胡索组方治疗房颤的潜在靶点进行生物功能及信号通路富集分析。再通过Cytoscape 3. 7. 1软件构建甘松-延胡索组方治疗房颤的活性成分-潜在靶点-信号通路网络。结果:筛选出51个甘松-延胡索组方的活性成分,预测出甘松-延胡索组方治疗房颤的潜在靶点18个,主要通过白细胞介素-6(IL-6),钠通道蛋白亚型5α(SCN5A),肿瘤坏死因子(TNF),内皮源性一氧化氮合酶(NOS3),电压依赖性钾通道亚型H2(KCNH2),胶原α1(I)链(COL1A1),维甲酸受体RXR-α(RXRA),组织因子(F3),α1B肾上腺素能受体(ADRA1B)等靶蛋白,以及环磷酸酸鸟苷(cGMP)/蛋白激酶G(PKG)信号通路,磷脂酰肌醇-3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路,癌症中的转录失调,钙信号通路,心肌细胞中的肾上腺素信号等信号通路发挥治疗房颤的作用。结论:甘松-延胡索组方是基于多成分、多靶点、多通路治疗房颤,为后续开展实验研究以进一步阐释其作用机制提供了科学依据。     

基于网络药理学、分子对接和实验验证的补骨脂效应成分及其抗骨质疏松作用机制探讨

目的 基于网络药理学、分子对接技术探讨补骨脂效应成分抗骨质疏松的作用机制,并进行实验验证。方法 采用超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱飞行时间质谱法表征补骨脂水提取物的化学成分,结合SymMap、Herb、TCM-ID、GEO数据库,STRING平台和Cytoscape软件,筛选了补骨脂抗骨质疏松（OP）的核心药效成分与重要靶点,并进行基因本体（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析;利用AutoDock软件对核心药效成分与重要靶点进行分子对接验证,通过体外细胞实验进行了初步验证。结果 共筛选得到补骨脂效应成分31个、重要靶点256个,其中过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARG）为核心靶点。GO分析和KEGG信号通路分析分别筛选出符合条件的417个生物过程和123条信号通路,其中有8条核心靶点参与的通路。采用分子对接实验和体外细胞实验对其中腺嘌呤核苷一磷酸激活的蛋白激酶（AMPK）关键信号通路进行验证。分子对接结果显示,补骨脂治疗OP的主要活性成分补骨脂甲素、甲基补骨脂黄酮与蛋白质-蛋白质相互作用网络筛选出的核心靶点蛋白PPARG结合活性较好;细胞实验表明,2个成分可以促进成骨细胞的增殖和分化,对部分AMPK通路相关基因有上调的作用。结论 应用网络药理学和生物信息学方法,结合分子对接和细胞实验,可揭示补骨脂有效成分通过AMPK信号通路治疗OP的潜在作用机制,为补骨脂的药效物质基础研究提供了新思路。     

基于网络药理学探究防衰益寿丸抗衰老作用及实验验证＊

目的 使用网络药理学方法来探究防衰益寿丸中君药抗衰老作用并验证。方法 采用中药系统药理学数据库和分析平台等数据库筛选防衰益寿丸君药的活性成分及活性成分作用靶点；在GeneCards、DigSee和OMIM疾病数据库中检索衰老相关靶点；借助Uniprot数据库查询其活性成分对应靶点基因名称；采用Cytoscape 3.7.2软件构建成分、疾病、两者交集靶点网络图；借助STRING数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白互作网络；通过R 3.6.1软件对防衰益寿丸君药抗衰老靶基因进行GO和KEGG富集分析；将核心靶点与对应的化合物进行分子对接验证，并通过动物实验验证网络药理学预测结果。结果 研究共筛选出31个活性化合物，预测得到152个作用靶点，共收集2257个衰老靶点。通过靶点映射表明药物活性成分作用于AKT1、TNF、MAPK8、MPAK1、CASP3等97个共同表达靶基因，发现靶基因主要参与被动跨膜转运蛋白活性、铵离子结合、血红素结合、脂多糖的反应等生物过程。通过调节糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、MAPK信号通路等发挥抗衰老作用。分子对接验证结果表明核心靶点AKT1、MAPK1、TNF及HMOX-1靶点可与活性成分原阿片碱、花生四烯酸及山奈酚小分子化合物稳定结合。动物实验结果表明防衰益寿丸能够调控多条通路改善小鼠的学习记忆能力，改善大脑胆碱能神经通路功能，增加脑内乙酰胆碱的含量，改善老龄小鼠血脂水平。结论 研究初步探究并验证了防衰益寿丸君药抗衰老作用的核心活性成分（人参皂苷类成分、山奈酚、花生四烯酸、原阿片碱等）及关键靶基因（如AKT1、TNF、CASP3、MAPK1、HMOX1等），网络关系构建及通路富集（如糖尿病并发症AGE-RAGE通路、TNF信号通路、MAPK信号通路等），揭示了药物抗衰老的潜在通路和机制，体现了中药的多成分-多靶点-多途径的药理作用，为进一步深入阐释其抗衰老机制奠定了基础。     

基于网络药理学的八珍汤治疗手术后贫血作用机制研究

目的:基于网络药理学研究八珍汤治疗术后贫血的作用机制,为其临床应用提供参考。方法:通过检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获得八珍汤中人参、白术、茯苓、甘草、熟地黄、当归、白芍、川芎的主要化学成分及靶点;通过检索GeneCards、OMIM、TTD数据库获取术后贫血相关靶点;运用Perl语言和Venny软件得到共有靶点;采用Cytoscape 3.7.0软件构建疾病-靶点-成分网络图;运用STRING 11.0在线网站分析共有靶点,得到蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;运用R语言对共有靶点进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集。结果:八珍汤治疗术后贫血的主要有效成分为槲皮素、山柰酚、柚皮素、甘草查耳酮a,核心靶点为蛋白激酶B1 (Akt1)、白细胞介素-6 (IL-6)、丝裂原活化蛋白激酶3 (MAPK3)、血管内皮生长因子A (VEGFA)、胱天蛋白酶3 (CASP3)等。八珍汤治疗术后贫血是通过调节晚期糖基化终末产物及其受体(AGE-RAGE)、磷脂腺肌醇3-激酶(PI3K)-Akt、MAPK等信号通路,调节细胞因子活性,促进细胞增殖来改善贫血症状。结论:八珍汤通过多靶点、多途径方式改善术后贫血,为临床进一步研究提供参考。     

基于网络药理学探讨桔梗-苦杏仁与肺癌相关分子机制

目的:基于网络药理学方法筛选桔梗-苦杏仁药对中的活性成分,预测治疗癌症的作用靶点及信号通路,构建多成分-多靶点-多通路的相互作用网络,进一步探究其治疗肺癌的可能作用机制。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)以及文献查阅,检索并收集桔梗-苦杏仁的活性成分及其对应的靶标。利用UniProt数据库和Genecards数据库获得桔梗-苦杏仁治疗肺癌的潜在靶标基因。用Cytoscape 3.6.0软件构建"成分-靶标"网络。结合String数据库及Cytoscape软件中的Generate style from statistics工具,构建蛋白质相互作用网络。通过Systems Dock Web Site网络服务器与桔梗-苦杏仁的活性成分进行分子对接。利用功能注释生物信息学分析平台(DAVID)数据库,对桔梗-苦杏仁的作用靶标进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和基因本体(GO)分类富集分析。结果:共筛选得到桔梗-苦杏仁的14个活性成分,包括acacetin,cis-dihydroquercetin,spinasterol,licochalcone B,luteolin等,和103个作用靶标,包括诱导型一氧化氮合酶蛋白(NOS2),环加氧酶1蛋白(PTGS1),雄激素受体(AR),环加氧酶2蛋白(PTGS2),二肽基肽酶4(DPP4)等,主要涉及prostate cancer,small cell lung cancer,hepatitis B,T cell receptor signaling pathway等信号通路。结论:该研究基于网络药理学的方法预测了桔梗-苦杏仁治疗肺癌的可能的作用机制,为后续的深入研究提供了方向。