miR-34a-5p在胃癌细胞和胃癌组织中的表达及其靶基因信号通路富集分析

目的研究胃癌细胞和胃癌组织中miR-34a-5p的表达,分析其临床意义,并采用生物信息学方法进行miR-34a-5p靶基因预测和信号通路富集分析。方法采用实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测miR-34a-5p在不同分化程度的胃癌细胞和正常胃黏膜上皮细胞中的表达以及在胃癌组织和癌旁组织中的表达,比较并分析其临床意义;采用miRWalk网站的生物信息学软件预测miR-34a-5p的靶基因,采用DAVID6.7软件对靶基因进行信号通路富集聚类分析。结果与正常胃黏膜上皮细胞比较,miR-34a-5p在胃癌细胞HGC-27、SGC-7901中的相对表达量未明显上调,差异均无统计学意义(P0.05),在胃癌细胞MKN-45、MKN-28、MGC-803、BGC-823、AGS中的相对表达量均明显上调,差异有统计学意义(P0.05或P 0.01);与癌旁组织比较,miR-34a-5p在胃癌组织中有32例表达上调[2.79(1.91,5.78)],18例表达下调[0.37(0.14,0.45)],差异有统计学意义(Z=5.821,P=0.000),提示miR-34a-5p在胃癌组织中以高表达为主;在胃癌组织中,miR-34a-5p的高表达与胃癌分化程度、淋巴结转移具有相关性(P0.05);生物信息学分析结果提示,miR-34a-5p的靶基因富集在与肿瘤相关的28个信号通路中。结论 miR-34a-5p是胃癌的高表达分子标志物,是潜在的具有临床相关性的癌基因。     

miR-27a-3p靶向调控Yes相关蛋白1促进人牙髓干细胞成骨分化

目的 探讨miR-27a-3p靶向调控Yes相关蛋白1(YAP1)基因对人牙髓干细胞(hDPSCs)成骨分化的影响.方法 体外分离培养hDPSCs细胞,将miR-27a-3p模拟物(miR-27a-3p mimics,过表达组)、miR-27a-3p抑制剂(miR-27a-3p inhibitor,敲低组)、miR-NC(对照组)分别转染至hDP-SCs细胞中,检测miR-27a-3p表达水平的改变对YAP1表达的影响.采用TargetScan数据库检索miR-27a-3p的靶基因.应用双荧光素酶报告基因实验验证miR-27a-3p和YAP1的靶向关系.将miR-27a-3p mimics、miR-NC转染到hDPSCs特定时间后收集细胞,应用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)、Western blot等检测经典的成骨标志物骨形态发生蛋白-2(BMP-2)、成骨转录因子-2(RUNX2)、骨桥蛋白(OPN)、YAP1 mRNA和蛋白表达水平.应用MTT比色法验证miR-27a-3p和YAP1对细胞增殖活性的影响.结果 过表达组hDPSCs细胞中miR-27a-3p的表达水平较对照组显著上调(P＜0.05),YAP1 mRNA和蛋白的表达水平下调(P＜0.05).而敲低组miR-27a-3p的表达水平较对照组明显下降(P＜0.05),YAP1 mRNA和蛋白的表达水平增高(P＜0.05).生物信息学分析表明,miR-27a-3p作用于YAP1的3'UTR区,双荧光素酶报告基因实验验证了YAP1是miR-27a-3p的靶基因.qRT-PCR、Western blot检测显示,与对照组相比,miR-27a-3p过表达时hDPSCs中BMP-2、RUNX2、OPN mRNA和蛋白的表达水平上调(P＜0.05).MTT检测显示,miR-27a-3p过表达可明显上调hDPSCs增殖率(P＜0.05),而YAP1过表达则会降低hDPSCs的增殖率(P＜0.05).结论 miR-27a-3p可能通过靶向调控YAP1促进hDPSCs成骨分化.     

胃癌组织miR-125a-5p和miR-125a-3p表达及其与临床病理特征的关系

目的：探讨miR-125a-5p和miR-125a-3p在胃癌中的表达情况及其与临床病理特征的关系。方法：采用茎环Real-time RT-PCR检测30例胃癌组织及其正常胃黏膜组织中miR-125a-5p和miR-125a-3p的表达并分析其表达与不同临床病理特征分组关系。结果：miR-125a-5p和miR-125a-3p在胃癌组织较癌旁正常组织表达均明显升高（P=0.012和P=0.025）,其中miR-125a-5p表达量约为miR-125a-3p表达量的30倍,但二者表达比值在胃癌组织及正常胃黏膜组织中差异未见显著性;扩大样本量后结果显示miR-125a-3p的表达在有无淋巴结转移组间差异存在显著性（P=0.001）;而miR-125a-5p的表达在不同分化程度组间差异存在显著性（P=0.003）。结论：正常胃黏膜及胃癌组织中均可以检测到miR-125a-5p和miR-125a-p的表达;miR-125a-5p和miR-125a-3p在胃癌组织和癌旁正常黏膜组织中的表达差异存在显著性,miR-125a-3p的表达在胃癌的不同淋巴结转移组间差异存在显著性;miR-125a-5p的表达在胃癌不同分化组间差异存在显著性。     

miR-513a-3p在结肠癌中高表达并诱导细胞生长和迁移的机制研究

目的 观察miR-513a-3p在结肠癌组织与癌旁正常组织的表达差异,探讨miR-513a-3p诱导结肠癌(CRC)细胞生长和迁移的机制.方法 收集CRC患者30例作为研究对象,原位杂交和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分别检测CRC组织与癌旁组织miR-513a-3p的表达水平.取人CRC细胞株HT-29和SW480培养后,转染miR-513a-3p类似物作为促进表达组,设置阴性对照组,四甲基偶氮唑盐(MTT)比色法实验两组细胞活力,Transwell法检测细胞侵袭情况,细胞划痕实验检验细胞迁移能力,Western blot法检测NF-κB和Wnt/β-catenin通路相关蛋白表达水平.结果 原位杂交检测结果显示,CRC组织miR-513a-3p阳性表达高于癌旁组织.qRT-PCR检测结果显示,CRC组织和癌旁组织miR-513a-3p 相对表达量分别为(0.37±0.09)和(1.01±0.16),差异有统计学意义(P＜0.01).与阴性对照组比较,促进表达组细胞活力在3、4 d中均升高(P＜0.01),促进表达组的HT-29和SW480细胞侵袭细胞比例升高(P＜0.01),促进表达组HT-29和SW480的细胞迁移能力增强.Western blot结果显示,与阴性对照组比较,促进表达组的HT-29细胞和SW480细胞 p-p65、p-IκBα、Wnt3a、Wnt5a 和 β-catenin 蛋白相对表达量均升高(P＜0.01).结论 CRC组织miR-513a-3p表达异常升高,过表达的miR-513a-3p促进CRC细胞生长、迁移和侵袭作用,其作用机制可能与NF-κB通路和Wnt/β-catenin通路激活有关.     

miR-208a-3p靶向LZTFL1调控宫颈癌细胞的增殖和侵袭转移及其分子机制

【摘要】 目的 探讨miR-208a-3p靶向亮氨酸拉链转录因子样1（LZTFL1）对宫颈癌细胞增殖、侵袭转移的影响和分子机制。方法 收集2016年5月～2018年3月于湖北省中西医结合医院妇产科收治并经病理科确诊的40例宫颈癌患者手术标本。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）和蛋白质印记（Western Blot）检测宫颈癌组织和与其对应的癌旁组织中miR-208a-3p和LZTFL1的表达。将将宫颈癌细胞Hela分为anti-miR-NC组（转染anti-miR-NC）、anti-miR-208a-3p组（转染anti-miR-208a-3p）、pcDNA组（转染pcDNA）、pcDNA-LZTFL1组（转染pcDNA-LZTFL1）。采用MTT法检测细胞活力,Transwell实验检测细胞迁移和侵袭数目,western blot检测细胞周期素D1（CyclinD1）、基质金属蛋白酶2（MMP 2）和MMP 9蛋白的表达。〖HTH〗结果〖HTK〗〓相较于癌旁组织,宫颈癌组织中miR-208a-3p的表达显著升高,LZTFL1的表达显著降低（P＜0.05）。miR-208a-3p靶向LZTFL1并负性调控其表达。与anti-miR-NC组比较,anti-miR-208a 3p组Hela细胞活力、迁移侵袭能力、CyclinD1、MMP 2和MMP-9蛋白的表达显著降低,p21的表达显著升高,差异均有统计学意义（P ＜0.05）。与pcDNA组比较,pcDNA-LZTFL1组Hela细胞活力、迁移侵袭能力、CyclinD1、MMP-2和MMP 9蛋白表达显著降低,p21表达显著升高,差异均有统计学意义（P＜005）。与anti-miR-208a-3p+si-NC组比较,anti-miR-208a-3p+si-LZTFL1组Hela细胞活力、迁移侵袭能力、CyclinD1、MMP-2和MMP-9蛋白的表达显著升高,p21的表达显著降低,差异均有统计学意义（P＜0.05）。 结论 宫颈癌中miR-208a-3p呈高表达,LZTFL1呈低表达。抑制miR-208a-3p通过上调LZTFL1可抑制宫颈癌细胞的增殖、迁移和侵袭。     

miR-219a-5p在胃癌中的甲基化调控及生物学功能研究

目的 检测miR-219a-5p在胃癌及其癌旁组织中的表达并分析其启动子区域甲基化水平,探讨其对胃癌细胞系生物学功能的影响。方法 利用实时荧光定量PCR (Real-time quantitative polymerase chain reaction, RT-qPCR)和甲基化特异性PCR (methylation specific PCR,MSP)方法检测胃癌及其癌旁组织中miR-219a-5p的表达及甲基化水平,通过细胞增殖实验和流式细胞仪检测过表达miR-219a-5p后对胃癌细胞增殖和凋亡的影响;体外细胞迁移和侵袭实验检测肿瘤细胞迁移和侵袭能力。结果 miR-219a-5p的表达水平在胃癌患者的癌组织中呈现普遍下调,miR-219a-5p在癌组织中的相对表达量(0.769±0.95)明显低于癌旁组织表达(2.114±5.10),差异具有统计学意义(P<0.05);且miR-219a-5p表达下调组的DNA甲基化水平比表达上调组明显升高;过表达miR-219a-5p的胃癌细胞系MGC-803细胞增殖能力和迁移侵袭能力明显受到抑制(P<0.05),过表达组凋亡比例明显...     

ZNF139通过抑制miR-181a-5p增加胃癌细胞耐药性的机制

目的:探讨ZNF139通过抑制miR-181a-5p表达增加胃癌细胞耐药性的机制.方法:检测ZNF139和miR-181a-5p在胃癌组织和细胞系中的表达情况,ZNF139-siRNA、miR-181a-5p模拟物或pcDNA-ZNF139转染MKN45、MKN45/ADR细胞系.MTT法测定细胞活性,Real-time PCR和Western blot分别检测ZNF139、miR-181a-5p和P-gp、GST-π、MRP-1、Bcl-2、TS和Bax等耐药相关基因mRNA和蛋白表达水平.ChIP和双荧光素酶活性试验验证ZNF139、miR-181a-5p之间的调控作用.结果:ZNF139 mRNA和蛋白相对表达量在胃癌组织和细胞系较癌旁组织升高(P<0.05),miR-181a-5p mRNA相对表达量降低(P<0.05).转染ZNF139-siRNA后,MKN45/ADR细胞中miR-181a-5p mRNA表达升高,化疗药物阿霉素(ADR)、5-氟尿嘧啶(5-FU)、奥沙利铂(L-OHP)处理后,MKN45/ADR细胞存活率降低(P<0.05).MKN45细胞系转染pcDNA-ZNF139后,ZNF139 mRNA和蛋白表达水平升高,miR-181a-5p mRNA表达水平下降,同时细胞对ADR、5-FU、L-OHP的耐药性增强(P<0.05).双荧光素酶活性试验表明,ZNF139抑制了miR-181a-5p启动子的转录活性(P<0.05).抑制ZNF139可降低MKN45/ADR细胞中P-gp、MRP-1、Bcl-2的表达(P<0.05);miR-181a-5p模拟物转染MKN45/ADR细胞后,P-gp、LRP和Bcl-2的表达降低(P<0.05).结论:ZNF139通过抑制-miR-181a-5p诱导胃癌中P-gp、MRP-1和Bcl-2的表达来增加细胞的耐药特性,有望成为防治胃癌细胞耐药的新的策略.     

LncRNA XIST通过miR-193a-3p/RSF1轴对骨肉瘤细胞增殖和迁移的作用研究

目的 研究长链非编码RNA X染色体失活特异转录本(lncRNA XIST)通过miR-193a-3p/重构剪切因子1(RSF1)轴对骨肉瘤细胞增殖、迁移的作用.方法 收集2017年9月至2018年12月滨州医学院烟台附属医院30例行骨肉瘤切除术获得的癌组织和癌旁组织,RT-qPCR检测癌组织和癌旁组织中lncRNA XIS T m RN A表达.采用脂质体转染法将sh-lncRN A XIS T重组质粒、空载质粒分别转至对数期生长的骨肉瘤HOS细胞,另取未做任何处理的HOS细胞为空白组.稳定转染48 h后,CCK-8法检测各组细胞培养24、48、72 h时的吸光度(A)值,划痕实验检测培养24 h时细胞的融合距离,荧光素酶报告基因实验检测LncRNA XIST、miR-193a-3p与RSF1之间的作用关系,RT-qPCR检测lncRNA XIST、miR-193a-3p、RSF1 mRNA表达,Western blot检测RSF1蛋白表达.结果 骨肉瘤组织中lncRNA XIST mRNA表达明显高于癌旁组织,差异有统计学意义(P<0.05).空白组、空载组及实验组A值随转染时间的延长而升高,差异有统计学意义(P<0.05).与空白组和空载组比较,实验组培养24、48、72 h后A值降低,融合距离缩短,lncRNA XIST、RSF1 mRNA表达降低,miR-193a-3p mRNA表达升高,RSF1蛋白表达降低,差异有统计学意义(P<0.05).结论 敲降ln-cRNA XIST可抑制骨肉瘤细胞增殖和迁移能力,可能通过miR-193a-3p/RSF1轴发挥作用.     

miR-601在胃癌中的表达及其对胃癌细胞凋亡、侵袭的影响

目的探讨miR-601在胃癌中的表达及其对胃癌细胞凋亡、侵袭的影响。方法选取2018年8月至2019年8月台州市立医院收治的经病理学检查确诊为胃癌的30例患者的癌组织及相应癌旁正常组织标本;用转染试剂Lipofectamine3000将miR-601抑制物（miR-601inhibitor）和阴性对照序列（inhibitorNC）转染人胃癌细胞株AGS,并分为miR-601inhibitor组和inhibitorNC组。采用qRT-PCR法检测miR-601在胃癌组织、癌旁正常组织、人胃癌细胞株AGS、HGC-27、MGC-803、正常胃细胞株GES-1以及miR-601inhibitor组和inhibitorNC组中的相对表达量;采用MTT法检测两组细胞抑制率;采用流式细胞术检测两组细胞凋亡率;采用细胞划痕实验和Transwell小室实验检测两组细胞迁移率和细胞侵袭数;采用Westernbolt法检测两组细胞基质金属蛋白酶（MMP）-2、MMP-9蛋白相对表达量。结果与癌旁正常组织比较,胃癌组织中miR-601相对表达量明显升高（P＜0.01）;与GES-1比较,其余3株胃癌细胞miR-601相对表达量均明显升高（均P＜0.05）;与inhibitorNC组比较,miR-601inhibitor组miR-601相对表达量明显升高,转染miR-601inhibitor后24、48、72h时细胞抑制率均较低,细胞凋亡率明显增加,细胞迁移率明显降低,细胞侵袭数明显减少,MMP-2和MMP-9蛋白相对表达量均明显降低（均P＜0.05）。结论miR-601在胃癌组织及细胞系中表达升高,下调其表达水平后可促进胃癌细胞凋亡。     

miR-34a-5p通过靶向IMP3、PD-L1对乳腺癌细胞生物学行为的影响

目的 探究miR-34a-5p通过靶向胰岛素样生长因子ⅡmRNA结合蛋白3(IMP3)、程序性死亡配体-1(PD-L1)表达对乳腺癌细胞生物学行为的影响。方法 利用Human Protein Atlas和GEPIA在线分析TCGA数据库和GTEx项目中乳腺癌及正常组织IMP3、PD-L1的表达水平、患者的预后生存期;qRT-PCR、Western blot检测160例患者乳腺癌组织及癌旁正常组织中miR-34a-5p、IMP3、PD-L1 mRNA与蛋白表达;Pearson检验分析miR-34a-5p分别与IMP3 mRNA、PD-L1 mRNA的相关性;免疫组化检测患者乳腺癌及正常组织IMP3、PD-L1、白细胞分化抗原44变异体6(CD44v6)的表达,分析IMP3、PD-L1表达水平与患者临床病理参数的关系;靶基因预测、双荧光素酶报告实验验证miR-34a-5p对IMP3、PD-L1的靶向调控作用。MCF7细胞分为control组、miR-NC组、miR-34a-5p组、miR-NC+pcDNA-NC组、miR-NC+IMP3组、miR-NC+PD-L1组、miR-34a-5p+...     

LIMK1高表达通过LIMK1/cofilin1通路促进人结肠癌SW480细胞增殖、迁移与侵袭

目的应用网络药理学和分子对接方法探究二氢杨梅素调脂抗肝癌的作用。 方法SwissTarget、TargetNet、TCMSP数据库预测二氢杨梅素的潜在靶点,GeneCards、OMIM、TTD数据库获得肝癌和脂质代谢的相关基因。采用Venny 2.1.0得到二氢杨梅素调脂抗肝癌的相关靶点,STRING数据库、Cytoscape软件对相关靶点相互作用网络进行可视化分析。采用Rstudio软件对相关靶点进行GO和KEGG富集分析,利用PyMol 2.5.1和Autodock Vina软件对核心靶点基因进行分子对接验证。 结果共获得二氢杨梅素作用靶点179个,脂质代谢相关基因427个及肝癌相关基因1 246个。二氢杨梅素调脂抗肝癌的潜在靶点15个,核心靶点基因9个,主要涉及卵巢类固醇生成、类固醇激素生物合成、化学致癌物-受体激活等通路。核心靶点基因与二氢杨梅素具有较好结合性。 结论二氢杨梅素可能通过作用于9个核心靶点影响生物学过程,调节关键通路从而发挥其调脂抗肝癌作用。     

益气解毒方治疗原发性肝癌的作用机制：基于网络药理学及分子对接方法

目的 通过网络药理学及分子对接探究益气解毒方的有效成分及其作用于原发性肝癌的主要生物过程及信号通路，阐明益气解毒方治疗原发性肝癌的作用机制。方法 通过TCMSP、Uniport、Genecards、String等数据库，以及Cytoscape3.8.2软件得出药物、疾病最终靶点基因；通过David数据库对药物-疾病共有基因做GO、KEGG富集分析；通过Pubcham、RCSB、Autoduck将药物有效成分与最终核心基因进行分子对接；通过细胞活力检测、Western blot、实时荧光定量PCR实验研究不同浓度的益气解毒方对于核心基因DHX9、HNRNPK、NCL、PABPC1表达的影响。结果 筛选得出8个最终核心基因：DDX5、HNRNPK、PABPC1、DHX9、RPS3A、RPS3、RPL13、NCL。GO分析显示：主要生物过程为Ephrin receptor signaling pathway、Movement of cell or subcellular component、Blood microparticle、Focal adhesion、Iron ion binding；KEGG分析显示：Ras信号通路的基因数最多。分子对接结果显示药物有效成分与最终核心基因均可以在自然条件下进行对接，其中PABPC1与Stigmasterol结合能最高。Western blot、实时荧光定量PCR实验结果显示，当含药血清浓度逐渐增大时，细胞活力逐渐受到抑制（P<0.01），HepG2中蛋白相对表达量逐渐降低（P<0.05）；HepG2中蛋白的mRNA相对表达量逐渐增高（P<0.05），HepG2+10%含药血清培育48 h对HepG2 中 DHX9、HNRNPK、NCL、PABPC1 表达影响最明显（P<0.05）。结论 益气解毒方通过多种有效成分与 DHX9、HNRNPK、NCL、PABPC1的结合，调节原发性肝癌的的病毒表达，从而治疗原发性肝癌。     

基于网络药理学的刺芒柄花素抗颈动脉粥样 硬化斑块的作用靶点及机制

目的 利用网络药理学方法联合GEO基因芯片数据及分子对接技术探索刺芒柄花素治疗颈动脉粥样硬化斑块的潜在分子作用机制。 方法 在PubChem等数据库获取刺芒柄花素的作用靶点,在GeneCards、DisGeNET等数据库获取颈动脉粥样硬化斑块相关靶点基因,与GEO芯片筛选的差异基因合并去重后得到颈动脉粥样硬化斑块靶点基因;通过构建韦恩图,得到药物与疾病共有靶点;利用R软件包对共有靶点进行富集分析;利用String在线平台构建共有靶点蛋白互作网络,运用Cytoscape软件对网络进行拓扑学参数筛选得到核心靶点;再运用分子对接技术将筛选出来的核心靶点分别与刺芒柄花素的结合活性进行验证。 结果 筛选出413个刺芒柄花素作用靶点及1 244个颈动脉粥样硬化斑块表达差异基因,两者取交集后得到55个刺芒柄花素干预颈动脉粥样硬化斑块的潜在靶点,KEGG富集分析显著富集于PPAR信号通路、MAPK信号等通路,并显示基因功能与炎症及细胞凋亡相关;运用Cytoscape筛选得到核心靶点CAP1、CXCL8、EGFR、FOS、CTSS、IGF1、MMP9、PPARG;分子对接模拟验证显示,CAP1、CXCL8、EGFR、FOS、IGF1、MMP9、PPARG等核心靶点与刺芒柄花素结合强,有较好的结合活性。 结论 刺芒柄花素作用于CAP1等多个核心靶点调节炎症相关信号通路,进而发挥抗动脉斑块形成的作用,可为后续临床用药提供数据支持。     

基于分子对接及网络药理学方法研究附子理中汤治疗晚期胃癌的作用机制

目的:基于分子对接与网络药理学的方法,探讨附子理中汤治疗晚期胃癌的作用机制。方法:第一,通过TCMSP数据库、Drug Bank数据库和Pharm Mapper平台对附子理中汤所含化学活性成分进行筛选并获取其作用靶点,再利用GAD数据库、OMIM数据库、CTD数据库获得胃癌的相关靶点;第二,利用Draw Ven Diagram平台制作韦恩图,获得两者的交集靶点蛋白,通过Cytoscape3.5.1软件构建出蛋白互作图;第三,通过DAVID分析工具和KOBAS3.0软件对搜集到的靶点蛋白从生物过程(biological process,BP)、分子功能(molecular function,MF)和细胞组分(cellular component,CC)三方面进行基因本体功能富集分析和KEGG通路分析;第四,利用PDB数据库、Systems Dock Web Site数据库集进行受体-配体的分子对接,并分析docking scores,验证附子理中汤治疗晚期胃癌的临床疗效。结果:从TCMSP数据库筛选出附子理中汤的147种化学成分,预测到4 791个靶点,通过CTD、OMIM筛选出28 006个与胃癌相关的靶点,韦恩图显示346个潜在靶标。结论:附子理中汤可能通过细胞基质黏附、端粒酶活性的阳性调节、脂肪酸生物合成等生物过程而发挥作用,其主要作用机制可能涉及2-Oxocarboxylicacid metabolism(2-氧羧酸代谢)信号通路和Propanoate metabolism(丙酸盐代谢)信号通路等分子通路等,分子对接结果表明STAT3对接分数最高,说明与附子理中汤有较好的结合性。     

基于网络药理学探讨三物白散治疗胃癌的分子机制及初步验证

目的 运用网络药理学联合分子对接探讨三物白散治疗胃癌的作用机制,通过体外细胞实验对相关靶点作初步验证.方法 利用TCMSP数据库获取三物白散的活性成分及潜在靶点;通过Genecards、OMIM、TTD数据库,收集胃癌相关的作用靶点;将三物白散潜在靶点与胃癌靶点相匹配,获得三物白散抗胃癌的作用靶点,使用STRING数据...     

基于锦灯笼对白血病作用机制的网络药理学和分子对接技术的生物信息学分析

目的 基于网络药理学探讨锦灯笼（PCF）在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。 方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库（PDB）和小分子药物靶点预测在线平台（Swiss Target Prediction）网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具（STRING）数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作（PPI）网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库（DAVID）对交集基因进行基因本体（GO）生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用 AutoDock 和PyMol软件进行分子对接验证。 结果 对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子 （TNF）和T细胞受体 （TCR） 等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1 （AKT1）、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3 （Caspase-3） 等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因 JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均<－6.0 kcal·mol^－1,表明对接较好。 结论 PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。     

基于网络药理学和分子对接探讨白及治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:探讨中药白及治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制。方法:在中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCSMP)上获取白及的有效活性成分和作用靶点,通过GeneCards、OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)、Disgent数据库中检索溃疡性结肠炎的疾病靶点,进一步获取药物和疾病的共同靶点,使用Cytoscape软件构建相关网络图,利用STRING数据库对供电靶点进行PPI分析并筛选出核心靶点,利用R语言进行GO和KEGG富集分析靶点的生物学过程和相关通路,最后针对核心靶点和关键成分进行分子对接。结果:筛选得到9个活性成分,疾病靶点共1159个,通过拓扑分析得到核心靶点10个。GO富集分析得到BP、CC、MF条目共30条,KEGG富集分析得到相关信号通路20条。分子对接提示活性成分和核心靶点对接构想稳定。结论:白及治疗溃疡性结肠炎主要与抗炎、调节免疫、促进溃疡愈合等功能相关,作用机制主要涉及PI3K/Akt、Rap1、MAPK等信号通路。     

基于网络药理学与分子对接探究红景天苷治疗勃起功能障碍的作用机制

<正>红景天是景天属多年生草本植物的根茎,《晶珠本草》记载红景天根茎入药有清热解毒、扶正固本之功效,而红景天苷则是红景天中的主要活性成分,现代药理学研究表明其具有多种药理学活性,包括心血管系统及神经保护、抗炎、抗氧化、抗癌、     

运用网络药理学与分子对接法探讨阳和汤治疗股骨头坏死的核心作用机制

目的 运用网络药理学与分子对接法,探究阳和汤(Yanghe Tang,YHT)治疗股骨头坏死(osteonecrosis of the femoral head, ONFH)的分子作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP数据库)、Uniprot数据库、GeneCards数据库和DAVID数据库,探究阳和汤方中有效化合物治疗ONFH的核心化合物、核心靶点和信号通路,并将YHT核心化合物与ONFH的重要靶点HIF-1a和血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)进行分子对接。结果 通过TCMSP数据库搜索中药的化合物成分与对应靶点,依据口服吸收利用度(OB)≥30%,药物相似性(DL)≥0.18的筛选标准,去除重复值,最终检索到阳和汤方中主要活性化合物119个。靶点通过Uniprot基因校正后,得到226个靶点基因。通过GeneCards数据库共获得284个疾病靶点基因,将疾病靶点与化合物靶点交叉映射,进而获得阳和汤治疗ONFH的潜在作用靶点40个,并在STRING数据库中获得40个潜在作用靶点的PPI蛋白互作网络,通过Cytoscape 3.7.1软件对PPI网络进行拓扑分析,得到5个核心作用靶点:IL-6、TNF、TP53、VEGFA、CASP3。此外,与ONFH直接相关的重要靶点包括VEGFA、CASP3、HIF-1α、IL-6、TNF等。通过DAVID数据库,对潜在靶点进行GO功能注释和KEGG功能富集分析,最终获得与骨质代谢相关作用通路有PI3K-Akt 信号通路,与免疫与炎症反应相关的通路有TNF 信号通路,与血液供应作用相关的通路为HIF-1 信号通路、VEGF 信号通路、 血管生成的正调控等。分子对接显示槲皮素与HIF-1α的结合能最低,豆甾醇与VEGFA的结合能最低,这两种分子对接方式更易发生。结论 预测YHT可通过HIF-1 信号通路、TNF 信号通路、PI3K-Akt 信号通路等途径,调控股骨头坏死进程中的免疫炎症反应、骨代谢和血液循环,达到干预和治疗ONFH的作用。     

基于网络药理学探讨石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制

目的 结合网络药理学和实验验证研究石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选石丹颗粒的活性成分,并预测其作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库筛选整合慢性萎缩性胃炎相关靶点;将活性成分靶点与慢性萎缩性胃炎靶点取交集后,通过String11.0数据库构建蛋白互作网络,并运用Cytoscape 3.9.0软件筛选核心靶点;通过DAVID数据库对核心靶点进行GO和KEGG富集分析以预测作用机制;通过AutoDock平台进行分子对接验证。构建慢性萎缩性胃炎细胞模型,通过ELISA、qPCR以及Western blot检测验证网络药理学分析结果。结果 共筛选得到石丹颗粒活性成分靶点268个,CAG相关靶点484个,取交集后共得到石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎靶点82个,其中核心靶点是IL-6、Akt1和TNF等。GO和KEGG富集分析提示石丹颗粒主要通过IL-17信号通路、TNF信号通路和PI3K-Akt等信号通路发挥作用。分子对接显示,大部分核心靶点与活性成分有较高的结合活性。细胞实验表明,石丹颗粒能通过调节IL-6、Akt1和TNF-α改善慢性萎缩性胃炎。结论...