高胆固醇血症小鼠相关基因消减文库的建立

目的 构建高胆固醇血症小鼠cDNA消减文库.方法 以高胆固醇血症小鼠肝组织的eDNA为Teste,以正常小鼠肝组织的cDNA为Driver,应用抑制消减杂交技术(Suppression subtractive hybridization).构建正向消减文库,反之构建反向消减文库.结果 成功构建高胆固醇血症cDNA正.反向消减文库,利用葛落PCR技术鉴定文库的阳性克隆.结论 用SSH技术成功构建了高胆固醇血症小鼠差异表达基因消减cDNA文库,该消减cDNA文库的建立为进一步筛选.克隆高胆固醇血症小鼠差异表达的基因奠定了基础.     

川北地区胃癌特异性表达基因的克隆

目的：构建胃低分化腺癌组织cDNA消减文库,筛选胃癌特异表达基因。方法：取胃低分化腺癌组织和癌旁正常黏膜组织,提取总RNA,逆转录cDNA,进行SSH构建消减文库获得序列标签,与载体连接、克隆、筛选、测序及同源性检索。结果：以癌旁正常黏膜组织为driver、胃低分化腺癌组织为tester成功构建cDNA消减文库,测序结果与公共数据库中已知基因和人类EST比较,获得5个特异性序列标签（NBPF1、FAM48A、RXFP2、ACTB和QDPR）。结论：应用SSH法成功构建胃低分化腺癌组织cDNA消减文库,初步筛选胃癌部分表达基因,为寻找川北地区胃癌发生发展的特异性基因奠定基础。     

应用显微切割-cDNA PCR-SSH法克隆胃癌前病变相关基因

目的 构建胃异型增生组织cDNA消减文库,初步筛选差异表达基因。方法 手工显微切割取胃异型增生和正常组织,应用cDNAPCR方法对少量组织全转录组扩增后进行双向抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH),消减后片段与载体连接、克隆、筛选、测序及同源性检索,并用斑点杂交方法验证检测结果。结果 正常和异型增生组织互为tester和driver成功构建了2个cDNA消减文库,分别代表在异型增生组织中表达上调和下调基因,测序的26个克隆中15个为已知基因,3个为已知EST,8个为新的EST,GenBank登录号为BQ164614-BQ164616,BQ291516-BQ291520,其中15个片段经证实在胃异型增生阶段有显著表达差异。结论 利用本室创建的显微切割-cDNA PCR-SSH法成功构建胃异型增生组织cDNA消减文库,初步筛选部分基因,为寻找胃癌发生相关基因提供重要线索。     

乳腺癌相关差异表达基因的筛选及分析

目的构建乳腺癌组织与癌旁正常乳腺组织差异表达的cDNA消减文库,筛选乳腺癌相关基因并进行分析。方法应用抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术对15对乳腺癌组织及正常癌旁乳腺组织进行差异基因的消减,构建cDNA消减文库,并转化大肠杆菌进行文库扩增,采用数字表法随机挑选克隆经PCR鉴定后,对200个阳性克隆插入片段的序列进行测定及同源性分析。结果建立了乳腺癌差异表达片段cDNA消减文库;通过测序和同源性分析,得到173个差异表达基因,其中26个与肿瘤发生发展相关;26个基因中有15个已被文献明确报道在乳腺癌组织或细胞中有差异表达。结论应用SSH技术成功建立了乳腺癌差异表达基因cDNA消减文库,为乳腺癌的发病机制研究及寻找潜在的治疗靶点提供了有力的支持。     

化脓性链球菌高毒力株特异基因文库的构建和分析

目的构建化脓性链球菌高毒力株特异基因文库,克隆和筛选化脓性链球菌高毒力株特异表达基因。方法采用抑制消减杂交技术(SSH),以从患者体内所分离链球菌为毒力菌株,分离特异表达基因,将其与T载体进行T/A连接构建文库,将连接产物转化感受态大肠杆菌TOP10进行文库扩增后,转化菌液涂布于LB固体平板,构建化脓性链球菌毒力株特异基因消减文库,用斑点杂交初步筛选消减文库后,将获得的阳性克隆进行测序和同源性分析。结果酶切产物为100～2 000bp,连接效率大于50%,消减组与非消减组差异明显,成功构建了化脓性链球菌毒力株特异基因消减文库,所得阳性克隆经斑点杂交筛选后测序,与Genebank数据库进行同源性比对,5个未知序列可能为新基因,7个与已知基因有高度的同源性。结论用SSH及T/A克隆技术成功构建了人源化脓性链球菌高毒力株基因文库,5个未知的新序列有待于进一步的研究。     

应用抑制消减杂交（SSH）克隆肺腺癌多药耐药细胞特异表达基因

目的 克隆和筛选肺腺癌多药耐药细胞特异性表达基因。方法 将肺腺癌多药耐药细胞（SPC-A-1/CDDP）作为实验组。肺腺癌细胞（SPC-A-1）作为对照组,应用抑制消减杂交技术,构建实验组特异表达cDNA消减文件;用斑点杂交初步筛选cDNA消减文库后,将获得的阳性克隆进行测序序和同源性分析（Genebank）。结果 建立了一个肺腺癌多药耐药细胞（SPC-A-1/CDPP）特异表达cDNA消减文库,斑点杂交初步筛选显示23个克隆中有SPC-A-1/CDPP特异表达cDNA片断,测序和同源性分析表明2个cDNA片断为新序列,其余cDNA片断与已知基因有96%～100%的同源性。结论 2个新的cDNA序列可能为未知肺腺癌多药耐药相关基因序列;抑制消减杂交是克隆特异表达基因的有效方法。     

抑制性消减杂交法构建甲状腺癌差异表达基因文库

目的：筛选并克隆在甲状腺癌组织与正常甲状腺组织之间差异表达的基因。方法：(1)应用抑制性消减杂交(SSH)进行基因差示表达分析,构建人甲状腺癌组织与正常甲状腺组织之间差异表达的cDNA消减文库;(2)克隆、鉴定甲状腺癌组织特异性高／低表达的基因;(3)登录Genbank,运用Blastn程序进行同源性分析。结果：成功构建了高消减效率的人甲状腺癌cDNA消减文库,对其中数个克隆的插入cDNA片段进行测序,经检索Genbank表明,正向SSH产物中有3个片段与来源于结肠上皮腺癌和Lung Epidermoid carcinoma的EST有100％同源性,提示它们来自恶性肿瘤相关基因。反向SSH产物中有5个片段为未知新序列,提示它们可能来自于在甲状腺癌中特异性低表达的新基因。结论：通过抑制性消减杂交技术,构建了人甲状腺癌cDNA消减文库,为下一步筛选鉴定甲状腺癌特异性基因及其全长克隆、功能研究等工作打下了基础。     

SSH方法对食管癌相关差异基因cDNA文库的建立及初步分析

目的建立河北省磁县具有家族史的食管癌组织与食管正常黏膜组织差异表达的cDNA消减文库,并初步筛选过度表达的食管癌差异基因。方法应用抑制性消减杂交技术(suppression subtractive hybridization,SSH)方法对10对食管癌组织及正常食管黏膜组织进行差异基因的消减、克隆、测序、鉴定。结果建立了食管癌差异表达片段cDNA消减文库;并进一步对初步筛选出的20个食管癌差异表达的基因进行测序和同源性分析,得出与肿瘤密切相关的基因10个,分别为锌指蛋白14、锌指蛋白66、肿瘤相关钙信号转运蛋白1,FMNL2基因、真核细胞转录延长因子1A1、肌小管相关蛋白6、Toll样受体10、次级淋巴趋化因子、细胞色素P450酶4F8、桥粒糖蛋白3。结论应用SSH技术成功建立食管癌差异表达基因cDNA消减文库,并获得10个在食管癌组织中过度表达的基因。     

采用消减杂交初步筛选先兆子痫病理相关基因

目的 应用抑制性消减杂交、PCR技术，克隆出与先兆子痫有关的高表达基因和(或)新基因。方法 分别从正常妊娠分娩胎盘和先兆子痫患者分娩胎盘中提取mRNA，采用抑制性消减杂交、PCR技术，构建先兆子痫胎盘cDNA文库，采用反向杂交验证，测序分析；以初步筛选的差异表达基因为探针，与先兆子痫和正常胎盘总体mRNA斑点杂交。结果 构建成功具有高消减效率的与先兆子痫相关cDNA消减文库，文库扩增后得到60个阳性克隆，经杂交验证，有34个阳性克隆有插入片断，随机挑取一阳性克隆菌落，测序分析发现该差异表达基因为核蛋白多糖基因，以该差异表达基因为探针，与先兆子痫和正常胎盘总体mRNA斑点杂交，观察其在总体胎盘中的表达。结论 人类先兆子痫胎盘基因表达同正常胎盘相比，核蛋白多糖呈差异表达基因，该基因差异表达可能与先兆子痫的发病有关．     

SSH法获取大鼠小脑特异表达cDNA片段

目的获取大鼠小脑特异表达的cDNA序列,比较SSH方法的特点。方法以大鼠大脑和脑干mRNA逆转录cDNA作为driver(驱动)cDNA,大鼠小脑mRNA逆转录cDNA作为Tester(测试)cDNA,经抑制性消减杂交法,去除与大脑及脑干相同的cDNA,从而获得大鼠小脑特异表达基因.然后克隆制备成大鼠小脑特异表达cDNA文库.结果经消减杂交、克隆,挑选出32个阳性质粒.最后用反Northern杂交去除假阳性,筛选出8个有意义的差异表达cDNA基因片段.同时,将测序结果进行同源性比较,发现其中6个cDNA是新EST序列.结论用SSH方法筛选差异表达序列非常有效,特异表达序列分析有助于从分子水平探讨小脑功能.     

人小细胞肺癌多药耐药细胞差异表达基因的克隆研究

目的 构建小细胞肺癌多药耐药细胞(H446/CDDP)差异表达消减cDNA文库.方法 ①以H446/CDDPcDNA为实验方(Tester),小细胞肺癌细胞H446 cDNA为对照方(Driver),应用抑制消减杂交(SSH)技术结合T/A克隆技术构建小细胞肺癌多药耐药细胞差异表达消减cDNA文库.②通过斑点杂交筛选、测序及同源性分析获取H446/CDDP细胞差异表达cDNA片段.结果 成功构建了小细胞肺癌多药耐药细胞H446/CDDP差异表达消减cDNA文库,获得21个H446/CDDP细胞差异表达cDNA片段,经测序及同源性分析表明它们分别代表6个已知基因(同源性为96%～100%).结论 SSH技术是筛选新的功能基因的有效方法;获取的6个差异表达基因可能参与了小细胞肺癌多药耐药细胞H446/CDDP的耐药形成,进一步的功能研究有利于了解它们在小细胞肺癌多药耐药机制中所发挥的作用.     

应用抑制消减杂交技术构建肝癌差异表达基因消减cDNA文库

目的 构建肝癌及癌旁肝细胞差异表达基因的消减cDNA文库。方法 采用新近建立的抑制消减杂交方法,以肝癌组织及癌旁肝组织作为对比材料,分离肝癌组织中差异表达基因的cDNA片段,将其与T载体进行T／A连接构建文库,将连接产物用电穿孔法转化大肠杆菌进行文库扩半后,随机挑取100个白色克隆及菌落PCR进行鉴定。结果 扩增消减cDNA文库获得3000余个白色阳性克隆,随机挑取100个白色克隆用PCR进行扩增,95％的克隆中均有100－600bp的插入片段,这些片段可能是肝癌差异表达基因的cDNA片段。结论 用SSH法及T／A克隆技术成功构建了肝癌与癌旁肝组织差异表达基因消减cDNA文库,该消减cDNA文库的建立为进一步筛选,克隆肝癌差异表达的新基因奠定了基础。     

用抑制消减杂交技术研究惊恐致肾虚小鼠差异表达基因

目的用抑制消减杂交技术研究惊恐致肾虚及中药金匮肾气丸治疗后小鼠的差异表达基因.方法实验分模型组、治疗组和对照组,通过"猫吓鼠"法与"水面悬吊应激"法相结合建立小鼠肾虚证动物模型,对治疗组小鼠进行中药金匮肾气丸的治疗.应用SMART(Switch Mechanism At 5 end of RNA Template)技术逆转录并扩增以获取造模及治疗前后小鼠血液的全长总cDNA;运用正向和反向抑制消减杂交技术获得正反2个方向、3种状态下(肾虚、治疗后以及正常生理状态)的6组差异表达cDNA片段,进而获得了6个cDNA文库.结果获得6个cDNA文库,为大规模鉴定、筛选靶基因奠定了基础.结论惊恐所致肾虚与一些基因的差异表达相关,而中药金匮肾气丸能影响这种改变,使其差异表达基因谱趋近于正常生理状态.     

应用抑制消减杂交技术构建耐多药结核杆菌差异表达基因消减cDNA文库

目的：构建结核杆菌耐多药株与敏感株的差异表达消减cDNA文库,进一步探索结核杆菌耐多药的分子机制。方法：以耐多药菌株cDNA为实验组（Tester）,敏感株cDNA为驱动组（Driver）应用抑制消减杂交（Suppression subtractive hybridiza－tion,SSH）技术结合T/A克隆技术构建结核杆菌耐多药株与敏感株的差异表达消减cDNA文库。结果：成功构建了耐多药结核菌株差异表达消减cDNA文库,获得113个差异表达cDNA片段。结论：研究表明SSH技术是筛选新功能基因的有效方法;多种已知或未知基因均参与了结核杆菌耐多药的调节,大规模筛选与克隆这些基因为进一步研究结核杆菌耐多药机制的产生奠定了必要的理论基础。     

甲状腺癌特异性低表达基因的筛选与克隆

目的 筛选并克隆在甲状腺癌组织中特异性低表达的基因。方法 (1)应用抑制性消减杂交(SSH)进行基因差异表达分析，构建人甲状腺癌组织与正常甲状腺组织之间差异表达的cDNA消减文库。(2)克隆、鉴定甲状腺癌组织特异性低表达的基因。(3)登录Genbank，运用Blastn程序进行同源性分析。(4)应用cDNA末端快速扩增法(RACE)获取目的基因TCRS30的cDNA全长。(5)Northem blot验证TCRS30号基因的差异表达。结果 构建了高消减效率的人甲状腺癌cDNA消减文库，通过筛选阳性克隆，获得一个在甲状腺癌组织中低表达的基因片段，经检索Genbank表明，在已知的人类EST数据库中找不到高度同源的序列，提示它可能来自于在甲状腺癌中特异性低表达的新基因。以RACE法获知TCRS30的cDNA全长约为4．5kb，通过Northem blot初步验证了TCRS30号基因在甲状腺癌和正常甲状腺组织中存在差异表达。结论 通过SSH和RACE技术，获得了一个在甲状腺癌和正常甲状腺组织中差异表达的未知基因片段TCRS30，它可能代表着一条对甲状腺癌有抑制作用的新基因。     

1个新的胰腺癌相关基因的筛选和初步鉴定

目的 筛选和鉴定胰腺癌相关基因.方法 提取胰腺癌和癌旁正常胰腺组织中的RNA和mRNA,应用抑制消减杂交技术(SSH)构建消减cDNA文库.采用随机数字表法挑选有插入片段的阳性克隆进行测序及同源性分析.应用RT-PCR和Northern blot检测新基因在12例胰腺癌和癌旁正常胰腺组织以及4种胰腺癌细胞株(PaTu8988、SW1990、BxPC-3、AsPC-1)中的表达情况.结果 随机挑取50个直径＞1 mm的白色克隆进行PCR扩增分析,其中47个克隆有插入片段,克隆阳性率为94%.对47个有插入片段的阳性克隆进行测序, 得到42个可用序列.同源性分析发现41个为已知基因,1个为无任何功能线索的未知基因,可能代表了新基因.RT-PCR显示新基因在12例胰腺癌组织和4种胰腺癌细胞株中均表达,而在正常胰腺组织中未见表达.Northern blot分析得到相同的结果.结论 应用SSH技术成功构建了人胰腺癌抑制消减cDNA文库,并筛选出1条新的胰腺癌相关基因.新基因与胰腺癌的发生、发展密切相关,可作为胰腺癌诊断和基因治疗的分子靶标.     

钙磷脂结合蛋白Ⅱ在人肝细胞癌中的表达

目的：应用抑制差减杂交技术（supression subtractive hybridization,SSH）结合cDNA芯片筛选人肝细胞癌中差异表达基因.进一步探讨所筛选出的钙磷脂结合蛋白（annexinⅡ）在肝细胞中的表达及作用.方法：以肝癌组织和非肿瘤肝组织进行SSH,构建正、反向差减杂交文库,差减片断的PCR产物制备cDNA芯片,筛选出肝癌组织中差异表达基因.进一步应用荧光实时定量技术验证芯片结果,免疫组化方法分析annexinⅡ在肝细胞癌和正常肝组织中的表达.结果：成功构建了肝细胞癌差减杂交文库.芯片结果显示annexinⅡ在肝细胞癌中高表达并经荧光实时定量技术证实.免疫组化结果表明annexinⅡ在肝细胞癌和癌旁肝硬化组织中高表达,在正常肝组织中不表达（P＜0.05）.在低分化肝细胞癌中annexinⅡ的表达有增高趋势.结论：SSH方法构建的肝细胞癌差减杂交文库富含肝细胞癌差异表达基因.肝细胞癌中高表达基因annexin Ⅱ可能与肝细胞的恶性转化,肝癌细胞的转移和侵袭能力有关.     

应用抑制性消减杂交筛选大鼠不同程度肝纤维化的上调基因

目的 应用抑制消减杂交技术,筛选大鼠正常肝脏组织、轻度肝纤维化和重度肝纤维化组织中差异表达的上调基因.方法 利用抑制消减杂交技术,构建大鼠轻度肝纤维化和重度肝纤维化2个差异cDNA文库,并挑选36条上调显著的基因进行测序鉴定.结果 获得1 152个克隆,其中有1 036个含有插入片段.挑选32个克隆测序,与GenBank数据库进行初步比较,其中28条与已知基因的部分序列高度同源.结论 用抑制消减杂交技术成功构建了轻度肝纤维化和重度肝纤维化差异表达基因的cDNA削减文库,为进一步研究肝纤维化发生、发展和逆转的机制奠定了理论基础.     

肾癌差异表达基因克隆的研究

目的 克隆并鉴定肾癌与正常肾之间差异表达的基因。方法 应用抑制性消减杂交技术构建人肾癌组织与正常肾组织差异表达的cDNA消减文库,并从中克隆鉴定出肾癌差异表达的基因。结果 构建成功了高消减效率的人肾癌cDNA消减文库,对其中5个克隆插入的cDNA片段进行测序后经Genbank检索表明,5个片段均为未知新序列,其中GYIZ-RCC18为3个拷贝,提示以上5个cDNA征段可能来自3个新基因。Northern杂交分析显示,GYIZ-RCC18在肾癌组织中有明显表达,而在正常肾组织中无表达,这证明GYIZ-RCC18是肾癌相关的新基因。结论 人肾癌cDNA消减文库的建立为进一步筛选,克隆肾癌特异性表达的新基因奠定了基础。     

应用抑制消减杂交技术构建哮喘病人嗜酸细胞差异表达基因消减cDNA文库

目的构建哮喘病人治疗前后嗜酸细胞差异表达基因的消减cDNA文库。方法采用新近建立的抑制消减杂交方法,哮喘治疗前后的嗜酸细胞为试验和对比材料,分离哮喘病人嗜酸细胞中差异表达基因的cDNA片段,将其与T载体进行T／A连接构建文库,将连接产物用氯化钙转化法转化大肠杆菌进行文库扩增和蓝白斑筛选,随机挑取100个白色克隆用菌落PCR进行鉴定。结果扩增消减cDNA文库获得3000余个白色阳性克隆,随机挑取100个白色克隆用PCR进行扩增,90％的克隆中均有200～600bp的插入片段,这些片段可能是哮喘嗜酸细胞差异表达基因的cDNA片段。结论用SSH法及T／A克隆技术成功构建了哮喘病人治疗前后嗜酸细胞差异表达基因消减cDNA文库,该消减cDNA文库的建立为进一步筛选、克隆哮喘病人嗜酸细胞差异表达的新基因奠定了基础。