细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白的生物信息学分析北大核心CSCD

目的预测细粒棘球绦虫钙调蛋白(Echinococcus granulosus calmodulin, EgCalmodulin)的生化特性、结构和抗原表位,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法利用在线数据库以及生物信息学相关软件分析EgCalmodulin蛋白的理化性质、二级和三级结构、亲/疏水性、表面可及性、抗原指数和柔性区域以及该蛋白的抗原表位。结果细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白是由118个氨基酸组成,相对分子质量为13.48×10^(3),属于较稳定蛋白质;不含信号肽序列和跨膜结构域;二级结构中α-螺旋占47.46%,β-转角占13.56%,延伸连占15.25%,无规则卷曲占23.73%;亲水区域明显,评分较高的抗原指数所在区域与柔性区域相对应;优势B细胞表位位于10-20、32-37、47-55、65-74、81-91、100-110氨基酸区段;优势T细胞表位位于99-105、33-41、87-95,45-56、99-110、9-21氨基酸区段。结论利用生物信息学方法预测EgCalmodulin蛋白含有优势B、T细胞表位,可为包虫病分子肽疫苗的筛选提供参考。     

细粒棘球绦虫Calpain蛋白的生物信息学分析

目的采用生物信息学软件分析细粒棘球绦虫Calpain蛋白(EgCalpain)的结构与抗原表位,为研制基于Calpain的棘球蚴病疫苗提供依据。方法从NCBI核苷酸和蛋白质数据库下载EgCalpain的核苷酸和氨基酸序列,采用ProtParam、SignalP、TMHMM、Cell-Ploc等在线分析程序,结合DNAStar、DNAMAN等生物信息学软件分析、预测EgCalpain蛋白的理化性质、信号肽序列、跨膜结构域、亚细胞定位及抗原表位;采用Clustal omega程序对不同物种来源的Calpain蛋白进行多序列比对,并通过MEGA 6.06程序构建邻接树。结果 EgCalpain基因全长7 734 bp,包含15个外显子和14个内含子;EgCalpain基因编码蛋白由707个氨基酸组成,是一种稳定蛋白,不含有信号肽序列和跨膜区域,可能定位于细胞质。EgCalpain蛋白含有5个T、B细胞联合表位,分别为267-299 aa、328-356 aa、486-507 aa、546-567 aa、648-662 aa。EgCalpain蛋白与曼氏血吸虫Calpain的亲缘关系较近,与人、牛、羊Calpain的亲缘关系较远。结论 EgCalpain蛋白含有5个T、B细胞联合表位且与人、牛、羊Calpain的亲缘关系较远,作为棘球蚴病疫苗进行免疫时,可能具有良好的免疫保护作用。     

细粒棘球绦虫EGR＿09314蛋白的生物信息学分析

目的 利用生物信息学的方法预测、分析细粒棘球绦虫EGR＿09314蛋白的结构、功能和生物学特性等,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法 从NCBI数据库中下载EGR＿09314基因的核苷酸序列及其所编码的氨基酸序列,利用ORF Finder在线工具分析该基因的开放阅读框;利用Prot-Param预测蛋白的理化性质,PotScale预测其亲水性和疏水性,NetPhos 3.1 Server预测其磷酸化位点,NetNGlyc预测其糖基化位点,GPS-SUMO 2.0预测其棕榈酰化修饰位点;利用SOPMA预测蛋白的二级结构,SWISS-MODEL预测蛋白的三级结构;利用Euk-mPLoc 2.0分析其亚细胞定位,SignalP 4.1Server分析其信号肽位置,TMHMM分析跨膜区域,SMART预测其结构域位置;应用ABCpred和IEDB预测EGR＿09314蛋白的B细胞抗原表位,应用SYFPEITHI和IEDB预测其T细胞抗原表位。结果 细粒棘球绦虫EGR＿09314蛋白是由491个氨基酸组成的亲水性蛋白,其分子式为C₂₄₄₆H₃₈₉₅N<...     

细粒棘球绦虫Calpain蛋白的生物信息学分析北大核心CSCD

目的采用生物信息学软件分析细粒棘球绦虫Calpain蛋白(EgCalpain)的结构与抗原表位,为研制基于Calpain的棘球蚴病疫苗提供依据。方法从NCBI核苷酸和蛋白质数据库下载EgCalpain的核苷酸和氨基酸序列,采用ProtParam、SignalP、TMHMM、Cell-Ploc等在线分析程序,结合DNAStar、DNAMAN等生物信息学软件分析、预测EgCalpain蛋白的理化性质、信号肽序列、跨膜结构域、亚细胞定位及抗原表位;采用Clustal omega程序对不同物种来源的Calpain蛋白进行多序列比对,并通过MEGA 6.06程序构建邻接树。结果 EgCalpain基因全长7 734 bp,包含15个外显子和14个内含子;EgCalpain基因编码蛋白由707个氨基酸组成,是一种稳定蛋白,不含有信号肽序列和跨膜区域,可能定位于细胞质。EgCalpain蛋白含有5个T、B细胞联合表位,分别为267-299 aa、328-356 aa、486-507 aa、546-567 aa、648-662 aa。EgCalpain蛋白与曼氏血吸虫Calpain的亲缘关系较近,与人、牛、羊Calpain的亲缘关系较远。结论 EgCalpain蛋白含有5个T、B细胞联合表位且与人、牛、羊Calpain的亲缘关系较远,作为棘球蚴病疫苗进行免疫时,可能具有良好的免疫保护作用。     

细粒棘球绦虫表面抗原MKK1的生物信息学分析

目的 运用生物信息预测网站及相关工具分析细粒棘球绦虫表面抗原MKK1的理化性质、抗原性等。方法 EgMKK1氨基酸序列经NCBI数据库中下载,采用ProtParam分析蛋白的理化性质,SignalP-5分析信号肽,Euk-mPLoc 2.0进行亚细胞定位,ProtScale、SOSUI及DNASTAR分析亲疏水性,SOMPA分析二级结构,NetPhos分析磷酸化位点,MotifScan分析修饰位点,Swissmodel分析三级结构,TMHMM分析跨膜区域,ABCpred和IEDB预测B细胞抗原表位,SYFPEITHI预测T细胞抗原表位。结果 EgMKK1由338氨基酸序列组成,分子式为C₁₆₈₈H₂₆₈₇N₄₇₁O₄₉₇S₁₇,亲水指数为-0.167456,为亲水蛋白;无信号肽,含2个跨膜区,且定位于细胞质及细胞核中。二级结构中α螺旋占43.20%,β折叠占10.95%,β转角占4.14%,无规则卷曲占41.72%。EgMKK1能与HLA-A*02-01结合,且能被HLA-DR...     

细粒棘球绦虫丙酮酸激酶生物信息学及系统发育分析

目的 运用生物信息学方法分析细粒棘球绦虫(Echinococcus granulosus sensu lato,Eg)丙酮酸激酶(Pyruvate kinase, PK)基因序列的结构与功能。方法 通过NCBI蛋白数据库获取EgPK基因序列,利用ProtParam、ProtScale、SignalP 5.0、TMHMM、Motif Scan、ProtComp 9.0、CDD数据库、SOPMA、DNAStar、Swiss-Model Verify 3D、DNAMAN、VMD和MEGA等工具预测分析EgPK基因的相关生物学信息,并构建系统进化树,进行系统发育分析。结果 生物信息学预测EgPK具有亲水性,分子质量62.056 22 ku,无信号肽裂解位点,无跨膜区域。该蛋白含有3个N-糖基化位点,6个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,6个N-肉豆蔻酰化位点,9个蛋白激酶C磷酸化位点。3D结构分析与序列比对显示,EgPK的桶状结构域和盖结构域之间存在特征性催化位点以及丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸磷酸化位点。EgPK基因序列与多房棘球绦虫PK基因相似性为94.67%,与人的PK基因相似性为54.77%,EgPK...     

细粒棘球绦虫TSP2基因的克隆及生物信息学分析

目的克隆细粒棘球绦虫发育相关基因Tetraspain 2-TSP2(TSP2),并对其进行生物学分析。方法通过在线检索WormBas ParaSite网站中Eg细粒棘球绦虫基因组数据库,获得TSP1的cDNA序列并设计特异性引物。提取细粒棘球绦虫原头蚴总RNA,以此模板,RT-PCR扩增TSP2基因,将PCR产物克隆到pMD19-T载体后进行测序,并进行生物信息学分析。通过SYBR Green I qRT-PCR方法分析TSP2基因在原头蚴、包囊壁以及成虫中mRNA的相对表达量。结果克隆的TSP2基因序列与WormBas ParaSite中已登录的细粒棘球绦虫跨膜蛋白EGR_05083.1同源性为100%。TSP2基因cDNA全长621个核苷酸,编码206个氨基酸的TSP2蛋白,理论等电点为7.33,不稳定指数为47.50,为不稳定蛋白。脂肪系数为109.71,亲水性疏水性平均值为0.987,为疏水性可溶性蛋白。TSP2编码的蛋白含有4个跨膜区,4个优势B抗原表位,属于跨膜蛋白家族,该蛋白具有3个开放阅读框。qRT-PCR显示,TSP2基因在细粒棘球绦虫原头蚴、包囊壁及成虫中均有转录,转录水平差异无统计学意义(P0.05)。结论细粒棘球绦虫TSP2基因其编码蛋白含有优势B抗原表位,为包虫病重组免疫诊断抗原和亚单位疫苗的研发奠定了基础。     

细粒棘球绦虫葡萄糖转运蛋白GLUT3的生物信息学分析及系统发育树

目的基因克隆及获取细粒棘球绦虫葡萄糖转运蛋白3(Echinococcus granulosus Glucose transporter 3,EgGLUT3)基因全长序列,并进行生物信息学分析。方法拟通过全长基因PCR方法克隆获取EgGLUT3基因序列。利用生物信息学工具对其基因进行生物信息分析。结果从细粒棘球蚴原头蚴(E.granulosus protoscoleces,EgPSCs)成功克隆获得1 530bp的EgGLUT3基因,属于SLC2A (Solute carrier family 2)家族的GLUTs家族,相对分子量为55192.22,18-19之间有一个裂解位点。有3个酰胺化位点,7个糖基化位点,1个cAMP和cGMP依赖的蛋白激酶磷酸化位点,4个酩蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,11个酰基化位点,3个蛋白激酶c磷酸化位点。具有12个跨膜区域,亲水性平均值范围是-2.567～3.44。二级结构中α螺旋约占53.83%,β折叠约占16.90%,β转角约占5.30%,无规卷曲约占23.97%。从8～286氨基酸位置发现MFS家族(Major Facilitator Super family)结构域(E-value 2.5e-17)。EgGLUT3氨基酸序列与其他物种的相似性11.31%到84.82%。其基因跟人类、狗、小鼠、白马鱼和果蝇等哺乳动物的亲缘关系较远。结论这项研究为研究EgGLUT3参与E.granulosus从中间宿主体内摄取葡萄糖的机制和鉴定抗包虫药物靶点的重要组成部分,为研发新型抗包虫药物奠定基础。     

细粒棘球绦虫亲环蛋白基因的克隆 重组表达和生物信息学分析

目的 克隆表达细粒棘球绦虫亲环蛋白 （EgCyP） 基因, 并对其进行生物信息学分析。方法 从细粒棘球绦虫cD? NA中扩增目的基因, 克隆入表达载体pET28a, 转化大肠埃希菌 （E.coli） BL21 （DE3）, 经异丙基?β?D硫代半乳糖苷诱导表达后, 进行SDS?PAGE和免疫印迹试验鉴定, 并对其进行生物信息学分析。 结果 重组质粒pET28a?EgCyP构建成功。SDS? PAGE和免疫印迹试验结果显示, 重组蛋白在E.coli BL21 （DE3） 中获得高效表达, 重组蛋白EgCyP分子量约为22 kDa, 可被细粒棘球绦虫感染犬血清识别。生物信息学分析显示该蛋白具有7个潜在的抗原表位。 结论 成功克隆出细粒棘球绦虫EgCyP基因并在E.coli BL21 （DE3） 中表达, 为进一步研究其免疫原性奠定了基础。     

细粒棘球绦虫丙酮酸脱氢酶的重组表达及生物信息学分析

目的 目的 克隆表达细粒棘球绦虫丙酮酸脱氢酶 （EgPDH） 基因, 并对其进行生物信息学预测与分析。 方法 方法 提取细粒棘球绦虫Total?RNA并反转录成cDNA, 以此为模板扩增目的基因。将目的基因连接至pET28b构建重组质粒并转化大肠杆菌BL21 （DE3） 进行重组表达。采用SignalP4.1、 TMHMM sever v.2.0和TargetP1.1对EgPDH编码蛋白序列分别进行信号肽、 跨膜区及亚细胞定位的预测。采用SMART分析EgPDH编码蛋白结构域, 用BLASTP和GeneDoc进行EgPDH同源序列比对及保守位点分析, 并采用MEGA6软件邻接法构建系统进化树。 结果 结果 成功克隆并构建重组质粒pET28b? EgPDH, 目的基因大小约1 080 bp, 重组蛋白以可溶性形式表达。EgPDH为信号肽的分泌蛋白, 并含转酮酶结构域, 其高度保守酶活性位点分别为Glu57 、 Leu72 、 Ile86 、 Phe114 。系统进化树分析显示EgPDH与多房棘球绦虫PDH亲缘关系最近。 结 结论 论 成功克隆表达了细粒棘球绦虫EgPDH基因并进行了生物信息学预测分析, 为进一步研究该蛋白功能奠定了基础。     

细粒棘球绦虫EgA31蛋白分子研究进展

本文综述了细粒棘球绦虫EgA31蛋白分子的分子生物学和分子免疫学研究进展,为进一步研究细粒棘球绦虫疫苗提供参考。     

细粒棘球绦虫疫苗研究进展

细粒棘球绦虫疫苗是防治囊型包虫病的一种重要途径，它包括死疫苗、分子疫苗、合成肽疫苗、DNA疫苗和重组伤寒沙门氏杆菌疫苗等，文章综述了这几种疫苗的研究进展。     

细粒棘球绦虫AgB研究进展

囊型包虫病（Cystic echinococcosis,CE）是由细粒棘球绦虫（Echinococcus granulosus,Eg）的续绦期幼虫寄生在人体肝、肺等脏器引起的一种严重危害人类健康的人兽共患寄生虫病,是中国卫生部规划防治的五大寄生虫病之一。现已证实全国有31个省市区存在包虫病感染病例,有100多万包虫病现症患者,受威胁人口达几千万,包虫病畜超过4000万头,每年新发病畜达800多万头,     

细粒棘球绦虫分子生物学研究进展

细粒棘球蚴病(Echinococcosis)又称囊型包虫病(Cystic echinococcosis，CE)，是由细粒棘球绦虫(Echinococcus granulosus，Eg)幼虫引起的一种人畜共患寄生虫病。Eg幼虫称棘球蚴(Hydatid cyst)，寄生于人体的肝、肺和脑等不同脏器，表现出不同的临床症状。若囊肿破裂人胸腔和腹腔可引起继发性感染、过敏性休克，甚至死亡。CE已成为我国新五大寄生虫病之一。该病呈全球分布，我国新疆、甘肃、宁夏、青海、内蒙古、     

细粒棘球绦虫分子生物学研究进展

细粒棘球蚴病(Echinococcosis)又称囊型包虫病(Cystic echinococcosis,CE),是由细粒棘球绦虫(Echinococcusgranulo sus,Eg)幼虫引起的一种人畜共患寄生虫病。Eg幼虫称棘球蚴(Hydatidcyst),寄生于人体的肝、肺和脑等不同脏器,表现出不同的临床症状。若囊肿破裂入胸腔和腹腔可引起继发性感染、过敏性休克,甚至死亡。CE已成为我国新五大寄生虫病之一。该病呈全球分布,我国新疆、甘肃、宁夏、青海、内蒙古、西藏、四川西北部、陝西的牧区和半牧区均有流行,高发区约占全国面积的44%,受威胁人口约5000万。全国有25个省市区有该病的散发病例报…     

细粒棘球绦虫基因型的微卫星分析

目的利用细粒棘球绦虫微卫星序列为分型标记,建立高效、快速、简便的鉴定细粒棘球绦虫基因型技术。方法采用FAM和HEX两种不同荧光染料分别标记细粒棘球绦虫的Sca、Emsk、C106微卫星序列引物,利用荧光PCR-基因扫描技术鉴定新疆不同地区CE病人细粒棘球绦虫分离株的基因型。结果44例CE病人的66个分离株标本经PCR及微卫星标记鉴定均为细粒棘球绦虫,其中43例病人的65个细粒棘球绦虫分离株标本为G1基因型;1例病人的1个细粒棘球绦虫分离株标本为G6基因型。结论微卫星标记能够从基因水平快速、精确地鉴定新疆细粒棘球绦虫分离株的基因型,对细粒棘球绦虫的流行病学和致病性研究有重要价值。     

细粒棘球绦虫GAPDH蛋白的生物信息学分析及其重组表达纯化和酶活性检测

目的 以生物信息学预测细粒棘球绦虫甘油醛3-磷酸脱氢酶(EgGAPDH)编码基因及其编码蛋白的结构和功能,利用大肠杆菌原核表达系统高效表达EgGAPDH重组蛋白,体外检测其酶活性。方法 运用各软件对EgGAPDH的理化性质、保守功能域、系统发生树和二级结构、三级结构等方面进行分析后,将EgGAPDH基因亚克隆于表达载体pET30a(+),转化入E.coli BL21(DE3)感受态细菌,表达、纯化重组蛋白,并利用底物3-磷酸甘油醛测定重组蛋白EgGAPDH的酶催化活性。结果 EgGAPDH cDNA序列长度为1 011 bp,编码一个336个氨基酸的蛋白。该GAPDH蛋白理论相对分子质量为36 128.3 Da,等电点为8.44,具有GAPDH蛋白家族的两个功能结构域,富含6种类型的特定功能位点。成功构建的原核表达载体pET30a(+)-EgGAPDH在E.coli BL21(DE3)中高效表达,且发现表达产物主要以可溶形式分布于裂解上清,制备甘油醛3-磷酸脱氢酶纯品并通过酶活检测显示其具有高效酶活性。结论 EgGAPDH基因可在原核系统中获得有酶催化活性的高效表达,为进一步研究其在糖代谢中的功能奠定了基础。     

细粒棘球绦虫抗原Fis1的生物信息学分析北大核心CSCD

目的利用生物信息学的方法分析细粒棘球绦虫Fis1(EgFis1)蛋白的抗原表位,为分子肽疫苗的研发奠定理论基础。方法在NCBI数据库中检所并下载EgFis1蛋白的氨基酸序列;利用EXpasy软件预测蛋白的理化性质;采用SignalP5.0和TMHMM sever 2.0软件预测EgFis1蛋白的信号肽和跨膜结构域;利用SOPMA和SWISS-MODLE预测EgFis1蛋白的二级结构和三级结构;采用IEDB、ABCpred和SYFPEITHI数据库预测EgFis1蛋白的T、B细胞表位。结果细粒棘球绦虫EgFis1是由157个氨基酸组成的等电点为5.86,分子质量单位为16.93ku的蛋白质;不含有信号肽序列,但具有一个跨膜结构域;其二级结构中α-螺旋占比例为48.41%,延伸连占19.11%,β-转角占7.01%,无规则卷曲占25.48%。亲水性较强的区域主要位于12aa-24aa,42aa-52aa,64aa-69aa,81aa-90aa,97aa-105aa,126aa-150aa。Eg-Fis1含有3个优势B细胞表位,7个T细胞表位以及2个T、B联合表位。结论生物信息学方法预测EgFis1蛋白含有4个优势B细胞表位、7个T细胞表位以及2个T、B联合表位,可作为免疫治疗和药物治疗的靶点。     

细粒棘球绦虫肌醇多磷酸2-激酶的生物信息学分析

目的利用生物信息学方法分析并预测细粒棘球绦虫肌醇多磷酸2-激酶(EgIP2K)的结构及抗原表位,为研究细粒棘球绦虫的药物靶点和疫苗开发提供理论依据。方法通过NCBI获取细粒棘球绦虫肌醇多磷酸2-激酶(EgIP2K)的氨基酸序列,采用Protparam预测EgIP2K的理化特性;采用SOPMA预测其二级结构;采用SignalP 4.1 server工具预测信号肽;采用NetPhos预测其磷酸化位点;采用DNAStar软件中的protean程序分析其抗原性指数、亲水性指数及表面可及性指数;采用ABCPred预测潜在的B细胞抗原表位;采用SYFPEITHI和IEDB工具预测蛋白的T细胞抗原表位。结果 EgIP2K由492个氨基酸残基组成,相对分子质量为54.8×10~3,分子式是C_(2397)H_(3791)N_(683)O_(730)S_(29),理论等电点为6.41,不稳定指数值为52.20,为不稳定蛋白;二级结构中α螺旋占36.10%,β折叠占16.46%,β转角占5.89%,无规则卷曲占46.54%;EgIP2K无信号肽序列,可能为非分泌蛋白;EgIP2K含有51个磷酸化位点,其中3个酪氨酸位点、13个苏氨酸位点、35个丝氨酸位点;预测EgIP2K具有B细胞和T细胞抗原表位,并且有3个抗原表位是B、T细胞联合抗原表位,分别位于90-94、411-422、424-438氨基酸区段。结论 EgIP2K含有多个潜在的B细胞、T细胞抗原表位,可作为细粒棘球绦虫疫苗候选基因。     

细粒棘球绦虫组织蛋白酶B的重组表达及生物信息学分析

目的 目的 克隆、 表达细粒棘球绦虫组织蛋白酶B （EgCatB） 基因, 并对其进行生物信息学预测和分析。方法 方法 提取 细粒棘球绦虫总RNA反转录成cDNA, 以此为模板扩增目的基因。利用无缝克隆技术和麦胚无细胞表达体系克隆表达 EgCatB, 用免疫印迹实验进行验证。采用SignalP 4.1、 TMHMM sever v. 2.0、 TargetP 1.1对EgCatB编码蛋白分别进行信号 肽、 跨膜区及亚细胞定位的预测。采用BLASTP和GeneDoc进行EgCatB同源序列比对及保守位点分析。采用ProtParam、 SMART、 Predictprotein、 Swiss?model分析EgCatB编码蛋白的结构。采用NetOGlyc 4.0 Server和NetNGlyc 1.0 Server在线分 析EgCatB蛋白O型和N型糖基化位点。结果 结果 成功构建了重组质粒pEU?EgCatB。蛋白电泳和免疫印迹实验结果显示 该基因获得了可溶性表达。经生物信息学分析预测该蛋白分子量35.9 kDa、 理论等电点6.37, 为含信号肽的分泌蛋白, 酶 活性位点高度保守, 并通过Gln106 、 Cys 112 、 His 282 和Asn302 形成了催化中心。EgCatB基因所编码蛋白氨基酸序列中不存在N? 糖基化位点, 但存在9个O?糖基化位点。结论 结论 成功克隆表达了细粒棘球绦虫EgCatB基因并对其进行了较全面的生物 信息学预测分析, 为该蛋白的功能研究提供了参考依据。