基于网络药理学的党参-当归药对治疗间质性肺疾病的作用机制探讨

目的运用网络药理学方法预测党参-当归药对治疗间质性肺疾病(ILD)的潜在靶点和信号通路,进而探讨其治疗ILD的分子基础和作用机制。方法从中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得党参-当归药对所含活性成分相关靶点,并基于uniprot数据库对靶点信息进行基因名的标准化;通过OMIM和Drugbank数据库收集ILD相关靶点,采用Cytoscape软件建立"党参-当归药对-化合物-靶点-ILD"网络模型;借助STRING平台分析药物-疾病靶点蛋白相互作用并进行网络构建;对靶点进行基因功能(GO)分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 "党参-当归药对-化合物-靶点-ILD"网络包含16个化合物和81个靶点,关键靶点涉及蛋白激酶B1(AKT1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、半胱氨酸蛋白酶3(CASP3)等;靶点基因功能倾向于调控细胞因子受体、增强核受体活性、激活细胞转录因子、调节细胞生物信号转导等;关键的KEGG通路包括白细胞介素-17(IL-17)信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路等。结论党参-当归药对可通过抗炎、调控细胞凋亡、调节氧化应激与免疫等过程发挥多靶点、多通路的治疗ILD作用。     

基于网络药理学的黄芪治疗肾病综合征的机制研究

目的运用网络药理学的方法探讨黄芪治疗肾病综合征(NS)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库和文献挖掘获取黄芪主要活性成分,利用Pharm Mapper服务器、GeneCards和CoolGeN数据库预测和筛选黄芪活性成分的作用靶点。采用String数据库和Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络,通过Systems Dock Web Site对成分与靶点进行分子对接验证。借助DAVID数据库对靶点进行GO分析和KEGG通路分析,采用Cytoscape软件构建成分-靶点-通路-疾病网络。结果筛选得到黄芪25个活性成分,涉及47个作用靶点。网络分析结果表明,靶点主要涉及氧化应激、足细胞凋亡和脂质代谢等生物过程,通过调节Ras、Rap1、MAPK、PI3K-Akt和AGE-RAGE等信号通路来发挥治疗NS的作用。结论黄芪中黄酮类、皂苷类等活性成分可能是其治疗NS的物质基础,其作用机制涉及抗细胞凋亡、抗氧化应激和调节脂质代谢等。     

黄芪-党参药对治疗胃癌的网络药理学研究

目的运用网络药理学探讨黄芪-党参药对治疗胃癌的作用机制。方法通过DisGeNET数据库检索胃癌的相关靶点。使用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄芪、党参的潜在活性成分和作用靶点,借助PubChem数据库,预测黄芪-党参药对活性成分的所有潜在靶点,并将活性成分预测的靶点与疾病靶点取交集,获取黄芪-党参药对治疗胃癌的靶点集。使用Auto Dockt Vina对筛选所得的主要活性成分及主要相关靶点进行分子对接验证。通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用Cytoscape 3.7.1构建"药物-化合物-靶点-通路-疾病"网络及蛋白相互作用(PPI)网络,研究其作用机制。结果"药物-化合物-靶点-通路-疾病"网络包括52个活性化合物、62个作用靶点以及34条通路,关键化合物为3-β-Hydroxymethyllenetanshiquinone、黄芪皂苷Ⅰ、咖啡酸、异阿魏酸等,关键靶点涉及MAPK、PI3Ks、EGFR、NF-κB1等;PPI网络关键靶点主要为STAT3、PIK3CA、MAPK1、HRAS等。GO富集分析共涉及264个生物过程(BP),38个细胞组分(CC)以及57个分子功能(MF);KEGG通路富集分析筛选得到34条与胃癌相关的通路,主要为癌症通路、PI3K-Akt信号通路等。结论黄芪-党参药对可能是通过介导PI3K-Akt等信号通路调控肿瘤细胞的增殖、凋亡、迁移、失巢凋亡及血管生成等生物过程进而达到治疗胃癌的目的。     

基于网络药理学的参附汤作用机制分析

目的:探讨参附汤的功效物质基础和作用机制。方法:依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索参附汤2味中药人参、附子的化学成分和作用靶点。进而构建化合物-靶点网络、构建蛋白互作(PPI)网络、进行基因本体(GO)功能富集分析、进行基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究参附汤作用机制。结果:化合物-靶点网络包含23个化合物和相应靶点118个,关键靶点涉及PTGS2,PTGS1,NCOA2,ADRB2等。PPI网络包含114个蛋白,关键蛋白涉及Akt,AP-1,p56蛋白等。GO功能富集分析得到GO条目236个,其中生物过程相关的条目191个,分子功能相关的条目20个,细胞组成相关的条目25个。KEGG通路富集筛选得到10条信号通路涉及calcium signaling pathway,neuroactive ligand-receptor interaction,apoptosis,pathways in cancer等。结论:本研究结果初步验证参附汤防治疾病的分子机制,为进一步深入探讨其作用机制提供先导信息和基础。     

基于网络药理学分析莪术的作用机制

目的运用网络药理学的方法研究莪术药理作用的物质基础和作用机制。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)搜索莪术的化学成分、作用靶点、治疗疾病。从而建立化合物-靶点网络、蛋白质相互作用(PPI)网络、靶点-疾病网络、基因-通路网络、基因本体(GO)功能和通路富集分析,研究莪术作用机制。结果筛选得到6个化合物,36个靶点(其中两个化合物没有相应的靶点)相对应疾病102种。PPI网络中有32个靶点,关键靶点有ESR1、AR、NR3C1等。基因功能富集分析共涉及13个条目,其中细胞组成5个,分子功能6个,生物过程2个。通路富集分析得到三条通路,包括神经活性配体-受体相互作用信号通路、逆行内源性大麻素信号通路、烟瘾信号通路。结论本研究初步验证莪术药理作用的分子机制,为进一步深入研究其作用机制提供理论基础。     

基于网络药理学的生脉散作用机制分析

目的:探讨生脉散的作用机制。方法:本研究选取生脉散中3味中药人参、麦冬、五味子含有的33个活性成分,通过Pharm Mapper服务器预测其活性成分的潜在靶点,进而构建化合物-靶点网络、构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络、进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析、进行基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)的生物通路富集分析,研究生脉散作用机制。结果:化合物-靶点网络包含249个节点,关键靶点涉及转甲状腺素蛋白(TTR)等。PPI网络包含155个节点,关键靶点涉及酪氨酸蛋白激酶Src(SRC),蛋白激酶Bα(Akt1)等。GO条目95个,其中生物过程相关的条目67个,分子功能相关的条目22个,细胞组成相关的条目6个。KEGG通路8条,涉及肿瘤信号通路(pathways in cancer),前列腺癌(prostate cancer),胰岛素信号通路(insulin signaling pathway)等。结论:本研究结果初步验证了生脉散的基本药理作用及其机制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。     

基于网络药理学与分子对接技术的益气散瘀解毒方治疗骨肉瘤的潜在机制分析

目的探讨益气散瘀解毒方治疗骨肉瘤的活性成分及其潜在作用机制。方法通过TCMSP、TCMID数据库及文献检索查找黄芪、重楼、黄连3味中药的活性成分及作用靶点;利用Genecards、OMIM、TTD数据库获取骨肉瘤相关靶基因;对药物靶点和疾病靶点取交集,运用Cytoscape 3.7.2软件构建"药物-靶点-疾病网络";通过String数据库获取益气散瘀解毒方治疗骨肉瘤相关蛋白相互作用网络(PPI),利用Network Analyzer工具进行拓扑学分析;利用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock Vina软件将化合物与骨肉瘤相关蛋白进行分子对接。结果筛选得到益气散瘀解毒方中的共49种活性成分,关键活性成分共23个,治疗骨肉瘤的潜在靶点93个;PPI网络分析得出益气散瘀解毒方治疗骨肉瘤的17个关键靶点蛋白,涉及Akt1、MAPK1、PTGS2和VEGFA等。GO功能富集分析得到GO条目1 720个(P0.05),其中生物过程(BP)条目1 583个,细胞组成(CC)条目30个,分子功能(MF)条目107个。KEGG通路富集筛选得到112条信号通路(P0.05),涉及PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路等。分子对接结果显示,山柰酚、黄连素和槲皮素与骨肉瘤的Akt1、MAPK1蛋白具有较强的亲和力。结论益气散瘀解毒方中的活性成分可能通过作用于Akt1、MAPK1等靶点,调节多条信号通路,进而起到治疗骨肉瘤的作用。     

基于网络药理学探讨三棱-莪术药对治疗子宫内膜异位症的作用机制

目的:采用网络药理学的方法预测三棱-莪术药对治疗子宫内膜异位症（EMT）的主要活性成分、靶点及信号通路,探讨其作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索三棱-莪术药对的中药化学成分,以口服生物利用度（OB）≥30%、类药性（DL）≥0.18为阈值筛选潜在的活性化合物;通过TCMSP查询活性化合物对应的靶标;运用GeneCards和人类孟德尔遗传数据库（OMIM)预测疾病靶点;利用韦恩图找到活性成分靶点和疾病靶点的交集靶点;使用Cytoscape 3.7.2软件构建疾病-药物-有效成分-靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;采用String在线数据库和Cytoscape软件绘制交集靶点PPI网络;最后借助R软件和Bioconductor生物信息软件包进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并使用Cytoscape软件绘制靶点-信号通路网络图。结果:筛选得到三棱-莪术活性成分8个,对应靶点77个,EMT相关靶点1 600个,交集靶点34个。GO功能富集分析结果显示三棱-莪术药对可影响1 054个生物学过程、22个细胞组分和65个分子功能。KEGG通路富集分析得到91条通路,三棱-莪术药对治疗EMT主要与雌激素信号通路、IL-17信号通路、AGE-RAGE信号通路、甲状腺激素信号通路、P53信号通路等有关。结论:三棱-莪术药对治疗EMs具有多靶点、多途径、多通路的特点。     

基于网络药理学黄芩-黄连药对治疗2型糖尿病作用机制探讨

目的探讨黄芩-黄连药对治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄芩、黄连的化学成分和作用靶点,通过OMIM、TTD、Drugbank、Digsee等多个数据库查询与T2DM相关的基因。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.2.1构建化合物-靶点(基因)网络、蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点,最后通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究其作用机制。结果化合物-靶点网络包含42个化合物和相应靶点213个,关键靶点涉及PTGS2、PTGS1、HSP90AA1、HSP90AB1、NOS2等。PPI核心网络包含15个蛋白,关键蛋白涉及TNF、IL6、INSR等。GO功能富集分析得到GO条目108个(P0.05),其中生物过程(BP)条目87个,分子功能(CC)条目9个,细胞组成(MF)条目12个。KEGG通路富集筛选得到24条信号通路(P0.05),涉及胰岛素抵抗通路、T2DM通路、胰岛素信号传递通路等。结论黄芩-黄连中的活性成分主要通过DPP4、PPARG、IL6、PPARD、TNF等靶点调节炎症细胞因子、作用于胰岛素受体协同治疗T2DM。     

益母草治疗寒凝血瘀型痛经的网络药理学作用机制研究

目的构建益母草Leonurus japonicus化学成分-疾病靶点-代谢信号通路网络,探究益母草多成分-多靶点-多通路治疗寒凝血瘀型痛经的作用机制。方法利用TCMSP数据库与Swiss Target Prediction服务器获取益母草的化学成分与作用靶点,结合DrugBank、DisGeNET、TTD等数据库获取益母草治疗寒凝血瘀型痛经的作用靶点;通过DAVID网站对作用靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路分析,采用Cytoscape 3.6.0构建益母草活性成分-痛经作用靶点-代谢信号通路网络图,探讨益母草治疗寒凝血瘀型痛经的作用机制;并进一步采用Westernblotting实验验证益母草对寒凝血瘀型痛经模型大鼠子宫组织中花生四烯酸代谢通路环氧化酶1(PTGS1)、PTGS2蛋白表达的影响。结果获得益母草潜在活性成分共8个,与痛经相关疾病靶点22个,关键靶点涉及PTGS1、PTGS2、ALOX5、PLAG2A、AKR1C3等。GO功能富集分析共得到GO条目71个(P0.05),其中生物过程(BP)条目46个,细胞组成(CC)条目4个,分子功能(MF)条目21个。益母草治疗痛经可能作用靶标22个,KEGG通路富集筛选得到7条信号通路(P0.05),涉及花生四烯酸代谢、亚油酸代谢、甾类激素生物合成等;益母草可显著提高模型大鼠子宫中PTGS1、PTGS2蛋白表达水平(P0.05),验证了网络药理学的部分预测结果。结论益母草可能通过作用于花生四烯酸代谢通路起到治疗寒凝血瘀型痛经的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术的抗病毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在物质基础研究

目的通过网络药理学及分子对接技术探寻抗病毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础。方法借助TCMSP检索抗病毒颗粒中板蓝根、连翘、石膏、知母、芦根、地黄、广藿香、石菖蒲、郁金的化学成分和作用靶点。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.6.1构建药材-化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,将药材-化合物-靶点网络中排名前15的成分与新型冠状病毒(SARS-Co V-2)3CL水解酶进行分子对接,同时将比枯枯灵、木犀草素、槲皮素与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果药材-化合物-靶点(基因)网络包含药材8个、化合物75个、靶点255个。GO功能富集分析得到GO条目161个(P0.05),其中生物过程(BP)条目65个,细胞组成(CC)条目36个,分子功能(MF)条目60个。KEGG通路富集筛选得到131条信号通路(P0.05)。分子对接结果显示抗病毒颗粒中比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等核心活性化合物与SARS-Co V-23CL水解酶的亲和力与临床推荐化学药相似。结论抗病毒颗粒中的活性化合物比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等能通过与ACE2结合作用于PTGS2、HSP90AB1、PTGS1等靶点调节多条信号通路,从而可能发挥对COVID-19的治疗作用。     

基于网络药理学探讨甘松-延胡索组方治疗房颤的作用机制

目的:通过网络药理学预测甘松-延胡索组方治疗房颤的作用靶点及信号通路,进一步探讨潜在作用机制。方法:采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选甘松-延胡索组方的活性成分并预测其作用靶点,构建活性成分-预测靶点网络。通过人类孟德尔遗传综合数据库(OMIM),治疗靶点数据库(TTD),基因组注释数据库(Genecards)检索房颤的潜在靶点,采用蛋白质相互作用网络数据库(STRING 11. 0)获取房颤靶点蛋白相互作用的网络,通过Cytoscape 3. 7. 1软件对数据进行可视化分析,构建房颤靶点的蛋白互作网络。将甘松-延胡索组方的预测靶点映射至房颤靶点集合上,其交集靶点即为甘松-延胡索组方治疗房颤的潜在靶点。然后运用功能注释生物信息学分析平台(DAVID)数据库对甘松-延胡索组方治疗房颤的潜在靶点进行生物功能及信号通路富集分析。再通过Cytoscape 3. 7. 1软件构建甘松-延胡索组方治疗房颤的活性成分-潜在靶点-信号通路网络。结果:筛选出51个甘松-延胡索组方的活性成分,预测出甘松-延胡索组方治疗房颤的潜在靶点18个,主要通过白细胞介素-6(IL-6),钠通道蛋白亚型5α(SCN5A),肿瘤坏死因子(TNF),内皮源性一氧化氮合酶(NOS3),电压依赖性钾通道亚型H2(KCNH2),胶原α1(I)链(COL1A1),维甲酸受体RXR-α(RXRA),组织因子(F3),α1B肾上腺素能受体(ADRA1B)等靶蛋白,以及环磷酸酸鸟苷(cGMP)/蛋白激酶G(PKG)信号通路,磷脂酰肌醇-3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路,癌症中的转录失调,钙信号通路,心肌细胞中的肾上腺素信号等信号通路发挥治疗房颤的作用。结论:甘松-延胡索组方是基于多成分、多靶点、多通路治疗房颤,为后续开展实验研究以进一步阐释其作用机制提供了科学依据。     

基于网络药理学分析人参-黄芪治疗肺癌潜在靶点和机制

目的:基于网络药理学分析人参-黄芪治疗肺癌潜在靶点和机制。方法:通过传统中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选人参、黄芪活性成分和靶基因。使用人类基因数据库(Gene Cards)获得肺癌相关基因。使用Cytoscape构建"药物-成分-靶点-疾病"网络。使用STRING下载蛋白与蛋白相互作用(PPI)数据,利用插件Centi Scape筛选PPI核心基因。使用R软件进行关键靶基因基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:共筛选17个人参,16个黄芪活性成分,50个人参,95个黄芪治疗肺癌的靶基因,构建"药物-成分-靶点-疾病"网络。筛选出38个PPI核心基因。GO功能富集显示人参-黄芪生物学过程和功能集中在核受体功能、转录相关功能、泛素化、细胞凋亡等。KEGG通路富集显示,人参-黄芪治疗肺癌主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt),细胞凋亡、肿瘤坏死因子(TNF)等信号通路。结论:通过构建"药物-成分-靶点-疾病"网络,从多成分、多靶点、多通路阐释人参-黄芪作为对药治疗肺癌的作用机制,为后续深入研究提供一定参考。     

基于网络药理学的黄芪-水蛭药对治疗肺纤维化作用机制探析

目的：运用网络药理学方法研究黄芪-水蛭药对治疗肺纤维化(pulmonary fibrosis,PF)的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、SwissADME、SwissTargetPrediction预测和筛选出黄芪和水蛭的活性成分及作用靶点。通过TTD、GeneCards、OMIM和DrugBank等数据库获取PF相关靶基因。采用Venny平台对药物靶基因和疾病靶基因映射筛选,得到黄芪-水蛭药对治疗PF的潜在靶标,进而用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络。通过STRING 10.0数据库和Cytoscape 3.7.2软件筛选并构建疾病靶点相互作用网络。采用DAVID数据库对黄芪-水蛭的作用靶点进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果：筛选出黄芪-水蛭药对潜在活性成分共60个,治疗PF的活性成分44个,作用靶点95个,关键靶点18个,涉及血管内皮生长因子受体、表皮生长因子受体、肿瘤坏死因子、白细胞介素-6、白细胞介素-1、基质金属蛋白酶等;潜在调控通路包括磷酯酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B (PI3K...     

基于网络药理学的白芍-柴胡药对治疗肝细胞癌作用机制探析

目的探究白芍-柴胡药对治疗肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的有效活性化合物及其靶点的作用机制。方法本研究通过TCMSP数据库筛选出白芍-柴胡药对中的化合物以及相关靶点蛋白,并运用Uniprot数据库和Genecard数据库查询与靶点蛋白相对应的人类基因名称,进行标准化处理;通过Genecards数据库挖掘肝细胞癌疾病靶点,将其与中药靶点蛋白映射;将映射出的药对治疗HCC的有效靶点导入Cytoscape 3.2.1构建网络图,并运用CTD数据库进行GO富集和KEGG通路富集。结果获得白芍-柴胡药对治疗HCC的共22个成分和170个有效靶点;获得16条GO生物过程和7条相关信号通路,涉及代谢通路(Metabolic pathways)、Ras通路(Ras signaling pathway)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)等。结论白芍-柴胡药对活性靶点主要通过代谢通路、Ras信号通路、PI3K-Akt信号通路调控肝癌细胞过程及其代谢来发挥治疗作用,为后续实验提供了思路与依据。     

基于网络药理学的八珍汤治疗手术后贫血作用机制研究

目的:基于网络药理学研究八珍汤治疗术后贫血的作用机制,为其临床应用提供参考。方法:通过检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获得八珍汤中人参、白术、茯苓、甘草、熟地黄、当归、白芍、川芎的主要化学成分及靶点;通过检索GeneCards、OMIM、TTD数据库获取术后贫血相关靶点;运用Perl语言和Venny软件得到共有靶点;采用Cytoscape 3.7.0软件构建疾病-靶点-成分网络图;运用STRING 11.0在线网站分析共有靶点,得到蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;运用R语言对共有靶点进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集。结果:八珍汤治疗术后贫血的主要有效成分为槲皮素、山柰酚、柚皮素、甘草查耳酮a,核心靶点为蛋白激酶B1 (Akt1)、白细胞介素-6 (IL-6)、丝裂原活化蛋白激酶3 (MAPK3)、血管内皮生长因子A (VEGFA)、胱天蛋白酶3 (CASP3)等。八珍汤治疗术后贫血是通过调节晚期糖基化终末产物及其受体(AGE-RAGE)、磷脂腺肌醇3-激酶(PI3K)-Akt、MAPK等信号通路,调节细胞因子活性,促进细胞增殖来改善贫血症状。结论:八珍汤通过多靶点、多途径方式改善术后贫血,为临床进一步研究提供参考。     

基于网络药理学的藏药二十五味肺病丸防治新冠病毒肺炎(COVID-19)可行性分析及机制探讨＊

目的 采用网络药理学方法探究藏药二十五味肺病丸防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19 ）的可行性分析及机制探讨。方法 基于课题组藏药大复方的研究经验，通过文献调研，筛选出二十五味肺病丸专属性、特征性化合物，并通过Chemical book数据库以及TCMSP数据库进行验证，确定二十五味肺病丸有效物质成分。将筛选出的成分通过Swiss Target Prediction数据库进行靶点筛选，进而运用Cytoscape软件构建药物-化合物-靶点（基因）网络进行可视化。运用CTD数据库查询与疾病COVID-19 相关的靶点，找出与二十五味肺病丸共有的靶点，将共有基因导入STRING数据库生成蛋白互作网络，并通过DAVID数据库进行KEGG通路富集分析和GO功能富集分析，预测藏药二十五味肺病丸的作用机制。结果 经筛选藏药二十五味肺病丸中檀香、悬钩木、山柰、红花、獐牙菜、甘草、藏木香、宽筋藤等19种药材被纳入到研究中。药材-化合物-靶点网络包含了19种药材，38个化合物和相应靶点419个。通过CTD数据库查询到COVID-19 疾病相关靶点基因472个，与二十五味肺病丸共有靶点基因77个，分别为ESR1、NOS2、PPARG、PTGS2、PPARA、HMGCR、CYP17A1、NR1H4、TLR9等。通过网络拓扑和蛋白互作网络分析筛选出关键靶点涉及PTGS2、ESR1、AKT1、EGFR等。GO功能富集分析得到339条生物过程条目（BP），45条细胞组成条目（CC）和81条分子功能条目（MF）。KEGG通路富集分析筛选得到102条信号通路，包括小细胞肺癌、非小细胞肺癌、膀胱癌、甲型流感、胰腺癌、T细胞受体信号通路等。结论 二十五味肺病丸可能通过作用于PTGS2、ESR1、AKT1、EGFR相关靶点并通过相关肺病通路、炎症通路、免疫通路对COVID-19起到防治作用。     

基于数据挖掘和网络药理学的2型糖尿病用药规律及机制分析

目的:挖掘中医药治疗2型糖尿病(T2DM)的组方用药规律,并探讨高频药物作用机制。方法:以中国知网、万方医学网收录的期刊文献为资料来源,使用Excel 2013,SPSS Modeler 14.1,SPSS Statistics 19.0软件,对纳入标准的中药进行关联规则分析、因子分析和系统聚类分析,使用BATMAN-TCM系统对高频药物进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,构建靶点-通路-疾病关联图,揭示潜在作用机制。结果:在纳入标准的92首方剂中,单药黄芪最为常见,药物四气以温、寒为主,五味中甘、苦味为主,归经中肝经居多,使用最多的药物类别为补虚药、活血化瘀药。关联规则分析中发现关联强度最高的药对组合为6种,因子分析中提取7个公因子,系统聚类分析中归为6大类。KEGG通路分析发现高频药物黄芪富集疾病与T2DM有关的有6种,生物学通路共有24条。结论:T2DM的治疗多以甘温药黄芪(补虚药)为主,临床使用可与甘平药茯苓、苦寒药丹参、甘寒药生地黄等组合用药,以及可随证配伍活血化瘀、清热等药物。高频药物黄芪治疗T2DM的作用机制可能是通过干预磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt),淀粉和糖代谢等相关信号通路,作用于核苷酸外焦磷酸酶/磷酸二酯酶(PDEs),腺苷A1受体基因1(ADORA1),腺苷A2A受体基因(ADORA2),神经肽第二受体(NPY2R),内皮一氧化碳合成酶(NOS3)靶点有关。     

基于网络药理学探讨桔梗-苦杏仁与肺癌相关分子机制

目的:基于网络药理学方法筛选桔梗-苦杏仁药对中的活性成分,预测治疗癌症的作用靶点及信号通路,构建多成分-多靶点-多通路的相互作用网络,进一步探究其治疗肺癌的可能作用机制。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)以及文献查阅,检索并收集桔梗-苦杏仁的活性成分及其对应的靶标。利用UniProt数据库和Genecards数据库获得桔梗-苦杏仁治疗肺癌的潜在靶标基因。用Cytoscape 3.6.0软件构建"成分-靶标"网络。结合String数据库及Cytoscape软件中的Generate style from statistics工具,构建蛋白质相互作用网络。通过Systems Dock Web Site网络服务器与桔梗-苦杏仁的活性成分进行分子对接。利用功能注释生物信息学分析平台(DAVID)数据库,对桔梗-苦杏仁的作用靶标进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和基因本体(GO)分类富集分析。结果:共筛选得到桔梗-苦杏仁的14个活性成分,包括acacetin,cis-dihydroquercetin,spinasterol,licochalcone B,luteolin等,和103个作用靶标,包括诱导型一氧化氮合酶蛋白(NOS2),环加氧酶1蛋白(PTGS1),雄激素受体(AR),环加氧酶2蛋白(PTGS2),二肽基肽酶4(DPP4)等,主要涉及prostate cancer,small cell lung cancer,hepatitis B,T cell receptor signaling pathway等信号通路。结论:该研究基于网络药理学的方法预测了桔梗-苦杏仁治疗肺癌的可能的作用机制,为后续的深入研究提供了方向。