基因芯片技术在雅安市结核分枝杆菌耐药检测中的应用

目的评价基因芯片技术在雅安市结核分枝杆菌耐药检测工作中的应用价值。方法收集2016-06/2018-11雅安市结核病可疑患者痰培养分离株190株进行基因芯片菌种鉴定、耐药检测和比例法药敏试验。以比例法药物敏感试验为金标准,分析基因芯片技术检测结核分枝杆菌对利福平、异烟肼和耐多药诊断的敏感度、特异度、正确指数。采用McNemar检验比较两方法有无差异;采用Kappa检验比较两方法的一致性。两方法有差异的部分样本用基因测序的方法进行比对。结果基因芯片技术进行菌种鉴定,190株分离株中,有186株为结核分枝杆菌,4株为非结核分枝杆菌。以传统比例法药敏试验为金标准,186株结核分枝杆菌对利福平检测的敏感度和特异度为90.0%和96.6%,正确指数为0.866;对异烟肼检测的敏感度和特异度分别为89.5%和99.4%,正确指数为0.889;对耐多药的敏感度和特异度分别75.0%和99.4%,正确指数0.744。两种检测方法比较差异均无统计学意义(McNemar检验,P值分别为0.125、1.000和1.000)。两种检测方法具有较高的一致性(Kappa值分别为0.701、0.910、0.792)。基因芯片技术检测利福平耐药相关rpoB基因突变率最高的位点为531;异烟肼耐药相关katG基因主要突变位点为315。结论基因芯片技术与比例法药敏试验具有较好的一致性,灵敏度高、特异性好,是一种值得推广的耐药结核病诊断方法,在地市级结核病检测中具有重要的应用价值。     

DNA芯片联合检测耐利福平与异烟肼结核分枝杆菌及其临床应用

目的 开发快速检测耐利福平与异烟肼结核分枝杆菌rpoB、katG、inhA基因突变的DNA芯片.方法 根据结核分枝杆菌rpoB、katG、inhA基因序列设计探针并制作基因芯片,从临床样品中分离出结核分枝杆菌的基因组DNA,PCR扩增含有上述几个基因突变位点的特异DNA片段,并事先在PCR引物的5′端作生物素标记,然后与膜条芯片上的检测特异突变位点的寡核苷酸探针进行杂交,通过生物素-链霉亲和素-过氧化物酶体系显色,直接观察突变情况,以此来判断耐药结果 .结果 35个利福平和异烟肼单耐药或多药耐药的结核分枝杆菌中有82.9%用芯片法检出的结果 与药敏培养法一致;其中利福平耐药样品突变检出率为100.0%;有20.0%异烟肼耐药的样品芯片未检出突变,可能是突变发生在芯片检测位点范围之外.结论 用DNA芯片检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼的耐药性,具有较高的特异性和敏感性,可用于临床结核分枝杆菌耐药性检测.     

江西1010例PCR-线性杂交酶显色法检测结核分枝杆菌耐药性结果分析

目的 评价PCR-线性杂交酶显色法在江西的应用效能，分析江西地区结核分枝杆菌相关耐药基因rpoB、katG、inhA的变异特征。方法 采集江西省肺结核涂阳患者痰标本或经离培养获得的分离株共1010例，采用PCR-线性杂交酶显色法检测rpoB、katG、inhA基因突变情况，同时对其中860例进行了罗氏药敏检测。结果 以罗氏药敏为“金标准”评价PCR-线性杂交酶显色法检测利福平耐药性的敏感度和特异度分别为88.69%和96.24%；检测异烟肼耐药性的敏感度和特异度分别为77.29%和96.39%。在304株利福平耐药rpoB突变株中，突变频率高的位点是531位点、526位点次之；309株katG和inhA基因突变株中，katG S315T1占73.14%、inhA C15T占12.62%。异质性耐药突变菌株占3.61%。结论 PCR-线性杂交酶显色法是耐药结核病快速筛查的有效方法，江西利福平、异烟肼耐药株主要基因突变型为rpoB的S531L和katG的S315T1，高水平耐药菌株所占比例大。     

应用基因芯片技术检测结核分枝杆菌耐药基因

目的应用基因芯片快速检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因突变和耐异烟肼katG、inhA基因突变,建立一种新的分子药敏试验方法。方法根据结核分枝杆菌rpoB、katG、inhA基因序列设计探针并制作DNA芯片,PCR掺入法荧光标记,结核分枝杆菌基因突变位点的目的片断与DNA芯片杂交,同时以传统药敏试验和DNA测序法为对照。结果 70株结核分枝杆菌临床分离株中,20株药物敏感株芯片杂交结果与标准株完全相同;30株耐RIF临床分离株均检测到rpoB基因突变;50株异烟肼耐药株中有41株检测到katG基因突变,9株检测到inhA基因突变,与测序结果完全一致。结论用DNA芯片可快速、特异地检测出大多数结核分枝杆菌分离株的rpoB、katG、inhA基因突变,可用于临床耐药性的检测,指导临床用药。     

乌鲁木齐市耐多药结核分枝杆菌基因突变特征分析

目的 了解耐四种一线抗结核药物结核分枝杆菌的有关基因突变特征。方法 对19例耐多药结核病患者和254例全敏结核病患者痰液标本中分离的结核分枝杆菌进行药物敏感性试验,提取其DNA进行PCR扩增,对扩增产物测序并与标准株H37Rv进行比对。结果 19株耐多药结核杆菌和254株全敏结核杆菌均未检测到耐异烟肼基因inhA突变;耐多药组突变率最高的为耐异烟肼katG基因,突变位点为315;耐利福平的突变基因是rpoB,耐药位点为526和531,531位点突变率高于526位点;耐乙胺丁醇的突变基因是embB,耐药位点为206;耐链霉素的突变基因是rpsL和rrs,耐药位点分别为43和1401,rpsL基因的突变率高于rrs基因。结论 耐多药结核分枝杆菌耐异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素的突变基因分别为katG、rpoB、embB、rpsL和rrs,这对今后乌鲁木齐市耐多药结核病的快速诊断和控制提供了理论依据。     

线性探针技术在四川地区结核分枝杆菌耐药检测中的应用评价

目的评估线性探针技术(LPA)在四川地区结核分枝杆菌耐药检测中的应用价值。方法对2014-04收集的297例分枝杆菌分离培养物进行传统比例法药敏实验和线性探针检测,分析线性探针技术检测结核分枝杆菌对利福平、异烟肼耐药性及MDR-TB的灵敏度、特异性、阳性预测值、阴性预测值、一致性及Kappa值。结果以传统比例法药敏为金标准,线性探针技术检测利福平耐药情况的灵敏度为90.00%,特异度为96.08%,阳性预测值为78.26%,阴性预测值为98.39%,一致性为95.25%,Kappa值为0.81;检测异烟肼耐药情况的灵敏度为85.00%,特异度为97.87%,阳性预测值为91.07%,阴性预测值为96.23%,一致性为95.25%,Kappa值为0.85;检测MDR-TB的灵敏度为88.46%,特异度为97.40%,阳性预测值为76.67%,阴性预测值为98.87%,一致性为96.61%,Kappa值为0.80。利福平耐药菌株中,rpoB主要突变位点为531、526和516,异烟肼耐药菌株的主要突变位点为katG S315T1。结论线性探针技术能够快速准确的检测利福平、异烟肼的药物敏感性,有利于耐多药结核病的快速筛查和诊断。在基层应用时应加强管理和人员培训。     

广西地区结核分枝杆菌异烟肼耐药基因突变特征分析

目的 分析广西地区结核分枝杆菌异烟肼(INH)耐药基因的突变特征,为耐药结核病的分子诊断提供依据。方法 选取2018年广西30个结核病耐药监测点收集的结核分枝杆菌菌株库中122株耐INH菌株和530株全敏感菌株进行全基因组测序。结果 652株结核分枝杆菌复合群菌株中,127株(19.48%)发生INH耐药基因突变,分别为katG(15.64%,102株)、fabG1(1.69%,11株)、ahpC(1.07%,7株)、kasA(0.61%,4株)和inhA(0.46%,3株)基因突变。INH耐药表型与基因突变的符合率为90.03%,比例法药敏检测INH耐药与基因测序检测基因突变结果吻合度不高(Kappa=0.677)。突变类型共有19种,单位点突变占96.85%,联合位点突变占3.15%。突变比率最高的位点为katG315(71.65%),碱基变化以AGC-ACC形式占比最高(12.13%)。katG、ahpC和kasA基因突变比例在INH耐药株中高于敏感株(均P<0.05),INH耐药株和敏感株inhA、fabG1基因突变比例比较,差异均无统计学意义(均P>0.05)。北...     

福建省耐多药结核分枝杆菌耐药相关基因突变特征

目的初步分析福建耐多药结核病(multi-resistant tuberculosis,MDR-TB)临床分离结核分枝杆菌利福平和异烟肼的耐药相关基因突变情况。方法自福建福州肺科医院收集耐多药结核分枝杆菌临床分离菌株,采用PCR测序技术测定利福平和异烟肼耐药相关基因,包括rpoB、katG、inhA和mabA-inhA,并与标准菌株基因序列比对,分析基因突变特点。结果共对67株MDR-TB菌株进行了分析,91.04%的菌株在rpoB81 bp RRDR区发生突变,其中,88.06%(59/67)的MDR-TB菌株在rpoB531、526和516位发生突变;79.10%的菌株在katG、inhA或mabA-inhA上发生突变,59.70%(40/67)的菌株在katG315或者mabA-inhA(-15)位发生突变,没有检测到同时在inhA结构基因和基因调节区发生突变的菌株。结论 PCR-DNA测序分析技术可以用于检测MDR-TB临床分离菌株对RFP和INH的药物敏感性。     

深圳市结核分枝杆菌异烟肼耐药流行株的基因分析

异烟肼(INH)和利福平(RFP)是抗结核药中的一线药物,近年来出现了大量耐药结核分枝杆菌,在中国INH-耐药率高达17.6%[1].INH耐药相关的最主要基因为katG,其次为inhA、ahpC和inhA94.为了解深圳地区INH耐药流行株的主要基因突变类型,本研究对深圳地区303株结核分枝杆菌的katG、inbA、oxyR-ahpC基因进行序列分析.     

基因芯片法菌种鉴定技术在非结核诊断中的应用

目的应用基因芯片法菌种鉴定技术研究丽水地区非结核分枝杆菌分布情况,探讨其在临床非结核诊断中的应用价值。方法应用基因芯片法菌种鉴定技术检测84例改良罗氏法阳性的分枝杆菌,比较2种方法菌种鉴定的一致率,并记录具体菌型。结果 84株PNB阳性菌株菌种鉴定后获得7株结核复合群和77株非结核分枝杆菌,种群分布达8种,最常见的是胞内分枝杆菌,占71.4%。传统罗氏培养方法和基因芯片法菌种鉴定共有77例检测结果一致,一致率为91.7%。鸟分枝杆菌、龟-脓肿分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌、戈登分枝杆菌、马赛分枝杆菌对异烟肼、利福平、链霉素、乙胺丁醇全部耐药,胞内分枝杆菌对异烟肼、利福平、链霉素全部耐药,对乙胺丁醇耐药率为91.7%。结论丽水地区分枝杆菌中以胞内分枝杆菌、龟-脓肿分枝杆菌、鸟分枝杆菌为主。开展NTM菌种鉴定对鉴别诊断和有效治疗有重要意义。     

rpoB基因突变与结核分枝杆菌利福平耐药相关性研究

目的 探讨临床患者痰标本中分离的结核分枝杆菌rpoB基因突变与利福平耐药之间的关系. 方法 对115株结核分枝杆菌应用L-J药敏培养法,检测对利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、氧氟沙星的耐药情况;根据rpoB基因序列设计包含利福平耐药决定区（RRDR）的扩增引物,PCR法进行扩增,运用生物信息学方法对耐药决定区扩增产物序列进行比对分析,对耐药株与非耐药株基因突变率进行统计学分析. 结果 115株结核分枝杆菌经比例法药敏试验,RIF耐药株53株,占所有菌株的46.09％;53株RIF耐药株中39株rpoB基因存在不同位点的变异,突变率为73.58％,突变位点包括531、526、522、516、513、511,最主要的突变位点集中在531位,引起氨基酸呈Ser531Gln、Ser531Leu、Ser531Trp 3种形式改变;RIF敏感株62株,其中有2株检测到rpoB基因的突变,敏感株与耐药株突变率经McNemar统计检验,差异有统计学意义（P＜0.05）. 结论 岳阳地区rpoB基因变异与利福平耐药呈高度相关,rpoB基因最主要的突变位点位于531位和526位.     

高分辨率熔解曲线检测结核分枝杆菌对利福平耐药性研究

目的评价高分辨率熔解曲线(high resolution melt,HRM)技术检测结核分枝杆菌对利福平耐药性的临床应用价值。方法用传统结核分枝杆菌药敏试验对新疆石河子大学人畜共患病实验室保存的50株临床分离菌进行耐药性检测。以rpoB基因的利福平耐药决定区为靶标设计引物进行高分辨率熔解曲线分析,判断分离出的结核分枝杆菌是否对利福平耐药。应用SPSS 17.0分析,以传统结核分枝杆菌药敏试验结果为标准,计算两种方法的符合率。用χ~2检测分析比例法药敏结果与高分辨率熔解曲线检测结果的差异性。用Kappa检测分析两种结果的一致性。结果药敏试验结果显示,50株菌中有1株为非结核分枝杆菌;49株中有20株同时对利福平和异烟肼耐药、1株仅对利福平耐药;HRM检测结果显示,21株对利福平耐药,28株为敏感株。以传统药敏试验为参考,HRM检测利福平耐药性的敏感性为86.36%,特异性为92.59%,经Kappa检验显示,两种方法检测结果具有高度一致性。结论 HRM可快速检测结核分枝杆菌对利福平的耐药性,具有较高灵敏度,在耐药结核病的早期诊断上有一定的应用价值。     

福建省耐多药结核分枝杆菌相关耐药基因突变特征分析

目的分析福建省耐多药结核分枝杆菌耐药相关基因rpoB、katG和rpsL的突变特征,为建立快速分子药敏方法提供科学依据。方法收集监测点的痰培养分离菌株进行菌种鉴定、药物敏感性试验。选取46株耐多药结核分枝杆菌和15株全敏感株,扩增rpoB、katG和rpsL的基因片段,测序,比对分析。结果全敏感株rpoB和rpsL基因未检测到突变。耐多药菌株rpoB、katG和rpsL基因的突变率分别为91.30%,80.43%,30.43%。耐多药菌株三个基因的突变率均高于全敏感株的突变率,差异均有统计学意义(χ2值分别为46.67,4.29和11.58,P均<0.05)。katG、rpoB基因同时存在突变的耐多药菌株占80.43%,三个耐药基因均有突变的耐多药菌株占30.43%。结论福建省耐多药结核分枝杆菌的常见突变位点为rpoB531和rpoB526,katG315,rpsL43。     

福建省46株耐多药结核分枝杆菌katG基因突变特征研究

目的:了解福建省耐多药结核分枝杆菌临床分离株katG基因的突变特点,为建立适合我省快速检测异烟肼耐药方法提供参考。方法:对福建省9个监测点进行耐药性调查,收集菌株经菌种鉴定、药物敏感性试验。选取46株耐多药结核分枝杆菌和15株全敏感株,扩增katG高突变区域的基因片段,测序后比对分析。结果:15株全敏感株未检测氨基酸突变。46株耐多药结核分枝杆菌katG基因的突变率为80.43%,katG 315的突变率为54.35%,联合突变率为52.17%。结论:福建省耐多药结核分枝杆菌杆不同耐药谱katG基因突变率不同,最常见的点突变发生于315位,463位具有等位基因多态性。     

BACTEC MGIT 960系统在分枝杆菌属菌种初步鉴定及药敏中的应用

目的评价BACTEC MGIT 960系统在分枝杆菌属菌种鉴定及药敏中的应用价值。方法显微镜观察BACTEC MGIT 960系统分离的162株分枝杆菌在液体培养基中的形态,传统生化和核酸检测法同时鉴定分枝杆菌属菌种,分析细菌形态与菌种之间的关系;应用BACTEC MGIT 960系统对分离的141株结核分枝杆菌进行药敏试验。结果 162株分枝杆菌属在MGIT液体培养基中呈索条状、分枝状、点粒状和分散状4种形态;呈索条状132株分枝杆菌属均为结核分枝杆菌,呈点粒状10株和分散状6株分枝杆菌属均为非结核分枝杆菌;对链霉素、异烟肼、利福平和乙胺丁醇的耐药率分别为9.9%、14.2%、9.2%和6.4%,总耐药率18.4%,同时耐利福平和异烟肼的为8.5%;药敏平均检测时间为9.3 d。结论 BACTEC MGIT 960系统可快速将分枝杆菌属初步鉴定为结核分枝杆菌和非结核分枝杆菌,能快速准确获得临床一线抗结核药物的药敏结果。     

应用Xpert MTB/RIF技术快速筛查耐多药肺结核

目的评估Xpert MTB/RIF技术(简称Xpert法)快速筛查耐多药结核(MDR-TB)的可行性。方法采用Xpert法和结核液体药敏试验分别对197株痰培养检出结核分枝杆菌菌株做利福平耐药检测,比较两者诊断利福平耐药的一致性;收集温州市2 417例肺结核患者一线液体药敏试验结果,分析利福平耐药作为MDR-TB诊断指标的可行性;并依上述两项结果评估用Xpert法快速筛查耐多药结核的可能性。结果以液体药敏法为金标准,197株菌株中Xpert法检测利福平耐药的灵敏度为100.00%,特异度为98.45%,阳性预测值为97.14%,阴性预测值为100.00%,与液体药敏法检测结果具有较高的一致性(Kappa值=0.978)。对2 417例结核患者液体药敏结果进行分析,与同时对异烟肼和利福平耐药作为MDR-TB的诊断标准比较,利福平耐药作为MTB-TB筛查指标的灵敏度为100.00%,特异度为99.13%,阳性预测值为92.52%,阴性预测值为100.00%,两者Kappa值为0.957。结论 Xpert法可快速、准确检测利福平耐药性,至少在温州市可考虑将该法用于MDR-TB的快速筛查。     

江苏省结核分枝杆菌耐药相关基因突变特征研究

目的探讨江苏省结核分枝杆菌耐药相关基因的基因型特点及其与耐药表型的关系,为开展耐药结核病快速诊断提供依据。方法通过基因测序技术,分析结核分枝杆菌利福平(rifampin,RFP)耐药相关基因rpoB和异烟肼(isoniazid,INH)耐药相关基因katG不同位点的突变频率,探讨基因型与耐药表型的关系。结果共收集新登记涂阳病人菌株283株,其中255株结核分枝杆菌成功测序,包括38株RFP耐药株,50株INH耐药株,48株链霉素耐药菌株,21株乙胺丁醇耐药株,34株耐多药菌株。28株(11.0%)在rpoB 81bp的基因核心区发生了点突变,21株出现单个位点突变外,7株出现两位点突变,突变形式主要为rpoB531 TCG→TTG单个位点突变。30株(11.8%)发生了katG基因区的突变,所有突变形式为katG315AGC→ACC。rpoB基因突变全部发生于RFP耐药菌株中,katG基因突变全部发生于INH耐药菌株中。结论检测rpoB与katG基因位点的突变对判断江苏省地区耐药结核以及耐多药结核有重要的价值,可以为开展耐药结核病早期诊断提供科学依据。     

浙江地区耐多药结核分枝杆菌基因突变特征分析

目的 分析浙江地区耐多药结核分枝杆菌(M.tuberculosis complex,MTBC)异烟肼(isoniazid,INH)和利福平(rifampicin,RIF)耐药相关基因突变特征.方法 对患者痰标本阳性培养物进行菌种鉴定,提取耐多药菌株DNA,应用PCR法对inhA、katG和rpoB RRDR区进行扩增,...     

反向斑点杂交技术在结核分枝杆菌耐药性检测中的应用研究

目的利用反向斑点杂交技术，建立结核分枝杆菌对利福平（RFP）、异烟肼（INH）、链霉素（SM）和乙胺丁醇（EMB）耐药相关基因突变的快速检测方法。方法根据结核分枝杆菌标准株H37Rv序列，自行设计针对rpoB、katG、inhA、rpsL和embB基因中常见耐药突变区的系列寡核苷酸探针，制成膜芯片，并对64例结核分枝杆菌临床株的基因突变情况进行检测。结果在36株RFP耐药菌中，有32株被检出在rpoB基因上发生突变，突变检出率为88．89％（32／36）；在39株INH耐药菌中，有30株被检出在katG或inhA基因上发生基因突变或缺失，检出率为76．92％（30／39）；在34株SM耐药菌中，有25株被检出在rpsL基因分析部位发生突变，检出率为73．5％（25／34）；在32株EMB耐’药菌中，有19株在embB基因分析部位发生突变，检出率为59．4％（19／32）。膜芯片检出的突变与基因测序结果一致。结论用膜芯片检测结核分枝杆菌对利福平（RFP）、异烟肼（INH）、链霉素（SM）和乙胺丁醇（EMB）四种主要一线抗结核药的耐药性，具有较高的特异性和敏感性，可作为常规药敏方法的补充，用于指导开展早期、有效的临床化疗。     

结核分枝杆菌利福平耐药株rpoB基因突变特征研究

目的了解郑州市结核分枝杆菌耐利福平临床分离株的相关耐药rpoB基因突变特征。方法应用PCR方法对40株结核分枝杆菌利福平耐药、40株结核分枝杆菌利福平敏感临床分离株及1株H37Rv结核分枝杆菌标准株中包含"利福平耐药决定区(RRDR)"在内的rpoB基因片段(385bp)进行扩增,并将扩增产物进行测序,以H37Rv结核分枝杆菌标准株的DNA序列作为参比序列,分析结核分枝杆菌临床分离株的突变特征。结果 40株结核分枝杆菌利福平敏感临床分离株及1株H37Rv结核分枝杆菌标准株均未检测到突变,结核分枝杆菌耐利福平临床分离株中有36株检测到突变,突变率92.3%,且突变均位于RRDR区域内;突变位点为8个,共有8个突变类型;最常见的突变热点依次为531位点,该位点突变率为64.1%;526位点,其突变率为12.8%和516位点,其突变率为10.3%。结论 rpoB基因是郑州市结核分枝杆菌对利福平耐药的最相关基因,其中在RRDR内的531位点基因突变率最高,并可通过对rpoB基因的突变检测,对耐多药结核病进行预测。