应用RD—PCR方法制备K562细胞表达谱芯片基因探针

目的：收集K562细胞表达谱芯片的基因片段。方法：培养K562细胞，抽提其mRNA，反转录为cDNA，应用限制性显示PCR技术（RD－PCR）分离K562细胞不同组别的产物片段，分别行PCR扩增。结果：制备了可用于基因芯片制作的基因探针片段。结论：RD－PCR方法适合于基因芯片探针的收集。     

限制性显示-聚合酶链反应扩增苏云金杆菌基因片段的克隆与分析

目的运用限制性显示-PCR技术(RD-PCR)扩增苏云金杆菌(Bacillusthuringiensis,Bt)基因片段,并进行克隆、测序分析。方法设计特异性引物扩增长片段Bt基因,对扩增产物进行RD-PCR扩增,扩增后的产物克隆至pMD18-T载体并进行快速鉴定。提取阳性克隆质粒进行测序分析。结果运用RD-PCR技术,将长片断的基因(2 000-3 000 bp)分为多个短的片段,片段长度较为均一(200~600 bp)。测序结果表明,所扩增的片段均属于特异扩增的Bt基因。结论运用RD-PCR技术可以将长片段基因进行片段化,使其适用于基因芯片的探针。     

限制性显示-聚合酶链反应扩增苏云金杆菌基因片段的克隆与分析

目的 运用限制性显示-PCR技术(RD-PCR)扩增苏云金杆菌(Bacillus thuringiensis，Bt)基因片段，并进行克隆、测序分析。方法 设计特异性引物扩增长片段Bt基因，对扩增产物进行RD-PCR扩增，扩增后的产物克隆至pMD18-T载体并进行快速鉴定。提取阳性克隆质粒进行测序分析。结果 运用RD-PCR技术，将长片断的基因(2000—3000bp)分为多个短的片段，片段长度较为均一(200～600bp)。测序结果表明，所扩增的片段均属于特异扩增的Bt基因。结论 运用RD-PCR技术可以将长片段基因进行片段化，使其适用于基因芯片的探针。     

应用限制性显示技术筛选K562细胞脱核前后差异表达基因

目的 应用限制性显示（RD）PCR技术筛选细胞松弛素B（CytochalasinB,CB）诱导K562细胞脱核前后的差异基因,探讨CB诱导细胞脱核的分子机制。方法 用CB（终浓度为10μg／ml）处理K562细胞24h。分别提取对照组和处理组细胞总RNA,将两组等量的细胞总RNA纯化为mRNA,反转录为cDNA,利用RD-PCR技术和聚丙烯酰胺凝胶电泳分离、筛选CB处理前后差异表达的基因。对筛选出的差异表达基因进行克隆、测序,在GenBank检索进行序列同源性分析。结果 筛选及克隆了7个差异表达基因,其中水通道蛋白1（AOP1）基因经反转录PCR验证在CB诱导脱核的K562细胞中表达上调。结论 AQP1基因在CB诱导K562细胞脱核过程中特异性高表达,提示其可能与细胞脱核及增殖抑制密切相关。     

As2O3处理前后K562细胞基因表达变化的基因芯片检测

目的应用基因芯片研究三氧化二砷(As2O3)处理前后K562细胞基因表达的变化.方法提取As2O3处理前后K562细胞的总RNA,纯化为mRNA后再反转录为cDNA.cDNA经限制性内切酶Sau3AI切割后,cDNA片段分别用Cy3和Cy5标记,与自制的包含348个基因片段的胎盘库芯片杂交.结果杂交结果经扫描和软件分析,发现了11个差异表达的基因片段,其中有3个基因片段与细胞凋亡密切相关.结论我们构建的胎盘库基因芯片可以成功地用于研究药物作用前后基因表达的变化.     

As2O3处理前后K562细胞基因表达变化的基因芯片检测

目的 应用基因芯片研究三氧化二砷（As2O3)处理前后K562细胞基因表达的变化。方法 提取As2O3处理前后K562细胞的总RNA，纯化为mRNA后再反转录为cDNA。cDNA经限制性内切酶Sau3AI切割后，cDNA片段分别用Cy3和Cy5标记，与自制的包含348个基因片段的胎盘库芯片杂交。结果 杂交结果经扫描和软件分析。发现了11个差异表达的基因片段，其中有3个基因片段与细胞凋亡密切相关。结论 我们构建的胎盘库基因芯片可以成功地用于研究药物作用前后基因表达的变化。     

应用Southern印迹杂交法检测转移基因在宿主细胞中的整合

目的 应用Southern印迹杂交法（Southern blot)证实转移基因整合至宿主细胞基因组DNA。方法 酚氯偏法提取基因转导的PA317/AIM及K562/AIM细胞基因组DNA，以聚合酶链反应（PCR）扩增转移基因片段，随机引物法标记^32P-DNA探针，与经BamHI酶切、琼脂糖凝胶电泳、转移至尼龙膜的基因组DNA进行Southern杂交反应，检测转移基因的整合。结果 PCR反应和Southern blot分析证实转移基因存在于受体细胞基因组DNA中。结论 Southern印迹杂交法证实转移基因稳定整便至逆转录病毒生产细胞PA317/AIM及靶细胞K562/AIM中。     

裸鼠高致瘤性K562—n细胞系细胞骨架相关基因的表达变化研究

目的 探索K562和K562－n细胞在裸鼠体内致瘤性不同的分子生物学机制。方法 应用基因芯片技术，检测K562细胞和K562－n细胞的差异表达基因。结果 一系列与细胞骨架有关的基因在K562－n细胞中表达上调，包括编码calaizzarin、ADP糖基化蛋白2、巨噬细胞肌动蛋白基因、硫酸乙酰肝素蛋白多糖核心蛋白基因。结论 K562－n细胞的裸鼠高致瘤特性与一些细胞骨架相关基因的表达上调有关。     

红白血病K562细胞基因表达谱芯片制作研究

以人红白血病K562细胞为材料，应用限制性显示PCR（RD-PCR）技术分离到K562细胞在诱导分化药物羟基脲诱导分化前后不同时期的cDNA片段3256条，并用DNA芯片仪制作了K562细胞基因表达谱芯片。对芯片制作中不同点样液及处理条件对玻片上DNA固定效率的影响，样品DNA最优浓度等进行了初步研究，结果认为用DMSO作点样液、样品DNA浓度为0.3μg/μL、点样后经紫外交联（150mJ）、80℃干烤2h,DNA探针在玻片上的固定效率可达95%。用此法制作的K562基因表达谱芯片得到较好的杂交效果。     

用DNA-PCR方法于基因组水平检测K562细胞及慢性粒细胞白血病患者bcr/abl融合基因

目的：在慢性粒细胞白血病（慢粒）细胞系K562及慢粒患者中尝试基于DNA水平的bcr／abl融合基因检测方法。方法：以Waller的“L—T DNA PCR”方法为基础，并针对其引物位置设计的缺陷，改进设计了一套DNA—PCR引物，分别提取K562细胞及慢粒患者外周血单个核细胞DNA，进行bcr／abl融合基因扩增，并对扩增片段进行序列测定。结果：运用DNA—PCR方法成功地扩增出了K562细胞及2名CML患者外周血基因组的bcr／abl融合基因片段，随后进行的片段测序进一步明确了融合基因的断裂位点。结论：DNA—PCR提供了一种基于基因组DNA水平的新检测手段，结合测序能鉴定融合基因的断裂位点，若结合定量PCR的方法则能监测患者的治疗效果与预后，还能检测患者经化疗后的残留微小病灶。     

HIV基因芯片的初步研究

目的：建立HIV基因检测芯片的分析技术，方法：分离HIV 1U26942基因限制性显示片段作探针，应用PixSys 5500点样仪将探针打印在氨基包被的玻片上制作基因芯片，然后与随机引物荧光标记的HIV样品进行杂交，以分析限制性显示基因片段的杂交动力学，经杂交后清洗和干燥，扫描芯片进行检测。结果：对基因检测芯片的制作与检测的实验条件进行了初步研究并筛选了12个限制性显示基因探针。结论：建立的检测芯片的实验方法可行且较特异。     

HIV基因芯片的初步研究

目的建立HIV基因检测芯片的分析技术。方法分离HIV1U26942基因限制性显示片段作探针,应用PixSys 5500点样仪将探针打印在氨基包被的玻片上制作基因芯片。然后与随机引物荧光标记的HIV样品进行杂交,以分析限制性显示基因片段的杂交动力学。经杂交后清洗和干燥,扫描芯片进行检测。结果对基因检测芯片的制作与检测的实验条件进行了初步研究并筛选了12个限制性显示基因探针。结论建立的检测芯片的实验方法可行且较特异。     

基因芯片技术分析二氢青蒿素抑制K562细胞增殖的作用机制

[目的]利用基因芯片检测二氢青蒿素作用于K562细胞后的基因表达情况,从基因水平探讨二氢青蒿素抑制K562细胞增殖的作用机制。[方法]K562细胞经不同浓度二氢青蒿素处理24h,倒置光显微镜和荧光显微镜观察细胞形态学变化,流式细胞仪检测细胞周期变化。提取总RNA,逆转录生成cDNA,同时Cy3标记。标记好的cDNA与基因芯片杂交,用扫描仪检测杂交结果。[结果]倒置光显微镜可见细胞出现不同程度的皱缩,核分裂相减少,细胞密度下降,漂浮细胞增多。荧光显微镜下可观察到染色质高度浓缩、边缘化,凝聚成明亮的团块,即凋亡小体,同时有死亡细胞。流式细胞仪检测显示G2期细胞的比例明显增加。扫描杂交结果数据显示其中13条基因表达有差异。表达上调的基因有chk1,表达下调的基因有：PCNA、cyclinB1、cyclinD1、cyclinE1、cdk4、cdk2、E2F1、DNA-PK、DNA-TopoⅠ、mcl-1、jnk、VEGF。[结论]二氢青蒿素可以抑制K562细胞增殖,作用机制与改变细胞周期某些调控物质的基因表达、诱导K562细胞凋亡等有关。     

DNA芯片技术筛选K562肿瘤细胞特异性基因

目的 应用DNA芯片技术筛选人白血病K562细胞中的肿瘤特异性基因。方法 提取正常人白细胞和K562细胞基因组DNA，并用限制性内切酶Sau3AI酶切。其中K562细胞基因组酶切产物经DNA聚合酶Ⅰ补平加A后克隆到T-载体，挑选阳性克隆，用PCR扩增．以纯化的PCR产物做探针，制备K562细胞基因组DNA芯片。正常人白细胞基因组酶切产物加上人工通用接头，用限制性标记技术标记上荧光标记物Cy3，与制备的K562细胞基因组DNA芯片杂交。结果 芯片杂交结果经扫描分析，发现42个K562细胞肿瘤特异性基因，进一步用序列分析证实．其中有1个为BCR(breakpoint cluster gene)基因。结论 我们自制的K562细胞基因组DNA芯片可以成功地用于筛选肿瘤特异性基因．为更好地从基因组水平研究肿瘤发生的分子机制提供了新的技术途径。     

基因芯片技术分析青蒿琥酯抑癌作用机制

目的利用基因芯片检测青蒿琥酯作用于K562细胞后的基因表达情况,从基因水平上探讨青蒿琥酯抑制K562细胞增殖的作用机制。方法K562细胞经不同浓度青蒿琥酯处理24h,倒置光显微镜和荧光显微镜观察细胞形态学变化,流式细胞仪检测细胞周期变化。提取总RNA,逆转录生成cDNA,cDNA与基因芯片杂交,扫描仪检测杂交结果。结果倒置光显微镜观察到青蒿琥酯处理的K562:细胞出现不同程度的皱缩,核分裂相减少,细胞密度下降,漂浮细胞增多。荧光显微镜观察到青蒿琥酯处理的K562:细胞染色质高度浓缩、边缘化,凝聚成明亮的团块,即凋亡小体。流式细胞仪检测青蒿琥酯处理K562细胞G2期细胞的比例明显增加。扫描信号,分析数据显示10条基因表达有差异,p21、chk1表达上调,cyclinB1、cyclinE1、E2F1、DNA-PK、hTERT、bcl-2、jnk、VEGF表达下调。结论青蒿琥酯可以抑制K562细胞增殖,作用机制与改变细胞周期某些调控物质的基因表达、诱导K562细胞凋亡有关。     

Y-盒结合蛋白1对白血病K562细胞多药耐药基因-1表达的调控

目的:观察多柔比星诱导K562细胞多药耐药基因-1(mdr1)基因表达过程中Y-盒结合蛋白1(YB-1)表达和核易位的变化情况,初步探讨YB-1蛋白对mdr1基因的转录调控。方法:多柔比星间歇性长期作用于K562细胞,剂量逐渐增加。RT-PCR检测mdr1,YB-1基因表达,流式细胞仪检测mdr1基因编码的P糖蛋白(P-gp)表达,蛋白质印迹检测YB-1蛋白核易位。通过RNA干扰技术使K562细胞中YB-1基因表达沉默,多柔比星处理YB-1基因沉默细胞,RT-PCR、流式细胞仪分别检测mdr1 mRNA和P-gp的表达。结果:经多柔比星作用后K562细胞mdr1基因转录上调,P-gp表达增加,同时YB-1基因转录也增强,且出现明显的核易位。YB-1基因沉默后,mdr1基因诱导性表达减少。结论:多柔比星诱导K562细胞mdr1基因表达的过程中,YB-1对于mdr1基因的转录活化起一定的作用。     

人参多糖对K562细胞基因表达谱的影响

目的 利用基因表达谱芯片研究人参多糖对体外培养的人红白血病K562细胞基因表达谱的影响。方法 人参多糖处理K562细胞48 h后,分别提取给药组和对照组K562细胞总RNA,将两组RNA纯化为mRNA,逆转录成cDNA,用2种不同的荧光染料Cy3和Cy5进行线性扩增标记,与Illumina全基因组表达谱基因芯片杂交,采用生物信息学方法分析人参多糖处理后K562细胞基因表达谱的改变。结果 共发现差异基因306个,其中上调基因220个,下调基因86个,并对其进行生物学功能分类。结论 诱导肿瘤细胞分化是多基因作用的综合结果,筛选的基因对研究肿瘤发生、发展与逆转分化,以及寻找潜在的抗肿瘤药物作用靶点可能有意义。