利用DNA结合活性检测核转录因子C/EBPβ方法的建立

目的利用C／EBPβ具有DNA结合活性的特点，建立检测核转录因子C／EBPβ的方法。方法研究特异的寡核苷酸序列，建立分子探针标记、拟合补偿曲线并研究DNA分子与转录因子特异结合的相关实验参数。结果γ-32^P—ATP为20pmol，C／EBPB寡核苷酸浓度为4pmol时，分子探针活性高，掺和效果好；活性变化回归拟合呈线性关系，r^2=0．975；应用此研究体系参数可检测到0．5μg的核转录因子DNA结合活性，C／EBPB条带和未结合寡核苷酸分子探针的游离带清晰、特异。结论此方法特异性好，可用于鉴定特定基因调控序列中是否存在C／EBPB结合位点或细胞核蛋白中是否存在C／EBPB以及C／EBPB对特定转录过程的调控作用。     

聚酰胺抑制基因转录研究进展

聚酰胺（polyamide）是一类人工合成的小分子,能以序列特异性与DNA小沟结合,从而干扰天然转录因子与特定DNA序列的结合,实现对特定基因表达的调控。此类小分子发展迅速,近年来与烷化剂连接而提出了基因沉默新途径,具有特异基因治疗的潜力。本文总结了聚酰胺对特定基因转录抑制的研究进展。     

急性炎症反应中真核细胞转录因子-κB的信号转导作用

真核细胞转录因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)是一种普遍存在于真核细胞中具有序列特异性二聚体结构的转录因子,是所有Rel家族DNA结合蛋白的总称,在调节免疫应答、炎症反应及细胞增殖、分化及凋亡等方面起关键作用[1] .NFκB转录复合体包括一系列由p50、p52、Rel A(p65)、Rel B和c-Rel等亚基构成的同型或异型二聚体,这些复合体结合到DNA的调控区域(称为κB位点)后,激活特异靶基因的表达活性[2].通常情况下,NF-κB存在于细胞浆中,并与其抑制蛋白(inhibitory-κB,I-κB)家族相结合,后者遮蔽了NF-κB的细胞核定位信号位点,并阻止了细胞核摄取NF-κB.     

A20基因5′上游序列生物信息学分析

目的 A20是一种胞浆瞬时表达蛋白,通过特定的信号通路负反馈调节体内炎症反应。为了解A20基因表达调控炎症的特点,对其5′上游序列进行生物信息学分析,获取基因调控的相关因素。方法从Genebank获取A20基因及其上游序列,利用promter2.0、Transfac 6.0、motif等生物信息学软件分析核转录因子的调控信息。结果结合多种软件分析,A20基因5′上游序列无典型的TATA盒和CAAT盒,且含有多个高度保守的核转录因子结合位点,包括3个与NF-kappa B结合的区域、4个与AP-1结合的区域、1个与HSF结合的位点、1个与Oct-1结合的位点等。结论 A20的表达调控受包括炎症重要核转录因子在内的多种核转录因子的共同调节,且核转录因子之间的协同作用不可忽视。     

转录因子CTCF在肿瘤发展中的调控机制研究进展

CCCTC结合因子(CCCTC-binding factor,CTCF)是一种高度保守的多功能转录因子,含有11-锌指结构,可与DNA、蛋白质和RNA相互作用,参与基因的表达调控。CTCF可通过基因DNA甲基化水平的改变、基因突变、CTCF/Cohesin复合体、BORIS/CTCF系统调控CTCF的功能,参与肿瘤的发生和发展。该文就转录因子CTCF在肿瘤发展中的调控机制作一综述。     

急性炎症反应中真核细胞转录因子—кB的信号转导作用

真核细胞转录因子 κB(nuclearfactorκB,NFκB)是一种普遍存在于真核细胞中具有序列特异性二聚体结构的转录因子 ,是所有 Rel家族 DNA结合蛋白的总称 ,在调节免疫应答、炎症反应及细胞增殖、分化及凋亡等方面起关键作用 〔1〕。NFκB转录复合体包括一系列由 p5 0、p5 2、Rel A(p6 5 )、Rel B和 c Rel等亚基构成的同型或异型二聚体 ,这些复合体结合到 DNA的调控区域 (称为κB位点 )后 ,激活特异靶基因的表达活性〔2〕。通常情况下 ,NFκB存在于细胞浆中 ,并与其抑制蛋白 (inhibitoryκB,IκB)家族相结合 ,后者遮蔽了 NFκB的细…     

调节因子X5及其复合物的研究进展

调节因子X5(regulatory factor X5,RFX5)是在人体广泛表达的DNA结合蛋白,它通过结合RFXB和RFXAP形成RFX复合物,主要功能是转录调控主要组织相容性复合体MHCⅡ类基因。研究发现,RFX5还具有转录调控非MHC类靶基因的功能,尤其是与肿瘤相关的研究提示,RFX5可能在免疫系统和肿瘤进程中发挥重要的跨界分子作用。该文综述了RFX5及其组成RFX复合物的生物学特性,以及在裸淋巴细胞综合征、动脉粥样硬化和肿瘤等疾病中RFX5转录调控靶基因的研究进展。     

转录因子AP-1活性调节研究进展

AP-1(activator protein-1)是一类重要的真核细胞转录因子,正常情况下活性很低或无活性,可被各种刺激如应激、辐射或感染等生理或病理信号激活,激活的AP-1与DNA序列结合,启动多种与细胞分裂和增殖相关基因的转录,参与细胞的增殖、分化和凋亡等过程.AP-1活性失调与炎症、肿瘤等多种疾病的发生和发展直接相关.AP-1作为一种多效调控基因表达的转录因子,抑制其活性可抑制多种细胞因子、粘附分子的表达,是疾病干预治疗较为理想的靶标.     

miRNAs在红系造血过程中的作用

microRNAs(miRNAs)是一类普遍存在的长度约为19-25个核苷酸的小RNA,通过与靶基因mRNA 3'端非编码区结合在转录后水平抑制靶基因的表达.从而参与调控个体发育、细胞凋亡、增殖及分化等生命活动.近来研究发现miRNA可以和其他红系转录因子相互作用,调节红细胞的生成.     

MTS1基因ARF启动子基础转录调控区转录活性研究

目的　研究MTS1基因ARF启动子基础转录调控区的转录激活及其与E2 F1转录因子之间的关系。方法　以含ARF启动子基础转录调控区E2 F1结合位点野生型序列的W6重组质粒为模板 ,设计该片段中E2 F1A、B、C结合位点序列突变或缺失的引物 ,用聚合酶链反应构建该区域中E2 F1A、B、C结合位点序列突变或缺失的ZE、ZF、ZG重组质粒。再将W6、ZE、ZF、ZG重组质粒转染进Jurkat细胞 ,检测其荧光素酶报告基因的表达。结果　构建的ZE、ZF、ZG重组质粒经SacⅠ或NaeⅠ酶切鉴定和DNA序列分析得到证实。与E2 F1位点野生型重组质粒W6比较 ,突变型重组质粒ZE、ZF、ZG在Jurkat细胞中荧光素酶报告基因的表达量减少 ,以E2 F1A位点突变的重组质粒减少明显。结论　构建ARF启动子E2 F1A、B、C结合位点序列突变的重组质粒成功 ;MTS1基因ARF启动子基础转录调控区的转录激活可能与E2 F1转录因子的作用有关。     

三七皂苷对造血细胞AP-1家族转录调控蛋白NF-E2,c-jun和c-fos的诱导作用

为了进一步研究三七总皂苷(PNS)对转录调控蛋白AP-1家族的主要成员NF-E2、c-jun和c-fos转录因子的诱导作用，探讨PNS在造血细胞内的信号传递途径，选用人粒系HL-60、红系K562、巨核系CHRF-288和Meg-01 4个细胞株作靶细胞，经PNS刺激处理后提取细胞核蛋白，分别用人抗NF-E2、c-jun和c-fos抗体与核蛋白作Western blot杂交试验，并用^32P标记的具有与NF-E2、c-jun和c-fos转录因子共同结合位点的AP-1双链寡核苷酸探针作电泳带移动阻滞试验(EMSA)。结果表明：①western blot显示PNS诱导HL-60，K562，CHRF-288和Meg-01 4株细胞的NF-E2和c-jun转录因子蛋白水平分别是未经处理细胞的1．5-2．5倍和2．0—3．0倍。诱导的c-fos蛋白在K562，CHRF-288和Meg-01 3株细胞分别提高2．0—3．0倍，但HL-60细胞的c-fos在PNS处理后无明显变化；②EMSA显示AP-1转录调控蛋白与DNA结合复合物的特异性条带，经PNS诱导后4株细胞的AP-1蛋白与DNA复合物条带密度明显高于未经处理的细胞。结论：PNS在造血细胞内对基因的转录调控涉及到AP-1家族转录因子成员NF—E2、c—jun和c—fos，通过诱导这些转录因子量的增加，与特异性DNA促进子结合的活性增高而调控与细胞增殖分化相关的基因的表达。     

胚胎干细胞核心转录因子靶基因集蛋白互作网络特征分析

背景:外源性核心转录因子导入终末分化细胞能产生具有与胚胎干细胞特性相似的诱导多潜能干细胞,其复杂机制目前尚未完全阐明。目的:分析核心转录因子靶基因集蛋白互作网络特征,获得其影响"干性"特征的调控机制。方法:去除BioGRID数据库中的冗余数据,获得非冗余蛋白互作数据库。perl程序搜索靶基因集组成的蛋白互作对,广度优先算法搜索非冗余蛋白互作数据库,获得靶基因集组成的最大连续蛋白互作网络,同时进行1000次随机抽样网络分析。通过Cytoscape软件对网络进行可视化分析。复杂无标度网络Barabasi-Albert模型分析网络特征。结果与结论:核心转录因子靶基因集形成更多的蛋白互作对,最大连续蛋白网络与随机蛋白网络相比具有明显的统计学差异,且核心转录因子靶基因集形成更大的互作网络。网络具有复杂网络无标度特性。该研究通过蛋白互作网络分析证明:靶基因集通过紧密相互作用,形成网络模块方式协调调控胚胎干细胞分子特性。     

转录因子Sp1在肝癌细胞VEGF表达调控中的作用

目的:研究转录因子Sp1在肝癌细胞血管内皮生长因子(VEGF)转录调控中的作用。方法:构建VEGF启动子双报告基因质粒系统,脂质体转染至肝癌细胞株MHCC97H中,分析VEGF表达调控的主要作用区域及转录因子Sp1对VEGF转录活性的影响;采用凝胶电泳迁移率变动分析转录因子Sp1与VEGF启动子的结合活性;采用RNA干扰技术进一步分析转录因子Sp1对VEGF的转录调控作用。结果:应用VEGF全长启动子及5端缺失突变体报告基因分析发现VEGF启动子上88～-61区域是VEGF转录的最主要的调控区域;用点突变体报告基因技术发现此区域上的转录因子Sp1结合位点突变后VEGF表达明显下调;凝胶电泳迁移率变动分析证实Sp1可特异性结合于VEGF启动子上;Sp1特异性siRNA下调转录因子Sp1表达后发现VEGF的表达也随之明显下调。结论:转录因子Sp1与VEGF启动子特异性结合是VEGF转录调控最重要的机制,并进一步调控肝癌血管生成及转移复发,深入分析转录因子Sp1在肝癌中的表达将有利于探讨肝癌血管生成及转移复发机理。     

胚胎干细胞核心转录因子靶基因集蛋白互作网络特征分析

背景：外源性核心转录因子导入终末分化细胞能产生具有与胚胎干细胞特性相似的诱导多潜能干细胞,其复杂机制目前尚未完全阐明。目的：分析核心转录因子靶基因集蛋白互作网络特征,获得其影响＂干性＂特征的调控机制。方法：去除BioGRID数据库中的冗余数据,获得非冗余蛋白互作数据库。perl程序搜索靶基因集组成的蛋白互作对,广度优先算法搜索非冗余蛋白互作数据库,获得靶基因集组成的最大连续蛋白互作网络,同时进行1000次随机抽样网络分析。通过Cytoscape软件对网络进行可视化分析。复杂无标度网络Barabasi-Albert模型分析网络特征。结果与结论：核心转录因子靶基因集形成更多的蛋白互作对,最大连续蛋白网络与随机蛋白网络相比具有明显的统计学差异,且核心转录因子靶基因集形成更大的互作网络。网络具有复杂网络无标度特性。该研究通过蛋白互作网络分析证明：靶基因集通过紧密相互作用,形成网络模块方式协调调控胚胎干细胞分子特性。     

缺氧诱导因子-1与消化系肿瘤

缺氧诱导因子-1是缺氧条件下广泛存在于哺乳动物和人体内的一种转录因子，最先由Semenza等于1992年在缺氧诱导的细胞核抽提物中发现，由HIF—1α和HIF-1β各两个亚单位组成。其中HIF—1α水平主要依赖于细胞间的氧供，决定了HIF-1的活性，它通过与靶基因特定序列DNA结合而调控他们的转录。这些基因包括血管内皮生长因子（VEGF）、促红细胞生成素（EPO）、诱导型一氧化氮合酶等。在肿瘤的发病及疾病的发展过程中很重要，因为它能使肿瘤更具有侵袭性，更容易发生远处转移。     

E26转录因子1与肾间质纤维化

Ets（E26 transformation specific）转录因子家族作为最大的信号依赖转录调控因子家族之一,与靶基因的启动子或增强子区域特定的DNA序列结合,调节其转录和表达,参与细胞发育、增殖和分化,以及血管生成、细胞凋亡、组织重建等多种病理生理过程,在肾脏疾病的发生发展中也起着重要作用,现对Ets-1在肾间质纤维化（renal fibrosis,RIF）中的作用综述如下,供同道参考。     

转录因子GATA-2对iASPP基因的转录调控研究

癌基因iASPP促进细胞增殖、抑制细胞凋亡,其转录起始位点上游序列有转录因子GATA-2的假定结合位点,GATA-2在造血干/祖细胞的增殖和分化中起重要作用。本研究旨在探讨GATA-2对iASPP的转录调控作用。首先检测了部分白血病细胞系中iASPP和GATA-2蛋白的表达,然后构建带有GATA-2开放读码框的真核表达载体与带有iASPP转录起始位点上游3000 bp至下游500 bp序列中GATA-2假定结合位点的荧光素酶报告载体,共转染HEK293和CV-1细胞,检测荧光素酶活性,并对荧光素酶活性上调的结合位点区进行染色质免疫共沉淀实验。结果显示,白血病细胞系中iASPP高表达的细胞大多存在GATA-2的高表达;GATA-2对iASPP报告基因荧光素酶活性有显著影响,并呈现明显的＂剂量-效应＂关系。当pCMV5-GATA2转染剂量上升至100 ng时,iASPP荧光素酶活性在HEK293细胞中上调到2倍;此转录激活作用在CV-1细胞中尤为显著,荧光素酶活性上调可达6.7。染色质免疫共沉淀结果证实GATA-2与iASPP转录起始区nt-361～-334有特异性结合。结论：转录因子GATA-2可以与iASPP的转录调控区结合,并促进iASPP基因转录。