基于数据挖掘的备选新处方“成分-疾病-靶标-通路”预测分析——以抗抑郁新方发现为例

目的:预测抗抑郁新方(香蒲解郁方)治疗抑郁症的分子作用机制。方法:使用整合药理学平台V1. 0对通过文本挖掘获取的香蒲解郁方的中药成分及抑郁症疾病靶标数据进行靶标预测、蛋白质-蛋白质相互作用信息(PPI)、基因功能和通路富集等分析,构建香蒲解郁方治疗抑郁症疾病"成分-靶标-通路"多维网络并可视化展示,筛选核心成分、关键标靶与主要通路。结果:预测分析发现香蒲解郁方中有219个成分和1925个靶标与抑郁症相关,其中姜黄酮、姜黄素、挥发油、α-细辛醚,β-细辛醚等为发挥抗抑郁作用的主要成分,五羟色胺受体(HTR2C)、δ型阿片受体(OPRD1)、μ型阿片受体(OPRM1)、κ型阿片受体(OPRK1)等为候选关键靶标,神经系统、神经网络信号通路、趋化因子信号通路等为主要通路。结论:通过整合药理学分析预测发现抗抑郁新处方-香蒲解郁方抗抑郁药化成分主要来自郁金、石菖蒲、香附、生姜、合欢皮,对神经和内分泌系统进行网络状综合调节为其主要作用机制。     

基于网络药理学的百合抗抑郁作用机制研究

目的：采用网络药理学方法探究百合抗抑郁的作用机制。方法：通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、BATMAN等在线数据库并结合文献调研,构建百合成分数据库;通过SwissTargetPrediction平台预测各成分潜在作用靶点,构建“成分-靶点”网络;以抑郁症为背景从GeneCards、OMIM、DrugBank数据库获得疾病靶点;通过与百合各成分靶点比对获得百合及抑郁共有靶点;采用Cytoscape构建百合抗抑郁的“成分-靶点-通路”网络,并进行KEGG通路富集分析。结果：通过网络药理学方法筛选得到百合发挥抗抑郁作用的16个生物活性成分,这些成分可作用于88个抑郁症相关的靶标。其中百合皂苷可能是其抗抑郁主要活性成分。百合可通过多靶点（STAT3、AKT1、JUN、VEGFA、TNF、APP、MAPK14、ESR1、AR和HSP90AA1等）参与小胶质细胞激活或衰减及雌激素水平的调节发挥抗抑郁作用,其中晚期糖基化终末产物（AGE）/晚期糖基化终末产物受体（RAGE）信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B（Akt）信号通路、鞘脂信号通路、C型凝集素受体信号通路、雌激素信号通路可能是其抗抑郁关键途径。结论：预测了百合抗抑郁的活性成分和潜在靶点,为百合及其复方抗抑郁机制研究提供参考。     

基于网络药理学和分子对接技术的白芍治疗抑郁症作用机制探讨

目的:利用网络药理学方法和分子对接技术探讨白芍治疗抑郁症的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出白芍的活性成分及相关靶点;使用DisGeNET、GeneCards等数据库筛选抑郁症潜在靶点,得到活性成分与疾病的交集靶点;通过STRING数据库构建活性靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用R语言中CludterProfiler程序包进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路分析;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-通路网络;通过Discovery Studio 2016软件对核心配体小分子和受体大分子进行分子对接分析。结果:筛选得到白芍相关活性化合物8个,相关靶点77个,白芍与抑郁症的共同靶点67个,β-谷甾醇、山柰酚和蛋白激酶B1 (Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)和孕激素受体(PGR)可能是白芍治疗抑郁症的有效化合物和作用靶点。GO功能富集分析筛选得到生物过程、细胞组成、分子功能分别为2825、189、358条;KEGG富集筛选得到糖基化终末产物(AGE)及其受体(RAGE)、神经活性配体-受体相互作用、TNF、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt等信号通路;分子对接结果表明,PGR与成分丁子香萜、β-谷甾醇、谷甾醇、芍药二酮和山柰酚均具有良好的亲和力。结论:白芍治疗抑郁症具有多成分、多靶点、多通路的特点,其作用机制可能与神经活性配体-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路和TNF信号通路等相关。     

基于网络药理学原理的黄芪-金银花药对干预急性呼吸窘迫综合征的分子机制研究

[目的]基于网络药理学原理,探讨课题组前期实验有效方益气化瘀解毒方核心药对黄芪-金银花干预急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的分子通路及作用机制。[方法]应用整合药理学平台对黄芪、金银花化学成分及ARDS疾病候选靶标进行收集,根据结构相似性原理选取相似性分数≥0. 8的所有药物靶标作为"黄芪-金银花"药对的潜在作用靶标,建立药物候选靶标信息数据库,通过该平台的蛋白质-蛋白质相互作用信息(PPI)数据库,获得"黄芪-金银花"药对作用的潜在靶标与ARDS疾病靶标之间的蛋白质-蛋白质相互作用信息(PPI),通过网络分析,构建"中药-核心成分-关键靶标-主要通路"的可视化网络图,进一步明确中药干预疾病的作用机制。[结果]黄芪-金银花药对共预测得到76个活性成分,其中黄芪化合物成分29个,金银花化合物成分47个。其干预ARDS作用涉及的前100个核心靶标中已知治疗ARDS的直接靶标(known disease target)78个,潜在药物靶标(putative drug target)3个,共同靶标(common target)2个;其干预ARDS的作用涉及ErbB信号通路、FoxO信号转导通路、Ras信号途径、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(AKT)信号通路、神经营养因子信号转导通路、细胞生长与死亡等相关生物过程和代谢通路。[结论]黄芪-金银花药对主要活性成分可针对多个靶点、多条通路发挥干预ARDS的作用,其作用与TSC1、NSDHL、GRB2、MYC、MAP2K等关键靶标及ErbB信号通路、FoxO信号转导通路、Ras信号途径、MAPK信号通路和PI3K-AKT信号通路等有关。     

基于UPLC-Triple-TOF-MS和网络药理学快速建立郁金潜在中药质量标志物成分库

目的 根据中药质量标志物（quality marker,Q-Marker）的理念,建立不同基源郁金的潜在Q-Marker库。方法 采用超高效液相色谱-三重四极杆-飞行时间质谱联用（UPLC-Triple-TOF-MS）技术,建立郁金化学成分高分辨质谱数据库,通过网络药理学等方法构建“化学成分-靶点-通路”预测郁金潜在的Q-Marker。结果 郁金药材中共鉴定出46个化学成分,其中共有成分12个。以共有成分为Q-Marker候选物进行网络药理学分析,预测姜黄酮、莪术双环烯酮、莪术二酮、莪术烯醇、莪术醇、二氢姜黄素、去甲氧基姜黄素和莪术呋喃二烯酮可作用于5羟色胺受体（HTR1A、HTR2A、HTR1D、HTR1B）、阿片受体（OPRK1、OPRM1、OPRD1、OPRL1）等靶点,通过调控神经活性配体-受体相互作用、血清素能突触、钙信号通路、cAMP信号通路、逆行内源性大麻素信号等重要通路发挥抗抑郁的作用。结论 通过UPLC-Triple-TOF-MS技术和网络药理学方法,可以快速分析和确定中药郁金的化学成分,建立郁金的潜在Q-Marker库。     

基于网络药理学探讨黄芪-当归配伍活性成分改善血管内膜增生的作用机制

目的采用网络药理学方法探讨黄芪-当归配伍改善血管内膜增生的药效物质和可能的作用靶点。方法利用TCMSP数据库,获取黄芪-当归的有效成分,利用Pharmmaper数据库搜集活性成分所对应的靶标。通过Genecards、DigSeE和OMIM数据库,收集血管内膜增生相关的靶标,并与药物作用靶标相比较,筛选出共同部分,作为药物成分作用的预测靶标。利用STRING获取预测靶蛋白之间的相互关系,根据相互关系大小筛选出核心靶标。利用Cytoscape 3.6.1软件,绘制"药物-成分-疾病-靶标"网络图、核心靶标相互作用网络图。用R语言进行核心靶标的KEGG通路富集分析和GO生物过程分析。结果收集到黄芪-当归药对的20个活性成分,共得到193个潜在药物作用靶点、487个潜在疾病靶点,主要作用于EGFR、ESR1、ALB、MAPK8、PGR等多个靶标,涉及PI3K-Akt、MAPK、Ras等多条信号通路以发挥抗血管内膜增生的作用。结论基于网络药理学方法,初步探讨了黄芪-当归配伍改善血管内膜增生可能的靶标和信号通路,可为黄芪-当归配伍作用机制的研究提供参考。     

基于系统药理学的续断治疗骨质疏松作用机制研究

目的利用系统药理学的方法探讨续断治疗骨质疏松的可能作用机制。方法使用中药系统药理学数据库(TCMSP)获得续断的药物成分,筛选活性成分,预测靶蛋白。在TTD和CTD数据库查询骨质疏松对应靶蛋白,构建药物-靶蛋白-疾病相互作用网络。借助DAVID数据库对核心靶蛋白作用通路进行分析。利用String数据库构建主要信号通路的蛋白质相互作用网络。结果获得7个续断活性成分及其63个靶蛋白,筛选到骨质疏松疾病靶蛋白118个,得到续断与骨质疏松交叉作用蛋白118个,进而富集到与细胞增殖分化及免疫功能等相关的24条信号通路,其中PI3K-AKT信号通路包含有最多数量的相关基因。String数据库分析表明AKT1、MAPK1、MAPK3在信号通路中出现的频率较高。结论续断可能主要通过AKT1、MAPK1、MAPK3影响PI3K-AKT信号通路治疗骨质疏松。     

基于网络药理学探讨葛根治疗缺血性脑卒中的效应机制

目的运用网络药理学方法探究葛根治疗缺血性脑卒中(Cerebral ischemic stroke,CIS)的潜在效应机制。方法利用网络药理学分析平台(BATMAN-TCM)数据库收集葛根化学成分及其靶标基因。通过Gene Cards、Drug Bank、HPO、OMIM、TTD等数据库获取CIS疾病靶标基因。将成分靶标与疾病靶标上传至String数据库,构建中药成分靶标-疾病靶标蛋白互作网络,并计算网络特征值,筛选出关键靶标。借助DAVID分析平台对关键靶标进行基因本体(GO)分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共获取葛根成分18种,成分作用靶标467个,疾病靶标200个。葛根治疗CIS关键靶标180个,包括胰岛素、白细胞介素6、肿瘤坏死因子、Fos原癌基因、一氧化氮合酶3等基因,主要富集在神经活性配体-受体相互作用、胆碱能突触、谷氨酸能突触、钙信号通路、cAMP信号通路、RAP1信号通路、MAPK信号通路、PI3K-AKT信号通路、cGMP-PKG信号通路等多条信号通路。结论葛根治疗CIS的效应机制多与基因调控、抗炎、抗氧化应激和抗细胞凋亡相关。     

基于网络药理学及分子对接研究黄连温胆汤治疗Z综合征作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接方法探讨黄连温胆汤治疗Z综合征的可能作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及中药成分数据库(TCMID)筛选并收集黄连温胆汤的活性成分及其对应靶标。利用Uniprot数据库获取药物活性成分对应靶标的基因,并与通过人类基因组注释数据库(GeneCards)和《人类孟德尔遗传》数据库(OMIM)所获得的人Z综合征(OSAS合并MS)相关基因进行比较,获得黄连温胆汤与Z综合征重合的潜在作用靶标基因。使用Cytoscape3.7.2软件绘制黄连温胆汤的"疾病-药物-成分-靶标-通路"网络图。通过String数据库获取潜在作用靶标之间的相互作用数据表,然后导入Cytoscape3.7.2软件构建靶蛋白质相互作用网络图。然后基于bioconductor提供的人类基因注释数据库org.Hs.eg.db,利用R语言的clusterfiler程序包对黄连温胆汤治疗Z综合征的潜在作用靶标进行GO分类富集分析和KEGG通路富集分析。结果:得到黄连温胆汤治疗Z综合征有134个候选活性成分,包括木犀草素、槲皮素、黄芩素、小檗碱、黄芩苷等;65个潜在作用靶标,包括AKT1、IL6、VEGFA和MMP-9等;116条通路,包括MAPK,核因子-κB,PI3K-Akt,Toll样受体等信号通路。分子对接表明,木犀草素、槲皮素、黄芩素可与3个关键候选靶蛋白(IL-6、AKT1、MMP-9)有较好的结合性。结论:黄连温胆汤可能通过作用于IL6、VEGFA和MMP-9等靶标及MAPK,核因子-κB,PI3K-Akt,Toll样受体等信号通路干预Z综合征的发生发展。     

基于整合药理学平台的柴胡-黄芩药对抗抑郁的分子机制研究

小柴胡汤为中医经典方药,现代研究证明其对抑郁症的疗效确切。但由于中药复方的复杂性,其抗抑郁症的药理学机制难以明晰。柴胡-黄芩是小柴胡汤核心配伍,该研究以柴胡-黄芩为研究对象,借助整合药理学平台,对其治疗抑郁症的分子机制进行研究探讨。对柴胡-黄芩药对预测共得到116个活性成分,其中柴胡62个,主要为柴胡皂苷类、酸类、醇类等;黄芩54个,主要为黄酮类和苷类。其抗抑郁作用涉及118个核心靶标,其中包括22个直接靶标,如五羟色胺受体(HTR2C),转录激活因子1,2(ATF1,ATF2),δ型阿片受体(OPRD1),μ型阿片受体(OPRM1),κ型阿片受体(OPRK1),肌醇单磷酸酶1(IMPA1),Toll样受体4(TLR4),组胺H1受体(HRH1),神经营养因子酪氨酸激酶受体1(NTRK1),糖原合成酶激酶-3β(GSK3β)等;其抗抑郁作用涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、转录因子的结合、细胞质、转录调控DNA模板、酶结合、内分泌系统、神经系统、神经营养因子信号通路、细胞生长和死亡、信号转导分子、甲状腺激素信号传导通路等相关生物过程和代谢通路。该研究为进一步研究该药对抗抑郁作用机制提供科学依据。     

基于UPLC-Q-TOF-MS/MS及网络药理学探讨麻杏止哮颗粒治疗哮喘的有效成分和作用机制

目的 基于UPLC-Q-TOF-MS/MS技术和网络药理学探讨麻杏止哮颗粒治疗哮喘的有效成分和作用机制。方法 通过UPLC-Q-TOF-MS/MS技术及中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库筛选麻杏止哮颗粒的活性成分和相关靶点;利用Disgenet、Genecards数据库检索哮喘疾病靶点,利用韦恩图绘制平台获取共有靶点,并将信息导入Cytoscope3.9.1软件和STRING在线分析平台,进行网络拓扑学分析,构建药物关键活性成分-关键靶点网络和药物-有效成分-核心靶点网络;基于核心靶点通过DAVID数据库进行基因本体（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析。结果 结合质谱分析与数据库筛选得到药物活性成分24个,药物靶点147个,疾病靶点1483个,共同靶点106个,关键活性成分23个;经蛋白质相互作用分析及网络拓扑分析后,获取核心靶点10个,分别是肿瘤坏死因子、白细胞介素-6、细胞肿瘤抗原p53、白细胞介素-1β、血管内皮生长因子A、表皮生长因子受体、分裂原活化蛋白激酶3、半胱氨酸蛋白酶3、基质金属蛋白酶9、纤连蛋白1,药物有效成分5个,包括槲皮素、异鼠李素、汉黄芩素、柚皮素、儿茶素;GO富集到基因功能69个,KEGG富集到基因通路70条,分析结果表明,麻杏止哮颗粒治疗哮喘的作用机制是通过调节晚期糖基化终末化产物-晚期糖基化终末产物受体信号通路在糖尿病并发症中的作用、分裂原活化蛋白激酶信号通路、白细胞介素-17信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路、人类巨细胞病毒感染通路等来发挥治疗哮喘的作用。结论 初步揭示了麻杏止哮颗粒治疗哮喘的有效成分和作用机制,为麻杏止哮颗粒药效物质基础研究奠定基础,为质量控制提供参考依据。     

黄芪桂枝五物汤治疗糖尿病周围神经病变靶点预测与机制探讨

目的:通过网络药理学的方法对黄芪桂枝五物汤治疗糖尿病周围神经病变(DPN)的相关靶点进行预测与机制探讨。方法:利用中药网络药理学分析平台(TCMSP)数据库筛选出黄芪桂枝五物汤中有效成分和相关靶标蛋白;运用网络可视化软件Cytoscape 3.5.1构建黄芪桂枝五物汤有效成分-靶标相互作用网络进行拓扑学分析;借助STRING在线数据库进行蛋白质与蛋白质相互作用(PPI)网络的构建与分析;从Uniprot数据库中获取靶标蛋白的基因名称后,借助David数据库进行KEGG通路功能富集分析,研究黄芪桂枝五物汤在治疗DPN上的作用机制及原理。结果:黄芪桂枝五物汤的核心化合物有槲皮素(quercetin),山柰酚(kaempferol),β-谷甾醇(beta-sitosterol),7-O-甲基异丙醇胺(7-O-methylisomucronulatol),异鼠李素(isorhamnetin)等,核心靶标有前列腺素G/H合酶2(prostaglandin G/H synthase2),热休克蛋白HSP90(heat shock protein HSP90),核受体共激活因子2(uclear receptor coactivator2)等;PPI网络图显示黄芪桂枝五物汤有效成分中关键蛋白主要有CJun氨基端激酶(JUN),肿瘤蛋白p53(TP53),FOS,丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1),转录因子P65(RELA),白细胞介素-8(IL-8)等;KEGG结果表明黄芪桂枝五物汤主要作用与肿瘤坏死因子信号通路(TNF signaling pathway),Toll样受体信号通路(Toll-like receptor signaling pathway)等信号通路有关。结论:黄芪桂枝五物汤主要通过多种途径,多种信号通路作用于多种靶点发挥其药物功效,利用网络药理学通过多种数据库与统计分析软件可以有效预测与分析药物的潜在作用与起效机制。     

基于网络药理学-分子对接探讨茵陈蒿汤治疗妊娠期肝内胆汁淤积症的作用机制＊

目的 利用网络药理学及分子对接技术，研究茵陈蒿汤治疗妊娠期肝内胆汁淤积症（ICP）的物质基础及可能的作用机制。方法 使用TCMSP数据库挖掘茵陈蒿汤有效成分和作用靶点，利用GeneCard与OMIM数据库筛选疾病靶点。将药物与疾病靶点的交集导入String构建PPI网络，使用Cytoscape3.7.2软件筛选核心靶点，借助Metascape数据库对靶点进行基因本体论（GO）功能和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，从筛选靶点-成分网络图中根据degree值筛选出前5个关键成分，并将该网络中的基因靶点以degree值高低进行排序，选择前5个核心靶点，然后从RCSB PDB数据库和Pub Chem数据库获取靶点与成分的三维结构和化学结构，使用Pymol软件对蛋白质分子进行去水、去磷酸根等操作，最后使用AutoDockTools进行分子对接。结果 茵陈蒿汤中共筛选出21种有效活性成分，关键成分5个，分别为槲皮素、山奈酚、芦荟大黄素、谷甾醇、大黄酸；其治疗ICP的的核心靶点14个，分别为JUN、CASP3、TNF、TP53、MYC、EGFR、AKT1、VEGFA、MMP9、MAPK1、EGF、IL6、CXCL8、MAPK8，靶点主要涉及细胞氧化应激反应、细胞运动的正向调节、受体配体活性、细胞因子受体结合、蛋白激酶活性等生物学过程，通过乙型、丙型肝炎途径、癌症途径、MAPK、 IL-17、TNF信号通路等多途径发挥治疗ICP的作用。分子对接结果显示关键成分与对应靶点具有较好的结合活性。结论 茵陈蒿汤治疗ICP是通过槲皮素、山奈酚、芦荟大黄素、谷甾醇、大黄酸等多种成分作用于JUN、CASP3、TNF、TP53、MYC、EGFR、AKT1、VEGFA、MMP9、MAPK1、EGF、IL6、CXCL8、MAPK8等多种基因靶点，从而影响MAPK、 IL-17、肿瘤坏死因子、ErbB、 Toll样受体以及乙型丙型肝炎病毒等多种相关信号通路发挥功效，该研究为进一步深入研究其作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学和分子对接的当归六黄汤治疗围绝经期综合征作用机制研究

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究当归六黄汤治疗围绝经期综合征（PMS）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和UniProt数据库检索当归六黄汤的活性成分和相应的靶点。基于GeneCards、DrugBank、OMIM数据库获取与PMS相关的靶点,并得到当归六黄汤与PMS的交集靶点。构建当归六黄汤活性成分-交集靶点相互作用网络。利用STRING在线数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析,筛选核心靶点。采用Metascape在线数据库进行基因本体（GO）功能注释及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集。通过Discovery Studio 2016进行分子对接,确定关键活性成分与核心靶点相互作用的分子基础。结果 共获取当归六黄汤112个活性成分,经筛选得到5个关键活性成分,分别为槲皮素、豆甾醇、β-谷甾醇、山柰酚、7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇,主要发挥抗炎和雌激素样作用。获取当归六黄汤与PMS的交集靶点52个,经筛选得到5个核心靶点,分别是白细胞介素-6（IL-6）、前列腺素G/H合酶2（PTGS2）、雌激素受体1（ESR1）、IL-1B和糖皮质激素受体基因亚科3 C组成员1（NR3C1）,主要参与炎症反应和激素调节。KEGG富集分析显示,当归六黄汤治疗PMS主要通过化学致癌-受体激活、脂质和动脉粥样硬化、癌症、神经活性配体-受体相互作用、流体剪切应力和动脉粥样硬化、5-羟色胺能突触、雌激素信号通路、突触小泡循环、腺苷酸依赖的蛋白激酶（AMPK）信号通路等发挥作用。分子对接结果验证了当归六黄汤的关键活性成分可以与核心靶点蛋白形成稳定的对接模型。结论 基于网络药理学和分子对接技术,筛选出当归六黄汤治疗PMS的关键活性成分、核心靶点和主要信号通路,为当归六黄汤治疗PMS提供了参考。     

益肾养髓方治疗脊髓损伤作用机制的网络药理学研究＊

目的 本研究主要通过网络药理学的技术和方法，探讨益肾养髓方治疗脊髓损伤的关键靶点及其作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台、中药综合数据库搜集益肾养髓方中所有药物的化学成分，筛选其有效活性成分并预测其作用靶点。通过GeneCards、OMIM等数据库提取脊髓损伤疾病相关基因。随后获取药物与疾病的共同作用靶点，并将其上传至在线STRING11.0数据库构建蛋白质相互作用网络图，并对关键蛋白进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果 共获得益肾养髓方化学成分1071个，有效活性成分139个，药物靶点217个，脊髓损伤疾病相关靶点1524个，药物与疾病共同靶点118个。根据PPI蛋白互作网络的结果得出，益肾养髓方治疗SCI疾病的关键靶点为STAT3、AKT1、JUN、MAPK1、IL6、RELA等。GO功能富集分析主要提示与细胞因子受体结合、细胞因子活性、转录因子活性等相关。KEGG通路富集分析主要包括糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路等。结论 本研究从整体层面初步预测了益肾养髓方治疗脊髓损伤相关疾病的作用靶点与信号通路，为更深层次的研究提供了思路和方向。     

石榴皮活性成分治疗痤疮作用机制的网络药理学预测及实验研究＊

目的 采用网络药理学及实验验证的方法，探索皮类中药石榴皮治疗痤疮的作用机制。方法 利用网络药理学技术筛选石榴皮治疗痤疮的活性成分和作用靶点，采用String数据库对活性成分靶点与痤疮疾病靶点进行蛋白互作网络分析，并通过David数据库对其结果进行KEGG通路富集分析。基于以上结果，采用Cytoscape3.6.1软件构建石榴皮治疗痤疮的“成分-靶点-通路”网络关系图。通过动物实验，观察石榴皮多酚乳膏对金黄地鼠皮脂腺斑面积及PI3K蛋白表达情况的影响。结果 本研究共获得药效成分31个，药物靶点193个，痤疮靶点1371个，药效成分与疾病的交集靶点79个。石榴皮治疗痤疮的主要成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素等；核心靶点为Akt1、IL-6、VEGFA和PTSG2；关键信号通路可能包括PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、T细胞受体信号通路、FoxO信号通路等。体内实验证实，石榴皮能够降低金黄地鼠皮脂腺斑PI3K蛋白表达水平，抗皮脂腺斑增生。结论 本研究预测了石榴皮治疗痤疮可能的作用机制，为“以皮治皮”理论在中医皮肤科的应用提供现代理论依据。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨利胆化痰活血方治疗代谢综合征的分子机制＊

目的 利用网络药理学和分子对接技术探讨利胆化痰活血方治疗代谢综合征的药效活性成分及作用机制。方法 通过TCMSP数据库（http：//tcmspw.com/tcmsp.php）和SwissTargetPrediction（http：//www.swisstargetprediction.ch）筛选利胆化痰活血方的有效成分及靶点，从DisGeNET数据库（https：//www.disgenet.org）中获取代谢综合征疾病靶点，与利胆化痰活血方有效成分靶点进行韦恩分析。针对利胆化痰活血方有效成分和代谢综合征相关靶点进行GO功能分析与KEGG通路富集分析，并建立交集靶点的PPI网络和有效成分-核心靶点关联网络。利用分子对接技术预测有效成分与靶点的潜在结合活性。结果 网络药理学分析得出38个活性成分和14个靶点组成的129个有效成分与靶点组合可能是其潜在起效组合。其作用通路与内分泌抵抗，EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药，HIF-1信号通路，FoxO信号通路，Rap1信号通路，MAPK信号通路，ErbB信号通路，鞘脂信号通路，Ras信号通路，趋化因子信号通路相关。分子对接将其聚焦到AKT1，PPARG及MMP9三个靶点中，动物实验显示，代谢综合征大鼠肝脏中AKT1，PPARG的mRNA水平显著降低（P<0.05，P<0.01），经过利胆化痰活血方治疗后显著升高（P<0.05，P<0.01）。结论 本研究发现利胆化痰活血方可能作用于肝脏中AKT1和PPARG治疗代谢综合征，对进一步揭示利胆化痰活血方对代谢综合征的治疗作用提供新的证据和研究思路。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术,探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制.方法 通过TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD以及String数据库获得巴戟天活性成分、作用靶点以及RA相关疾病靶点,采用Cytoscape3.7.1软件绘制"化学成分-靶点-R...     

基于网络药理学探讨黄精-百合药对抗癌作用的机制

目的:通过网络药理学的方法筛选黄精-百合药对中的有效成分,预测治疗癌症的作用靶点及信号通路,进一步探讨潜在作用机制。方法:使用全称为中药系统药理学分析平台筛选黄精-百合药对中的活性成分和靶点,通过基因疾病关联数据库(Dis Ge NET)与人类孟德尔遗传数据库(OMIM)预测与筛选药对中有效的中药成分作用的疾病靶点。选择生物信息分析学习平台(Omicshare)匹配药物和疾病的靶点,借助复杂网络可视化平台(Cytoscape3. 7. 0)软件构建"药物-成分-疾病"网络。采用蛋白质相互作用网络数据库(String)构建黄精-百合药对治疗癌症的靶点相互作用的网络。最后通过功能注释生物信息学分析平台(DAVID)对黄精-百合药对中关键作用的节点进行生物功能及代谢通路分析。结果:筛选出19个黄精-百合药对的活性成分,根据靶点预测技术预测出相关靶点234个,与疾病靶点有关的活性成分为6个,主要通过调控丝氨酸(Akt)/苏氨酸激酶1(Akt1),Jun原癌基因,AP-1转录因子亚基(JUN),血管内皮生长因子A(VEGFA),基质金属蛋白酶-9(MMP-9),半胱氨酸蛋白酶-3(Caspase-3)等靶蛋白,以及癌症中的蛋白多糖,雌激素信号转导通路,人免疫缺陷病毒1感染,缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路,肿瘤坏死因子(TNF)信号通路,癌症中的微型核糖核酸(MicroRNAs)等通路发挥抗癌作用。结论:黄精-百合药对治疗癌症的作用体现了中药多成分-多靶点-多途径的特点,为阐释其抗癌治疗的作用机制与物质基础提供了科学依据。     

龙眼叶治疗2型糖尿病的网络药理学研究及实验验证

目的 基于网络药理学和分子对接的方法探讨龙眼叶治疗2型糖尿病（T2DM）的作用机制，并通过体外实验进行初步验证。方法 采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）并结合化源网数据库和相关药理活性文献筛选出龙眼叶的活性成分；通过Swiss TargetPrediction网站在线分析筛选活性成分的靶点。利用OMIM、GeneCards、DrugBank三个数据库获取T2DM的相关靶点，进而利用韦恩（VENNY）2.1筛选出活性成分与T2DM的交集靶点；然后将其导入STRING数据库以进行蛋白质互作网络（PPI）网络构建；采用Cytoscape v3.8.0软件构建“中药-化学成分-关键靶基因-疾病”网络图；通过DAVID数据库对交集靶点进行GO注释和KEGG通路富集分析，GraphPad Prism 8.3软件将其可视化；运用SYBYL-X 2.0和Discovery Studio 4.5 软件对龙眼叶排名靠前的活性成分和关键靶点进行分子对接，验证其生物活性。验证实验以人肝癌细胞（HepG2）作为研究对象，高糖诱导胰岛素抵抗HepG2细胞模型，CCK8法检测细胞增殖抑制率，蛋白印迹（Western blot）检测磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B（PI3K-AKT）信号通路相关蛋白的表达情况。结果 共筛选出龙眼叶有16个活性成分，活性成分和疾病的交集靶点共96个，网络拓扑分析筛选出关键靶点16个。生物学过程包括凋亡过程的负调控、细胞质膜、酶结合等。龙眼叶在改善T2DM主要作用于HIF-1信号通路、胰岛素抵抗信号通路、PI3K-AKT信号通路等。分子对接显示山柰酚和EGFR、槲皮素和PTGS2、木犀草素和PIK3R1有比较强的结合活性。细胞实验结果表明龙眼叶提取物可以上调IR模型HepG2细胞AKT-1、p-AKT-1、p-PI3Kp85蛋白表达。结论 龙眼叶抗T2DM的作用机制可能与PI3K-AKT、HIF-1、胰岛素抵抗等信号通路有关。