中药辛夷及其近缘种的DNA条形码分子鉴定

目的 应用DNA条形码技术对中药辛夷及其近缘种进行分子鉴定,建立快速、准确、便捷的辛夷药材鉴定方法。方法 提取21份辛夷药材基原植物及其近缘种基因组DNA,扩增ITS、ITS2、psbA-trnH、matK和rbcL基因序列并进行双向测序;运用MEGA7.0软件进行序列比对,基于Kimura-2-Parameter(K2P)模型计算种内、种间的遗传距离以评估Barcoding gap,构建邻接(NJ)系统发育树反应鉴定结果。结果 5个引物序列中,psbA-trnH和matK序列的2个引物能正常扩增目的基因,测序成功率均大于98%,rbcL测序成功率较低,只有38.1%;其中matK具有最多的变异位点,psbA-trnH较matK和rbcL的Barcoding gap明显;NJ系统发育树显示,psbA-trnH+matK组合条形码序列能够准确鉴别9个品种,将辛夷药材及其近缘种很好地区分,并首次将其应用到玉兰嫁接砧木品种的分子鉴定。结论 应用psbA-trnH+matK的序列组合能够实现辛夷药材的准确鉴定,并且可以应用于玉兰嫁接砧木品种的快速鉴别。     

基于ITS2序列的建泽泻及其混伪品鉴定研究

目的?利用ITS2条形码鉴别建泽泻及其混伪品。方法?提取28份建泽泻及其混伪品基因组DNA,PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,测序结果提交至GenBank,同时从GenBank下载泽泻科植物及其混伪品10种17条ITS2序列,对提交与下载的45条序列,应用MEGA 5.1软件进行序列比对,计算种内和种间距离,采用相似性搜索法、最近距离法进行鉴定分析,并构建NJ系统进化树直观反映鉴定结果。结果?建泽泻、川泽泻ITS2序列长度均为311?bp,存在1个变异位点;建泽泻与泽泻科泽泻属物种距离较近,与泽泻科其他属及其混伪品之间遗传距离较远;NJ树结果显示建泽泻及其混伪品均可明显区分,表现出良好的单系性。结论?ITS2序列作为DNA条形码可以准确快捷地鉴别建泽泻及其混伪品,为其种质资源鉴定及临床安全用药提供了新的技术手段。      

ITS2序列作为DNA条形码鉴定紫堇属植物的有效性研究

[目的]利用DNA条形码技术对6种紫堇属植物进行分子鉴定,评价内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)序列对紫堇属植物的鉴别能力。[方法]从江苏南京、安徽合肥、浙江磐安、浙江缙云等地采集紫堇(Corydalis edulis)、黄堇(C.pallida)、小花黄堇(C.racemosa)、延胡索(C.yanhusuo)、东北延胡索(C.ambigua)和刻叶紫堇(C.incisa)6种紫堇属植物共29份样品。提取其DNA后用ITS2序列的通用引物进行PCR扩增并测序,运用Codon Code Aligner软件拼接和校对序列,MEGA5.1软件分析序列并构建K2P模型的邻接树。[结果]ITS2序列对所研究的29个样品的扩增和测序成功率均为100%。ITS2序列长度在225bp~248bp间,保守位点190个,变异位点71个,变异比例为27.2%。首次扩增获得小花黄堇和紫堇的ITS2序列并上传至Gen Bank。6个物种的种内遗传距离为0~0.0206,种间遗传距离为0.0403~0.1678,小花黄堇和黄堇的遗传距离最小;黄堇与刻叶紫堇的遗传距离最大。不同物种在邻接树中各自进化为单系。6种紫堇属植物的ITS2二级结构均有不同程度的差异。[结论]ITS2序列能够准确鉴定紫堇、黄堇、小花黄堇、延胡索、东北延胡索和刻叶紫堇这6种紫堇属植物,对中药鉴定具有潜在的应用价值。     

基于ITS2序列蒙药甘草DNA分子鉴定研究

目的应用DNA条形码技术准确、快速鉴定蒙药材甘草。方法采用试剂盒法提取药材的基因组DNA,PCR扩增其核糖体DNA的内转录间隔区(internal transcribed spacer 2,ITS2)并进行双向测序,应用CodonCode Aligner17.0对测序峰图进行校对拼接,比较ITS2序列的GC含量,采用MEGA 5.0计算种内遗传距离,并得到峰图和二级结构。结果甘草药材的ITS2序列长度为223 bp,种内无变异,平均K2P遗传距离为0,GC含量53%,建立其二级结构和峰图。结论 ITS2基因序列可以鉴定蒙药材甘草,为该蒙药的分子鉴定提供方法。     

不同产地何首乌的ITS序列研究

目的研究不同产地何首乌的ITS片段遗传差异性,分析该片段在何首乌道地性的DNA分子鉴别和野生资源品种的鉴定及种质资源研究中的意义。方法从来自不同原产地的何首乌中提取总DNA,以核基因组ITS通用引物为引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序法进行测序。结果各样品rDNA的ITS及5.8S rDNA完全序列,18S和26S rDNA部分序列,共约648bp,其中ITS1长度为195bp,5.8S长度为164bp,ITS2长度为189bp。序列间共有17个变异位点。结论ITS序列可对何首乌的道地性做出鉴别,对野生资源品种的鉴定具有较好的分辨性。     

石豆兰属植物rDNA ITS序列的克隆与分析

目的 通过测定11种石豆兰属植物的ITS序列,为石豆兰属植物分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。方法 利用PCR法从叶片基因组DNA中克隆ITS序列,并借助生物信息学软件对其进行分析。结果 11种石豆兰属植物的ITS全长为633～645 bp,5.8 S序列长度162 bp,ITS1和ITS2序列变异位点丰富,共168个,其中信息位点95个,序列存在大量的转换、颠换和缺失;5.8 S序列较为保守,仅含6个变异位点和2个信息位点;11种石豆兰属植物的遗传距离为0.002 2～0.212 0,其中齿瓣石豆兰与斑唇石豆兰之间的遗传距离最小,亲缘关系最为接近。序列已上传至NCBI,登录号为JN619409～JN619419。结论 获得了11种石豆兰属植物的rDNA ITS序列,为石豆兰属植物分子鉴定和遗传多样性研究奠定了基础。     

DNA条形码序列对9种蒿属药用植物的鉴定

目的 采用DNA条形码序列对9种常见的蒿属药用植物进行鉴定,为常见蒿属药用植物的鉴定提供分子依据。方法 对9种常见蒿属药用植物的4条候选DNA条形码序列（ITS2、rbcL、matK、psbA-trnH）进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增和测序效率,应用BLAST1、Distance方法来评估各序列的鉴定效率。此外,基于MEGA5分析9种常见蒿属药用植物ITS2序列种间K2P遗传距离并构建NJ树。结果 除matK外,其余3条片段的PCR扩增和测序效率均为100%,ITS2序列对9种蒿属药用植物的物种水平鉴定成功率最高,为100%,而psbA-trnH、rbcL、matK、matK＋rbcL的鉴定成功率（BLAST1法）分别为83.3%、66.7%、54.5%、75%。通过ITS2序列的种间K2P遗传距离及NJ树均能将不同物种全部区分。结论 ITS2序列可以作为鉴定蒿属药用植物的潜在条形码。     

基于psbA-trnH序列对广藿香与藿香、广防风的分子鉴定

目的：采用叶绿体基因psbA-trnH间隔区序列探讨广藿香及其常见伪品的分子鉴定方法。方法分别提取广藿香及藿香、广防风植物的总DNA,经PCR扩增psbA-trnH间隔区序列,产物纯化后测序,采用Clustal_X 1.8和MEGA 5.05软件对序列进行分析。结果广藿香与藿香、广防风的最小种间K2P 距离(0.1592)大于最大种内K2P距离(0.0043),邻接树中广藿香9个不同产地来源样品聚为一支。广藿香与藿香、广防风之间存在多个特异性信息位点。结论 psbA-trnH序列可作为广藿香及藿香、广防风分子鉴定的依据。     

葫芦科植物通用DNA条形码的筛选

目的 评价几个热点DNA条形码候选序列对葫芦科植物的鉴别能力。方法 使用ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列的通用引物对葫芦科植物进行PCR扩增和测序,通过比较各序列的扩增和测序成功率、种内和种间的变异、barcoding gap,并采取相似性探索BLAST 1和最近距离Nearest Distance 方法评价不同序列的鉴别能力。结果 ITS2序列对葫芦科33个属、90个物种、182个样本进行分析,其鉴定成功率较高,在属水平为100.0%,在物种水平为88.5%;psbA-trnH序列对201个样本进行分析,其鉴定成功率在属水平为93.0%,在物种水平为73.1%,但其可以补充部分ITS2不能分析的物种区域。结论 ITS2和psbA-trnH是适合葫芦科植物鉴别的一个较好的DNA条形码序列组合。     

蒙药香青兰DNA条形码分子鉴定研究

目的建立蒙药香青兰的ITS2基因序列的DNA条形码分子鉴定方法。方法取样品10份应用ITS2基因序列DNA条形码分子鉴定方法进行PCR扩增以及测定相关序列,在此基础上运用DNAMEAN和CodonCode Aligner17.0等软件进行相关分析。结果 ITS2序列长度168bp,遗传距离(K2P)为0、G+C含量66.51%以及相应的二级结构和峰图。结论 ITS2基因序列分析为香青兰DNA条形码研究奠定基础。