16S rDNA基因测序分析阳虚质人群肠道菌群特征的研究

目的:研究阳虚质和平和质肠道微生物菌落构成变化,探讨阳虚质肠道菌群特点。方法:选取阳虚质及平和质人群,每组各30例,提取两组人群新鲜粪便样本中细菌DNA,运用Illumina MiSeq高通量测序平台对样本DNA进行338F_806R区16S rDNA测序以检测肠道菌群。应用I-Sanger生信云平台分析门水平和属水平的肠道菌群结构变化。结果:PLS-DA显示阳虚质与平和质在肠道菌群组成上差异有统计学意义(P0.05)。阳虚质Alpha多样性有下降趋势。在门水平上两组优势菌门都是厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门,阳虚质拟杆菌门/厚壁菌门的比值低于平和质。属水平上与平和质相比,阳虚质中粪栖杆菌、直肠真杆菌属、拟杆菌属、巨单胞菌属、罗氏菌属丰度下降。埃希氏杆菌/志贺氏杆菌属、链球菌属、消化链球属、柯林斯菌属等菌属丰度上升。阳虚质拟杆菌丰度低于平和质,差异具有统计学意义(P0.05)。结论:阳虚质多样性呈下降趋势,丰度最高的菌门为厚壁菌门,其次为变形菌门,拟杆菌属相对丰度的显著下降是阳虚质肠道菌群的特征。     

基于16S rRNA技术分析柴胡龙骨牡蛎汤对精神分裂症大鼠肠道菌群多样性的影响

目的:基于16S rRNA技术研究柴胡龙骨牡蛎汤对精神分裂症模型大鼠肠道菌群多样性的影响,并探讨该复方治疗精神分裂症的作用机制。方法:雄性SD大鼠除正常组外,每日按剂量0. 1 mg·kg~(-1)腹腔注射地卓西平马来酸盐进行造模,模型成功后,柴胡龙骨牡蛎汤高、中、低剂量组给予实验大鼠柴胡龙骨牡蛎汤(11. 2,5. 6,2. 8 g·kg~(-1)),利培酮组按0. 4 mg·kg~(-1)灌胃给予利培酮片,正常组与模型组灌胃给予蒸馏水,给药体积均为10 mL·kg~(-1),连续给药14 d,将大鼠麻醉后取大鼠盲肠内容物,以Illumina MiSeq为测序平台,对其16S rRNA V4区的肠道菌群可操作分类单元(OTUs)数量,alpha与beta多样性,丰富度指数与多样性指数以及差异菌门与菌属进行综合性分析与评价。结果:柴胡龙骨牡蛎汤可改善精神分裂模型大鼠OTUs数量及alpha与beta多样性的失调,降低菌群生物丰富度指数与多样性指数,对精神分裂症模型大鼠的5种差异菌门(上调拟杆菌门、酸杆菌门、变形菌门和TM7菌门,下调厚壁菌门)与20种差异菌属的分布结构均产生回调作用。结论:柴胡龙骨牡蛎汤对精神分裂症模型大鼠的异常菌群多样性起到治疗作用,并通过16S rRNA技术揭示了肠道菌群在精神分裂状态下的相关病理机制。     

基于16S rDNA测序技术的自发性高血压大鼠肠道菌群结构变化及中药干预作用

目的分析自发性高血压大鼠(SHR)肠道菌群结构特征,初步探讨中药黄连解毒汤(HLJDD)干预作用影响。方法 12周龄雄性SHR随机分模型组(M组)、HLJDD组(H组),同周龄雄性Wistar大鼠为正常对照组(W组),每组各4只。空白对照组及模型组常规饲养,HLJDD组按0.027 g/(kg·d)灌胃给药,每天给药1次,连续给药6周。干预结束后,取出盲肠内容物(新鲜粪便),采用16S rDNA高通量测序并进行生物信息学分析。结果 3组大鼠肠道微生物测序覆盖度在0.997以上,从属水平分析3组大鼠物种丰度聚类分布于4个优势的细菌门:27个属于厚壁菌门类(Firmicutes)、4个属于拟杆菌门类(Bacteroidetes)、3个属于变形菌门类(Proteobacteria)和1个属于疣微菌门类(Verrucomicrobia)门类细菌;Simpson指数表明,模型组大鼠肠道菌群多样性降低,HLJDD组大鼠肠道菌群多样性高于模型组;3组大鼠肠道菌群微生物群落结构在门水平上主要由厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria)组成,其中模型组厚壁菌门(Firmicutes)相对丰度增加,HLJDD组大鼠肠道菌群厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度低于模型组;3组大鼠肠道菌群微生物群落结构在属水平上主要由乳酸杆菌属(Lactobacillus)、肠球菌属(Enterococcus)、大肠志贺氏杆菌属(Escherichia Shigella)组成,其中益生菌乳酸杆菌属(Lactobacillus)相对丰度在模型组明显降低,HLJDD组大鼠肠道菌群乳酸杆菌属相对丰度高于模型组。结论 SHR肠道菌群结构失于平衡状态,菌群多样性有一定程度下降,HLJDD可能通过增加SHR菌群多样性、降低SHR致病菌厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度、升高SHR益生菌乳酸杆菌属相对丰度达到对抗高血压的作用,尚需扩大样本量进一步进行验证。     

矿物药青礞石对戊四唑点燃癫痫大鼠肠道菌群的影响

目的研究青礞石对戊四唑(pentylenetetrazol,PTZ)点燃癫痫大鼠肠道菌群的影响,从肠道微生态环境视角探讨青礞石治疗癫痫疾病可能的作用机制。方法以青礞石粉末为研究对象,用PTZ点燃法建立大鼠癫痫动物模型,实验分为对照组、模型组、卡马西平组和青礞石组(高剂量组为临床用量的20倍、低剂量组为临床用量的5倍)。给药4周后,取各组大鼠结肠内容物,通过16Sr RNA测序对各组大鼠肠道菌群的多样性进行分析,利用UPARSE、SPSS18.0等对结果进行生物信息学及统计学分析。结果α多样性分析可知,模型组大鼠肠道菌群的Chao 1、Ace丰富度指数与对照组相比没有显著性变化;与对照组、模型组相比,青礞石组尤其是高剂量组对细菌群落丰富度有显著影响(P0.05)。Shannon、Simpson群落多样性指数分析结果显示,模型组与对照组无显著性差异;青礞石组对群落多样性干预不明显。青礞石主要干预肠道菌群的丰富度、卡马西平主要干预肠道菌群的多样性。β多样性各组层级聚类均能较好地分开,其中青礞石高剂量组与低剂量组部分样本不能明显分开,2组样本可归为一类,对照组、模型组可归为一类,卡马西平组单独归为一类。3D-主成分分析(3D-principal component analysis,3D-PCA)、3D-主坐标分析(3D-principal co-ordinates analysis,3D-PCoA)结果显示,各组菌群结构轮廓均能明显分开,青礞石低剂量组介于对照组和模型组之间,菌群结构轮廓部分与模型组、对照组有重合交叉,且有偏向对照组的明显趋势。非度量多维尺度(nonmetric multidimensional scaling,NMDS)分析结果显示,对照组、模型组、青礞石组集中在一个区域,青礞石组与模型组、对照组有重合交叉,青礞石高剂量组、低剂量组对肠道菌群结构有相似的干预效果。物种组成门水平分析可知,各组大鼠的优势菌群主要有厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria),其中厚壁菌门占比最大,其次是拟杆菌门。模型组疣微菌门相对丰度较对照组显著增加(P0.01),模型组变形菌门的相对丰度最高;青礞石干预后疣微菌门相对丰度下降,变形菌门相对丰度有不同程度降低。属水平分析可知,与对照组相比,模型组中norank_f__Muribaculaceae(P0.05)、Akkermansia菌属(P0.01)相对丰度显著增加,乳杆菌属显著减少(P0.05);青礞石干预后可降低Akkermansia菌属、升高乳杆菌属Lactobacillus的相对丰度。另外,线性判别分析效应大小(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)分析可知厚壁菌门的瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)在模型组中显著富集,给予青礞石干预后,瘤胃球菌科相对丰度显著降低。结论青礞石对PZT点燃癫痫大鼠肠道菌群物种组成的丰富度、多样性具有明显的调节作用,可有效干预肠道微生态的重建。     

电针对肝郁脾虚型慢性疲劳综合征大鼠血清炎症因子及肠道菌群的影响

目的观察电针对肝郁脾虚型慢性疲劳综合征(CFS)模型大鼠血清炎症因子和肠道菌群的影响,探讨其作用机制。方法 SPF级SD大鼠随机分为对照组、模型组和电针组,每组6只。采用强迫游泳、慢性束缚和饮食控制制备肝郁脾虚型CFS大鼠模型。造模同时予电针"足三里""合谷""太冲",频率2 Hz/15 Hz,强度1 mA,每次20 min,每日1次,持续21 d。旷场实验评价大鼠自发运动能力,高架十字迷宫评价大鼠焦虑样表现,负重力竭游泳评价大鼠疲劳情况,ELISA检测大鼠血清肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、脂多糖水平,16S rDNA测序分析大鼠肠道菌群门水平变化。结果与对照组比较,模型组大鼠旷场活动总路程和平均速度明显减少(P0.01),高架十字迷宫开放臂进入次数和停留时间明显减少(P0.05),负重力竭游泳时间明显缩短(P0.01),血清TNF-α、脂多糖水平明显升高(P0.01);肠道菌群厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门丰度下降,变形菌门和螺旋体门丰度升高,但差异无统计学意义(P0.05)。与模型组比较,电针组大鼠旷场活动总路程和平均速度明显增加(P0.01),高架十字迷宫开放臂进入次数和停留时间明显增加(P0.01),负重力竭游泳时间明显延长(P0.01),TNF-α、脂多糖水平明显降低(P0.01);肠道菌群厚壁菌门和放线菌门丰度升高,变形菌门和螺旋体门丰度降低,但差异无统计学意义(P0.05)。结论电针"足三里""合谷""太冲"可改善肝郁脾虚型CFS模型大鼠运动能力、疲劳和焦虑样表现,其机制可能与下调血清TNF-α、脂多糖水平,抑制炎性反应有关。     

基于高通量测序技术的黄芩提取物对热证模型大鼠肠道菌群多样性的影响

目的探究黄芩Scutellaria baicalensis提取物对热证模型大鼠肠道菌群多样性的影响,并探讨中医“热者寒之”思想的科学内涵。方法雄性SD大鼠随机分为对照组、模型组、黄芩提取物(3 g/kg)组。除对照组外,其余各组大鼠于每日上午ig左甲状腺素钠混悬液(0.12 g/kg),造模1 h后,黄芩提取物组ig黄芩提取物(10 mL/kg),对照组与模型组ig等体积的饮用水,连续15 d。采用高通量测序技术对大鼠盲肠内容物的肠道菌群多样性进行测序;取大鼠血清测定神经-内分泌-免疫系统中关键性指标,并构建差异菌属与神经-内分泌-免疫系统的互作体系。结果黄芩提取物可显著回调热证模型大鼠神经-内分泌-免疫系统中关键性的12个指标,明显改善肠道内分类操作单元(operational taxonomic units,OTUs)数量和α、β多样性的失调,降低菌群生物丰度与多样性指数,对热证模型大鼠的6种差异菌门与25种差异菌属的相对丰度起到调节作用。柯林斯菌属Collinsella、苍白杆菌属Ochrobactrum、普雷沃菌属Prevotella与神经-内分泌-免疫系统具有强相关作用。结论黄芩提取物可改善热证模型大鼠神经-内分泌-免疫系统和肠道菌群多样性的异常,柯林斯菌属、苍白杆菌属、普雷沃菌属可能是热证模型大鼠肠道的潜在标志菌属。     

基于生理及寒热模型大鼠肠道菌群多样性变化的淫羊藿药性归属研究

目的基于高通量测序技术探讨淫羊藿EpimediiFolium对生理状态及寒热模型大鼠肠道菌群多样变化的影响以判断淫羊藿的药性归属。方法取SD大鼠40只随机分为3部分,生理状态大鼠、热证模型大鼠及寒证模型大鼠。生理状态大鼠共10只,随机分为2组:空白组与淫羊藿组(Sm Q);热证模型大鼠共15只,随机分为3组:空白组、热证模型组(RmcM)、热证模型淫羊藿组(RmcQ);寒证模型大鼠共15只,随机分为3组:空白组、寒证模型组(HMmc)、寒证模型淫羊藿组(HQmc)。分别采用优乐甲120 mg/kg及冰水游泳方式建立大鼠热证与寒证模型,Sm Q组、RmcQ组和HQmc组自造模第1天起ig淫羊藿提取物(10 mL/kg),空白组给予等量生理盐水,连续给药15 d,之后取大鼠新鲜粪便进行肠道菌群多样性分析。结果淫羊藿可引起不同证候大鼠肠道菌群中OTUs数量、α多样性及主要菌门丰度的变化,同时通过β多样性分析可发现不同样本间的菌群结构出现显著性差异;同一样本间的菌群结构较为相似,表明实验所获得的样本可用于分析肠道菌群的变化。在门水平下,各模型淫羊藿组样本的拟杆菌门相对丰度均发生显著上升,厚壁菌门相对丰度发生显著下降,结合两菌门所具有的功能可对淫羊藿药性进行进一步推断。结论通过对不同证候大鼠肠道菌群多样性的综合分析,生品淫羊藿药性偏寒凉,这可为临床合理用药提供理论依据。     

基于16S rDNA基因测序技术分析不同身体质量指数人群的肠道菌群结构差异

目的:探究不同身体质量指数(BMI)人群肠道菌群的丰度及物种差异性。方法:将115例受试人群按BMI分为正常组、超重组和肥胖组,收集受试者粪便,运用16S rDNA基因测序技术结合生物信息分析,比较不同BMI受试者肠道菌群组成和丰度差异。结果:Alpha多样性分析可见超重组和肥胖组群落丰度和多样性较正常组低;不同分组的肠道菌群组成在OTU水平有明显差异;厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门、变形菌门是3组肠道菌群共有的优势菌门;埃希氏菌-志贺氏菌属和瘤胃球菌属为多组比较显著差异的菌属(P<0.05)。肥胖组和正常组相比,拟杆菌属、Lachnoclostridium菌属、柯林斯氏菌属差异有统计学意义(P<0.05,P<0.01)。结论:不同BMI人群肠道菌群结构组成有差异,肥胖和超重人群肠道菌群多样性明显降低。拟杆菌属、Lachnoclostridium菌属和柯林斯氏菌属等菌属丰度变化明显,提示其可能参与人体脂肪的积累过程。调节肠道菌群的多样性和丰度可能是预防和治疗肠道微生态相关疾病的有效途径之一。     

麦冬多糖调控胰高血糖素样肽-1对妊娠期糖尿病大鼠肠道菌群及糖代谢的影响

目的:探究麦冬多糖调控胰高血糖素样肽-1(GLP-1)对妊娠期糖尿病大鼠肠道菌群及糖代谢的影响。方法:将80只孕鼠随机分为空白组、模型组、低剂量组、中剂量组、高剂量组、阳性对照组、Exendin-4组和高剂量+Exendin-4组,每组10只。干预2周后比较各组大鼠空腹血糖(FBG)和胰岛素抵抗指数(HOMA-IR)水平;ELISA法检测血清GLP-1水平;对各组大鼠进行16S-rDNA肠道菌群测序;RT-PCR法检测大鼠肝脏组织葡萄糖激酶(GCK) mRNA及脂肪组织葡萄糖转运体(GLUT4) mRNA表达。结果:与空白组比较,模型组大鼠FBG、HOMA-IR、拟杆菌门丰度、普氏菌属丰度、瘤胃球菌属丰度明显升高,血清GCK、GLUT4 mRNA及GLP-1表达水平、厚壁菌门丰度、厚壁菌门/拟杆菌门比值、乳酸杆菌属丰度、密螺旋体属丰度明显降低(均P<0.05);与模型组比较,低剂量组、中剂量组、高剂量组、阳性对照组和Exendin-4组大鼠FBG、HOMA-IR、拟杆菌门丰度、普氏菌属丰度、瘤胃球菌属丰度明显降低,血清GCK、GLUT4 mRNA及GLP-1表达水平,厚壁菌门丰度...     

柴归颗粒对慢性不可预知温和刺激抑郁大鼠模型肠道菌群的作用

目的利用16S rRNA高通量测序技术研究柴归颗粒对慢性不可预知温和刺激(chronic unpredicted mild stress,CUMS)抑郁大鼠模型肠道菌群的调节作用,探讨柴归颗粒的抗抑郁作用及机制。方法SD大鼠随机分为对照组、模型组和柴归颗粒(8.3 g/kg)组,给药1 h后造模,持续28 d。收集大鼠肠道内容物,提取总DNA,根据细菌16S rRNA V3~V4区设计引物进行扩增,利用Illumina Miseq平台进行高通量测序。结果与对照组比较,模型组大鼠肠道菌群栖热菌门(Thermi)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)相对丰度水平显著降低(P<0.05),乳酸杆菌属Lactobacillus相对丰度水平显著升高(P<0.05),栖热菌属Thermus、不动杆菌属Acinetobacter、甲基杆菌属Methylobacterium、青枯菌Ralstonia、纤毛菌属Leptothrix、假单胞菌属Pseudomonas、棒状杆菌属Corynebacterium和苍白杆菌属Ochrobactrum相对丰度水平显著降低(P<0.05)。与模型组比较,柴归颗粒可调节CUMS大鼠肠道菌群的构成,显著回调栖热菌门、变形菌门、拟杆菌门和放线菌门相对丰度水平(P<0.05、0.01),显著降低乳酸杆菌属相对丰度水平(P<0.01),显著升高栖热菌属、不动杆菌属、甲基杆菌属、青枯菌属、纤毛菌属和苍白杆菌属相对丰度水平(P<0.01)。结论柴归颗粒可能通过调节参与精氨酸代谢途径的肠道菌群发挥抗抑郁作用。     

针灸“足三里”对高尿酸血症小鼠肠道菌群的影响

目的：观察针刺及艾灸“足三里”对高尿酸血症模型小鼠尿酸及肠道菌群的影响。方法：选取56只雄性昆明小鼠，随机分为空白组和造模组，采用氧嗪酸钾联合次黄嘌呤灌胃构建高尿酸血症模型，造模成功后随机分为模型组、针刺组、艾灸组，每组14只。选择“足三里”穴进行针刺或艾灸治疗，治疗2周后检测小鼠血清尿酸，16SrDNA测序分析肠道菌群变化。结果：与空白组相比，模型组SUA水平显著升高(P<0.01),肠道菌群多样性下降，厚壁菌门/拟杆菌门比值升高，Lachnoclostridium菌属丰度升高，颤杆菌克属、罗斯氏菌属丰度下降(P<0.05)。与模型组相比，针刺组、艾灸组SUA水平均显著下降(P<0.05),厚壁菌门/拟杆菌门比值下调，针刺组另枝菌属丰度升高，Lachnoclostridium丰度下降(P<0.05),艾灸组副拟杆菌属丰度升高，Lachnoclostridium、肠杆菌属丰度下降(P<0.05),其中Lachnoclostridium菌属与SUA含量呈正相关(r=0.388,P=0.037),另枝菌属与SUA含量呈负相关(r=-0.387,P=0.038)...     

16S rRNA基因测序技术分析肝阳上亢型脑出血患者的肠道菌群结构

目的:探讨肝阳上亢型急性脑出血患者与健康人群的肠道菌群差异。方法:选取2018年于广州中医药大学第一附属医院颅脑科病房收治的9例肝阳上亢型急性脑出血患者的粪便样本为观察组,同时,选取体检的6例健康人粪便样本为对照组,提取两组样本中细菌总DNA,根据16S rRNA V4区设计引物进行扩增,通过Illumina MiSeq平台进行双端测序(paired-end),通过生物信息分析软件对测序结果进行分析,比较两组样本菌群组成和结构。结果:操作分类单元(OTU)的韦恩图分析(Venn分析)显示观察组与对照组之间OTU数目存在明显差异。偏最小二乘法-判别分析(PLS-DA)显示肝阳上亢型急性脑出血患者与健康人在肠道菌群组成上具有明显差异。物种及其丰度分析上,门分类水平上观察组厚壁菌门与拟杆菌门的相对丰度比值(F/B)较正常组明显增加,其中疣微菌门的相对丰度明显低于对照组(P 0. 05)。属分类水平上,两组的普雷沃氏菌属、拟杆菌属、阿克曼氏菌属、布劳特氏菌属、氨基酸球菌属相对丰度差异有统计学意义(P 0. 05,P 0. 01),其中观察组拟杆菌属和普雷沃氏菌属的相对丰度比值(B/P)显著高于对照组。种分类水平上两组在普氏菌、阿克曼粘细菌、卵形拟杆菌、脆弱拟杆菌、伶俐瘤胃球菌上具有明显差异(P 0. 05,P 0. 01)。主坐标分析显示两组样本被显著分开,说明两组样本菌群结构存在显著差异。结论:肝阳上亢型急性脑出血与肠道菌群结构紊乱有关,其中普氏菌和阿克曼粘细菌的相对丰度下降是其发生的主要原因。     

基于调节肠道菌群失衡的四君子汤干预心力衰竭大鼠机制研究

目的从调节肠道菌群角度探讨四君子汤对心力衰竭大鼠的作用机制。方法 40只雄性Wistar大鼠分为假手术组、模型组、四君子汤组及益生菌组,每组10只。采用冠状动脉左前降支结扎法制备心力衰竭大鼠模型,心电图及TTC、HE染色确定心肌梗死情况,HE染色检测肠黏膜结构变化,治疗前后超声评估心功能,并于治疗后行高通量测序检测肠道菌群的变化。结果心肌HE染色显示,模型组心肌细胞较假手术组数量减少,细胞形态萎缩,肌纤维疏松;结肠HE染色显示,模型组大鼠肠黏膜结构破坏,细胞排列紊乱,绒毛萎缩、粘连,隐窝减少、排列不规则,腺体正常结构消失、呈空泡状。超声结果显示,治疗前与假手术组比较,模型组大鼠心肌明显变薄,心腔增大,左心室舒张末期内径(LVEDd)、左心室收缩末期内径(LVESd)显著增加,左心室射血分数(LVEF)显著减少(P0.001);治疗后与模型组比较,四君子汤组大鼠LVEDd、LVESd显著减少(P0.001),LVEF显著增加(P0.001)。测序结果显示,与假手术组比较,模型组大鼠出现肠道菌群失衡:在门分类水平,表现为厚壁菌门丰度显著减少(P0.001),拟杆菌门及疣微菌门丰度显著增加(P0.001,P0.05);在属分类水平,表现为乳杆菌属、厌氧芽孢杆菌属丰度显著减少(P0.001,P0.05),Muribaculaceae_norank菌属、艾克曼菌属丰度显著增加(P0.001,P0.05)。与模型组比较,四君子汤组大鼠肠道菌群失衡显著改善:在门分类水平,厚壁菌门丰度显著增加,拟杆菌门丰度显著减少(P0.05);在属分类水平,乳杆菌属、厌氧芽孢杆菌属丰度显著增加,Muribaculaceae_norank菌属丰度显著减少(P0.05)。结论四君子汤通过调节肠道菌群失衡,对大鼠心肌梗死后心力衰竭有一定的治疗作用。     

2型糖尿病患者的肠道菌群与阳明、太阴体质相关性分析

目的研究2型糖尿病患者的肠道菌群与阳明胃热、太阴脾虚体质相关性。方法选择符合纳入标准的新发2型糖尿病患者30例和健康者13例,结合《三阴三阳体质辨识量表》体质测评及计算机自动判读,将入组者分为阳明体质2型糖尿组、太阴体质2型糖尿病组、阳明体质健康组、太阴体质健康组,并收集粪便样本。将样本进行16s rDNA V3-4区测序,对四组患者肠道菌群进行Alpha多样性、可操作分类单元(OTUs)聚类、群落结构组成及物种差异分析。采用SPSS 20.0统计软件进行统计分析,进一步对Alpha多样性中的查奥指数(Chao)、艾斯指数(Ace)、多样性香农指数(Shannon)、辛普森指数(Simpson)进行秩和检验,以P<0.05为差异有统计学意义。运用发现高维生物标识和揭示基因组特征的软件LEfSe进行LDA分析,筛选出对样本划分产生显著性差异影响的群落。结果(1)阳明体质2型糖尿病患者、太阴体质2型糖尿病患者与阳明体质健康者、太阴体质健康者各组间菌群丰度Chao、Ace、Shannon、Simpson,无显著统计学差异(P>0.05);(2)四组的OTU相似性较高,但各组均有其特异的OTUs,其中糖尿病组阳明体质组为4个,糖尿病太阴体质组为11个;(3)四组的菌群结构组成是厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门、变形菌门;(4)太阴体质2型糖尿病组有11种显著升高的肠道菌群组分,阳明体质糖尿病组有2种显著升高的肠道菌群组分。阳明体质2型糖尿病患者的主要差异物种以厚壁菌门等为主,太阴体质2型糖尿病患者的主要差异物种以拟杆菌门等为主。结论2型糖尿病患者肠道菌群与阳明、太阴体质具有相关性。阳明、太阴不同体质2型糖尿病患者的肠道菌群存在差异,糖尿病患者肠道菌群变化可能是形成阳明、太阴体质差异的内在因素。     

基于16S rRNA技术分析黄连酒蒸前后对正常及2型糖尿病大鼠肠道微生物的影响

目的:基于16S rRNA技术研究黄连酒蒸前后对正常和2型糖尿病大鼠肠道菌群的影响,从肠道菌群的角度探讨黄连酒蒸炮制"减毒增效"的原理。方法:采用高脂饮食结合链脲佐菌素复制2型糖尿病大鼠模型。正常和模型大鼠分别按0. 8 g·kg~(-1)(按生药量计)每天灌胃生黄连生品或酒蒸黄连水煎液,阳性药组按0. 25 g·kg~(-1)每天灌胃二甲双胍溶液,连续给药30 d。每周测1次血糖,于给药第27天进行口服糖耐量的测定。于第30天取粪便后麻醉大鼠,取血进行酶联免疫吸附试验(ELISA)检测,解剖取结肠进行苏木精-伊红(HE)染色。基于16S rRNA基因测序技术对各个组大鼠肠道菌群的alpha多样性,beta多样性,菌群丰度及构成,及其与抗炎抗氧化的相关性等进行综合评价。结果:正常大鼠给予黄连生品或酒蒸黄连后,出现了一定的炎性反应,氧化-抗氧化系统失衡,结肠病理性损伤以及肠道菌群改变,表现出了一定的毒副作用,但酒蒸黄连的毒副作用低于生黄连。黄连酒蒸前后均能降低2型糖尿病大鼠的空腹血糖以及提高糖耐量,虽然酒蒸后作用有增强的趋势,但酒蒸前后无显著差异。2型糖尿病大鼠出现轻度的炎症反应和氧化-抗氧化系统失衡,表现为白细胞介素(IL)-6,核转录因子(NF)-κB和丙二醛(MDA)含量显著升高(P 0. 05,P 0. 01),谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px),还原型谷胱甘肽(GSH),超氧化物歧化酶(SOD),过氧化氢酶(CAT)活力明显降低(P 0. 01),黄连酒蒸前后均能抑制炎症反应以及氧化-抗氧化系统失衡,且酒蒸黄连作用优于黄连生品; 2型糖尿病大鼠出现明显的结肠病理性损伤,而黄连酒蒸前后均能减轻这种改变,且酒蒸黄连作用优于生黄连。2型糖尿病大鼠出现明显的肠道菌群紊乱,包括下调拟杆菌门(Bacteroidetes),厚壁菌门(Firmicutes)和Kiritimatiellaeota,上调变形菌门(Proteobacteria),放线菌门(Actinobacteria),酸杆菌门(Acidobacteria),绿弯菌门(Chloroflexi),蓝细菌门(Cyanobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia),黄连酒蒸前后均能减轻肠道菌群紊乱,且黄连对Kiritimatiellaeota,Cyanobacteria和Verrucomicrobia的调节作用强于酒蒸黄连,酒蒸黄连可以显著降低Chloroflexi水平,而黄连生品无此作用。肠道菌群可能与黄连酒蒸前后的抗氧化能力具有一定的相关性。结论:黄连酒蒸前后可通过调节肠道菌群而对2型糖尿病大鼠起到治疗作用,且酒蒸黄连疗效更佳;黄连酒蒸后对肠道菌群的"毒副作用"降低。黄连酒蒸"减毒增效"的炮制机制与肠道菌群密切相关。     

不同中医证型2型糖尿病患者肠道菌群差异研究

目的 探讨不同中医证型2型糖尿病(T2DM)患者肠道菌群差异。方法 选择住院T2DM患者200例，按中医证型分为阴虚热盛证40例，湿热困脾证33例，气阴两虚证103例，阴阳两虚证24例，同时选取健康体检者26名作为健康对照，收集临床资料，采集血清标本测定糖脂代谢等指标，采集粪便标本采用16S rRNA高通量测序技术进行测序。采用R 3.4.1软件分析肠道菌群组成和Alpha、Beta多样性指标，并进行差异性分析，使用LEfSe方法挖掘不同证型标志肠菌并分析与临床指标相关性，PICRUSt预测肠道菌群功能变化特征。结果 T2DM各证候组厚壁菌门与拟杆菌门的比例均低于健康对照组。与健康人群相比，T2DM患者肠道菌群多样性降低(P<0.05),湿热困脾证肠道菌群多样性最低。Venn图分析发现T2DM气阴两虚证有70个独有OTUs,阴虚热盛证、湿热困脾证和阴阳两虚证独有的OTUs分别是13、4和8个。MRPP分析显示T2DM不同证候肠道菌群结构组间差异大于组内差异(P<0.05)。属水平物种显著性差异分析显示，4种证候之间具有统计学意义的菌属共有16种。LEfSe分析显示在T2DM...     

基于16S rDNA测序技术研究痰湿质受试者肠道菌群的组成及丰度

目的探讨痰湿质体质人群肠道菌群的丰度及物种组成差异。方法收集痰湿质及平和质受试者各30例粪便样本,提取两组样本中细菌总DNA进行检测定量,构建Miseq文库并测序,Miseq测序得到的PE读长根据重叠区关系进行拼接,再根据不同的相似度水平,对所有序列进行分类单元(OTU)聚类分析,并分别在各个分类水平上统计各样本的群落组成。利用16S rDNA测序技术分析痰湿质及平和质肠道菌群结构的组成及丰度变化。结果在分类单元(OTU)水平上,偏最小二乘法-判别分析(PLS-DA)显示痰湿质与平和质在肠道菌群组成上具有明显差异;在门水平上,痰湿质肠道菌群中拟杆菌门/厚壁菌门的比值低于平和质;在属水平上,痰湿质相对丰度下降的菌属主要为拟杆菌属、罗氏菌属(P 0. 01)、粪栖杆菌属、巨单胞菌,痰湿质相对丰度上升的菌属主要为戴阿利斯特菌属、Lachnoclostridium、直肠真杆菌属、Dorea。结论痰湿质与平和质体质受试者的肠道菌群在丰度及物种组成方面均有差异,其中拟杆菌门/厚壁菌门的比值降低以及罗氏菌属相对丰度的下降是痰湿质肠道菌群的特征。     

基于16S rRNA基因测序的黄连对2型糖尿病大鼠肠道微生物多样性影响研究

目的探索黄连提取物对2型糖尿病模型大鼠肠道微生物多样性的影响,探讨黄连治疗消渴证的机制。方法随机选取10只SD大鼠为对照组,其余大鼠采用特殊膳食诱导与ip链脲佐菌素(STZ)联合制备2型糖尿病模型,造模成功大鼠随机分为3组:模型组、黄连提取物(4.36 g/kg)组、二甲双胍(0.097 g/kg)组,每组10只;各组均ig给药,对照组与模型组ig等体积的0.5%羟甲基纤维素钠(CMC-Na),每周监测体质量、血糖值各1次,给药4周后测定口服糖耐量以及胰岛素水平,给药4周后取其结肠内容物,进行16S rRNA基因测序。结果黄连提取物对2型糖尿病大鼠症状均有改善作用,16S rRNA基因得到了951个OTU,15个门、25个纲、43个目、69个科、182个属、357个种;门水平,模型组放线菌门(Actinobacteria)细菌的量明显高于对照组与黄连提取物组(P0.05);脱铁杆菌门(Deferribacteres)只在模型组中检出;厚壁菌门(Firmicutes)、螺旋体门(Spirochaetae)、柔膜菌门(Tenericutes)、迷踪菌门(Elusimicrobia)在模型组中的量均高于对照组,而给予黄连提取物后,丰度有所降低;同时黄连提取物组中变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)的丰度略高于对照组与模型组。结论经膳食联合STZ诱导的2型糖尿病大鼠中放线菌门与脱铁杆菌门可能是潜在的标志菌;给予黄连提取物后,肠道菌群多样性发生改变,提示黄连提取物可以改善2型糖尿病大鼠肠道菌群紊乱。     

地菍总黄酮对高脂饮食大鼠减肥作用及肠道菌群的影响

目的研究地菍总黄酮对高脂饮食大鼠体质量、血脂及肠道菌群的影响。方法将SPF级SD大鼠随机分为6组,即空白组,模型组,奥利司他组(60 mg/kg),地菍总黄酮高、中、低剂量组(750、500、330 mg/kg),连续给药6周,给药期间空白组大鼠饲喂普通饲料,其余各组大鼠饲喂高脂饲料。6周后测定各组大鼠血清中总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C),同时检测各组大鼠粪便中肠道菌群的变化。结果地菍总黄酮可以有效抑制大鼠体质量,降低Lee’s指数及脂肪系数(P0.01);降低血清中TC和TG水平,提高HDL-C水平(P0.05,P0.01),同时降低厚壁菌门与拟杆菌门的比值,提高肠道菌群多样性。结论地菍总黄酮能减轻大鼠体质量,其作用机制可能与纠正血脂异常、增加大鼠肠道菌群的多样性、调节肠道菌群结构有关。     

电针干预去势骨质疏松大鼠“骨微生态”的作用机制研究

目的:利用16S rRNA测序技术研究电针对去势骨质疏松大鼠肠道菌群的影响,探讨电针改善去势大鼠骨质疏松的作用机制。方法:SD大鼠随机分为假手术组(Con)、模型组(Mod)、电针A组(MA)和电针B组(MB)。切除双侧卵巢建立去势大鼠骨质疏松模型。MA、MB大鼠接受电针治疗,1次/d,连续治疗6 d后休息1 d。MA治疗4周,MB治疗8周。治疗结束后,进行胫骨三点抗弯实验、椎骨压缩实验和粪便16S rRNA测序。结果:与Con比较,Mod大鼠胫骨和椎骨的最大载荷、弹性模量均下降,差异具有统计学意义(P<0.01);与模型组比较,MA和MB大鼠胫骨和椎骨的最大载荷、弹性模量均升高,差异具有统计学意义(P<0.05或P<0.01);且MB的椎骨最大载荷、椎骨弹性模量、胫骨最大载荷和胫骨弹性模量均优于MA,差异均具有统计学意义(P<0.05或P<0.01)。厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门为各组排名前3的菌门。与Con比较,Mod厚壁菌门、放线菌门丰度增加,拟杆菌门减少,电针干预后出现不同程度的回调。综合LEfSe和DESeq2结果分析各组具有显著统计学差异的优势菌属,Con为考拉杆菌属、耐盐咸海鲜球菌属,MA为螺杆菌属、颤螺菌属,MB为假单胞菌属、Dysgonomonas属与紫色杆菌属。Beta多样性分析示微生物组间丰度有差异。结论:电针可能通过调节肠道菌群丰度和组成结构来发挥抗骨质疏松作用。