肝细胞癌自噬相关长链非编码RNA预后模型的建立与分析

背景与目的:肝细胞癌(HCC)是常见的原发性肝癌,其预后较差。自噬的失调可以促进HCC的发生与进展,本研究旨在分析自噬相关长链非编码RNA(lnc RNA)在HCC患者中的潜在预后作用,并构建自噬相关lnc RNA风险预测模型。方法:利用生物信息学方法分析TCGA数据库中374例HCC及50例正常对照样本的转录组数据及临床资料,从HADb网站获取自噬基因列表。采用Person相关性分析筛选与自噬基因相关的lnc RNA,采用R软件caret程序包将筛选后的342例HCC样本按70%与30%的比例随机分为训练集及验证集,在训练集中采用Kaplan-Meier法及单因素Cox回归分析筛选出具有预后意义的lnc RNA,随后采用多因素Cox回归分析筛选具有独立预后意义的自噬相关lnc RNA,建立构建预后模型。使用多因素Cox回归系数计算风险评分,将患者分为低风险组和高风险组,分析算风险评分与HCC患者临床特征及总体生存的关系,并使用验证集加以验证。结果:347个lnc RNA鉴定为自噬相关lnc RNA(|R~2|0.3,P0.001),其中26个lnc RNA对HCC患者具有预后价值(均P0.05)。多因素Cox回归分析得到基于12个自噬相关lnc RNA(CYTOR、DANCR、LINC01138、LUCAT1、MAPKAPK5-AS1、NRAV、NRSN2-AS1、LINC01871、LINC00864、LINC02362、TMEM220-AS1和PSMB8-AS1)的预测患者预后的风险模型。高风险组HCC患者总生存期明显低于低风险组HCC患者(P0.05)。12-自噬相关lnc RNA预后模型评分与肿瘤分级、肿瘤分期和T分期有关(均P0.05),与患者的年龄、性别无明显关系(均P0.05)。在训练集中该预后模型的1、3、5年生存的时间依赖性ROC曲线的曲线下面积(AUC)分别为0.801,0.819和0.787,在验证集中其1、3、5年生存的时间依赖性ROC曲线的AUC分别为0.694、0.733和0.746。结论:所筛选的自噬相关lnc RNA在HCC的肿瘤生物学中可能起关键作用,12-自噬相关lnc RNA的模型对HCC具有预后判断价值。     

膜联蛋白A2与胶质母细胞瘤患者预后的相关性研究

目的 探讨胶质母细胞瘤(glioblastoma, GBM)中膜联蛋白A2(annexin A2, ANXA2)表达与患者预后的关系。方法 纳入癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)中临床资料完整的103例GBM进行病例-对照研究。自变量为ANXA2转录水平等临床因素,因变量为患者总生存期(overall survival, OS)。依据OS长短将入组患者分为病例组(OS<8个月)及对照组(OS≥8个月)。通过限制性立方样条分析(restricted cubic spline, RCS)、单因素和多因素logistic回归分析GBM肿瘤组织中ANXA2转录水平与患者临床预后的关系。结果 单因素分析显示ANXA2 mRNA表达量(OR=4.992,P=0.000)、年龄(OR=9.320,P=0.000)、TCGA分子分型(OR=4.168,P=0.001)及O⁶-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶(O⁶-methylguanine-DNA methyltransferase, MGMT)启动子状态(OR=...     

联合多数据库构建肝细胞癌自噬基因预后模型

目的:构建自噬基因表达特征的肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)患者预后的预测模型。方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)、基因型-组织表达研究项目(The Genotype-Tissue Expression, GTEx)数据库中分别得到...     

长链非编码RNA与肿瘤的研究进展

分子生物学遗传中心法则表明．人类基因组RNA只是一个在DNA与蛋白质之间的信使．但只有2％的序列是编码蛋白质．大部分被转录为非编码RNA（non—codingRNA,ncRNA）。     

荧光裸小鼠源的人脑胶质母细胞瘤原位移植模型的建立

目的 在表达绿色荧光蛋白( GFP)裸小鼠脑内建立人脑多形性胶质母细胞瘤(GBM)原位移植模型.方法 将表达GFP的C57/B6鼠与BALB/c nu/nu系裸小鼠杂交筛选出表达GFP的裸小鼠.把人脑GBM组织原位移植于GFP裸小鼠脑内,荧光显微镜下观察移植瘤的生长特性、血管生成及表皮生长因子受体(EGFR)表达.结果 成功培育出表达GFP的荧光裸小鼠;移植瘤中EGFR阳性表达率(78.6±5.2)％,肿瘤侵袭性生长并血管丰富.结论 人脑GBM荧光裸小鼠原位移植模型能模拟人脑原发恶性胶质瘤高侵袭及EGFR高表达的生物学特性.     

膀胱尿路上皮癌自噬相关LncRNA预后风险模型的建立与分析

目的:本研究探讨自噬相关长非编码RNA(LncRNA)在膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcino-ma,BLCA)中的预后作用,并建立BLCA自噬相关LncRNA预后风险模型.方法:从TCGA数据库下载BLCA转录组数据和临床资料,从HADb数据库下载自噬基因列表,以Person相关性分析筛...     

基于不同数据库来源数据的胃癌长链非编码RNA预后预测模型构建

背景与目的：长链非编码RNA（lncRNA）对于胃癌患者的预后判断有着非常显著的影响。本研究旨在通过生物信息学的方法,构建并验证能够准确评估胃癌患者预后的lncRNA预后预测模型。 方法：通过癌症基因组图谱（TCGA）数据库、基因型-组织表达数据库（GTEx）获取数据作为用于构建预后模型（建模组）,通过基因表达汇编数据库（GEO）获取数据用于验证（验证组）。采用R软件中的edgeR包筛选差异表达lncRNA;通过单因素和多因素Cox回归来构建预后模型并计算风险值;按照风险值的大小将患者分为高、低风险组,分析风险值与临床病理参数及预后的关系。用验证组样本对建模组的结果进行验证。 结果：共筛选出288个差异表达lncRNA,其中28个与胃癌预后有关（均P<0.05）。10种lncRNA生物标记物（MEG3、DNAJC9-AS1、ACTA2-AS1、C15orf54、LINC01210、OVAAL、POU6F2-AS2、ERICH3-AS1、LINC00326及LINC01526）被鉴定并用于构建预后模型。高风险组的总体生存率以及无病生存率均低于低风险组（均P<0.01）,ROC曲线证实该预测模型有一定的准确性（AUC=0.700）。单因素及多因素Cox回归分析显示风险值为独立的预后因子（均P<0.001）。风险值与胃癌T分期（P=0.031）、肿瘤分化程度（P=0.044）存在明显关系。在独立的验证组中,高风险组的总体生存率以及无病生存率同样明显低于低风险组,且示风险值依旧为独立的预后因子（均P<0.05）。 结论：所构建的10-lncRNA模型对于胃癌患者的预后生存判断有一定的价值,且筛选出的差异表达lncRNA为胃癌分子机制的深入研究提供了依据。     

长链非编码RNA LINC01355在神经母细胞瘤复发过程中的表达变化及意义

目的:探讨神经母细胞瘤(NB)复发过程中长链非编码RNA(lncRNA) LINC01355的表达及作用机制。方法:在TARGET数据库检索NB数据集,进行差异表达分析筛选差异表达的lncRNA并进行生物信息学分析。荧光实时定量反转录-聚合酶链反应(RT-qPCR)法检测20例原发NB组织及10例复发NB组织中部分差异...     

长链非编码RNA低表达与胃癌患者预后关系的Meta分析

目的对胃癌组织中长链非编码RNA（LncRNA）表达水平与患者临床病理特征关系及预后价值进行系统性评价。 方法计算机检索中国学术期刊全文数据库（CNKI）、中国生物医学文献数据库（CBMdisc）、万方数据库、重庆维普数据库和英文数据库EMbase、PubMed、The Cochrane Library（2017年4期）、Web of Science,查找建库至2017年4月发表的有关胃癌组织中LncRNA低表达与患者预后的研究。经2名研究人员独立地进行筛选文献、提取数据、质量评价后,采用STATA 12.0软件对数据行Meta分析,Begg's和Egger's漏斗图评价发表偏倚。 结果共纳入6篇594例胃癌患者LncRNA低表达的研究,组织样本均来自于国内。胃癌患者的LncRNA表达水平与TNM分期（RR=2.06,95% CI =1.73~2.46,P=0.001）、肿瘤浸润深度（RR=2.73,95% CI =2.17~2.43,P=0.001）和区域淋巴结转移（RR=1.63,95% CI =1.37~1.94,P=0.001）相关,而其他临床病理特征与LncRNA表达水平无相关关系,差异无统计学意义。5篇报道胃癌患者总生存期（OS）的研究间存在统计学异质性（I²=68.9%,P=0.012）,分析显示与LncRNA高表达组相比,LncRNA低表达组患者的OS较短,总体生存情况较差,差异有统计学意义（HR=0.56,95% CI =0.31~0.99,P=0.046）。3篇报道无疾病进展生存期（DFS）的研究存在统计学异质性（I²=71.0%,P=0.032）,分析显示LncRNA高表达组和低表达组间DFS差异无统计学意义（HR=0.57, 95% CI=0.32~1.03,P=0.061）。各项研究对合并OS影响的敏感性分析结果显示合并HR的结果稳定性好,发表偏倚可能性较小（Egger's,P=0.651;Begg's,P=0.806）。 结论低表达的LncRNA是胃癌预后不良的危险因素,LncRNA的表达水平与胃癌患者的TNM分期、肿瘤的浸润深度和区域淋巴结转移密切相关。     

基于TCGA数据库胆管癌自噬-临床预后模型的构建和评估

目的 探讨自噬相关基因（autophagy-related genes,ATGs）在临床预后方面的价值,并构建自噬基因的预后风险模型,评估胆管癌（cholangiocarcinoma,CCA）患者的生存及预后状况。方法 在癌症基因组图谱数据库（TCGA）中下载CCA的转录组数据和临床数据,从人类自噬数据库（HADb）中提取自噬相关基因,筛选出CCA样本中差异表达的自噬相关基因（DEATGs）;GO富集分析与KEGG通路分析进一步阐明DEATGs在CCA中的作用;通过Cox回归分析构建自噬预后风险评分模型,并运用生存分析、风险曲线、ROC曲线及独立预后分析验证预后模型的准确性。结果 CCA组织样本和非肿瘤组织样本一共筛选出49 个DEATGs（上调的基因48 个,下调的基因1 个）;通过单因素Cox回归分析及多因素Cox回归分析筛选出5个最有预后价值的基因（RHEB、PPP1R15A、ATG101、BNIP3、NRG1）,并基于这5个基因构建自噬预后风险评分模型,模型公式为：风险值=NRG1表达量×1.1207+BNIP3表达量×1.4002+ATG101表达量×1.3457-PPP1R15A表达量×1.1613-RHEB表达量×1.3279。生存分析表明低风险组的生存率要显著高于高风险组,风险曲线表明患者风险值与生存时间及生存状态显著相关,ROC曲线提示自噬预后模型具有良好的准确性,是一个独立的预后因素（HR 1.427,95%CI 1.161～1.756,P＜0.001）。结论 5个自噬基因（RHEB、PPP1R15A、ATG101、BNIP3、NRG1）构建的自噬相关预后风险模型,可以有效预测CCA患者的预后情况。     

Emerging roles of long non-coding RNAs in allotransplant rejection

Allotransplantation has extensively been employed for managing end-stage organ failure and malignant tumors. Acute and chronic post-transplant rejections are major causes of late morbidity and mortality after allotransplantation. However, there are no objective diagnostic criteria and specific therapy for post-transplant rejections. Owing to key advances in high-throughput RNA sequencing techniques, a wealth of studies have disclosed that long noncoding RNA (lncRNA) expression increased or decreased evidently in biopsies, blood, plasma, urine and specific cells of rejecting patients, and the dysregulated lncRNAs affected the cellular functions and differentiation of the immune system. Hence, we present an overview of the functions of lncRNAs expressed in various immune cells related to allotransplant rejection. Moreover, our review explores the regulatory interplay of relevant lncRNAs and recipients with or without allograft rejection after solid organ transplantations or hematopoietic stem cell transplantation, then discuss whether these relevant lncRNAs can be molecular biomarkers for diagnosis and new therapeutic targets in the management of post-transplanted patients.     

长链非编码RNA在肝细胞性肝癌中的作用

肝细胞型肝癌(HCC)是常见的消化系统恶性肿瘤,也是与癌症相关死亡的第三大主要原因,目前缺乏有效的治疗手段.长链非编码RNA (lncRNA)是一种长度超过200个核苷酸的非编码转录本.目前,lncRNA被认为在HCC的增殖、凋亡、转移、耐药及肿瘤干细胞的调节起重要作用.笔者结合该领域的最新研究进展概述了lncRNA的...     

长链非编码RNA与前列腺癌的研究进展

长链非编码RNA（Longnon-coding RNA,LncRNA）在人类生命活动过程中发挥着重要的作用,并维持着正常的细胞功能,然而它们的异常表达与肿瘤发生密切相关。近年来,越来越多的研究表明,LncRNA通过类似癌基因或抑癌基因的作用,参与前列腺癌细胞的增殖、侵袭、转移等调控过程,并由于特定LncRNA在肿瘤当中表达的高特异性,可作为前列腺癌诊断及预后的指标。本文对近年来LncRNA与前列腺癌发生、发展的关系及诊治的研究进展作一综述。     

长链非编码RNA在不同受孕能力精子中差异表达的初步分析

目的:通过对两组不同受孕能力的精子差异长链非编码RNA(lnc RNA)的分析,寻找与受孕能力相关的lnc RNA,探讨其在受精过程中可能的作用。方法:各取5份高、低受孕力的精液标本,提取大RNA,建c DNA库并测序。应用生物信息学方法,组装并预测lnc RNA。采取NOIseq方法筛选两组间有差异表达的lnc RNA,绘制箱图和火山图;运用Cluster软件进行表达模式聚类分析。采用基因本体(GO)及Pathway分析差异表达的lnc RNA功能分布,利用lnc RNA-mRNA互作分析和上下游顺式作用元件的交集分析,来预测lnc RNA的功能。结果:预测到471 615个lnc RNA,其中新lnc RNA 463 596个,已知lnc RNA 8 019个。差异表达分析结果显示,有4 052个lnc RNA存在显著差异,其中上调的985个,下调的3 067个。箱图和火山图显示出两组间存在明显的差异,表达模式聚类分析显示出两组间存在明显的差异。GO功能分类注释得出,差异表达的lnc RNA主要参与新陈代谢、生物调节、细胞膜及细胞器形成、蛋白核酸结合等; Pathway分析显示,差异表达的lnc RNA主要与运输分解代谢、细胞运动、信号分子相互作用、信号转导、以及发育和免疫系统信号通路等有关。5个lnc RNA的预测功能表明,它们可能与受精过程中的精子运动、顶体反应、信号转导相关。结论:差异表达的lnc RNA可能在受精过程中有重要作用,可能成为评估精子质量的生物标志物。     

Primary cerebellar glioblastoma multiforme with an unusually long survival. Case report

Light microscopic and electron microscopic findings of a primary cerebellar glioblastoma multiforme (GM) are presented. An infiltrating tumor of the vermis and the right cerebellar hemisphere had been partially removed from a 39-year-old woman. Postoperative irradiation to the posterior fossa enabled her to work for the next 5 1/2 years. At readmission, progressive pontocerebellar signs were observed. In spite of repeated irradiation and intrathecal chemotherapy, she died after 1 month. Autopsy revealed extensive tumorous infiltration of the right cerebellar hemisphere, pons, and medulla. Both the biopsy and autopsy specimens showed typical features of GM. Tumorous propagation resulted in extreme enlargement of the right inferior olive. Electron microscopic analysis disclosed characteristic bundles of glial filaments, cytoplasmic inclusions lying within nuclear folds, and intracytoplasmic granules of uncertain nature. The possible cause of the long survival is discussed and a comparison is made with previously reported cases.