慢性肾小球肾炎肾阴虚证血浆蛋白质双向凝胶电泳分析

目的初步观察慢性肾小球肾炎肾阴虚证患者血浆蛋白质组的变化与表达差异,为进一步探讨肾阴虚证的发生机制奠定基础。方法采用双向凝胶电泳（2-DE）技术分离慢性肾小球肾炎肾阴虚证患者、肾阳虚证患者和正常人的血浆总蛋白,银染显色;PDQest软件对凝胶图像进行定性定量差异表达分析;从中选取差异表达蛋白质斑点,通过基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）分析,获取肽质量指纹图谱（PMF）;通过Mscot-Wizard软件进行数据库搜索,鉴定蛋白质。结果与正常人和慢性肾小球肾炎肾阳虚证患者相比,在慢性肾小球肾炎肾阴虚证患者血浆蛋白质双向凝胶电泳图谱中绝对高表达的蛋白质斑点有80个,绝对低表达的蛋白质斑点有42个;定性差异表达分析发现,在慢性肾小球肾炎肾阴虚证患者血浆蛋白质双向凝胶电泳图谱中特异出现的蛋白质斑点有2个,缺失的蛋白质斑点有13个。结论同病异证患者血浆中存在差异表达蛋白质,利用蛋白质组学技术有望对中医证候的发生机制进行阐释。     

用双向凝胶电泳-飞行时间质谱技术分析HBV感染肝组织蛋白质组

目的 比较正常肝组织与HBV感染肝组织中蛋白质表达谱的改变,筛查在HBV致病过程中相关蛋白质分子表达的不同.方法 应用双向聚丙烯酰胺凝胶电泳,对3例正常肝组织(A组),3例HBV感染肝组织(B组,均为组织HBsAg阳性,外周血HBsAg阳性、抗-Hbe阳性、抗-HBc阳性)的蛋白质组表达谱进行差异分析,应用基质辅助激光解吸离子化飞行时间质谱仪对差异蛋白质点进行了鉴定.结果 相同条件下对各组总蛋白样品分别进行3次双向电泳,各组检测到的蛋白点数如下:A组(1125±56)个,B组(1203±42)个.以各组中2-DE效果好、点数多的一块胶作为参考胶,分别进行2组间的匹配分析,筛选出两组之间差异大于或等于2倍的蛋白点40个.应用质谱鉴定出人线粒体醛脱氢酶H链、结合珠蛋白Hp2、抗过氧化物蛋白2等22种蛋白质.结论 HBV感染所致慢性炎症能使肝组织表现出明显的差异性蛋白表达谱.     

HCV患者外周血单个核细胞蛋白质表达质谱分析

目的:应用比较蛋白质组学的方法分析丙型肝炎患者外周血单个核细胞蛋白质表达模式的变化及寻找丙型肝炎相关生物标记分子,进一步识别鉴定其差异表达蛋白质,分析其对丙型肝炎慢性化机制的意义.方法:应用固相化pH梯度双向凝胶电泳(2-DE)分离健康者(10)及HCV患者(28)PBMC的总蛋白质,凝胶银染显色后,PDQuest图像分析软件进行比较分析、识别差异表达的蛋白质,应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)获得差异蛋白点的肽质指纹图谱,通过SWISS-PROT数据库鉴定蛋白质.结果:得到两张2-DE图谱,HCV患者及健康者PBMC凝胶的蛋白质点数分别为625及614;初步筛选出HCV患者与健康者存在明显差异的12个蛋白点,经质谱分析,初步鉴定了10种蛋白质.这些差异蛋白质包括病毒蛋白、蛋白质合成与分解、三大代谢相关酶类、细胞结构相关蛋白质以及信号转导相关蛋白质.结论:应用2-DE及MALDI-TOF-MS方法建立了HCV患者PBMC双向凝胶电泳图谱,分离并初步鉴定了10种与HCV感染相关的差异表达的蛋白质,为研究HCV慢性化相关机制提供新的线索.     

肺腺癌和癌旁组织蛋白质表达谱差异的研究

通过比较肺癌患者癌组织和癌旁组织的二维凝胶电泳图谱(two-dimensional electrophoresis,2DE),以寻找肺癌相关蛋白、肺癌患者癌组织和癌旁组织,采用固相pH梯度(immobilized pH gradient,IPG)2DE分离总蛋白质,凝胶经银染显后,ImageMaster 2D图像分析软件进行比较分析、识别差异表达的蛋白质并进行质谱鉴定获取肺癌相关蛋白信息。结果分析得到肺癌组织蛋白点709个,癌旁组织蛋白点722个,选择表达量差异达3倍以上的40个,进行胶内酶解,基质辅助电离解析飞行时间质谱(MALDI TOF MS)获得肽质量指纹图谱(PMF),搜寻蛋白质数据库,得到7个肺癌标志物的候选蛋白,但这些差异蛋白点在肺癌发生发展中的作用需要进一步研究。     

MRI三维重建及旋转分割法对膝关节骨性关节炎患者半月板形态、位置变化的临床对比研究

目的　利用MRI三维重建及旋转分割方法对膝骨性关节炎患者及正常人半月板的形态及位置进行定量测量并对比分析,探讨膝骨性关节炎患者半月板的形态、位置变化及其临床意义。 方法　选取2013年1月-2014年2月在我院诊治的膝骨性关节炎II、III级患者20例（共20膝）作为关节炎组,另选择年龄、性别、体重指数相匹配的正常人10例（共10膝）作为正常组。所有研究对象先行MRI 3D薄层扫描,后行三维重建及旋转分割,在分割后的图像上对半月板进行定量测量,以半月板整体宽度、半月板覆盖胫骨平台宽度和半月板厚度作为量化指标进行两组间对比研究。 结果　内侧半月板整体宽度在所有方向上两组间差异无统计学意义;覆盖胫骨平台宽度从60°~120°位关节炎组明显变小,两组间差异具有统计学意义;厚度在60°~130°位关节炎组明显变厚,两组间差异具有统计学意义。外侧半月板整体宽度及覆盖胫骨平台宽度在10°~50°及140°~170°位关节炎组显著变宽,两组间差异具有统计学意义;厚度在120°~170°位关节炎组明显变厚,两组间差异有统计学意义。 结论　本研究为临床上半月板的MRI检查提供了一个新的方法和思路;通过测量发现膝骨性关节炎患者半月板的形状、位置与正常人相比发生了明显的变化,且这种变化同膝关节骨性关节炎具有一定相关性。     

二维电泳和iTRAQ的实验比较

对蛋白组学中的二维电泳和iTRAQ两种技术进行比较研究,为神经科学的蛋白组学研究提供选择参考。取生后1～3d C57Bl/6小鼠背根神经节进行培养,对照组加DMSO,实验组加JNJ460。分别用二维电泳和iTRAQ两种技术检测背根神经节细胞蛋白的变化,用4700 TOF/TOF串联飞行质谱仪检测变化蛋白的肽片段质量,用GPS软件检索Mascot蛋白质数据库,鉴定出匹配的蛋白。利用二维电泳技术观察到4种表达上调的蛋白,2种是结构蛋白,2种是信号转导蛋白。利用iTRAQ技术观察到22种表达上调的蛋白,其中10种是结构蛋白,3种是信号蛋白,2种是代谢蛋白,2种是降解蛋白化,2种是细胞基质蛋白及3种其它蛋白。利用二维电泳技术观察到发生表达变化的蛋白都位于胞浆内,而利用iTRAQ技术观察到的表达变化的蛋白有胞浆蛋白外,还有线粒体蛋白、膜蛋白和核蛋白。同时,利用二维电泳技术观察到的蛋白变化都在2倍以上,而利用iTRAQ技术计算出的蛋白变化在1.3至1.6倍之间。另,iTRAQ技术在鉴定大分子和小分子蛋白方面也有优势。结果表明iTRAQ技术比二维电泳技术能发现更多数量和更多种类的蛋白,但在比较胞浆蛋白的变化及蛋白量的变化方面二维电泳技术有一定的长处,对iTRAQ的实验结果有互补作用。     

冠心病血瘀证的血清差异蛋白质组学研究

目的:通过比较冠心病血瘀证患者与健康人血清蛋白质表达的差异,寻找与冠心病血瘀证发生发展相关的特异蛋白质。方法:采用蛋白质组学双向凝胶电泳联合质谱技术对冠心病血瘀证患者和健康人(各8例)血清进行蛋白质组学的比较研究。结果:通过鉴定得到了6种差异蛋白质:视黄醇结合蛋白4(RBP4)、载脂蛋白E(ApoE)、载脂蛋白A1(ApoA1)、CD5抗原样蛋白(CD5L)、结合珠蛋白(Hp)、血清白蛋白(ALB)。结论:这些差异蛋白质可能与冠心病血瘀证相关。     

幽门螺杆菌结构性群体形成的研究

目的 研究幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)由浮游状单细胞转变成结构性群体过程中蛋白质表达差异。方法 用超微结构形态观察及双向电泳技术比较浮游状幽门螺杆菌及其结构性群体全菌蛋白表达图谱的差异，将结构性群体形成过程中表达量显著增加的蛋白斑点，进行胶内酶切，肽混合物使用基质辅助激光解吸，电离飞行时间质谱仪进行质谱分析，获得4个明确的肽质量指纹谱，通过蛋白质数据库进行检索分析。结果 与结构性群体形成密切相关的蛋白质为鞭毛丝帽蛋白、2-磷酸甘油酸醋脱水酶、3，和邻苯二酚-2-丁酮4-磷酸盐合成酶和热休克蛋白33同类物。结论 上述蛋白的鉴定将有助于发现幽门螺杆菌新的致病因子以及抗菌靶位。     

异烟肼耐药和敏感结核分枝杆菌的比较蛋白质组学研究

目的　研究结核分枝杆菌异烟肼耐药菌株与敏感菌株的蛋白质表达差异 ,鉴定结核分枝杆菌中与异烟肼耐药相关的菌体蛋白。方法　应用双向电泳技术比较 2株异烟肼耐药菌株与 2株敏感菌株的全菌蛋白表达图谱差异 ,发现异烟肼耐药结核分枝杆菌表达量显著增加 2 6个蛋白质斑点 ,通过基质辅助激光解吸 /电离飞行时间质谱仪进行质谱分析 ,获得 6个明确的肽质量指纹谱 ,通过蛋白质数据库进行检索分析。结果　 6个蛋白分别为海藻糖磷酸磷酸酶、铁钼蛋白A、莽草酸 5脱氢酶、葡萄糖胺果糖 6磷酸氨基转移酶、吲哚 3甘油磷酸合成酶、TetR家族转录调控因子。结论　上述蛋白的鉴定将对发现新型抗结核药物靶位和异烟肼耐药结核病诊断的分子标志物可能有所裨益     

低氧预适应小鼠脑皮层内与nPKCe相互作用蛋白的鉴定

目的鉴定脑低氧预适(HPC)小鼠脑皮层组织内与新奇型蛋白激酶Cε(nPKCε)相互作用的蛋白。方法利用免疫沉淀(IP)和双向电泳(2-DE)技术分离小鼠脑皮层中与nPKCε相互作用的蛋白;以ImageMaster2D Platinum软件对双向电泳图谱进行差异表达分析;目标蛋白用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)及蛋白印迹(Western blot)进行鉴定分析。结果与对照组比较,HPC小鼠脑皮层内与nPKCε相互作用的胞质成分中有34个蛋白点上调,20个蛋白点下调,膜相关成分中有27个蛋白点上调,28个蛋白点下调;HPC后脑皮层胞质及膜相关成分中与nPKCε相互作用的热休克蛋白(HSP)70和14-3-3γ的蛋白表达量均升高,而HSP60仅在膜相关成分中升高(P<0.05,n=3)。结论nPKCε可能通过调节HSP60、HSP70和14-3-3γ等多种与其相互作用的蛋白参与脑HPC的形成。     

侵袭性肺曲霉病小鼠肺组织差异表达蛋白的初步分析

目的初步分析侵袭性肺曲霉病(IPA)小鼠肺组织蛋白质的表达变化。方法运用双向电泳(2-DE)技术对正常组、正常感染组和IPA组小鼠肺组织总蛋白质进行分离,获得蛋白质表达谱;应用基质辅助激光解吸电离串联飞行时间质谱(MALDI-TOF/TOF)结合生物信息学进行蛋白质鉴定。结果初步鉴定出4个蛋白质点分别为过氧化物还原酶(peroxiredoxin-6,Prx6)、黄素还原酶(flavin reductase,FR)、Rho因子鸟苷酸解离抑制蛋白2(rho GDP-dissociation inhibitor 2,RhoGDI2)、肌球蛋白轻链2(myosin regulatory light chain 2,MLC2),它们与氧化还原平衡、信号转导通路、细胞骨架等功能有关。结论鉴定的差异表达蛋白可能与IPA的发病机制有关。     

Proteomic identification of alpha-2-HS-glycoprotein as a plasma biomarker of hypopharyngeal squamous cell carcinoma

Hypopharyngeal squamous cell carcinoma (HSCC) has very poor prognosis compared with other head and neck squamous cell carcinomas. Late-stage diagnosis of HSCC increases mortality. Therefore, more effective biomarkers for early diagnosis of HSCC are necessary. Unfortunately, appropriate biomarkers for clinical diagnosis and prognosis have not been identified yet. However, recent progresses in quantitative proteomics have offered opportunities to identify plasma proteins as biomarkers for HSCC. In the present study, plasma samples were analyzed by two-dimensional differential gel electrophoresis (2D-DIGE), and differentially expressed proteins were identified by matrix assisted laser desorption ionization-time of flight/time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF/TOF MS). A total of 26 proteins representing 12 unique gene products were identified. The up-regulation proteins were alpha-2-HS-glycoprotein (AHSG), complement C4-B, haptoglobin, C-reactive protein, and ceruloplasmin, whereas the down-regulation proteins were serum albumin, angiotensinogen, alpha-1-antichymotrypsin, Ig gamma-3 chain C region, fibrinogen gamma chain, apolipoprotein A-I, and Ig kappa chain C region. Among all the differentially expressed proteins, AHSG was validated by western blot and ELISA. The results were consistent with the data from 2D-DIGE, further suggesting that AHSG may be employed as a potential biomarker for the early diagnosis of HSCC. In summary, this study was the first to use 2D-DIGE and MALDI-TOF/TOF platform to identify the potential plasma biomarkers for HSCC. The plasma AHSG showed great potential for HSCC screening.     

Identification of Epicoccum purpurascens allergens by two-dimensional immunoblotting and mass spectrometry

Sensitization to allergens of Epicoccum purpurascens is reported from many places world over. Previously, the IgE binding proteins of Epicoccum were studied by one-dimensional immunoblotting (1-DE). However, the allergens recognized by 1-DE may be a mixture of proteins appearing at the same molecular weight. In the present study, IgE-binding components of E. purpurascens were detected using two-dimensional immunoblotting and mass spectrometry. Approximately 250 protein spots were identified by Coomassie staining in the range of 14-110kDa and pI 3.5-9.5. Of these, 147 showed specific IgE reactivity with pooled patients' sera whereas 16 protein components reacted with more than 50% of the individual patients' sera. The frequency of IgE reactivity was highest (87.5%) for a 25-kDa protein (pI-7.85). Matrix assisted laser desorption/ionization-time of flight (MALDI-TOF) analysis of 16 protein components led to identification of 6 important allergens as phospho-glycerate kinase (PGK), RNA-dependent RNA polymerase, pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, 40S ribosomal protein and two proteins of unknown functions. The major allergens identified may be assessed for cross reactivity with other fungi. In conclusion, 2-DE followed by immunoblotting allowed characterization of E purpurascens allergens. Six new allergens have been identified using this technique and mass spectrometry. The availability of such relevant allergens would help in component-based diagnosis and therapy of fungal allergy.     

Identification of Serum Protein Markers for Breast Cancer Relapse With SELDI‐TOF MS

Surface‐enhanced laser desorption/ionization time‐of‐flight mass spectrometry (SELDI‐TOF MS) was used to screen serum samples to identify protein markers for early breast cancer relapse. We collected 67 serum samples from patients with breast cancer (24 preoperative; 23 postoperative without breast cancer relapse; 20 postoperative with breast cancer relapse). Eight protein peaks varied between the presurgical group and the postsurgical group without breast cancer relapse; 4 protein peaks were differentially expressed between the postsurgical patients without relapse and patients with relapse. The peak at 3964 m/z dropped after surgery and rebounded after relapse (P < 0.01). These results indicate that there are differences in serum protein expression among the three different groups of patients. SELDI‐TOF MS could be used to screen blood samples for the early detection of relapse in primary breast cancer patients. Specifically, protein peak at 3964 m/z is a potential biomarker for the detection of early breast cancer relapse. Anat Rec, 2011. © 2011 Wiley‐Liss, Inc.     

致肾盂肾炎大肠杆菌132的比较蛋白质组学研究

目的 研究致肾盂肾炎大肠杆菌(UPEC)132与UPEC J96及非致病性大肠杆菌K-12MG1655的蛋白质组表达差异.方法 采用双向凝胶电泳技术(2-DE)比较UPEC 132、UPEC J96与非致病性大肠杆菌K-12 MG1655的菌体蛋白表达图谱差异,差异蛋白用胰蛋白酶进行胶内酶切,肽混合物使用基质辅助激光解吸-电离飞行时间质谱仪(MALDI-TOF-MS)进行质谱分析,将肽质量指纹谱数据输入互联网上的蛋白质数据库进行检索.结果 UPEC 132识别蛋白点数(466±11)明显高于E.coli K-12 MG1655(338±15),也高于UPEC J96(382±12);3菌株共有的蛋白点为298个,2株UPEC共有的蛋白点为56个,UPEC 132特有的蛋白点为89个.MALDI-TOF-MS分析获得UPEC 132特异的及显著上调表达的蛋白点22个,涉及毒力因子、物质代谢转运、蛋白合成调节、生物氧化及未知功能的多种蛋白质.结论 UPEC菌株与非致病性大肠杆菌间的蛋白质组存在差异,UPEC 132与J96蛋白质组间也有显著不同,为其致病机制的深入研究提供线索.     

凡纳滨对虾新过敏原烯醇化酶的鉴定

目的：鉴定凡纳滨对虾分子量为47 kD过敏原的性质。方法：采用丙酮沉淀法提取凡纳滨对虾总蛋白,通过SDS-PAGE、11例虾过敏患者血清IgE的Western blot。分析凡纳滨对虾中过敏原组份,运用基质辅助激光解析串联飞行时间质谱仪(Matrix-Assisted laser desorption ionization/time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF/TOF-MS)鉴定凡纳滨对虾47 kD未知过敏原组分。结果：通过 SDS-PAGE电泳证明所提取的凡纳滨对虾总蛋白组分完全。Western blot 结果显示,凡纳滨对虾至少有14种与阳性血清反应的组分,其中,55%的虾过敏患者IgE与分子量为47 kD的蛋白分子发生特异性反应,质谱分析结果显示47 kD蛋白为烯醇化酶。结论：烯醇化酶是凡纳滨对虾的一种新的过敏原。     

类风湿性关节炎患者关节滑膜组织蛋白质组学

背景：已有研究表明滑膜炎持久反复发作,最终导致关节内软骨和骨的破坏,国内关于类风湿性关节炎滑膜组织的蛋白质组学研究报道较少。 目的：通过比较类风湿性关节炎患者和无关节滑膜损伤患者滑膜组织蛋白质表达的差异,探讨类风湿性关节炎可能的发病机制,寻找类风湿性关节炎致病相关蛋白。 方法：选取6例无关节滑膜损伤患者及6例活动期类风湿性关节炎患者行关节镜手术得到的滑膜组织,提取总蛋白质后进行双向凝胶电泳,考马斯亮蓝染色,PDQUEST软件分析,对差异蛋白质点采用基质辅助激光解析电离质谱(MALDI-TOF-MS)技术进行鉴定,并用Mascot软件在SwissProt和NCBInr数据库中进行同源比较和分析鉴定。 结果与结论：建立了类风湿性关节炎组及对照组滑膜组织双向凝胶电泳图谱,获得130个差异在2倍以上的蛋白质点数,选取其中分辨清楚的39个点进行鉴定,初步鉴定出29个蛋白质,其中21个蛋白质点在类风湿性关节炎组中表达上调,8个表达下调,其功能涉及功能代谢、细胞信号传导、抗氧化、分子伴侣等。结果表明类风湿关节炎滑膜病变是一个多种蛋白质参与的复杂过程,这些表达差异蛋白质可能是类风湿性关节炎发病的内在因素。