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目的 研究丁酸钠(NaB)在诱导白血病K562细胞分化过程中,对细胞色素CYP1A1/1B1基因转录的作用及作用机制.因为与肿瘤发生发展密切相关,细胞色素P450s(CYPs)已经成为最有潜力的抗肿瘤药物的靶标.对于白血病细胞中这些基因表达机制的研究将有助于揭示它们在造血过程以及血液肿瘤发生中的作用.方法 丁酸钠诱导K562细胞分化,RT-PCR检测CYP1A1/1B1转录水平的变化,染色质免疫沉淀(ChIP)分析乙酰化组蛋白H3和组蛋白乙酰转移酶p300与CYP1A1/1B1启动子的结合情况.结果 丁酸钠在诱导白血病K562细胞分化过程中,促进了组蛋白乙酰转移酶p300与启动子区域的结合、升高了CYP1A1/1B1基因启动子组蛋白H3乙酰化修饰水平、上调了CYP1A1/1B1基因的转录.结论 组蛋白乙酰化修饰和组蛋白乙酰转移酶p300参与了丁酸钠诱导的白血病K562细胞CYP1A1/1B1基因的转录. 相似文献
3.
目的生物信息学分析与鉴定人类膀胱癌特异性表达的UCA1 基因转录调控作用原理。方法运用CpG岛预测软件
EMBOSS CpGplot、CpG Island Searcher、Methprimer、CpG finder对UCA1基因启动子CpG岛进行分析。利用转录因子预测软
件MatrixCatch和TFSEARCH对UCA1基因核心启动子区可能结合的转录因子进行分析。染色质免疫沉淀技术对所预测到的
转录因子进行分子生物学实验验证。结果CpG岛预测发现UCA1基因全长启动子区中不存在CpG岛,因此UCA1基因属于组
织特异性基因与前期研究报道结果一致。生物信息学预测及筛选发现UCA1基因核心启动子存在4个与肿瘤关系密切的转录
因子。根据预测结果选取2个转录因子利用染色质免疫沉淀实验鉴定,确定1个转录因子可与UCA1基因核心启动子区结合。
结论UCA1 基因启动子区无CpG岛存在,该基因核心启动子区可能与多种转录因子结合,并确定转录因子c-Myb 可以与
UCA1基因核心启动子区结合。
相似文献
EMBOSS CpGplot、CpG Island Searcher、Methprimer、CpG finder对UCA1基因启动子CpG岛进行分析。利用转录因子预测软
件MatrixCatch和TFSEARCH对UCA1基因核心启动子区可能结合的转录因子进行分析。染色质免疫沉淀技术对所预测到的
转录因子进行分子生物学实验验证。结果CpG岛预测发现UCA1基因全长启动子区中不存在CpG岛,因此UCA1基因属于组
织特异性基因与前期研究报道结果一致。生物信息学预测及筛选发现UCA1基因核心启动子存在4个与肿瘤关系密切的转录
因子。根据预测结果选取2个转录因子利用染色质免疫沉淀实验鉴定,确定1个转录因子可与UCA1基因核心启动子区结合。
结论UCA1 基因启动子区无CpG岛存在,该基因核心启动子区可能与多种转录因子结合,并确定转录因子c-Myb 可以与
UCA1基因核心启动子区结合。
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4.
染色质免疫共沉淀分析丁酸钠对γ珠蛋白基因启动子组蛋白乙酰化的作用 总被引:1,自引:0,他引:1
目的 建立基于Real-time PCR分析的染色质免疫共沉淀(ChIP)方法,探讨丁酸钠对γ-珠蛋白基因启动子区组蛋白乙酰化的作用.方法 将K562细胞分为0.5 mmol/L丁酸钠处理48 h组和K562细胞组,每组取1x107细胞用实验.采用抗乙酰化组蛋白H3及H4抗体分别对两组细胞进行ChIP,荧光定量PCR分析不同处理细胞Gγ-、Aγ-珠蛋白基因启动子区乙酰化H3和H4(acH3,acH4)水平.结果各细胞组组内Gγ-和Aγ-珠蛋白基凶启动子区域acH3、acH4水平高于阴性对照necdin基因.与K562细胞相比,NaB处理组嘶Gγ-珠蛋白基因启动子区acH3和aeH4水平分别升高3.1和2.6倍,Aγ-珠蛋白基凶启动子区acH3和acH4水平分别升高3.7和3.2倍(P<0.01).结论 建立了基于荧光定量PCR分析的ChIP技术用于研究珠蛋白基因启动子区域组蛋白的表观遗传修饰,并进一步证实了丁酸钠对γ-珠蛋白基因启动子区域组蛋白乙酰化的作用. 相似文献
5.
骨骼肌细胞中的活性氧水平增高引起细胞凋亡是衰老性肌肉萎缩的重要机制之一。我们前期研究发现,转录因子E2F1激活促凋亡基因PERP转录从而介导活性氧诱导的骨骼肌细胞凋亡。本文研究在小鼠骨骼肌细胞凋亡过程中E2F1表达上调的表观表观遗传机制。方法:利用H2O2处理C2C12细胞,利用干扰RNA和瞬时转染相关因子。最终用实时定量PCR(real-time quantitative PCR, RT-qPCR)与免疫印记检测E2F1基因表达水平,染色质免疫沉淀(chromatin immunoprecipitation, ChIP)检测蛋白质与DNA的结合。结果:小鼠骨骼肌细胞凋亡过程中E2F1表达水平被活性氧上调,同时伴随E2F1基因启动子上H3K9甲基化水平的下降。进一步研究发现,活性氧促进H3K9去甲基酶JMJD1A/KDM3A结合到E2F1启动子上促进E2F1转录。相反,使用干扰RNA敲减KDM3A显著减弱活性氧引起的E2F1表达上调。KDM3A干扰同时降低了E2F1启动子上乙酰化H3与H3K4甲基化水平并恢复了H3K9甲基化水平。结论:综上所述,我们的结果提示KDM3A通过改变组蛋白修饰参与活性氧诱导的E2F1转录激活。 相似文献
6.
目的通过比较不同细胞类型之间MafA基因转录起始区的组蛋白修饰差异,探讨组蛋白修饰对MafA基因转录表达的作用。方法采用染色质免疫共沉淀-实时定量PCR法检测小鼠胰岛素瘤β细胞(NIT-1)、NIH小鼠成纤维细胞(NIH3T3)及小鼠胚胎干细胞(mES)三者中的MafA和MLH1基因转录起始区组蛋白修饰(H3K4m3、H3K9m3和H3乙酰化)的状况。同时采用实时定量RT-PCR检测上述三种细胞各基因mRNA表达水平。分析基因的H3K4m3、H3K9m3和H3乙酰化修饰与基因表达之间的相互关系。结果 (1)以mES细胞为参照,NIT-1细胞MafA基因的转录起始区的H3K4m3修饰水平明显增高(P<0.05),H3K9m3修饰水平明显降低(P<0.05);NIH 3T3细胞MafA基因的转录起始区的H3K9m3修饰水平明显增高(P<0.05),H3K4m3修饰水平明显降低(P<0.05);(2)MafA基因的仅在NIT-1细胞表达,其表达与H3K4m3修饰存在直线相关(相关系数0.995);与H3K9m3修饰存在直线负相关(相关系数-0.751);(3)管家基因MLH1的表达与所检测组蛋白修饰无相关性。结论 H3K9m3与H3K4m3修饰能相互协调,共同调控MafA基因的表达,对胚胎干细胞向β细胞分化具有重要的意义。 相似文献
7.
目的:研究在小鼠骨骼肌细胞凋亡过程中E2F1表达上调的表观遗传机制。方法:利用H2O2处理C2C12细胞,利用干扰RNA和瞬时转染相关因子,用实时定量PCR(real?time quantitative PCR,RT?qPCR)与Western blot检测E2F1基因表达水平,染色质免疫沉淀(chromatin immunoprecipitation,ChIP)检测蛋白质与DNA的结合。结果:E2F1表达水平上调,同时伴随E2F1基因启动子上H3K9甲基化水平的下降。进一步研究发现,活性氧促进H3K9去甲基酶KDM3A结合到E2F1启动子上促进E2F1转录。相反,使用干扰RNA敲减KDM3A显著减弱活性氧引起的E2F1表达上调。KDM3A干扰同时降低了E2F1启动子上乙酰化H3与H3K4甲基化水平并恢复了H3K9甲基化水平。结论:KDM3A可能通过改变组蛋白修饰参与活性氧诱导的E2F1转录激活。 相似文献
8.
目的:目前LCRG1基因转录调控机制不清,现拟研究Sp1和Egr-1对人LCRG1基因启动子的转录调节. 方法:利用MatInspector软件分析LCRG1基因启动子区域内潜在的转录因子结合位点,Sp1、wtEgr-1、mtEgr-1真核表达质粒与LCRG1启动子重组质粒的共转染实验,分析其对LCRG1启动子活性的影响. 结果:生物信息学提示LCRG1基因启动子区域存在Sp1和Egr-1等位点,外源性突变型转录因子Egr-1能上调LCRG1基因启动子的活性.结论:突变型转录因子Egr-1可能参与该基因的表达调控. 相似文献
9.
目的 探讨转化生长因子-β2(transforming growth factor beta2,TGF-β2)对心肌细胞H9C2转录因子Mef2c和GATA4的影响及其与组蛋白H3乙酰化的关系.方法 比较TGF-β2对细胞生长的影响.利用Real-time PCR检测心肌细胞的心脏相关转录因子Mef2c和GATA4mRNA的相对表达量,筛选合适的TGF-β2干预浓度.采用Western blot检测心肌细胞乙酰化组蛋白H3(acetylated histone H3,acH3)的表达差异.染色质免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation,ChIP) Real-time PCR检测Mef2c和GATA4启动子区与acH3结合DNA的相对表达水平.比色分析法检测TGF-β2对心肌细胞的总体组蛋白乙酰化酶(HATs)活性的影响.结果 ①TGF-β2干预组相对于对照组心肌细胞的增殖能力增强(P<0.05).②心肌细胞的心脏相关转录因子Mef2c和GATA4mRNA的相对表达量随着TGF-β2浓度的升高呈现先升高后降低的趋势,在5 μg/L的浓度时均达到最高,Mef2c mRNA相对表达量是对照组的1.8倍,GATA4mRNA是对照组的2.3倍(P<0.05).③TGF-β2干预72 h后acH3蛋白表达量是对照组的4倍(P<0.05),HATs活性是对照组的1.34倍(P<0.05).④TGF-β2干预组Mef2c和GATA4启动子区组蛋白H3的乙酰化水平分别是对照组的2.56和2.16倍(P<0.05).结论 5μg/L TGF-β2可以促进心肌细胞H9C2的分裂与增殖,并上调心脏相关转录因子Mef2c和GATA4的表达,组蛋白H3乙酰化水平的升高可能是Mef2c和GATA4表达上调的机制之一. 相似文献
10.
目的 研究Islet-1诱导C3 H10 T1/2细胞定向分化为心肌样细胞过程中表达增加的心肌特异蛋白基因GATA4、NKX2.5、MEF2c上组蛋白乙酰化水平的变化情况.方法 lslet-1基因慢病毒感染小鼠骨髓间充质干细胞C3H10,Western blot检测转染后乙酰化的组蛋白H3表达情况,逆转录及实时荧光定量PCR时序性检测出心肌特异性蛋白基因GATA4、NKX2.5、MEF2c的mRNA表达达高峰的时间点,采用染色质免疫共沉淀技术(chromatin immunoprecipitation,CHIP),用CHIP级乙酰化H3抗体免疫沉淀与其所结合的DNA,采用实时荧光定量PCR扩增抗体所富集的心肌特异性蛋白基因GATA4、NKX2.5、MEF2c启动子区域的DNA量,比较感染组和未感染组与抗体所结合的上述3种心肌特异蛋白基因的表达情况.结果 感染高表达Islet-1的C3H10T1/2细胞组蛋白H3的乙酰化水平较未感染组升高3.04倍(P<0.05),在心肌特异性蛋白基因GATA4、NKX2.5、MEF2C的mRNA表达达高峰的2周时间点,乙酰化的H3抗体所结合的心肌特异性蛋白基因GATA4、NKX2.5、MEF2c与未转染Islet-1的细胞组相比较,表达增加(P<0.05).结论 高表达Islet-1之后C3H10T1/2细胞定向分化为心肌样细胞过程中表达增加的心肌特异蛋白基因上组蛋白乙酰化水平增高. 相似文献
11.
目的 探讨辅助激活因子p300诱导的乙酰化修饰介入脂多糖(LPS)诱导的炎症介质合成过程及其作用机制。方法 Agilent Sureprint G3 Mouse Gene Expression V2 微阵列芯片以及蛋白免疫印迹(WB)技术联合于小鼠巨噬细胞(RAW246.7)中筛选表达水平与LPS刺激强度相关的分子;凝胶电泳迁移实验(EMSA)以及染色质免疫共沉淀(chip-qpcr)方法验证相关分子与炎症基因IL-6以及TNF-α启动子部位的结合现象;相关分子过表达或干扰质粒转染RAW246.7后,WB法检测转染质粒的作用效果,ELISA方法检测IL-6以及TNF-α合成水平,染色质免疫沉淀-测序技术(chip-seq)分析炎症基因启动子部位相关分子的结合以及H3K27的乙酰化修饰水平。结果 微阵列芯片以及WB技术共同证实p300的表达与LPS刺激强度存在较好关联。免疫共沉淀证实了p300与c-myb存在结合现象。EMSA证实c-myb可与炎症基因启动子序列结合,而p300不能直接结合;chipqPCR表明当c-myb被干扰时,p300不能与炎症基因启动子序列结合。WB检测显示过表达或干扰质粒均能够干预相关分子的表达,且p65、p300以及c-myb 3者在表达上无相互影响。ELISA联合chip-seq显示与对照组比较,p300过表达以及LPS刺激均可导致炎症基因启动子部位结合的p300和H3K27乙酰化修饰水平增加,从而促进p65与启动子的结合和炎症基因转录(P<0.05);而c-myb表达被干扰时,p300过表达以及LPS刺激诱导的p300与p65在启动子的结合、H3K27乙酰化修饰和炎症介质合成均被遏制(P<0.05)。在p65干扰相关组别中,p65与启动子的结合以及炎症基因转录均被抑制(P<0.05),但未对p300的结合以及H3K27乙酰化水平造成影响。结论 LPS刺激可诱导p300合成,后者在c-myb介导下结合于炎症基因启动子区域,并通过乙酰化H3K27易化启动子与p65结合,从而促进炎症基因表达。 相似文献
12.
目的观察替莫唑胺对大鼠脑胶质瘤C6细胞程序性死亡的诱导效应,并探讨可能的分子机制。方法观察不同浓度替莫
唑胺在不同时间点处理大鼠脑胶质瘤大鼠脑胶质瘤C6细胞系,MTT法观察抑制率并筛选出最优的作用时间和作用浓度。应
用400 μg/ml替莫唑胺处理细胞24 h,通过HE染色、Hochest、Western blot、Tunnel、免疫组化观察替莫唑胺对大鼠脑胶质瘤C6
细胞系的程序性死亡的诱导效应。结果MTT法、HE染色、Hochest和Tunnel结果显示替莫唑胺对大鼠脑胶质瘤C6细胞具有
凋亡诱导效应;免疫组化和Western blot结果显示促凋亡蛋白Bax表达水平上调,凋亡抑制蛋白Bcl-2表达的下调。未发现主要
的caspase蛋白的表达变化。结论替莫唑胺对脑胶质瘤C6细胞具有凋亡诱导效应,而这种效应可能是通过caspase非依赖途径
完成的。
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唑胺在不同时间点处理大鼠脑胶质瘤大鼠脑胶质瘤C6细胞系,MTT法观察抑制率并筛选出最优的作用时间和作用浓度。应
用400 μg/ml替莫唑胺处理细胞24 h,通过HE染色、Hochest、Western blot、Tunnel、免疫组化观察替莫唑胺对大鼠脑胶质瘤C6
细胞系的程序性死亡的诱导效应。结果MTT法、HE染色、Hochest和Tunnel结果显示替莫唑胺对大鼠脑胶质瘤C6细胞具有
凋亡诱导效应;免疫组化和Western blot结果显示促凋亡蛋白Bax表达水平上调,凋亡抑制蛋白Bcl-2表达的下调。未发现主要
的caspase蛋白的表达变化。结论替莫唑胺对脑胶质瘤C6细胞具有凋亡诱导效应,而这种效应可能是通过caspase非依赖途径
完成的。
相似文献
13.
目的探讨COPD大鼠肺泡Ⅱ型上皮细胞(AECⅡ)炎症因子表达是否与组蛋白修饰有关。方法熏烟法建立大鼠COPD模型。取大鼠肺组织进行病理观察,提取AECⅡ进行碱性磷酸酶染色鉴定和电镜鉴定;实时定量PCR检测AECⅡ三种趋化因子:单核细胞趋化蛋白1(MCP-1)、IL-8及巨噬细胞炎性蛋白2α(MIP-2α)的mRNA表达;Westernblot检测组蛋白去乙酰化酶2(HDAC2)蛋白表达;染色质免疫共沉淀(ChIP)检测趋化因子启动子区组蛋白H3、H4乙酰化和H4K9甲基化修饰情况。结果 COPD组IL-8、MCP-1、MIP-2αmRNA表达较正常对照组分别增加4.48倍、3.14倍、2.83倍;COPD组AECⅡ细胞HDAC2蛋白表达较正常对照组降低(0.25±0.15比0.66±0.15,P0.05),且HDAC2的下降程度与IL-8、MCP-1、MIP-2αmRNA表达增高程度呈负相关(r值分别为-0.960、-0.914、-0.928,P均0.05)。COPD组趋化因子基因启动子区H3、H4乙酰化水平较正常对照组均升高,H4K9甲基化水平则降低(P均0.05)。结论 COPD模型大鼠AECⅡ的IL-8、MCP-1、MIP-2α三种趋化因子基因表达增加,HDAC2介导的组蛋白修饰在COPD炎症反应中发挥重要作用。 相似文献
14.
MCF-7/Adr细胞mdr-1基因启动子甲基化和组蛋白乙酰化状态与多药耐药的关系 总被引:3,自引:1,他引:2
目的:分析MCF-7/Adr及MCF-7细胞mdr-1基因启动子甲基化和组蛋白乙酰化状态,初步探讨乳腺癌多药耐药的表观遗传机制。 方法:用甲基化敏感PCR技术检测两个细胞系mdr-1基因启动子甲基化状态。实时定量PCR技术检测DNA甲基转移酶(DNA methyltransferases,DNMTs) mRNA及组蛋白去乙酰化酶(histone deacetylases,HDACs) mRNA的表达。光密度值法检测组蛋白H3和H4乙酰化水平。 结果:MCF-7细胞mdr-1基因启动子呈现高甲基化,MCF-7/Adr细胞mdr-1基因启动子呈现低甲基化。与MCF-7细胞比较,MCF-7/Adr细胞DNMT1,DNMT3a及DNMT3b mRNA表达显著下降(P<0.05)。MCF-7/Adr细胞组蛋白H3和H4乙酰化水平较MCF-7细胞明显升高(P<0.01)。与MCF-7细胞比较,MCF-7/Adr细胞HDAC1,HDAC2,HDAC7及SIRT1 mRNA的表达显著下降(P<0.01)。 结论:mdr-1基因启动子低甲基化、组蛋白H3和H4高乙酰化、DNMTs mRNA及HDACs mRNA低表达可能是介导MCF-7/Adr细胞MDR形成的重要表观遗传学因素。 相似文献
15.
16.
目的 探讨表没食子儿茶素没食子酸酯[(-)-epigallo-catechin-3-gallate,EGCG]能否通过抑制组蛋白去乙酰化酶1 (histone deacetylase 1,HDAC1)参与老年小鼠心脏SERCA2a的表达.方法 24只16月龄雄性C57 BL/6老年小鼠随机数字表法分为EGCG+老年组[腹腔注射50 mg/(lg·d)的EGCG]、DMSO+老年组(腹腔注射与溶解EGCG同剂量的二甲基亚砜)以及未处理老年组,每组8只;3月龄雄性C57 BL/6成年小鼠作为青年组(n=8).干预8周,收集心脏组织.RT-PCR检测Atp2a2及HDAC1的mRNA表达量,Western blot检测SERCA2a的表达量.ChIP-Q-PCR检测Atp2a2启动子区组蛋白AcH3K9水平及HDAC1、GATA4、Mef2c的结合量.结果 RT-PCR及Western blot结果表明,老年小鼠心脏SERCA2a在mRNA及蛋白水平的表达降低(P<0.05),HDAC1在mRNA水平表达升高(P<0.05).ChIP-Q-PCR结果表明,老年小鼠心脏Atp2a2启动子区HDAC1结合量升高,组蛋白AcH3K9水平降低,GATA4、Mef2c的结合量降低(P<0.05).EGCG干预8周后,老年小鼠心脏HDAC1的表达量及其在Atp2a2启动子区的结合量降低,组蛋白AcH3 K9水平升高,GATA4、Mef2c的结合量增加(P<0.05),EGCG在mRNA及蛋白水平升高了老年小鼠心脏SERCA2a的表达(P<0.05).结论 由HDAC1介导的组蛋白H3K9低乙酰化可能是老年小鼠心脏SERCA2a表达降低的关键机制之一,EGCG通过抑制这一过程升高老年小鼠心脏SERCA2a的表达. 相似文献
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18.
目的:观察体外培养的胶质瘤细胞在体外能否引起神经干细胞的迁移,从而为研究胶质瘤细胞中存在促进神经干细胞迁移的物质打下基础。方法:分别培养神经干细胞、星形胶质细胞和C6胶质瘤细胞。以星形胶质细胞为对照,做细胞迁移实验,观察其结果;将C6胶质瘤细胞、星形胶质细胞的无血清培养上清分别浓缩,并行SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳,观察其结果。结果:(1)C6胶质瘤细胞的培养上清引起神经干细胞迁移的数目明显多于星形胶质细胞的培养上清和新鲜无血清培养基(P<0.01);(2)将无血清培养的等浓度的C6胶质瘤细胞、星形胶质细胞的上清浓缩蛋白电泳,可见二者蛋白条带存在明显差异。结论:(1)从新生大鼠大脑皮层组织可以培养出神经干细胞和星形胶质细胞。(2)C6胶质瘤细胞无血清培养的上清中存在着能够诱导神经干细胞迁移的物质。 相似文献