A型流感病毒HA（H1N1）基因真核表达载体的构建及序列分析

【目的】构建A型流感病毒血凝素(hemagglutinin，HA)基因真核表达载体，研究其作为DNA疫苗的免疫效果。【方法】从流感病人体内分离流感病毒(A／Guangdong／376／2001／HlNl)，提取RNA，用特异引物进行RT-PCR，扩增HA基因，先将其克隆到pMDl8-T Vector，进行序列测定和分析；然后将HA基因亚克隆到真核表达载体(pCI-neo)，进行鉴定。【结果】获得一个核苷酸长度为l698bp的基因，编码565个氨基酸；同源性比较结果表明：和A／Hong Kong／113l／98((GenBank／NCBI：AF386775)有98％同源，序列分析表明有10个氨基酸出现变异；酶切和序列测定表明肌基因正确插入pCI-neo载体(HA-pCIN)。【结论】 HA基因真核表达载体的成功构建，可以进一步研究其免疫功能。     

流感病毒A HA(H3N2)基因真核表达载体的构建及序列分析

目的：获得血凝素基因（HA）基因，将其克隆到真核表达载体，为研究流感DNA疫苗奠定基础。方法：从当年流感病人体内分离病毒（A／Guangdong/448/2001)，鉴定型别（H3N2）后，提取RNA，用特异引物进行RT－PCR,扩增HA，并将其克隆到pMD18-T Vector，进行序列测定和分析；然后将HA基因亚克隆到真核表达载体（pCI-neo)，进行鉴定。结果：获得一个核苷酸长度为1698bp的基因，编码565个氨基酸；与A／Beijing/32/92(Genbank/NCBI:U26830)基因序列有98％同源，有15个碱基和／或10个氨基酸出现变异，且在212缺失一个氨基酸V；酶切和序列测定表明HA基因正确插入pCI-neo载体（HA－pCIN)。结论：成功构建了HA基因真核表达载体，可以进一步研究其免疫功能。     

2004-2005年宁夏A(H1N1)亚型流感病毒基因特性研究

目的了解宁夏流行的A(H1N1)亚型流感病毒血凝素基因变异情况。方法对分离的A(H1N1)亚型毒株随机选取5株进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因进化特性分析。结果HA1区核苷酸序列和氨基酸序列分析表明,宁夏2004年分离到的A(H1N1)亚型流感病毒株有以下位点发生变异,35 D>N、152 G>R、182 P>S、221 D>G,其中152、221位氨基酸位于抗原决定簇;2005年分离到的A(H1N1)亚型流感病毒株有以下位点发生变异,82 T>K、94 Y>H、119 K>N、145 R>K、165 V>A、208 R>K、251W>R、266 T>N,其中165位氨基酸位于抗原决定簇。结论宁夏2004-2005年分离的A(H lN1)亚型流感毒株基因特性和抗原性已开始发生变异。     

2004年宁波大学流感爆发病毒株的血凝素基因分析

目的了解宁波地区流行性感冒(流感)病毒株的变异情况。方法采集2004年5月宁波大学流感爆发期间病人的含漱液进行病毒分离、鉴定，并对其中1株病毒的血凝素重链区进行了核苷酸和氨基酸序列分析。结果在9份样品中共分离到流感病毒3株，经血清学试验鉴定为甲3型。与2002年宁波市流感病毒流行株的核苷酸同源性为98．2％-98．3％，氨基酸同源性为96．7％-97．3％；与2003年流行株的核苷酸同源性为98．7％，氨基酸同源性为97．6％；与参考株A／Sydney／05／1997的核苷酸同源性为95．9％，氨基酸同源性为92．7％；与参考株A／Wuhan／359／1995的核苷酸同源性为94．6％，氨基酸同源性为91．2％。结论2004年宁波大学流感爆发的病毒为甲3型。其HA1区序列更接近2003年流行毒株，与A／Sydney／05／1997毒株的同源性要高于A／Wuhan／359／1995。该爆发流行的毒株可能是在宁波以前流行毒株的基础上进化而来的。     

A型流感病毒M基因DNA疫苗载体构建及免疫性研究

目的构建A型流感病毒M基因DNA疫苗质粒载体并对免疫后小鼠体内免疫应答反应进行分析和评价。方法将H3N2亚型流感病毒M基因通过RT-PCR扩增后克隆构建DNA疫苗载体pBudCE4．1-M,并将pBudCE4．1-M质粒体外瞬时转染COS7细胞并通过Western blot鉴定M1蛋白的表达,然后将pBudCE4．1-M质粒免疫小鼠。通过EUSA对小鼠体内生成的M1蛋白IgG抗体进行鉴定。结果M基因被成功克隆到质粒载体pBudCE4．1上,并在体外COS7细胞中表达出28kD的M1蛋白。疫苗质粒免疫小鼠后4周,在小鼠血清中检测到M1蛋白kG抗体的吸光度有明显升高。结论成功构建了一种A型流感病毒M基因DNA疫苗载体,将其免疫小鼠后成功诱导小鼠体内产生了特异性的IgG抗体。     

福州2009-2014年甲型H1N1流感病毒株HA基因进化分析

目的:分析福州地区2009-2014年甲型H1N1流感病毒株的HA基因序列和遗传特征。方法:采集流感样病例的咽拭子标本,用MDCK细胞培养法和Real-time RT-PCR法对6株分别来自2009-2014年的病毒株进行病毒分离、鉴定,HA基因片段通过RT-PCR法进行扩增后克隆到p MD18-T载体上,并测定6株病毒株的HA基因序列。通过生物软件Bio Edit对该分离株和Gen Bank中相关毒株的序列进行基因进化树分析。结果:6株分离株的HA基因推导氨基酸序列与参考株A/California/04/2009相比,2009-2014年HA1区氨基酸发生了突变,主要是位于136、145、188、189、192和193位点。结论:近几年,福州地区H1N1流感的HA基因序列与世界流行的病毒参考株具有高度同源性,并多处氨基酸发生替换而产生抗原性漂移。     

甲型流感病毒DNA疫苗双表达载体的构建及表达

目的： 构建含有甲型流感病毒M2基因与GM-CSF基因的DNA疫苗双表达载体,为研究甲型通用流感疫苗奠定基础。方法： 将甲型流感病毒（H1N1）接种鸡胚后收获尿囊液,提取流感病毒总RNA,RT-PCR法扩增M2基因;将微小病毒内部核糖体进入位点（IRES）基因插入到质粒pVAXⅠ多克隆位点,再将M2基因和GM-CSF基因依次克隆到IRES的上、下游多克隆位点,构建出甲型流感病毒双表达载体pMIG,酶切鉴定后测序;脂质体法转染COS7细胞并检测目的蛋白的表达。结果： 成功扩增出M2基因（约300 bp）、IRES基因(约580 bp)和GM-CSF基因(约400 bp),酶切鉴定结果表明构建出甲型流感病毒双表达载体pMIG,Western blotting检测证明流感病毒M2蛋白的表达。结论：成功构建出流感病毒DNA疫苗双表达载体pMIG。     

丙型肝炎病毒HCV E1区基因的真核表达载体构建及序列分析

目的:建立丙型肝炎病毒包膜区基因的真核表达载体,并通过对其序列分析阐明其作为基因接种的可能性.方法:经常规RT-PCR法从HCV RNA阳性病人的血清中扩增出HCV E1区的基因片段,经EcoR Ⅰ和Xba Ⅰ双酶切后将其克隆到真核表达载体P cDNA3中,阳性克隆经Sma Ⅰ和Xba Ⅰ双酶切鉴定;用双脱氧终止法测序,同时利用计算机软件对其推定的氨基酸序列进行分析.结果:RT-PCR扩增产物经酶切过夜后与经过同样双酶切的真核表达载体PcDNA3连接,阳性克隆经Sma Ⅰ和Xba Ⅰ酶切后产生了预期大小的144bp的片段 .测序后其核苷酸序列与已经报道的HCV Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型的同源性分别为72.8%、93.25% 、61.96%和56.44%;其推定的氨基酸序列的同源性分别为77.3%、95.7%、54.6%和51.35%;与已经报道的中国株的同源性为95.06%和93.25%;属HCV Ⅱ型; 经计算机辅助分析表明该片段内含有4个可能的糖基化位点,1个跨膜区,其氨基端为信号肽序列,在跨膜区的两端分别含有2个和1个抗原决定簇, 而每一个抗原决定簇内均含有1个糖基化位点,该片段内还含有2个T细胞识别位点.结论:本实验克隆的HCV E1基因属Ⅱ型,为我国流行的基因型,其基因的一级结构具备进行有关HCV核酸免疫的研究条件,其真核表达载体的构建,为进一步研究HCV E1基因的功能及HCV基因免疫的研究创造了条件.     

甲型流感病毒M2基因真核表达载体的构建及初步表达

目的:构建含有甲型流感病毒M2基因的真核表达载体。体外转染真核细胞株HEK293细胞并检测目的蛋白的表达。方法:从接种人流感病毒株A/PR/8/34(H1N1)的鸡胚尿囊液中提取病毒RNA,用特异引物进行RT-PCR,扩增M2基因。通过分子克隆技术将所扩增片段插入真核表达质粒载体pcDNA3.1(+)。经酶切及PCR鉴定后用PolyFect脂质体将其转染到HEK293细胞中,通过免疫荧光技术鉴定其表达。结果:经双酶切、PCR及测序鉴定证实M2基因的真核表达载体构建成功。免疫荧光技术证实流感病毒M2基因的表达。结论:甲型流感病毒M2蛋白是一种具有高保守性,可形成离子通道并影响流感病毒表面蛋白血凝素(HA)天然构象的形成,被认为是具有交叉免疫保护性的结构蛋白。甲型流感病毒M2基因真核表达质粒的构建及成功表达将为甲型流感病毒基因工程疫苗,通用疫苗和核酸疫苗的研究打下基础。     

Victoria系乙型流感病毒HA1基因变异特征分析

目的阐明2012年邯郸市分离的Victoria系乙型流感毒株HA1抗原性和基因变异特征。方法对2012-2013年分离的流感病毒采用RT-PCR方法特异性扩增HA1基因,扩增产物进行核苷酸序列测定,用DNAStar中Megalign软件进行比对分析,构建系统进化树。结果邯郸市2012年分离的Victoria系乙型流感病毒与WHO推荐的2009-2012年北半球代表株相比,核苷酸同源性为98.1%-99.2%,氨基酸同源性为98.2%-99.4%。HA1区未发生氨基酸丢失和插入,与B/Brisbane/60/2008相比2个位点氨基酸替换具有共性（146I〉V和197D〉N）,而这2个位点与2006-2008年疫苗株B/Malaysia/2506/04相同。与B/Brisbane/60/2008相比7个毒株中有2个毒株发生了另外4个位点（58L〉P、129N〉S、171N〉D和174G〉E）的替换。结论 2012年邯郸市分离的Victoria系乙型流感病毒血凝素蛋白未发生明显的抗原性改变,与WHO推荐的2011-2012年的流感疫苗株B/Brisbane/60/2008匹配,不属于Victoria系乙型流感病毒新变种。     

流感病毒A/FM/47(H1N1)血凝素基因克隆、序列分析

目的对流感病毒A/Font Monmouth/47(H1N1)血凝素基因进行变异分析。方法用SPF鸡胚增殖毒株,提取病毒基因组总RNA,应用RT-PCR技术扩增该病毒株的HA基因,并克隆到pMD18-T载体上,测定HA基因核苷酸序列。结果该毒株的HA基因全长为1677bp,含有完整的阅读框架,编码545个氨基酸;BLAST序列比对结果显示,该毒株HA基因与其他H1基因核苷酸的同源性为98%。结论该毒株HA核苷酸序列发生了变异,出现多处碱基替换,可能是病毒毒力增强的原因。     

甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因遗传进化分析

【目的】 了解季节性H1N1流感病毒与2009年新型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的遗传进化关系,探讨甲型H1N1流感病毒的遗传变异规律｡【方法】 分别从2006年和2009年流感病人标本中分离并鉴定出季节性HIN1流感病毒和新型H1N1流感病毒,用RT-PCR技术扩增了病毒NA基因全序列,并对其分子进化和重要功能位点的遗传变异进行了分析｡ 【结果】 2009年新型H1N1流感病毒与2006年季节性HIN1流感病毒比较,NA基因的同源性较低(77.9% ~ 78.8 %),与世界各地不同年代代表株及WHO推荐的1979 ~ 2010年季节性流感疫苗株比较,NA基因的同源性也较低(78.1% ~ 79.3%),但与WHO推荐的2009年新型H1N1流感疫苗株比较同源性则高达99%以上;系统进化分析结果表明,2009年新型H1N1流感病毒NA基因与欧亚猪流感病毒株A/swine/Belgium/1/1983的亲缘关系最近;并发现自2005年以来季节性H1N1流感病毒NA基因的某些抗原位点和神经氨酸酶活性位点已发生了变异｡【结论】 2009年新型H1N1流感病毒NA基因可能来源于欧亚猪流感病毒;接种季节性流感疫苗不能对本次流行的新型流感产生有效的免疫保护作用;季节性H1N1流感病毒在流行过程中NA基因已发生了一定的变异,有必要持续跟踪和监测病毒的变异情况｡     

广州市一起水禽H5N1疫情禽流感病毒血凝素基因分析

目的了解广州市一起水禽H5N1疫情中高致病性禽流感H5N1亚型病毒血凝素(HA)基因的特点以及与其他毒株序列间的关系。方法自疫点采集97份咽拭子标本及84份环境拭子标本,实时荧光RT-PCR检测H5核酸,从阳性标本中扩增全长HA基因并作序列测定,同2006年广州市及国内其他地区报道的人禽流感病毒HA基因进行比较并作系统发生分析。结果从一份环境拭子中扩增获得一株H5N1禽流感病毒HA基因,系统发生树分析发现与广州市2006年人禽流感病毒HA序列一致性较高,且与国内其他地区报道的H5N1病毒HA基因属于同一组;从基因序列推导出HA的氨基酸序列,发现其受体特异性为禽源的,蛋白酶水解位点含有多个连续的碱性氨基酸,符合高致病性禽流感病毒的特征。结论引发此次禽间禽流感的为高致病性H5N1病毒,和广州市人禽流感的H5N1病毒在遗传上有紧密的亲缘关系。禽源性的H5N1病毒仍存在感染人类的可能性,禽类从业人员目前处于感染高致病性禽流感的高危状态,进一步加强对活禽市场和禽类从业人员的监测,对于预防禽流感的流行具有重要意义。     

2009年至2011年新甲型H1N1流感病毒HA基因同源性比较与进化分析

[目的]分析杭州市2009年1月至2011年1月新甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）的基因序列,探讨该病毒的遗传变异和分子特性。[方法]应用RT-PCR的方法从临床标本中扩增新甲型H1N1流感病毒HA基因片段并测序。利用DNAMAN和Sequencher4.7软件对HA基因序列进行分析,比较HA基因氨基酸亲缘系数并绘制进化树。[结果]成功地对15例新甲型H1N1病毒的HA基因进行扩增并测序,2009年1月至2011年1月新甲型H1N1流感病毒的HA基因的氨基酸序列与参考株具有高度的同源性,其亲缘系数为98.9%~100%,且HA基因氨基酸序列发生了一定的变异。[结论]2009年至2011年新甲型H1N1流感病毒的基因组HA序列与我国和其他国家的新甲型H1N1流感病毒具有高度的同源性,但HA基因的氨基酸序列发生了变异,可能与患者的病情有关,因此需密切关注新甲型H1N1流感病毒的流行情况。     

中国大陆H7N9禽流感病毒流行病学特征及血凝素和神经氨酸酶的分子进化

摘 要: 【目的】 对中国大陆人感染H7N9禽流感的流行病学特征进行描述分析,并对不同地区?不同时间?不同宿主来源的H7N9禽流感血凝素及神经氨酸酶基因进行分子进化分析,为H7N9禽流感的科学防控提供依据?【方法】 汇总各公开网站发布的人感染H7N9禽流感病例信息,分析人感染H7N9禽流感的流行病学特点;从Genbank筛选H7N9禽流感毒株的核酸序列及氨基酸序列,利用MEGE5.0?Bioedit等软件构建进化树,分析核苷酸及所编码蛋白关键位点的变异情况?【结果】全国共报告451例人感染H7N9禽流感病例,病死率为19.96%,男女性别比约为2.25:1; 60岁以上(含60岁)病例占全部病例的45.76%;浙江,广东,江苏,上海四省市报告病例较多;2013年4月前后和2014年1月至2月为两个发病高峰?进化树显示H7N9禽流感毒株分为美洲来源支和欧亚来源支,分离的时间地点越接近进化关系越近?自韩国2011年野鸟中分离的H7N9毒株的NA基因与中国2013年及2014年分离的H7N9毒株NA基因进化关系较近?广东第一例人H7N9禽流感的NA基因与2013年5月分离自山东环境中的H7N9禽流感的NA基因及2013年4月来自浙江人感染H7N9禽流感的NA基因的同源性较高?所有人感染H7N9毒株NA茎区69~73位缺失了QISNT序列?【结论】 老人及男性是感染H7N9禽流感的高危人群,冬春季是疫情高发期,病例集中分布于东南沿海地区?分子进化分析表明H7N9禽流感毒株有时间和空间的聚集性,时间空间距离越短则进化关系越接近?广东地区H7N9禽流感病毒可能是北方的候鸟迁徙所致,中国H7N9毒株NA片段可能来自韩国禽类携带的毒株?人感染H7N9禽流感病毒的毒力及耐药性尚未发生变异?NA茎区69~73位缺失QISNT序列可能与该病毒具有感染人类的能力有关?     

2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲（A）型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因与世界各地不同年代分离的A/H1N1代表株HA基因的进化关系。方法:从NCBI数据库下载2009年新型A/H1N1亚型流感病毒的HA基因序列以及以往流行的人、猪和禽的A/H1N1亚型流感病毒参考序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0（MEGA4.0）软件进行序列比对和构建系统进化树,并分别比较2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因与北美地区、欧洲地区、亚洲地区A/H1N1流感病毒HA基因编码蛋白的氨基酸序列。结果:不同时期人A/H1N1亚型流感病毒代表株HA基因进化分析显示：2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1976~2007年北美地区分离的7株人A/H1N1亚型流感病毒具有较高的同源性,与欧洲和亚洲地区的同源性较低。不同种属间A/H1N1亚型流感病毒HA基因进化分析显示：2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1998和2007年北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒的HA基因进化关系较近,与欧洲及亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远。氨基酸比对结果显示2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因的重要抗原位点与北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒相近,与欧洲和亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及人类流感病毒疫苗株相比变化较大。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因可能是北美地区甲型H1N1猪流感病毒长期进化并与该地区人A/H1N1流感病毒部分基因片段重排的结果,对人H1N1甲型流感病毒疫苗可能并不敏感。     

H5N1人禽流感病毒HA基因的克隆和表达

目的对人禽流感病毒A/China/GD01/06（H5N1）HA基因进行克隆和表达,为进一步研究GD01/06HA的致病与免疫机制提供有效制剂。方法将H5N1全长HA基因克隆入原核表达载体pET-32a（＋）,采用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷（IPTG）诱导表达,并对表达的重组蛋白进行鉴定。结果经检验重组质粒p32-HA构建成功,表达蛋白分子量介于66.2~94.0kd。经鉴定所表达的特异性条带为HA蛋白片段。结论HA基因在大肠杆菌中表达并获得特异性重组蛋白,为其生物学、免疫学功能的研究提供了基础。     

2002年广东省H3N2亚型流感病毒流行的分子基础

目的 了解广东省2002年H3N2亚型流感病毒流行及抗原性变异情况。方法 用狗肾传代细胞(MDCK)和鸡胚进行流感病毒分离，用交叉血凝抑制实验对毒株进行抗原性分析；提取病毒RNA，用一步法RT-PCR扩增血凝素基因(H3A)，产物纯化后，并将其克隆到pMD18—T Vector，进行序列测定和分析。结果 2002年1-10月共获得流感病毒246株，其中H3N2亚型210株，占85．4％，H1N1亚型2株，占0．8％，B型34株，占13．8％；2002年流感流行的高峰是6月；抗原性分析显示，2002年广东省H3N2亚型流感病毒A／粤/236/2002和2001年流行株A／粤／448／2001以及目前国内代表株A／闽／151／2001的抗原比分别是5．6和4．0；其HAl区氨基酸序列和国际代表株A／悉尼／5／97同源性为94．2％，有19个氨基酸差异，其中发生在抗原决定族A、B、E上的有6个，受体结合部有3个。结论 2002年广东省流感病毒以H3N2亚型为主，其流行的分子基础是基因变异导致抗原性发生漂移。     

A(H1N1)甲型流感病毒基因多态性对病毒复制及毒力的影响研究

目的研究A(H1N1)甲型流感病毒基因多态性对病毒复制及毒力的影响。方法选择A/Californ ia/04/2009,A/S ichuan/1/2009和A/Be ijing/3/2009 3株病毒,分别感染MDCK细胞,测定病毒RNA载量和病毒效价;同时滴鼻接种BALB/c小鼠,检测小鼠感染后的多项指标,观察期为14天。另一方面,对3株病毒的全基因组进行测序及序列比对,对其基因突变情况及多态性进行分析。结果 A/S ichuan/1/2009株相较而言具有较高的复制能力及毒力,序列分析结果显示全基因中有5个氨基酸发生了突变,其中PA蛋白中343位点的A突变为T,PB1蛋白中353位点的K突变为R,566位点的T突变为A,PB2蛋白中471位点的T突变为M,对病毒毒力的增强起重要作用。结论 A(H1N1)甲型流感病毒基因组多态性与其复制及毒力密切相关。