采用组织芯片技术检测乳腺癌中泛素、S期激酶相关蛋白2、细胞周期调控因子p27的表达

组织芯片(组织微阵列)一般是指将数十至上千个小组织整齐地排放在一张载玻片上而制成的组织切片。我们采用组织芯片技术制作乳腺癌的组织芯片，并用免疫组织化学技术进行泛素(Ubiquitin)、S期激酶相关蛋白2(S-phase kinase-associated protein 2，Skp2)、细胞周期调控因子p27的检测，探讨乳腺癌组织中Ubiquitin、Skp2和p27表达的意义。     

组织芯片技术原位检测石蜡包埋肝细胞癌组织的研究

目的探讨组织芯片技术高通量原位免疫组织化学检测石蜡包埋肝细胞癌组织的价值。方法1991年1月-2002年6月西南肝胆医院实施根治性肝切除,病理证实为肝细胞癌234例石蜡组织块,健康成人肝组织18例(西南医院肝胆外科研究所肝移植供肝组织)作为对照,重新包埋石蜡组织,制备成为2个微阵列,分别为13×10(129点)和14×9(123点),微阵列点直径1.0mm,点间距为0.5mm。Envision法检测Vimentin和E cadherin的表达。结果组织芯片中组织样本的组织学结构完整,可满足病理学实验要求。结论组织芯片技术提供了一种快速、有效的组织学方法,可广泛应用大样本肝细胞癌的免疫组织化学检测。     

组织微阵列技术在非恶性肿瘤疾病中的应用

传统的组织切片处理方法是在一个蜡块内包埋一个组织标本，只能切出含有一份组织样本的切片，低效、费力，不利于快速高效的大样本的指标筛选工作。自Kononen等于1998年首先在eDNA微阵列的基础上，通过制作乳腺癌的组织微阵列研究6种基因及其产物的表达状态以来，组织微阵列已经被广泛应用在肿瘤或非肿瘤性疾病的诊断、预后及治疗中。     

MALBAC-NGS和array CGH检测染色体异常囊胚的结果比较

目的比较基因组杂交微阵列芯片(array CGH)与多次退火环状循环扩增-二代测序(MALBAC-NGS)两种方法进行胚胎植入前染色体筛查的结果差异。方法收集西北妇女儿童医院生殖中心行胚胎植入前遗传学筛查/诊断(PGS/PGD),并经array CGH(BlueGnome 24SureV3软件)检测异常的囊胚(共32枚),复苏培养后再次活检,通过MALBAC-NGS的方法进行胚胎染色体非整倍体筛查,比较两种不同检测方法的结果差异。结果 32枚囊胚中,内细胞团与外胚层分别活检的有16枚,通过MALBAC-NGS的方法检测,内细胞团与外胚层检测结果完全一致的为14枚,一致率87.5%(14/16);2枚囊胚内细胞团与外胚层部分不一致,不一致率12.5%(2/16)。32枚囊胚中,两种方法检测结果完全一致的有7枚,一致率21.87%(7/32);array CGH法检测为染色体异常的囊胚中,其中有15枚囊胚MALBAC-NGS法检测为正常(46XN),array CGH的假阳性率46.88%(15/32)。array CGH法检测染色体嵌合的胚胎数为0,MALBAC-NGS检测出染色体嵌合的胚胎数为3枚,嵌合率9.37%(3/32)。结论与array CGH法相比,MALBAC-NGS法检测能够降低假阳性率,嵌合检出率高。MALBAC-NGS法检测囊胚内细胞团与外胚层的整倍体一致性较高。     

组织微阵列技术的研究进展

组织微阵列（TMA）又称组织芯片,是新近研究的高通量检测组织中分子标记物的一种方法。笔者主要综述TMA的基本原理和制作方法,组织贴片、组织芯片和冷冻组织制备TMA的技术以及它们的研究进展和应用前景。     

胃癌及癌旁正常组织中微小RNA表达谱的检测

目的 应用微小RNA(miRNA)芯片技术筛选胃癌及癌旁正常组织中差异表达的miRNAs,从中发现与胃癌发生发展相关的miRNAs.方法 收集14例新鲜胃癌组织及癌旁正常黏膜组织,从标本中分离出小RNA,并用Cy3、Cy5双色荧光标记,将标记的小RNA在miRNAs芯片上进行杂交反应.结果 软件MeV4.0对芯片数据进行聚类分析,筛选获得92个在胃癌及癌旁正常组织中差异表达的miRNAs(P＜0.05).相对于癌旁组织,在胃癌组织中有8个miRNAs表达显著上调,11个miRNAs表达显著下调(P＜0.01).结论 胃癌组织和癌旁正常组织中存在差异表达的miRNA分子,它可能与胃癌的发生发展有关.

Abstract：

Objective To screen and identify the microRNA (miRNA) differential expression profiles in gastric cancer and paired adjacent normal tissue by the miRNA microarray technique. Methods Forteen gastric cancer fresh tissue samples and paired adjacent normal mucosa tissue samples were collected. Small RNA was isolated from the samples, labeled with Cy3, Cy5 two-color fluorescence and hybridized on miRNA microarray. Results By analysis of Software MeV4. 0 based on microarrays screening, 92 gastric cancer related miRNAs (P ＜ 0. 05 ) were obtained. In the gastric carcinoma, compared with paired adjacent normal tissue, 8 miRNAs were significantly up-regulated and 11 miRNAs were significantly downregulated (P ＜ 0. 01 ). Conclusion MiRNAs are differentially expressed between gastric carcinoma and adjacent normal tissue, which may be related to the pathogenesis and progression of gastric cancer.     

利用微阵列芯片技术筛选主动脉夹层致病相关基因

目的 应用微阵列芯片技术观察主动脉夹层(Stanford B型)基因表达谱的变化,筛选差异表达基因,寻找致病相关基因.方法 选取急性期的主动脉夹层(AD)标本6例,以6例正常胸主动脉作对照.抽提标本总RNA,纯化mRNA后逆转录,制备杂交探针,采用Phalanx人类全基因组芯片进行检测,应用DAVID、Pathway studio 5.0、SAM 3.01等软件对微阵列芯片的结果进行统计学、聚类和差异表达分析.选取两组间差异表达的7个基因,采用Real time PCR验证微阵列芯片结果.结果 共得到6375个基因的有效数据,其中670个差异表达基因,AD组218个基因发生上调,452个基因发生下调;其中14个基因参与细胞间黏附;12个基因参与细胞外基质的生成;4个基因参与细胞与细胞外基质间黏附;14个基因参与细胞外骨架的组成;10个基因参与免疫与炎症反应;10个基因参与胶原合成;12个基因参与细胞凋亡.Real time PCR验证结果和微阵列芯片所得数据一致.结论 AD的发生伴随着多个基因的差异表达,微阵列芯片筛选差异表达基因,有助于找到与AD致病相关的基因;上述基因的差异表达可能是AD的重要发病机制.     

组织芯片在肾癌研究中的应用进展

组织芯片又称组织微阵列,该技术实现了基因、蛋白质水平的研究与组织形态学相结合.组织芯片技术作为一项高通量、平行性、准确性、节省性的工具,其应用加速了肾癌的从基础到临床的研究.     

制作特殊皮肤标本石蜡组织芯片的方法

目的 寻找一种简易、芯点损失率低的方法制作包含特殊组织(如软骨、厚角质层)皮肤标本的组织芯片.方法 采用自制打孔器取34个直径为3mm的大鼠足垫组织块,制成6×6组织芯片;采用手工切割法取27个长条形大鼠耳、背皮肤组织块,制成一块9×3组织芯片;分别进行切片、常规HE染色、拍照,对比其芯点损失率.结果 传统打孔器法所得组织芯片损失率为11.8%;手工切割法背部皮肤无芯点损失,鼠耳芯点损失率18.5%.结论 手工切割法操作简单,得到的芯片质量完整性好,对于软骨等特殊组织及阳性面积较大的组织而言,比传统打孔器法更显优势.     

胃泌素高表达型大肠癌差异表达基因研究

目的 运用基因芯片技术分析胃泌素(GAS)高表达与无GAS表达大肠癌组织的差异表达基因,以筛选GAS依赖型大肠癌相关及候选基因.方法 运用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测43例大肠癌手术标本癌组织中GAS的含量,选择GAS高表达(实验组)与无GAS表达(对照组)的癌组织进行基因芯片分析,通过实时定量聚合酶链反应(Real-time PCR)技术验证芯片分析出的在信号传导通路中起关键作用的10个差异基因.结果 两类癌组织发生显著表达变化的基因有1182个,与对照组比较,在实验组中上调表达的基因有738个,下调表达的基因有444个,其中包括与细胞生长及增殖调控相关的基因、与癌细胞转移相关的基因以及与细胞骨架结构相关的基因,且主要集中于Wnt等多条信号传导通路中.选择10个在通路中起关键作用的基因进行Real-time PCR验证,验证的数据与芯片中的数据一致.结论 cDNA微阵列法可以用于筛选与GAS有关的大肠癌的相关基因,获得的差异表达基因具有强烈的代表性.     

免疫抑制剂代谢相关基因多态性检测芯片的研制及其在肝移植患者中的应用

建立一种快速、准确的检测免疫抑制剂常见代谢相关基因多态性的微阵列芯片技术,明确肝移植供、受体细胞色素P450家族细胞色素3A5(cytochrome P450 3A5,CYP3A5)及多药耐药1(multidrug resistance 1,MDR1)基因多态性对术后患者他克莫司(FK506)浓度/剂量比(C/D)的影响.方法 选取CYP3A5和MDR1基因外显子的8个常见变异基因位点 (CYP3A5 Exon1、Exon2、Exon3、Exon13 和MDR1 Exon1、Exon12、Exon21、Exon26)设计特异性野生型、突变型引物检测探针,通过AD3200微阵列芯片点样仪点样于醛基基片上,室温保湿过夜固定.采用该基因芯片对109份肝移植供、受者全血标本进行检测,每份样本重复检测 3 次,GenePix 4100共聚焦扫描仪阅读芯片,GenePix Pro 410 芯片图像分析软件分析结果,根据同一检测位点野生型探针和突变型探针在阴阳性状态的信号值比值来确定探针的切值(cut-off值).引物探针和样本微阵列芯片检测结果与脱氧核糖核酸(DNA)测序作比对进行验证.进一步分析临床资料完整的32例肝移植患者,比较供、受体CYP3A5和MDR1基因多态性对患者FK506 C/D值的影响.结果 芯片样点分布均匀、清晰、规整度好、无漏点和连点,突变型探针和野生型探针的荧光信号强度区分明显;按照突变型探针和野生型探针的荧光强度比值设定cut-off值,结果易于判断,芯片检测结果与测序结果符合率高达99%.供体 CYP3A5基因Exon3第6986位点 A/G单核苷酸多态性 (CYP3A5*3) 与FK506 C/D值有关,术后2、4、12周供体CYP3A5*1/*1和*1/*3型患者的FK506 C/D值明显低于*3/*3型患者(均为P< 0.05),而供、受体CYP3A5其它基因型及供受体MDR1各基因型组间FK506 C/D值相比差异无统计学意义(均为P>0.05).结论 供体CYP3A5基因第6986位点携带*1等位基因的患者需更高剂量FK506才能达到目标血药浓度.CYP3A5和MDR1基因多态性的微阵列芯片技术的检测效果理想,可重复性强,为肝移植术后免疫抑制剂的个体化用药提供可靠的参考指标.     

应用微阵列观察弥漫性星形细胞瘤基因表达谱

目的　探讨弥漫性星形细胞瘤 (WHOⅡ级 )的肿瘤相关基因表达情况。方法　术中收集新鲜弥漫性星形细胞瘤组织 9例及 1例正常脑组织 ,提取总RNA ,逆转录成3 2 P标记的cDNA探针 ,与Atlas人肿瘤微阵列杂交 ,通过放射自显影获得微阵列杂交图 ,应用AtlasImageTM1.0 1a综合分析其相互之间差异。结果　与正常脑组织相比 ,弥漫性星形细胞瘤的差异表达基因数平均为63 .0± 49.9,其中至少在一半以上标本中具有相同表达趋势的基因为 3 3个 ,这些基因的功能多样 ,甚至完全相反。结论　弥漫性星形细胞瘤是一种多基因病变 ,应用微阵列有助于发现该肿瘤的基因变化规律以及研究肿瘤内基因与基因的相互作用关系。     

肝细胞癌Wnt信号通路相关基因的表达及其意义

目的 观察肝细胞癌(HCC)中Wnt信号通路相关基因的表达状态,探讨HCC与该信号通路的关系.方法 应用基因芯片对5例HBV感染相关HCC癌和癌旁组织进行检测,并采用实时定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术对芯片筛选结果进行验证.结果 芯片(含126个Wnt信号途径相关基因)杂交结果显示,对比癌旁组织,癌组织内3组以上同时出现上调的基因数为7个(5.56%),其中Fzd2基因在4组出现明显上调(19.21倍);癌组织内3组同时出现下调的基因数为9个(7.14%),其中PYGO2基因(14.76倍)和SHFM3基因(16.97倍)在4组出现明显下调.HCC和癌旁组织差异表达基因主要涉及Wnt信号途径中相关Frizzled信号传导、细胞周期、转录和蛋白降解等方面.实时定量RT-PCR的结果显示,对比癌旁癌组织Fzd2和DVL3分别上调为22.11倍和17.12倍,PYGO2下调14.69倍,一致于芯片杂交实验的结果,说明结果的可靠性.结论 HBV感染相关性HCC的发生发展涉及Wnt信号通路,该通路中一些关键基因的异常表达为此提供了证据.     

寡核苷酸DNA微阵列用于人类白细胞抗原-DR53组基因分型的研究

目的 建立用于人类白细胞抗原(HLA)-DR53组基因分型的寡核苷酸DNA微阵列。方法 根据中国汉族人群HLA-DRB等位基因的频率设计特异性的分型探针,制作寡核苷酸DNA微阵列。通过组间特异引物扩增基因组DR153相应区段的DNA,扩增中用Cy5-dCTP荧光标记,扩增标记后的产物与芯片的探针杂交,通过杂交产生的荧光信号及分布格局确定样品的基因亚型。分型结果用标准DNA和序列特异寡核苷酸探针杂交验证。结果 经寡核苷酸DNA微阵列分型,111份样本中共检出DR53组位点72个,其中DR9 34个,DR4 25个,DR7 13个,无一例假阳性或假阴性,重复率和准确率均达到100％。检测总耗时约5h。结论 寡核苷酸DNA微阵列用于HLA-DR53组基因分型具有高分辨率、高特异性和简单快速的特点,适合于临床应用。     

假体周围组织冰冻切片对诊断髋关节假体无菌性松动的特异性分析

[目的]评价冰冻切片对诊断髋关节假体无菌性松动的作用.[方法]回顾分析了57例(63髋)因髋关节无菌性松动行髋关节翻修的病例,将冰冻切片和石蜡切片结果进行病理学分级,将至少5个高倍镜视野、每个高倍镜视野的中性粒细胞数≥5个视为切片结果阳性；以之前文献报道的无菌性松动的诊断标准为参照标准,计算冰冻切片的特异性、符合率.[结果]冰冻切片的特异性为96.8％,冰冻切片和石蜡切片诊断假体无菌性松动时符合率为96.8％.[结论]在全髋关节翻修术中利用组织冰冻切片进行诊断性检查来确定是否存在感染时要注意冰冻切片和石蜡切片的偏差.     

应用整体组织病理学检测评估弥散加权成像在前列腺癌定位诊断中的价值

目的 以前列腺癌根治术后整体组织病理切片（前列腺大切片）检测评估MRI弥散加权成像(DWI)在前列腺癌定位诊断中的价值。 方法 回顾性分析2009年10月至2010年6月腹腔镜下前列腺癌根治术19例患者的临床资料,术前行MRI、DWI检查。术后前列腺标本制成前列腺大切片。应用“六分区法”进行分区,由2位阅片者“盲法”阅读MRI和MRI/DWI片,对每个分区分5档诊断：①正常;②可能正常;③不确定;④可能是癌;⑤肯定是癌。2位阅片者所得结果的平均值≥4认定该区域为前列腺癌区域,与术后前列腺大切片比对。 结果 19例前列腺癌患者共114个分区,前列腺大切片证实前列腺癌区域48个(42％),其中基底部、中部、尖部分别为15个(39％)、21个(55％)和12个(32％),前列腺癌呈明显的多灶性分布。MRI前列腺癌定位诊断的敏感性、特异性分别为62.5％和69.7％,加用DWI后敏感性、特异性提高至79.2％和80.3％。前列腺尖部和中部肿瘤MRI诊断的敏感性为46.7％和66.7％,加用DWI后敏感性分别提高至73.3％和85.8％。 结论 加用DWI可以明显提高MRI对前列腺癌定位诊断的敏感性,特别是对于前列腺尖部和中部的肿瘤。     

大鼠周龄及切片厚度对脊髓片培养神经细胞活性的影响

目的探讨离体培养脊髓片的理想厚度和大鼠的最佳周龄。方法通过不同周龄的大鼠(1周、2周、3周、4周龄各10只,共40只),以及不同厚度(切片厚度分为:100μm、200μm、300μm以及400μm 4种)的脊髓组织切片培养,采用MTT技术进行脊髓片培养细胞的活性鉴定,观察脊髓片培养不同时间点其神经细胞的活性。结果1~7 d鼠龄的脊髓组织片培养1~14 d时细胞活性最高,但其神经细胞结构形态容易受到破坏,不利于观察,且在培养超过14 d时神经细胞活性明显下降;2~3周鼠龄的脊髓组织片培养细胞,在培养14 d后仍有较高的神经细胞的活性并保持较好的细胞形态结构;1~4各周龄组大鼠200μm和300μm左右厚度的脊髓片培养神经细胞活性最稳定(85%~95%)。结论进行离体脊髓片培养,选择7~14 d(即1~2周龄)大鼠作为取材对象较为理想,选择200μm~300μm切片厚度的脊髓片进行培养较为合适。     

1例46,XX,SRY阴性男性综合征患者的遗传学分析

目的:利用常规G显带技术和单核苷酸多态性微阵列分析(SNP array)联合的方法分析1例不育患者染色体异常,帮助患者查明病因,明确基因型和表现型的相关性。方法:首先采用常规G显带技术分析患者核型,再应用SNP array分析患者染色体的微小异常。结果:通过AZF区域STR位点检测和SRY基因检测发现患者都为阴性;常规G显带技术分析发现表现型为男性患者染色体核型为46,XX;SNP array结果显示患者19p12存在1.05 Mb的重复,Xq27.1存在0.93 Mb的重复。结论:通过多技术联合的方法证明患者为46,XX男性综合征,FGF13的拷贝数增加很可能是导致患者性别决定和睾丸发育异常的重要原因。     

组织芯片在消化道肿瘤病理研究中的应用进展

随着人类分子遗传学的快速发展及基因芯片( genechip)的广泛应用,许多基于基因遗传性改变的疾病机制和越来越多的与肿瘤发生发展相关的侯选标志基因正不断被发现。这些基因组学的早期发现,在转化为临床诊断和治疗的实际应用之前需要在大量的临床样本中进行DNA、RNA及蛋白水平的检测和验证,以筛选与某种肿瘤或非肿瘤性疾病诊断、预后及治疗相关的基因[1 ,2 ] 。而目前传统的组织切片处理方法由于在一个蜡块内只能包埋一个组织标本,只能切出含有一份组织样本的切片,不利于快速高效的进行大样本的指标筛选工作。新近发展起来的组织芯片(tiss…     

硬组织切片技术在组织工程骨研究中的应用

目的改进硬组织切片技术以适应骨组织工程研究.方法组织工程骨修复兔桡骨的术后标本和四环素标记大鼠股骨标本的观察.通过对硬组织切片中组织包埋、切片的方法、步骤及染色法,确定操作过程中的关键技术和需注意的问题,重点解决硬组织切片易于脱片的缺点.结果经改进后的硬组织切片技术能保持其原有组织结构,可进行HE、Masson法以及免疫组织化学染色,染色后组织结构完整,细胞形态清晰,切片质量好.荧光显微镜观察骨组织结构完整.克服了普通硬组织切片技术容易发生脱片的缺点.结论改进的硬组织切片技术适合骨组织工程研究.