基于细胞周期相关基因的胶质瘤患者预后模型构建与验证

目的 探讨细胞周期相关基因在胶质瘤患者中的表达及预后价值。方法 利用CGGA数据库筛选与胶质瘤患者预后相关的细胞周期基因，并基于CGGA与TCGA中胶质瘤患者的临床数据，通过LASSO回归分析，构建预测患者生存情况的预后模型。根据计算公式，区分高低风险组患者，组间进行GSEA富集分析与ssGSEA免疫微环境分析。结果 筛选到10个与患者预后密切相关的细胞周期基因，LASSO回归分析纳入4个基因[细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2C（CDKN2C）、姐妹染色单体分离的PTTG1调控因子（PTTG1）、细胞周期蛋白依赖性激酶2（CDK2）、WEE1 G2检查点激酶（WEE1）]构建预后模型，计算公式为：风险值（risk socre）=（0.008）×CDKN2C表达量+（0.022）×PTTG1表达量+（0.031）×CDK2表达量+（0.127）×WEE1表达量。生存分析显示，高风险组患者生存率低于低风险组，ROC曲线表明，模型在CGGA与TCGA队列中，均具有较好的预测能力。GSEA富集分析显示，高风险组富集到多个细胞周期进程相关的信号通路，提示可能参与胶质瘤的恶性进程。免疫微环境分析表明，高风险组患者的免疫细胞浸润与免疫反应激活程度均高于低风险组。结论 基于细胞周期相关基因的预后模型可较好地应用于胶质瘤患者的预后预测，纳入的关键基因可能是胶质瘤治疗的可靠靶点。 [国际神经病学神经外科学杂志, 2023, 50(4): 15-24]     

着丝粒蛋白F在胶质瘤组织中的表达及预后分析

目的 探究着丝粒蛋白F（CENPF）在脑胶质瘤中的表达及预后分析。方法 通过对癌症基因组图谱（TCGA）和中国脑胶质瘤图谱（CGGA）数据库进行生物信息分析,比较CENPF在低级别胶质瘤（LGG）、胶质母细胞瘤（GBM）和癌旁组织中的表达差异以及与患者预后之间的关系,并在数据库中对CENPF mRNA与P53、Ki-67以及IDH-1分型进行相关性分析。采用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）法检测CENPF mRNA表达水平,免疫组织化学法和Western blotting法检测癌旁组织和不同级别胶质瘤组织中CENPF表达水平。多因素COX分析CENPF与临床病理参数及患者预后的关系,并绘制Kaplan‐Meier生存曲线。利用TCGA数据库对CENPF进行KEGG富集分析,探索该基因在胶质瘤中发展中可能参与的信号通路。结果 CENPF表达水平与胶质瘤WHO分级呈正相关,且CENPF高表达的胶质瘤患者生存时间短于低表达患者。数据库相关性分析显示CENPF mRNA与P53、Ki-67以及IDH-1野生型呈正相关。qRT-PCR实验结果表明CENPF mRNA在胶质瘤组织中表达增高,免疫组织化学和Western blotting实验结果表明CENPF表达与WHO等级呈正相关。临床病理参数分析表明在胶质瘤组织中CENPF表达情况与胶质瘤WHO分级（P=0.002）、P53（P=0.016）、Ki-67（P<0.001）表达有关。多因素COX分析显示WHO分级（P<0.001）、CENPF表达（P=0.008）、P53（P=0.003）和Ki-67（P=0.006）表达为胶质瘤患者预后不良的危险因素。Kaplan‐Meier生存曲线表明CENPF高表达的胶质瘤患者生存时间短于低表达患者（P<0.0001）。KEGG富集分析显示CENPF在参与细胞周期、DNA复制、WNT/beta-catenin、mTORC1等通路中具有显著富集。结论 CENPF在胶质瘤组织中表达增高,其表达与WHO分级、Ki-67以及P53分型相关;CENPF可作为判断胶质瘤患者预后的生物标志物。     

TRIM38非CpG岛DNA甲基化与胶质瘤异柠檬酸脱氢酶突变的关系研究

目的 探讨TRIM38基因非CpG岛DNA甲基化与胶质瘤异柠檬酸脱氢酶（IDH）基因突变之间的关系。方法 利用中国胶质瘤基因组图谱计划（CGGA）数据库的多组学数据和临床资料，比较在IDH野生型或突变型的胶质瘤中，TRIM38非CpG岛DNA甲基化的改变模式以及与基因表达和临床预后的关系。结果 共纳入CGGA胶质瘤325例及非肿瘤对照脑组织（NTB组）11例，分析发现IDH野生型胶质瘤TRIM38非CpG岛DNA甲基化和基因表达，相对NTB组分别发生低甲基化（P =0.000）和高表达（P=0.007），且两者之间呈负相关（P=0.017）。生存分析显示，TRIM38非CpG岛DNA甲基化水平与IDH野生型肿瘤的预后有关（P=0.061）。结论 IDH突变可能通过限制TRIM38基因非CpG岛DNA低甲基化介导的肿瘤促癌基因表达上调，为IDH突变相关的胶质瘤提供“保护作用”。     

PTPN7在人脑胶质瘤中的表达及临床意义

目的 探究脑胶质瘤的潜在预后分子标志物,并为精准治疗提供理论依据.方法 纳入CGGA与TCGA两个独立数据库病例,其中CGGA数据库病例325例,TCGA数据库病例636例,分析PTPN7表达水平同脑胶质瘤病理级别、IDH突变状态、4个分型亚型以及预后的关系,并通过基因本体(GO)功能富集分析探讨PTPN7在脑胶质瘤中...     

富含脯氨酸蛋白11在胶质瘤组织中的表达及临床意义

目的 探究富含脯氨酸蛋白11（PRR11）在脑胶质瘤组织中的表达情况,以及PRR11与临床病理和预后的关系。方法 在TCGA数据库中比较PRR11在胶质瘤组织和正常脑组织中表达差异及临床预后等生物学信息。收集58例在临沂市人民医院行脑胶质瘤手术患者的临床资料和胶质瘤组织标本以及20例脑外伤患者颅内减压后的脑组织标本。以减压后脑组织作为对照,利用免疫组织化学等方法检测脑胶质瘤组织中PRR11蛋白表达情况,分析PRR11表达水平与临床病理参数之间的相关性,通过生存曲线比较PRR11表达与患者预后之间的关系。结果 PRR11在胶质瘤组织高表达率为37.9%（22/58）,减压后脑组织PRR11高表达率为5.0%（1/20）,两者相比,差异具有统计学意义（P=0.027）。脑胶质瘤组织中PRR11表达情况与患者WHO分级、Ki-67、p53基因型有关（P＜0.05）,而与患者年龄、性别、肿瘤位置、肿瘤大小、KPS评分均无关（P＞0.05）。PRR11低表达的胶质瘤患者生存时间高于高表达的患者生存时间,两者差异有统计学意义（P=0.0023）。结论 PRR11在胶质瘤组织中表达增高,且PRR11表达与胶质瘤病理分级及患者生存期密切相关。 [引用格式:国际神经病学神经外科学杂志, 2021, 48(4): 349-353.]     

阿尔茨海默病相关分子标志物APP和MAPT在人脑胶质瘤中的表达及临床意义

目的 研究阿尔茨海默病（AD）相关分子标志物APP和MAPT在人脑胶质瘤中的表达水平， 及作为脑胶质瘤潜在预后判断标志物和干预靶点的意义。方法 纳入中国脑胶质瘤基因组图谱计划 （CGGA）和癌症基因组图谱计划（TCGA）2 个数据库中的 325 个和 609 个Ⅱ～Ⅳ级胶质瘤患者，收集患者的 WHO 病理分级、原发或继发状态、IDH 突变状态、1p/19q 杂合缺失状态、生存期等数据以及 APP 和 MAPT 2 种基因的表达水平。对基因表达水平进行标准化处理后，比较 2 种基因在各级别胶质瘤、IDH 突变 / 野生型、1p/19q 杂合缺失 / 野生型中的表达差异。采用 Kaplan-Meier（K-M）生存曲线分析 2 种基因水平 与原发、继发胶质瘤预后的关系，并采用 Log-rank 进行比较。在 CGGA 和 TCGA 数据库中筛选与 MAPT 表达水平相关的基因列表，采用基因本体论（GO）功能富集分析 MAPT 影响胶质瘤预后的分子机制。 结果 在 CGGA 和 TCGA 数据库中，Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ级胶质瘤患者之间的 MAPT 表达水平两两比较，差异均有 统计学意义（均P＜ 0.01）。在 TCGA 数据库中，仅Ⅲ、Ⅳ级胶质瘤患者之间的 APP 表达水平比较，差异有 统计学意义（P＜ 0.01）。在 CGGA 和 TCGA 数据库中，Ⅱ～Ⅳ级胶质瘤 IDH 突变型患者的 MAPT 表达水 平均高于 IDH 野生型患者，差异均有统计学意义（均P＜ 0.01）；在 TCGA 数据库中，Ⅳ级胶质瘤 IDH 突变 型 APP 表达水平高于野生型患者，差异有统计学意义（P＜ 0.05）。在 TCGA 数据库中，APP 在Ⅱ、Ⅲ级胶 质瘤以及 MAPT 在Ⅲ级胶质瘤患者 1p/19q 杂合缺失和野生型之间的表达水平比较，差异有统计学意义 （P＜ 0.001）；在 CGGA 数据库中，Ⅳ级胶质瘤 1p/19q 杂合缺失和野生型患者之间的 MAPT 表达水平比较， 差异有统计学意义（P＜ 0.001）。K-M 生存曲线分析显示，MAPT 基因能够有效判断原发性胶质瘤患者的 预后，MAPT 表达水平较高的患者预后较好（P＜ 0.001）。GO 功能富集分析显示，MAPT 表达水平与胶质 瘤的肌动蛋白细胞骨架组装、微管蛋白细胞骨架组装、Wnt 通路、神经系统发育、以 DNA 为模板的转录 调控、RNA 聚合酶Ⅱ启动子转录调控呈正相关，与细胞迁移、细胞黏附、血管生成、细胞分裂、细胞增殖 等呈负相关。细胞模型验证发现，MAPT 过表达能够抑制胶质瘤细胞的迁移和侵袭能力。结论 MAPT 表达水平可以预测原发性胶质瘤患者的预后，且 MAPT 与胶质瘤恶性程度存在相关性，是胶质瘤研究和 治疗的潜在靶点。     

IDH突变调控BMP2、COL27A1和SERPINA5基因表达影响人脑胶质瘤的生存预后

目的 探讨异柠檬酸脱氢酶（IDH）突变影响胶质瘤临床预后的潜在分子机制。方法 计算机检索CGGA和TCGA数据库,获取胶质瘤RNA测序数据（RNA-seq）,应用生物信息学分析方法分析IDH突变改善胶质瘤临床预后的潜在分子机制。结果从TCGA数据库下载胶质母细胞瘤（GBM）和低级别胶质瘤（LGG）相关RNA-seq,从CGCA数据量下载648例胶质瘤的RNAseq(234例GBM和414例LGG),从GEO数据量下载单细胞RNA-seq数据GSE131928数据集（28例IDH野生型GBM）。GO和KEGG分析显示,IDH突变显著下调胞外基质（ECM）相关基因表达,GEPIA分析显示BMP2、COL27A1、SERPINA5、VEGFA基因表达水平与胶质瘤生存预后有关,多因素Cox比例回归风险模型分析显示BMP2、COL27A1、SERPINA5基因表达是胶质瘤生存预后独立影响因素,BMP2联合SERPINA5预测胶质瘤生存预后效果最好。结论 我们结果提示胶质瘤IDH基因突变,可能通过调控BMP2、COL27A1和SERPINA5基因表达,影响病人生存预后。     

胶质母细胞瘤患者自噬相关mRNA与lncRNA的预后判断价值

目的 分别构建由自噬相关基因（ATG）与自噬相关lncRNA（ATL）构成的预后模型,预测胶质母细胞瘤（GBM）患者的预后情况,为其个性化诊疗与基础研究提供依据。方法 利用TCGA数据库中GBM的测序与临床数据,通过单因素Cox回归分析筛选差异表达且具备预后价值的ATG与ATL,之后通过多因素Cox回归分析分别构建预后模型,根据模型计算患者风险值并验证其有效性。结果 GBM组织相较正常组织共筛选到72个差异表达的ATG（上调53个,下调19个）和170个ATL（上调102个;下调68个）,单因素Cox回归分析筛选到16个与患者预后相关的ATG和22个ATL,多因素Cox回归分析分别纳入3个ATG与8个ATL构建预后模型。生存曲线显示在2个模型中高风险组生存率远低于低风险组,受试者工作特性曲线证明2个模型均具有较好的预测能力。结论 所构建的2个预后模型可有效预测患者生存情况,并提供个性化诊疗与基础研究参考。     

固有免疫分子CD58在人脑胶质瘤中表达及意义的初步研究

目的 对CD58在胶质瘤中的表达及意义做初步研究。方法 从癌症基因组图谱（TCGA）数据库中获取胶质瘤相关样本的基因测序结果及临床信息,分析胶质母细胞瘤（GBM）组、低级别胶质瘤（LGG）组和非瘤脑组织（Non-tumor）组中CD58的表达差异及生存预后相关性,构建预后模型分析CD58表达与危险度评分关系及CD58高表达组和低表达组的总生存期差异,采用多变量Cox回归分析CD58表达对预后的影响;将40例临床样本分为三组：非瘤脑组织（Non-tumor）组,I、Ⅱ级胶质瘤为低级别胶质瘤（LGG）组,Ⅲ、Ⅳ级胶质瘤为高级别胶质瘤（HGG）组,运用免疫组织化学（免疫组化）检测三组中CD58的表达,并分析各组之间的表达差异。结果 表达差异分析显示,GBM组、LGG组和Non-tumor组的CD58表达依次降低（均P＜0.05）;危险度评分与CD58表达正相关,表达越高患者生存期越短（P＜0.05）;多变量Cox回归分析显示CD58表达水平是影响胶质瘤预后的因素,表达水平越高,死亡风险越大;免疫组化结果显示CD58阳性反应物位于细胞胞膜,HGG组阳性细胞数高于LGG组和Non-tumor组（均P＜0.05）,但三组的阳性例数无差别。结论 CD58在高级别胶质瘤中的表达高于低级别胶质瘤和非瘤脑组织,其表达差异与胶质瘤生存期相关,CD58高表达是胶质瘤预后的危险因素。CD58可以作为判定胶质瘤的恶性程度及预后的一项指标。