当归-川芎药对治疗脑梗死的“调控网络”和机制

目的:本研究借助网络药理学的方法预测当归-川芎药对治疗脑梗死的潜在靶点,探讨其调控网络及作用机制。方法:首先,本研究运用在线中医药生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)筛选当归-川芎作用的共同靶点;其次,通过OMIM数据库、GAD数据库、TTD数据库以及PharmGKB数据库筛选与脑梗死相关的靶点,并通过Cytoscape3.6.1软件筛选"药物-靶点-疾病"网络中的关键靶点;最后,利用DAVID 6.8在线分析工具对得到的关键靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集,并运用Omicshare在线分析工具对通路富集结果进行可视化。结果:通过筛选得到当归-川芎药对的共同靶点229个,脑梗死相关的作用靶点102个,通过网络合并和拓扑最终得到当归-川芎药对治疗脑梗死的关键靶点493个,其中涉及154个生物过程,65种细胞组成,51种分子功能及20条具有显著意义的通路(P0.01,FDR0.05)。结论:当归-川芎药对可能通过Thyroid hormone信号通路、Neurotrophin信号通路、MAPK信号通路及PI3K信号通路发挥治疗脑梗死的功效。其中,Thyroid hormone信号通路可能是治疗脑梗死的新方向。     

黄芪-川芎药对治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病的网络药理学研究

目的:探讨黄芪-川芎药对治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病(简称冠心病)的药理机制。方法:通过中药系统药理学分析平台检索黄芪、川芎的有效化学成分和相关靶点;采用Cytoscape软件绘制成分靶点可视化网络,并进行拓扑分析;以CTD在线分析平台挖掘冠心病的相关靶点,借助STRING数据库构建化合物靶点蛋白互作网络、冠心病靶点蛋白互作网络,应用Cytoscape软件进行网络合并获取核心网络,并对核心靶点基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果:共筛选出黄芪、川芎主要活性成分23个,对应靶点209个,其中15个核心靶点的相关信号通路数是4个。KEGG信号通路包括冠状动脉粥样硬化、核因子-κB信号通路、白细胞介素17信号通路、血管内皮生长因子信号通路。结论:黄芪-川芎药对可通过多靶标、多通路来治疗冠心病。     

黄芪-川芎药对治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病的网络药理学研究

目的:探讨黄芪-川芎药对治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病(简称冠心病)的药理机制。方法:通过中药系统药理学分析平台检索黄芪、川芎的有效化学成分和相关靶点;采用Cytoscape软件绘制成分靶点可视化网络,并进行拓扑分析;以CTD在线分析平台挖掘冠心病的相关靶点,借助STRING数据库构建化合物靶点蛋白互作网络、冠心病靶点蛋白互作网络,应用Cytoscape软件进行网络合并获取核心网络,并对核心靶点基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果:共筛选出黄芪、川芎主要活性成分23个,对应靶点209个,其中15个核心靶点的相关信号通路数是4个。KEGG信号通路包括冠状动脉粥样硬化、核因子-κB信号通路、白细胞介素17信号通路、血管内皮生长因子信号通路。结论:黄芪-川芎药对可通过多靶标、多通路来治疗冠心病。     

基于网络药理学探究黄芪-川芎药对治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的 基于网络药理学研究益气活血药对黄芪-川芎治疗缺血性脑卒中的作用机制.方法 从TCMSP数据库筛选黄芪、川芎活性化合物及靶点,在Uniprot数据库转化为基因靶点,通过Cytoscape 3.8.0构建化合物-靶点网络.在OMIM、DisGeNET、TTD数据库及文献报道收集缺血性脑卒中的治疗靶点,构建疾病-靶点网...     

基于网络药理学研究血必净注射液治疗肝脏缺血再灌注损伤的作用机制

目的:运用网络药理学的方法预测血必净注射液治疗肝脏缺血再灌注损伤的主要活性成分、靶点及信号通路,探究其潜在作用机制.方法:通过TCMSP数据库筛选血必净注射液中丹参、赤芍、红花、川芎、当归五味中药的活性成分及其作用靶点,通过OMIM和GeneCards Suite数据库获取肝脏缺血再灌注损伤相关靶点,同时获取药物-疾病...     

基于网络药理学和分子对接研究“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎的作用机制

目的运用网络药理学和分子对接的方法分析“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎的潜在作用机制。方法 借助 TCMSP、Drugbank、Uniprot等数据库及参考文献获取中药柴胡-丹参的有效成分及靶标。通过Genecards、Drugbank、OMIM平台检索有关与慢性乙型肝炎疾病相关的靶标,并借助Venny数据库、String数据库和Cytoscape平台构建有效成分-靶点相互作用网络图,运用R语言对其核心靶点进行功能和通路富集分析,预测“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎的潜在关键成分与作用靶标,进一步使用Autodock和Pymol软件对其有效成分与慢性乙型肝炎HBcAg、HBeAg、HBsAg进行分子对接,分析其治疗的作用机制及可行性。结果 获得“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎发挥作用的有效活性成分73个,疾病潜在靶点985个。对其“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎的共有化合物-靶点网络图可知,有槲皮素、木樨草素、山柰酚、丹参酮等67个有效活性成分,PTGS2、ADRB2、HSP90AA1、ESR1等88个共有靶点。通过GO和KEGG分析可知,参与了细胞因子受体结合等生物过程及乙型肝炎等信号通路发挥其治疗作用。运用核心成分与靶蛋白对接可知,槲皮素、木樨草素与HBcAg、HBeAg、HBsAg具有较好的亲和力。结论 通过网络药理学和分子对接,充分体现了“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎“多成分-多靶点-多通路”复杂的作用特点,为进一步的实验和临床提供了理论依据和新的治疗方向。     

基于网络药理学探究杏仁-桔梗药对治疗急性支气管炎的作用机制研究

目的:运用网络药理学方法,筛选"杏仁-桔梗"药对治疗急性支气管炎的作用靶点,探讨其作用机制.方法:借助中药系统药理数据库(TCMSP)分别检索中药杏仁、桔梗的活性化学成分并搜集对应靶点,通过GeneCards和OMIM数据库查询急性支气管炎的疾病靶点,利用维恩图分析得到药物和疾病的交集靶点,将交集靶点上传至String...     

数据挖掘联合网络药理学探索莫文教授中药治疗颈椎病用药规律及机制

目的 分析莫文教授临床中中药治疗各型颈椎病的用药规律及药理机制。方法 收集2020年1月至2021年6月上海中医药大学附属龙华医院莫文教授门诊治疗颈椎病处方共计108例,对药物的频次、功效、性味和归经分类进行统计,对药物名称校正后,使用SPSS25.0软件对高频药物进行聚类分析;运用SPSS Modeler 18.0软件中的Apriori算法和网络对高频药物进行关联规则分析,利用TCMSP数据库查询“川芎、黄芪、甘草”药对中药活性化合物及对应的靶点信息,通过Cytoscape3.8.0软件构建成分-靶点网络图,采用GeneCards数据库、OMIM数据库收集颈椎病相关的靶点。通过在线平台和STRING数据库进行“药物—疾病靶点”韦恩图和PPI网络的构建与分析。将50个潜在靶点代入Metascape数据库进行KEGG通路富集分析和GO富集分析。结果 108张处方中有中药149味,聚类为类补阳还五汤等3种新方,筛选出川芎、黄芪、甘草等18味核心中药;核心药对“川芎-黄芪-甘草”中活性化学成分119个,包括槲皮素、山奈酚、芒柄花素等;药物-疾病共同靶点50个,经GO富集分析,核心药对在治疗颈...     

治疗冠心病方剂用药规律的数据挖掘研究

目的对治疗冠心病中药复方进行数据挖掘,研究其方剂用药规律。希望对临床研发冠心病中药新药有所裨益。方法提取1985年9月至2015年7月国家专利数据库中治疗冠心病的263项中药复方专利并建立数据库,运用中医传承辅助系统软件(V2.5),采用关联规则、复杂网络、熵方法分析等技术挖掘中药复方的方剂用药规律。结果提取出治疗冠心病的263项中药复方专利中,最多有30味药,最少1味药,平均(6.20±6.10)味药。最常见的治则为活血化瘀(87次,33.08%);最常见的单药为丹参(143次,54.40%)等;最常见的对药为丹参-川芎(62次,23.57%)等;最常见的角药为丹参-川芎-红花(33次,12.55%)等。基于关联规则发现常见药物组合有:桃仁→红花(置信度0.844),降香→丹参(置信度0.794),红花+赤芍→川芎(置信度1),川芎+桃仁→红花(置信度0.952)。基于复杂网络发现的核心药物有:丹参、三七、红花、当归、川芎、甘草、黄芪、麦冬;通过熵方法提取出的新方组合有:木香、苏合香、安息香、樟脑、薄荷、高良姜、白芍、陈皮、鸡内金、北沙参。结论本研究揭示了治疗冠心病的中药复方专利的核心用药和方剂用药规律,为临床用药提供指导。     

基于网络药理学探讨丹参-葛根药对治疗心肌纤维化的作用机制

目的 采用网络药理学探讨丹参-葛根药对治疗心肌纤维化的活性成分及作用机制。方法 从中药系统药理学分析平台获取丹参-葛根药对活性成分和作用靶点,通过GeneCards数据库获取心肌纤维化的相关靶点,使用Venny 2.1软件获取两者共同靶点;运用STRING数据库和Cytoscape 3.7.1软件构建共同靶点的蛋白-蛋白互作(PPI)网络并进行拓扑学分析;采用ClusterProfiler R功能包对共同靶点进行基因本体(GO)功能和KEGG通路富集分析;最后使用Cytoscape 3.7.1软件构建“活性成分-靶点-通路”网络并分析。结果 筛选得到丹参-葛根药对候选活性成分30个,活性成分和心肌纤维化共同靶点41个。共同靶点PPI网络的平均点度值为19.7,平均介数为19.1,度值和介数均超过平均值的靶点共有14个。KEGG显著富集到73条通路,其中与心肌纤维化相关的通路有6条。“活性成分-靶点-通路”网络显示,丹参中的木犀草素、丹参酮IIA和葛根中的葛根素、β-谷甾醇等活性成分通过共同调控脂质与动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE、血流剪切力与动脉粥样硬化、缺氧诱导因子-...     

非酒精性脂肪性肝病发病机制研究进展——聚焦“巨噬细胞及其分子机制”

非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)是代谢综合征在肝脏的表现,其发病率逐年升高。阐明NAFLD的发病机制对其防治至关重要。然而,NAFLD的发病机制尚不完全清楚,"多重打击"学说是目前被普遍接受的发病机制。随着肝病免疫学的研究发展,巨噬细胞在"多重打击"学说中的重要地位不容忽视。从巨噬细胞来源角度讲,肝脏固有的和单核细胞来源的巨噬细胞都参与NAFLD的进展;从细胞功能角度讲,M1和M2型巨噬细胞分别在NAFLD时肝脏炎症和纤维化的进展中扮演不同的角色。此外,模式识别受体、补体激活和干扰素基因激活蛋白相关信号通路是巨噬细胞参与NAFLD发生发展的主要分子机制。     

基础医学专业《分子生物学理论与实验》教学初探

对《分子生物学理论与实验》课程的框架-网络-应用的教学思想、教学方法和手段进行总结,探索基础医学教育改革。     

从单方成药到"分子中药学"和"组合中药学"

对中药现代化的问题进行评述，从中药研究的现代基础理论到方法学所提出的一系列创新的观点和方法进行了系统的阐述。主张从3个方向对中药进行现代化研究。三方面同时进行，不要只顾一方面而忽视其他，不要互相排斥，生药，单方颗粒和组合中药3种产品同时进入市场，一方面直接使用生药，完全保留传统中药的处方，煎药和服用的治疗方法，仅仅加强生药的质量研究和管理。定点栽培中药，制定中药饮片的质量标准；另一方面保留中药的全成分，用现代制药技术将中药制备为单方颗粒，并以此进行复方的配制，做到质量可控，服用方便，以期最大程度保留中药成分组成按化学结构和活性分解为若干群体，使问题简化，然后分别研究这些群体的化学组成和结构，将这些群体分为单味中药的表征性成分和非表征性成分，使其系统化，在查明组合分子的组成和药效以后，以单味中药的主要组合分子群组合成新型澡药，该中药质量可控，疗效确切。符合国家关于一、二类新药的标准，接近现代药物的要求，可以面向国内外的广大市场。     

融合“成分-靶点-共有通路”网络和分子对接技术的清肺口服液抗新型冠状病毒肺炎的活性成分初探

目的?基于网络药理学和分子对接技术研究清肺口服液治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的活性成分。方法?采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索清肺口服液中药材的化学成分及其作用靶点,通过Cytoscape软件构建清肺口服液治疗病毒性肺炎的“成分-靶点-共有通路”网络模型进行分析,借助分子对接软件将网络中的核心成分与潜在的抗COVID-19作用靶点对接筛选。结果?清肺口服液药材成分靶蛋白进行生物分析共得到KEGG通路129条（P<0.05）,病毒性肺炎相关靶蛋白进行生物分析得到KEGG通路104条（P<0.05）,其中KEGG共有通路83条。“成分-靶点-共有通路”网络包含成分201个和对应的靶点2?424个。网络中所含的78个核心成分与治疗COVID-19药物潜在作用靶点RdRp、3Clpro和PLpro分子对接结果显示,Phaseol、丹参新醌D、1,2,5,6-四氢丹参酮等核心成分与目前可能治疗COVID-19的多种药物亲和力相近。结论?清肺口服液的多个核心成分可以与多个潜在靶点结合而达到治疗COVID-19的目的,体现了中药多成分、多靶点和多途径的作用特点,可以为现代中药创制提供参考。      

基于“成分-靶点-通路”网络和分子对接技术的泻火消瘿方治疗格雷夫斯病药效物质基础和作用机制初探

目的  基于网络药理学和分子对接技术研究泻火消瘿方治疗格雷夫斯病(Graves diseases,GD)的药效物质基础和作用机制。方法  通过数据库收集泻火消瘿方中药材的化学成分及作用靶点集,再检索GD相关靶点集。构建泻火消瘿方治疗GD的“药材-成分-靶点”网络及靶点蛋白相互作用(PPI)网络。进行KEGG和GO富集,预测其作用机制,并进行关联性分析。最后将筛选出的活性成分与关键靶点进行分子对接。结果  获得泻火消瘿方化合物92个,相应靶点227个。PPI网络筛选出了核心靶点18个。得到KEGG通路192条(P < 0.05),GO条目2 385个(P < 0.05),其中BP条目1 988个,CC条目255个,MF条目142个。分子对接结果显示,泻火消瘿方核心成分与潜在关键靶点具有较好的结合活性,与目前可能治疗GD药物的亲和力相近。结论  泻火消瘿方相关作用靶点及代谢通路为进一步研究泻火消瘿方治疗GD的药效物质基础及作用机制提供依据。      

医科研究生分子生物学技术教学探索与实践

本课程力求打破传统的灌输式教学模式,以培养研究生的实际能力为重。采用多层次、多方式、多时空的教学方法,因材施教。理论与实践相结合,理论课与实验课相融合,寓教于实践,并将课堂教学延伸到研究生论文指导。     

肿瘤分子诊断(英文)

引言:由于基础自然科学,特别是分子生物学的发展,医学科学正在进入一个新的分子医学时代.作为医学的一个分支,病理学正经历着深刻的变化并产生了一个新的学科--分子病理学,或称分子诊断学.运用DNA和RNA检测技术,分子诊断学应用于肿瘤是分子医学中最令人兴奋的一个部分.肿瘤分子诊断学不仅包括对肿瘤的诊断,而且还涉及到肿瘤的预后,肿瘤治疗效果的预测等.     

分子心血管病学的研究进展

分子心血管病学在整个医学研究中具有十分重要的地位,已经受到各个国家的重视,我国在这方面的研究与国外相比还有很大的差距,加强分子心血管病学的研究对提高我国医疗水平具有十分积极的意义。在研究过程中最主要的核心问题是对基因进行调控,这门学科的主要研究理论是利用分子生物学相关的理论和方法对心血管的结构和功能进行研究分析,从中发现各种心血管疾病的发病原理,在对病情进行有效的系统分析的基础上,探索新的诊断和治疗方法。     

“直”与“真”的思考

《小儿药证直诀》一书为我国现存第一部儿科专著,作者对书名中"直"怀有疑问,思考后提出三个假设。通过查阅文献得出结论,书名"真"因避讳制度改为"直"的可能性大。     

骨关节炎的“筋”“骨”之辨

论述中西医学对骨关节炎的认识,并阐明骨关节炎的诊治要点,提出石氏伤科治疗骨关节炎之"筋骨并重,以筋为主"的观点。