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1.
目的研究细粒棘球绦虫(Echinococcus granulosus,Eg)TSP基因家族TSP11基因的分子特性及其在虫体不同发育期的差异表达,为细粒棘球绦虫疫苗的研发奠定基础。方法从NCBI GenBank数据库中获得TSP11基因序列并设计特异性引物,以Eg原头节RNA为模板进行RT-PCR。将PCR产物克隆到pMD19-T载体后测序,通过生物信息学软件分析预测TSP11基因编码蛋白的结构与功能;通过SYBR GreenⅠqRT-PCR检测TSP11基因在虫体原头蚴以及成虫mRNA相对转录情况。结果生物信息学分析TSP11基因全长765个核苷酸,编码蛋白含254个氨基酸,理论等电点为8.91,为稳定蛋白分子。编码TSP11基因的氨基酸序列共含有3个跨膜区域,推测含有7个优势B抗原表位,与已登录的细粒棘球绦虫TSP11序列(XP024352489.1)同源性为99.61%。qRT-PCR显示TSP11基因在原头蚴及成虫阶段均有表达,且表达水平差异无统计学义(P>0.05)。结论成功克隆了细粒棘球绦虫TSP11基因,该基因在Eg原头蚴及成虫期均有表达,其编码蛋白为稳点蛋白,含有B细胞抗原表位,为进一步揭示其分子生物学功能奠定了基础。 相似文献
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《中国病原生物学杂志》2019,(10)
目的采用生物信息学软件分析细粒棘球绦虫Calpain蛋白(EgCalpain)的结构与抗原表位,为研制基于Calpain的棘球蚴病疫苗提供依据。方法从NCBI核苷酸和蛋白质数据库下载EgCalpain的核苷酸和氨基酸序列,采用ProtParam、SignalP、TMHMM、Cell-Ploc等在线分析程序,结合DNAStar、DNAMAN等生物信息学软件分析、预测EgCalpain蛋白的理化性质、信号肽序列、跨膜结构域、亚细胞定位及抗原表位;采用Clustal omega程序对不同物种来源的Calpain蛋白进行多序列比对,并通过MEGA 6.06程序构建邻接树。结果 EgCalpain基因全长7 734 bp,包含15个外显子和14个内含子;EgCalpain基因编码蛋白由707个氨基酸组成,是一种稳定蛋白,不含有信号肽序列和跨膜区域,可能定位于细胞质。EgCalpain蛋白含有5个T、B细胞联合表位,分别为267-299 aa、328-356 aa、486-507 aa、546-567 aa、648-662 aa。EgCalpain蛋白与曼氏血吸虫Calpain的亲缘关系较近,与人、牛、羊Calpain的亲缘关系较远。结论 EgCalpain蛋白含有5个T、B细胞联合表位且与人、牛、羊Calpain的亲缘关系较远,作为棘球蚴病疫苗进行免疫时,可能具有良好的免疫保护作用。 相似文献
3.
《中国病原生物学杂志》2021,(8)
目的预测细粒棘球绦虫钙调蛋白(Echinococcus granulosus calmodulin, EgCalmodulin)的生化特性、结构和抗原表位,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法利用在线数据库以及生物信息学相关软件分析EgCalmodulin蛋白的理化性质、二级和三级结构、亲/疏水性、表面可及性、抗原指数和柔性区域以及该蛋白的抗原表位。结果细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白是由118个氨基酸组成,相对分子质量为13.48×10~3,属于较稳定蛋白质;不含信号肽序列和跨膜结构域;二级结构中α-螺旋占47.46%,β-转角占13.56%,延伸连占15.25%,无规则卷曲占23.73%;亲水区域明显,评分较高的抗原指数所在区域与柔性区域相对应;优势B细胞表位位于10-20、32-37、47-55、65-74、81-91、100-110氨基酸区段;优势T细胞表位位于99-105、33-41、87-95,45-56、99-110、9-21氨基酸区段。结论利用生物信息学方法预测EgCalmodulin蛋白含有优势B、T细胞表位,可为包虫病分子肽疫苗的筛选提供参考。 相似文献
4.
目的 运用生物信息学方法分析细粒棘球绦虫(Echinococcus granulosus sensu lato,Eg)丙酮酸激酶(Pyruvate kinase, PK)基因序列的结构与功能。方法 通过NCBI蛋白数据库获取EgPK基因序列,利用ProtParam、ProtScale、SignalP 5.0、TMHMM、Motif Scan、ProtComp 9.0、CDD数据库、SOPMA、DNAStar、Swiss-Model Verify 3D、DNAMAN、VMD和MEGA等工具预测分析EgPK基因的相关生物学信息,并构建系统进化树,进行系统发育分析。结果 生物信息学预测EgPK具有亲水性,分子质量62.056 22 ku,无信号肽裂解位点,无跨膜区域。该蛋白含有3个N-糖基化位点,6个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,6个N-肉豆蔻酰化位点,9个蛋白激酶C磷酸化位点。3D结构分析与序列比对显示,EgPK的桶状结构域和盖结构域之间存在特征性催化位点以及丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸磷酸化位点。EgPK基因序列与多房棘球绦虫PK基因相似性为94.67%,与人的PK基因相似性为54.77%,EgPK... 相似文献
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目的 克隆表达细粒棘球绦虫亲环蛋白 (EgCyP) 基因, 并对其进行生物信息学分析。方法 从细粒棘球绦虫cD? NA中扩增目的基因, 克隆入表达载体pET28a, 转化大肠埃希菌 (E.coli) BL21 (DE3), 经异丙基?β?D硫代半乳糖苷诱导表达后, 进行SDS?PAGE和免疫印迹试验鉴定, 并对其进行生物信息学分析。 结果 重组质粒pET28a?EgCyP构建成功。SDS? PAGE和免疫印迹试验结果显示, 重组蛋白在E.coli BL21 (DE3) 中获得高效表达, 重组蛋白EgCyP分子量约为22 kDa, 可被细粒棘球绦虫感染犬血清识别。生物信息学分析显示该蛋白具有7个潜在的抗原表位。 结论 成功克隆出细粒棘球绦虫EgCyP基因并在E.coli BL21 (DE3) 中表达, 为进一步研究其免疫原性奠定了基础。 相似文献
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目的 运用生物信息预测网站及相关工具分析细粒棘球绦虫表面抗原MKK1的理化性质、抗原性等。方法 EgMKK1氨基酸序列经NCBI数据库中下载,采用ProtParam分析蛋白的理化性质,SignalP-5分析信号肽,Euk-mPLoc 2.0进行亚细胞定位,ProtScale、SOSUI及DNASTAR分析亲疏水性,SOMPA分析二级结构,NetPhos分析磷酸化位点,MotifScan分析修饰位点,Swissmodel分析三级结构,TMHMM分析跨膜区域,ABCpred和IEDB预测B细胞抗原表位,SYFPEITHI预测T细胞抗原表位。结果 EgMKK1由338氨基酸序列组成,分子式为C1688H2687N471O497S17,亲水指数为-0.167456,为亲水蛋白;无信号肽,含2个跨膜区,且定位于细胞质及细胞核中。二级结构中α螺旋占43.20%,β折叠占10.95%,β转角占4.14%,无规则卷曲占41.72%。EgMKK1能与HLA-A*02-01结合,且能被HLA-DR... 相似文献
7.
细粒棘球绦虫EG95基因的克隆和序列分析 总被引:3,自引:1,他引:3
目的:获得细粒棘球蚴EG395基因序列资料,进行序列分析,为研究包虫病疫苗候选抗原基因奠定基础。方法:从包囊内获取细粒棘球蚴原头蚴(protoscoleces),提取RNA和DNA,用特异引物分别以基因组DNA和cDNA为模板扩增EG95基因;并将其克隆到T载体后进行序列测定和分析。结果:以基因组为模板获得一个基因。长度为1253bp,以cDNA为模板获得两个基因,长度分别为1121bp和833bp;同源性比较结果表明:来自新疆羊源EG95基因序列和澳大利亚羊源EG395-2基因同源性为98%,有13个碱基变异;从cDNA获得的EG95基因(EG95-like)和DNA来源的EG95相同,只是EG95序列的一部分;从cDNA获得的另一个EG95基因(mEG95)和澳大利亚源EG395-2同源性为99%,有2个碱基不同。分析表明EG95是一个基因家族,可能是虫体发育到六沟蚴阶段特定表达的基因。结论:EG95是一个基因家族,进一步研究该基因家族的结构和功能对包虫病的免疫预防具有重要意义。 相似文献
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目的 目的 克隆表达细粒棘球绦虫丙酮酸脱氢酶 (EgPDH) 基因, 并对其进行生物信息学预测与分析。 方法 方法 提取细粒棘球绦虫Total?RNA并反转录成cDNA, 以此为模板扩增目的基因。将目的基因连接至pET28b构建重组质粒并转化大肠杆菌BL21 (DE3) 进行重组表达。采用SignalP4.1、 TMHMM sever v.2.0和TargetP1.1对EgPDH编码蛋白序列分别进行信号肽、 跨膜区及亚细胞定位的预测。采用SMART分析EgPDH编码蛋白结构域, 用BLASTP和GeneDoc进行EgPDH同源序列比对及保守位点分析, 并采用MEGA6软件邻接法构建系统进化树。 结果 结果 成功克隆并构建重组质粒pET28b? EgPDH, 目的基因大小约1 080 bp, 重组蛋白以可溶性形式表达。EgPDH为信号肽的分泌蛋白, 并含转酮酶结构域, 其高度保守酶活性位点分别为Glu57 、 Leu72 、 Ile86 、 Phe114 。系统进化树分析显示EgPDH与多房棘球绦虫PDH亲缘关系最近。 结 结论 论 成功克隆表达了细粒棘球绦虫EgPDH基因并进行了生物信息学预测分析, 为进一步研究该蛋白功能奠定了基础。 相似文献
10.
目的克隆细粒棘球绦虫(Eg)TAK1基因的开放阅读框(ORF)全长,预测其编码的蛋白EgTAK1的结构特点和生物学功能。方法从新疆株细粒棘球蚴中扩增EgTAK1-ORF全长,克隆至载体pMD20-T上并测序;从NCBI蛋白质数据库中下载EgTAK1的氨基酸序列,利用生物信息学分析软件分别对EgTAK1的理化性质、磷酸化位点、O-糖基化位点、N-糖基化位点、亲/疏水性、保守结构域、跨膜结构域、信号肽序列进行预测;采用MEGA 7.0软件对不同物种来源的TAK1蛋白进行多序列比对并构建系统进化树。采用实时荧光定量PCR检测细粒棘球绦虫在不同发育阶段TAK1基因mRNA的相对表达量。结果EgTAK1基因ORF全长1116 bp,编码371个氨基酸,理论等电点为5.97,不稳定指数为49.59,属于不稳定蛋白;脂肪系数为87.22,总平均亲水系数为-0.291,为亲水性蛋白;EgTAK1蛋白含有64个磷酸化位点,3个O-糖基化潜在位点,4个N-糖基化位点;EgTAK1蛋白属于蛋白激酶C类似(PKC-like)家族;无跨膜结构和信号肽,亚细胞可能定位于细胞膜、细胞质及细胞核内。该蛋白含有7个优势B细胞抗原表位,具有良好的免疫原性。二级结构包含34.77%的α-螺旋,5.12%的β-转角,40.97%的无规卷曲,19.14%的延伸链。TAK1蛋白同源序列比对中与多房棘球绦虫的TAK1同源性最高为83%。实时荧光定量PCR显示,细粒棘球绦虫在不同发育阶段EgTAK1表达有差异,成虫阶段相对表达量最高。结论基因EgTAK1可能是细粒棘球绦虫发育分化的重要调控基因,预测该基因编码的蛋白含有B细胞抗原表位,有可能成为包虫病免疫学预防及药物研制的靶标抗原。 相似文献
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《中国病原生物学杂志》2021,(9)
目的利用生物信息学方法分析并预测细粒棘球绦虫肌醇多磷酸2-激酶(EgIP2K)的结构及抗原表位,为研究细粒棘球绦虫的药物靶点和疫苗开发提供理论依据。方法通过NCBI获取细粒棘球绦虫肌醇多磷酸2-激酶(EgIP2K)的氨基酸序列,采用Protparam预测EgIP2K的理化特性;采用SOPMA预测其二级结构;采用SignalP 4.1 server工具预测信号肽;采用NetPhos预测其磷酸化位点;采用DNAStar软件中的protean程序分析其抗原性指数、亲水性指数及表面可及性指数;采用ABCPred预测潜在的B细胞抗原表位;采用SYFPEITHI和IEDB工具预测蛋白的T细胞抗原表位。结果 EgIP2K由492个氨基酸残基组成,相对分子质量为54.8×10~3,分子式是C_(2397)H_(3791)N_(683)O_(730)S_(29),理论等电点为6.41,不稳定指数值为52.20,为不稳定蛋白;二级结构中α螺旋占36.10%,β折叠占16.46%,β转角占5.89%,无规则卷曲占46.54%;EgIP2K无信号肽序列,可能为非分泌蛋白;EgIP2K含有51个磷酸化位点,其中3个酪氨酸位点、13个苏氨酸位点、35个丝氨酸位点;预测EgIP2K具有B细胞和T细胞抗原表位,并且有3个抗原表位是B、T细胞联合抗原表位,分别位于90-94、411-422、424-438氨基酸区段。结论 EgIP2K含有多个潜在的B细胞、T细胞抗原表位,可作为细粒棘球绦虫疫苗候选基因。 相似文献
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目的 利用生物信息学的方法预测、分析细粒棘球绦虫EGR_09314蛋白的结构、功能和生物学特性等,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法 从NCBI数据库中下载EGR_09314基因的核苷酸序列及其所编码的氨基酸序列,利用ORF Finder在线工具分析该基因的开放阅读框;利用Prot-Param预测蛋白的理化性质,PotScale预测其亲水性和疏水性,NetPhos 3.1 Server预测其磷酸化位点,NetNGlyc预测其糖基化位点,GPS-SUMO 2.0预测其棕榈酰化修饰位点;利用SOPMA预测蛋白的二级结构,SWISS-MODEL预测蛋白的三级结构;利用Euk-mPLoc 2.0分析其亚细胞定位,SignalP 4.1Server分析其信号肽位置,TMHMM分析跨膜区域,SMART预测其结构域位置;应用ABCpred和IEDB预测EGR_09314蛋白的B细胞抗原表位,应用SYFPEITHI和IEDB预测其T细胞抗原表位。结果 细粒棘球绦虫EGR_09314蛋白是由491个氨基酸组成的亲水性蛋白,其分子式为C2446H3895N<... 相似文献
13.
《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》2019,(4)
细粒棘球绦虫的幼虫寄生于中间宿主(人、牛、羊等)肝、肺等脏器后发展成包囊,压迫、刺激宿主脏器,引起细粒棘球蚴病,严重危害人体健康和畜牧业发展。全球患细粒棘球蚴病的人数超过100万,被世界卫生组织列为要求重点关注的热带病之一。随着分子生物学技术的发展,目前把细粒棘球绦虫分为9个基因型(G1、 G3~G8、 G10和狮株),每种基因型的地区分布、宿主种类、致病性等不尽相同。该综述主要对全球细粒棘球绦虫基因多态性的研究进展进行综述,并对发展方向进行展望,为进一步开展细粒棘球蚴病防治研究提供数据支撑。 相似文献
14.
目的从新疆株细粒棘球绦虫原头蚴中克隆DNA聚合酶δ小亚基EgPolD2,进行序列测定和生物信息学分析。方法设计EgPolD2特异性引物,用RT-PCR方法从细粒棘球绦虫原头蚴cDNA中克隆EgPolD2基因,然后将其克隆至pMD18-T载体,测序并进行生物信息学分析,半定量反转录PCR分析其在细粒棘球绦虫原头蚴和囊泡中的表达情况。结果 EgPolD2基因开放阅读框为1 218bp,编码405个氨基酸,等电点为4.74。NCBI保守功能区分析软件预测EgPolD2蛋白第113~378个氨基酸为MPP_PolD2_C结构域。登陆GenBank进行Blast比对,EgPolD2与曼氏血吸虫SmPolD2基因同源性为32.1%,与线虫和人等其他物种PolD2基因同源性在18.3%~22.8%之间。进化树分析表明EgPolD2与SmPolD2相聚集,与其他物种同源性较低。半定量RT-PCR显示,EgPolD2在细粒棘球绦虫原头蚴和囊泡中均有表达,且表达水平差异无统计学意义(P>0.05)。结论本实验成功克隆出细粒棘球绦虫EgPolD2新基因,为进一步研究抗细粒棘球绦虫药物靶标奠定了基础。 相似文献
15.
根据多房棘球绦虫emY162基因序列设计引物,利用PCR以细粒棘球绦虫原头蚴和成虫的基因组DNA和cDNA为模板扩增egG1Y162基因,构建PUCm-T/egG1Y162和PUCm-T/egG1Y162 cDNA重组质粒,经PCR、酶切及测序后,进行序列分析。细粒棘球绦虫2个不同发育阶段均克隆出egG1Y162基因,从基因组DNA和cDNA克隆得到的片段长度分别为1 680 bp和459 bp,登录号分别为AB458258和AB458259。 相似文献
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目的 目的 克隆、 表达细粒棘球绦虫组织蛋白酶B (EgCatB) 基因, 并对其进行生物信息学预测和分析。方法 方法 提取
细粒棘球绦虫总RNA反转录成cDNA, 以此为模板扩增目的基因。利用无缝克隆技术和麦胚无细胞表达体系克隆表达
EgCatB, 用免疫印迹实验进行验证。采用SignalP 4.1、 TMHMM sever v. 2.0、 TargetP 1.1对EgCatB编码蛋白分别进行信号
肽、 跨膜区及亚细胞定位的预测。采用BLASTP和GeneDoc进行EgCatB同源序列比对及保守位点分析。采用ProtParam、
SMART、 Predictprotein、 Swiss?model分析EgCatB编码蛋白的结构。采用NetOGlyc 4.0 Server和NetNGlyc 1.0 Server在线分
析EgCatB蛋白O型和N型糖基化位点。结果 结果 成功构建了重组质粒pEU?EgCatB。蛋白电泳和免疫印迹实验结果显示
该基因获得了可溶性表达。经生物信息学分析预测该蛋白分子量35.9 kDa、 理论等电点6.37, 为含信号肽的分泌蛋白, 酶
活性位点高度保守, 并通过Gln106
、 Cys
112
、 His
282
和Asn302
形成了催化中心。EgCatB基因所编码蛋白氨基酸序列中不存在N?
糖基化位点, 但存在9个O?糖基化位点。结论 结论 成功克隆表达了细粒棘球绦虫EgCatB基因并对其进行了较全面的生物
信息学预测分析, 为该蛋白的功能研究提供了参考依据。 相似文献
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目的预测细粒棘球绦虫钙调蛋白(Echinococcus granulosus calmodulin, EgCalmodulin)的生化特性、结构和抗原表位,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法利用在线数据库以及生物信息学相关软件分析EgCalmodulin蛋白的理化性质、二级和三级结构、亲/疏水性、表面可及性、抗原指数和柔性区域以及该蛋白的抗原表位。结果细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白是由118个氨基酸组成,相对分子质量为13.48×10^(3),属于较稳定蛋白质;不含信号肽序列和跨膜结构域;二级结构中α-螺旋占47.46%,β-转角占13.56%,延伸连占15.25%,无规则卷曲占23.73%;亲水区域明显,评分较高的抗原指数所在区域与柔性区域相对应;优势B细胞表位位于10-20、32-37、47-55、65-74、81-91、100-110氨基酸区段;优势T细胞表位位于99-105、33-41、87-95,45-56、99-110、9-21氨基酸区段。结论利用生物信息学方法预测EgCalmodulin蛋白含有优势B、T细胞表位,可为包虫病分子肽疫苗的筛选提供参考。 相似文献
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目的运用生物信息学方法分析细粒棘球绦虫(Echinococcus granulosus sensu lato,Eg)丙酮酸激酶(Pyruvate kinase,PK)基因序列的结构与功能。方法通过NCBI蛋白数据库获取EgPK基因序列,利用ProtParam、ProtScale、SignalP 5.0、TMHMM、Motif Scan、ProtComp 9.0、CDD数据库、SOPMA、DNAStar、Swiss-Model Verify 3D、DNAMAN、VMD和MEGA等工具预测分析EgPK基因的相关生物学信息,并构建系统进化树,进行系统发育分析。结果生物信息学预测EgPK具有亲水性,分子质量62.05622 ku,无信号肽裂解位点,无跨膜区域。该蛋白含有3个N-糖基化位点,6个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,6个N-肉豆蔻酰化位点,9个蛋白激酶C磷酸化位点。3D结构分析与序列比对显示,EgPK的桶状结构域和盖结构域之间存在特征性催化位点以及丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸磷酸化位点。EgPK基因序列与多房棘球绦虫PK基因相似性为94.67%,与人的PK基因相似性为54.77%,EgPK与多房棘球绦虫PK蛋白亲缘关系较近,与人、小鼠、家兔等哺乳动物亲缘关系较远。结论EgPK具有PK的特征性结构域,可能参与细粒棘球蚴能量代谢相关活动。RNDFKEDT为EgPK的特征性活性位点,可作为开发抗囊型棘球蚴病的药物的候选靶点。 相似文献
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目的采用生物信息学软件分析细粒棘球绦虫Calpain蛋白(EgCalpain)的结构与抗原表位,为研制基于Calpain的棘球蚴病疫苗提供依据。方法从NCBI核苷酸和蛋白质数据库下载EgCalpain的核苷酸和氨基酸序列,采用ProtParam、SignalP、TMHMM、Cell-Ploc等在线分析程序,结合DNAStar、DNAMAN等生物信息学软件分析、预测EgCalpain蛋白的理化性质、信号肽序列、跨膜结构域、亚细胞定位及抗原表位;采用Clustal omega程序对不同物种来源的Calpain蛋白进行多序列比对,并通过MEGA 6.06程序构建邻接树。结果 EgCalpain基因全长7 734 bp,包含15个外显子和14个内含子;EgCalpain基因编码蛋白由707个氨基酸组成,是一种稳定蛋白,不含有信号肽序列和跨膜区域,可能定位于细胞质。EgCalpain蛋白含有5个T、B细胞联合表位,分别为267-299 aa、328-356 aa、486-507 aa、546-567 aa、648-662 aa。EgCalpain蛋白与曼氏血吸虫Calpain的亲缘关系较近,与人、牛、羊Calpain的亲缘关系较远。结论 EgCalpain蛋白含有5个T、B细胞联合表位且与人、牛、羊Calpain的亲缘关系较远,作为棘球蚴病疫苗进行免疫时,可能具有良好的免疫保护作用。 相似文献
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目的克隆和分析细粒棘球绦虫原头蚴发育调控基因Eg Ral基因。方法根据多房棘球绦虫Em Ral基因序列设计引物,用RT-PCR方法从细粒棘球绦虫原头蚴中克隆Eg Ral基因并将其克隆至pMD19-T载体,经测序后,与线虫、多房棘球绦虫、果蝇和人类等物种Ral基因进行比对分析。结果从细粒棘球绦虫原头蚴cDNA中克隆获得Eg Ral基因,长度为603 bp,编码200个氨基酸,等电点为8.85。经比对,Eg Ral与Em Ral同源性为99%,与线虫、果蝇和人等其他种类Ral基因同源性在47.89%~50.72%之间。进化树分析表明Eg Ral与Em Ral相聚集,与其他物种同源性较低。结论成功从细粒棘球绦虫原头蚴中克隆出Eg Ral基因,其序列具有较高的保守性。 相似文献