SARS相关冠状病毒的研究进展

严重的急性呼吸道综合征(severe acute respirato-ry syndrom,SARS)是一种传染性极强的呼吸系统疾病,主要通过近距离空气飞沫和密切接触传播,潜伏期一般为2～7天,主要临床表现为发热(>38℃)、干咳、呼吸困难,并可能伴有或发展为低氧血症。胸     

SARS冠状病毒基因组及其编码蛋白生物信息学分析

目的：理论分析严重急性呼吸道综合征(SARS)冠状病毒基因组及其编码蛋白的分子生物学特征，为进一步研究SARS冠状病毒蛋白质功能提供信息资料。方法：利用生物信息学序列对比分析软件、蛋白氨基酸序列分析软件及蛋白质结构预测软件对GenBank公布的SARS冠状病毒基因序列及其编码的蛋白氨基酸序列进行分析。结果：SARS冠状病毒在基因结构上具有冠状病毒属的特征，而又与其他已知的冠状病毒编码序列存在明显的不同，与其他冠状病毒相比没有明显的基因重组、大片段插入或缺失的现象。来源于不同SARS冠状病毒株的基因序列变异速度较快。出现基因序列在不同区段同源性差异的现象。S蛋白氨基酸序列不存在与其他物种相同的连续性抗原决定簇序列。结论：SARS冠状病毒与其他冠状病毒的变异程度基本相同。SARS冠状病毒可能是自然界已经存在或变异产生的新的病毒株。近期世界范围流行的SARS是同一来源的病原体引起的，认为S蛋白氨基酸序列是SARS冠状病毒的主要抗原。     

SARS患者血清冠状病毒抗体检测

目的探讨SARS患者血清冠状病毒抗体产生情况.方法采用ELISA方法,对42例临床诊断SARS患者、47例普通肺炎患者和30例正常人进行血清冠状病毒抗体(IgG,IgM)检测.结果42例临床诊断为SARS患者,36例可在10 d左右检测到IgM抗体,阳性率为85.7%,IgG抗体阳性33例,阳性率为78.6%.47例临床诊断为普通肺炎的患者,IgM阳性2例,阳性率为4.26%,IgG阳性4例,阳性率为8.51%.30例正常人体检者没有出现IgM或IgG阳性.结论SARS冠状病毒抗体检测对临床早期诊断有一定的帮助.     

SARS冠状病毒辅助蛋白的研究进展

严重急性呼吸道综合征冠状病毒（SARS-CoV）2002～2003年在全球范围内引起了SARS的大规模暴发。其基因组约30kb,含14个潜在的开放阅读框（ORF）,其中6个ORF编码病毒复制的必需蛋白如复制酶（ORF 1a和1b）和4个结构蛋白：核衣壳、刺突、膜和包膜。其余8个ORF编码SARS-CoV特有的辅助蛋白。本文主要在3个方面概述了SARS-CoV辅助蛋白的研究进展：检测感染病人辅助蛋白的抗体;辅助蛋白的表达、加工和定位;辅助蛋白对细胞功能的影响,从而揭示SARS-CoV辅助蛋白的分子和生化特征,为研究SARS-CoV为何有如此强大的致病力提供线索。     

临床诊断的SARS患者鼻咽拭子采集、SARS冠状病毒分离及鉴定

目的 从临床诊断的严重急性呼吸综合征(severe aeute respiratory syndrome,SARS)患者鼻咽拭子标本分离并鉴定SARS冠状病毒。方法 SARS患者鼻咽拭子标本接种于含Veto及MRC-5单层细胞的24孔培养板中。分离物使用血清学方法、电镜及基因测序进行鉴定。结果 2003年4月-5月北京协和医院共采集79例临床诊断SARS患者的158份鼻咽拭子标本。3例接种Veto细胞孔的鼻拭子标本发现细胞病变效应(cytopathic effect,CPE)。用分离物感染细胞做为抗原,免疫荧光血清学发现SARS患者急性期和恢复期血清标本存在SARS冠状病毒抗体(IgG和IgM)阳转和／或4倍及以上升高。分离物上清液负染电镜观察到冠状病毒。基因测序证实3株分离物是SARS冠状病毒。结论3株自79例SARS患者鼻咽拭子标本的病毒分离物是SARS冠状病毒。     

SARS相关冠状病毒的基因组和主要蛋白酶的研究进展

严重急性呼吸综合征(severe acute respiratory syndrome,SARS)在2003年我国南方暴发流行,波及众多国家和地区,引起了全球关注.在SARS 病原体被确证为一类新的冠状病毒并被命名为SARS coronavirus(SARS-CoV)之后,全球对SARS相关冠状病毒进行了广泛的研究.至目前,SARS-CoV的基因组已在多个实验室被测定,并通过多种途径分析了其基因结构特征,研究了基因复制与翻译中相关的蛋白酶特性.SARS-CoV具有复杂的基因复制和翻译调节机制,如sg mRNA的不连续转录、核糖体的框移、翻译后的水解过程等等.其中SARS-CoV的3种蛋白酶(解旋酶和另外2种半胱氨酸蛋白酶)在病毒的复制、转录、翻译和翻译后加工等过程中发挥重要的生理和病理作用.本文综述了SARS-CoV的基因组成和主要蛋白酶的结构及其功能等方面的研究进展.     

SARS冠状病毒与实验室诊断

引起严重急性呼吸综合征(SARS)的病原是一种新型冠状病毒。作者对其结构、致病性、抵抗力以及实验室诊断的现状与不足进行了综述。     

SARS相关病毒基因组序列的研究

严重急性呼吸道综合征(severe acute respiratory syndrome，SARS)是由SARS相关病毒(SARS—CoV)引起的一种新的烈性呼吸道传染病。SARS—CoV是一种新的冠状病毒，基因组结构符合典型的冠状病毒特征，编码基因从5′端起分别为：RNA依赖的RNA聚合酶、突起蛋白、包膜蛋白、膜蛋白，3′端为核衣壳蛋白。对14株SARS—CoV的4个变异点分析，可将14株病毒分成两个基因型，即第9404、19084、22222、27827位的T：T：T：T／C：G：C：C两型。对SARS—CoV的基因组的全面了解不仅为疾病的发病机理研究提供主要线索，而且将为SARS的诊断、预防和治疗提供帮助。     

SARS冠状病毒PUMC2株全基因组cDNA分段克隆

目的 分段克隆SARS冠状病毒PUMC2株的全基因组cDNA。方法 以SARS冠状病毒PUMC2株基因组RNA为模板,用RT-PCR扩增cDNA片段,PCR产物经纯化后,连接人pGEM-T载体中,进行序列测定。结果 获得了SARS冠状病毒PUMC2株基因组全长cDNA的分段克隆。结论 SARS冠状病毒PUMC2株基因组全长cDNA分段克隆的获得,为SARS冠状病毒基因功能的研究和全长有感染性cDNA的克隆奠定了基础。     

Similarities and Differences of Early Pulmonary CT Features of Pneumonia Caused by SARS-CoV-2, SARS-CoV and MERS-CoV: Comparison Based on a Systemic Review

Objective To compare the similarities and differences of early CT manifestations of three types of viral pneumonia induced by SARS-CoV-2 (COVID-19), SARS-CoV (SARS) and MERS-CoV (MERS) using a systemic review.Methods Electronic database were searched to identify all original articles and case reports presenting chest CT features for adult patients with COVID-19, SARS and MERS pneumonia respectively. Quality of literature and completeness of presented data were evaluated by consensus reached by three radiologists. Vote-counting method was employed to include cases of each group. Data of patients’ manifestations in early chest CT including lesion patterns, distribution of lesions and specific imaging signs for the three groups were extracted and recorded. Data were compared and analyzed using SPSS 22.0.Results A total of 24 studies were included, composing of 10 studies of COVID-19, 5 studies of MERS and 9 studies of SARS. The included CT exams were 147, 40, and 122 respectively. For the early CT features of the 3 pneumonias, the basic lesion pattern with respect to “mixed ground glass opacity (GGO) and consolidation, GGO mainly, or consolidation mainly” was similar among the 3 groups (χ²=7.966, P>0.05). There were no significant differences on the lesion distribution (χ²=13.053, P>0.05) and predominate involvement of the subpleural area of bilateral lower lobes (χ ²=4.809, P>0.05) among the 3 groups. The lesions appeared more focal in COVID-19 pneumonia at early phase (χ ²=23.509, P<0.05). The proportions of crazy-paving pattern (χ ²=23.037, P<0.001), organizing pneumonia pattern (P<0.05) and pleural effusions (P<0.001) in COVID-19 pneumonia were significantly lower than the other two. Although rarely shown in the early CT findings of all three viral pneumonias, the fibrotic changes were more frequent in SARS than COVID-19 and MERS (χ ²=6.275, P<0.05). For other imaging signs, only the MERS pneumonia demonstrated tree-in-buds, cavitation, and its incidence rate of interlobular or intralobular septal thickening presented significantly increased as compared to the other two pneumonia (χ ²=22.412, P<0.05). No pneumothorax, pneumomediastinum and lymphadenopathy was present for each group.Conclusions Imaging findings on early stage of these three coronavirus pneumonias showed similar basic lesion patterns, including GGO and consolidation, bilateral distribution, and predominant involvement of the subpleural area and the lower lobes. Early signs of COVID-19 pneumonia showed less severity of inflammation. Early fibrotic changes appeared in SARS only. MERS had more severe inflammatory changes including cavitation and pleural effusion. The differences may indicate the specific pathophysiological processes for each coronavirus pneumonia.     

RT-PCR对SARS患者粪便SARS冠状病毒RNA的连续测定及其临床意义

目的采用RT-PCR方法,观察SARS冠状病毒(SARS-associatedcoronavirus,SARS-CoV)在SARS患者粪便中的排出状况。方法以2003年5月16日至23日在本院住院的46例临床确诊SARS患者为研究对象,连续留取粪便标本共103份,提取RNA后采用14对SARS-CoV特异性引物,对每份标本同时进行7次套式RT-PCR扩增,只要有1次RT-PCR结果阳性即判定该标本为阳性。结果在46例患者中,有17例(37.0%)患者的粪便SARS-CoV套式RT-PCR扩增结果为阴性,29例(63.0%)为阳性。粪便SARS-CoVRT-PCR结果阳性时SARS患者的病程为(31.76±10.78)d(12～64d),其中最长1例为64d,系2次连续留取的粪便标本均为阳性、每次标本用2个不同引物RT-PCR扩增结果均为阳性。结论SARS-CoV在患者粪便中排出的时间可长达发病后64d,平均32d,对SARS患者恢复期的消毒隔离应该予以足够的重视。     

严重急性呼吸综合征相关冠状病毒基因组研究的新技术——RNA干扰

最近，严重急性呼吸综合征(SARS)在全世界约30个国家和地区散发或流行，众多实验室由此展开了针对SARS病原体的国际联合攻关。目前，已经确认其病原体是一种新型冠状病毒(命名为SARS—CoV)，而且该病毒的全基因组测序已经完成。采用现代分子病毒学实验技术对SARS病毒的功能基因组进行深入研究，有重要的理论和实际意义。作为一种崭新的基因沉默技术，RNA干扰无疑将在SARS病毒基因组研究中发挥重要的作用。     

蝙蝠相关的冠状病毒

2019年12月,新型冠状病毒肺炎（COVID-19）暴发,继2003年严重急性呼吸综合征（SARS）暴发后又给人类敲响了一记警钟。研究者通过溯源分析,发现COVID-19病原体严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的自然宿主可能是中华菊头蝠。21世纪以来,全球共出现4次冠状病毒[严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV）、中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）、猪急性腹泻综合征冠状病毒（SADS-CoV）、SARS-CoV-2]的暴发,给人类健康、公共卫生、经济发展及社会稳定造成了巨大的威胁与损失。大量证据表明,这4种冠状病毒的自然宿主可能均为蝙蝠。本文对蝙蝠相关冠状病毒的种类、全球地理分布及引起暴发的蝙蝠相关冠状病毒作一综述。     

SARS冠状病毒N蛋白单克隆抗体在SARS尸检组织中的表达

目的观察SARS死者的尸检组织中SARS冠状病毒(SARS-CoV)的存在与分布情况。方法应用免疫组化技术检测4例尸检标本肺、脾脏、淋巴结、脑、垂体、心、肝、肾、胰腺、气管、食道、胃肠道和骨髓等组织的SARS-CoV N蛋白。结果肺泡上皮、肺、脾、淋巴结内浸润的单核细胞/巨噬细胞、脑神经元、肝细胞、肾远曲小管上皮细胞、胰腺腺泡细胞、垂体嗜酸细胞、甲状旁腺嗜酸性细胞、肾上腺皮质细胞、气管及支气管浆液腺上皮细胞、食道粘膜鳞状上皮、胃肠道柱状上皮细胞及胃壁细胞、骨髓早幼粒细胞及小静脉内皮细胞等细胞质内SARS-CoV N蛋白单克隆抗体均为阳性。结论SARS-CoV可侵犯全身多种器官和组织。SARS-CoV N蛋白单克隆抗体在胃肠道、肾远曲小管及汗腺细胞内的阳性表达,对研究SARS-CoV传播途径具有重要意义。     

Digestive system manifestations in patients with severe acute respiratory syndrome

Objective To explore digestive system manifestations in patients with severe acute respiratory syndrome (SARS).Method The clinical data of 96 cases with SARS admitted into our hospital from February 6, 2003 to March 28, 2003 were retrospectively analyzed.Results Among the 96 cases, 26 cases (27%) had diarrhea, 17 (18%) had nausea, 6 (6%) had vomiting, 16 (17%) had bellyache, and 8 (8%) had ALT elevation.Conclusions Patients with SARS may have digestive system manifestations; diarrhea is the most common symptom.     

多重巢式和定量PCR联合应用提高SARS病毒检测率

目的寻求一种可靠、可行的对急性严重呼吸道综合征病毒的早期诊断方法。方法应用多重巢式PCR联合荧光实时定量方法，对广州地区91份确诊和疑似病例标本、25份健康志愿者标本同时进行检测。结果25份健康志愿者标本经两种方法检测均为阴性。91份确诊和疑似病例标本经多重巢式PCR方法检测，阳性标本数53例，总阳性检测率58．24％；荧光实时定量PCR检测阳性标本数68例，阳性检出率74．73％；两种方法联合，阳性标本数76例，阳性检出率83．52％。结论多重巢式PCR联合荧光实时定量方法可进一步提高SARS病毒的阳性检出率，也为今后应对可能发生的其它突发性传染病病毒的检测提供分子诊断基础。     

恢复期SARS患者排泌物中SARS-CoV核酸的定量检测

目的探讨恢复期严重急性呼吸综合征(SARS)患者是否携带病毒及具有传染性.方法选择SARS抗体(ELISA检测法)阳性的177例恢复期SARS患者,利用实时定量PCR法对患者的尿、粪便、咽漱液共531份标本中的SARS冠状病毒(SARS-CoV)核酸进行定量检测.结果177例患者中有49例(27.7%)标本病毒核酸检测阳性,其中31例(17.5%)1种标本阳性,14例(7.9%)2种标本阳性,4例(2.3%)3种标本阳性.尿、粪便、咽漱液的检出阳性率分别为14.7%(26例)、11.9%(21例)和13.6%(24例).标本中病毒核酸的拷贝数在100～47 000copies/ml之间,3种标本中病毒核酸不同拷贝数量级的患者阳性例数经χ2检验无明显差异.结论住院中的恢复期SARS患者约有十分之一仍然携带SARS-CoV.有必要将SARS冠状病毒核酸的实时定量PCR检测作为SARS患者出院与解除隔离的实验室指标.