基于错配杂交化学发光定量检测MGMT基因过甲基化

目的利用错配杂交和化学发光技术,建立一种检测MGMT基因启动子区过甲基化的定量分析方法。方法基因组DNA经过亚硫酸氢钠修饰,所有未甲基化的胞嘧啶都被转变为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶则不发生变化。设计特异的PCR引物(不含CpG位点),同时扩增含有CpG位点甲基化或非甲基化目的 MGMT基因启动子区,用两条分别与甲基化及非甲基化CpG位点互补的寡核苷酸探针与扩增产物杂交,化学发光检测,通过两条探针的杂交信号强度之比确定样品DNA中MGMT甲基化的程度。结果检测混合样品中MGMT基因的甲基化水平与结果完全相符,并可用于肿瘤组织样品的MGMT甲基化定量检测。结论与现有方法相比,本法是一种检测快速、操作简便的MGMT基因甲基化的定量检测方法。     

定量检测E-cadherin基因启动子区甲基化芯片的建立

目的：拟建立一种能够定量检测抑癌基因E-cadherin甲基化改变的基因芯片.方法：用亚硫酸氢盐处理基因组DNA,并以此为模板进行PCR扩增.目的序列中未甲基化的CpG住点被翻转成TpG,而甲基化的CpG位点保持不变.设计5组探针构建一种检测E-cadherin基因启动子区17个CpG住点甲基化改变的芯片,每组探针包括一对非甲基化探针和甲基化探针,检测相邻的3或4个CpG位点.结果：绘制标准曲线显示,芯片上探针的可重复性和精确性很好,并定量检测了1例白血病样本的甲基化改变.结论：基因芯片能够作为一种定量检测基因多个CpG位点甲基化改变的有效工具,并用于肿瘤的研究.     

结、直肠癌中MGMT基因多位点甲基化的定量分析

目的探讨O^6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶（O^6-methylguanine-DNA methyltransferase，MGMT）基因不同位点的甲基化与结、直肠癌发生、进展的关系。方法应用DNA微阵列技术对20例结、直肠癌标本及癌旁组织进行MGMT基因启动子区5种高甲基化模式的定量检测分析。结果20例样本中有17例无论是肿瘤组织还是癌旁组织其各位点均有不同程度的甲基化，且肿瘤组织启动子区各CpG位点甲基化水平均高于其对应的癌旁组织（P〈0．05），其中CpG13—15、20-23位点甲基化水平明显增高。MGMT基因各CpG位点的甲基化水平在不同的病理分级和肿瘤淋巴结转移中差异无显著性（均P〉0．05）。结论结、直肠癌中存在高频MGMT基因启动子高甲基化，且其甲基化模式不止一种。MGMT基因表型遗传性失活可能在结、直肠肿瘤发生过程中起重要作用。MGMT基因启动子的异常甲基化与肿瘤发展水平并无直接相关性。     

新疆哈萨克族食管癌FHIT基因和MGMT基因启动子区CpG岛甲基化程度及临床意义

目的:探讨哈萨克族食管癌组织中抑癌基因脆性组氨酸三联体(FHIT)基因和O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶(MGMT)基因启动子区CpG岛异常甲基化程度与食管癌发生的关系。方法:选取30对哈萨克族食管癌组织及癌旁远端正常组织,应用测序法检测食管癌组织与癌旁远端正常组织FHIT和MGMT基因启动子区CpG岛甲基化情况,比较癌组织和正常组织FHIT基因CPG岛9个位点和MGMT基因CPG岛20个位点的甲基化程度。结果:FHIT基因启动子区CpG岛中1、6、8位点(P1=0. 025,P6=0. 013,P8=0. 031)癌组织甲基化程度高于正常组织,MGMT基因启动子区CpG岛中8位点(P8=0. 035)癌组织甲基化程度高于正常组织,差异具有统计学意义(P<0. 05)。结论:哈萨克族食管癌患者癌组织中FHIT基因和MGMT基因的甲基化程度均高于正常组织,提示FHIT基因和MGMT基因启动子区的异常甲基化可能与哈萨克族食管癌的发生有关。     

p16基因CpG位点甲基化在维吾尔族宫颈鳞癌及HPV16感染中的意义

目的:探讨p16 基因启动子区CpG 位点甲基化及HPV16 感染与新疆维吾尔族宫颈鳞癌的关系及其意义。方法:采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱方法(MALDI-TOF MS) 对20 例维吾尔族宫颈鳞癌及20 例对照组维吾尔族宫颈组织中的p16 基因启动子CpG 位点甲基化进行定量检测;采用聚合酶链反应(PCR) 的方法检测两组HPV16 的感染状况。结果:宫颈鳞癌及对照组中p16 基因启动子区16 个CpG 位点中CpG1-2, CpG6 为甲基化差异位点, 宫颈鳞癌组中CpG1-2, CpG6 位点甲基化水平明显高于对照组;宫颈鳞癌组的HPV16 感染率明显高于对照组, 差异有统计学意义(P<0.05);所检测的维吾尔族宫颈鳞癌组织中p16 基因启动子区CpG 位点甲基化与HPV16 感染无明显相关。结论:p16 基因启动子区CpG1-2, CpG6 位点高甲基化及HPV16 感染均与维吾尔族宫颈鳞癌的发生有关系, 但为两个独立事件。     

甲基化特异性熔点曲线分析检测FMR1基因CpG岛甲基化状态方法的建立

目的建立一种可靠的检测脆性X智力障碍1基因(FMR1)CpG岛甲基化状态的方法。方法用亚硫酸氢钠对基因组DNA进行脱氨基修饰,以修饰后的DNA为模板,利用荧光定量PCR仪扩增FMR1基因CpG岛序列并进行熔点曲线分析,并对PCR产物进行克隆测序,验证其甲基化状态。结果分析包含10个CpG位点FMR1基因CpG岛105bp片段显示,非甲基化与甲基化引物扩增产物之间熔点温度相差2.5℃;克隆测序显示两者之间未被修饰的胞嘧啶相差7个。结论所建立甲基化特异性熔点曲线分析方法可以有效地检测FMR1基因CpG岛甲基化状态,为临床诊断脆性X综合征提供依据。     

限制性内切酶结合半巢式PCR法检测人肝癌P16抑癌基因启动子区甲基化研究

目的 建立甲基化敏感的限制性内切酶结合半巢式降落PCR方法,研究原发性肝癌P16基因启动子区甲基化状态.方法 针对P16基因启动子区富含CpG的序列,设计3条引物,进行半巢式降落PCR扩增,检测原发性肝癌P16基因启动子区甲基化状态;并将P16基因启动子区340 bp片段克隆到pMD18-T载体,E.coli JM109扩增此质粒后经CpG甲基化酶M.Sss Ⅰ处理,再用Hpa Ⅱ酶切验证获得P16基因启动子区甲基化阳性的质粒P16Pm 并进行特异性和灵敏度实验.以此甲基化敏感的限制性内切酶结合半巢式降落PCR方法检测40例人原发性肝癌和3例正常人肝组织DNA样品的P16基因启动子区甲基化状态.结果 所采用的Hpa Ⅱ酶切后半巢式PCR方法的特异性强,灵敏度达100 fg;对40例人原发性肝癌组织DNA样品P16基因的启动子区甲基化状态检测显示甲基化阳性率为30%(12/40),3例正常人肝组织均为阴性(0/3).结论 P16抑癌基因启动子区甲基化可能与肝癌发生发展有关.本实验方法简便、成本低廉,并有高度的特异性与灵敏度,在大规模检查中有实际应用价值.     

乳腺癌中NDRG-1基因甲基化状态研究

目的 研究NDRG1基因启动子区甲基化状态,探讨NDRG-1基因甲基化在乳腺癌发生中的作用.方法 采用双色荧光杂交微阵列基因芯片技术对33对乳腺癌标本和癌旁组织标本NDRG-1基因启动子区甲基化状态进行研究.结果 肿瘤标本和癌旁组织标本中NDRG-1基因启动子区CpG位点均有不同程度的甲基化,肿瘤组织中NDRG-1基因启动子区CpG位点甲基化率明显高于相应的癌旁组织(t=14.12,P＜0.05).结论 NDRG-1基因启动子区过甲基化可能在乳腺癌的发生过程中起重要作用.     

肾小管上皮细胞间质转分化过程中E-cadherin和α-SMA基因启动子区甲基化状态研究*

目的：了解大鼠肾小管上皮细胞间质转分化与E-钙黏附蛋白（E-cadherin）和α-平滑肌肌动蛋白（α-SMA）基因启动子区甲基化状态之间的关系。方法：将大鼠肾小管上皮细胞分为对照组和TGF-β1处理组。对两组细胞采用免疫细胞化学方法检测E-cadherin和α-SMA蛋白表达情况,用ELISA法检测培养液中Ⅰ型胶原蛋白的含量。同时分别提取两组细胞中的基因组DNA,应用焦磷酸测序技术对E-cadherin和α-SMA基因启动子区甲基化水平进行检测。结果：TGF-β1处理组细胞中E-cadherin基因启动子区有2个CpG位点甲基化频率高于对照组,而α-SMA基因启动子区有2个CpG位点甲基化频率低于对照组。结论：E-cadherin和α-SMA基因启动子区甲基化状态的改变参与了肾小管上皮细胞间质转分化过程。     

胃癌形成过程中端粒酶反转录酶基因表达及启动子甲基化状态分析

目的探索端粒酶反转录酶(hTERT)基因表达情况及启动子区甲基化状态在胃癌形成过程中的变化情况。方法提取正常胃黏膜、胃癌前病变和胃癌3组组织样本的基因组DNA。用聚合酶链反应(PCR)特异性扩增其hTERT基因,用琼脂糖凝胶电泳检测3组组织样本中hTERT基因表达的阳性率;用亚硫酸氢盐修饰上述各组标本DNA,然后检测修饰后的hTERT序列:启动子区CpG位点,未发生甲基化的胞嘧啶(C)变为尿嘧啶(U);在启动子区不含CpG位点的位置,进行引物设计,然后利用PCR进行扩增。扩增产物序列与原序列比对,观察启动子区甲基化情况。结果 hTERT基因在胃癌组表达的阳性率最高,在癌前病变组表达的阳性率明显降低,而在正常胃黏膜组中不表达,3组组织样本hTERT表达阳性率比较差异均有统计学意义(P<0.05)。hTERT启动子区甲基化程度在胃癌组中最高,在胃癌前病变组中明显降低,而在正常胃黏膜中甲基化程度最低,3组组织样本hTERT启动子区甲基化程度比较差异均有统计学意义(P<0.05)。结论 hTERT启动子区甲基化程度在正常胃黏膜、胃癌前病变和胃癌中依次升高,故hTERT启动子区甲基化程度的变化可作为胃癌形成过程中肿瘤早期诊断的潜在分子生物学标志。     

甲状腺乳头状癌与基质金属蛋白酶抑制因子3（TIMP3）基因启动子甲基化的关系研究

目的 研究基质金属蛋白酶抑制因子3（TIMP3）基因启动子甲基化水平与甲状腺乳头状癌发生的内在联系,建立基于启动子高甲基化抑癌基因的甲状腺乳头状癌早期诊断方法 。方法 收集甲状腺手术切除的组织标本共46例,其中甲状腺乳头状癌（Papillary thyroid carcinoma,PTC）29例,结节性甲状腺肿（nodular goiter）17例。经提取DNA,设计并合成BSP引物,PCR扩增,采用亚硫酸氢盐法克隆测序（bisulfite sequencing）和Sequenom Mass ARRAY甲基化DNA定量分析法检测甲状腺乳头状癌组织TIMP3基因启动子CpG片段的甲基化水平。结果 亚硫酸盐修饰测序结果 显示TIMP3基因在甲状腺乳头状癌组织中的高甲基化克隆百分比为70％,显著高于结节性甲状腺肿的0％（P〈0．05）。TIMP3基因启动子区5个CpG位点在甲状腺乳头状癌组织中的甲基化有呈较高的甲状腺乳头状癌特异性。Sequenom Mass ARRAY提供的单一CpG位点甲基化定量数据显示TIMP3基因在甲状腺乳头状癌组织的甲基化率均值（0．28）高于结节性甲状腺肿的甲基化率均值（0．15）,差异有统计学意义（P〈0．05）。TIMP3基因启动子3个CpG位点在甲状腺乳头状癌组织中的甲基化率均值高于结节性甲状腺肿甲基化率,差异有统计学意义（P〈0．05）。结论 TIMP3基因CpG-16及CpG-17位点可能为甲状腺乳头状癌的启动子甲基化检测的关键位点,有望成为甲状腺癌早期诊断的分子标志物。     

DNA修复因子MGMT甲基化与子宫颈癌的相关性研究

目的 探讨O6-甲基鸟嘌呤- DNA甲基转移酶(O6 - methylguanine - DNA methyltransferase,MGMT)基因启动子区甲基化状态与子宫颈癌的相关关系.方法 采用甲基化特异性聚合酶链反应(methylation - specific PCR,MSP)分析子宫颈癌组织中MGMT基因启动子区甲基化状态,结合定量PCR( RT - PCR)检测MGMT mRNA表达情况行综合分析.结果 宫颈癌组织中MGMT基因启动子甲基化率达71.15％ (37/52),而非癌对照组织中均无甲基化.不同临床分期的宫颈癌组织MGMT甲基化率也各不相同(P＜0.01),组织分化程度越低,MGMT甲基化率越高(P＜0.05).37例甲基化的癌组织中有MGMTmRNA表达,不同临床分期和不同组织分化程度的MGMT mRNA表达量差异均有统计学显著性(P＜0.01).结论 DNA修复因子MGMT甲基化影响其mRNA的表达,可能与子宫颈癌的发生存在联系.     

MGMT基因甲基化状态在结直肠锯齿状病变中的表达及意义

目的观察锯齿状病变组织中MGMT基因甲基化状态和MGMT蛋白表达,探讨临床病理意义和在癌变通路中的作用,同时探讨MGMT基因在不同年龄层段甲基化状况。方法应用Taqman探针qPCR(MethyLight)方法检测北京军区总医院2007~2013年的225例锯齿状病变[包括96例增生性息肉(HP)、61例广基(无蒂)锯齿状腺瘤/息肉(SSA/P)和68例传统型锯齿状腺瘤(TSA)]、54例管状腺瘤(TA)、69例结直肠癌(CRC)和42例正常结直肠黏膜组织中MGMT基因CpG岛甲基化状态,并通过测序法验证扩增的目的片段甲基化状态,同时应用免疫组化方法检测其中116例锯齿状病变(包括52例HP、41例SSA/P、23例TSA)、20例TA、24例CRC和24例正常结直肠黏膜组织中MGMT蛋白的表达情况。结果 MGMT基因启动子甲基化状态和MGMT蛋白异常阳性程度在锯齿状病变和对照组中差异均有统计学意义(P<0.05),且两者之间呈负相关;MGMT基因启动子甲基化频率在不同年龄层段相关性比较中两者呈正相关,但差异无统计学意义(P>0.05)。结论组织中MGMT基因甲基化可能诱导其蛋白表达下调的主要原因,在结直肠"增生性息肉-锯齿状腺瘤-癌"的锯齿状癌变通路中起重要作用。     

巢式PCR法检测不同类型标本中p16基因启动子过甲基化

目的 介绍一种高灵敏度的DNA甲基化分析方法，即巢式甲基化特异性。PCR法(nested-MSF，nMSP)，探讨该方法最佳应用条件，并用该法分析新鲜癌组织、石蜡包埋组织及肿瘤患者血清中p16基因启动子的甲基化状态。方法 将基因组DNA变性成为单链，用亚硫酸氢盐修饰单链DNA，所有未甲基化的胞嘧啶被转变为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶则不变。设计针对甲基化和非甲基化等位基因的特异引物，进行巢式PCR扩增，最后经凝胶电泳检测目的片段。结果 在3种类型的标本中都检测出了p16基因启动子的甲基化，比普通的甲基化特异性PCR法具有更高的灵敏度。结论 巢式甲基化特异性PCR是一种灵敏度高、特异性强的甲基化检测方法，可广泛应用于不同类型标本基因启动子甲基化分析。     

巢式甲基化特异性PCR检测不同类型组织标本中WIF-1基因启动子异常甲基化

目的:采用一种高灵敏度的DNA甲基化分析方法,即巢式甲基化特异性PCR法(nested-MSP,nMSP),检测外科手术切除新鲜组织、石蜡包埋组织及纤维支气管镜活检组织中WIF-1基因启动子的异常甲基化状态。方法:将基因组DNA变性成为单链,用亚硫酸氢盐修饰单链DNA,所有未甲基化的胞嘧啶被转变为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶则不变。设计针对甲基化和非甲基化等位基因的特异引物,进行巢式PCR扩增,最后经凝胶电泳检测目的片段。结果:在3种类型的原发性非小细胞肺癌标本中都检测出了WIF-1基因启动子的异常甲基化。结论:巢式甲基化特异性PCR是一种灵敏度高、特异性强的甲基化检测方法,可广泛应用于不同类型标本基因启动子甲基化的分析。     

DNA甲基化与结直肠癌早期诊断的研究现状

结直肠癌中DNA甲基化异常已经被广泛地研究,特别是基因如APC的甲基化状态改变为结直肠腺瘤-癌的发展步骤之一已被广泛认同。回顾和总结国内外对结直肠癌相关基因甲基化异常改变的研究及其进展发现,结直肠癌中除有基因突变外,同时都存在启动子CpG岛的异常甲基化。现对CDKN2/p16、MGMT、p53、Maspin等基因甲基化与结直肠癌的关系及其在早期临床诊断中的应用进行综述。