肝硬化患者肠道微生物代谢功能的宏基因组学研究

目的：分析肝硬化患者远端肠道微生态菌群代谢功能的变化。方法选取16例肝硬化患者及20例正常人,提取其肠道微生物宏基因组DNA进行高通量Solexa测序,对测序基因进行代谢功能的注释,比较肝硬化患者与正常人之间的差异,找出疾病相关的肠道微生物代谢功能的变化。结果肝硬化患者肠道菌群功能多样性降低,对药物、必需氨基酸、丙酸盐等的代谢能力以及炎性反应显著增强,而对丁酸盐、胆汁酸的代谢能力以及细胞周期相关的功能显著降低。结论在肝硬化的影响下,肠道微生物的生长环境被破坏,肠道菌群为了适应环境,在功能和代谢方面表现出一定程度的代偿。     

脾肾阳虚型结肠腺瘤性息肉患者肠道菌群特征分析

目的探讨脾肾阳虚型结肠腺瘤性息肉患者肠道菌群与健康人群肠道菌群差异。方法选取2015年3—5月沈阳军区总医院中医消化门诊及病房收治的20例脾肾阳虚型结肠腺瘤性息肉患者的粪便样本为观察组,同时,选取体检的12例健康人粪便样本为对照组。提取两组样本中细菌总DNA,根据16Sr DNA V3~V4区设计引物进行扩增,使用Illumina Miseq平台予以高通量测序,通过生物信息分析软件对测序结果进行分析,比较两组样本物种信息。结果两组样本平均优化序列、平均高质量序列长度比较,差异无统计学意义(P>0.05)。对照组肠道菌群中种群多样性高于观察组,两组样本Chao、shannon、Ace指数比较,差异有统计学意义(P<0.05)。门分类水平,观察组与对照组样本丰度值较高依次为拟杆菌门、厚壁菌门;观察组与对照组样本肠道菌群中,拟杆菌门与厚壁菌门比值分别为(3.343±0.733)与(1.777±0.337),观察组明显高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);两组样本厚壁菌门、变形菌门、放线菌门、疣微菌门及梭杆菌门丰度值比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。纲分类水平,两组样本丰度值较高依次为拟杆菌纲、梭菌纲;观察组梭菌纲丰度值低于对照组,γ变形菌纲丰度值高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。属分类水平,两组样本丰度值较高依次为拟杆菌属、柔嫩菌属;观察组布劳特氏菌属、瘤胃球菌属丰度值低于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。主成分分析显示,观察组与对照组样本被分开,两组样本菌群结构存在显著差异。结论结肠腺瘤性息肉患者与健康人群在肠道菌群多样性方面有明显差异,菌群结构亦存在较大的差别。     

16S核糖体DNA Amplicon测序法分析2型糖尿病患者口腔微生物多样性

目的探讨2型糖尿病患者口腔微生物多样性及结构的差异。方法采集23例2型糖尿病患者与23名正常人的唾液与龈上菌斑样本,提取口腔菌群的总DNA,利用16S核糖体DNA（16S ribosome DNA,16SrDNA）Amplicon测序法进行测序,使用Pandaseq、Qiime等软件分析菌群多样性及结构。结果2型糖尿病患者和正常人口腔菌群丰度及优势菌属差异无统计学意义(P>0.05)。2型糖尿病患者样本中布雷德菌属、瘤胃菌科、幽门螺杆菌科丰度较高,正常人样本中韦荣菌科、Selenomonadales目、Negativicutes纲、月形单胞菌属、丁酸弧菌属、Anaeroglobus属、Candidatus Saccharibacteria门、Saccharibacteria_genera_incertae_sedis属、诺卡菌科、气微菌属丰度较高,差异有统计学意义（P<0.05）。结论用16SrDNA Amplicon测序法分析2型糖尿病患者与正常人口腔菌群结构具有相似性,幽门螺杆菌与2型糖尿病之间的关系还有待于进一步的研究。     

制霉菌素引起的肠道菌群失衡及代谢物水平的变化

目的 研究广谱抗真菌药对肠道菌群平衡改变及代谢产物的影响.方法 选用C57BL/6雌性小鼠,用含广谱抗真菌药制霉菌素饮用水喂养7 d,分离小鼠血清进行代谢组学分析.分离口服制霉菌素7 d后小鼠结肠内容物,提取肠道菌群基因组进行16S rDNA扩增子测序、构建SMRT Bell文库,利用PacBio公司SMRT分析软件进行操作分类单元(OTU)物种注释.通过PCoA和PCA、NMDS等降维图和样品聚类树分析群落结构差异,选用t检验、MetaStat、LEfSe、Anosim和MRPP等方法对物种组成和群落结构进行差异显著性检验.结果 结肠内容物菌群基因组测序结果表明,微生物多样性分析显示制霉菌素降低肠道菌群多样性;与对照组比较,服药组硬壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)细菌增加;拟杆菌门(Bacteroidetes)、糖杆菌门(Saccharobacteria)细菌丰度降低;血清代谢组检测结果显示,服药组增加的物质包括葡萄糖、甘氨酸、丙氨酸、4-羟基丁酸、亮氨酸、谷氨酰胺,降低的物质为谷氨酸、乳酸.结论 小鼠肠道菌群稳态的改变可能与连续服用制霉菌素有关,厚壁菌门和拟杆菌门等优势菌种的变化明显,而且瘤胃菌群、毛螺菌科及拟杆菌群在两组之间结构差异显著,导致谷氨酸、亮氨酸等氨基酸代谢增加,而糖类代谢减慢.     

胃粘膜菌群与胃疾病发生关系的研究

本项研究分别对正常人和胃病患者两组进行胃粘膜菌群调查,通过普通培养、厌氧微氧培养、菌种鉴别、H—E 及 W—S 染色组织学检查、胃粘膜 pH 值测定、CPUT 检测诸因素调查后,再对其中36例 SCG患者分抗菌组与非抗菌组进行15天治疗对比观察,结果揭示:①本组在正常人胃粘膜上共培养出19种菌,其中15种为食管与胃粘膜及胃液培养所共有,故认为是一种污染的过路菌,另4种即大肠杆菌、产碱杆菌、厌氧链球菌、脆弱拟杆菌为胃粘膜培养所独有,可能在特定情况下富有致病性。②胃疾病时胃粘膜菌群比例存在严重失调现象。共有菌:独有菌由14:5、需氧菌:厌微氧菌由9:10都增加到24:10,其中粘膜独有菌比例增加尤其明显,但不同胃病间又有差异,并与胃粘膜 pH 值相关。独有菌的增加是胃病的发生原因之一。③胃粘膜独有菌是一种机会致病菌。经抗菌治疗后,症状与组织学改善,菌种减少,菌种比例恢复正常。④活动性胃粘膜炎症时,胃粘膜菌群比例增加,抗菌治疗后又渐恢复正常,其间关系孰因孰果,尚须进一步研究。     

创伤后呼吸机相关肺炎发病机制探讨

目的 探讨创伤后机械通气患者口咽部菌群变化在呼吸机相关肺炎( ventilator - as-sociated pneumonia,VAP)内源性发病机制中的作用. 方法 收集45例创伤后发生VAP的患者,在人工气道建立后1,3,7和14 d收集患者的口咽部分泌物、声门下分泌物、深部气道痰液以及胃液进行培养和药敏检测,同时收集患者的大便进行球杆比和真菌检测,对比其声门下分泌物、痰液、胃液和口咽部分泌物菌群的一致率. 结果 VAP患者的病原菌主要为G-菌,随着机械通气时间的延长,声门下分泌物、痰液和胃液病原学培养的阳性率逐渐升高,声门下分泌物、痰液、胃液和口咽部分泌物菌种的一致率明显上升;并且随着机械通气天数的增加,培养产β-内酰胺酶阳性( ESBL+)的细菌和多重耐药菌的例数也明显增加. 结论 口咽部菌群变化与创伤后VAP的发生关系密切,胃内细菌常逆向定植于口咽部,胃-咽-下呼吸道的逆行感染为VAP的重要感染途径.     

受控生态生保系统180天试验人体表菌群结构研究

目的了解受控生态生保系统下长期生存对乘员体表微生物种群状况的影响。方法利用地面密闭舱4人180天实验,分别于实验前、进舱后30天、60天、90天、120天、150天及撤离前,对4名乘员的体表(包括额头、耳后、肘窝、腋窝,腹股沟)进行采样,采用16S r DNA V3-V4区的Illumina高通量测序技术,并进行生物信息学分析,包括群落结构、多样性、主坐标及物种丰度分析。结果肘窝和前额菌群多样性显著高于其他体表位置。体表菌属主要分属放线菌门、厚壁菌门、变形菌门和拟杆菌门等。在属水平,5个部位优势菌属为棒状杆菌和葡萄球菌,此外丙酸杆菌属在额头和耳后两位置也占优势比例。主坐标分析结果显示在属水平,肘窝在构成上有独立性,腋下和腹股沟菌群结构相似,额头和耳后菌群结构相似。与进舱前比较,乘员在进舱后第1个月菌群变化明显,之后逐渐恢复稳态。结论人体在不同体表位置菌群多样性不同;菌群结构在门水平差异小,但在属水平不同部位菌群结果有所差异。受控生态生保系统密闭环境作为应激因素可影响体表菌群结构。     

低氧训练对大鼠小肠微生物的影响

目的:研究低氧应激及低氧和运动复合应激对大鼠肠道微生物的影响。方法:雄性8周龄SD大鼠120只,适应性饲养1周后,用分层随机抽样法按体重随机分为常氧安静组(normal oxygen sedentary,NOS组)、常氧运动组(normal oxygen exercise,NOE组)、低氧安静组(low oxygen sedentary,LOS组)、低氧运动组(low oxygen exercise,LOE组),每组30只。递增强度适应性训练1周后开始正式干预,低氧组大鼠入驻常压低氧动物房(氧浓度12.7%,对应4000 m海拔)进行低氧干预,运动组大鼠进行每天24 m/min、45 min的中等强度跑台运动干预。分别在开始干预后第3、6、9天的末次训练后24 h取材,收集大鼠空肠内容物,提取全基因组DNA,用NanoDrop2000进行DNA质控,质控合格样品用Illumina HiSeq 2500型测序仪对16SrRNA的V3-V4可变区进行测序,得到结果用生物信息学手段进行微生物多样性分析。结果:(1)测序总共得到2697529条16SrRNA序列(Reads),双端Reads拼接、过滤后共产生2206002条高质量测序标签(Clean tags),平均每个样品产生73533条Clean tags。(2)在门分类学水平上,优势物种分别是,厚壁菌门、变形菌门、放线菌门;同时,属水平上具有较高丰度的物种主要集中于厚壁菌门、放线菌门及变形菌门中。厚壁菌门中,属水平上丰度最高的是乳酸菌属,变形菌门中Pannonibacter菌属、假单细胞菌属丰度较高;放线菌门中,节细菌属相对丰度较高。(3)干预后3天时,NOS组厚壁菌门相对丰度显著低于LOS组(P<0.05),NOS组假单胞菌属相对丰度显著高于LOE组(P<0.01);干预后第6天时,NOS组厚壁菌门相对丰度仍显著低于LOS组(P<0.05),NOS组变形菌门及放线菌门相对丰富显著低于LOE组(P<0.05,P<0.01),NOS组节杆菌属相对丰度显著低于LOE组(P<0.05);干预后9天时,NOS组假单胞菌属相对丰度显著高于LOS组(P<0.05)。结论:低氧或低氧训练作为唯一变量,导致大鼠肠道微生物构成发生显著变化。低氧干预导致大鼠肠道微生物中厚壁菌门相对丰度显著升高,低氧训练导致大鼠肠道微生物中放线菌门、变形菌门相对丰度显著下降;这可能导致肠道微生物失调,宿主肠黏膜屏障功能受损。     

维持性血液透析终末期肾病患者肠道菌群特点探讨

 目的 探讨维持性血液透析终末期肾病(end stage renal disease,ESRD)患者肠道菌群的特点。方法 收集维持性血液透析的稳定ESRD患者和健康对照组受试者各22例粪便样本,提取样本DNA,进行16S rRNA基因测序,对肠道菌群的分布情况进行分析。结果 (1)维持性血液透析ESRD组观察到的各样品微生物物种量、物种多样性较健康对照组低,物种多样性在18～44岁组有统计学差异;(2)两组在纲、目、科、属、种分类水平上分别发现2、4、9、29、28个相对丰度有统计学差异的物种(P<0.05); 其中Negatibicutes纲、粪球菌属-3相对丰度维持性血液透析ESRD组低于健康对照组,而丹毒丝纲、目、科、属、种水平相对丰度维持性血液透析ESRD组高于健康对照组;(3)通过KEGG代谢途径的差异分析,推测两组间有3个存在统计学差异的代谢途径(P<0.05),其中与碳水化合物代谢途径相关基因在健康对照组粪便样品中显著富集,而与细胞运动性及药物耐药途径相关基因在维持性血液透析ESRD组粪便样品中显著富集。结论 维持性血液透析ESRD组患者肠道微生物群落多样性降低,与健康对照组比较在微生物群落相对丰度、KEGG功能预测相关基因代谢途径上存在差异。     

消化性溃疡和胃癌患者血浆、胃液生长抑素、胃动素含量变化

应用放射免疫测定法,测定了60例消化性溃疡及胃癌患者血浆、胃液中生长抑素和胃动素的含量变化,结果表明:生长抑素在消化性溃疡及胃癌患者血浆和胃液中的水平均显著高于正常对照组血浆水平(P<0.001),胃液的生长抑素水平同自身血浆水平比较也显示升高(P<0.01),胃动素在消化性溃疡患者血浆和胃液中的水平同正常对照比较相差不大(P>.005),胃痛患者血浆胃动素水平显著高于正常对照组(P<0.001),而胃癌患者胃液胃动素水平也呈增高趋势,但无统计学差异(P>0.05),但不同的是在胃窦部胃癌患者(n=6)胃液胃动素水平却显示显著升高(P<0.01)。     

用显示子检查不同胃型胃排空时间的对照研究

目的：不同胃型胃排空的对比研究，方法：1200例不同胃型健康志愿者，口服实验餐并连续观察显示子由胃排出的数目。结果：经统计学分析，瀑布型胃的胃排空与其它胃型有明显差异（P＜0．05）。结论：瀑布型胃属于一种潜病理（亚健康）状态。     

进展期胃癌声像征象分析

通过２５０例进展期胃癌声像征象分析及２例离体标本实验并与病理对照，提出：（１）胃壁第１层强回声带是粘液层和表面上皮与胃显像剂的界面反射，第２层弱回声带是粘膜固有层及粘膜肌层，故胃癌观察重点应在第２层；（２）胃癌侧向侵犯以肌层最快，声像特征为肌层延伸征；（３）进展期胃癌的征象为：①粘液层中断征；②粘膜增厚及斜坡征；③胃壁层次破坏；④肿块突入腔内及胃腔狭窄；⑤火山口征；⑥胃壁增厚、僵硬、蠕动消失；⑦周围淋巴结及脏器转移。     

Radiology-Pathology Conference: Calcified untreated gastric cancer

Adenocarcinoma of the stomach represents upwards of 95% of all gastric malignancy. Calcifications in untreated gastric cancer are rare, but typically represent mucin-producing tumor. We report the radiology and pathology of a patient who presented with gastric wall calcifications on CT and a mucin-producing adenocarcinoma at pathologic examination of a gastric biopsy specimen.     

CT features of gastric lymphoma

The gastrointestinal tract is the most frequent site of extranodal involvement by lymphoma and stomach is the most frequently involved. The incidence of gastric lymphoma appears to be rising as that of adenocarcinoma is declining. It produces a spectrum of radiologic appearances and its distinction from adenocarcinoma is difficult since their findings frequently overlap. The aim of this article is to present pictorially a spectrum of CT findings of the gastric lymphoma. Received: 11 August 1998; Revision received: 26 March 1999; Accepted: 30 June 1999     

纳米孔三代测序在HIV/AIDS合并肺部感染者快速病原学鉴定的应用价值探讨

目的通过对人类免疫缺陷病毒/获得性免疫缺陷综合征（Human Immunodeficiency Virus/Acquired Immunedeficiency Syndrome,HIV/AIDS）合并肺部感染者纤维支气管镜肺泡灌洗液样本进行研究,探讨纳米孔三代测序（Oxford Nanopore Technologies）对样本快速病原学鉴定的准确性。方法本研究共纳入2例HIV/AIDS合并肺部感染并留取肺泡灌洗液样本的患者,使用纳米孔三代测序对样本DNA进行测序,提取不同时间点的测序数据进行生物信息学分析,并与常规病原体检查和二代测序（Illumina）等方法进行比较,评价纳米孔三代测序对样本快速病原学鉴定的准确性。结果本研究纳入的患者A常规病原学检查和二代测序的结果均提示铜绿假单胞菌感染,纳米孔三代测序仅需1 h测序数据即发现样本中存在铜绿假单胞菌的基因序列;患者B常规病原学检查和二代测序的结果均提示肺炎克雷伯杆菌,屎肠球菌和结核分枝杆菌混合感染,纳米孔三代测序1 h的测序结果即可检测出肺炎克雷伯杆菌和屎肠球菌的基因序列,6 h的测序结果即可检测出结核分枝杆菌的序列。因此,加上对肺泡灌洗液样本处理、DNA文库构建和生物信息学分析的耗时（合计约2 h）,仅需8 h左右即可检测出上述样本的致病微生物。结论纳米孔三代宏基因组测序可对HIV/AIDS合并肺部感染者进行快速病原微生物鉴定,其准确性与常规病原学检查和Illumina二代测序的结果一致。     

门脉高压大鼠胃黏膜病变机制的实验研究

目的研究门脉高压时胃黏膜病变的机制。方法建立大鼠门脉高压模型,观察胃组织NO、MDA含量,EGF、ET-1、TNF-αmRNA表达水平的变化。结果胃组织NO、MDA含量升高(P<0.05),ET-1、TNF-αmRNA表达水平升高,EGFmRNA表达水平降低。结论氧化应激是肝纤维化门脉高压时胃黏膜细胞凋亡的一个重要发病机制。可能通过下游的对EGF、ET-1、TNF-αmRNA表达的调节,加重门脉高压时胃粘膜病变状态。     

PET/CT对胃腺癌的诊断价值与胃镜对比分析

目的:评价PET/CT对胃腺癌(GA)的诊断价值.方法:回顾性分析经病理证实的15例GA资料,所有病例均行PET/CT检查,14例行胃镜检查并与胃镜结果比较.结果:PET/CT显示原发肿瘤氟脱氧葡萄糖(FDG)摄取增高14例,敏感性为93％0,标准摄取值(SUV)最大值5.92±3.11,SUV平均值3.17±0.89,同时在11例患者中发现FDG摄取增高转移灶41处,SUV最大值5.03±2.74,SUV平均值2.76±1.01.胃镜结合活体组织取材进行病理学检查诊断符合率100％.结论:对于有胃镜检查禁忌症的患者,以及需要进一步临床分期的GA患者,PET/CT是一种有效的检查方法.     

扩散加权成像预测胃腺癌淋巴结转移的价值初探

目的 探讨扩散加权成像（DWI）预测胃腺癌淋巴结转移的价值。方法 选取2012年10月～2019年5月我院术前行MRI扫描并行根治性手术的57例胃腺癌患者,测量并记录肿瘤的表观弥散系数（ADC）,包括最大值（ADCmax）、平均值（ADCmean）和最小值（ADCmin）。根据术后淋巴结病理结果将患者分为无淋巴结转移组和淋巴结转移组。采用独立样本t检验比较无淋巴结转移组和淋巴结转移组间ADC值的差异,绘制受试者工作特性曲线（ROC曲线）分析ADC值预测胃腺癌淋巴结转移的效能,并确定最佳阈值。运用Logistic回归分析ADC对胃腺癌淋巴结转移的独立预测作用。结果 有、无淋巴结转移的两组患者在MRI有无可疑转移淋巴结,病灶的ADCmean、ADCmin及分化程度等方面的差异均有统计学意义（P均<0.05）,而肿瘤的部位、最厚径、ADCmax及Borrman分型等方面的差异无统计学意义（P均> 0.05）。ADCmean和ADCmin预测胃腺癌淋巴结转移的AUC分别为：0.748、0.784。Logistic回归分析显示ADCmin是胃腺癌淋巴结转移的独立预测因子（P<0...     

胃癌的多层面螺旋CT增强表现及局部侵犯范围的判断

目的:分析胃癌在多层螺旋CT增强早期的表现,评价多层螺旋CT增强早期对判断肿瘤局部侵犯范围的价值。材料与方法:29例胃癌病人术前1周内行螺旋CT平扫与增强扫描。CT所见与手术病理对照。结果:胃癌表现为局限(26例)或广泛(3例)的胃壁增厚,大多数胃癌在螺旋CT增强早期出现不同程度强化。印戒细胞癌CT强化均值为43.8 HU,低分化腺癌为36.2 HU,中分化腺癌为17.9 HU,高分化腺癌为19 HU。多层螺旋CT对胃癌浆膜侵犯、胃周脂肪间隙侵犯及脏器侵犯判断的准确率分别为89.6%、81.8%、93.1%。结论:多层螺旋CT增强早期胃癌的强化程度与其病理组织分化程度有相关性,对判断胃癌局部侵犯范围有一定实用价值。     

GEO公共数据集分析载脂蛋白D在胃癌中表达及临床意义

目的通过基因表达汇编(GEO)公共数据集研究载脂蛋白D(ApoD)在不同分期及不同类型胃癌患者中的表达情况,探讨ApoD与胃癌发生及发展的关系,为临床诊疗及风险预测提供依据。方法从美国国家生物技术信息中心(NCBI)的GEO数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)中下载基因表达谱公共数据集GSE62254,纳入标准为包含ApoD表达数据的胃癌肿瘤表达谱。探究ApoD表达与胃癌临床病理学参数之间的相关性及其对预后的影响。采用基因集富集分析(GSEA)法预测ApoD的调控基因。结果 ApoD在女性、年龄≤60岁及弥漫型胃癌的患者中高表达,同时其表达与胃癌的T分期、临床分期呈正相关。在预后方面,ApoD高表达的胃癌患者无进展存活时间、总存活期明显短于低表达患者(P<0.05)。ApoD高表达样本富集了细胞黏附、紧密连接、花生四烯酸代谢等基因集。结论在胃癌中,ApoD高表达为预后不良因素,可作为影响胃癌患者预后的判断因素。